康熙在血统上，一半是满人，一半是汉人（母亲姓佟）；在文化上，他只是一小半为满人，而一大半为汉人。四书他完全念过，五经与二十一史他也约略有所涉猎。朱熹及其弟子所撰的通鉴纲目，他批阅得相当仔细。朱熹的哲学，是他生平所最佩服的。
他颇以振兴朱学为己任，叫左右编印了朱子全书、性理大全；又在康熙五十一年下旨，把朱子的牌位放进孔庙，配祀孔子。从此全中国想做官的人，都把精力花在朱子的书上，套用朱子的话与朱子的思想，写他们的八股文。
真正而纯粹的朱学，在清朝反而几乎成为绝响。太子胤礽的两个辅佐詹事汤斌与少詹事耿介，是讲学于辉县夏峰的孙奇逢的弟子，孙奇逢算得上是一个儒者，但无所偏袒于朱熹与陆九渊之间。曾国藩与罗泽南、倭仁、李棠阶等少数人，在修养的功夫上，很得力于朱学；除了曾国藩等人以外，便很难找到实践朱子的教训的人了。
明朝几百年的学风，以王守仁（阳明先生）的一派为主流。王的思想与陆九渊相近，而创见甚多。王门的殿军刘宗周（戢山先生），生平着力于“慎独”二字。他是浙江绍兴人，万历二十九年的进士，在明熹宗朝中以刑部主事（科员）的地位，弹劾过魏忠贤与熹宗的乳母客氏；后来，在庄烈帝（崇祯）朝中，他又以工部左侍郎的地位，反对误国的大学士温体仁；庄烈帝革了他的职，不久又任命他为都察院左都御史。他主张杀另一个误国的大学士杨嗣昌，又主张释放姜埰与熊开元两个“言官”，被庄烈帝再度革职。福王在南京即位，召他复任都察院左都御史，他先后弹劾马士英与悍将高杰、刘泽清。等到阮大铖作了兵部侍郎，他看见势无可为，请假出京，住在杭州。杭州入于清兵之手，他绝食二十天而死。
在他的门人之中，以浙江余姚人黄宗羲（梨洲先生）的成就为最大。黄宗羲的父亲黄尊素，也是王阳明一派的硕儒，于明熹宗时当过山东道御史，弹劾魏忠贤三次，其后与杨涟、左光斗一同被害，死在牢里。
黄宗羲在庄烈帝即位以后，到北京为父诉冤，恰好庄烈帝已经把魏忠贤明正典刑，黄宗羲便杀了当年在牢中害死父亲的两个狱卒，也用锥子锥伤崔应元等几个魏忠贤的余党，拔掉崔应元的胡须，拿回余姚，放在祠堂里的父亲牌位之前。
福王在南京即位，黄宗羲至南京有所建议，被阮大铖捉住，与顾杲关在一起。罪名是，他们两人在北京沦陷以前，曾经集合一百四十个书生，写了一个“留都（南京）防乱揭”，宣布阮大铖阿附魏忠贤，出卖“东林”的罪状。所谓“东林”，本是无锡一个讲学的书院，主讲的人是顾杲的父亲顾宪成。阮大铖也在该处听过讲。听讲的人极多，不免议论时政，魏忠贤恨他们，称他们为“东林党”，杀了他们中很多人。
南京被清军拿去以后，顾杲与黄宗羲从监狱里逃出。顾杲回无锡起兵抗清，被不认识他的乡下农民杀了。黄宗羲参加鲁王的阵营，以三千精兵经营海盐一带，又在宁波四明山扎过寨，而且到日本去乞过师。鲁王失败以后，他回余姚养母，著书授徒。
在他所著的书之中，以《明儒学案》与《明夷待访录》为最重要。《明儒学案》是一部明朝的儒家哲学史，其中有简单的传记，与各家语录的摘要。这书的体裁是他新创的。《明夷待访录》是他本人的哲学，包括若干篇论文，以“原君”与“原法”两篇为最精辟。
他是王派巨子刘宗周的学生，但思想超出了伦理部门，兼及于政治。这是由于他史学的造诣特别深。他留下不少关于南明的记载，也整理了整个明朝的史料。他的学生之一万斯同，成为一个大历史家。万斯同以后的全祖望与章学诚，均私淑于黄宗羲。万与全均是鄞县人，章是绍兴人。他们形成了历史学界中所谓浙东学派，而黄是此派的开山祖。
康熙有几次请黄出山，黄均坚辞。康熙只得命令当地的巡抚到黄的家里抄他的书，送进皇宫，以便拜读。黄也很有礼貌，让他的儿子黄百家进史局，帮助徐元文等人纂修明史。
另一位康熙想请去修明史的大学问家，是昆山的顾炎武（亭林先生）。他是明朝的一个秀才，在南京陷清以后，他参加本县县知事杨永言的义师，其后也追随鲁王，作了鲁王的兵部司务。鲁王失败，他遍游全国重要地区，图谋复国，在山东、山西、陕西，均建立下小规模的经济基础，可惜人心已不思明，他便终老于陕西华阴，以著述来开创中华民族的新运。
他留下给我们以《天下郡国利病书》、《音学五书》与《日知录》。《天下郡国利病书》，可说是一部人文地理；《音学五书》是科学的中国音韵学；《日知录》是考据的杰作。
他认为明朝之所以亡，其最大原因为士大夫中了宋儒的毒。朱派、陆派均太注重言心、言性，把政治与经济搁起不谈，不研究。因此，他想纠正风气，大声疾呼，要读书人研究经学，说“古今安得别有所谓理学者，经学即理学也。自有舍经学以言理学者，而邪说以起。”又说，“今之君子……置‘四海困穷’不言，而讲‘危微精一’，我弗敢知也。”
他提倡切于民生日用的经世之学，但这一种学问在清朝三百年间并未能发达，原因是文字之狱。不过，若干封疆大吏却留下了《皇朝经世文编》，其中充满了可供我们研究的资料。
他的治学方法，发生了极大的影响。第一，他不说空话，每说必有根据，而他所根据的决不是不值得根据的东西。第二，他不抄袭别人的话；即使是他自己所研究出来的，倘若在其后发现前人已经说过，他也即刻删去。第三，他颇能接受别人的意见，从善如流。因此之故，他成了清代“汉学”的开山之祖。
顾炎武在学术史上的地位，比黄宗羲还要高。黄在思想上颇有独到之处，但规模、系统均不如顾。就治学方法而言，黄比顾更逊一筹。
与顾、黄二人同以隐逸自全，终身不事二姓的，还有很多。其中最有名的，除了前述的汤斌、耿介之师孙奇逢以外，有陕西厔人李颙（字中孚，号二曲），山西太原人傅山（字青主），与湖南衡阳人王夫之（船山先生）。
李颙注重苦行，曾经徒步到河南襄城，寻求父亲的遗骸。他父亲是一个对张献忠作战而阵亡的兵士。他也应邀到过江南，在无锡、江阴、靖江、宜兴等地讲学。康熙在康熙十七年开了所谓“博学鸿词科”，以网罗在野的“遗才”。有人荐举他，他称病不出。人家把他用病床抬到省城，他绝食，宁死也不肯入京。其后，康熙在康熙四十二年西巡，召见他，他派儿子李慎言去应召，将所著的《四书反身录》与《二曲集》带去，送给康熙。
傅山也是一个苦行的人。明亡以前，他曾经冒死援救一位被魏忠贤党羽（巡按张振孙）所陷害的忠臣袁继咸。南京陷清后，他在顺治十一年被捕，罪名是与河南的某一件案子有关。他抗辩不屈，继以绝食，结果被释放。到了康熙十七年，有人荐他应博学鸿词科，而且把他抬进北京城。他在看见“大清门”三个字的时候滚到地上，两泪直流，于是又被抬回家乡。康熙这时候，已经特免他考试，任命他为“中书舍人”。他回家以后，仍以“民”自称；凡是称他为“舍人”的，他一概不理。他写字、画画、作文都很好；也很懂医道。顾炎武和他颇谈得来。
王夫之是明朝的举人，参加过以永历皇帝为中心的抗清活动，其后隐居在衡阳的石船山，闭门著书，一直到死不肯剃发。在学术思想方面，他反对王守仁（阳明）及其若干支派，也不太赞成朱熹，而远宗北宋的张载。他说：“天理即在人欲之中，无人欲则天理亦无从发现。”就这一点而论，他可算是戴震（东原）的先驱。
他著有《张子正蒙注》、《老子衍》、《庄子解》。他的更重要的著作是《读通鉴论》与《宋论》。从这两部书中，可以想见他读书之勤而认真。他的见解，虽则有时不免主观，但大体上均很值得重视。
除了这几个人以外，在言行上自成一家的，有颜元及其弟子李塨。他们把读书看成次要，认为实践才是学问的主体。他们除了躬耕自给以外，又天天射箭、练武。可见他们不仅是隐士而已，而是志在复国的有心人。
常熟有一位顾祖禹，是《大清一统志》的真正著者，而不居其名。他的《读史方舆纪要》，则不仅是历史地理学的一部好书，也是一部兵要地理。他认为山东在全国各省之中形势最为重要，希望后世的“欲有事于天下者”特别注意，言外之音，跃然纸上。
此外，有仅仅留给我们一部《广阳杂记》的刘继庄（字献廷）。他的著作，倘若完全被保存下来，其贡献当不在顾炎武与黄宗羲之下。他对于中外的语言文字，极有研究；也颇深入于数学、火器、农桑、地理、法律、医药等好多种有裨实用的学问。他是大兴（北京）人，祖籍吴江，他本人回到吴江住了几十年。生平行踪诡秘，很像是秘密社会中的人物。徐乾学曾请他帮忙关于《大清一统志》的事，但他十分看不起徐乾学。他所佩服的，只是金圣叹一人。
金圣叹，名人瑞，原姓张，名喟，是长洲（苏州）的一个秀才，批过《水浒传》与《西厢记》。他是一个群众运动家，在顺治年间聚了很多人向清朝政府抗缴钱粮，到孔子庙里哭，被抓去砍头。
当时，苏州有一位举人，姓徐名枋，是大书画家。明亡以后，他不见任何宾客。汤斌来看他，在客厅里坐了许久，他始终躲在书房内，不肯出来。他隐居到七十三岁而死；死前吩咐家里人说，“宋荦必定会送银子助葬，切勿接受。”其后，宋荦果然送了银子来，被徐枋的家里人拒绝。徐枋与汤斌、宋荦并无仇怨，所恨的是这两人作了清朝的官。
魏县（河北大名）有一个举人刘永锡，官居苏州府教谕，于明亡以后隐居在阳澄湖边，和一妻一子一女织席为生。他家中本属富有，但他宁可饿死而不肯回去，结果终于饿死。死前，他已租不起房子，住在一艘破船之中，曾经写唱过这样两首歌：（一）“溯彼中流兮采其荇矣。呼君与父兮莫之应矣。身为饿夫兮天所命矣。中心殷殷兮涕斯迸矣。”（二）“白日坠兮野荒荒，逐凫雁兮侣牛羊，壮士何心兮归故乡！”
其他饿死的志士，可考的很多。以当和尚为名，而避免清吏之胁迫的也不少。在中国科学史上占有重要地位的方以智（《物理小识》的著者），便是其中之一。他是桐城人，崇祯年间的进士，当过永历皇帝的“礼部侍郎、东阁大学士”。事败，作和尚，法名宏智。
最著名的两个和尚，是道济（石涛）与“八大山人”。这两人均是明朝的宗室。明亡以后，他们借作画来发抒胸中的抑郁之气，却在中国艺术史上留下不朽之名。他们的本意，无非是“守志不屈”而已。
另一位宗室朱之瑜（舜水），是一个秀才，生长在浙江余姚，对王守仁的学说很能实践。他曾经到日本去乞师，不成；其后他留在日本长崎隐居，作了日本儒家安东守约的老师，又被幕府德川光禟请去江户（东京），当上宾。
康熙十七年的博学鸿词科，原称博学弘儒科（于乾隆以后，因避乾隆之讳（弘历）而改称博学鸿词科）。考试在康熙十八年举行，由二十六岁的康熙自己主考。被保荐与征召的有一百四十三人，其中傅山、李颙、魏禧等六人抵死不肯应考。考取的有五十人，其中以毛奇龄为最无耻。这五十人均被康熙破格授以翰林名义，助修明史。