贝勒博洛在顺治二年（1645年）六月打下杭州、收降潞王以后，回师消灭嘉兴、吴江、江阴三处的义兵。这些义士领袖，在嘉兴的是翰林屠象美，在吴江的是举人孙兆奎，在江阴的是典史阎应元。
这三处以外，在常熟、昆山、太仓、嘉定、崇明、松江、长兴、宜兴、无锡，也都有书生们联合退休的官吏，揭竿而起，但均以缺乏指挥的经验与堪以作战的干部而先后失败。在这些书生之中，以昆山的顾炎武最为有名。他其后畅游全国，深研经史，成为三百年来第一个有学问的人。
嘉定一县老百姓的遭遇最惨，先后被屠了三次。负责屠杀他们的，是博洛麾下的一个降清将领李成栋。博洛本人是阿巴泰的儿子，阿巴泰是努尔哈赤的儿子，与多尔衮同父异母。
多尔衮把博洛召回北京，赏二百两黄金、一万五千两白银、一匹附有美丽鞍子的骏马。
次年，顺治三年（1646年），多尔衮任命他为征南大将军，再到浙江去辛苦一趟。这一次，博洛叫先锋图赖走过富春江上游，把鲁王的防线冲破。
这时候，唐王朱聿键在延平（福建南平县）。唐王于杭州沦陷以前，到了福州，受福建巡抚张肯堂与郑鸿逵、郑芝龙等人拥戴，在顺治二年闰六月就任监国，不久便即了皇帝之位，改明年的年号为隆武。
郑芝龙原是海盗领袖，被熊文灿招安，官居“游击将军”。他霸住台湾海峡，凡是来往于海峡的商船均须向他纳税，因此之故，他很有钱，用自己的钱养兵。
郑鸿逵与他不同，是正规军人，考中武举与武进士，作了崇祯皇帝的锦衣卫“掌印千户”，积功升至总兵，其后到南京帮助福王，在史可法指挥之下，守瓜洲、仪真。此人忠心耿耿，福王封他为靖西伯。唐王即位以后，升他为定西侯，也把郑芝龙由南安伯升为平西侯。
张肯堂作了唐王（隆武皇帝）的大学士，把巡抚的位子让给郑芝龙的私人，大权旁落。张肯堂北伐，带了几条兵船到鹭门，郑芝龙不给他饷，而且不让他和唐王通消息。原来，郑芝龙已经暗中与洪承畴有了联络，存心降清。
唐王气不过，派另一位大学士黄道周到江西去招兵。黄道周一到江西，便招足十几万，打到江西与安徽邻近之处的婺源，不幸失败，被清军解至南京，遇害。
唐王于是自己出驻延平，命郑鸿逵攻浙江，郑彩攻江西。郑芝龙照旧不给饷，而且撤了仙霞岭的戍卒。
因此之故，博洛及其麾下李成栋的兵，能够在拿下浙江以后长驱直入，开进仙霞岭，冲到延平。唐王退至汀州（长汀），被俘，绝食而死。
博洛命令李成栋继续前进，冲到广东的“东江流域”，取了潮州、惠州，又转而向西，占领广州。广州有一位监国“小唐王”朱聿来不及走，与他的大学士苏观生等人一齐自杀。这位小唐王，是唐王朱聿键的弟弟。
李成栋不仅在顺治三年十二月占领广州，而且在次年正月拿下肇庆。肇庆是广东省西部的重镇。两广总督丁魁楚与广西巡抚瞿式耜，已于三个月前（顺治三年十月）在该地拥立桂王朱常瀛的儿子、永明王朱由榔当了监国。
永明王刚刚当了监国，赣州就失守，守将杨公麟为清军所杀。丁魁楚听到消息，慌忙把永明王送到梧州。
不久，苏观生在广州立了小唐王朱聿当监国，丁魁楚为了不让小唐王争夺抗清的领导权，又把永明王带到肇庆称帝，改明年为永历元年（1647年），出兵讨伐小唐王，小唐王吃了一个败仗。
在李成栋占了广州、小唐王自杀以后，永明王不等清军西进，便丢了肇庆，逃回梧州；再逃，逃至桂林；三逃，逃至全州；四逃，逃至湖南西南山中的武冈。
丁魁楚在梧州西南的岑溪，被李成栋俘虏杀害。
李成栋的兵于顺治四年（1647年）三月赶到桂林，瞿式耜率领几百名兵士死守。李成栋攻城，攻不下来，反被瞿式耜的部下焦琏杀得大败，死了几千人。
李成栋借口广州后方发生了问题，丢下桂林，回师。他自从降清以后，为虎作伥，踏平了江苏、浙江、福建、广东，没想到有一天会在桂林被瞿式耜与焦琏的几百名忠明的军人，杀得如此之惨。
这一年五月间，已经降清的孔有德、耿仲明、尚可喜，率领了几万军队，开到桂林城下。瞿式耜上了城墙，与焦琏各守一半，用“西洋炮”先打一阵。然后，他叫焦琏带三百人出城，用长槊、铁鞭对付这三个老贼。结果，也杀了他们几千人，追了他们二十里。
到七月间，凡是被清军占领的广西各城各县，均被焦琏收复。
孔有德等人去攻武冈，找永明王出气。那没有出息的永明王，却又不战而走。一走，到靖州；再走，到柳州；三走，到象州。
孔有德转师去攻全州，焦琏已经在全州等候。何腾蛟率领郝永忠、卢鼎等人，也到了全州。结果，孔有德又吃一个败仗。
孔有德贼心不死，竟然于次年（顺治五年，1648年）三月再度攻打桂林。于是，何腾蛟与焦琏又和他在桂林比武一次。此时桂林的兵力，已经相当雄厚，猛将也增加了不少，其中最有名的是善耍标枪的胡一青。这一场恶战，把孔有德的兵杀得尸横遍野，血流成河。
瞿式耜这时候仍旧在桂林城内，以文渊阁大学士、兵部尚书的名义坐镇。他把指挥作战的任务交给何腾蛟。事后，永明王听说瞿式耜没有战死，喜欢得流下泪来。一个月以后，李成栋忽然在广州反正，重新做人。
传说李成栋之所以反正，是因为多尔衮不曾给他“总督”的位置，只给了他一个“提督”。其实，这不过是他反正的原因之一。
也有人说，他的太太深明民族大义，常常劝他改弦易辙。这一位李夫人确是功在国家。然而，真正坚定了他反正决心的，却是瞿式耜、焦琏、何腾蛟等人的三次死守桂林，令他感觉到明朝尚有希望。
恰好，另一降清之将金声桓于顺治五年正月，已在南昌反正。李成栋便不再犹疑，在闰三月响应。（金声桓之所以反正，是受了一个在扬州不曾被杀死的“德宗和尚”的鼓励。）
于是，广东和江西两省又变成了大明的江山。不久，四川义兵蜂起，全省入于永明王的范围。何腾蛟借此机会，恢复整个湖南。郑成功在福建打下了诏安。到了年底，姜瓖又在大同反正，把山西省的大部分占了。甘肃与宁夏的回民，也在明朝宗室延长王朱识等人的领导之下，纷纷起义。
这是多尔衮在顺治元年偷占北京以来，所从未遭遇到的挫折。他赶紧调动满洲八旗的子弟兵，由谭泰、何洛会两个他所最亲信的满洲人，率领着去江西打金声桓；自己“御驾亲征”，去大同打姜瓖。
打到顺治六年（1649年）的正月，谭泰与何洛会攻下南昌，金声桓跳水自尽。一个月后，李成栋在江西南部的信丰战败阵亡。
李成栋的儿子李建捷仍旧守着广州，到了顺治七年（1650年）二月才被尚可喜打败。另一个儿子李元胤守住肇庆，一直守到顺治八年（1651年）的春天。
何腾蛟在湖南，管不住李自成旧部。他们闹饷，抢劫老百姓，弄得每一城的老百姓见了他们来，便空城而走。他们也不耐烦留在任何空城中久住。顺治六年正月，何腾蛟移节湘潭，湘潭没有兵，也没有民。结果，他成了清军的俘虏，于绝食七天以后被杀。
瞿式耜的命运，与何腾蛟的相同。顺治六年十一月，孔有德第三次来攻桂林之时，焦琏不在桂林，去了浔州（桂平）。桂林城内的守将是赵印选、胡一青、杨国栋、蒲缨、马养麟。这些人不能合作，一哄而散。剩下的只有王永祚，这王永祚却开城迎降。瞿式耜宁死不逃，静候清兵来把他带走，于闰十一月十七日从容就义。
多尔衮自己打姜瓖，打了很久打不下来。最后，还是派博洛去，才把姜瓖解决。