福王被掳以后，潞王朱常淓在杭州受到巡抚张秉贞拥戴，于六月初六日出任监国，方国安与郑鸿逵都带了兵来。
多铎派贝勒博洛，率领拜尹图、阿山等人的兵来打。方国安吃了一个败仗，逃去严州（浙江建德）。
郑鸿逵劝潞王不必在杭州“建都”，应该到福建去徐图大举。潞王不听，郑鸿逵于是领了他的水军，陪唐王朱聿键去了福州。
结果，这潞王当了若干天的监国，便开了杭州城门降清。
富春江以东的各府各县，如绍兴、宁波、余姚等，纷纷接受贝勒博洛的招降。连驻在定海的总兵王之仁，也几乎变成了“新朝”的“佐命”。宁波有一个绅士谢三宾，甚至亲自去杭州，拜见博洛，以出卖桑梓（家乡）为得意。
在余姚，却有孙家绩与熊汝霖，于闰六月初九日杀掉知县王元如，举起义旗，使得降清的宁波知府朱之葵无法运米到杭州，献给博洛。
两天以后，宁波、鄞县有六位被俗人称为“狂生”的秀才，以董志宁为首，召集几千人在城隍庙开会，决心起义。他们公推一位年轻进士钱肃乐招兵买马，主持一切。
谢三宾暗中写信给定海总兵王之仁，叫他带兵来宁波，杀钱肃乐和六位狂生。谢三宾而且说，杀了七人以后，送一千两银子给他，作为酬劳。
钱肃乐也写信给王之仁，责以大义。王之仁被钱肃乐感动，便死心塌地效忠于明。他到宁波来，当众宣布谢三宾的罪状。谢三宾认罪，捐一万两银子犒赏义兵，免死（其后他还是作了清朝的大官）。
大家商量了很久，觉得必须请出一个明朝的宗室作为监国，才能够号召。于是，一位举人张煌言当了大家的代表，去台州请鲁王朱以海出山。
朱以海是明太祖的十世孙，世居山东兖州。哥哥朱以派袭封鲁王，在皇太极的军队第五次进入长城之时殉国。朱以海幸免于难，崇祯皇帝令他继承朱以派的王位。吴三桂引了多尔衮偷占北京以后，朱以海一再逃难，逃到台州住下。
这时候，退休在东阳原籍的兵部尚书张国维，也来到台州，请朱以海出任艰巨。朱以海于弘光元年（顺治二年，1645年）七月十七日就了监国之职，一个月以后，张煌言随他北上，在绍兴建立新的政权。
绍兴是在孙嘉绩、熊汝霖发难于余姚的第二天，便响应了的。领袖章正宸也是一位书生。
鲁王到了绍兴，发表张国维为少傅兼太子太傅、兵部尚书、武英殿大学士，督师江上。张煌言被擢拔为翰林院修撰（这个职务，通常是只有状元才能充任的）。孙嘉绩、熊汝霖、钱肃乐均被任命为“都察院右佥都御史”。
余姚与鄞县的义兵，是支持鲁王的核心部队；加上王之仁所统率的正规军，与石浦游击张名振的水师，声势相当浩大。方国安赶来，表示愿意效力。（马士英与阮大铖也想来绍兴凑热闹，被张国维拒绝。）
张国维统率各军，渡富春江，收复富阳、于潜，沿富春江栽了木栅，浙西的各州、各县纷纷响应。
十月间，张国维对清军大举进攻，一连战了十天，每战皆胜，一直追至杭州的草桥门，不幸遇到大雨，弓弦潮湿，发不出箭，只得退兵。
其后，鲁王阵营的内部发生争饷、争地的纠纷。钱肃乐等人心太好，把浙东的税收完全交给王之仁与方国安，作为正规军的粮饷；因此，所有的义兵只能靠老百姓的捐款维持。日子久了，老百姓捐不出多少款子来，方、王二人又不肯分出所收的税。义兵的处境十分艰苦，就不免有骚扰老百姓的事件。方、王二人则有了税收还不满足，不但叫老百姓出捐款，而且掳了老百姓进行勒赎。方比王尤为可恶。浙东的民心、军心，大受影响。
这时候马士英与阮大铖已经来到方的军中，方在马、阮的怂恿之下，对鲁王怀了叛意。王呢，虽则军纪不好，却矢志抗清。
王之仁于第二年（鲁监国元年顺治三年，1646年）三月间，与清军在杭州的统帅贝勒博洛拼死决战，获得大胜，毁了贝勒博洛的许多船只，夺得铁甲八百多副，渡江把贝勒博洛围困在杭州。
方国安冷眼旁观，王之仁缺乏后援，攻不下杭州，又只得撤退。
五月间，清军采取攻势，把方国安的营灶毁了。方国安着慌，突然回师到绍兴，劫了鲁王同去台州。张国维、钱肃乐等人，尽了最大力量，把江防稳住，苦守到六月间，博洛利用富春江上流水浅，叫清兵徒步渡江，把沿江的鲁王各营打垮不少。王之仁见到大势已去，不愿意不明不白地死，独自到南京，穿上明朝衣冠，去洪承畴的衙门投案。洪承畴劝他降，他不肯。结果，他从容赴义。
该死的方国安，在台州得到江上战败的消息，却捉了鲁王，准备投降。
鲁王生平私德甚好，颇有人缘。而且他相当机警。方国安捉了他以后，派兵将他守住，却被他找到一个机会，跑了。
他跑到三门湾海外的南田岛。石浦游击张名振带兵来南田岛保驾，想送他去翁洲（舟山群岛中的一岛）。翁洲的总兵黄斌卿表示不欢迎。
不久，郑芝龙在福建降清，同族的一位郑彩不愿同流合污，带兵船来三门湾海面，张名振约他拥护鲁王，于是他就和张陪鲁王去福建。次年，鲁监国二年（顺治四年，1647年）五月，他们打下福清县的海口镇与长乐县的县城。
八月间，他们又打下罗源、连江、永福、闽清四县。鲁王的声势又为之一振。
可悲的是：张国维在江防既破以后，回守东阳，听说鲁王在台州失踪，一时探听不出下落，以为鲁王已被方国安害死，一急就跳水自杀。
钱肃乐呢，在江防未破的一个月以前，便已因为筹饷永筹不到，而且有人说他暗中向唐王通款，对鲁王不忠，气愤不过，解散了所统率的义兵，独自跑去翁洲隐居。江防破以后，他也以为鲁王已死，就漂海到福州，向唐王建议不可采守势，应该北伐，即使打败了也可以退广东。然而，转瞬之间郑芝龙降清，钱肃乐流落在福清县的文石岛与海坛岛，当了和尚。一直到鲁监国二年（顺治四年）六月，才与鲁王又在琅江相遇。
孙嘉绩与熊汝霖二人，也是为了义兵筹不到饷，方国安跋扈，而一直在焦急。他们抽选了最精锐的义兵三千人，交给黄宗羲（梨洲），在潭山渡江北伐，希望打下海宁与海盐一带，与吴淞等处的义兵领袖合作，直捣南京。然则，正当他们等待黄宗羲的捷音之时，贝勒博洛已在鲁监国元年（顺治三年）六月间冲破鲁王的江防，整个浙东的局面崩溃。孙嘉绩走到翁洲，背上生疽，含恨而死，死的时候才四十三岁。熊汝霖跟随鲁王到了福建，不见容于郑彩，在鲁监国三年（顺治五年，1648年）被郑彩派人暗杀。
这一年，清军在长乐、连江打败郑彩。次年，又打败他于罗源。十月间，鲁王的大学士刘中藻，在福安城破之时自杀，鲁王失去了在福建的所有领土，郑彩躲在厦门，消极。
其后，鲁王再回浙江，张名振收复了三门县东南的健跳镇（在当时称为健跳所），迎他去住；又打下黄斌卿所据的翁洲，把鲁王请过去，以翁洲为根据地，开始了鲁王抗清史的新页。
再过一年，到了鲁监国五年（顺治七年，1650年）多尔衮短命而死。这多尔衮能够掳了福王，降了潞王，却始终奈何不了鲁王。