一 四川成立反杨同盟，杨森逃出四川
在北方军阀因争城夺地而相互杀伐的同时，西南军阀相互之间的战争也在大打不停之中。但是，广东反革命军阀先后失败，南方革命形势有了进一步的发展。
四川自二军系统刘湘、杨森联合黔军袁祖铭部赶走一军系统熊克武、但懋辛后，杨森恃直系为外援，取得了川督地位，独占成都兵工厂，不断扩充势力，便有以武力统一四川的野心。一九二五年二月二日，杨森以“称兵犯上”的罪名解除了第十师师长刘斌的职务，派兵前往讨伐。四日，刘部退出梓潼、绵阳，逃往江油、安县。杨森的个人野心引起了二军系统的分化，刘湘和袁祖铭联合起来，而与刘斌同属老川军系统的邓锡侯、赖心辉也都人人自危，于是以上四人联名劝告杨森允许第十师移驻通江、南江，勿再派兵追击。这是四川反杨联盟成立的初期表现。
二月七日，段政府任命杨森为四川军务督办，刘文辉为帮办，刘湘为川康边务督办，刘成勋（三军系统）为西康屯垦使兼管西康民政。邓锡侯与杨森不和，段政府令其专任第三十师师长，并改派赖心辉为四川省长。所有四川和西康的军队，均归刘湘节制。
川军第九师师长刘文辉与邓锡侯、刘斌同属“保定军官”系统，又与刘湘为同族，所部驻防叙、泸各属。其第六旅费东明部驻防自流井，监收盐税，此项税款每年有三百八十余万元。杨森在成都独占兵工、造币二厂，意犹未足，二月二十六日派二军郭汝栋旅开往自流井夺取盐税，刘文辉一面由叙州出兵援救费旅，一面向邓锡侯、田颂尧等乞援抵抗杨森。双方动员时期，刘湘从中调解，建议郭、费两旅同驻自流井，盐税由他负责对各军公平分配，杨森表示接受，刘文辉也将军队撤回叙州。
四月上旬，杨森又向资州、内江进兵，企图消灭异己，因此邓锡侯、田颂尧、刘文辉等联名电请段政府下令罢免杨森，刘文辉到重庆邀请赖心辉出兵分途进攻成都（赖在重庆设立省长公署）。四月十日，段政府命杨森将成都兵工、造币两厂及自流井盐税均交刘湘公平分配，杨森阳奉阴违，战争并未停止。段又下令责成刘湘负责“查办川事”。
反杨军主力东路为赖心辉，南路为刘文辉，北路为邓锡侯，西路为刘成勋。他们公推刘湘为总指挥，刘湘不肯接受，便改推赖心辉担任。刘湘、袁祖铭在战争中表示中立，袁派黔军王天培、吕超等部开往璧山、大足进行武装调停，事实上是站在同盟军一边准备攻打杨森的。四月十二日，刘成勋进攻成都，十三日，赖心辉进攻临江寺，同时北路邓、田、刘三部也向顺庆进攻。十三日，杨森下令讨伐刘文辉、赖心辉、刘成勋，任命陈遐龄为川康边防军总司令，以断刘成勋的后路，并用“见官升一级”的办法，鼓励部下替他奋勇作战。从四月中旬到五月上旬，杨军在西、南、东三路都获得胜利，刘成勋退往邛州，赖心辉退往椑木镇，刘文辉退往叙州。袁部黔军已过大足到达吴家铺、观音滩一带，因见杨军连获大胜，便又撤回大足，表示不过问四川内部的战争。
由于杨军一度战败，五月十六日段政府调任杨森为参谋总长，改任刘湘为四川军务督办，邓锡侯为四川“清乡”督办。但从五月下旬到六月上旬，杨军发动了极其猛烈的反攻，先后把刘文辉、刘成勋、赖心辉等部逼到川东方面来。杨军中路进抵永川，南路进抵江津，距离重庆都不过百余里的路程。六月五日，刘湘在重庆召开和平会议，杨森也派政务厅厅长徐孝刚前往参加。此时同盟军将领赖心辉、刘成勋、刘文辉等都因战争打得精疲力竭而愿下台，刘湘也派人到成都向杨森表示好意，黔军愿意取得军饷、军火开回贵州，因此各将领联名请求段政府收回刘、杨调职的命令。
但是刘湘与杨森的骁将王缵绪早有勾结，所谓和平会议只是一时的缓兵之计。由于杨森咄咄逼人的态度，促使反杨同盟诸将再度振奋起来，公推袁祖铭为川黔联军总司令，七月一日反攻江津，王缵绪乘机在简阳倒戈，于是杨森由全胜之局转为惨败之局，八月九日放弃成都向南退走。
杨森曾在嘉定举行会议，力图与刘湘联合，驱逐黔军出境，但被刘湘拒绝。杨森又在叙州举行会议，拟率所部退往云南，部将何金鳌、郭汝栋等又都表示不愿再战，杨森才决定下台离开四川。十月八日，杨森由叙州换轮东下，刘湘赠送旅费十万元，并保证其沿途安全，四川内争至此告一段落。
二 川滇军假道湘西“北伐”。川滇黔三省联合出兵鄂西的烟幕。赵恒惕派兵驱逐川滇军出境
一九二四年九月江浙战争爆发后，唐继尧、熊克武曾派但懋辛、石青阳持函到广东，主张团结西南各省，共同出兵北伐，并表示愿与孙中山采取一致行动。此时唐、熊所部川滇军在川作战失败，已经退入贵州，他们是被吴佩孚所支持的杨森、袁祖铭等军打败的，因此建议乘直系军阀多事之秋，与孙中山分途北伐，他们担任由湘西进攻鄂西，然后与广东北伐军会师武汉。
当时孙中山十分高兴地授唐为副元帅兼任建国军川滇黔三省联军总司令（此时讨贼军已改名为建国军），命其主持三省北伐军事，唐也将所部靖国军改编为建国军八个军，整装待发。但是唐并未接受副元帅一职，在函电中仍然称孙中山为“先生”而不称为大元帅，在政治上仍然坚持其“联省自治”的主张，显然还与孙中山保持很大的距离。
十一月，孙中山派谭延闿出兵江西的时候，熊部川军也由黔东开入湘西。熊军口称假道北伐，决不干涉湘政，并且力求保持川、湘两省多年来的友好关系。但是，该军入湘造成了当时的一种微妙的局势：以前被赵恒惕击败退入黔边的湘军蔡巨猷部，受熊收编随之而来；与赵不合作的前湖南省议会议长林支宇，也到常德自称湘西建国军第一路援鄂总司令，表示与熊合作；十二月一日，熊军开入常德时，盛传将与入赣谭军从东西两面夹攻长沙；这些都是对赵恒惕的不友好行为。而且，熊军假道事前并未取得赵的同意，而该军所到之处，税收被提取，行政系统被打乱，溃兵游勇被吸收，也都不符合“不干涉湘政”的宣言。
唐、赵、熊三人本来都是“联治派”，此时川滇军虽然改挂建国军的旗帜，在军事上与赵趋向不同，但在政治上他们却又派有代表出席北京善后会议，为力争“联治案”而并肩作战；唐、赵两人还有联名电报主张“以联治求统一”。这些情况，说明他们的关系处于似敌非敌、似友非友的暧昧状态中。
熊军入境后，熊、赵两人表面上并未破裂，赵一再婉词请川军退出湘境，熊也一再表示决不久留。赵曾与胡景翼联名推荐熊为长江上游总司令，想把川军推出境外（长江上游总司令驻防鄂西宜昌、沙市一带），但是这种侵占北洋派地盘的意见，当然不是段政府所能接受的。
一九二五年一月，谭军在江西失败引起内部分化，宋鹤庚弃职出走，吴剑学兵败下台。由于湘东方面警戒解除，赵可以抽出兵力来对付熊军，因此湘西局势逐步趋于紧张。此时另一“联治派”陈炯明正在准备反攻广州，他向赵、唐等建议组织“联治军”，以对抗孙中山的建国军，除本人在东江发动反攻外，并请湘、滇军分途进攻北江、西江，以便推翻广州政府，建立“联治”政府。这个恶毒计划因“联治派”内部矛盾重重，无法实现。
同一时期，贵州下台军阀卢焘奔走于唐继尧、袁祖铭之间，劝唐和平让出贵州，而以袁军与唐联合进攻鄂西为交换条件。唐因贵州地瘠民贫，久已视同鸡肋，而袁则因吴佩孚已在北方失败，本人又可不战而归故乡，于是这笔交易一拍即合。一月五日，唐发出通电称：“黔境滇军全部开拔，直趋武汉。黔省内政，概归黔人自理”。二十三日，袁派彭汉章以贵州“清乡”总司令名义回黔接收政权，派卢焘为贵州行政委员长代行省长职权，又派王天培为援鄂总司令出兵进攻鄂西。同时，熊也派人回川表示本人决不回川，希望川军消除内争，一致向外发展，而四川各派军人也都希望熊军不回川，并将袁部黔军推出境外，因此准备抽调部分兵力组织川黔北伐联军，推袁为前敌总司令，率领出川。这样，便由唐、熊两人出兵北伐扩大为川、滇、黔三省联合出兵北伐的局势，唐继尧俨然又是领导三省的风云人物了。
当时他们决定分作两路出兵，一路唐、熊所部川滇军由贵州假道湘西进攻沙市，一路川黔联军由川东沿江东下进攻宜昌。
驻黔滇军退出贵州后，唐继虞改称建国联军第一路总司令，统率滇军张汝骥、吴学显两部由镇远移驻洪江。唐氏弟兄也和熊克武一样，向赵恒惕再三解释，假道湘西旨在会师武汉，对湖南当局始终维持友好关系。但是，川滇军接踵而来，湘西一带成为客军驰马试剑之场，这种友谊是赵所不愿接受的，所以当谭军不足为患的时候，他便准备移师湘西，以武力驱逐川滇军出境。
其实，所谓三省出兵不过是同床异梦、各有打算的苟合勾当。唐的策略是要拉拢宜昌北军第八师师长王汝勤，帮助他驱逐萧耀南，而以允许滇军驻兵鄂西为交换条件；袁则以王汝勤为进攻的对象，他说黔军有一旅留在鄂西，被王派兵解散，他要带兵前往问罪。他在致萧耀南的密电中声明“决不会师武汉，对珩帅（萧）友谊依然”。由此可见，唐、袁两人所称的“北伐”，不过是联甲倒乙、侵占鄂西地盘的一个烟幕弹而已。
一九二五年年初，由于段政府采取了拉拢萧耀南的政策，萧的地位获得稳定，王汝勤因为部下分化离职出走，而鄂西北军将领卢金山、于学忠、宋大霈等也都感觉到如果北军内部发生破裂，势必同归于尽，因此他们合力对付南军，鄂西方面无隙可乘。随后四川内战又一次爆发，袁军受到牵制也不能调走。在这些情况下，三省出兵计划便有头无尾地打消了。
此时赵恒惕已经作好军事布置，三月二十七日，他授意湖南省议会通过武力驱逐川军出境案，即据以限令川军于两星期内出境。四月十一日，赵军开始向湘西进攻，川军内部发生分化，从四月中旬到五月下旬，赵军以破竹之势占领桃源、常德、澧州、辰州等地。熊又企图率部回川加入反杨同盟，刘湘表示可以容纳，但以熊本人下野为条件，谈判没有结果。此时滇军已由靖县、绥宁开往广西北部，熊军在湘既不能立足，又不愿跟随滇军进攻广西，乃于七月下旬离开湘西，取道广西兴安、灌县、恭城等县开往广东连州，与谭部湘军会合（十月该军在粤被解散，熊也被软禁）。
三 第一次东征之役胜利结束。唐继尧派兵攻桂被击退。杨、刘阴谋叛变被削平。国民政府成立。廖仲恺被刺。第二次东征之役“陈家军”全部被消灭
一九二四年九月孙中山出兵北伐前，北方反直同盟和国民党内不少党员都劝孙中山对“陈家军”不究既往，以便集中力量讨伐曹、吴。段祺瑞曾派许世英到粤痛陈利害，吴稚晖也到韶关跪求孙中山容纳他的意见。随后吴稚晖、但懋辛、石青阳等到东江接洽；杨希闵、谭延闿、许崇智、刘震寰也有联名电报劝陈炯明“凛遵帅令，长驱入闽”；李福林到海丰劝陈接受建国军援闽总司令一职，并保证潮梅两地仍由“陈家军”留驻，东江则划为不驻兵区。九月下旬，孙中山将东江军队撤至石龙以东。但是，以上这些努力不但没有产生效果，反使陈炯明认为是示弱之举，更加得意忘形地布置军事反攻。
一九二五年年初，陈炯明组织西南“联治军”的计划虽然没有成功，但他认为孙中山在北京病情严重，广州政府群龙无首，大有可乘之机，乃于一月七日在汕头下了反攻广州的命令。此时谭延闿部湘军和朱培德部滇军刚由江西败退回来，不能投入战斗，滇桂军将领杨希闵、刘震寰等又都态度不明，而“陈家军”外恃段政府和闽、赣两省北洋军阀的支援，内与邓本殷、申葆藩等反革命势力相勾结，声势颇为猖獗。但是由共产党和国民党左派建立起来的黄埔军校迅速地组织了东征军两团精锐之师，同时东江农民军在共产党人彭湃的领导下配合作战，所以从二月上旬到三月下旬，东征军所向无敌地先后击溃了“陈家军”的左翼主力洪兆麟部和右翼主力林虎部，逼使陈炯明率领残部退往闽南，林虎率领残部退往赣南。这就是有名的第一次东征之役。在这次战役中，除许崇智部粤军参加战斗外，一向号称强大的滇桂军都按兵不动，而农民军在敌人后方和心脏地带展开了英勇的游击战，起了极其重大的作用。“陈家军”败走后，仍留杨坤如一部困守惠州城，到四月二十一日也向滇军胡思舜投降接受收编，第一次东征之役便以全部胜利而告结束。
第一次东征时期，广西局势也在动荡不宁之中。在此以前，沈鸿英与李宗仁、黄绍竑合作赶走了陆荣廷，沈占有桂林、柳州一带，李、黄占有南宁等地。一九二五年一月下旬，沈又与李、黄联军发生冲突，二月七日黄军占领柳州，十五日又占领桂林，此后沈军便形同流寇而没有多大力量了。
桂军中最早投入孙中山旗帜之下的是建国军桂军总司令刘震寰。他在广东苦战经年，不能“衣锦还乡”，而李宗仁、黄绍竑以后起军阀一个称广西善后督办，一个称善后会办兼任广西省长，大有雄据一省、不许他人问津之势。刘失望之余，竟受同乡人卢焘的怂恿，于一九二五年二月六日化装到昆明，请唐继尧出兵广西，本人也由广东回师，两面夹攻，先平定广西，然后合力进攻广东，推翻广州政府，另外组织以唐为领袖的南方政府。唐久欲进兵两广消灭驻粤滇军，又因向湖北发展发生阻力，而此时“陈家军”已在东江发动反攻，认为正是他向两广发展的大好时机，便派第五军军长龙云为总指挥，率领滇军万余人由百色兼程东下，乘李、黄联军深入桂北追击沈军之际，于二月二十五日占领南宁。至此，唐继尧联合孙中山出兵北伐的骗局，便彻底地戳穿了。
广州政府电请唐迅速撤退入桂之师，唐置之不理。此时东江战事接近结束，广州政府便抽调滇军范石生部由梧州入桂，协助李、黄联军驱逐唐军出境。范军原系顾品珍旧部，久拟回滇驱唐，三月二十日集中梧州后，即改称“定滇军”向浔州出发，与李、黄联军约定两路进攻南宁。
唐继尧一面以武力进攻广西，一面又玩弄政治手腕企图夺取广州政府的领导地位。孙中山逝世后，三月十八日他在昆明宣布就副元帅一职，并称：“大元帅一切未竟之主张，皆吾辈之责。”其实，唐以前并未接受副元帅的职务，并将孙中山送来的咨状和帅印退还。广州商团叛变时，唐与商团领袖陈廉伯有亲戚关系（陈的幼妹嫁与唐的儿子小蓂），竟公开污蔑孙中山解散商团为“不革命”的行为。唐与益友社政客吴景濂、褚辅成以及南方“名流”唐绍仪、章太炎等往来颇为密切，而这些人都是与孙中山立于敌对的地位的。此时忽然就任副元帅，显然是想坐升大元帅，使他成为孙中山的合法继承者。这种手段不但卑鄙无耻，而且幼稚可笑。为此，二十日国民党发表宣言，痛斥联治派“阳假联治之名，阴行割据之实”，并声明“对于甘受帝国主义利用而危及吾党与国本之军阀，不得不加以相当之防范”。
唐军占领南宁后，又调胡若愚一军加入南线，协助龙云部由南宁、宾阳向北推进，又令唐继虞部由湘入桂向南推进，同时指使逃往连州的沈鸿英反攻桂林，企图包围李、黄联军而予以歼灭。另一方面，他又催促刘震寰出兵梧州，以断范军的后路，并派陆荣廷旧将林俊廷出兵扰乱钦、廉一带。此时梧州粤军李济深师（许崇智部第一师）宣布与李、黄联军采取一致行动，拒绝刘震寰军通过西江。同时，李、黄、范三人在浔州举行会议，决定由李宗仁防守桂林、柳州，黄绍竑由迁江南进，范石生由贵县西进，会攻宾阳。这样，唐军作战便转为被动的地位，这一形势对他们是不利的。
由于唐用副帅名义发号施令，五月三日驻粤各军将领谭延闿、杨希闵、程潜、许崇智联名电斥唐就副元帅一举为“起灭自由，进退失据，不足当有识者之一笑”，并发出严重警告，“如有包藏祸心，假借名义，违反吾党主义者，当与众共弃之”！
从四月上旬到五月上旬，唐军与范、黄联军在宾阳、横州、永淳间进行了一个多月的拉锯战，唐军由于接应困难，两面受敌，退回南宁被围。在此时期内，沈鸿英军虽曾两度乘虚占领桂林，但都站脚不住而被逐出了。
五月十二日，唐又以副元帅名义任命刘震寰为广西军务督办兼省长，叫他改道由北江向桂北进攻，但被滇军朱培德阻止，无法通过。五月十七日，北路唐军吴学显部由沙铺进攻柳州，二十六日被黄军击败，唐继虞亲自率领王洁修、何世雄两旅来援，六月五日王旅又在沙铺全军覆没，唐继虞便十分狼狈地率领残部取道黔桂边境退回云南去了。
由于唐继虞兵败回滇，南宁孤城难于坚守，袁祖铭有乘虚进攻云南的野心，刘震寰又在广州失败，唐继尧夺取两广称霸南方的计划完全成为泡影，七月上旬，他便以“息争御侮”为名，下令撤回入桂滇军。七月七日，龙、胡两军取道龙州回滇后，李宗仁派俞作柏为广西援滇军总指挥，帮助范石生回师云南。八月七日，范军由百色进抵富州，曾经一路无阻地占领广南、开化等地，昆明大为震动。八月二十二日，龙、胡两部在三塘（开化附近）发动反攻，范军大败退回广西。至此滇桂战争以双方都打得精疲力竭而告结束。
当唐军进攻广西的时候，驻粤滇军总司令杨希闵、桂军总司令刘震寰也在鬼鬼祟祟地进行着颠覆广州政府的反革命阴谋活动。杨、刘两人在驱陈、讨沈各役中立过大功，但是他们对革命事业并不抱有热情，只是抬出孙中山来作为他们的政治花招，把广东当作他们打下来的“江山”，对广东人民进行了极端残酷的剥削和压迫。在历次东江战争中，他们抱有“养寇自重”和保全实力的心理，打打停停，让“陈家军”获得喘息时期，而他们却向广州政府索饷索械，如果没有到手，就不肯开赴前方作战。杨希闵与范石生同为顾品珍旧部，经常打算回滇驱唐，后来段政府派有密使到香港，以广东军务督办一职为饵，他就成为沈鸿英第二，阴谋背叛广州政府，投降北方。杨、刘秘密约定，杨取得粤督后帮助刘回师广西。自四月二十八日以后，滇桂军纷纷自由行动由东江开回广州，与河南福军李福林、滇军朱培德、警卫军吴铁城等部隔河对峙。
杨、刘反革命阴谋暴露后，广州各机关纷纷迁往河南，河北市区便成为反革命军阀耀武扬威的势力范围，广州革命政府的危机比以前任何一个时期都要严重得多。杨、刘两人都留在香港与段祺瑞、唐继尧所派代表朝夕举行会议，准备借口反对廖仲恺等，发动军事政变，以实现其推翻广州政府的阴谋。在此时期，邹鲁、汪精卫之流忙于奔走调停，不仅不能和缓当前的紧张局势，反而助长了野心家更加猖狂地向革命政权进攻。五月二十日，滇、桂军占领城北狗头山、观音山等阵地，胡汉民避往沙面，反革命风暴似乎马上就要到来。
但是杨、刘两人也是同床异梦的。此时“陈家军”已经战败逃往赣南、闽南，而唐继尧进兵广西也不得手，杨希闵的态度就动摇起来。在这一情况下，廖仲恺、胡汉民、谭延闿举行会议，拟先解决桂军，对杨暂时采取绥靖手段，并于二十一日调回东征军及粤军许崇智部以解广州之围。二十三日，杨由香港回到广州。二十六日，刘也跟踪而来，一时局势便又缓和下来。
此时共产党和国民党左派领袖廖仲恺等都主张给反动军阀以坚决的打击，而在共产党领导下的广州市工人群众，也都摩拳擦掌地表示以全力为革命政权的后盾。在革命力量的督促和影响下，六月二日广州政府下令责成滇军表明服从政府的态度，即日退出防地，交还财权。由于杨希闵并未遵令执行，四日下令指斥杨、刘两人联唐通段，勾结陈、林，称兵谋叛，即免除他们及其同谋者桂军第一师师长韦冠英的职务，听候查办，并派朱培德继任建国军滇军总司令。这一天，广州局势顿趋紧张，商人纷纷闭市，省港交通拥挤异常，胡汉民移往中山舰办公。六日，东征军由石龙开进省城，广九、广三、粤汉各路工人爆发了声势浩大的总罢工，拒绝为叛军运兵运械，因此滇、桂军成为没脚之蟹，寸步难移。七日，滇军由猎德试行强渡进攻河南，被黄埔军校教导团奋勇击退，海军江大、江固等舰也炮轰东堤滇军总部和东濠口滇军集中地点，广州商会等团体要求双方停战以免破坏市区。十一日，廖仲恺等乘中山舰到黄埔军校，即晚下令总攻，海军发炮掩护作战部队渡河占领猎德、车阪、二沙头等地。十二日，革命军继续占领瘦狗岭及东山各险要地带，铁路工人在后方配合作战，滇、桂军纷纷抛弃军衣军械夺路逃奔，死伤或逃散者不计其数。当天滇军军长赵成梁被打死，杨希闵、廖行超等由沙面逃往香港。十三、十四两日，在石井、小坪、新塘一带的滇、桂军被革命军包围缴械，只有部分滇军窜往南雄、始兴，要求进入赣南未遂，不久也就消灭了。
滇、桂军在广东称雄道霸达四年之久，打起仗来不到一天就全部崩溃，十足地证明了他们是外强中干的纸老虎。他们失败的原因，一方面由于高级军官生活腐化，军队纪律废弛，而另一方面更重要的是由于共产党的坚强领导，工人阶级和人民群众在与反革命军阀的斗争中显示了无比巨大的威力。
杨、刘叛变削平后，十六日，粤军总司令许崇智将所部调回广州，竟与“陈家军”成立妥协，以潮梅各属让予林、洪等部开回驻防，划汕头为不驻兵区，为双方永息争端的条件。十分明显，这是一个养虎贻患的愚蠢政策。
孙中山逝世后，胡汉民代理大元帅本来是个暂局，由于广州经常处于危舟风雨的状态中，没有时间把改组政府的任务提到日程表上来。杨、刘反革命势力消灭后，革命政权获得了巩固，七月一日才改组为合议制的国民政府以代替一长制的大元帅府，推举汪精卫、许崇智、谭延闿、胡汉民、林森五人为常务委员，孙科等十一人为委员，并以汪精卫为主席，许崇智、胡汉民、廖仲恺、徐谦、孙科五人分任军事、外交、财政、司法、交通各部部长。七月六日，国民政府军事委员会成立，推汪精卫为主席，胡汉民、许崇智、蒋介石等七人为委员。七月三十一日李宗仁部占领龙州后，广西全部肃清，国民政府责成李、黄二人筹备成立广西省政府，从此两广政权趋于统一。八月一日，许崇智首先解除粤军总司令的职务，随后谭延闿、朱培德、程潜联名通电解除湘、滇、鄂各军总司令的职务（八月四日），所部均交军委会统辖，从此军权也趋于统一。
在此以前，广州政府和段政府的关系虽然日益尖锐，但是孙中山既已长眠不起，大元帅府这个组织形式不可能长期地保持下去，段还希望南方能够结束这个政府，完成以北洋派为中心的南北“统一”。现在国民政府成立，标志着南方的政权组织固定下来，南北两政府同时并存的局势更加明朗化，而委员制采自苏联，这又引起了北方衮衮诸公的大惊小怪，他们除恶毒地进行宣传毁谤外，还企图在军事上继续执行他们久已破产的武力统一政策，以消灭这个政府。在这一敌对形势下，“陈家军”就更加受到北方的重视和支持了。
国民政府成立的初期，仍然称段为执政而未与之露骨决裂。他们采取联冯反奉的政策，在七月十八日广东省政府委员许崇智、古应芬、廖仲恺联名致冯玉祥的电报中，即已公开地反映出来。这个电报说明：南方所主张的废除不平等条约，与北方所主张的修改不平等条约，在性质上截然不同，并且警告说：“如有挟持武力甘为帝国主义走狗以阻挠进行者，当与执事共起而驱除之。”
由于广东革命根据地获得了初步的巩固与发展，帝国主义和当时国内的反动势力，深知中国人民革命的胜利，就是他们的失败，因此进一步互相勾结起来，无所不用其极地进行着各种颠覆活动，以求一逞。国民党左派领袖廖仲恺以一身而兼国民政府委员、财政部长、广东财政厅厅长、国民党工人部部长等职，主持工农运动，坚持孙中山的三大政策，因此成为内外反动派的眼中之钉。由于以上情况，一件惊人的政治阴谋血案发生了。
一九二五年八月二十日，廖仲恺偕同夫人何香凝女士及国民党中央监察委员陈秋霖，前往参加国民党中央执行委员会会议时，在国民党中央党部门前，被暴徒五六人行凶击死。陈也受到重伤，在医院中不治死亡。当场捕获凶手一人，在他的身上搜获同谋者的名单一纸，并查出行凶武器是朱卓文由美国带回的左轮曲尺枪。二十五日，国民政府捕获重大嫌疑犯林直勉一名，其余与血案有关的胡毅生、林树巍、赵士觐、魏邦平、朱卓文等都逃走无踪。参加政治阴谋集团的粤军军官梁鸿楷、梁士铎、杨锦龙等都被扣留。胡汉民闻风逃往汪精卫处，适汪外出未归，便与汪妻陈璧君同乘汽车到粤军总部去找许崇智，也被扣留，随即解往长洲要塞司令部予以看管。国民党中央委员会派许崇智、汪精卫、蒋介石三人组织特别委员会，接掌军警大权，负责办理廖案。后来查明，香港英国当局曾经指使广州买办商人周殿邦以金钱供给赵士觐、胡毅生、林直勉、魏邦平等，组织一个政治阴谋集团，勾引反动军人杨锦龙、梁鸿楷、梁士铎、林树巍等，密谋起事，推翻革命政权。刺廖案就是在内外反动派的策划和布置下产生的。值得注意的是，廖案发生的时候，正是国民党中常会例会之期，只有廖如时赶来赴会，而向来到会最早的汪精卫这一天却迟到，蒋介石躲在黄埔不到广州。参加这个政治阴谋集团的反革命分子，有的是跟随胡汉民多年的老部下，有的是许崇智所直辖的现役军人。胡汉民曾经代理大元帅，并且是当时国民政府的五常委之一，许崇智身为粤军首领，又系军事委员会第一任主席委员，都与这一政治阴谋血案有关。九月八日，胡汉民以养病为由得到释放，十三日汪精卫还到颐养院去看他，叫他辞职离粤，并拟派为外交委员团主任委员，到北京接洽外交事务，胡表示不就（改派林森），乃于二十二日派舰护送出国游历。许崇智也因二十日粤军总部被搜查而请假赴沪，所部粤军郑润琦、莫雄等师均被缴械遣散。以上情况，说明改组后的国民党，仍有不少反革命分子、假革命分子混迹在内，当时并未采取严厉镇压内部反革命的必要措施。廖案发生后，负责办理廖案的也是些别有用心的两面派分子，并不认真严肃地惩办那些手染鲜血的反革命分子，甚至保护出境，以维持对他们的“友谊”。后来历史证明：原来他们都是同路人。
当国民党左右两派斗争尖锐化的时候，陈、唐等军阀又在乘机蠢动，九月十五日，陈炯明部将刘志陆带兵驱逐潮汕粤军及其所派军政人员，于是东江再一次入于“陈家军”之手。唐继尧又以副元帅名义任命刘震寰为“援桂军总司令”，拟与“陈家军”联合进攻广州。二十五日，革命军举行第二次东征。进军时期，东江农民军仍像第一次东征一样，奋勇配合作战，十月十三日攻下惠州，十一月东江全部肃清。同一时期，盘踞高、雷、钦、廉、罗、阳、琼、崖八属达四年之久的反革命军阀邓本殷，乘虚攻入肇庆、江门，不久也被南征军削平。至此，广东全境敉平，革命政权进一步获得稳定。
孙中山逝世后，段政府和北洋军阀都怀着一股幸灾乐祸的心情，认为这位革命领袖既已去世，广东成为群雄互不相下之局，南方政府瓦解只是时间问题。随后果然接连不断地发生了“陈家军”反攻以及杨、刘叛变等问题。不料反革命势力一个个被打倒，甚至孙中山在世时用尽气力打不下来的东江，也被东征军全部肃清，广州屡次转危为安，革命政权日益巩固，他们又不禁因之目瞪口呆，大失所望。这些年高位尊的将军们，满腹狐疑地盘算着：为什么一些新生的看起来非常微弱的力量，为什么手无寸铁的工人和使用原始武器的农民，能够战胜他们周围最强大的敌人，能够办到孙中山生前所办不到的事情呢？毫无疑问，这个问题是一切反动派所不能理解的。其实这里别无奥妙之处，就是革命的武装力量一旦与人民群众的力量结合起来，人民群众一旦组织起来，行动起来，就一定会成为不可被战胜的巨大力量，而那些表面上看来似乎还很强大的反革命的武装力量，不过是外强中干的纸老虎，灭亡的前途正在等待着他们。广东反革命势力的先后被消灭和革命力量的逐步发展，标志着中国历史开始进入到一个新的阶段，北洋军阀统治中国的日子不会太长了。