三十一 在共和党本部
在上述两次出仕之间，便是有名的被袁世凯幽囚之期，首尾四载，自民国二年秋至五年夏。地址三易，初为共和党本部，继为龙泉寺，最后则在东城钱粮胡同。
共和党是武汉革命团体，民社中人在民国二年，反对三党合并的进步党而宣告独立的。推黎元洪为理事长，章先生副之。自南事败坏，袁世凯帝制已渐萌芽，先生在上海时时发表反袁文字，一纸甫传，各报竞载。又念袁氏网罗周布，无所逃死；中国既经光复，不愿再做亡命之客。适共和党人急电催先生入都，因为国民、共和二党惩于旧衅，愿意复合，先生决计北行，虽经友人力阻，而先生则谓：“不入虎穴，焉得虎子。”遂于八月冒险入京，宿共和党本部。袁命陆建章派宪兵守门，名为保护，实则禁其出京，而且监视其言论至冬，国民党被解散，十二月国会亦解散。某日，先生乘马车出赴晚宴，宪兵跃而登车，前后夹卫，初未注意，及宴毕回寓亦然。先生怪而问之，才知是世凯派来保护者。先生大怒，起而持杖逐之。宪兵皆逃。先生喜曰：“袁狗被我赶走了。”其实宪兵被逐以后，仅仅换了便服，仍住门房如故。先生既被软禁，每日书“袁贼、袁贼”以泄愤，又喜以花生米佐酒，尤喜油炒花生，吃时必去其蒂曰：“杀了袁皇帝的头。”以此为乐。某日，建章派秘书长秦某来，请同寓吴宗慈为先容，问其何事，则谓：“敝总长奉大总统命，说章先生居此，虑诸君供亿有乏，将有所赠。”宗慈入告，导与相见。秦某入，致词毕，探怀出银币五百元置书案。先生当初默无一语，至此忽然起立，持币悉掷秦面，张目叱之曰：
“袁奴速去！”秦乃狼狈而逃，其时黎副总统居瀛台，颇系念先生起居，召吴宗慈、张伯烈共商所以安慰之策。属转询先生，在京有否愿做的事，并说袁对于先生尚具善意，但不欲其出京及发表任何文字。先生表示愿任“函夏考文苑”事，袁氏允年拨经费十五万元，先生则开具预算，坚持非七十五万元不可。袁允经费可以酌加，但不必如预算所列，亦不必设机关办事。先生最后表示，经费可略减，但必须设机关，办实事。事终不就。
穷愁抑郁，可以伤生。纵酒痛骂，亦非长局，遂决意作冒险出京之计。党部同人设筵为饯，逆料出京必然被阻，但欲其恣饮狂欢以误车行。至下午五时，先生放杯起立说：“时间不早了。”匆匆赴车站，而京奉车早经开出，不得已，移寓扶桑馆，以便明晨由水门上车，派庶务员同住照料。明晨，宗慈得庶务员电话报告：“章先生独自赴总统府了。”服蓝布长衫，手持羽扇，以勋章作扇坠，兀坐新华门招待室候电话。不久，梁士诒来招待，方致词，先生曰：“我见袁世凯，哪里要见你？”梁只好默然而去。旋又一秘书来说：“总统刚才事忙，请稍候。”久久没有消息，先生怒，打毁招待室的器物略尽。直至下午五时许，陆建章始入，鞠躬向先生曰：“总统有要公，劳先生久候，深为抱歉！今遣某迎先生入见。”先生熟视一晌，随陆出登马车，车出东辕门，先生怪而问曰：“见总统，为何不入新华门？”陆佯笑对曰：“总统在居仁堂，出东辕门，过后门，进福泽门，车可直达，以免步行。”而先生不知已被骗了。
三十二 在龙泉寺
从此禁锢在龙泉寺。龙泉寺偏院屋五间，颇整齐清丽。袁氏谕建章应特别优待，不得加以非礼，但不许其越雷池一步。建章奉命惟谨，先生则焦怒，常以杖扫击器物，并欲焚其屋宇，建章只吩咐守者慎防而已。据建章言：“袁曾手示八条，保护太炎先生：（一）饮食起居，用款多少不计。（二）说经讲学文字，不禁传抄；关于时局文字，不得外传，设法销毁。（三）毁物骂人听之，物毁再购。（四）出入人等严禁挑拨之徒。（五）何人与彼最善，而不妨碍政府者，任其来往。（六）早晚必派人巡视，恐出意外。（七）求见者必持许可证。（八）保护全权完全交给你。”建章又告人曰：“太炎先生是今之郑康成黄巾过郑公乡，尚且避之。我奉极峰命，无论先生性情如何乖僻，必敬护之；否则并黄巾之不如了。”由此可知袁、陆二人，对于先生尚知敬畏。记得移居龙泉寺的翌日，袁克文亲送锦缎被褥，未敢面先生。先生觉窗缝外有人窥探，牵帷一看，乃是袁克文。即入室点香烟，把被褥烧成许多洞穴，累累如贯珠，遥掷户外，曰：“拿去！”三年夏，先生又绝食七八日，神气转清，惟步起作虚眩。其时弟子们环吁床前，请进食，先生始尝梨一片。旧友黄节致书当事，道不平。当事恐先生饿死，复延医生来省，于是得移至东城钱粮胡同。
三十三 在钱粮胡同及爱女之死
钱粮胡同的屋宇宽敞，政府月致银币五百元，赁屋炊食悉自主之。以巡警充门房，稽察出入，书札必副总厅检视，宾客必由总厅与证，而书贾与日本人出入无阻。当事常派人来窥探意旨，偶道及国体，先生即以他语乱之。尝作魏武帝、宋武帝二颂，及肃致使、巡警总监二箴，以示讽刺。
四年七月，筹安会起，劝进者数百。先生固知袁氏恶贯将满，然不能无感愤，赖以禅观制止。某日，以七尺宣纸篆书“速死”二大字，悬于壁上。至九月，其长女忽一夜自经而死，先生大恸。这事传至日本，误谓先生已死，既而上海报纸依以入录。汤夫人（民国二年与先生结婚）急电来问安。先生复曰：“在贼中岂能安？”露章明发，逆料袁氏技穷无能为害的。爱女开吊之日，先生书挽联于灵像前，曰：“汝能如此，我何以堪？”又撰事略如下：
亡女，字蕴来，性端简。生十岁丧母。余适以事遭胡清逮捕，故从其伯父受学。三年，余违难抵日本东京，始通书存问。又四年，东行，余教之诗，不深好也。适嘉兴龚宝铨，年十七矣。宝铨素与会稽陶成章善，亦数离患东走，从余学，故成章为致辞。既婚，未得归国，濡滞东京。岁余武昌军兴，余始与宝铨、先后归上海，而成章解遘遇祸；宝铨不自聊，夫妇居钱唐西湖，无问世意。民国元年夏，复与宝铨同赴东京治疾，逾年归。性狷好洁，平居衣履有小褰垢，必颦蹙刮治之，而恶与乘时取势者往来。然处家委顺，善得尊长欢，与叔妹居，无闲言。独时邑邑不乐，常欲趣死。余数遇祸，而宝铨亦时怏郁。民国四年四月，如京师省视，言笑未有异也。然燕处辄言死为南面王乐，余与季女常慰藉之；宝铨数引与观乐，或游履林囿间，终不怡；见树色，益抚然若有亡者。九月七日夕，与宝、，谈笑至乙夜就寝；明旦起视，已自经，足趾未离地，解抚其胸，大气既绝矣。医师数辈皆言不可治，遂卒。呜呼！余以不禄，出入生死几二十年，宝铨亦颠沛者数矣，幸虽有功，未得以觞酒与宾婚故人相劳，而衅咎复时中之。成章之死，与其他故旧困穷失据之状，皆所亲睹也。身处其间，若终身负疚疾者，其厌患人世则宜然。未死十日，余尝以苛养欲购石，惧有故，辄止仆人毋往，其操心危厉如是，而遽自毁其躬；比敛，面如生，颜色更如欢笑者，此曷为而然者耶！
民国四年九月十一日，章炳麟书。
（《文录续编》卷四）
十二月，云南护国军起，世凯始恐怖，翌年三月，取消洪宪年号。至六月，世凯呕血，渐不支。先生急欲观南方的实际状况，友人有在海军部者，与日本海军增田大佐、柴田大尉相识，示以易和服出走，从铁路达天津。至期，日本驻津领事密携宪兵迎于东站。既发未上车，侦者踵至，作无赖口吻说道：“你欠了我钱，为甚么逃走？”遂抢取指环及常弄的古玉而去。另外有一伙曳以走，日本军官在内。领事所携宪兵前进，夺军官而去。先生则被曳至巡警总监。时世凯已病，警吏气焰亦衰，但催促他回去罢了。六月六日世凯自毙十六日撤警，增田、柴田皆来贺。二十五日先生出都，七月一日至上海。