努尔哈赤吓走了王化贞及其在广宁的十几万明兵与山海关外的几百万汉族人民，却并无可以抽调的女真兵与可以移居的女真人民，来填满这一大片新获得的土地。
明朝政府在逮捕了熊廷弼与王化贞以后，先派了一个王在晋当经略，其后改派了孙承宗。孙承宗接受宁前道袁崇焕的建议，在山海关东边二百里建筑一个城，叫做宁远城（当地原为宁远卫的所在）。这宁远城筑得十分坚固，成为山海关外的一个重镇。
宁远城筑好之时，孙承宗把练兵与屯田的工作也办得有了头绪，便继续向东推进，步步为营，一直推进到大凌河边。倘从山海关算起，前后足足拓展了四百里的地方。他所修筑的，共有九个大城，四十五个小堡。他所练好的兵，共有十一万人，又立了十二个车营、五个水营、两个火营、八个前锋后劲营，储备了甲胄、弓矢、炮石及各种刀矛盾牌之类一共几百万件，屯垦了军粮田五十万亩。
然而，魏忠贤容不了他。终于在熹宗天启五年（天命十年，1625年）十月间把他挤了，用一个姓高名第的来接他的事。
孙承宗走了两个月，努尔哈赤便率兵来攻宁远。这一次，努尔哈赤的估计颇有错误。当年熊廷弼第一次卸任，接事的袁应泰比不上熊廷弼，所以努尔哈赤能够不费什么力气就取了沈阳，收了辽阳。现在，孙承宗卸任，接事的高第也比不上孙承宗，然而有一个极能干的袁崇焕守着宁远。
天启六年（天命十一年，1626年）正月二十三，努尔哈赤的大军开抵宁远城下。袁崇焕摆好了“红夷大炮”，一炮就打死几百个女真兵，而且来一批便打一批，毫不客气。努尔哈赤的兵究竟死了多少，清朝的官方文书不敢留下记载。有人说，努尔哈赤本人也受了伤。
这是努尔哈赤生平第一次遭受挫败。事后，他气了好多天。四月间，他转向去打喀尔喀，借此散散心。七月间，他得病。八月十一日，他去世，享寿六十有八。