科学补习所主干，是受过吴禄贞熏陶的一批革命青年，也是朱和中、胡秉柯等人出国以前常常在一起的好朋友。吴禄贞在甲辰年（1904年）春天被清廷调往北京，担任骑兵监督。他在武昌的寓所，也不再是变相的革命机关。革命青年之一的李步青（廉方）不久又被端方“驱逐出境”。于是李在花园山孙家花园的寓所，也不能供他们集会聚谈。他们就在多宝寺街租了一所房子，挂起“科学补习所”的招牌，同时一本正经地自己组织成一个革命团体，于五月初正式成立，公举吕大森为领袖，称为科学补习所所长，胡瑛为总干事，曹亚伯为宣传干事，时功璧为财政干事，宋教仁为文书干事，康建唐为庶务干事。
所务的发展很快。黄兴在六月间由日回湘途中，经过武昌，也到了所里讲演一次，和大家约好：他在湘南发难，大家在湖北响应。七月间，所址迁到魏家巷一座更大的房子，同时积极筹备十月初十的军事行动：由吕大森与康建唐负责联络施南县方面的会党，何季达联络荆门、宜昌一带的会党，刘敬庵策动马队，张难先策动工程营，胡瑛、王汉到湖口，起运黄兴所买来的械弹，曹亚伯到长沙与黄兴就地联络。除此以外，他们而且也秘密印好了三十万“军用票”纸币，准备在起事以后供应湖北、湖南两省的开销。
黄兴的追随者在九月中旬被捕于湘潭之时，宋教仁刚好包了木船到长沙，领取械弹运往常德（因为他已被指定为常德一路的负责人）。曹亚伯把消息告诉他，帮他筹了一些钱，脱险。他随后就经由武昌，到了日本。
科学补习所于九月二十日被查封，全所的人员先期逃避一空，只捉去房东一人。房东供出：来租房子的是一个学生，姓欧阳，名瑞骅。张之洞大事化小，把房东放了，开除欧阳瑞骅与宋教仁两人在文普通学堂的学籍，了事。
科学补习所的两个同志胡瑛与王汉，在这一年十一月图谋行刺户部侍郎铁良于汉口大智门车站，未成，追到河南彰德，王汉开了一枪，未中，事后跳井自杀，胡瑛逃往日本。
刘敬庵于科学补习所被封以后，在武昌圣公会担任“日知会”的司理。“日知会”原为圣公会所设的一个公共阅览室，每天来看书报的人很多，刘敬庵乘此机会又向这些人宣传革命。科学补习所的旧友，到“日知会”来看他的，也不少。这样，经过了不到三个月的筹备，新的革命团体又在丙午年（1906年）正月成立了起来，对外自称为“日知会”。那已经是同盟会成立了以后的事了。