冯自由原名懋龙，是横滨兴中会最初的会员之一，在乙未年（1895年）随同他的父亲冯镜如与叔父冯紫珊入会。其后，冯镜如于庚子年去上海，担任康、梁的广智书局经理；冯紫珊在戊戌、己亥以后作了康、梁的保皇会横滨分会会长，兼《新民丛报》经理，“康、梁倚为长城”。冯自由先后在横滨大同学校与东京高等大同学校读书，于庚子年四五月间因代理校长麦孟华遵照康有为意旨，不许学生再提“自由”二字，愤而更改自己的原名，把“懋龙”改为“自由”。在此以前与在此以后，他一直是忠实于孙中山，不同于他的父亲和叔父。原因是，他入会之时年纪极小，只有十四岁，天真纯洁，因此而无条件地崇拜孙中山。
他在改了名字以后，便和同学郑贯一、冯斯栾创办《开智录》，专讲自由平等，与变质了的《清议报》对垒。次年，他进入早稻田大学读书，和冯斯栾、李自重及王宠惠等人组织“广东独立协会”；又和王宠惠、戢翼翚、秦力山等人发刊《国民日日报》。壬寅年（1902年），他和秦力山与章炳麟发起“支那亡国纪念会”；又和叶澜、秦毓鎏、周宏业、张继、程家柽等人组织“青年会”。参加的有汪荣宝、蒋方震（百里）、金邦平、苏子穀（曼殊）等数十人。这个青年会并不是基督教的青年会，而是“以民族主义为宗旨，以破坏主义为目的”的一种半秘密的革命组织。这时候，孙中山住在东京，冯自由经常到孙中山寓所请示一切。
在“青年会”的策动之下，留日学生在癸卯年（1903年）春天有了“拒俄义勇队”的组织，以抗议俄国之一再不肯从东北撤兵。这个“拒俄义勇队”产生于神田锦辉馆的一次留日学生大会，到会的在五百人以上，签名为队员的人也不少，公举蓝天蔚为队长，钮永建与汤槱（尔和）为回国请愿代表，向袁世凯请求编入他的部队，出关抗俄。结果，这两人见不到袁世凯而几乎被捕，而且义勇队本身也被日本政府解散。
队员之中的激烈分子，以叶澜、秦毓鎏、董鸿祎、程家柽等为首，不甘心他们的义勇队被解散，另行组织了军国民教育会，决定了三种方法，分头进行：一、鼓吹；二、起义；三、暗杀。军国民教育会对于吸收会员，绝对严格，行动也完全秘密：“开会无定期，会场无定所”。会员的人数不多，而组织始终存在，活动从未中断，一直维持到乙巳年（1905年）六月底，同盟会成立之时，全体同志参加了同盟会。
被“军国民教育会”推派回国，到各省去从事“运动”的，叫做“运动员”（亦称“实行员”）。黄兴与陈天华便是被派往湖南的两位“运动员”。