从崇祯十三年（1640）秋后到十七年（1644）之初，这不足四年的时间里，子龙在绍兴推官任内。关于这段时间，子龙留下了比较详细的记载。
从崇祯十三年（1640）秋后到十七年（1644）之初，这不足四年的时间里，子龙在绍兴推官任内。关于这段时间，子龙留下了比较详细的记载，同时他的晚辈王沄也留下一篇《越游记》，因此我们对于这时期内他的生活，可以了解得更多一些。
子龙的官职是绍兴府推官。绍兴府治在现在的绍兴市，推官是司法官，是绍兴府专管审判、检察的官，可是因为职务的关系，他还得经常到杭州去。杭州是浙江的省会，除了一般官吏以外，还有专管盐务的内监崔磷。地方官吏到杭州的都得到他那里晋见，事实上他的地位是在巡抚或是巡按御史之上的。思宗时代内监的地位，经过几次的升降。思宗接位的时候，由于他了解到太监魏忠贤的作威作福，曾经把驻在京外的内监全部撤除，这是深得人心的，但是不久以后，他感到京城内外的大小官吏不尽可靠，不能把京外的内监全部撤除，在他的思想意识中，不断跃出这样的呼声：官吏都得为自己的子孙考虑，为了要挣下一份可观的遗产，贪赃枉法，在所难免，可是内监们是用不到为子孙考虑的，因此不可能贪赃枉法，而且随时可以调京考察，这就成为比较可靠的客观条件。思宗一朝，内监的地位，经过几次的大起大落，但是还是以重用的时期为多。由于内监们对于皇帝可以经常见面，直接进言，因此他们在当时的内外行政机构中，树立了一种坚定的威信。当然，这只是一种错误的判断，不一定可以信赖，可是形象一经完成，必然会在大小官员中产生作用。
在杭州城内，崔璘竟成为州县官膜拜的对象。晋见的时候，他们都得献礼、下跪，有的甚至转而请求崔磷的推荐。那时的词汇，称内监为内相，就是说他们在宫中的地位是当时的丞相。这也不完全违反事实，魏忠贤当权的时候，魏藻德不曾仰承他的鼻息吗？那是说，内监的地位，有时竟会远远超过当时的大学士。
可是尽管子龙经常因公到杭州，他从不去谒见崔磷。有人和他说：“还是去一下好，我们真为你担心！”
子龙只说：“要是去给内监屈膝，那倒不如回家好，多少还有一些活路。”他始终没有去，崔璘不久也离开了杭州。
推官只是一名佐贰官，随时可以由长官另行派遣的。不久诸暨县的知县官出缺了，布政司指名要子龙去署理。诸暨县在山区，接连遭到五年的水灾，因此人民的生活困难，打家劫舍的事也就层出不穷。子龙知道当地的土豪，有许多犯了罪，正蹲在监狱里。他把他们找出来，提醒他们自己所犯的赃罪，要他们检举盗贼，立功赎罪。在这里他举行保甲法，要求人民连环互保；实行连坐法，在捕获真盗以后，即行依法处理，地方逐步安定下来。
那时诸暨地方，流行着捏造罪名，进行诬陷的风气，待到官府代为申理，受害的已经家破人亡，无可挽回了。
在子龙到任的初期，一次乡间人击鼓鸣冤。他痛哭流涕地说起儿子被邻居杀了。
杀人是一件重大案件，子龙当然要立刻处理。他问是哪一天谋杀的。
“是昨天。”
“怎样杀死的？”
“用铁锥打碎脑袋的。”乡间人说。
“你家里离县城多远？”
“四十里。”
子龙立即吩咐备马，前往验尸，奇怪的是苦主再三提出，道路艰险，不敢劳驾，这就益发引起子龙的怀疑。可是他坚持要去。衙役们打着灯笼火把，子龙跨马，连夜前进，果然是一具男尸，他是苦主的儿子，但是因痨瘵病死的，已经好几天了。经过审讯，这才理解到两方本来是冤家，恰好这家的孩子死了，因此把杀人的罪名嫁祸给对方，那时重则监禁，可以趁此报复；轻则和解，也可以得到赔偿。不料子龙连夜赶到现场，做出适当的处理。
诸暨是有银矿的，矿场就有好几十处。万历年间，曾有内监到此开山，后来封闭了。矿场的周围，便成为游民麇集的所在，这时已经聚集到数千人。子龙为了预防变乱，一边对于头头进行法办，一边却对群众进行疏散。正在推进的当中，一位武官手持巡抚熊奋渭的指令，大意说是饥民无所得食，只能由他们进行淘沙，一边解决衣食的问题，一边也可为国库增加一定的收入。他最后指明“事或可行，仰该县条陈利害，即日上报”。子龙仔细一看，指令是确实的，关防也符合，可是事件还不尽可信，因此一边吩咐属员热忱款待，一边具文上报，探询是否属实。及至巡抚衙门正式公文下达，这才知道指令是捏造的，什么“救济饥民，增加收入”也是虚伪的。这才把那位冒官诈骗的犯人，依法处理。
崇祯十四年的正月，子龙到杭州贺节，回诸暨的时候，正值大雪封途，山路皆断。子龙驰车直前，一路看到饥民千百为群，肩上背着米袋，手执长刀。
子龙停下车，问道：“你们准备怎样？”
百姓认识是陈知县，可是他们并不害怕，只说：“粮食没有了，店铺也不开市，只有到大户家里分粮。”
子龙对他们进行劝解。他和他们说这样做是犯法的，可是生活正在威胁着他们。死亡就在眼前的时候，人民是不考虑犯法不犯法的问题的。在这个情况之下，子龙赶快到诸暨县，一边把为首的乱民处分，一边下令把四郊的义仓全部打开，按照米价七折出售。
那时还是17世纪的前期，子龙和人民的认识水平，都受到时代的限制。土地是私有的，土地上产生的粮食也是私有的。减价出粜是按照什么价格呢？按照生产成本减折吧，那时对于粮食的生产成本还没有估计的依据；按照当时的出售价格减折吧，那么在奸商哄抬价格以后，即使按照七折出卖，还是于囤积粮食的地主有利。从我们今日的认识看，无论子龙有怎样的好心肠，他还是站在地主立场上考虑问题。作为地主，他必然也拥护地主的利益。处分乱民，固然意味着血腥镇压；七折出售，依然维护着地主的固定利益。当然，这是从今天的认识考虑问题，子龙的认识不可能超越他的时代。要拿我们此时此地的认识衡量子龙的言行，那很可能走上时代错误的道路。
子龙初到诸暨的时候，他估计到丰收以后，必然会出现灾荒。他和当地人民讨论，认为藏在公家容易发生损失，不如藏在民间。最后确定由地主们量力储备，待到粮价暴涨以后，减价出卖。万一遇到天幸，没有缺粮的现象，那时由地主们自行出售，县官不加限制。经过这次的商谈，各乡储备的粮食，总共一万多石。崇祯十四年的正月，子龙亲自到地主家商量，其结果是有些富户把粮价压低十分之三，开仓出售；有些捐出粮食十分之三，开设粥厂，进行施粥，这些都由县内的举人、秀才们出面主持。子龙又提出几千两的公款由商人到外县购粮出售，所得利益，一半给予商人，一半举办人民的公益。
诸暨的情况安定下来，但是灾荒正向诸暨的邻县发展。浙江省的长官因此把诸暨的经验，再向邻县推广，子龙也就由诸暨调向四围，主持救灾的工作。子龙这就著了草鞋，手持竹杖，踏遍浙东的各县。人民由于生活的艰苦，由灾情的蔓延转变成为病情的蔓延，子龙创办病坊，由名医对人民进行治疗，这就是现代的公立医院。人民生活艰苦，因此孩子们更苦了，子龙创办了育婴堂，待孩子们成长以后，由其父母或他人领回抚养。据子龙的估计，在这一年的灾荒中，用米七万五千石，活人十余万；病坊施药一万余剂，救活一千余人；育婴堂救活弃婴三百余名。
子龙的本职工作是绍兴府推官。这是现代司法官的工作，现代分为审判和检察，处理民事和刑事审讯的工作，旧时代是不分的。既然是官，当然就有官的身份，经常是威灵显赫，舆从森严，老百姓看到，都感到毛骨悚然。子龙是官，但是他还没有忘去自己是从人民中出身的。可能他还记得江南的一位老名士归有光做官时的态度吧。有光在处理诉讼案件的时候，有时竟把原告、被告喊到面前，和颜悦色地和他们叙述家常。他是昆山人，在长兴做官，这两地都属于吴语区域，在方言上本来没有太大的区别，可是由于他反复唠叨，因此他的絮语出了名，成为一时的话柄。子龙也曾经叙述自己的经过：
……越李历数人，大约欲以风裁见，不无稍自倨重。舆从多光丽，掾史舆台因以耀小民，见者恒惴惴。予性既坦易，少威仪，不立章程，小民可以不时见，讼狱以数言决，每以善言解谕之，使各悔过以去。苟非大过，鞭扑之声，竟月不闻也。又不轻拘摄，虎冠者眈眈无所事，终日假寐，或荷锄去耳。出则禁呵殿，前导不过五人。时游山泽，与诸生高论清言，人不知为官长也。唯奸吏、刁奴之戕民者，逆子、傲弟、妒妇之败伦捍化者，虽豪户大家，必破柱求之，穷治乃已；朔望集啬夫、三老，讲圣谕六言，则令其人跪听，必宗党邻里保其改过始释。吴越邻壤，饔飧之需半给于家，官厨萧然，门多鸟雀，民颇信之，故时行度外事，开隙权势，卒不能夺众论也。
在绍兴推官任内，子龙虽然署理过诸暨县知县，不过这是偶然的，他的大部分时间，还是在绍兴度过。旧时代的官衙，一般都是比较宽大的，除了审案的大堂以外，有书房（清代称为签押房），有内宅。行政官还有幕友（清代称为师爷）办公和自己寄宿的住房。推官只是知府的属官，可是同样也有内宅和书房。崇祯十六年，子龙的学生王沄曾经到过绍兴，在子龙衙内住过数月，留下一篇《越游记》，因此我们对于子龙当时的生活，可以了解一些。
绍兴知府的公署在城内卧龙山之下，推官的衙门在其西，称为宛委斋。子龙到任以后，在斋前建立清音堂，堂额是黄道周用八分书题的。抱柱是一副对联，上联“爱物若驺虞”，下联“指佞如屈轶”，也是道周写的。清音堂一排五间，子龙住在上首，王沄到了，在下首住下。满屋都是书籍，由于推官的公事不多，因此子龙清早起身，很快就把公事处理完毕，这就回到清音堂，开卷读书，依然是书生本色。在他读到高兴的时候，他就把王沄喊过来，两人共读。有时需要检书的时候，他经常吩咐王沄去检。子龙说是某书某卷，很少有错误的。
子龙有时也要著作诗文，他经常是端坐凝神，一些声音也没有。间或徘徊一下，随即下笔疾书。那时他就得高喊一声，王沄随即过来，他们同时朗诵，总得把这一篇作品仔细玩味一下。有时子龙对王沄说：
“来呀，这一次你代我拟一篇。”
王沄当然不敢轻易接受，可是子龙还得让他下笔。在诗文定稿以后，他对王沄着实称道一下。
这时，绍兴府的一位刘宗周罢官家居，他是当时的大臣，和黄道周齐名的。崇祯十四年建州的军队对于明朝发动又一次的进攻，思宗临朝而叹，当时宗周任左都御史，他提出几项主张：一、表扬死守畿南的总督卢象昇；二、追戮误国的大臣杨嗣昌；三、逮捕不服调遣的悍将左良玉。其次他请思宗要做几件事：一、防守山海关以备反攻；二、防守潞州以备李自成的偷渡；三、防守通州、天津、临清、德州以备南下。特别是最后一条，因为当时从长远利益考虑问题的人，认为北方已经成为国外、国内双重进攻的目标，附近的山东、山西、河南随时受到威慑，京城既然无形地成为孤岛，不如向南京撤退，以江南、闽浙、湖广等比较完善的区域，作为后方，形成负隅之势，可以随时出击，保证中央的安全。
宗周毅然地说：“十五年来，皇上处分未当，造成今日的败局。不追求祸根，改弦易辙，要以一切苟且的政策，补救现今的缺漏，不是长治久安之道。”
思宗的脸色变了，可还是忍耐着。他问道：“以往的无从追悔了，现在要考虑善后之道。”
“善后之道，”宗周继续说，“要请求皇上开诚布公，以好恶公诸天下，以人才问诸国人，进贤才，开言路，次第与天下更始。”
“目下烽火直逼北京，国家败坏已极，那应当怎样办？”
宗周说：“武备必先练兵，练兵必先选将，选将必先择总督和巡抚，择督、抚必先择吏、兵二部尚书侍郎。宋人说过：‘文官不要钱，武官不惜死，则天下太平。’这两句话在今天还有深刻的意义。一般的言论，只论才望，不问操守，可是没有操守不谨而遇事敢前、军士畏威者。若徒以议论便捷，举动恢张，称曰才望，取爵位则有余，论事功则不足，于成败没有什么作用。”
思宗又说：“事变之中，先才后守。”
“前人败坏皆由贪纵使然，所以从济变言，更应当先守后才。”
“大将别有才局，不是仅凭操守可以成功的。”思宗说。
宗周接下又说：“他不具论，即如范志完从辽东总督进为督师，担负着对建州作战的重任，可是操守不谨，大帅偏将，无不以贿进，所以三军解体。由此看来，还是操守为主。”
说到这里，思宗的颜色转得平和了，只是说：“知道了。”
宗周因为给事中姜埰、行人熊开元以建言下锦衣卫狱，他提出“二臣以建言获罪。本朝没有言官下狱的，有之自二人始。皇上度量卓越，狂妄如臣宗周，赣直如臣黄道周，蒙皇上之恩，不加贬斥；可是二人不幸，不蒙法外之恩”。
思宗说：“道周有学有守，非二人可比。”
“是的，二臣诚不及道周，但是朝廷待言官有体，言可用用之，不可用当置之。即有应得之罪，亦当付法司。今遽下诏狱，终于国体有伤。”
宗周的言论，直接触犯了思宗。思宗怒声道：“法司、锦衣卫，同样是刑官，何公何私？还有，对于一二言官，加以处分，何至遽伤国体。有如贪赃枉法，欺君罔上，都可以不问吗？”
“锦衣卫都是膏粱子弟，”宗周说，“听内监们指使，懂得什么礼义？皇上对于贪赃枉法，欺君罔上，同样也应当交给法司处分的。”
思宗蓄怒已久，现在再也忍耐不下去了，大声说：“刘宗周这样偏执，怎么当得起左都御史之职？着即革职拿办。”
皇上的震怒是无法挽回的，可是宗周的声望，在当时是众心所归，怎么办呢？内阁大臣在思宗面前再三解救，最后给予革职为民的处分。
崇祯十六年，宗周回到山阴，进行讲学。明代是一个讲学盛行的时代。所谓讲学，都是讲的立身处世之道，和我们这个时代所说的讲学是不一样的。刘宗周回到山阴故乡，由于乡里故旧的进见，他和他们讲了些做人的道理，以后在大戢山立证人书院。称为戢山书院。黄宗羲《明儒学案》卷六十二有《戢山学案》，这里录取宗周语录一条：
古人济大事，全靠脚跟定，只是不从身家名位起念，便是。凡可夺处皆是此等作祟也。诚极则精，精极则变，一切作用皆从此出。诚中之识见是大识见，诚中之担当是大担当。故君子非有才之难而诚之难。
这实在是有见之言。明代末年，黄道周、刘宗周确实已经做到有胆有识、忧国如家的地步。他们为了国家的前途，献出了自己的生命，这是道学家的两面光辉的旗帜。子龙受教于黄道周；到了山阴，又从宗周讲学的当中，亲受教益，这就必然把他的思想意识极大地推进了一步。