一 北军占领岳州、长沙。平江城的北军暴行和长沙城的军事洗劫
北军按照天津会议的决定，从湖北、江西两路进攻湖南。第一路曹锟的部队由鄂北移向鄂南，二月中旬集中蒲圻嘉鱼一带。三月六日第七师师长张敬尧移驻汀泗桥。二月二十七日第二路总司令张怀芝到了汉口，三月六日转赴南昌。从军队调动的情况看来，号称北洋派骁将的张敬尧并不奋勇当先，而主战派第二号大头目张怀芝的战斗意志也并不怎么旺盛。
出兵也以曹锟为最多，除第三师外还有王承斌、阎相文、萧耀南三个混成旅。曹锟几乎把全部“家当”都交给吴佩孚，任为直军前敌总指挥，他的目的显然想在这次内战中挣得副总统的地位。吴佩孚所指挥的兵力远在张敬尧之上，张敬尧虽系援岳总司令，只是虚有其名。
第二路所属有山东第一师施从滨、江苏第六混成旅张宗昌、安武军李传业等部，在数量和质量上都不及第一路。
张敬尧不善战而善吹，一到汉口就发出“百战余生，杀敌致果，甘之如饴”的豪语，一到蒲圻又发出占领蒲圻的第一个捷报。这个捷报使主战派大受鼓舞。隔了几天，湘军总司令程潜通电各省，声明南军自进驻岳州以来，从无一兵一卒越及鄂境，蒲圻为北军防区，攻克之说，不知从何而来。
北军将要发动攻势的时候，直桂两系还在做挽救和平的最后努力。谭延闿在桂系授意下三月三日由上海到南京，建议以南军自动退出岳州，北军也不进驻，为南北进行和平谈判的前提条件。同时各省省议会准备在南京举行联席会议，推进南北和平。李纯向北方转达了谭延闿的意见，并建议关于国会问题提交省议会联席会议解决。
事实上南北能否进行和谈，其枢纽不在直系，直系已被主战派的威势压倒，所以李纯根据冯的来电指示，请谭延闿自己到汉口与曹锟等协商解决。到三月十日，湘北的炮声响了，谭延闿只得扫兴地回到上海。
一直到北军进攻岳州的前夕，谭浩明仍然不做应战准备。南军布置：湘军赵恒惕师在岳州，刘建藩部在平江，桂军马济、韦荣昌、陆裕光等部摆在后面作总预备队。桂系明明有胜则居功、败则先退的打算。桂系早已无意于与北军在湖南战场上决战，在南军占领岳州后，就有一部桂军撤回广东。陆荣廷的主要目的是要巩固在广东的统治地位，扫除广东境内的异己势力。以前他对北方采取联冯制段的策略，企图利用直系牵制皖系，如果北洋派内部发生战争，桂系就可以袖手旁观，乘机取利。现在他看见湖南战争即将爆发，认为这是一场没有希望的赌博，北军两路进兵，长岳腹背受敌，南军作战地位十分不利，因此放弃了以前以湖南为两广之门户而必须加以坚守的看法，决定在必要时期保全实力，不战而退。
桂军不准备应战的消极态度，使湘军士气受到严重影响。当南军占领岳州的时候，湘军将领主张乘胜进攻武汉，至少也应当占领鄂南一带的有利地形作为岳州外围据点，但是谭浩明严令不许入鄂境一步。现在南军的作战地位确实是不利的，而更不利的是桂军准备不战自退，湘军不能单独作战。此外，无论在军火或军费上，湘桂军的待遇都是极不公平的，这一情况也引起了湘军的忿忿不平，所以不待作战，南军的弱点早已暴露出来。
这次战争从三月上旬开始。直军担任进攻岳州，海军第二舰队司令杜锡珪派有楚观、江鲲、江利、江犀、江贞五艘兵舰助战，而南军没有海军，江防上又分去了一些兵力。
三月十日，吴佩孚通告占领羊楼司。这个捷电虽然不像张敬尧无中生有地虚报战功，但是湘军的最前线在云溪，北军发动攻势时即已自动撤退。北军十三日又占领云溪，十七日没有遇到坚强抵抗进入岳州。吴佩孚在接连发出的捷报中盛称南军如何奋勇抵抗和北军如何奋勇进攻，都是夸大其词。
十七日晚间，前方还有未退尽的一批南军不知道岳州已经放弃，盲目地退下来，刚进入岳州的北军疑心中了埋伏计，便又惊慌失措地退出岳州。在洞庭湖配合作战的海军向得而复失的岳州城盲目地炮轰了一整夜，这支南军又退走了，十八日北军才又第二次占领岳州。这一情况说明南军撤退时的极度混乱，而北军也并不是勇敢的。
北军第七师担任进攻平江。平江南军于三月十七日撤走，第七师沿着通（城）平（江）大道开进来，一路上展开了惨无人道的大屠杀。他们硬指农民是南军便衣队，沿途青壮农民都被搜杀，农民家里搬得动的东西都被抢光。奸淫与抢劫同时进行，妇女纷纷逃到山洞里躲藏起来，又碰到连朝大雨，饥寒交迫，困顿不堪。事后慈善团体在一个山洞里就发现了奄奄一息的妇女三百多人。此外妇女为避逼奸而投水自尽的也不少。北军于十八日开进平江城，张敬尧采取了“三天不封刀”的野蛮办法，纵容士兵以搜索残敌为由，肆无忌惮地闯入民家，抢劫财物，强奸妇女，宰食牲畜，拉走壮丁。三天之后才颁布所谓安民布告。但是三天之后的情形并未有所改善，奸淫抢劫仍然盛行，长官置而不问。
南军放弃岳州时，谭浩明还在长沙威逼商会搜刮军饷，并且出有“四言韵示”夸口说道：“岳阳小挫，军事之常。本帅坐镇，自有主张。”到三月二十五日，这位“自有主张”的三省联帅已经先一日溜走了，湘军上级军官也都不知去向，顿时长沙陷于无政府状态。以前长沙每逢南北军一去一来的“青黄不接”时期，各团体照例要出面来组织一个维持秩序的临时机构，这次发生了军事大洗劫，吓得那些有“声望”的人士不敢露面。前方士兵一批一批地退下来，找不到食宿之所，找不到自己的长官，一时忿无可泄，就开始向城内各商店和住宅大肆抢劫，首先在八角亭、黄道街、坡子街一带商业中心区大显身手，随后遍及全城，去了一批，又来一批。被劫商店都停止营业，在排门上大字标写：“本店被劫一空，无货应市”，因此，全城宛如罢市、罢工的情景。长沙人民从来认为湘军是保卫家乡、抵抗北军的子弟兵，虽然这批败退下来的湘军志在财物，并不杀人放火，也不强奸妇女，但和北军只有程度上的区别，因此对自己的子弟兵也感到失望，对南北军阀同样憎恨，反对故争的情绪更高。
二十六日，直军未遇抵抗进入长沙，很快就向湘潭开去，接替直军开到长沙的就是以残暴闻名的第七师。
二十七日，北京政府任命张敬尧为湖南督军兼署省长。四月四日晋授曹锟勋一位，一等大绶宝光嘉禾章，授予张敬尧一等文虎章，二等大绶宝光嘉禾章，授予吴佩孚勋三位，二等大绶宝光嘉禾章。犒赏攻克岳州和长沙的将士各三十万元。
二 段内阁复活。北军第三期作战计划。徐树铮的权威
以前段祺瑞拒绝组织内阁并非“无意于此”，是想观望一下，等到前方打了胜仗再上台。三月十九日就是北军占领岳州的第二天，以曹锟为首、包括长江三督在内的十五省三特区北洋军阀发出了请段再起组阁的联名电报。电报说：“锟等互相约定，我公允任揆席，则同人誓当一致，共扶危局，否则亦惟从公高蹈，不问世事。全国安危，同人离合，均系我公一身！”
在北军占领岳州的一天，冯又准备下一道命令，对南军事以岳州为止。他认为：岳州既已“收复”，北洋派的声威也得到恢复，对愿意讲和的桂系没有继续用兵的必要。他接到这个联名电报，看见段的“声威”竟然高到如此地步，哪里还敢开口，只得又一次矮下身子来请段以北洋团体为重，接受组阁任务。段还在假惺惺地说是无意于此，冯就指天誓日地表示愿意与之同生死，共祸福，并且自动承认五个条件作为城下之盟：（一）参陆办公处仍然迁回国务院，以靳云鹏为主任以代师景云；（二）国务院决议，总统不得擅改一字；（三）阁员由总理选择，不必征求总统同意；（四）公府秘书长由总理推荐；（五）中央（指总统）致各省的电报，须由院方核发。
三月二十三日段祺瑞组阁命令发表。原任阁员外交陆徴祥、陆军段芝贵、海军刘冠雄、交通曹汝霖、内务钱能训、农商田文烈、教育傅增湘都没有更动，只有王克敏、江庸下台，以曹汝霖兼署财政总长，朱深为司法总长。院秘书长为张志潭。二十五日，参陆办公处迁回国务院。
段上台后，打头一件事就是通令各省须称北军为“国军”，南军为“敌军”，不得再用南军、北军等字样。这是坚决继续执行武力统一政策的一个信号。徐树铮到北京来祝贺新内阁，公开发表“不打到广州决不罢兵”的豪语。段又制定了对川、湘、粤三省进兵的第三期作战计划：（一）湖南战场仍以直军为主力，俟湘东之“敌”肃清，即抽调第二路为进攻广东的主力，同时令江西“国军”向南雄推进，福建“国军”再向潮汕推进，会合广东境内龙军四路进攻；（二）以奉军为进攻四川的主力，分作两路，一路由鄂西入川东，一路由陕南入川北，会合陕军和刘存厚川军进攻。
这时，北军在湖南战场上虽然侥幸获胜，但是刘存厚在四川已经不能立足，龙济光在广东也节节失败。段对这些情况毫不在意，只看见湖南北军的破竹之势，认为北军有足够的力量征服西南，武力统一的实现就在目前。
段内阁复活后，不但冯对他不敢不低头，就是长江三督也都随波逐流不再主和。李纯竭力拉拢徐树铮，陈光远表示接受第三期作战计划。皖系很高兴地认为直系在屡经挫败之余，已经全面屈服了。
段内阁复活和皖系在对直系的斗争中取得极大胜利，徐树铮认为都是他的大功。他到北京来就是为了主持对南军事和包办新国会的选举。有些皖系军阀不了解为什么不乘此机会赶冯下台，四月七日倪嗣冲到北京来，极力主张以临时参议院代行国会的选举权，即日进行总统的选举。徐树铮向他解释，在三四个月内新国会就要成立，由新国会选举总统是合法的，因此没有必要提早进行总统的选举，而过早的选举是不合法的。倪嗣冲听了这番话，才收回了自己的主张，并且迅速加入安福集团而成为它的后台老板之一。
徐树铮到北京后，得意忘形地以段的后台自居，认为北京政府的一切军国大计都必须取决于段，而段又必须取决于他。他不但要排斥直系，同时还要排斥段党内部一切与他争权夺宠的人。他首先排斥和他齐名的参陆办公处主任靳云鹏，靳只得请假不办公，从此参陆办公处的实权就抓在徐树铮的手里。其次排斥以“智囊”自负的院秘书长张志潭，张被迫辞职，继任院秘书长的就是徐树铮所推荐的方枢（五月二日）。因此，段党内部起了分化，主要是徐树铮、靳云鹏之间相互倾轧，势同水火。
三 曹锟与徐树铮发生裂痕。段到汉口召集军事会议。全国各方面反对内战和《中日军事协定》
段在未再上台以前，呼风唤雨的本领很大，但是再上台不久，这种情况就不存在了，代之而起的是一片索饷声和索械声，使段大受困扰，而声浪最高的正是拥他上台最力的皖系和主战派。原来，这些军阀并不是真心拥护个人，而是拥护段所主持的借款购械政策，希望段把国家和民族的主权利益交换日本的借款和军火，再一转手把这些东西分到他们的手里。他们也并不是真心主战，而是利用对南作战之名，要求更多的军费和军火，假口军费不足就可以任意截留国税，假口补充实力就可以任意买马招兵。段上台不久，第三批从日本运来的军火，又在塘沽被奉军劫收，段也不敢过问。
根据第三期对南作战计划，一个月打下湖南，三个月平定两广，至多半年内可以完成全部武力统一。后来，武力统一政策的进行并不是一帆风顺的，在湖南作战的直军，在占领长沙后，借口饷械供应不及时，进兵十分缓慢，不能符合计划中所规定的进度。
徐树铮的野心极大，想做直隶督军以便控制北京政府。他打了一个如意算盘，要升任曹锟为两湖巡阅使兼湖北督军，调任王占元为江苏督军。他以为曹锟由一省督军上升为兼辖两省的巡阅使是会心满意足的，只要曹锟不反对，不但可以达到自己控制北京政府的目的，而且可以达到逐步消灭长江三督的目的。不料消息传出来，曹锟认为这是“调虎离山”，因此气忿忿地电辞两湖宣抚使（四月四日），在未获批准之前先请假一个月（四月十一日），口称要到信阳鸡公山“养疴”。
大家都晓得，“辞职”是北洋军阀用以威胁北京政府的老一套手腕。曹锟请假养疴就是“消极怠工”的具体表现。曹锟还指使吴佩孚以作战疲劳为借口，要求将直军调回直隶休息。这是曹锟反对“调虎离山”的严重抗议。曹锟是北洋派赖以挽回威信的头号大将，直军是在湖南作战的主力，如果曹锟“掼纱帽”，直军从前线退下来，就会前功尽弃，武力统一政策就会受到致命的打击。所以曹锟的这一表示吓得皖系终止了三省易督的企图。四月十九日徐树铮还到汉口来亲自解释误会，竭力劝阻曹锟辞职或请假。
但是，口头解释并不等于双方误会从此冰释，相反，徐树铮对曹锟的猜忌日益加深，他到汉口来就是为了准备变更作战计划，打算把调往四川作战的奉军改调到湖南战场上，用以监视直军，以防止直军作战不力或者坚持撤退。以前所布置的第三期作战计划，是西战场与南战场双管齐下，现在打算将西战场推迟一下，集中力量首先解决南战场。
徐树铮这个意见没有取得段的全部同意。段鉴于前方军事进展得十分缓慢，而主战派内部又不和睦，决定自己“南巡”到汉口召集一次大规模的军事会议，其目的不仅要消除主战派内部的裂痕，还想消除直皖两系存在的大裂痕，实现北洋派的大团结，以便布置对西南五省的全面进攻，早日完成武力统一。他认为总统即将改选，今后他将成为北洋派的唯一领袖，这种大团结是有必要的。同时，在军事胜利时期，前方将士忽然产生厌战情绪，可能是由于他们对北洋派在全国的重要性认识不足，他也有前去打气的必要。
段在国务会议上提出“南巡”问题，几乎受到全体阁员的一致反对，理由是前些日子总统“南巡”已经引起了政局的波动，总理“南巡”也将引起同样的波动。段不顾及阁员们的反对，仍然发出电报邀请李纯、陈光远、张敬尧、张怀芝到汉口参加这个会议。
四月二十日段由京汉路南行，二十一日经过郑州，河南督军赵倜登车随行。二十二日到汉口时，本当在大智门车站下车，为了到刘园访问曹锟的便利，改在循礼门下车。从循礼门车站到刘园司令部，沿途军警林立，断绝交通，禁止临窗偷望，武汉人民第一次看到内阁总理的八面威风。
这是段祺瑞权威极盛的一个时期。在这个时期亲身南来召集督军会议，料想一定不会有人敢于推托不来。但是事情完全不是这样，当段到达汉口的时候，被邀请参加会议的四个督军没有一个到了汉口。李纯、陈光远心中怀着鬼胎，不敢单刀赴会，是可以理解的，但是主战派张怀芝、张敬尧也都托词“军情紧急”不肯来。这对总理的威严不能不是一个无情的讽刺。
后来才知道，张怀芝害怕和曹锟见面不敢来[1]，张敬尧害怕吴佩孚“篡位”不肯来。
张怀芝是第二路主帅，他不参加这个会议，就将使这个会议成为毫无意义，所以段一定要他来，而且要他接到电报后立刻动身。二十四日张怀芝到了汉口，段在曹锟、张怀芝之间做了“调人”。
汉口会议的参加者有曹锟、张怀芝、王占元、赵倜四个督军，徐树铮当然也在内，此外还有江苏、江西、湖南、安徽、山西、陕西、奉天七省督军的代表。段在会议上说明团结北洋派的重要性和贯彻对南作战方针的必要性，随即提出第四期作战计划，发交有关各省按照执行。关于总统问题，主战派内部存在两种不同的意见，一种主张以临时参议院代行选举权选举总统，一种主张迅速召集新国会，以便如期进行总统的选举。段在会议上说明，应当采取后一种办法。
除了段的指示外，这次会议并未进行任何讨论。仅仅曹锟、王占元联合提出恢复陈光远的原官，撤销王汝贤、范国璋二人的处分，对冯玉祥不究既往。这些问题，段都表示接受。
曹锟在这次会议上对直系将领表示善意，这是值得注意的一件事情。
会议结束后，曹锟、张怀芝、倪嗣冲联名电请迅速召集新国会（四月二十六日），国务院通电否认以临时参议院代行国会的一切职权（五月四日）。
正当段在汉口布置大规模内战的时期，全国各团体反对继续进行内战、反对中日秘密外交的呼声越来越响亮。冯把这些不愉快的电报封交汉口，请段处理。
武汉各团体和商会也派代表直接请愿停止内争，段托词不予接见。
为了表示对直系的“宽大”，以达到北洋派大团结的目的，段又电约倪嗣冲、卢永祥两人先到南京等候。二十五日晚他由汉口动身，二十六日在九江和陈光远见面，二十七日到南京和李纯见面。他又在李、倪、卢三人之间做了“和事老”。二十七日晚，段由津浦路北行，二十八日回到北京。
他这次“南巡”，究竟取得了哪些成就，留待下文叙述。但在由汉口下驶的航行中，他所乘坐的楚材兵舰撞沉了江宽轮船，溺死了乘客七百余人[2]，造成了长江航线上的空前大惨案。
四 直军占领衡阳。第二路军在湘东大败。北军在广东开辟两个战场
这一时期，刘存厚退往汉中与滇军石青阳部相持，黎天才退往巴东与北军吴光新部相持，粤赣边境江西北军与驻粤滇军相持，粤闽边境福建北军与粤军陈炯明部相持。南北战线从汉中到潮汕，成了一大弧形线，包括陕西、四川、湖北、湖南、江西、福建、广东七省，长达二千余里。南北双方都没有力量取得决定性的胜利，战争往往成为拉锯的形式，而且在某一个战场上甲方占有优势，在另一个战场上的情形却又与之相反。这样，就使战争的规模更加扩大而持久不决。
湖南地处南北之中，是双方主力接触的主要战场，这个战场的胜败，对全局起着很大影响。
北军占领长沙后，分作三路向前推进：中路直军进攻衡山、衡阳，右翼第七师进攻湘乡、宝庆，左翼第二路军进攻醴陵、攸县。直军进军的速度原来是很慢的，这不但因为曹锟和徐树铮之间发生了新的龃龉，因而产生了一种“消极怠工”的倾向，同时也因为左右两翼进军的速度更慢，配合不上来，因而不敢孤军深入。但从四月下旬起，桂系又将大部分桂军撤回广东，谭浩明也于二十二日离开衡阳到永州。由于桂系的不抵抗政策和抛弃湘军的明显倾向，湘军也急速后撤，二十三日程潜离开衡阳，二十四日直军又不战而占领衡阳。
第二路军当初没有想到打胜仗是这么一件容易的事情，现在也鼓起勇气来要和第一路军“赛跑”，果然唾手而得醴陵、攸县。第二路军由极慢的进军速度转变为极快的进军速度，使得湘军来不及撤退，而桂系也感到急速的撤退对自己不利，因此四月二十六日湘军刘建藩部对紧紧跟踪而来的北军进行了抵抗，已经向韶关撤退的桂军马济部也迅速调回来接应湘军。
这是一场莫明其妙的战争。湘军刘建藩部只有三千人左右，马济的桂军也只有一万人左右，北军第二路军的兵力却在一倍以上，而且具有“疾风扫落叶”的旺盛气势。但是北军听得枪声一响，就像退潮一般纷纷败下来，比前进的时候跑得更快，接连放弃了攸县、醴陵。他们分作两路逃跑，鲁军第一师向长沙逃跑，苏军第六混成旅和安武军向萍乡逃跑，彼此各不相顾。他们看见南军就像老鼠看见猫一样，但是对待沿途的和平居民却又像吃人的老虎，把人民当作南军便衣队，不分青红皂白，到处乱烧乱杀，从攸县、醴陵一直到株州、易家湾，变成了一座烟雾迷漫的火海，在火海中到处都是人民的血泊。
第二路军在湘东大败引起了长沙的震动。张敬尧派第七师补充第二团的兵士代行警察职务，以该团团长佟国安兼任警察厅长，又成立全省侦探处，雇用大批鹰犬搜查南军间谍，滥捕滥杀，严刑拷打，比起以前汤芗铭镇压人民的惨酷手段来有过之而无不及。
在军事恐怖的气氛下，长沙人民都把夜晚当作灾难临头，夜幕的降临意味着魔鬼的出现，因为第七师兵士搜查“乱党”往往是在夜间进行的。他们借口搜查“乱党”，擅入民家，敲诈勒索，劫走财物，甚至把“春闺梦里人”当作“倚门卖笑妇”而加以侮辱。此外，北军在大街小巷乱找“花姑娘”，打人和骂人，买货不给钱，看戏不买票，乘车不付车资，借老百姓的东西有借无还，更不是什么稀奇的事情了。
这时，长沙人民富有者远走高飞，中产之家纷纷下乡逃难，灾难就集中在无法出走的劳动人民身上。同时又出现了城里人下乡和乡下人进城交织于途的怪现象。其实，城里固然不能安居，乡下也难找到“世外桃源”。
张敬尧厚颜无耻地吹嘘第七师纪律严明，秋毫无犯，不愧为仁者之师。不许人民控诉北军的不法行为，否则就认为是南军派来的间谍，蓄意破坏“国军”名誉。因此地方报纸对北军层出不穷的暴行，不敢正面揭露，但也经常采取另外一种笔法，如在报道中用“口操异音”“痞徒假冒军人”等字样，使人一望而知是北军干出来的勾当。
张敬尧只能在长沙城向手无寸铁的人民耀武扬威，第七师田树勋旅也从宝庆退下来，因此他接二连三地向北京政府告急请援。这个时候，如果桂系肯出全力协助湘军举行一次大规模的反攻，从左右两翼采取钳形攻势向长沙进军，重占长沙的可能性是很大的，这样，在衡阳的直军就会形成突出而不得不迅速撤退。但是，这种攻势也有可能引起南北两军在长沙地区的主力决战，桂系所要避免的就是主力决战，所以他们在阻遏北军第二路的“赛跑”攻势之后，又把接应湘军的部队急遽撤退。同时，在汉口的徐树铮派奉军司令邹芬率领一旅一团迅速增援湘东，直军也从衡阳调兵回援，所以湘军在反攻大胜之后又匆匆向南撤退。五月一日刘建藩在株州渡河时失足落水溺死。
第二路军大败时，张怀芝仓皇失措地由萍乡退往樟树镇，随后又到汉口，借口“旧病复发”“鲁匪告警”，要回到山东去，请徐树铮率领奉军接防湘东，并且力保徐树铮继任第二路司令。由于徐树铮表示不就，他又力保张敬尧和陈光远、或者由曹锟一个人兼任第一第二两路司令，总之他自己决不愿意留在这个地区担惊受罪。张怀芝虽是败军之将，但在主战派中是第二名大头目，段也找不出更适宜的人来接替第二路司令，因此以国务院名义向他提出了“鲁督决不易人”的保证[3]，兵力不够可以继续调派援兵，极力催促他回到江西主持军事。
湘东的拉锯战结束后，北军不敢穷追猛打，南军也不反攻，湖南战场就从此冷下来了。
在北军进攻湖南的同时，段内阁命令陈光远、李厚基开辟两个战场进攻广东。主和派因为“大势所趋”，也不得不追随主战派之后出兵“自赎”，李纯派第十九师师长杨春普率部开到江西，陈光远也派赣南镇守使吴鸿昌进攻南雄。守南雄的张开儒不战自退，莫荣新特派李根源为粤赣湘边防督办以加强对北江滇军的控制。从四月下旬起，南雄进行了几度拉锯战，其实也没有激烈战争，陈光远的目的只在应付主战派，并不积极进攻。
闽粤边境战场也没有重大的发展。段内阁派李厚基为援粤军总司令，并调浙军第一师师长童葆暄为副司令。四月二十六日，李厚基到厦门设立司令部，浙军集中诏安与陈炯明的粤军相距只有十余里，诏安、云霄、平和等县都宣布了军事戒严令。这方面的北军和浙军原来是准备和广东境内的龙济光军配合作战的，由于龙军一蹶不振，李厚基不敢单独行动，所以这方面成了相持不下之局。
在此以前，桂系与滇军约定共同肃清龙军，推李烈钧为讨龙总指挥，西路高雷、钦廉一带归桂军负责，东路沿海地区归滇军负责。三月二十二日滇军攻克阳江，四月十二日占领电白，二十五日进入化州，二十七日夺回龙军的根据地廉江。不久龙济光就逃到香港去了（五月十日）。四月二十八日李烈钧由江门回到广州，二十九日督署举行讨龙祝捷大会，讨龙军事基本结束。
五 孙中山辞大元帅，离粤赴沪。莫荣新逮捕张开儒。军政府改组后选出七总裁
西南军阀原来打算用“护法各省联合会”代替军政府。这个联合会的成立，意味着军政府的命运危在旦夕。但是，取消军政府必须通过武装政变之类的压力，桂系事前既未以武力阻止军政府的产生，事后也不愿以武力迫其取消，因为如果军政府以武力对抗武力，至少会造成广东局势的混乱，对桂系也是不利的。此外，军政府由非常国会产生，非常国会与军政府的命运联在一起。如果同时取消非常国会，又有步北洋军阀之后尘解散国会的嫌疑，与“护法”这块招牌大为凿枘。西南军阀正在坚决反对北方召集新国会，在南北和平问题未解决之前也不愿首先解散非常国会。
但是，尽管桂系尚未动手，非常国会议员早就有了“大厦将倾”的一种感觉。其中政学系议员不愿为军政府的“殉葬品”，而他们的首领岑春煊与滇桂两系都有深厚关系，因此他们想出了一个主意，就是用改组军政府的办法来代替取消军政府，用岑春煊代替孙中山，用“合法”倒孙来代替政变倒孙。这个意见获得桂系的欣赏和支持。
但是政学系议员在非常国会中不占多数，必须联合另一派的议员才能实现这个计划。他们联合了原属于国民党左翼的以众议院正副议长吴景濂、褚辅成为首的益友社议员。这些政治寄生虫本来谈不到政治操守，为了本身利益，就甘于出卖孙中山而与军阀相勾结。
在政学、益友两系议员取得联合以后，首先由汤漪提出“修正军政府组织法案”，该案主要内容是以总裁的合议制代替大元帅的一长制。这个办法比“以岑代孙”更为高明，因为孙中山仍然可以留在军政府担任一名总裁，事实上处于无权无勇的地位，这样就可以不居倒孙之名而有其实。
孙中山听了这个消息，曾经气鼓鼓地要亲自到武鸣找陆荣廷讲理。他的周围人物认为有理也讲不清，坚决劝他不要虚此一行。
五月四日，非常国会以九十七票对二十七票通过了“修正军政府组织法案”，孙中山提出了辞去大元帅的咨文。在表决本案的前后，曾经引起一些纠纷。讨论前，议长吴景濂借口有人组织“公民团”，准备包围非常国会，请求地方当局派兵保护，因此国民党左翼议员居正在会场上指责议长未经大会许可，擅自调来军警，监视议员行动，并且指使国会警卫人员对他个人进行了殴打，请求交付惩戒。本案成立后，张开儒公开发表谈话，指出在护法省区内公然发生武力干涉国会，强迫改组合法政府，“如此护法，不如投降段祺瑞的好”。
五月五日，孙中山在辞职通电中斥责滇桂两系军阀“态度暧昧，置根本大法于不问”。又沉痛地指出：“吾国之大患，莫大于武人之争雄，南与北如一丘之貉，虽号称护法之省，亦莫肯俯首于法律及民意之下。……军政府虽成立，而被举之人多不就职，即对于非常会议亦莫肯明示其尊重之意。”
五月十日，陈炯明发出通电，对改组军政府表示愤慨。通电说：“奉大元帅辞职通电，其言光明，其意沉痛。当战局危急之秋，忽有此根本动摇之举，三军闻命，殊深惶骇。……西南号称护法，自应尊重民意，不当崇拜武力。……此种合议制之组织，不伦不类，将来结果，适当其反。凡此厉阶，不过流氓政客播弄时局所致。”
由于孙中山和国民党人对桂系有所指责，桂系军人也纷纷发表通电对孙中山有所非难。
孙中山并非如他自己在歌电中所说的“无权无勇”。桂系不但要推翻孙中山的地位，而且要消灭在他旗帜之下的粤军和滇军。粤军远在潮汕一带，桂系一时无从下手，首先想解决在北江的滇军师长张开儒。张开儒兼任军政府陆军总长，曾以陆军总长名义在各县设立招兵机关，招收民军开进省城，编为陆军部警备队，桂系早已视为眼中之钉。紧接着军政府改组案成立以后，五月十日莫荣新突然发表命令，解散陆军部警备队，通令各县解散陆军部所设招兵机关，并且骗诱张开儒来省接洽公务。十二日张开儒在西村车站被捕。同一天，张开儒的秘书长兼陆军次长崔文藻也在西濠酒店被捕，当天就被枪决了。
莫荣新解释逮捕张开儒是因接有唐督军的密电，张开儒侵吞军饷，私通敌人，不服军令，破坏大局。唐继尧曾经电调张开儒率军回滇，张开儒拒不奉命，唐继尧改派郑开文接任师长，张开儒又拒不交卸，这些都是电中所指的“不服军令”的证据。又说张开儒曾经接受龙济光的贿赂二十四万元，因此崔文藻伪造唐督军的电报，拒绝移师讨龙；而在北军进攻南雄时，张开儒不加抵抗即行退却，这些就是“私通敌人”的证据。
张开儒被捕一案，国民党左翼议员曾在非常会议提出动议，认为广东督军无权逮捕陆军总长。但是另外一部分议员认为，督军有权惩办镇守棱、师长，因为张开儒还兼任南韶连镇守使和滇军第三师师长，所以这个动议不能成立。
孙中山辞职后，五月十八日伍廷芳、林葆怿、莫荣新、吴景濂联名通电解释改组军政府是因为西南各省没有一个“名实相副”的统一机关，因此国会议员提出议案，蓂（唐继尧）干（陆荣廷）月（谭浩明）如（刘显世）颂（程潜）诸公及各省各军来电，力促进行。这个电报很清楚地把西南各省军阀勾结非常国会进行合法倒孙运动的政治阴谋招认出来。
五月二十日，非常国会根据军政府组织法修正案进行选举，选出唐绍仪、唐继尧、陆荣廷、伍廷芳、孙中山、林葆怿、岑春煊七人为军政府总裁。六月一日陆荣廷由贵县到南宁，通电宣布就总裁职。七月三日岑春煊由上海到广州。七月五日改组后的军政府宣告成立。八月十九日，军政府举行政务会议，推举岑春煊为主席总裁。
上年八月当军政府成立的时候，陆荣廷坚决反对在北京政府以外另组一个政府，并且拒绝接受元帅职务。现在这个军政府也仍然是北京政府以外的另一政府，他却不再是反对者而是赞成者了，元帅名义换了总裁名义，他也不再拒绝而欣然接受了。
孙中山辞职后，五月二十日由广州到汕头与陈炯明会见，随即转往上海。派徐谦在广州代表孙中山出席军政府的政务会议。唐绍仪也因不在广州而派陈策代表出席。岑春煊被推为主席总裁，实际上也就是实现了以岑代孙的计划。岑春煊是桂系的代理人，因此改组后的军政府成为桂系一手操纵的傀儡机关。
孙中山到上海后，段内阁曾命卢永祥交涉引渡，卢永祥认为这个交涉应由北京政府与法国公使直接进行。后来这个交涉没有取得法国公使的同意。
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[1] 《顺天时报》载，曹锟在汉口青楼中物色到一个姨太太。张怀芝是曹锟的把兄，打电报责备他不应“军中行乐”。曹锟大为忿怒，认为张怀芝根据“无稽之言”，有意破坏他的名誉，从此两人不通往来。通过段祺瑞的调解，张怀芝向曹锟认了错。
[2] 25日傍晚，段祺瑞乘楚材舰离开汉口。由于驶行过速，又值大风雨，8时半左右，与上驶的招商局客轮江宽号发生互撞，江宽轮被撞沉，楚材舰也负伤停驶。落在水中的乘客想攀登楚材舰，被兵士用刺刀逐退。此次乘客溺毙者达数百人。段在事发后换乘护送舰楚泰号，鼓轮疾驶而去。
[3] 此时第五师师长张树元“护理”山东督军，不愿张怀芝回任，也是张怀芝急于想回山东的原因。