康熙元年是永历十六年，公元1662年。这一年，明朝的国运告终。永历皇帝死于四月，李定国死于六月，郑成功死于五月。鲁王也是在这一年十一月逝世于金门。
郑成功是一个奇男子。他是郑芝龙与田川氏夫人的儿子、郑鸿逵的侄儿，郑彩、郑联的堂兄弟，隆武皇帝（唐王）的御营中军都督，忠孝伯。
当隆武皇帝在汀州被执之时，郑成功正在漳州、泉州一带招兵筹饷。他听说父亲准备降清，就赶紧到泉州南边的安平堡，见父亲苦劝。苦劝了，父亲不听；他拜别母亲，独去金门。
这时候，驻扎在金门的是郑鸿逵，驻扎在厦门的是郑彩、郑联。他们与郑成功一样，不愿意随郑芝龙去福州向博洛投降。
清军不久便开到泉州，占领安平，劫掠了一顿。田川氏夫人自杀。郑成功得到消息，带了一些兵来打，清军狼狈而退。他把母亲葬了，走到泉州城外的孔子庙，把平日以秀才身份所戴的儒冠、所穿的儒服统统烧了，向孔子哭着祷告：“昔为孺子，今为孤臣，向背去留，各行其是。谨谢儒服，惟先师昭鉴！”他的意思是说：“以前我是儒生，我是人子；现在我是一个丧了皇帝的孤臣，有国无家，立志投笔从戎，作战到底，和父亲分道扬镳，请夫子原谅。”
他离开孔子庙，回到安平堡，约集了志同道合的好友甘辉、施琅、陈炜、张进等九十几个人结盟，宣誓忠明抗清。盟罢，一齐乘了两艘大船，到广东、福建交界的地方南澳岛招兵。一招，就招到九千多人，开回安平堡，占领鼓浪屿，与金门的郑鸿逵，厦门的郑彩、郑联，互为犄角。这时候，他的年龄是二十四岁。
永历在肇庆即位，派人来鼓浪屿，封他为威远侯；不久，又晋封他为广平公。但是他的活动范围，直至永历四年（顺治七年，1650年）八月的中秋节为止，始终限于鼓浪屿与安平堡两处附近，没有多大进展；一度取得海澄、诏安、漳浦、云霄，均被清军“收复”了去。
他接受施琅的建议，率领精兵五百余人，趁着中秋的月色，袭占郑彩与郑联的厦门。这一晚，郑联醉卧在黄石岩，郑彩则早已带了兵去浙江，帮鲁王打仗。事后，郑联、郑彩均接受既成事实，把地盘与军队交了给他。（郑鸿逵此时，事先也已经把金门交给了郑联。）于是金门和厦门都成了郑成功的根据地。
他把已有的与新并的军队重新编组，成立前、后、左、右、中五军，自领中军，甘辉等人分领其余四军，加紧操练，计划大举。
次年，永历五年（顺治八年），郑成功带兵去打广州，想援救困守在南宁的永历皇帝。他把兵运到虎门，听说清军已在夺取他的厦门根据地，只得回师。
清军果然已经来过厦门，把厦门的守将郑芝莞吓走。但是，在郑成功未曾回到以前，郑鸿逵和施琅也已经赶来，打退清军。
这一年年底，郑成功克复漳浦；第二年春天，拿下海澄、平和、诏安。
永历七年（顺治十年）三月，他派兵帮助鲁王的大将张名振，由崇明溯江而上，打到镇江，在金山寺遥祭明太祖。鲁王这时候已经在鹭门（厦门）住了两年，极愿与他合作，因此而放弃监国的名义，和他一样地接受永历皇帝的号令。
张名振在永历八年（顺治十一年）又攻进长江一次，而且打到南京郊外的燕子矶。可惜，约好了的各地义兵未能及时响应，张名振又只得撤回，回到三门湾的南田岛，赍恨而死；死时，把军队交给了张煌言。
这一年，郑成功克复了漳、泉二府。
永历九年（顺治十二年），他又打下了广东的揭阳与普宁。清朝派济尔哈朗的儿子济度，领了重兵南下。郑成功采取坚壁清野的政策，毁掉安平堡，与漳州、惠安、南安、同安这几个县的城墙，退守厦门、金门。
永历十年（顺治十三年）四月，济度的军队渡海来攻厦门、金门，一连败了两仗。
永历十一年（顺治十四年，1657年）年底，永历晋封郑成功为延平郡王，拜为招讨大将军，叫他“进取江南，伸大义于天下”。次年，他率领五万水师、五万步兵、五万骑兵，两万披了铁甲、带了铁面罩的“铁人”，沿着福建、浙江海岸，向北航行，在舟山群岛驻扎。
永历十三年（顺治十六年，1659年）五月，郑成功再从舟山出发，经过崇明岛，进入长江，冲破清军的封江铁链，一举打下瓜州，随即攻破镇江，在七月一日占领江浦，兵临南京城下。
清朝的芜湖官吏，不等到郑军去，便送来降书。郑成功派张煌言去芜湖，守住这个位于南京之西的沿江重镇。他自己则留在南京城外，攻城。
清朝守南京的是（两江）总督郎廷佐。此人十分狡狯。他派人向郑成功说：“我一定投降，但是须先假装守城。按照清朝的军法，如果我守满三十天，留在北京的家眷就可以免掉连带治罪。请你给我三十天的限期。”
郑成功心慈，允准了郎廷佐三十天的限期，不仅暂不攻城，而且没有把南京好好地包围起来。
于是，功亏一篑，让郎廷佐调来救兵，公然接进了城。
郑成功与他的八十三营军队，在城外静候三十日的限期期满，兵不血刃，开进高皇帝（明太祖）所奠定的雄都。
最后，不幸的事终于发生。
七月二十一日夜晚，清军拆坏神策门旁的城墙，由城墙的洞里突然出来，冲到郑军在白土山的营垒，将先锋余新活捉。
第二天黎明，在郑军尚在烧锅造饭之时，清军由喀喀木、梁化凤、管效忠等人率领，分成几路，开了城门出来，把郑军压迫到长江边。郑军全部溃败，被杀死几万；来不及上船，死在水里的也很多。大将甘辉、张英与几十个其他将领，一齐阵亡。
郑成功率领残余部队，一口气撤回厦门。那时候，张煌言还守住芜湖，并且已经收复了徽州、宁国、太平、池州四个府；广德、和州、无为三个州；当涂、繁昌、宣城等二十三个县。郑军既退，张煌言孤立无援，被清军击败，只身逃至安庆，由安庆逃至江西，由江西逃回浙江天台，招集旧部，取了林门岛与桃渚岛，以等候郑成功的消息。
次年，永历十四年（顺治十七年），清朝的福建总督李率泰与将军达素，在五月间大举向厦门猛扑，想把郑成功彻底解决，结果被郑成功杀败，清军死了十分之六七，达素自杀。
永历十五年（顺治十八年，1661年）正月，郑成功留下十八岁的儿子郑经守住金、厦两岛，自己带兵去取台湾。这时候，荷兰的“东印度联合公司”已经偷占台湾三十八年之久，在台南筑了坚固的“塞兰狄阿”（安平城）与赤嵌堡。郑成功前来攻打，打到年底，荷兰的守军投降。郑成功准他们在司令揆一的统率之下，登船回国。
郑成功认为台湾沃野千里，可以建设成根据地。他在赶走荷兰人以后，就积极从事于设立中央与地方的政治机构，开垦农田，兴办学校，和菲律宾及英国均建立了贸易关系。
然而，他是一个性急的人，虽不得已而埋头从事于生聚教训的工作，心中却无时无刻不记挂着大陆。他常常站在高山之上，用望远镜向西眺望。
等到永历被害的噩耗在永历十六年（康熙元年，1662年）五月初传来之时，他极为感伤，便在初八日这一天，于眺望大陆之后，坐在椅子上一边饮酒，一边诵读明太祖的遗训，长叹一声，说：“我有何面目见先帝于地下？”说完，他身体向后一仰，便与世长辞。
他逝世以后，郑经从厦门来到台湾，继承延平郡王封爵与招讨大将军的职位。虽则永历已死，郑经仍旧沿用永历的年号，誓作孤臣到底。
郑经以陈永华为辅佐，继续建设台湾，颇有成绩。郑经而且常常出兵到福建、广东的大陆上去，虽则金、厦两岛是在永历十七年（康熙二年，1663年）便放弃了。
郑经守台湾二十年，不幸短命而死，死的时候才三十九岁。郑成功死时，也是三十九岁。
张煌言根本不赞成郑成功取台湾，劝他应该再接再厉，北上杀敌。后来，听到郑成功与鲁王相继逝世，他十分灰心，就解散部队，退隐在南田岛附近的悬澳岛。永历十九年（康熙四年，1665年）七月十七日，他被清军逮捕；九月初七日，殉国于杭州，年纪也仅四十五岁而已。