黄兴回到武昌之后，黎元洪召集会议。李廉方说：“黄于此时悲愤万分，有话亦难言之，惟自承放弃汉阳，深以为愧，当往沪与同志谋攻下南京，为武昌声援耳。其时发言者多，皆主张武昌宜固守，并谓地势亦可固守，黄惟默然无语。且其防御汉阳之任务，业因汉阳失守而不存在，留鄂无益，故次日即乘轮去。”
张难先说：“十月初七日……正午，都督召开紧急会议，到者约六百余人……（黄）总司令起而言曰：‘此次汉阳之役，非军队不多，非阵地不固，非弹药、粮秣不充足。其致败原因：第一，官长不用命；第二，军队无教育；第三，缺乏机关枪。……汉阳失，武昌不易保守。鄙人愚见，只有放弃武昌，以其兵往援南京。若得南京，然后组织北伐精锐军队，再图恢复可也。’”
“黄言毕，都督起立赞成。孙武和之。张振武、李翊东、甘绩熙等闻放弃武昌之言，群抗声曰：‘头可断，武昌不可弃。’振武并以手枪示大众曰：‘有再言弃武昌者，当以此饷之。’全体掌声如雷。谭人凤复起立反对，全场哗然。……（范）腾霄曰：‘……武昌如人之首脑，苟有摇动，必致影响全国。再则围攻南京之（革命军苏浙）联军，十倍于张勋守城之军队，想不日可下，无须吾辈参加。且淞沪皖赣合援鄂军，出发在途。人方援我，而我先自弃之……武昌断不可弃。……’（范腾霄）言至此，（出席者）咸举手高呼曰：‘赞成范君主张。’遂决意守武昌。黄兴见反对者众，遂辞都督（向都督告辞），约李书城、田桐等同赴上海。”
甘绩熙在《阳夏鏖兵实录》里说：“某夜，都督府会议，黄克强倡议弃武昌，都督及孙武等均赞成。军务部副部长张君振武竭力反对之。谓‘吾头可断，武昌绝不可弃。’同会人多数和之，事遂寝。予正卧病，闻言怒曰：‘有言弃武昌者，予当以手枪对待之。’及闻事不行，始大慰。而黄克强与李书城等遂连夜赴南京。而南京适于斯时光复也。”
居正在《辛亥札记》里说：“克强退回武昌，鄂军中颇愤湘军擅退，因之不满克强，遂邀集一会议，请克强报告汉阳失守经过。克强自九月初七日到武汉，迄十月初六（初七）日失汉阳，寝不遑席，食不甘味，弥月劳顿，精神甚疲，兼以新败之余，自无多话可说。乃表示退让，云将返沪转粤，再图北伐。同志多表示慰留，而少数不满于克强者，亦知克强必去，默不作声。克强竟去矣。”
万奇（耀煌）告诉笔者：“黄兴并不曾坚持放弃武昌，仅仅表示了他本人愿意辞去战时总司令官之职，退位让贤，以便乘轮东下，参加光复南京的工作。”
事实上，真正想放弃武昌的，可能是孙武与黎元洪。孙武主张把武昌藩库的银子搬运出城，被大家反对，作罢。黎元洪其后在十月初九日（11月29日），一听到有清军炮弹落在都督府，便颇想依从左右小人的建议，移到武昌之东数十英里的“葛店”去办公。甘绩熙怕他这一走，影响民心、军心，特地来到都督府陪他，昼夜不离（夜间也睡在都督府）。这样，总算把他留下，留到了十月十一日（12月1日）的早晨，都督府又中了几颗炮弹，打死了两个工友。两个工友既死，虽甘绩熙也终于留黎元洪不住了，而且也不敢再留他，因为万一黎元洪被炮弹打死，全军与整个军政府失了首领，影响革命前途太大。
黎元洪匆忙乘了轿子离开武昌，向葛店方向走去。
留在武昌主持防务的是蒋翊武。黄兴辞职以后，黎元洪任命万廷献为“代理战时总司令官”，万廷献不就（他当过南京陆军中学的总办）。于是，便任命了蒋翊武为“护理战时总司令”，设总司令部于洪山宝通寺。都督府参谋部部长杨开甲辞职，副部长杨玺章阵亡，黎元洪任命了吴兆麟为参谋部部长，姚金镛为副部长。此外，孙武、张振武、刘公（仲文）都留在武昌。
十月初九，晚间九点钟，蒋翊武下令各部队，对他们分别指定防区：
第一协，协统蒋肇鉴，右翼与第四协联络，左翼至吉祥宾馆附近。
第二协（欠两营），协统何锡藩，防御武昌城。
第三协，协统窦秉钧，防御凤凰山经青山至两望北端一带。
第四协，协统张廷辅，防御右翼，与工程营连络。
第五协，协统熊秉坤，防御两望至砖瓦厂一带。
第六协，协统杨载雄，防御左翼，至大堤口附近，与第五协联络。
第七协（欠第十四标），协统邓玉麟，防御武昌城沿江一带，与第六协连络。第十四标，标统黄申芗，防御东湖及沙子岭附近，并向东搜索。
第八协，协统罗洪升，防御金口附近，与第一协联络。马队第一标，标统王祥发，在宝通寺集合候命。马队第二标，标统刘国佐，在鲇鱼套集合候命。
工程第一营，管带李占魁，防御鲇鱼套。工程第二营，管带杨金龙，防御造纸厂附近，与第七协连络。
其余各部队为总队预备队，在洪山南麓候命。