皇太极对付祖大寿的经过，很值得佩服。皇太极与汉族的明朝为敌，他的度量、见识与谋略，均够得上被称为“英主”。
祖大寿的一生，不仅是可歌、可泣，而且是可悲、可悯。他是辽东人，积功升到游击，在熊廷弼的麾下颇有表现。王化贞溃败之时，他带了一部分人走到觉华岛。孙承宗与袁崇焕均很赏识他，叫他负责督造宁远城，他把城造得很坚固。努尔哈赤来攻宁远，被他放炮打走。皇太极再攻宁远之时，他带了四千精兵绕到皇太极的后方，使得皇太极不得不退。
袁崇焕把他提拔为“前锋总兵”，又与他同时回师救援北京。崇祯皇帝中了皇太极的反间计，把袁崇焕逮捕，他气愤不平，同时也很怕自己会遭受同样的命运，就带了自己所统率的一万五千兵离开北京，想冲出山海关，被孙承宗留住。
孙承宗命令他，会同山海总兵马世龙与蓟州总兵杨肇基，从金军手中收复滦州，又收复永平。其后，派他防守锦州，又派他修筑锦州东边四十里的“大凌河城”。
他修筑大凌河城，才筑了一半，皇太极便已亲自率兵来打。天聪五年（崇祯四年，1631年）八月，皇太极到了城边，却不敢立即和他交锋。
皇太极把很多的军队，分布在大凌河城的东、南、西、北四面，每面均设有前锋与主将。
祖大寿被包围得紧紧地。
皇太极而且下了命令，掘一条长壕，一丈宽、一丈深，环绕这大凌河城；壕的外面，再造起一圈高墙；离开高墙五丈之处，又筑一圈五尺宽、七尺五寸深的壕；此外，每个营垒之外，也各造一圈五尺宽、五尺深的壕。
大凌河城与锦州之间的大道，皇太极派炮兵加以切断，阻住锦州的援兵。
九月间，总兵吴襄带了七千人来，被皇太极打走。吴襄又和宋伟带了四万人来，与皇太极在小凌河边对阵。吴襄、宋伟大败，有姜新等二十三个副将被皇太极俘虏。
十月间，皇太极派姜新进城，向祖大寿说降。祖大寿要求皇太极宣誓，决不屠杀将吏兵民。皇太极答应，祖大寿这才率领全体官兵（除了一位副将何可纲以外），对皇太极作（第一次的）投降。何可纲作了牺牲品，被杀。
皇太极不但在祖大寿出降以前，亲自按照祖大寿所写的誓文对天宣誓，而且在祖大寿降了以后和他谈了很久，把自己用的狐皮帽子、貂皮袍子、金玲珑皮腰带、白马、雕鞍，都赏赐给他。
第二天，皇太极派阿巴泰带四千兵，化装为明军，跟随祖大寿混进锦州。不凑巧，这一天大雾，阿巴泰和四千兵无法前进。
祖大寿请皇太极派他和二十几个随员，轻装简从先去锦州作内应，皇太极相信了他，准他去。
他一到锦州，就又把锦州死守起来。皇太极奈何他不得。金国朝廷中的大臣都笑皇太极上了一个大当。皇太极写了几封信给祖大寿，祖大寿一概不复。
崇祯皇帝召祖大寿回北京去谈谈，三次，祖大寿皆托故推辞，不敢去。袁崇焕被捕的情形，给他的印象太深。然而他虽不敢回京，却仍旧效忠崇祯，一如往昔。
三年以后，天聪八年（1634年），皇太极命令阿山、谭泰、图尔格等人一次一次地攻打锦州，均无结果。
次年，皇太极叫多铎率领大军，再试一次。祖大寿派副将刘应选、穆禄、吴三桂等，出城迎战。多铎自称打了胜仗，杀了明军五百人左右，但不曾拿下锦州。事实上，清军的死伤可能几倍于五百人之数。
皇太极见硬打不能奏效，便换了一个方法。他在崇德元年（1636年）把天聪五年所已经仿照明朝的制度而设立的六部与这一年所加设的都察院，全用祖大寿的旧部为汉人“承政”（尚书）。这些旧部，是降了以后未曾随他去锦州的祖泽洪（吏部）、韩大勋（户部）、姜新（礼部）、祖泽润（兵部）、李云（刑部）、裴国珍（工部）、祖可法与张存仁（都察院）。其中祖泽洪是大寿的亲生子，泽润是大寿的过房侄儿，而可法是大寿的养子。
祖大寿做出似乎不知道皇太极用心很苦的样子，毫无反应。
又过了一年多，皇太极假定祖大寿身在明军、心归清室，写了一封敕书给他，叫他贡献进攻朝鲜的方略。祖大寿的反应，又是一个不理。
崇德三年（崇祯十一年，1638年）的冬天，皇太极派遣多尔衮与岳托进入长城，自己带了大军，御驾亲征，来打锦州。在“中后所”刚一接触，前锋便被祖大寿杀得大败。等到皇太极赶来，祖大寿就收兵进了中后所的城堡，闭城死守。
皇太极托人告诉祖大寿：“自从在大凌河城相别，已经有了六七年。我这一次不辞辛苦而来，也无非是想和你见见面而已。你忠心于明朝，我绝不介意；你是明朝的将军，本该与我为敌。但是，我的大臣都说我无知人之明，说我在大凌河城错放了你。你现在和我见见面，让我有个交代，不是什么难事。如果怕明朝的人怀疑，不妨叫几个人陪你，在城外的大路上和我相见。”
祖大寿依然不理。皇太极只好班师。
次年，崇德四年（崇祯十二年，1639年），皇太极再来进攻，祖大寿守住宁远。皇太极又无功而退。再过一年，皇太极命令济尔哈朗与多铎在义州屯田，作长久对垒之计。他自己亲来视察，于攻下两个碉堡，割掉一片麦子以后，三度班师。这时候祖大寿已经改守锦州。皇太极把多尔衮、济尔哈朗等留下，叫他们对锦州轮流进攻。
到了崇德六年（崇祯十四年，1641年）三月，济尔哈朗把锦州围了，用的是当年围困大凌河城的老办法。
在围城的清军之中，有蒙古兵；在守城的明军之中，也有蒙古兵。守城的蒙古兵向围城的蒙古兵说：“我们积了两三年的粮食，你们围不死我们。”围城的蒙古兵说：“你们有两三年的粮食，也不过能守两三年而已。我们围上四五年也不会罢休，到那时候你们吃什么？”守城的蒙古兵听了，开始心慌。
清军的一个蒙古贝勒诺木齐，利用这个机会，派人向守城的蒙古兵劝降，守城的蒙古兵答应，并且定了日期里应外合。
到了那一天，他们真里应外合起来，祖大寿闻讯，赶忙前来制止，守城的蒙古兵已经用绳子把围城的蒙古兵系上来了。祖大寿敌不过两边蒙古兵的夹攻，退到锦州城里面的“子城”，在“子城”守了很久。不久，蒙古兵退了，锦州安然无恙。
清军继续围困他，把他一直围到崇德七年（崇祯十五年，1642年）三月，洪承畴被捉于松山以后。洪承畴是在二月间被捉的。同时被捉的有祖大寿的弟弟祖大乐、祖大名、祖大成。皇太极命令清军，把祖大乐叫去盛京（沈阳），把祖大名、祖大成送去锦州，劝祖大寿投降。
祖大寿说：“我要知道祖大乐尚在人间，才肯降。”皇太极便把祖大乐也放了，送到锦州。祖大寿要求：皇太极再宣誓一次。济尔哈朗说：“锦州早晚可以破，还宣什么誓！”
崇德七年三月初十日，祖大寿出城，对皇太极作第二次投降。他被解到盛京，见皇太极。皇太极说：“我对人说过，决不杀你。过去的事已经过去，以后你能尽心替我办事就好。”