同盟会在香港设有分会，负责港粤澳等处的活动。筹备人是冯自由与李自重，于乙巳年（1905年）八月初十奉孙中山委派，由日本启程南来。第一任的会长是陈少白。会员以兴中会的老同志为基干，但皆须重行宣誓加盟。陈少白本人及邓荫南、李纪堂、郑贯一、史古愚等等，都办了如此手续。新会员则重质不重量，一时吸收了不多，包括陈树人、温少雄等若干位。
丙午年（1906年）八月，分会改组，冯自由被推为第二任会长。孙中山在丁未年先后加派了胡汉民与汪兆铭（精卫）二人驻港协助。分会的工作，除了党务以外兼管军事。黄冈之役与七女湖之役，以及刘思复谋刺李准与萱野长知购械运粤，也都是分会所策动主持的。
刘思复是香山县人，于乙巳年七月十三日加入同盟会，在丁未年（1907年）三月间奉香港分会之命，负责炸李准，由张谷山、张树枬、朱执信协助进行，住在凤翔书院，于五月初一因配置炸药失慎，自己炸伤被捕，先在医院治好，然后押解香山监狱，到了己酉年（1909年）才被释放。萱野长知购械运粤，在丁未年九月。孙中山于五月间交了一万元给萱野回日本，以这款子作为定钱，赊买得大批军火，租了日本轮船幸运丸运到汕尾；这轮船不曾按照规定于约定的日期在夜间进港，而在白天徘徊了很久；负责接收的许雪秋也不曾准备好船只到时候来接收；结果，幸运丸的船长看见清廷兵舰开来，便离了汕尾，把幸运丸开到香港，清吏通过香港当局使得日本领事叫幸运丸离开香港回日本。孙中山损失了这一万元，萱野在精神上与物质上也受了不少损失，许雪秋很受同志们的责备，而七女湖之役与其后的防城之役均间接因此而归于失败。
由香港分会所策动与支援的黄冈之役与七女湖之役虽则失败，党务却一经发展而并未因两地革命军之解散而中断。分会先已派出了“代理主盟人”分赴各方，吸收同志，成立了若干“通讯处”：
汕头——至安街铁路公司。
归善——水东街广荣号。
广州——总督衙门前张大夫第。
兴宁——兴民学堂。
连州——三江墟两等小学。
浔州——大黄江埠广亨号。
柳州——弓箭街富贵陞旅馆。
梧州——大南门外文明阁。
近如澳门，远如福州，也有刘樾杭、黄乃裳等同志分别前往负责。海军内部，也有姚雨平、张谷山等积极活动。
结果，在丁未及戊申两年（1907、1908年），香港及各地的新会员人数直线上升，突破了一千大关。其中大有表现于其后的几年，为海内外所知名的，不胜枚举，包括谭馥、葛谦、严国丰。谭、葛、严都是湖南人，他们在邹鲁的策动之下于戊申年冬天准备乘着光绪与慈禧相继去世，清吏惊惶的时机，以广州的巡防营起义。葛到香港来报告，冯自由替他打电报给孙中山请示，要求接济，同时邀约黄兴与谭人凤来香港，以便于起义以后统军作战。不幸，孙中山的回电还不曾到，消息已经走漏，葛、严二人在十一月十四日夜被捕，二十三日就义，谭于次年某月在柳州被捕，被押解到广州，就义。
香港分会在己酉年（1909年）二月更进一步扩充，把办事处从中国日报社社长室搬到德辅道先施公司对面，对外称为“民生书报社”，作为半公开地宣传革命、吸收同志的机关。到了冬天，“民生”二字改为“少年”，搬到德辅道捷发号四楼。高剑父等同志在广州也设了一个书报社。倪映典一人，会同巴泽宪、黄洪昆、方紫袡等等，又在广州分别设立了很多个机关：例如，豪贤街天官里寄园巷五号、雅荷塘六十七号、本排头宜安里、清水濠、余庆坊、白云山濂泉寺。这时候，倪映典已经奉了同盟会南方支部之命，积极策动广州新军的反正。
同盟会南方支部是在己酉年（宣统元年）九月，经由香港分会的同志们向孙中山建议而设立的，原因是为了分会所吸收的同志人数极多，除了丁未、戊申年入盟的一千多人以外，又已增加了两千多人，其中的大多数是新军的下级军官与士兵，分会本身忙于党务，军事工作必须另设一个机构来负责。大家公推胡汉民为这个“南方支部”的支部长，汪兆铭为书记，林直勉为会计。南方支部的办事处，设在香港黄泥涌。