子龙的兵科给事中发表以后，崇祯十七年六月到任，八月乞假回籍，先后在朝五十日，他的职务虽重，但是他在任的时间并不长。他的官只是一位七品官，但是他始终以天下安危自任，并没有因为官小而缄默不言，这是他的特长，也见到他的许身为国。
崇祯十七年正月，子龙接到调往北京供职的部令。在封建社会里，这是每个官吏乐于从命的喜讯，可是经过在浙江的交代和在松江的盘桓，待到他准备出发的时候，北方的消息，一路地透露过来。当然在三月里，他可能还不知道北京的陷落，但是北方的大局一时不能安定，他是不可能不知道的。
四月十三日，北京城破的消息到达南京，这是霹雳一般的消息。全城震动，特别是南京城里的领导阶层。
自从15世纪的初年起，明帝国的都城已经移到北京，但是南京还留着一些领导阶层的机构。内阁的本意只是皇帝的秘书厅，皇帝既然不在南京，因此没有内阁大学士，但是最高的行政机构和监察机构，南京是有的。纵然他们不用做具体工作，但是南京依然有六部、有都察院。在这些衙门里有各部尚书，有都御史。
南京领导机构得到北京陷落的消息以后，大众会集在户部尚书高弘图的官邸，考虑到国家的领导人物。按照当时公认的顺序，在思宗已死、太子未能南来的情况下，必然要考虑到继任的人选。思宗殉国的凶问一经证实，必然推定继承的顺序。思宗七子，这时还有三人，太子慈烺、定王慈炯、永王慈炤，可是他们都没有南来。上面熹宗三子，都死了。再上光宗七子，除熹宗、思宗外，也都早夭了。光宗以上是神宗，神宗八子：长子光宗、次子福王常洵，以下还有瑞王、惠王、桂王。福王死了，他的兄弟邠王、永思王也死了。因此按照当时的继承顺序，思宗自杀以后，在慈烺等无从南来的时期中，应当由常洵的长子嗣福王由崧继承。
是不是由福王由崧主持朝政呢？
按当时的继承顺序讲，应当如此。但是一大串的问题在那里。
在光宗立为太子之前，就有一个和福王常洵对立的过程。光宗是长子，福王是次子，可是福王的母亲郑贵妃是一位得宠的贵妃。无论常洵是否有夺嫡的动机，但是朝中不时传出郑贵妃有夺嫡的阴谋，因此神宗中期以后，不时发生夺嫡和反夺嫡的风波，直到福王出封洛阳以后才告一段落。明代后期环绕《三朝要典》，发生了无数的波涛，朝中大小臣工，也分出明显的两派。因此在思宗身后，太子未能南来的一个阶段，由福王由崧主持国家大政，势必在南京这个新成立的政治中心，出现一个浊浪滔天的波涛，甚至连南京也沉没了。
四月二十日，北京的消息到了，南方的两位总兵高杰、刘泽清去信淮扬巡抚路振飞。振飞的答复很清楚，他说：“议贤则乱，议亲则一。现在既有福王，有劝某去南京扶立者，此时某一动则淮扬不守，天下大势去矣。此功自让与开国元勋居之，必待南都议立。不然，吾奉王入朝而彼不纳，必且互争。是不待于闯贼之至而自相残败事矣。”
什么是议贤？这是推举一位较好的继承人，因为看法不一，势必互争，这是祸乱的根源。什么是议亲？这是推举一位合法的继承人，合法的只有一个，可以做出定论。可是问题的症结不在这里。正因为合法的继承人只有一个，而这个合法的继承人，恰恰是三朝以来政治风波的中心，大乱的风口正在这里，其结果必然造成明代的大崩溃，出现西晋、北宋从来不曾有过的惨局。
所谓合法的继承人，这是封建王朝，甚至近代君主国家共同遵守的法规。当然在这个法规尚未形成以前不一定要按照这个法规办事。殷商王朝实行“兄终弟及”制，这是根据殷商的记录可知的。周人未到镐京以前是由幼子继承的，这也是可以推定的。可是一般都由长子继承，甚至明知其人不堪继承，也得由他据有大位。为什么？正如路振飞所说的，因为“议贤则乱，议亲则一”。
是不是在这个基础上作过调整？有的，这是清朝的康熙帝。他立过长子胤礽为太子，因为他不上进，把他废了；不久以后由于内心的舐犊之爱，康熙帝把他重行立起来。不幸胤礽依然不肯上进，这才建立了豫立遗嘱，临终照办的制度。其后皇四子胤祯就是按这个制度的规定继承大位的。但是这个制度不是没有缺点，因为一则皇帝对于自己的儿子，未必能真正理解，二则这份遗嘱难免有经过篡改的可能，康熙帝的遗嘱是不是经过篡改的，至今还是一件疑案。
封建王朝的继承问题，毕竟是不能得到一个解决办法的，特别在思宗的身后。
思宗死了，太子和定王、永王的不能南来是事实。光宗、熹宗诸子的早绝也是事实。继承人势必上推到神宗的后代。神宗诸子，次子福王已死，嗣福王由崧尚在，这时避难正到淮安，途中遇到嗣潞王常淓。常淓是一位好好先生，经常是念佛经的，所以称为“潞佛子”。他们同时乘船南下。
南京的兵部尚书史可法这时带兵三千出屯浦口，这是一支军队，凤阳也有一支军队，是凤阳总督马士英的。在常淓、由崧南下时，南京的大臣们商议继承的问题。原礼部侍郎钱谦益极力主张拥立常淓，认为福王是“妖书”“梃击”“移宫”三案的对立面，嗣福王主持大政，势必推翻三案，整个朝政，势必出现动荡的局面，甚至引起绝大的风波，于国家不利，因此反对嗣福王的援立。这个主张得到兵部侍郎吕大器、右都御史张慎言、詹事姜曰广的同意，他们和史可法商量，可法也表示同情，可是东南一带还有一个实力派。这个派别在当时已经逐渐地形成，这是以马士英为首的派别。这个派别内部有严重的矛盾，但是表面上取得一致，在军事力量上虽然不能抵抗李自成、张献忠或是清人的军队，但是威慑南京或是史可法是绰绰有余的。加以他们正在淮扬凤泗一带，随时可以跨江南渡，南京的大臣们对他们不能不感到戒心。士英去信可法，认为按伦序论，按亲贤论，没有比福王更适合的；他带了大队人马从凤阳、合肥拥戴由崧直至江上。到了这时，史可法承认了福王继承的合法性，其他诸大臣也承认了。由崧到南京后，由于太子慈烺下落不明，自称监国，不久以后即位，次年改年号为弘光元年，这就是弘光帝，清人的记载仍称福王。
弘光帝的出现是明朝不能复振的一个重要原因，不但不能复振，连偏安也谈不上。当时的议论，主要还是站在法统的方面。其实国家在危难的当中，主要的关键不在法统。后汉垮了，昭烈帝刘备在成都继承汉统，刘备不是合法的继承人。西晋垮了，元帝司马睿在建业继承晋统，司马睿也不是合法的继承人。国家在危难的当中，不能没有一个得力的领导人，由崧不是这样的人才，何况由于他的继承，不容他不在三案之后来一个大翻案，国家已经到了大崩溃的边缘，再来一个大翻案，这就铸定了不可避免的大灾难。
是不是除了由崧以外没有其他的候选人呢？潞王常淓是一个。可是当时把他否定了，因为他是穆宗的后人，比较疏远一些，这是确实的。
嗣福王由崧是神宗次子福王常洵的世子，可是神宗的儿子惠王常润、桂王常瀛当时还在。当然按照封建社会的伦序讲，由于他们的合法性比由崧差一些，因此推定由崧。但是一经由崧继承，必定要出现三案的大翻案，那么常润、常瀛为什么不可以继承？当时的议论是认为由于湖南的兵乱，他们已经相继退入广西，一时来不及召回，所以只能推戴由崧。国家的大事，人民的前途，难道不能因此多多考虑一下。从这些方面看，马士英固然没有把国家的前途在考虑问题时放在最适当的地位；即是史可法、吕大器、张慎言、姜曰广也没有好好考虑。从封建时代的道德观念讲，他们是不能不负有责任的。
南京诸臣迎立嗣福王由崧，五月谒孝陵，称为监国，以南京都察院右都御史张慎言为吏部尚书，以史可法、高鸿图、马士英、姜曰广、王铎等为大学士。当然，当时的考虑是把不同主张的人兼收并蓄，而以比较正派的人作为主体，在当时的情况下，不能不认为是比较合适的安排。同月，吏部尚书张慎言奏补科道；兵部都给事中左懋第、兵部左右给事中辜朝荐、李永茂，给事中陈子龙。当时六部之中附有六科，都给事中左右给事中称为科长，给事中称为科员。科员在后代，是一个无足重轻的公务人员，可是在明代只有六部才有科，六科是六部的监察机构，关于主管部的重要事务，科员可以发言，关于国家大事，同样可以发言。科长科员，只是职务的不同，没有上下级的关系，因此科员可以独抒己见，直达国家最高领导。明代都察院的御史，分十三道，除一般性建言外，各有一定的职掌。给事中分科，御史分道，总称为科道官，明代的科道官，官位不高，但是地位却很高，对于国家大事有充分的发言权。
陈子龙的一生，大约可以分为三个阶段，从青年到三十岁，他是名士，他关心的主要是诗文，他的作品，和当时的一般名士比较，没有多大的不同，摹古的气息甚至比同时人更突出。从三十岁到现在，由于他接触到黄道周，他认清了对于国家的责任和国步的艰难，他不再是一般的名士了，他是志士，确实以国事为己任。待到这一年出任兵科给事中以后，他是战士，他看到国家的艰难，决心把自己的一切献给国家，最后终于在三万六千顷的太湖边上，献出了自己的生命，我们可以从子龙的一生中，学到做人的道理。
甲申五月，子龙奉兵科给事中之命，随即到任。六月间上《募练水师疏》，七月初上《中兴大本疏》，再陈《自强之策疏》。五月十五日福王由监国称皇帝，改次年年号为弘光元年。弘光帝的即位，偏安在江南，号令所及，不过东南一隅，假如上下齐心，要恢复中原，未必可以实现，但是要同南宋一样，偏安东南，以待日后趁机进窥中原，争取统一，不是不可能的事。《自强之策疏》应当说是子龙的一篇精心结构的作品。他说：
臣闻立国之势，有内重，有外重，有内外俱重，有内外俱轻。
内重者，天子甚尊，公卿甚贵，其平居之时，下尺一之书，万里之外俯首而奉之。而其弊也，匹夫崛起，横行天下而无以制，此秦、隋之季是也。外重者强藩悍将，其平时跋扈之形，僭拟之迹，有尾大不掉之扰，而夷狄盗贼之患，或又借其力以扫除，如唐季之藩镇是也。内外俱重者，内则有腹心爪牙，将天子之亲军，期门佽飞之士，布列于郊畿；外则有磐石之宗，千里之牧，屯重兵于郡国，如汉初之制，内有南、北军，而外有诸侯牧伯。唐初之制，节镇之师守在要害，而关中之府兵以五百所，内外足以相制而不足以相倾，此最为善法也。内外俱轻者，京师之兵非不多也，而皆未经战阵之士，边鄙之卒非不雄也，势分权轻，将帅数易，非有素所拊循之士，数万人圪然成一镇也，相统以度数，相维以文貌，及至事起，而望其手足之捍头目，难矣。此宋世之所以不竟也。
我二祖列宗之有天下也，列侯大将，时统禁军以征伐，卫所之军，星罗棋布于周天之下，庶几内外俱重矣，而承平日欠，时移势变，文武太分，文法太拘，统御烦而权不一，虚文胜而实事寡，是以强虏大盗，徜徉而莫与之抗。以都城之险，禁军之多，而不能固守三日者，由于内外并轻之故也。今当乾坤板荡之余，保有东南，渐图恢复，国势之弱，兵力之单，以视中朝全盛之时，不啻数倍，若不亟图自治之方，先为根本之计，无论恢复之期不可必，且何以立国？此臣所以日夜彷徨，寝食俱废者也。
自治之方奈何？曰，立重镇以为外藩，练舟师以为扼要，增禁旅以示居重而已。
夫六朝建国于金陵，所以能抗衡北敌者以强藩大镇，多在两淮，而襄汉之间，必有重臣以据上游之势也。宋氏之南也亦然，又能屯重兵于川蜀以规关陕，则其局益为宏远。今日之国势不幸类此，则古人之成法安可不讲求乎？以两淮而言之，目前四镇之立，事出权宜，人皆虞其强而难制，臣独忧其弱而未足以为恃也。必当于东路则命一大臣开阃于淮阴而分别将以守徐泗；西路则命一大臣开阃于寿春而分别将以守濠宿，各配以马步六万，三大将统之。在淮阴者责以渡河接应东抚，招徕山东之豪杰，收青徐之疆土。在寿春者责以联络河南土寨，掠地汝颍。如是则皖城、合肥、维扬，皆成内镇矣。
以楚中言之，沦陷诸郡，渐次恢复，今当乘李贼失利于北，群盗离心之时，速整兵力以收承襄，盖安陆为陵寝重地，而襄阳尤必争之处也。李纲有云：由湖湘以达川、陕，如行曲尺之上，纡远难通；若得襄樊，如行弓弦之上，地理省半。况乎北瞰中原，西通川陕，下蔽吴越，如弈者置子于局心，所谓欲近四旁，莫如中央者也。今左镇之兵虽众，然以之恢复或能，而恃之长守则不足。盖新复郡县，地方辽阔，兵分力弱，虽众亦寡。倘敌人以数万之众来争，能保其必守乎？且兵民相忌，为日已久，宜有长者扶义而西。似当命一大臣沈勇而有度者经略荆襄。先拨滇黔镇筸之兵二万人以为之本，俟至地方招徕土著，共足六万人之数，安抚百姓，且耕且战，然后襄阳可守也。襄阳可守，则责以恢复唐邓诸州，以与我汝颍之师遥为接应，而后中原可图也。于是左镇之兵，令其分守支郡而归重于鄂渚，平时则相为应援，出师则继续而进。武昌既为金陵之上游，而襄阳又为武昌之上游，相维相制，各有微意，古人有行之者矣。贼既以关中为巢穴，则四川其所必争之地，数月以来，音问俱绝。令荆州可复，峡路渐通，宜命一大臣熟于西南之事者，宣谕其地，因而经略之，先扫内盗，即移屯阆中、阳平之间，协力赵镇，便可由阶文以通陇右，由子午以撼长安。异日东西并举，可以成率然乏势矣。
其粮饷所资，两淮近在郊畿，左师全屯鄂渚，皆当取给于度支。荆襄一镇，则应取资于湖湘诸郡。若以残破之后，民力未赡，则令江右、广东暂为协助。四川一镇即计本省之财，酌解部之余数以给之，如唐之韦皋、李德裕，宋之吴氏兄弟，雄踞西川，富强遂甲于天下。至于招徕流移，劝诱商贾，展筑险要，开设屯牧，苟可以兴利除害，足食强兵者，听其一切便宜以行，补葺增缮，自立家计。其最要者，则参佐将吏，须令辟召，以尽天下奇才异能之士，试之有效，则即荐之于朝，任以庶职，与甲乙之科等，不限其所至。如此则人才竞奋，不以曳裾诸侯之门为愧矣。唐人起幕府而至公卿将相者代不乏人，故士之有一材一艺者，莫不毕效其能。何今之拘拘也？四镇者立，谋帅得人，则东南之藩篱壮矣。
夫东南之大险在长江，而自昔之论，必曰守江不如守淮。盖以两淮无备，则长江之险与敌共之。苟其有备，贼即越淮而南，我前有天堑，后有重兵，彼岂能不狼顾邪！然如魏佛貍、完颜亮之盛也，两淮非无重镇，而饮马江干，遂起投鞭之志；且恐我之将士，先为南渡之计，则内地扰乱矣。使无舟师，何以遏之哉？……臣臆计之，自汉口而下，至于海壖，不下三千里，今当分最冲、次冲地，而应用船只之数，先将现在之兵额，统为会计，专官察核，其船之坚致，卒之精练者留之，不足则募之于沿海。其人出入澥渤，轻风涛，狎蛟龙，若移之守江，犹平陆耳，以闽人为最，浙、直之人次之。至于战舰之制，则大小俱不可少，无大船则无以为冲犁营壁之用，无小船则无以取便捷奋击之功。以大舟取胜者，虞允文以海鳅等船破金亮是也；以小舟取胜者，我高皇帝彭蠡之役是也。二者须相辅而用，如鹿角、轻车之副武刚焉。大船当取之福、建、温、台等处，督造收买，其价颇省。小船则自杭、嘉以北至于庙湾，所在有之。要使沿江上下，气脉相通，往来如织，无事分信会哨，有事互相应援。至于北岸通船，如瓜、仪、巢湖等口，尤当厚集兵力，以防不虞。尚有当虑者，从来北兵南犯，由上流者多，由横渡者少，即我据有荆、襄，而江汉上游，亦所应毖。使汉口、鄂州之间，有舟师三千人，横江而守，前岁张贼岂能飞渡耶？衡湘之木，可造战舰，长沙、岳阳之人，习水者多，似应责之楚抚，专成一军，以备缓急者也。前督辅分布五万之数，止计浔阳以下，上流之备亟当增置，水军既多，沿江有恃，则我门户之计立矣。
然臣犹必以增设禁军，居重御轻之说进者，盖深见乎御将之难，而利器之不可以假人也。古人主之御将也，高爵厚禄，开诚以结其心，长驾远驭，握奇以操其柄，故外可收克敌之功，而内可消跋扈之患。韩淮阴以汉高不善将兵而善将将，正谓此耳。虽然，使人主之侧无精兵健士，足以弹压诸将，则虽措置之方，予夺之柄，亦未易施也。方今缔造之初，事同草昧，苟非师武，何以示威？昔魏武之虎士、唐太宗之飞骑，皆极天下之选，而唐之中叶也，有置神武、神策等军；宋之南也立御营司，如李晟领神策行营，而杨存中之在宿卫者四十年，乃知非腹心忠勇之将，不以统也……今陛下驻跸旧京，侍卫单弱，不可不虑。如臣愚策，当精选畿内及江浙各郡之良家子弟技勇超众者以充之，使之岁时肄习，而不惜重赀以募天下奇才剑客之流，优其禄赐以补将校，多则十万人，少则六万人，时时更番戍淮以习战斗，必使此一军者，其精锐勇烈又迥出诸镇之上，然后国势始尊，国威始壮，于以操纵布置，臂指相使，收恢复之功不难矣。
夫天下之势，非外重不足以克敌，非内重必无以制强将。如臣之三策者立，财是去曩者内外俱轻之弊，收异日内外俱重之功，是在陛下断而行之耳。然世之难臣者或曰：“如子言，增兵数万，国何以支？”是不然。今天下所急，孰有过于兵者哉？东南财赋之地尚在也。陛下方弘大布之风，追菲饮之志，凡上之服御宫室，以至礼乐文章之事，苟非关天下之安危存亡者，皆当姑置之而专以治兵为事，则事力尚可办也。伏祈圣断施行，为此具奏。
在子龙传下来的作品里，这是一篇最有价值的文字，是可以和贾谊的《治安策》、诸葛亮的《隆中对》相比的文字。贾谊提出许多卓越的主张，但是在具体问题上还有不够精密的所在。诸葛亮的主张很具体了，但是他劝导刘备的主要是夺荆州、袭益州，这就必然要造成更大的混乱，破坏国家的安定和统一，是对于国家不利的。陈子龙的建议是如何收拾已经破坏的局面，进一步争取国家的统一，这不能不认为是他认识的正确。在当时主持国家大政者的认识仅仅限于江淮一隅的时候，他看到荆、襄，看到川、陕，看到建立水师必须利用福、建、浙、直的人力，这都证明他的眼光超越了当时的当局，确确实实是一个有抱负有主张的第一流人才，但是他的地位只是一位从七品的科员，可算是起码官。管他呢，既然是兵科给事中，他有责任提出他的主张，因此他把他的认识和看法全部提出来。
是不是他的认识还有不足之处呢？当然有。北京的覆灭，由于李自成的起义，这是革命，是一个阶级打倒另一个阶级的革命。但是1644年4月以后据有北京的不是起义的农民而是关外的建州卫。这时自称为大清的统治者。他们正在由奴隶社会向封建社会过渡的阶段。从山海关进入北京以后，他们的目标是掠夺土地和奴役人民，但是他们的口号是支援明朝和讨伐叛逆。因此当时出现了一个三角战争的局面。清政权的敌人是李自成，同时也威胁南京的政权。南京政权的敌人是不共戴天的李自成，但是更大的威胁却来自入关的清政权。李自成的主要敌人是入关的清政权而不是南京新立的政府。问题在于如何解决这个三角战争的局面。解决得好可以维持一个暂时安定的局面，解决得不好，人民必然陷入一个更痛苦的境地。是不是有一个解决得好的可能呢？没有。清政权进入北京以后，它的欲望更大了，每一次胜利只能煽动更进一步的欲望，不吞并明王朝不能满足它的欲望，甚至吞并了明王朝也还不能满足。李自成呢，他的退出北京只是暂时的退出，待到他回到西安，得到更多的人民的支持，他必然要率师东出，统一全国。南京的南明政权呢？它不能忘却北京的光荣，只要力量充沛，它依然要恢复故土。在这三个政权之中，清政权正在逐步地强大起来；李自成受到了挫折，但是从人民中来的政权，经过挫折，进一步靠拢人民，常常获得更大的支援，因此挫折的结果，不是削弱而是不断地壮大。只有南京政权，由于内部的纷争和腐化，正在逐步走向没落的道路。
子龙看到当时的形势，他认为四镇之立，人皆虞其强而难制，自己独忧其弱而未足以为恃，这里正见到他的卓越的见解。四镇的成立，在崇祯十七年五月，福王监国的时候。当时史可法和内阁诸人议定在现在江苏、安徽两省长江以北的地区设立四镇，由黄得功、刘良佐、高杰、刘泽清分统；得功驻庐州，经理光、固一路；良佐驻临淮北，经理陈、杞一路；高杰驻泗州，经理开、归一路；泽清驻淮北，经理山东一路。这是所谓四镇。每镇额兵三万人，岁供本色米二十万，折色银四十万。这样的布置，在历史上是有前例的。宋高宗南渡，在江北分镇；金人渡河，在河北分镇，其结果都失败了。明人分镇，同样地走上了一个尾大不掉的覆辙，其后高杰为许定国所杀，黄得功自杀，二刘降清被杀，都没有得到好结果。在四镇分立的时候，对于左良玉大军没有做出妥善的安排，事实上左良玉也没有完全听命于南京的新政权。至于西南边徼，从当时的南京政权看来，也久已鞭长莫及。因此我们读到子龙《自强之策疏》的时候，更感到这确是一篇不可多得的作品，但是子龙只是一位从七品的科员，他的见解没有得到应有的重视，三百多年来依然没有得到应有的重视。
没有重视是当时的认识不足，但是子龙没有因此动摇自己的信心。七月里他再上《直陈祸乱之源疏》。这里他指出思宗时代祸乱之源六端。他历数几点：
一曰辅臣容悦之患；
二曰诸司贪冒之患；
三曰门户纷角之患；
四曰士节卑污之患；
五曰号令数更之患；
六曰法令太拘之患。
这是对于崇祯一朝的总结，特别在最后一条，他的议论更痛切、更精练。他说：
夫王者之道，执简而驭繁，持纲而举目，任人而已。任得其人，则虽授之以柄，分之以权而无患也。苟非其人，则每事曲防，徒生猜阻，无益事寄。先皇帝太阿在握，综核庶政，而一时大臣，多龌龊庸才，不识治体，好行苛细，每事拘牵。先皇帝欲破格用人，而草莽之士，卒不闻汇升；先皇帝欲会计节用，而出纳之际，卒未闻通变。以致铨宰之地，不得于支条之外，擅进一人；方面之臣，不得于章簿之余，专用铢两。钩稽愈精，事实愈疏，操柄愈一，国势愈轻。大约在上者劝功之意少而程过之意多，以致在下者任事之心衰而避祸之心胜，互相规委，束手坐视，贻祸至今。至于兵凶战危，决计俄顷之间，尤难秉算庙堂之上，而进退机宜，多从中制，将帅承督抚，督抚谘中枢，中枢仰政府，政府取上裁。往返之际，通经时日，机会之来，岂能久待。陆贽所云：“违令则失顺，从令则失宜，失顺则挫君之严，失宜则败君之众”，正谓此也。试观数年以来，如贾庄失律，松山丧师，中州屡败，何尝非寡谋之臣，轻躁之士，不审时事，惟务欲速，图侥幸之功，蹈孤注之祸哉！至其后也，势成瓦解，下不奉令，桀骜之将不能指麾，弃地之臣不能究诘。何则？其始欲其无所不伸，而后必至于皆屈也。臣愿陛下执威福之大纲以尊朝廷，略文法之细条以便展布，以诚信待大臣，因其忠邪以为黜陟，而无事过防；以雄略御诸将，视其功罪以行赏罚，而不为姑息。自当百工成理，师贞永吉矣。……
子龙总结思宗失败和北京陷落的主要原因是正确的，但是对于思宗时期的总结不一定适用于弘光时期。贾庄失律、松山丧师、中州屡败，历数了卢象昇、洪承畴、陈奇瑜、孙传庭诸人的失败，主要原因由于“图侥幸之功，蹈孤注之祸”，这个责任，在于思宗的操切，这是事实，但是弘光时期，完全不是这样。弘光时期，中央政权所能指挥的地区不是两京十三行省的大国而只是东南一隅；所能指挥的不是全国的大军，而是区区四镇和一些杂牌军队，抵御外侮则不足，威胁中央则有余。思宗时期，中央支出除了全国正常收入以外，还可取给予内帑，弘光时期完全不一样了，岁入取给于东南一隅，除了担负四镇的给养以外，所余不足供给朝廷的支出。在这种情况之下，怎样能安定东南，应付清政权南下的威胁和各方的需要，便成为极大的问题。
在现代江苏、安徽两省淮河以南长江以北的地区，如何安排四镇，是南京政权的课题。有四镇不能没有一个指挥四镇的机构，这个机构的首长称为督师。兵部尚书史可法和凤阳总督马士英都是当时可推的人选。现在二人都入阁了，从名义论，资望更高了。马士英提出自己在外多年，需要休息，因此推荐史可法。史可法无从推辞，他说：“居者守，行者御，不敢辞难。”这就决定由可法出镇扬州。
事实上，经过崇祯年代的不断战争，已经出现了重武轻文的形势。这是历史的必然结果。唐末、五代都是这样的。谁能指挥朱温、李克用呢？即以崇祯时代的卢象昇、洪承畴、孙传庭这三人言之，他们是文人，但是他们能够身临前敌，甚至和敌人进行白刃战，可是在他们指挥作战之中，部下尽有不能指挥的情况。他们如此，何况马士英、史可法？马士英在凤阳总督任内，对于部下，都是靠拉拢、靠联络，才能维持一个左支右绌的局面，谈不到有什么建树。
从这四镇来说：他们的实力，比之吴三桂、左良玉，差得太远了。凭这四支兵马，最多只能保持淮、扬、凤、泗一个僵持的局面，他们之间还有矛盾，谈不上并力作战。他们的目标集中在扬州，因为在这个区域内，扬州是一个富庶之区，但是他们并没有固守扬州的积极作战的勇气，因此经常提出要把家属寄顿在江南。这样的军队是没有前途的，这就是说，尽管他们在作战中没有任何把握，有的甚至在敌人面前没有作战的意志，但是他们的需索，他们的跋扈，对于南京的政权构成极大的威胁。
就他们四人分别来说：黄得功、高杰还不愧为血性男子，但都不是大将的材料，他们对于国家虽没有做出较大的贡献，但是还不至于丧心病狂，倒戈投敌；二刘就更差了，刘良佐人品猥琐，刘泽清凶狠残贼；因此在清人南下的时候，他们匆匆地向敌投降，为虎作伥，最后都为清人所杀，这是后话。
从四镇和马士英、史可法的关系论，马士英和他们有联系，史可法没有；从马士英、史可法的才具论，马士英有应变之才，史可法没有；督师江北的责任应当由马士英担负，但是士英知道这不是一个轻易担负得了的任务，因此把督师的重任推给可法，可法只有慨然承担了。
扬州是这个地区唯一的富庶的地方，刘泽清在淮上，他已经满意了；刘良佐比较庸驽，不敢进行争夺，高杰和黄得功是强有力的对手。由谁来占领这个地方呢？高杰的手长，决心也大，一下就夺获扬州的近郊，正在迫近城头。城门早已锁上了。高杰发兵进攻，扬州的一位进士郑超宗出面和高杰磋商，事后他回到城内，城内人哄传超宗出卖家乡，因此不问青红皂白，一顿拳棒，把超宗活活打死。这位郑超宗正是陈子龙的同年进士，从这里我们看到高杰的入城给予当地人民多大的恐慌。
但是高杰毕竟进驻扬州了。督师大学士史可法也来了，高杰把他安排在一座福缘庵里，左右侍从都是高杰的部下，督师所发的章奏，必须经过高杰的检查。事实上史可法已经不是督师，而是高杰的幕僚长，史可法一切不与计较，这才稍得一些展布的余地，但是当时的悍将，不仅是高杰，还有黄得功。得功也要获得扬州。怎么办呢？史可法把他安排在仪真，这是扬州府的属县，距扬州不过数十里。两人中间经过一些火并的斗争，还是可法出来调停。
可法在扬州，幕府中倚重的是任民育、何刚。任民育擢扬州府知府，其后城破的时候，端坐堂上，为清兵所杀。何刚，上海人，崇祯之初，见海内大乱，慨然有济世之志，结交天下豪杰。他的朋友有许都、陈子龙、夏允彝、徐孚远，在北京陷落的前夕，授兵部职方司主事，他和子龙、允彝联络，募兵二千人，准备自海道直达天津。现在升任兵部员外郎，以所部交给可法。马士英看到这是可法的羽翼，连忙把何刚升任贵州遵义府知府。何刚和可法说起，可法哭了，他说：“悫人，你去了，我还依靠谁呢？”何刚也哭了，决定留在扬州，和可法共同作战。
六月间子龙的那篇《募练水师疏》，就是为何刚作的，他说：
……臣伏思君父之仇不可不报，中原之地不可不复，然必须绸缪户牖，保固江淮，以为中兴之根本。守江之策，莫急水师，海舟之议，更不容缓。臣等共推职方司主事何刚，忠勇性成，清介绝俗，令之专司募练，而佐之以原任山阴县知县钱世贵，举人徐孚远、李愫，廪生张密，已经收买沙船三十五只，皆坚致可用。所募沿海材官水卒，共一千余名，内多惯战之士。其制造器甲、修船、练药等项，则中书舍人董庭、都司李时举、生员唐侯等分头经理，一月之内可以就绪。其所用钱粮部札，所有动支正供之议，而该府苦心设处，原有北运水脚及义米等项可以扣算。夫千人之在长江，如双凫乘雁，不足为轻重，然使江南诸郡各为门户之计，共结长鬣之徒，则万人亦不难致，臣等亦聊尽精卫之心，倡怒蛙之气而已。但此举事从私创，未奉明纶，恐任事者之权轻则应募之情缓，伏乞圣明敕下该部专任何刚训练督率，前来江干以资防守，则刚益奋迅，可以弹压鼓舞，而闻风慕义以图报称者，源源而至矣。
这时期清政权发动了一次新的攻势。清人入关，本来是乘人之危，夺取了北京，进行圈地、掠人和鼓励投充的政策，其实是一边掠夺明朝的土地，一边把关外奴隶社会的制度强植到中原的封建社会，来一个历史的大倒退。但是他们还要进行欺骗。这时他们宣布：
予闻不共戴天者君父之仇，救灾恤患者邻邦之义。唯尔大明太祖高皇帝斥逐胡元，剪我仇国，永世宥民，代有哲王。迄乎末造，吏偷民穷，群盗满野，然大行崇祯皇帝秉恭俭之心，弘仁孝之行，德高世替，唯日不宁。蠢兹逆贼李自成者，狗盗之雄，鸱张兽视，忘累世之深恩，逞滔天之大恶，喋血京师，逼殒皇后，焚烧宫寝，流毒搢绅，以金银为营窟，视百姓如草菅，皇天震怒，日月无光。我大清皇帝，义切同仇，恩深吊伐，六师方整，蚁聚忽奔，斩馘虏遗，川盈谷量，游魂西遁，指日擒遗。
予用息马燕京，抚兹黎庶，为尔大行皇帝缟素三日，丧祭尽哀，钦谥曰怀宗端皇帝，陵曰思陵。梓宫聿新，寝园增固，凡诸后妃，各以礼葬，诸陵松柏勿樵。唯尔率土臣民所欲致情于大行皇帝者，我大清无不曲体斯诚，有崇靡阙。宗藩之失职流离者，为尔存恤；士庶之忠节死难者，为尔表扬。轻刑薄赋，用贤使能，苟济生民，唯力是视。深痛尔明朝嫡胤无遗，势孤难立，用移我大清宅此北土，厉兵秣马，必歼丑类，以清万邦，非有富天下之心，实为救中国之计。咨尔河北、河南、江淮诸勋旧大臣、节钺将吏，及布衣豪杰之怀忠慕义者，或世受国恩，或新庸主眷，或自矢从王，皆怀故国之悲，孰无雪耻之愿，予皆不吝封爵，特予旌扬。其有不忘明室，辅立贤藩，戮力同心，共保江左者，理亦宜然，予不汝禁，但当通和讲好，不负本朝，彼怀继绝之恩，以惇睦邻之谊。其有谅力不敢，北面归诚者，当各剿勍旅，佐我西征，或削平所属余贼，用以自效，无不开怀延纳，乐共功名。来归之土，蠲复二年，与民休息，凡诸恩典，俟后诏颁行。若国无成主，人怀二心，或假立愚弱，实肆跋扈之邪谋；或阳附本朝，阴行草窃之奸宄，斯皆民之蟊贼，国之寇仇，俟予克定三秦，即移师南讨，等彼鲸鲵，必无遗种。於戏，顺逆易判，勉忠臣义士之心，南北何殊，同皇天后土之养，布告天下，咸使闻知。
这是一篇充满了欺骗、威胁的作品。在发布的时候，由于清政权的势力，还没有十分稳定，因此一面声明既占北京，不再退出，同时也承认南京政权的存在，认为“共保江左者，理亦宜然”。强盗逻辑的执行和江左实力的存在，其中没有矛盾。我们必须承认机巧变诈的清政权，在17世纪40年代，是一支不可忽视的力量。
这篇作品是当时北京政府的中书舍人华亭李雯的手笔。李雯字舒章，是陈子龙的旧交，他们早年是共同唱和的朋友，作品称为《陈李唱和草》，至今犹见子龙集中。由于时代的演变，他们分手了，子龙在以自己的生命争取南明政权的存在，李雯已经以个人的才华博得奴隶主贵族的赏识。《离骚》的作者说：
时缤纷其变易兮，又何可以淹留！
兰芷变而不芳兮，荃蕙化而为茅。
何昔日之芳革兮，今直为此萧艾也？
岂其有他故兮，莫好修之害也。
子龙缅想当年的友好，现在已经化为敌人的鹰犬，在读到“等彼鲸鲵，必无遗种”的时候，内心的痛苦是可想而知的。
弘光帝的南京政府，这时还是有一些通达政体的大臣，他们议决用左懋第为兵部右侍郎兼右佥都御史，经理河北，联络关东军务。这是一个官衔，其实是担负着和清政权的联系工作。他的副使是马绍愉、陈洪范。绍愉对于关外有一些经验，洪范和清政权有某些程度的联系，这是当时所共知的，后来洪范成为汉奸，这时还没有暴露。
是不是能和据有北京的清政权通和呢？这是一个根本的问题、立场的问题，关于这一点，子龙是有坚定的认识的，因此在左懋第的任务明确以后，他立即上《通敌实出权宜疏》。他说：
……自东敌逆节，兵孥不解，几三十年，中国虚耗，实为祸本。但以运逢百六，寓宅东南，国家事力，难支两敌，而东敌会师杀贼，为我报仇，虽蓄谋难测，而执词甚正，因之通好，稍纾目前，以便并力于西，此亦谋国之苦心也。使臣左懋第慷慨沈毅，有不辱之色；陈洪范谙练辽事，多识陷将，可备机宜；马绍愉曾使敌庭，持节而往，当收魏绛之功矣。以臣愚计，是行也，所授词于使臣者，第云，彼以好来，我故以金帛报谢其酋长，犒劳其士卒，以见中朝之有礼。许之互市，以中其所必须，使其马首不亟南面已。若夫地界、岁币等事，或因遘机会，有利国家，是在大夫出疆之义耳，似不宜求好之太急也。
自古交邻之道，媾出于彼，则重在我；媾出于我，则重在彼；自然之势也。抚赏之典，本朝不废，但犬羊无餍，自我先发，适启戎心。祖宗之地，诚尺寸不可与人，然从来开疆辟土，必当以兵力取之，未闻求而可得者也。求而得之，如金人何尝不以河南、陕西归宋，而宋卒不能守，其无益可见矣。盖我之所要求者愈急，则彼之所挟持者愈重，恐于国体有伤而物力亦有所难支，是在行人慎择之可也。
若夫约敌敢灭贼以报不共戴天之仇，如唐人用回纥之师，事诚有之，然必中国自有信臣精卒，如李、郭之将，朔方、陇右之兵而后可。若专恃他人之力，如宋人借金以灭金辽，借元以灭金，则益其疾耳。昨见天语申饬，诘戎是务，仰见庙谟。更祈密饬诸将奋同仇之气，大整师徒，俟冬春之间，敌骑牵制于三晋，我则移淮泗之师以向殽谷，出全楚之甲以入武关，令川汉之将联络庄浪、甘、宁之义旅，或攻其胁，或拊其背，使敢当其一面而我当其三面，不特逆贼可以一举荡灭，而大功不全出于敌，则中国之威灵震而和好可久矣。镇臣刘良佐与臣言，愿励兵秣马，与敌驰角，必使其畏我而后可和，臣甚壮之。但使国之虎臣各怀此志，何至贻圣明宵旰之忧哉。
至于先朝通好颠末，绍愉娓娓言之，陛下因惜旧枢陈新甲之被戮，而为之议恤。臣窃有进焉。盖先朝通款，不由廷议，唯一二大臣与先帝密谋之，绍愉往返敌廷，使其情事如昨所称述，先帝何惮而中止哉？微闻敌酋慢书有必不可从者，故先帝毅然罢之也。新甲之诛，虽以泄露机密，然其人本杨嗣昌之私昵，贪鄙谄媚，绝无远略，其掌邦政也，大以贿闻，且因司官张若麒欲亟升京堂，巧借催战为功，而松山八万之精锐，尽于一旦。且其在任之日，失事最多，即雒阳之陷，皇考升遐，陛下播迁，问谁秉枢，乃致斯祸，廷臣论劾，不止一人。故先帝震怒，立付西市，则是新甲之诛，乃因于丧师，非因于通款也。若遽加优恤，追论言者，是为奖覆国之徒，绌忠正之论，堕战士之气矣，望陛下详审焉。若绍愉者屡使绝域，劳亦难泯，但今日事体，与先朝不同，臣愿绍愉骋随、陆之辩，励苏、蔺之节，历阶决事，应变无穷，不必更泥往辙，使敌谓秦无人耳。
懋第的出使是一件大事，这是南京政权和清政权之间的一场折中的契机。弘光朝的君臣上下，连同陈子龙在内，都对此寄以重望。但是在未达北京之前，这已经注定是必然要失败的。懋第以经理河北，联络关东军务的任务出使，这是清政权最忌的名义。清政权入关袭取北京以后，对于河北，久已视为卧榻之旁，至于关东，更是视同他们的老家，不容许别人的染指，那还要经理什么、联络什么？这就注定了这一次使命的必然失败。懋第临行之前，奏称：
臣衔经理河北，联络关东。夫河北则山东、北直也，关东则辽东矣。辽东久属建虏，北直今全陷，山东虽杀伪官，多贼，闻胶州被围，贼至十余万。经理实有封疆之责，而往议金缯岁币之事。名实相乖，此衔之当议也。马绍愉昔往款虏辱国，御史陆清源纠之。其通虏臣诚不知，但闻其所许，金十万、银百二十万，逢人颂虏，臣诚不便与之同行也。
懋第这一次的北行是注定要失败的。他和马绍愉、陈洪范同行，携同银十余万两、金万两，缎绢万匹，八月初出发，临行的时候，他再一次上奏：
臣此行生死未卜，请以辞阙之身效一言。愿陛下以先帝仇耻为心，瞻高皇之弓剑，则思成祖、列圣之陵寝何存？抚江上之残黎，则念河北、山东之赤子谁恤？更望时时整顿士马，必能渡河而战，始能扼河而守，必能扼河而守，始能划江而安。
这里还得指出扼河而守的黄河，和南宋初年的黄河不同。宋时黄河在山东无棣县入渤海，后来就不同了，黄河夺淮河故道，由江苏滨海县入海。所以南宋人言扼河而守，山东还在境内；明末人言扼河而守，已经退到淮河以南，地区缩小了许多。不过懋第的主张还是明确的。
懋第北去，十月初一到张家湾，同行者本有三千人，至是清政权吩咐只许带百人同行。懋第入京以后，清政权吩咐住在鸿胪寺。鸿胪寺是当时接待外夷朝觐、诸蕃入贡的场所，懋第当然是不满意的，但是也只得住下了。他请求祭告诸陵、改葬思宗，但是没有得到清政权的同意，只能在住所进行祭奠。懋第是为了通和北上的，但是清政权已经巩固了，没有接待懋第，随即命陈洪范南归，懋第和马绍愉留下。陈洪范在南归的当中，向清政权申称愿意率兵归顺，并招徕南中诸将。
这个时期清政权对于自己的巩固性已经有了进一步的认识。因此对于南京政权进行威胁，十月间下令河南、南京、浙江、江西、湖广等处文武官员军民人等：
尔南方诸臣，当明朝崇祯皇帝遭流贼之难，陵阙焚毁，国破家亡，不遣一兵，不发一矢，如鼠藏穴，其罪一也；及我兵进讨，流贼西奔，尔南方尚未知京师确信，又无遗诏，擅立福王，其罪二也；流贼为尔大仇，不思征讨，而诸将各自拥众，扰害良民，自生反侧以启兵端，其罪三也；唯此三罪，天下所共愤，王法所不赦，用是恭承天命，爰整六师，问罪征讨。凡各处文武官员；率先以城池地方投顺者，论功大小，各升一级；抗命不服者，本身受戮，妻子为俘。若福王悔悟前非，自投军前，当释其前罪，与明朝诸王，一体优待。其福王亲信诸臣，早知改过归诚，亦论功次大小，仍与禄养。檄到之处，民人无得惊惶，农商照常安业，特兹晓谕，成使闻知。
清政权是机警的，在它知道自己的地位已经逐步巩固，同时也知道南京方面的力量由于党派纷歧，文武倾轧而走向逐步瓦解的地位，它便准备发动攻势，夺取统一。这一切都有迹象可寻，南方有识者是不可能不知道的。子龙在这时期有诗一篇，可以玩味。
易水歌
赵北燕南之古道，水流汤汤沙浩浩。送君迢遥西入秦，天风萧条吹白草。车骑衣冠满路旁，《骊驹》一唱心茫茫。手持玉觞不能饮，羽声飒沓飞清霜。白虹照天光未灭，七尺屏风袖将绝。督亢图中不杀人，咸阳殿上空流血。可怜六合归一家，美人钟鼓如云霞。庆卿成尘渐离死，异日还逢博浪沙。
这是一首歌咏荆轲入秦的诗歌。是悲歌慷慨，但不是凭吊嗟伤。庆卿可杀，渐离可死，但是博浪沙中的一击是始终不能灭绝的。子龙有沉痛，有悲哀，但是没有绝望，即使三年以后，奋身自沉的一霎那，他也始终没有绝望。精卫填海，苌弘化碧，唯有意志最坚强的，才是最后的胜利者。
南京政权的成立，从福王监国之初，就种下了纷争的籽粒。福王由崧不一定是一个最不成材的统治者，但是由于他的父亲福王常洵在神宗后期和太子常洛是一个争皇位的人物，以致引起朝廷中的轩然大波，后来发生梃击、红丸、移宫三大案。凡是参与三案的人物，或是涉及三案嫌疑的人物都在崇祯初期归入《三朝要典》，分别定罪或禁锢。是不是这部《要典》都经过核实呢？其实不一定。子龙的挚友夏允彝，在南都覆亡以后，作《幸存录》，曾经指出：
……其不妥者，如杨维垣首参（崔）呈秀，不宜入也，以其力扼韩、文震孟之出，遂处以谪戍；虞廷陛曾参孙居相者，于赵南星原无弹章，竟以纠南星误处之。吕纯如虽有颂珰之疏，疏至，熹庙已宾天，霍维华取其疏稿削去之矣，竟据邸报以入之。此何等而草草罗入，至被处者屡思翻案，持局者日费提防，纠缠不已。迄南都再建，逆案翻而宗社墟矣。此则当局者之咎矣。
从这里我们可以看到，思宗初期，《三朝要典》的定案，其实是十分草率的。在这十七年之中，进用的固然不尽公忠，贬斥的也未必皆是佥壬。思宗的时代过去了，南京政权成立之初，政令所及，不过东南一隅，但是朝野纷争、喧嚣，甚至为思宗时代所不及。史可法的督师、马士英的入阁，当时人都以为用违其才。其实即使马士英出而独当一面，充其量也只能调和诸将，望他能击楫渡江，收复失地，事实也是办不到的。马士英既经入阁了，在他推举人才的时候，他的推举阮大铖原是势所必至。夏允彝之子完淳作《续幸存录》时就说：
阮圆海之意，十七年闲居草野，只欲一官，其自署门曰：“无子一身轻，有官万事足。”当事或以贵抚、或以豫抚任之，其愿大足矣。圆海原有小人之才，且阿珰亦无实指，持论太苛，酿成奇祸，不可谓非君子之过。阮之啊珰，原为枉案，十七年田野，斤斤以十七年合算一疏，为杨、左之通王安，呈秀之通忠贤，同为通内，遂犯君子之忌。若目以为阿珰，乌能免其反击乎？
阮圆海就是阮大铖，是当时的一名才士，后代因为他曾作《燕子笺》，认为他是才子，而因为《桃花扇》的流行，又认为他是奸臣。我们须知明代后期，由于昆剧的盛行，编剧、导演的人才，是相当普遍的，《燕子笺》是一部有名的剧本，但是当时流行的也不只此一部。至于《桃花扇》盛传以后，阮大铖的声名狼藉，确实事出有因，但是平心论之，侯朝宗入清以后，未免投敌，较之大铖，相去不远。独有马士英在南京、杭州相继溃败以后，仍在钱塘江南岸继续作战，功虽不成，终以一死自赎，其论定是值得商榷的。
在阮大铖起用的时候，刘宗周也起为左都御史。宗周对于三案的立场是坚定的，因此一经入朝，随即疏劾马士英。他说：
陛下龙飞淮甸，天实予之，乃有扈跸微劳，入内阁，进中枢，宫衔世荫，晏然当之不疑者，非士英乎？于是李沾侈言定策，挑激廷臣矣。刘孔昭以功赏不均，发愤冢臣，朝端哗然聚讼，而群阴且翩翩起矣。借知兵之名，则逆党可以然灰，宽反正之路，则逃臣可以汲引，而阁部诸臣，且次第引去矣。中朝之党论方兴，何以图河北之贼，立国之本计已疏，何以言匡攘之略。高杰一逃将也，而奉若骄子，浸有尾大之忧。淮扬失事，不难谴抚臣、道臣以谢之，安得不长其桀骜，则亦恃士英卵翼也。刘、黄诸将各有旧汛地，而置若弈棋，汹汹为连鸡之势，至分割江北四镇以慰之，安得不启其雄心，则皆高杰一人倡之也。京营自祖宗以来，皆勋臣为政，枢贰佐之。陛下立国伊始，而有内臣卢九德之命，则士英有不得辞其责者。总之，兵戈盗贼，皆从小人气类感召而生，而小人与奄宦又往往相表里。自古未有阉宦用事，而将帅能树功于方域者。惟陛下首辨阴阳消长之机，出士英仍督凤阳，联络诸镇，决用兵之策；史可法即不还中枢，亦当自淮而北，历河以南，别开幕府，与士英相犄角。京师提督，独断寝之，书之史册，为弘光第一美政。
宗周的议论不能不算是有见识，但是宗周的主张，不但不能见诸实行而且更激起矛盾的暴发，为弘光一朝的覆没，起了促进的作用。
在这样一个僻处东南、艰危叠见的时代里，大臣们的高谈阔论，无补时艰，实在是可以令人担心的。七月间子龙上了《恢复有机疏》。他说：
方今殷忧之会，天步艰难，大仇未殄，不共戴履。臣伏处田间，自谓当此之时，陛下必日坐便殿，与宰执之臣，亲决庶政，三事大夫，莫不夙夜，百僚奉职，朝令夕行，而且下哀痛之诏，兴缟素之师，呼苍兕以济江，秉白旄而问罪，庶足以泄神人之愤，慰普天之望也。自入国门，将再旬矣，唯遣北使，得一聆天语，不识密勿之臣，英谋宏议，日进几何，但见官署寂寥，人情泄沓，交鞍击毂，宛然泰阶之风，好爵高班，无异升平之日，从无有叹神州之陆沈，念中原之榛莽者，岂金陵佳丽之区，六朝风流之地，可供清谈坐啸耶？臣恐王敦、祖约、苏峻之徒不绝于世，面王导、陶侃、温峤之亚未见其人，又无论西苻秦而北石赵也。清歌漏舟之中，痛饮焚屋之下，臣诚不知所终矣。
昨行中元上陵之礼，臣等瞻拜之余，徘徊陵阙，北望依依，不知十二陵之碧瓦金铺，寓驹石马，尚能无恙与否，而先帝先后之梓宫何在，此时之遗民故老，有提一盂麦，操一豚蹄而凭吊者乎？不觉悲恸伏地，诗人所谓“眷焉顾之，潸然出涕”者也。兴念及此，陛下当励勾践卧薪之怀，坚齐侯不饮之志，而群工庶尹，皆当砥砺锋锷，奋发志意，克诘戎兵，修我戈戟，弋大风于殽函，射天狼于蓟北，然后扫地以答穹苍，清宫而迎大驾，乃为正也。日来上游传报，谓贼徒西遁，承襄可复，而督辅疏称山东、河北，义旗云起，咸拭目以望王师。事会之来，间不客发，而朝廷晏然置之度外，何以收三齐技击之雄，慰燕赵悲歌之士乎？臣恐此属知朝廷之不足恃，不折而归敌，则豪杰皆有自王之心矣。
昨闻朝廷欲设总督于荆常以通楚、蜀，而督辅议复济宁河臣，及大名开镇。此等皆急务也，而苦于乏才，应之每缓，事机倏忽，谁能待之。盖国家之兴废，每视人才之盛衰，况当拨乱之时，必有非常之人，任重负远之器，而后可办此大事。宋之南也，事业最不足道，然如李纲之通大略、见兵势，赵鼎之刚决敢断，卒胜虏伪，张浚之志存灭贼，百折不回，其人皆未易及也，而当时所以劝人主者，大都出于精明英武，不可为苟且偏安之局，故用虽不竟，规模亦有可观。今兹济济，贤哲充庭，以臣观之，凡厥政机，大约安静调停之意多，而振作有为之意少。新朝初建，事同创业，而侵官越职，威柄倒持，纪纲法度，隳坏已极。其始也，皆起于姑息一二武臣，以至凡百政令，皆近于优柔而寡断，弛缓而不张。盖先朝以猛而致败，自当济之以宽，然宽猛皆一偏之术，俱未免于有弊，唯大中至正，不刚不柔而后可也。方今寓宅江表，国步凌夷，五大在边，二敌窥伺，必得上下辑睦，宫府一体，开诚布公，进贤远佞，穷日夜之力为之，犹以为晚也，今乃似一切因循遵养而已，汉贼不两立，王业不偏安，臣甚为之寒心也。
臣愿陛下思念社稷之重，时时延见群臣，访求人才，讲论治道，明谕宰执，担荷大计，告诫百工，痛洗积习，不率从者纠之以法。冢臣已至，应将楚、蜀、山东、河北节镇之官，速行推补。治兵之臣并日训练，治赋之臣通局会算，战守之策，预行布置。今当节应清商，蓐收司令，鸷鸟将击，利用讲武。陛下建龙旃、乘戎辂、先幸京营，行大阅之札，弭节江浒，大集舟师，聚水犀之甲，观横海之军；分命辅臣，一至芜湖，一至京口，以视险要，固根本，使天下晓然知陛下决意用兵，奋扬武节，无论忠臣义士，皆愿荷戈以从，即江北四镇，鄂渚全军，孰敢不为天子先驱者。然后下诏亲征，六飞北伐，归重淮渍，令一军由归亳以入汝洛、攻潼关，一军由襄邓以叩武关，出褒汉。巴蜀之甲，燕晋之师，则用之为奇兵，为声援，逆贼授首，可以计日而待矣。若悠忽萎靡，玩日愒月，粉饰岁月，偷安旦夕，臣恐东南之势危若累卵，此《曹风》之所以赋《蜉蝣》也，可不戒欤？惟愿陛下与二三大臣交警，以倡率天下而已。
臣实见事实可为，而国势甚弱，国是未定，不敢雷同以颂新政，自附于周昌之谔谔，唯陛下采择焉。
这是子龙的《恢复有机疏》，但是在这篇文章里，我们看不到机在何处。弘光帝是一位平凡昏庸的人才，这原是可以想见的，因为在封建王朝，统治者不仅怕起义的人民、卓荦的大臣，更怕雄杰的诸王、飒爽的弟兄；他孜孜矻矻，只要培养唯唯诺诺、昏庸无能的人物，这样他才可以心安理得地享他的威福。弘光帝的平凡昏庸，本来没有什么稀奇。现在要他担负这“事同创业”的重任，他没有受过这样的教育，也没有这样的思想准备。那么这个“恢复有机”，机在哪里呢？弘光帝面临的敌人不是一个而是两个。他凭什么去应付得寸进尺、磨牙吮爪的建州，又凭什么应付攻下北京、逼死思宗的义军呢？一个敌人还应付不了，现在是两个！从另外一点看，从神宗以来，国家的支出，除了经常的岁入以外，还有内帑、有矿税、有关榷，这是具体的情况。思宗末年，罗掘俱穷了，但是故宫里面还有埋在地下的银两。可是到了南京，那可什么都没有，所有的幸亏还有江南的漕粮，但是把一切都搜净了，除了供给四镇的正常粮饷以外，剩余不到三分之一，那么子龙所说的归亳、襄邓、巴蜀、燕晋之师的装备给养出在哪里？所说“恢复有机”的机又在哪里？这里看到子龙对于当时的具体情况，尽管他是看到一些，但是客观的形势，不能容他把看到的完全说出来。
这一年八月，南京小朝廷里，发生了一次大闹朝堂的活剧。后来子龙曾经和夏完淳谈起。完淳是当时的一位天才，父亲夏允彝，是子龙的多年挚友，自己又是子龙的学生，因此子龙对他把详情都谈到。
南京的朝廷里，大学士高弘图、张慎言、徐石麒、姜曰广和左都御史刘宗周都是名臣。马士英由凤阳总督改兵部尚书，入阁以后，汲引阮大铖为兵部侍郎。大铖有才，由于是逆案中的人物，因此在声誉上较差，这就造成当时大臣们和马、阮的对立。特别是姜曰广，更加是疾恶如仇，情绪非常紧张。八月间，在一次朝会里，曰广面对弘光帝提出辞职。
曰广说：“微臣触怒权奸，自分万死，圣恩宽大，犹许归田，但臣去后，皇上还当以国事为重。”
弘光帝说：“先生说得是。”
“权奸”是谁呢？弘光帝明白，但是不便说出来。可是这就大大地触怒了马士英。士英明白这是指的自己。
马士英俯服下去，他说：“姜曰广，你说我是权奸，可你是一位老贼。”他在皇帝面前叩头，慨然地说：“臣从满朝异议之中，拥戴皇上，可是现在我老了，愿以犬马余生，仍回贵阳原籍，以避贤路。”
姜曰广看到士英在那里撒泼，顾不得激动，大声呵斥道：“马士英，你说拥戴，拥戴是可以居功的吗？”
“你说什么？在商讨戴立的时候，你姜曰广不是提出要拥戴潞王的吗？”士英把曰广的老底都揭穿了。
弘光帝看到两位大学士在那里纠缠，感到不成体统，只是说：“潞王是我的叔叔，为人贤明，原也可立。二位先生在这里的言论，千万不要在外间再提，免至有伤国家的体统。”
君臣们讨论一些国事，弘光帝唯恐搞出更多的麻烦，因此传令退朝。
皇帝回宫以后，大臣们也退出。姜曰广这位江西人，本来容易发火，马士英落到“权奸”的称呼，当然更不甘心，他们一边出来，一边还是“老贼”“奸臣”的对骂，这是当时的一幕活剧。
马士英和阮大铖之间的联系，子龙在自撰《年谱》中也有记载。他说：
贵阳，先君同籍也，遇予亦厚，其人傥倜不羁，久历封疆，于门户之学，非素所深研也。当困厄时，与怀宁为狎邪之交，相欢如父子，浸润其言，且曰：“苟富贵，无相忘。”及贵阳柄用，而怀宁挟其权智以御之，且责前盟。见攻之者多，则曰：“彼党人者，不杀我两人不止。”又造作蜚语，以为主上之立，非诸君子意，故力攻拥戴定策之人，以孤人主之势。盖怀宁挟贵阳以为援，而贵阳挟主上以自解。
予因正告贵阳曰：“怀宁之奸，天下莫不闻，而公之功，亦天下所共推也。公于人无毫发之隙，奈何代人犯天下之怒乎？且公之冒不韪而保任者，以生平之言不可负也。公以素交而荐之，众以公义而持之。使公既信友，又不害法，则众之益公者大矣，而公何怒为？今国家有累卵之危，束手坐视，而争此一人，异日责有所归矣。”
贵阳曰：“逆案本不可翻也，止以怀宁一人才不可废耳。”
予曰：“公既不能负怀宁而独用之，则怀宁又何辞以拒同科之数百人而独登仕乎。一小人用，众小人进，必然之势。一逾短垣，虽公亦无如之何矣！且公为宰辅，苟能真心以求天下之才，何患无人！如怀宁者何足数哉！”
予又进曰：“公之拥戴主上，以赞中兴，巍巍之功，有识共瞻。然公每以定策自居，则窃以为不可也。夫人臣而以定策自居，必上见嫌于人主，而下取谤于海内。公历览史册，以此自全者几人哉？”
贵阳曰：“我非敢然也。人方欲杀我，不得不持此乞命于主上耳。”
予应之曰：“主上以亲以贤，亿兆乐推，谁有异议？凡此皆奸人造作流言，以伤君相之心，惑天下之志，公奈何堕其术？且主上抚有区宇，乃曰翼戴者止数人，而贰心者遍朝野，何示天下以不广乎？公若能远谗去佞，唯贤是与，劳谦不伐，秉心无竞，而士大夫尚有以微文及公者，某不信也。”
时贵阳以予为新建门下士，而诸君子多素交，稍信之。
数日后新建师语予曰：“日来贵阳在阁，气甚和，亦绝口不言定策事，君谠言之力也。”
贵阳家厮隶臧获大都受奸人指，为刺意气，且置人屏幕间，察客语云何，予言无虑不尽漏，群小怨益深矣。
这里所说的“贵阳”指马士英，“怀宁”指阮大铖，“新建”指姜曰广。马士英和子龙的父亲所闻同年进士，因此子龙说是“同籍”。明代人对于同年的关系看得特别重，从这里我们可以见到马士英和陈子龙所说的都是推心置腹的。从另外一面看，马士英和阮大铖的关系，并不是很深，但是正由于当时人把他们推拢，因此他们更接近了，以致后人统称他们为马阮，其实两人的立场并不完全一致，这从他们日后的结局可以看得更清楚。
子龙的兵科给事中发表以后，崇祯十七年六月到任，八月乞假回籍，先后在朝五十日，他的职务虽重，但是他在任的时间并不长。他的官只是一位七品官，但是他始终以天下安危自任，并没有因为官小而缄默不言，这是他的特长，也见到他的许身为国。他所说的是不是能做到，他是顾不得的，因为他是言官，进言是他的责任，但是在他进言的时候，确曾考虑到能否实现，至于事情的本当实现、可以实现，而负国家重任的君主和大臣，却没有认真贯彻，坚决实行，这个责任便不在子龙身上了。七月上旬，他上《敌情叵测疏》，指出河淮当守。他说：
议者孰不曰守淮守河，然淮自濠梁以上，秋冬之际浅而难守，南唐有成事也。河自徐邳以上则归德汴洛之境，荒远近寇，未易言也。今我所恃以为江北之障蔽者四镇之兵耳。刘泽清扼守淮阴，刘良佐开镇濠寿，差为得策矣。扬州本属内地，无藉兵守，高杰之来，以安顿家眷耳，今秋气渐爽，闻其久怀进取之图，自当速往徐邳本信，以控黄河上流。黄得功素称忠勇，岂肯坐论真州，亦当移屯符离宿州之间，以便东西策应，其应用粮饷，当先行会计，陆续措发，移兵之期，断不可过此月也……
数月以来，料理江防，兵非不多，将非不勇，但患统制未一，分信未明，船只鲜少耳。今黄蜚虽未受事，而上有郑鸿逵之师，下有黄斌卿之师，以南将南兵守江，计颇得矣，但当画分信地，凡诸零星兵船皆附丽之，而令其益广招募，除操江定额二万人外，郑、黄二帅，须各统一万二千人，船五百号，以一兵部郎监其军，而后声势始壮。今斌卿尚在候领册印，似当即日给发，令其克日受事者也。至于连日传报，北来官兵难民络绎南归，此固当亟为抚纳，但宜择淮北各州县以安插之，仍为之接济可也。若皆令渡淮，主客未能相安，措置之方无容轻率耳。
南京政权建立四镇，主要目的在于扼守江淮之间。四镇成立以后，对于南京，所起的保卫作用是不大的。刘泽清的实力较差，据守淮安，时不时还要对南京政权进行威胁和侮弄。刘良佐的兵力更差，他驻扎在临淮，对于南京，也不是唯命是从的。高杰和黄得功兵力最强，高杰的信地在泗州，黄得功的信地在庐州，但是一个盘踞扬州，一个盘踞仪真。两支强大的军队所考虑的不是怎样去击败敌人，而是怎样固守或是夺取这座繁荣的扬州城。高杰首先夺获了这座城市，黄得功的目标就是夺取它。国家的前途，人民的前途，他们是不管的。督师的大学士史可法，由于他的忠诚，是从福缘庵出来了，但是他并没有获得指挥的全权。国家的成败是可以想见了。
南京政权是当时的中央，但是这个中央始终纠缠在人事纠纷的当中。大臣们的斗争是没完没了的。一切的努力消磨在相互牵掣、相互抵触中。他们不是不知道当前的形势，清政权的野心正在不断地扩大，李自成回到关中整顿兵马以后也在积极东进。连同南京方面计算，这三个政权的实力，必然要在畿南、河南和黄淮以北的地区发生一次决战。但是南京的大臣们考虑的还有一个势力再分配的问题，国家的命运正在龁啮着这位兵科给事中的心头。七月下旬，子龙曾上《布置楚、豫疏》，那时他就说起：
臣闻中原者天下之腹心也，楚、豫者天下之领项也。欲定天下，必规划中原，欲保东南，必经理楚、蜀，臣前疏已言其概。
今敌据幽燕，逆寇丧败之余，未能悉甲与争易水之上也。避坚击罅，其势非出潼关以躏豫，则由襄邓以窥楚。豫中虽有土寨义兵，受我位号，然大要皆群盗耳。楚中亦有团兵保聚，而势危力弱，非有重兵鼓舞联络，何资捍御？且近传撤承襄之贼以入关，安知非卑飞敛翼，欲出我不意，狡焉启疆耶？布置之道诚不可迟矣。
昨见原任巡抚杨鹗请贵州仍设五省总督，驻公安、松滋之间，而偏沅仍设巡抚。奉旨：“著部科会议。”又同官罗万象请撤无用之楚抚一疏，奉旨：“黔督已更巡抚，偏抚即改川湖云贵总督，驻扎荆常。”大约与鹗议相近，特鹗议仍留偏抚，而庙算则增一黔抚耳。以臣愚见，年来楚疆破坏，皆始于建置无常，分割无定，以致节制不明，彼此推诿。今总计楚、豫之境，当设二督三抚。
夫荆、常之间，大江之门户，楚、蜀之咽喉，陆抗所云：“当倾国以争西陵”者是也。黔中既设抚，则总督可专办楚事，而且可以取财赋予湖南，取兵马于滇、黔、巴、蜀及五溪蛮夷君长，其策至当也。本宜开镇荆州，若以荒废不可居，则驻节公安，徐图展葺移屯。此外则当设一楚豫总督于襄阳，为规复中原之渐。襄阳未复，即命督臣鼓励左帅一军，率惠登相、毛显文之徒，暂驻德安，以图恢剿，而徐招土著以为长守之计，其衔应称总督楚、豫，巡抚承、德、襄阳等处，以示责成而承抚可裁也。此二督者立，则形势得抗要矣。豫中设一抚，令其建牙于汝宁、归德之间，以规汴、洛，此易知也。唯楚中设抚，分信宜明，郧阳一镇，山深地瘠，仅能自守，襄虽设督，不可废也。楚抚驻扎武昌，则洞庭以南诸郡，皆当属之，而江北之汉阳、蕲、黄，旧本一道，况扼守汉口，必赖舟师，自应归楚抚统辖，不宜专顾江南也。总之，环楚之界，郧抚本兼制秦、豫，今就楚而言，则郧阳一府，其信地也。武、汉、黄、长、宝、汉、永七府，则楚抚之信地也。承天、德安、襄阳，则楚豫总督之信地也。荆州、岳州、常德、辰州，则五省总督之信地也。如此则疆土各有专责，而犄角应援，皆可布置矣。夫裁一偏抚而改设一五省总督，裁一承抚而改设一楚豫总督，官不增而提挈较便，至善之计也。若夫川中，跨有梁、益，北则李贼狡窥，南则献贼蛰伏，中复有摇黄腹心之疾，非一人所能兼顾，必须仿唐世东西川两节度之制，分置二人者也。至于楚中，用团兵以守地方，即以土人为之官长，其事诚便。除听抚按随才器使外，凡三楚绅士，流寓于吴越之间者何限，宜逐一访确，但不能为罢吏借题耳。若有才可用，及相应得官者，即补楚中监司守令，既有位号民社，则还乡差易。在彼得遂其返闾井守丘垅之乐，而国家可藉以保障，胜于异国之人，视荆郢如绝域，迁延岁月而不赴者多矣。
子龙对于楚、豫的布置，是有他的认识的。从这里我们可以看到他在编定《皇明经世文编》的时候，在思想基础方面，已经下了很大的功夫，因此他在六年以后，能提出具体的方案。一切的成就都必须在早年做出充实的准备，到必要的时候，才能提供卓越的布置。
这年秋天，由于刘宗周的起用问题，南京中枢又发生了一次争执。宗周在思宗时代，是有名的大臣，官至左都御史。在明代监察权特别吃重的时代，这是一个非常紧要的位置，因此《明史》把六部尚书和左都御史同列入《七卿表》。可是宗周也正因为忠言谠论，遭到思宗的罢斥。弘光帝在南京即位后，起宗周仍为左都御史。可是宗周一到南京，认为大仇未报，不敢受职，自称草莽孤臣，上疏陈时政，他在结尾中说：
当贼入晋流秦，渐过畿南，远近汹汹，独大江南北晏然。而二三督抚不闻遣一骑以壮声援，贼遂得长驱犯阙，坐视君父之危亡而不救，则封疆诸臣之当诛者一。凶问已确，诸臣奋戈而起，决一战以赎前愆，自当不俟朝食。方且仰声息于南中，争言固圉之策，卸兵权于阃外，首图定策之功，则封疆诸臣之当诛者又一。新朝既立之后，谓宜不俟终日，首遣北伐之师。不然，则亟遣一介，间道北进，檄燕中父老，起塞上名王，哭九庙，厝梓宫，访诸王。更不然，则起闽帅郑芝龙，以海师下直沽，九边督抚合谋共奋，事或可为。而诸臣计不出此，则举朝谋国不忠之当诛者又一。罪废诸臣，量从昭雪，自应援先帝遗诏及之，今乃概用新恩。诛阉定案，前后诏书鹘突，势必彪虎之类，尽从平反而后已，则举朝谋国不忠之当诛者又一。臣谓今日问罪，当自中外诸臣不职者始。
宗周的议论是正确的，但是宗周的对立面是当时南京中枢的大臣和阃外的大将。这样势必把当时已经存在的矛盾更加激化起来，对于南京政权的前途是不利的。夏允彝之子完淳在《续幸存录》中曾说：
马本有意为君子，实廷臣激之走险，当其出刘入阮之时，赋诗曰：“苏蕙才名天下绝，阳台歌舞世间无，若使同房不相妒，也应快杀窦连波。”盖以若兰喻刘，阳台喻阮也。尚见为臣之体。
允彝、完淳父子的气节，在明末是少有的，持论有独到之处，对于马士英的为人也有一定的认识。由于他们死在阮大铖之前，因此对于大铖的晚年认识不足，把刘宗周和阮大铖相提并论，显然是不当的。
宗周上疏以后，弘光帝随即宣付史馆，这是一种鼓励。宗周再疏，直指马士英之偏私误国与高杰等之骄悍失律，而且是指名道姓，不稍宽假。疏文在前文中已详述，兹不具引。
刘宗周的议论是正确的，但是效果却不好。这里有一个动机和效果的问题。政治是现实的，我们必须从效果来衡量政治的措施。四镇未立以前，必须考虑建立四镇以后必然要产生的问题。从当时的现实看，建立四镇，不但不能起抗拒清军南下的作用，而且养痈成患，对于朝廷的安全，甚至构成一定的威胁。因此事前就不应当考虑四镇的建立，在当日的情况下，不建立四镇，四镇也无从提出必须建立的要求。但是一经建立以后，提出废除，必须提出废除四镇的理由，这是当日南京政权必须首先考虑的。孔子说：“成事不说，遂事不谏，既往不咎。”宗周提出这样的主张，对于国家的安定是不利的。从另一方面说：马士英是有一定才能的，但他是不是一位大将之才，还是值得考虑的。从以前的成就看，他在凤阳总督任内，只能做到交欢诸将，没有树立赫赫之功；从以后的事业看，他在西兴江上，也只是旅进旅退，虽然克保晚节，也没有什么成就。那么刘宗周的议论，也于事何补。上疏以后，不久宗周离开南京。
九月，起用黄道周为礼部尚书兼翰林院学士。宗周、道周，都是当时的名臣，但是对于当时的政局，都无法起到积极的作用。
崇祯时代，刘宗周、黄道周都没有得到重视。现在他们来了，但是依然没有得到重视。宗周甚至受到武臣的怨恨，时时有被刺的危险。八月间，子龙上《论召对内降疏》。他说：
陛下龙飞以来，求贤若渴，搜岩剔穴，耆硕尽登……然几微之间，端倪之际，臣在谏职，敢不直言。
其一在宪臣刘宗周之宣召也。夫宗周之清贞，海内尽知。陛下起之田间，诏旨温切，几于轩访崆峒，尧拜姑射，喜起之风，千载罕见。今入国门数日矣，寄居萧寺，不得一望天颜，于前者面询之谕，何寂寥也。在陛下渊衷，以方谕大臣和衷共济，恐宪臣戆直，奏对之际，复生异同。然臣以陛下疑畏君子之机，自此生矣。夫老成之意，无非爱君。言而当，固宜虚受；即未当也，亦宜优容。君臣之间，何嫌何忌，而为此踌躇也。且天下贤者莫不视宪臣之用舍以为进退。若未至，待若神明；既至，不承权舆，臣恐君子有携手同归之志，黄道周之流，皆踯躅而不前矣。陛下谁与共治天下哉？任贤而不能信，仲尼以为害霸；善贤而不能用，郭公至于失国。臣愿陛下详思之，立召宪臣，访以治道，速使任职以肃纪纲，天下幸甚。
其一为张有誉之特用也。夫计臣之清端敏练，百僚所服，司计之选，在廷无出其右者。陛下知人善任使如此，虽汉高何以过，臣复何忧。但爵人于朝，与众共之，古之制也。以尧之大圣，犹咨询岳牧，盖虽聪明跨绝群下，而必以谋于众，舍己从人，为常经大法耳。故内降之事，历世所争，无论斜封墨敕，滥及邪秽，即用而当，宰相必应缴驳，谏官必应论奏，而贤者亦必不乐就之。昔诸葛亮有官府一体之论，唐人有不经凤阁鸾台何名为敕之叹，政令所关，诚宜兢兢也……臣等不争，则幸门日开，臣等争之，则已有前例。即陛下太阿在握，必无他移，万举万当，而立国之始，当示圣子神孙以万世之法，安可自违成宪，致生厉端，臣愿陛下坚持之，收回成命，仍令冢臣会推点用。在有誉虽以特达为荣，而尤以佥谋为贵，亦所以安贤臣之心也。
这里有两个问题。第一关于刘宗周的进退，上面已经说过了。其次是关于人事的问题。南京政权的能否存在，决定于人才的进退。从具体情况讲，南京政权的存在，不是一个简单的问题。北京有清政权，西北有李自成，他们之间有不可调和的矛盾，但是他们对于南京政权的存在，都不能容忍，这是一致的。所以南京政权如能克服内部的矛盾，步调一致，奋发图强，就有存在的理由，不然的话，只有走向灭亡。
但是，南京政权的内部矛盾是无法克服的。
刘宗周去了。南京政权起用黄道周为吏部左侍郎。道周看到不是自己出来的时机。马士英托人和他说：“幼平（道周字）不出山，是不是准备和史道邻（可法字）共同拥立潞王？”这样，道周只有来了，但是只能提出如何进取中原的策略，实际上还是托之空言。道周的官衔提升了，是礼部尚书、协理詹事府事。明代的礼部尚书只是晋升大学士的阶梯，但是在朝政日非的当中，即使挂上了大学士的空衔。也是没用的。不久道周也辞职了。
问题落到陈子龙的身上。景仰的刘宗周去了，师承的黄道周也去了，座师姜曰广九月间又去了。他们和马士英的矛盾，已经发展到不能并存的地步，先后都去了。可是马士英是陈子龙的年伯，子龙和马士英不是没有来往的。这一切都使他感觉到很为难。
当然，从现代人看来，国家是高于一切的。只要于国家有利，什么都不应当顾惜。但是子龙所处的境地，确是非常困难。一位七品官的小科员，对于国家的前途能起多大的作用呢？他知道他应当豁出自己的一切，为国家前途尽个人的力量；可是自己即使豁出去了，对于国家没有丝毫的补益，那么这样豁出去，又是为了什么？！
这样的痛苦是火上的煎熬，是心头的毒螫。“三山半落青天外，二水中分白鹭洲。”南京的苍茫景色，竟容不下这位江东才子。子龙上《请假葬亲疏》，他说：
臣海壖竖壖，单门薄祚，少而孤露，痛深鲜民。臣祖臣父母之没，远者二三十年，近者数年，既以贫窭，又兼羁宦，四丧未举，荏苒岁月，尝思舆台皂隶之家，马医夏畦之鬼，咸得一抔之土，而臣祖父世受国恩，经时暴露，臣之不孝，中夜自伤。今春量移，便道里门，始得一不食之地，营窀穸之事。日月有时矣，又蒙圣恩，起补原职，本拟克葬之后，乃始趋朝，恐违“不俟驾”之谊，且国家多故，急欲一觐天颜，故星驰就列，愧无寸补。昨得家报，知择日于九月之杪。臣终鲜兄弟，旁绝期功，止一祖母在家，侵寻老病，非臣自归，不能襄事。且江南之俗，拘忌时日，虽小道不言，而颇见征验，若失其期，便有违碍，倘复迁延，则臣永为圣世之罪人矣……
子龙《请假葬亲疏》上去以后，八月十一日奉旨：“陈子龙准给假三个月，即来供职，不得迟延。”事实上他九月末方回松江，他在《年谱》中说：
予私念时事必不可为，而祖、父俱在浅土，甚惧，请急归营窀穸之事。蒙恩允放。予在言路，不过五十日，章无虑三十余上，多触时之言，时人见嫉如仇。及予归而政益异，木瓜盈路，小人成群，海内无智愚，皆知颠覆不远矣。十一月举一子、妾沈氏出也。十二月始克葬祖考、皇考、两先妣于青浦之富林东阡，遂徙家焉。
今本《陈卧子兵垣奏议》存三十四篇，存目四篇，共三十八篇，与《年谱》所称“三十余篇”合。《募练水师疏》六月奉旨，《经筵宜重疏》八月二十二日奉旨，是年七月大建，自六月末至八月二十二日，前后不止五十日，所谓“在言路不过五十日”，举其成数而言，实不止五十日。子龙生于华亭，至此迁青浦县富林，又称广富林，因此称华亭人，又称青浦人。