武昌革命同志捧出黎元洪当都督，在安定当地民心、收用军事干部与号召各省响应这三方面，的确获得便利。不过，黎究竟不是革命分子，其后向袁世凯投靠，摧残革命势力，屠杀革命同志，破坏二次革命，依违于北洋军阀段祺瑞、冯国璋之间，使得民国的法治基础根本动摇。因此之故，就远处大处而言，蔡济民等先烈的捧黎之举，不可谓非失计。
武昌革命同志建立政府之初，不曾十分注意到中央与省的区分。开始，便把所谓“鄂军都督”视作中华民国军政府之首领。虽则在八月二十日黎元洪尚在犹疑之时，他们设有“谋略处”以处理军政大事，而且又在汉口设了“军政分府”作为防备黎元洪叛变的一种措施。但是一到了黎元洪肯剪辫子，这谋略处便在事实上被取消，代之以规模庞大的“都督府”。军政府徒留一个空名，其中既无元首，亦无职员。于是鄂军都督，成为革命阵营之中唯一可以发号施令的领袖。
革命同志们在八月二十一日（10月12日）午后六时，议决在军政府设参谋部、军务部、政事部；以清军第八镇第二十九标标统张景良为参谋部部长，以第八镇第三十标标统杨开甲与吴兆麟为副部长，以孙武为军务部部长，蔡绍忠（大辅）、张振武为副部长，以湖北咨议局局长（君主立宪派分子）汤化龙为政事部部长，下设内务、财政、编制、文书、交通、外交、司法等七局，分别以舒祀鉴等为局长。（孙武因养伤不曾到职，汤化龙因不愿出面革命而不肯就职。）
八月二十六日（10月17日），都督府的组织条例被公布，黎元洪以都督身份兼司令部总长，高高在上，原来隶属于军政府的各部划归都督府，增加了一个司令部，设总长一人，由黎元洪自兼。
参谋部——部长张景良，副部长杨开甲、吴兆麟。
司令部——兼总长黎元洪。
军务部——部长孙武，副部长蔡绍忠、张振武。
政事部——部长汤化龙（未就），副部长张知本。（下设七局。）
这条例共分六章二十四条，是居正的手笔。居正在八月二十三日到达汉口武昌，于仓猝之间写成了它。其中的疏漏之处有二：（一）“司令部”在第一条称为“军令部”，在第七条、第八条、第九条称为“司令部”；（二）条例是“中华民国军政府条例”，而第一章便是“都督府”，写到第六章第二十三条，对“军政府”依然一字未提。第二十三条规定这“中华民国军政府”的条例，于“都督核准之日”公布施行。
在八月二十六日以后，所谓中华民国军政府在事实上只是一个鄂军都督府，设在咨议局的原址。
都督府之下的各单位，以军务部为最重要，设在其后的高等法院之处。主持人是副部长张振武。另一副部长蔡绍忠不甚问事。孙武名为部长，到了九月上旬才到部视事，部务仍在张振武掌握之中。张振武是罗田人，寄籍竹山，在省立师范学堂读过书，受业于时象晋，其后留学日本，参加“大森体育会”，学习军事，经刘彦介绍而入同盟会，回到湖北，企图策应徐锡麟，未成，又去了日本一次。再其后，回湖北，在武昌当小学教员，于辛亥年春夏之交加入了共进会。他在军务部副部长任内勇于负责，而不免于专断，美中不足。
政事部由于部长汤化龙不肯就职，而始终不曾完成机构，招牌挂在南楼前长街中路小学堂。政事部之下的外交局，原以黄中恺为局长，于胡瑛出狱以后，升局为部，以胡瑛为部长，王正廷为副部长。不久，财政局也升格为部，以原任局长胡瑞霖为部长，陶德琨为副部长。胡与陶不能合作，胡辞，陶调任造币厂厂长，部长由李作栋继任，副部长由潘耀裕继任。再其后，内务、交通、司法、实业、教育都升格为部，分别以冯开浚、熊继贞、张知本、李四光、苏成章为部长，周之瀚、傅立相、彭汉遣、牟鸿勋、查光佛为副部长。最后，内务部冯开浚与周之瀚的职务，改由杨时杰与周汝翼担任。教育部苏成章与查光佛的职务，改由姚晋圻与赵俨葳担任。这已经是九月下旬到十月上旬的事了。
以一个都督府而设立七个部，等于是一个中央政府。都督虽则是鄂军一军、湖北一省的都督，而俨然成为中央政府的元首。如此情形，在起义之初，为了对外国人交涉与号召各省响应，原有相当必要。到了各省既已响应，代表们筹设临时政府于南京之时，如此庞大的鄂军都督府便不得不缩小，而退为一军、一省的机构了。
居正恬淡为怀，不肯在军政府或都督府之中担任一官半职。蒋翊武回到武昌，也仅仅挂了军务部一个副部长的虚衔。到了汉阳失守以后，才出任“护理总司令”，肩挑起死守武昌之责。刘公（仲文）出钱最多，而且是事前被推定的都督，只当了一个“总监察”而已。所谓“总监察”，可说是民国历史上最早的一个“监察院院长”，不隶属于都督府。刘公当了总监察不久，转任“北伐司令”，去了襄阳。
都督府的最急迫的任务，是固守武汉三镇，光复湖北全省，号召各省响应，分兵北伐，统一中国。然而，清军大举南下，连陷汉口、汉阳。幸亏始则有黄兴赶来，使得汉口、汉阳的战事，不致迅即结束；继则有蒋翊武不辞艰难，苦撑危局；否则，武昌入了清军之手，彭、刘、杨等烈士的鲜血等于白流。