噶尔丹少年时候曾经在西藏当过喇嘛，与一个西藏政客桑结成为朋友。其后噶尔丹回准噶尔夺得首领地位，桑结也在西藏成了达赖五世的“第巴”（掌政之官）。
达赖五世在康熙二十一年圆寂，这桑结秘不发丧，假说他已“入定”，不能见客，于是一切报告均须经由桑结“代达”，一切命令均须经由桑结“转颁”。桑结在事实上变成了西藏的最高统治者。
桑结不仅先后唆使噶尔丹并吞漠北喀尔喀与大举南侵，他而且在康熙三十四年冒用达赖五世的名义，请康熙给他自己以封爵。康熙受他蒙蔽，就册封他为土伯特（Tibet）国王。
康熙到了噶尔丹死后，才从准噶尔降人的口中，获得关于桑结如何怂恿噶尔丹的情形，也探听到达赖五世早已圆寂，便派人送一封信责问桑结，带给他噶尔丹的佩刀一柄、噶尔丹的可敦（阿弩）的佛像一尊、佩符一张。康熙命令他：（一）如果达赖五世尚在人间，不妨叫使臣与达赖五世见面；（二）送班禅五世来北京；（三）逮捕那帮助过噶尔丹的济隆呼图克图，押解来京。如果桑结不遵照办理，康熙说，定必派兵征讨。
桑结回信说，达赖五世的确已经圆寂，为了恐怕人民造反，所以不敢宣布，达赖五世的转身（达赖六世）也早已找到，将于牛儿年（康熙三十六年，岁次丁丑）十月二十五日坐床（就位），到了那时候才好宣布达赖五世圆寂。这一点，桑结说，要请康熙代守秘密。
班禅五世呢，一时不能送他来京，因为他年纪虽大，还没有出过天花。济隆呼图克图呢，已经逃到喀木去了，稍缓一些就“竭力”把他捉来押解到京，希望“大皇帝”饶他一命。
这“大皇帝”三个字是有来源的。早在皇太极崇德二年，达赖五世与班禅五世便已联合当时在西藏握有军政大权的两个蒙古王子藏巴汗与固始汗，派代表向皇太极恭上一个尊号：“曼殊师利大皇帝”。
“曼殊师利”有人译作“妙吉祥”，其实也是文殊菩萨的梵文原名Man-jusri。皇太极之所以把他家乡的名字“建州”改称为所谓“满洲”，与这“曼殊师利”的“曼殊”二字可能与此有关。（然而，朝鲜的史料上说，清室的先世根本不是建州三卫的首领，不过是居住于“婆猪江”的一个野人部落而已。）
话归本题，康熙接到桑结的回信，由于信中的措词相当恭顺，也就不为已甚，而且竟然答应，关于达赖五世圆寂的事，替他保守秘密。
桑结没死于康熙的讨伐，却在康熙四十四年死于驻在喀木的一个蒙古王子拉藏汗之手。
那时候，西藏与青海、新疆的关系颇为密切。杀掉桑结的拉藏汗，是青海和硕特部部长顾实汗的孙子。这青海和硕特部，原从新疆的和硕特部分出。
桑结曾经请求顾实汗出兵，帮他肃清西藏境内的一个异己分子——据有后藏拉达克区域的藏巴汗。藏巴汗属于喇嘛教的旧派（红教），与桑结所隶属的新派（黄教）相对立。
顾实汗的兵一到，果然便把藏巴汗消灭。桑结把喀木（西康）割让给他，作为酬劳。他留下一个儿子鄂齐尔汗，帮桑结镇守拉萨。
鄂齐尔汗的儿子，就是拉藏汗。拉藏汗与桑结处得不好，桑结想毒死他，没有成功，又调了若干兵，准备将他驱逐。拉藏汗却先发制人，把桑结捉住杀了（康熙四十四年，1705年）。
拉藏汗索性一不做二不休，把桑结所立的伪达赖六世也废了，另立一个小孩子为达赖六世（名字叫伊西）。
青海的若干喇嘛不肯承认这位伊西，也找到一个小孩子噶尔桑，立为达赖六世。
双方都递了奏章给康熙。康熙对伊西与噶尔桑两个达赖六世，均加以批准，命令伊西住在拉萨，噶尔桑暂时住在青海西宁的红山寺。
十三个年头以后（康熙五十七年，1718年），拉藏汗死于来自新疆的准噶尔军队之手。
准噶尔的首领噶尔丹在康熙三十五年兵败自杀以后，他的侄儿策妄阿拉布坦，由于是忠于清朝，被康熙赏给阿尔泰山以西、天山以北全部额鲁特四部的土地。
这策妄阿拉布坦野心很大，处心积虑，想吞并西藏。他先和拉藏汗攀亲：娶了拉藏汗的姐姐，又把拉藏汗的儿子招为女婿。然后，在康熙五十六年借护送女婿归省为名，派大兵侵入西藏；于康熙五十七年十月占领拉萨，将拉藏汗杀了。
策妄阿拉布坦之企图兼有西藏，对康熙构成一个严重威胁。康熙没有办法不应付，而且惟有出于用武之一途。
康熙在康熙五十六年（1717年）三月，任命富宁安为靖逆将军，由巴里坤进攻乌鲁木齐。富宁安在七月间到达乌鲁木齐的郊外，吃了一个败仗。
康熙五十七年二月，康熙又命令侍卫色楞率领禁军，会同西安将军额伦特，由青海的一路向西藏前进，救援拉藏汗。额伦特统率了不少满兵、蒙兵、汉兵，开到哈喇乌苏河（怒江上游），遇伏，全军覆没。
康熙五十九年（1720年），康熙派延信与噶尔弼二人，分别由青海及四川进军。在噶尔弼的指挥之下，有一位汉人岳钟琪，论地位仅是永宁协的副将（副旅长），论兵力仅有绿营兵几百人，却一打便打下里塘，降了巴塘，冲到拉萨，替康熙解决了一个天大的问题。