明朝末年，由于农民军的崛起和清政权的权术，终于失去了北京和黄河以北的广大地区，倘使当时南京政权的领导者能够统一意志，坚决抗拒南下的清军，还是可以成功的，但是当时的中枢，正在作无穷无尽的内部斗争。
南京政权的人事，在这年秋后经过一些新的安排，姜曰广、高弘图、徐石麒走了，史可法久已出外了，刘宗周走了，黄道周也准备走了，连带陈子龙也走了，但是政局并没有出现安定的局面。东南一隅，要应付北下的清政权和西来的大顺政权实在是不可能的。财政方面，军事方面，内政方面，处处呈现了一派左支右绌的情况，最干练的政治家，在这个情况下，都会感到不易应付，何况马士英这样的人物，他理解的只是如何拉拢，如何搪塞，并没有公忠体国的精神、大开大阖的气魄，这就必然会把当时的政局引导到一个无法挽回的局面。
最困难的是财政方面。九月间御史沈宸荃上言：
皇上御极以来，寇敌之情形又日变，臣工之泄沓则犹昔，使非皇上痛心愤志，切齿于君亲之大恨，深图于社稷之远猷，早期晏罢，尝胆卧薪，与当事臣邻，刻刻经度，麦饭不得洒于山陵，何以锦衣玉食；臣庶半沦于腥秽，何以秘殿深宫？况屡挫之余，余志未定，献据荆襄，胡趋东省，战则未可遽言，守则宜居重江陵，扼险夷陵，为第一重藩篱。更不获已，则仿宋之南渡，自襄樊蕲黄，楚宿山阳为第二重门户，庶乎南都稍可以安枕矣。郡县各练乡勇，宜以实饷，而饷又难言之。岁入六百余万，淮徐四镇及督师至二百四十万。楚一藩、四镇、二督、二抚；江一督、二抚、二镇。京营、浦口、京口各镇岁饷，又岂下于淮徐哉？即神运鬼输，亦未能足。高皇帝得金陵，康茂才充营田使，今屯政宜酌举也。以利之所入，减饷之所出，若东豫抚按，亦多请饷，唯与诸臣参酌。其服御仪文，可止、可减、可缓，则以上之节俭倡也。
问题是提出了，但是解决的办法，却提得很不具体。同时工科给事中李清也说：
今秦、晋属顺，燕、代属清，兖、豫已为瓯脱，闽、粤解京无几，徽、宁力殚于安庆、芜湖二抚，常镇用竭于京口二镇，养兵上供者仅苏松、江浙。且昔以天下供天下而犹且不足，今以一隅供天下而独有余乎？营建仪器，事事增出，其何支也？
财政的竭蹶如此，经济的崩溃，是可以想见的。地区缩小了，但是官吏并没有减少，军队并没有缩编。不仅如此，由于清政权和大顺政权的威胁，军队更在扩编，人民已经无法再挑起这样的重担。财政的措施，甚至对于和尚、妓女都得每人捐出白银二两，实在已经到了非常危险的地步。
史可法以督师大学士的身份出镇扬州，对于国家的兴亡，确实感到自己的重任，但是四镇也实在不易驾驭。高杰是一名干将，可是黄得功也是干将，他们为了夺取扬州，准备随时进行火并，怎样进行调护，就费了史可法大部的精力。督师大学士的责任，仅仅在于调护将士中间的矛盾吗？可法不是不知道，但是他不能不这样做，实际上也只能做得这一点，那还怎样能完成抵御李自成的东进和收复北方的土地呢？可法不是不知道，但是他竟无法完成自己的任务。
八月间，清政权的摄政王多尔衮就曾去信史可法，他说到清军——
……入京之日，首崇怀宗帝后谥号，卜葬山陵，悉如典礼。亲、郡王、将军以下，一仍故封，不加改削。勋戚文武诸臣，咸在朝列，恩礼有加，耕市不惊，秋毫无扰。方拟秋高气爽，遣将西征，传檄江南，联兵河朔，陈师鞠旅，戮力同心，报乃君国之仇，彰我朝廷之德。岂意南州诸君子，苟安旦夕，弗审事机，聊慕虚名，顿忘实害，予甚惑之。国家之抚定燕都，乃得之于闯贼，非取之于明朝也。贼毁明朝之庙主，辱及先人，我国家不惮征缮之劳，悉索敝赋，代为雪耻，孝子仁人当如何感恩图报？兹乃乘逆寇稽诛，王师暂息，遂欲雄踞江南，坐享渔人之利，揆诸情理，岂可谓平？将以为天堑不能飞渡，投鞭不足断流耶？……予将简西行之锐，转旆东征，且拟释彼重诛，命为前导。夫以中华全力，受制潢池，而欲以江左一隅，兼支大国，胜负之数，无待蓍龟矣……
这里有掩饰，有捏造，有虚诳，有威胁。多尔衮虽然不会自己动笔，但是捉刀代笔的人确实把他那样的惫懒形态完全描绘出来。
可法在覆书里，说及——
……本朝传世十六，正统相承，自治冠带之族，继绝存亡，仁风遐被。贵国昔在先朝，夙膺封号，后以小人遘衅，致启兵端，先帝深痛疾之，旋加诛戮，此殿下之所知也。今痛心本朝之难，驱除乱逆，可谓大义复著于《春秋》矣。若乘我国运中微，一旦视同割据，转欲移师东下，而以前导命元凶，义利兼收，恩仇倏忽，奖乱贼而长寇雠，此不惟孤本朝借力复仇之心，亦甚违殿下仗义扶危之初志矣……
可法对于多尔衮并没有低首屈服，可是也并没有报以恶声，这里当然有个实力的问题。在这个三角斗争中，南京政权是一个最弱者，不但兵力不够，经济力不够，而且内部的矛盾正在不断地激化，时时有爆发内战的可能，这就迫使可法无法做出有力的反击。
十一月，可法看到左懋第北行的失败以后，对弘光帝疏称：
痛自三月以来至于今日，陵庙荒芜，山河鼎沸，大仇数月，一兵未加。近见虏示，公然以逆加我，辱我使臣，蹂我近地，是和议固断断难成也。一旦寇为虏并，必合力南侵；即寇势尚强，虏必转与寇合。宗社之安危决于此日，先帝以千古未有之变，恭皇帝亦千古未有之仇。庶民之家父兄被杀，尚思穴胸断脰，得而甘心，朝廷之上，顾可以漠置之耶？以臣仰观圣德，俯察人情，似有初而鲜终，改德而见怨。虏强而我弱，虏众而吾寡，虏假行仁义而吾渐失人心，窃恐恢复之无期，而偏安之未可保也。不急之工役，可已之烦费，一切报罢；朝夕之宴饮，左右之献谀，一切谢绝。即事关大礼，万不容废，亦从俭约。盖寇一日不灭，虏一日不归，即有宫室，岂能宴处？即有锦衣玉食，岂能安享？此时一切举动，皆一时人心向背之所关，敌国窥伺之所系也。必皇上念念刻刻愤先帝之大仇，振举朝之精神，庶人心可救而天心可回耳。
史可法给多尔衮的覆书，《清实录》以为“语多不屈”，近代有人认为是刻意求和。其实都不一定符合可法的原意。可法对于李自成始终认为是不可调和的，但是对于清政权，也没有丝毫的幻想。他希望的是在取得清政权的默认下，彻底打垮李自成的农民军，待得自己的兵力充实以后，再和清政权作战，夺回北方。当然，这是幻想。清政权是野心勃勃的，决不会坐待南京政权的壮大，而按照南京政府的实力，也谈不上两面作战。
其后可法看到马绍愉、陈洪范因和议不成，出京南下，他看清时局的艰难，再行具奏说：
北使已旋，和议无成，向全力御寇而不足，今复分以御虏矣。唐宋门户之祸，与国终始，意气相激，化成恩仇。有心之士，□□□□，而无识之人，转以为快。孰有甚于戕我君父，覆我邦家者？不此之仇而修睚眦之微，真不知类矣。此臣之所以痛心而望于庙堂也。先帝待诸镇何等深厚？今日之计，和不成唯有战，战非诸将之事而谁事也？阃外视庙堂，庙堂视皇上，尤望深思痛愤，无然泄沓。古人有言，不本人情，何由恢复？今之人情，大可见矣。
从可法的立场看，南京政权和李自成是没有调和的余地。从可法的思想认识，我们看到这一点。从另外一点看，南京政权和清政权也没有调和的余地。南京政权的实力始终不能统一起来。从当时的建置看，川、滇、黔、粤，依然在南京政权直辖之下，但是太远了。古人说过：“虽鞭之长，不及马腹。”南京政权的鞭影固然没有达到那些地方，其实即如湘、鄂、赣、闽，南京政权的马鞭，也还不能达到。势力所及只有现今的苏、浙、皖、沪三省一市。即在此区区的东南地区，还有四镇，还有其他大大小小的势力。
清政权在巩固了北京之后继续南下了。吴三桂的降清可能只是被时势逼成的。在李自成的部队逼近山海关的时候，由于政治立场和阶级立场的关系，他不可能和李自成接近；同时由于兵力的悬殊，他也不敢贸然和李自成决战，这就促成了他向关外的乞援，这是唐人借兵回纥的老路，吴三桂从这一条路走下去，在他当时很可能没有看到这一步是走错了。
在多尔衮的支持下，吴三桂胜利了，李自成退到北京，没有做出必要的抵抗，随即向山西、陕西撤退。当然，从今天看，这完全是可以理解的。项羽破咸阳、烧毁秦宫室，心怀思欲东归，他说：“富贵不归故乡，如衣绣夜行，谁知之者？”其实这只是一句解嘲之词。他看到关中人民的敌对情绪和刘邦负嵎的形势，他不得不回到楚地，争取根据地群众的有力支援。
李自成回关中了，吴三桂当然要夺取北京。可是他的实力正在和李自成断后部队作战，一时拉不动，同时又有山海关外土地，原有一半给吴三桂、一半仍给土著人民的定议。一边有了大棒，一边又有胡萝卜。吴三桂只有奉清政权之命继续追赶李自成，更没有逗留北京的余地。他继续西进，更没有和南京政权接触的机会。从这些地方，我们可以看到清代开国之初，在作战计划方面，是有自己的见解的。
南京政权是不甘心退到黄河以南的。黄河在皖北夺取淮水河道以后，从河漕到江边，只剩得现在皖中和苏中地区，这是当时的南京政权所不能满足的。四镇初立，刘泽清经理山东一路，高杰经理开归一路，刘良佐经理陈一路，黄得功经理光固一路。当时虽然没有远大的眼光，但是还不至于准备以黄河为界。这是自然形势和历史形势所造成的。不幸的是四镇的人才不但不是明初的徐达、常遇春、蓝玉、冯胜，甚至也不是南宋的张俊、刘光世、韩世忠、岳飞。这是弘光帝失败的一个因素，当然这还不是主要的。
主要的因素是南方阶级形势的大波动。明代的出现，虽然是由于被压迫被奴役的人民造反，但是在领导造反的获得政权以后，他们对于人民只是加强压迫、加强奴役、加强统治。明代中期以后，革命的呼声已经非常高亢，刘六、刘七的怒吼并不逊于芝麻李、刘福通。没有清政权的入关，李自成已经一举摧毁了北京的统治势力。可是清政权入关了。北京附近的圈地入旗、掠民为奴以及权豪势要召集无赖，号称投靠家丁，祸害人民的形势，无形之中，又把南方人民和地主豪绅糅合在一起，成为联合战线，反对压迫人民的反动势力。
崇祯十七年十月间，清政权发兵驻临清，传檄济宁，号称四十万大军即日南下，要求各郡县准备粮草。十一月，淮扬巡抚上报，清骑兵已到沭阳、赣榆，任命辽人赵福星为赣榆道，屯兵五千。十二月，清骑兵进入河南。同月，南京政权命总督王永吉防河，刘泽清、高杰联络总督张缙彦、巡抚王燮分戍河北，黄得功、刘良佐就近增援邳州、宿迁。在这个情况下，清政权和南京政权相持着。
就在十月间李自成遣兵出潼关，分为八大营，三营趋归德，三营趋裕州，二营据郏县。
这就是说在山东、淮北这一带，清兵和明兵相持着；在河南，清兵、明兵和李自成的军队三方面相持着。清兵取的攻势，李自成也进窥河南，明兵处在扼守的阶段，在战略上没有采取主动出击的形势，由于实力方面的薄弱，不得不采取这样的策略。
弘光元年正月，清兵进攻潼关，经过一次战争，夺取这一座要寨。李自成准备向后撤退，可是从山西来的清兵已经越过黄河，截断了通往陕北的大道，自成率同精锐和清兵决战。自成大败，这才放弃西安，从商雒走武冈，入襄阳，退出了争夺中原的三角会战。
在中原会战中，高杰的表现是最好的一位。高杰是李自成的部下，其后背叛李自成，投降洪承畴。承畴出关，高杰从孙传庭作战。传庭败后，高杰北走延安，崇祯十六年十一月渡河，进入山西，升为总兵。崇祯十七年南京政权成立后封兴平伯，驻扬州。在扬州这一阶段，他的声名很不好。史可法以大学士的名义进驻扬州，高杰不受节制，把可法软禁起来。同时复和争夺扬州的黄得功作战。两镇的军队不和清人争夺，也不和李自成争夺，而是自相残杀，这是高杰最恶劣的表现。
但是奇迹出现了。高杰早年的表现只是一生的第一个段落，在这个段落中，从起义到叛变，从叛变到割据、凶杀、掠夺，在高杰只是一件极平常的事故，但是他胸中还有一粒火花，这粒火花是他的不畏强横、不受羁勒、敢作敢为、豪放恣肆的个性表现。从这种个性出发，他可以造反，可以叛变，可以掠夺，也就可以放手前进，终于夺取自我牺牲的最高荣誉。高杰的一生处处表现为极端矛盾，但是矛盾之中有他终始完整的一贯性，这是历史中罕见的人物。
在这时候，史可法是一位胜利者。在高杰初到扬州的时候，可法是被软禁在福缘庵，他的一切章奏都得经过高杰的同意。这是什么督师呢？只是高杰的一位幕僚，但是可法的忠恳无私，终于感动了高杰。最后他们共同商定恢复的方略。由高杰出兵进窥归德、开封，同时傍窥南阳、洛阳，兼顾襄阳、荆州以为根本。这是一个大胆的设计，然而不是高杰一镇的兵力应付得了的。他们共同商定由刘泽清、黄得功两镇的兵力作为后援部队。可是刘泽清是出名的凶滑，黄得功和高杰有私怨，都不愿出兵支持高杰，可法只能调刘良佐出兵徐州，作为高杰的后盾。
高杰的意志很坚定，虽然感到一些不安，他在出师时奏称：“得功与臣犹介介前事，臣知报君雪耻而已，安能与同列较短长哉。”
十二月二十三日高杰发徐州，二十五日至归德，这是总兵许定国的防地。弘光元年正月初九，定国约高杰十三日于睢州会面。两位高级将领的会面，使高杰很高兴。定国自动提出把睢州防地让给高杰，这样当然使高杰更高兴了。定国约高杰在城中大宴。高杰高兴极了，把大兵驻扎在城外，带同少数人马进城。同时赴宴的还有巡抚越其杰、巡按陈潜夫。
其杰见到高杰后，他说：“好得很，睢州城外很开阔，我们还是约同许总兵在城外畅叙一下，好不好？”
高杰很坦然地说：“为什么？许总兵既然约我们进城，城内还不是一样？”
他们联镳进城了。高杰只带得少数人马一齐同去。
许定国很谦虚，也很慷慨，他派了得力的部下陪同高杰来人欢宴，一面却约同兴平伯和巡抚、巡按两位大人到衙门畅饮。
这次欢会真是一件大事，大家开怀畅饮。定国本来约定让出睢州，高杰问到移交的日期，同时也提出要安排定国的儿子在自己军队中工作。这一切都使定国感到很愕然。睢州是说清要让出的，可是不能这样的催促；至于儿子的工作，到高杰的部下，那不是作为人质吗？他有一些反感，可是究竟是老行伍了，一切都不露声色。
真是一场欢宴。高杰醉了，他的部下在大厅上也大醉了。深夜以后，道了安置；高杰的护兵，每一位都由一名歌妓陪着安置。高杰更是喝醉了，当然由绝色的妇女陪同高卧。
夜更深了。一阵风声，杀高杰的勇士破门而入。高杰大醉，当然有绝色的妇女陪同，可是哪能制止高杰呢？高杰随身的武器是一枝铁棒，号称四十斤，虽然实际只有十八斤，可是把这样沉重的武器运用如飞，也确实是一项过人的武艺。不管多么重，在高杰惊醒以后，伸手使用的时候，铁棒已经被破门的勇士们收起了。无可奈何，一个踮步，高杰早已夺得铁枪，一阵破口大骂。
无论你是怎样掏出心肝，一意地为了国家和民族的前途奋勇作战，准备出卖祖国的许定国是不考虑的。他手下的勇士们也是不考虑的。动刀的动刀，动枪的动枪，高杰下定决心，痛改以前的罪过，为民族为国家贡献一切，他终于在许定国指挥的一群暴徒面前，献出了自己的生命。
是不是高杰不死就能改变时代的命运呢？不见得，因为清政权席卷北京、山东，跨过黄河，席卷淮扬的形势已经形成，南京政权正在急速地腐化、内讧，无法抟成一股抵抗的力量，成败的大势已经形成，不是一个高杰制止得了的，何况高杰的部下正有不少的投降分子，也和后来黄得功的部下一样，至于刘泽清、刘良佐他们自己还保不住，更何况他们的所部。南京政权的崩溃是指日可待的，高杰一死，正加速了这个崩溃的过程。
高杰死了，史可法的任务是如何安排这一支兵马。他理解到不及时安排，高杰的部下便无法收拾，从睢州到泗州，从淮安到盱眙，从扬州到瓜洲，势必成为一盘散沙，不可收拾。弘光元年正月发表了以卫胤文为南京兵部右侍郎，总督高杰诸镇兵饷，经略开封、归德。这一道命令当然因为胤文是高杰的同乡，可以接管高杰的兵马。可是高杰部下正在蠢蠢欲动，不是一位文官约束得了的。南京得到消息，在半个月之内，又是一道命令，高杰所部仍听其妻邵氏、子元爵接管，这样的安排，高杰所部是没有问题了。可是高杰以外，还有其他三镇。刘泽清的反应最快，他听到消息，唾了一口浓痰，他说：“这是《水浒》故事，朝廷也能这样处理吗？”事实上，《水浒》里并没有这样的故事，刘泽清只是说这是草寇的故事，不应当出之于朝廷。
高杰存在的时候，据有扬州，这是当时最富庶的地方，黄得功就看不惯，所以要发兵夺取扬州。亏得史可法出来安排，由高杰保有扬州，得功驻扎仪真，也是扬州的边缘地带。现在高杰死了。东平侯刘泽清、靖南侯黄得功、广昌伯刘良佐联名上奏，他们说：“高杰狡黠，从无寸功，顿沐荣封，骄横杀掠。今上天默除大患，而阁臣史可法欲其子承袭，以李本深提督，灰天下英雄之心，莫此为甚。此本深诸贼勒阁臣密奏，倘误听其言，臣等不能与相安矣。”这是对于南京政权的一次威胁，幸亏史可法设法弥补，没有及时爆发。可是从这一点，可以看到南京政权建立四镇是一个大失着。在国事抢攘中，四镇没有起对外作战的作用，平时虚糜国家岁入的大半，战时则崩溃的崩溃，降敌的降敌，只能在历史的长河里，留下一个深刻的教训。
清政权正在准备南下，南京政府中的纠纷也在积极发展。陈子龙在上年九月里已经请假回籍营葬，现在再度申请，他提出祖母高安人年老多病，只有子龙一孙，正如李密陈情表所说的“臣无祖母，无以至今日，祖母无臣，无以终余年，母孙二人，更相为命，是以区区不能废远”。二月十三日，诏许终养。从此以后，子龙一直留在青浦。子龙自称“时群小愈张，诸君子多被弹射。予为此辈深忌而未有以中。私念大母年益高，多病，再出必重祸以为亲忧。陈情侍养，得遂宿志焉，而龁者尚不休”。
在这个时期，南京出现了两件奇案。
第一是妇人童氏，她自称是弘光帝的继配，请求入宫。
第二是北京来的王之明，自称是崇祯的太子。
这两件事轰动了南京城，弘光帝对于童氏当然不能承认，对于王之明的事，他感到这不是个人所能否定的事，而且南京全城震动，只能把他暂时羁留。但是群情激动，问题搞得愈来愈严重了。这两件事不但百姓要管，大小文臣要管，甚至武臣也要管了。第一个提出来的是广昌伯刘良佐。他奏称：“王之明及童氏两案未协舆论。恳求曲全两朝彝伦。”
弘光帝有什么办法泥？他的答复是：
童氏妖妇冒朕结发，朕初为郡王，有何东、西二宫？据供系熙陵王宫人，尚未悉真伪。王之明，驸马王昺之侄孙，避难南来，与高梦箕家人穆虎沿途狎昵，冒认东宫，妄图不轨，正在严究。朕与先帝素无嫌怨，不得已从群臣之请，勉承重寄，岂有利天下之心，毒害其血胤？但先帝遗体，不可以异姓顽童溷乱，朕宫闱风化所关，法司即示情节以息群疑。
这些是三百多年以前的事了，经过这么长的时期，问题应当得到澄清，可是在当时是轰动南京的大事。不但南京，北面的淮、扬，西面的武汉，一齐轰动起来，大官要哄，小官要哄，动刀动枪的要哄，百姓也要哄，终于造成了亡国的大祸，从弘光帝起，王之明，以及童氏、大官、小官、百姓一齐都遭到屠杀或奴役。当然，中国会从灰烬中重行起来，不是削弱而是壮大了，团结了更多的民族，为国家的前途共同奋斗、共同前进，和传说中的长命鸟一样，中国是在烈火中诞生而壮大，但是三百多年以前，人民是在那乱哄哄的日子里挣扎过来的。《大雅·桑柔》中说：“谁生厉阶，至今为梗。”回想到当年的惨痛，我们是止不住热泪盈眶的。
高杰一死，许定国报了当日高杰起兵曾经杀戮定国全家的私仇。他唯一的出路只有向敌人投降。清政权的大兵陆续南下，刘良佐报到南京，南京随即下令黄得功移兵庐州，共同拒敌。许定国打前阵，清兵破归德，东向直趋徐州。徐州是高杰部下李成栋的防地，好在当时的运河交通方便，成栋的军队沿着运河南下。南京的指令是由史可法扼守徐州、泗州，黄得功、刘良佐扼守庐州。这一次军事行动，主要当然是为了防备清兵的南下。但是形势已经由出击改为防守，由主动改为被动。
但是问题不在这里，主要的问题来自武昌。
自从弘光帝的南京政权建立以来，明代的力量已经不能远及北方。军事、政治、经济，这一切只得顾及东南一隅，是不是还能过问武汉、赣、湘一带，已经成了问题。驻防武汉的兵力，完全集中在左良玉一个人手里。左良玉究竟有多少兵，谁也不清楚，只说是兵部有姓名的是二万，连同没有姓名的号称二十万。二十万大军，据说是由良玉指挥，是不是他能完全指挥，谁也说不清楚。至于良玉的为人，同样也是个谜。孔尚任《桃花扇》的《余韵》说“全开锁钥淮、扬、泗，难整乾坤左、史、黄”。这是说南京政权的崩溃，即使有了史可法、黄得功、左良玉这三位名臣也无法支持。可是这一首也说“跋扈将军噪武昌”，那是说左良玉只是一位跋扈将军。那么左良玉究竟是一位爱国将军还是跋扈将军呢？为什么在两三行之间，出现这样一个大矛盾？事实上两个命题都没有错。
左良玉只是三百余年前的一位人物，他的军队是庞大的，也是复杂的。有一些他指挥得了，也有一些他指挥不了。封建时代的军队只能是这样的。因此他在作战之中，有时打了胜仗，有时也打了败仗，甚至在胜仗的过程中，由于他的指挥无方或约束不能得力，由胜仗而转为败仗。弘光初期，他在湖广一带，由于李自成的大军南下，他的所部压缩在武汉的附近，战斗力也不强，南京政权对他并没有忽视，可是也不能轻易调动，他成为在山的虎豹。可是左良玉对于南京政权并没有采取蔑视的态度。
但是南京政权也正在不断地转变，由张慎言、高弘图、姜曰广、史可法等联合的内阁转变为马士英执政的内阁。马士英由凤阳总督入阁，无形之中必然要侧重淮泗而疏忽武汉。这样的情况，在高拱、张居正当权的时代已经有了一些阴影，因此兵部大权必然要由宣大、蓟辽两个系统轮流执政，防止欹重欹轻形势的出现，可是在这短短一年之中，这种形势的出现，必然要使左良玉感到不快，这是当时的大局。
左良玉已经感到南京的偏袒，同时又出现了旁人的挑拨。这就使得良玉感到南京政权对于武汉的忽视。四镇的兵力以高杰为最强，而高杰的军队又远远不及良玉所部的精锐。良玉感到不快，是可以想见的。南京政权的后期，马士英当国，由于他对阮大铖的偏听偏信，无形之中也就和以侯朝宗为首的东林子弟对立了。
弘光元年的春天，童妃和王之明两案出现以后，显然地把肯定两案和否定两案的人对立起来。无论清军的南下已经迫在眉睫，但是南方的内部，仍在不断地争执。弘光元年三月间，良玉上疏，大略言：“东宫之来，吴三桂实有符验。史可法明知之而不敢言，此岂大臣之道？举朝但知逢君，不惜大体。前李自成叛乱，尚锡王封，不遽刑害，何至一家反视为仇？明知穷究并无别情，必欲辗转诛求，遂使陛下忘屋乌之德，臣下绝委裘之义。普天同怨，陛下独与二三奸臣保守天下，无是理也。亲亲而仁民，愿陛下省之。”
不但左良玉发出这样的议论，两湖总督何腾蛟，九江总督袁继咸同样地也提出抗议。不过他们究竟是文人，总还认识大体，不愿在这个时候再来同室操戈，给清政权一个可乘之机。可是左良玉经不起左右的撺掇，终于兴起大军，顺流而下。
左良玉的大军出发的时候，约何腾蛟同时起义，腾蛟投江，表示坚决不从，顺流淌下数十里以后，方始获救。军队到了九江，九江总督袁继咸责以大义，良玉约定不进城，不东下，可是他的部下已经自由行动。
九江城内大火起了。有人说：“九江城破了。”
良玉正在追问，左右说：“这是袁总督的部下自己放的火。”
“胡说，”良玉说，“这是我的部下放的。”
良玉一边捶胸，一边说：“我真对不起袁总督。”
在出兵的时候，良玉已经病了。现在看到兵船散漫，部队全无纪律，竟然做出这种不法的行为，他不断地扑打自己，殷红的血块吐得遍地。
良玉召集部下，做出了最后的告诫。他说：“我不能报效朝廷，诸军又不用我法度，以致有此。自念二十年来，辛辛苦苦，同心同德，建成此军。我死之后，大家出死力保卫国家，这是上策。据守一地，这是中策。若散走各地，不仅对不起国家，而且也给全军带来耻辱，我死不瞑目。”
经过这样一阵告诫，部下诸将看到良玉喘息仅存的样子，大家都失声痛哭。
按照当时武人的惯例，大将们吩咐宰牛宰羊，对天立誓。“咔嚓”一声，后军总兵惠登相把佩剑横在膝盖上，他说：“自今以后，有不服从副元帅左梦庚命令的，一概军法从事。”
良玉一阵咯血，昏迷过去，不久死了，大军由儿子副元帅左梦庚率领，扬帆东下，所过之处，焚掠一空。惠登相看到军队的纪律无法维持，只得率领直属的队伍不辞而别。梦庚领导下的大军经过湖口、建德、彭泽、安庆，到一处焚掠一处，在沿江一带造成恐怖。
在这段艰苦的日子里，南京政权面对的敌人不仅是北方来的清人部队，而且还有由武汉东下的左梦庚大军。阮大铖已经由兵部添注右侍郎晋升为兵部尚书，对于当前的作战计划，负担着主要的责任。他的认识是清人部队来了还可以谈判条件，可是左部来了以后，只有死路一条。整个民族的命运寄托在南京政权的策略，而南京政权的策略是赤条条的投降主义。这是人民的悲哀。天啊，你要人民走哪一条路啊！
南京政权所倚仗的兵力是史可法的大军，在史可法这面督师大臣的大纛下有四镇和其他一些杂牌军队。四镇是可法指挥得了的吗？高杰是最桀骜不驯的，经过一年来的思想工作，可算是奉命出征，以国家为前提了，可是高杰已死，他的血不洒在敌人的阵前而流在叛徒的刀下。高杰一死，史可法想把他的部下安排在遗孀和孤子之下，但是将领中间已经出现了各据山头、勾结敌人、独力发展的趋向。但是可法还得争取他们为民族生存而奋斗。
史可法部署诸将，应付南下的清军。南京的命令下达，以原任翰林院编修卫胤文总督淮扬军务。这位总督和督师的职权是怎样划分的？部下都在纷纷猜测，卫总督就任的那一天，部下将领没有一个到场的，卫胤文也很扫兴。这边可法也接受了部下的主张，准备进驻泗州，应付南下的清兵。布置正在就绪，南京的密诏到了，可法开读完毕，和幕僚应喜臣说：“皇上的密诏已到，左良玉部下，已经东下，要我赶往南京。上次你说：今年夏至以后，大局可能出现动乱。倘使如此，那……那怎么办呢？”可法和喜臣都十分悲痛。
可法带着随从，从长江上溯，直至草鞋峡，已经到了南京的郊外，燕子矶的对面。这时黄得功的军队，接到南京的命令，进驻荻港。恰好左梦庚的兵船东下，经过一场激烈的战争，左梦庚和他的部下，连同激昂慷慨的黄澍——那位曾经面斥马士英的直臣，一齐撤回九江，全部奔向清军。他们去投降了，回忆从前那场忠勇奋发的情况，好比一场噩梦。
左良玉的旧部完全解决了，史可法奉命仍回扬州坐镇。可法的直属部下刚到高邮的时候，早晨得到督师的令箭：“左军顺流而下，邳宿道即督一应军器钱粮，至浦口会剿。”中午，再得令箭：“北兵南来，诸军不必赴泗，速回扬州听调。”晚饭时刻，第三支令箭又来了：“盱眙告急，邳宿道可督诸军至天长接应。”一天之中，接连发出三次令箭，应喜臣接到以后，在幕僚中议论开了。他说：“看来督师的心已经乱了，岂有千里之程，如许之饷，可以一天三调的道理？到处都是警报，扬州城内必有内变，我等只有坚守扬州，相机而进。”
史可法撤回扬州，他的计划是死守扬州，一边飞调各地的军队向扬州靠拢。这一着完全是正确的。扬州以东，是长江下游的水网地区，是江北的粮仓，据守这里，可以待机争取外援，建立死守的坚强堡垒，宋末的李庭芝、姜才就在扬、泰地区，即使在临安已经屈服以后，还坚持了一年左右。因此史可法这一着是正确的，至于是否能贯彻这个主张，那就看他是不是能得到左右有力的支持。
扬州府任民育是一位坚强的汉子，陪同史可法守这座江上的坚城。还有一位何刚，上海人，这是陈子龙的好友，共同筹划创建水师的，这时已经选授遵义府知府，可以坦然地奉命到一个安全的地区，可是他不去，决心死守这座江上的孤城。城陷以后，何刚以弓弦自行绞死，任民育着了红袍玉带，坐在知府大堂上静待敌人的处死。
史可法调各路军队共守扬州，总兵刘肇基请求乘清兵初到，阵脚未整，出城一战，史可法说：“不行，锐气不可轻试，且养全锋以待其弊。”可是没有等到刘肇基出兵，清兵已经从泗州把红衣大炮运来。在炮声轰隆之下，扬州城破了，刘肇基和他的所部四百人全部巷战而死。
可是也有临阵投敌的。甘肃镇总兵李栖凤、监军道高岐凤以所部四千人至，他们准备偕同史可法一道投降清军。史可法正色地和他们说：“扬州是我效死的所在，你们要干什么？倘使你们决心投敌，争取富贵，那就自便吧。”
这两位总兵和监军道看到史可法决定不降，只有由他自在，他们一径去了。那夜二鼓以后他们开城出去，临去的时候，还带同四川来的将领胡尚友、韩尚良一同投敌。
高杰部下的将士这时正在高邮，他们一心只顾把全军的老小寄顿江南，不断地由大船向镇江输送。镇守镇江的郑鸿逵看到在水气蒙蒙中，有兵船向江南前进，认为是清兵渡江，赶忙开炮。船只打翻不少，弹药损失也重，少年的将军正在不断地大吹大擂地庆祝江上的大胜，其实打死的都是自家的军属，这更加速地促使李成栋向清军投降。
四月二十四日，清军破扬州，史可法拔剑自刎，死于乱军之中，后人将他的衣冠葬于梅花岭。
明朝末年，由于农民军的崛起和清政权的权术，终于失去了北京和黄河以北的广大地区，倘使当时南京政权的领导者能够统一意志，坚决抗拒南下的清军，还是可以成功的，但是当时的中枢，正在作无穷无尽的内部斗争，阮大铖固然为众论所共讨，马士英也由于和阮大铖携手，为清议所不容。史可法不是没有抵抗清军的意志，但不是应变之才，遂使国家大业，隳于一旦。扬州失陷之后，南京更无法继续抵抗，从此以后，进入改朝换代的时期，隆武、永历，在福建、肇庆称帝，他们抗敌的决心更大，但是他们的事业更艰苦，恢复的希望更渺茫了。
南京政权建立之初，当时把抗战的希望寄托给史可法和四镇。武昌左良玉的大军是一支重兵，可是到得弘光元年五月，左良玉的军队投敌去了。史可法、高杰死了，刘泽清、刘良佐的军队也投敌了，剩得黄得功的军队，这时已经调到荻港、芜湖。长江下游的江北地区，全部暴露在敌人面前。在江北已失、兵力分散的情况下，南京城已经失去它的重要性，城周一百二十里，凭当时城中的一些残余的兵力，无法分布，因此也就无可据守，这是当时的具体现实。
弘光帝和马士英估计了当时的形势，决定退守杭州。这是退却，但还是继续抵抗。历史上也是有前例的。宋人失去建康以后，第一步是退守钱塘，运用军事和非军事的策略，在屈服和抵抗的夹弄中摸索前进，终于维持了一百五十年的政权，是一个具体的前例。当然，历史会重演的，但是不可能是完完全全的重演。北宗末年的徽、钦二宗是昏愦，但是他们的昏愦究竟比明代末年的暴戾有所不同；北宋末年统治阶层中有一些人结党营私，但是比明代末年的贿赂公行、寡廉鲜耻有所不同。因此宋人南渡以后还能维持一百五十年，而明人南渡以后只能是溃败相继，这都是当时的具体情况所决定的。
弘光帝和马士英决定退到杭州，约定五月十三日二鼓以后，弘光帝出通济门，赴太平，辗转至板子矶，入靖国公黄得功营，次日由马士英奉皇太后自溧阳走广德，至杭州会齐。
据谈迁《国榷》，马士英至杭州，皇太后居李总兵宅，士英居王氏园。吏科给事中熊汝霖见士英，问他：“为什么来杭州？”士英说是“护驾”。汝霖又说：“既然护驾，当随皇上，不当护圣母。”士英无以应。
在仓皇出奔中，熊汝霖的诘责是有理由的，士英的无从答复，也是可能的。可是我们读史的时候，应当照顾到全面的情况。在金人向临安进逼的时候，宋高宗仓皇出奔，准备由绍兴出海，同时却由隆祐皇太后出江西，有辛弃疾《菩萨蛮·书江西造口壁》可证。为什么高宗要和隆祐太后分道而行？因为在金人大军南下时，高宗不能自保，留得隆祐太后，便可以在一旦遭遇不幸的时候，由太后册立新帝，重新负起领导抗敌的责任，这正是高宗思虑周到的所在。辛弃疾词上半阕“郁孤台下清江水，中间多少行人泪”，说中原的陷落；下半阕首二句说“青山遮不住，毕竟东流去”，说南宋政权的建立，末二句“江晚更愁余，山深闻鹧鸪”，言创业的艰苦，守成的不易。士英奉太后的赴杭，不是没有用意的，但是在汝霖的严词诘问之下，他凭什么说明他的理由呢？
夏允彝作《幸存录》，对于明末的情况，见闻既确、持论平允，是明末很有价值的笔记，可是这里他说：
如士英者，本无意于误社稷而社稷为墟，本无意于敛贿赂而赂门大启，本无心于剪清流而清流尽逐。及其遁也，既不守城，又不卫上，第云：“奉皇太后以行。”所至纵兵大掠，卒未尝与虏一战，谓非天下罪人，安可得哉？
允彝的言论，是持平的，但是他没有估计到在左梦庚叛变，扬州陷落以后，周围百二十里的南京城已经不是丧乱之余守得的。他在南京陷落以后，不久自杀，也没有看到马士英在杭州湾以南，继续和清兵作战，最后献出了自己的生命。“天下罪人”的结论，是不是太重了一点？
弘光帝到黄得功的大营，据谈迁《国榷》说：
先是上奔太平，诚意侯刘孔昭闭城不纳，乃奔板子矶，入靖国公黄得功行营，得功方距左兵，闻之遽归，泣曰：“陛下固守京城，臣力易效，奈何轻出，进退失据。臣非负陛下，如力之未任何？”
从这段记载里，我们看到弘光帝放弃南京，并没有事先的计划。黄得功即使出自行伍，但从军数十年，当大将也多年，对于作战，也是漫无计划。左梦庚和他的部队已经降清，这时也不是和黄得功对垒的时候。谈迁对于当时的情况是茫然的。比较可靠的是顾炎武《圣安本纪》的记载。他说：
上将幸杭州，命大典、国安以所部兵先发，都督杜弘域扈从，得功率兵断后，未行。癸卯，良佐率清兵犯驾，左柱国太师靖国公死之，其将田雄等奉上如营。丙午，上至南京。九月甲寅，上北行。
癸卯，五月二十二日；丙午，二十五日；甲寅，九月初六日。
从这些记载里，我们看到弘光帝出南京，不是漫无计划的，朱大典、方国安都是带兵的重臣。由于战事的迫切，道途的艰险，他和马士英决定分道出行，士英奉皇太后由溧阳、广德直趋杭州，这个任务按计划完成。弘光帝由太平、板子矶至芜湖黄得功行营。他们做出了向杭州撤退的计划，由黄得功断后，这是完全正确的，但是他们没有估计到刘良佐已经投敌，负有追赶弘光帝的责任。得功在荻港和左良玉部作战中，手臂负伤，这时身披葛衫，用绸子勒着臂肘，横刀督阵，部下八总兵都在奋勇作战中，良佐跃马前来，大呼招降。广昌伯竟是清兵的降将，实在出于得功的意料之外，他大喊一声：“你、你竟投降了。”也在这个时候，一支暗箭射中了他的咽喉偏左的地方。得功拔箭一看，正是中军田雄的箭。南京沦陷了，国家的重镇投降了，自己的直属部下也投降了，最后还给自己喉头一支暗箭。得功的愤怒爆发了，国家的前途还有什么希望？他把田雄的箭对准自己的喉管猛戳一下。黄得功以身殉国，他的妻也自杀，弘光帝由田雄向清兵献出。南京的明政权结束了。