一 桂系军阀反对更动湖南督军。刘建藩、林修梅在湘南宣布自主
段褀瑞第二次组阁后，西南方面桂系军阀仍然标榜“自主”，滇系军阀公开反对内阁，孙中山系国民党也举起了“护法”的旗帜，这些都是段所不能容忍的。他决定提早推行蓄意已久的武力统一政策。
滇、桂两系军阀在西南五省中实力最大，是段的主要敌人。段的用兵计划，准备由四川进攻云、贵，由湖南进攻两广。湖南的军事实力并不雄厚，与北洋派的占领区距离又最近，北洋军可以由湖北、江西两路夹攻，因此段选择湖南为进攻西南的前哨战场。
段估计北洋军的优势兵力在三五个月之内可以平定西南。在他看来，武器决定一切，他根本看不见人民的力量。
段原来内定以吴光新为湖南督军，由于吴愿意向四川方面发展，便又决定调任松沪护军使、北军第十师师长卢永祥为湖南督军。复辟战争结束后，直皖两系关于权力地盘的分配，彼此竞争甚烈，段内定以段芝贵继任江苏督军，冯则坚持以李纯调任，段虽表示迁就，但为了牵制直系在江苏的势力，卢永祥就调不动了。
更动湖南督军的消息，早已流传在外。陆荣廷打了一个急电，请求冯国璋在三年之内不更动西南各省的军民长官，冯有回电表示同意。从这里可以看得出，段的武力统一政策与冯的“和平混一”政策是有矛盾的，北方直系和南方桂系是有勾结的。
谭延闿自从回到湖南来，以省长名义兼署督军，他的地位经常处于风雨飘摇中。他四面讨好，到处联络，由于利害共同，他和桂系首领陆荣廷拉得更紧。同时，他又利用湖南人民反对北洋军阀的激烈情绪，提出“湘人治湘”的口号，以骗取湖南人民的支持。当然，湖南人民对他并无好感，只是北洋军阀更坏，维持谭的地位较为有利。因此，每当调动谭的消息传出来，湖南反对之声四起，在北京的湖南上层人士熊希龄、范源濂之流也都赞成“湘人治湘”，反对北军入湘。西南军阀陆荣廷、唐继尧等也都利用“湘人治湘”这个口号，竭力主张维持湖南原状。这些情况，使段不能不加以考虑。
当然，段决不会因为考虑这些情况而终止其武力统一政策。他终于想出了一个将计就计的办法，这个办法就是派一个湖南人去做湖南督军，这个湖南人就是陆军次长傅良佐。命令发表的时候，段表示不叫傅带北兵入湘，谭延闿仍然留任省长。同时，傅也在北京发表所谓“治湘三大方针”：（一）湘人治湘；（二）军民分治；（三）不带北兵入湘。
傅虽是湖南乾城人，但他生长在北方，讲的是一口北方话，吃的是北方的饭，湖南人民很少知道他是湖南人。关于不带北兵入湘的保证，湖南人记得很清楚，以前汤芗铭到湖南，曾经说过不带北兵入湘，杨善德到浙江，也曾说过不带北兵入浙，随后北军源源而入，这种保证是谁也骗不了的。事实正是如此，正当段、傅等宣言不派北军入湘的时候，保定第二十师范国璋调动入湘的消息，已在报上登出来了。
这道命令发表，谭延闿向陆荣廷飞电告急。陆再打急电请冯国璋设法收回成命，并且露骨地主张划湖南为南北的军事缓冲地带，维持湖南现状，以保障南北和平。
这次冯却很难回答，他已经把湖南、四川交换了江苏、江西，过去的诺言无法实践，只得把这个电报交段处理。段以国务院的名义于八月十四日代为回答说：“谭省长清亮淑慎，勤政爱民，惟军旅非所素娴，故以民事专畀。今日文人不能将兵，已为各国通例。为军事计，为湘省计，为组安（谭）计，皆以专办民事为宜。湘俗强悍，诚如尊论，善用之则为劲旅，以卫国家，否则逾越恒轨，以资扰害，尤非知方通变之才，不能控制统驭。湘省易帅，良非得已。以傅易谭，盖亦几经审慎：傅本湘人，感情素通，断不至因更调而生携贰。明令早颁，势难反汗。远承注念，感何可言。希以此意转告西南群帅为荷。”
段在这个电报中隐瞒自己的武力统一政策，把更动湘督说成是“为事择人”，当然是一种欺人之谈。但是电报中所说的“以傅继谭，几经审慎”，却不是一句假话[1]。
到了这个时候，陆荣廷知道湖南问题单凭口舌无济于事，他示意湖南采取武力反抗，并且表示愿意予以实力援助。于是，谭召集秘密军事会议，准备抵抗北军，同时电请西南各省迅速派兵“援湘”。唐继尧首先建议派遣驻粤滇军兼程开进湖南。陆荣廷表示同意。陆在致西南各省的铣电（八月十六日）中说：“湘督易人，北方疑忌西南之心已昭然若揭。唇亡齿寒，急应力图应付。驻粤滇军开往援助，鄙意极表赞成。”
这支滇军是在讨袁时期开到广东，后来唐继尧无法调回而别立门户的一种部队。它驻防广东北江，又成为桂系的异己势力，时刻想把它排斥出去。这就是滇、桂两系军阀愿意调遣这支军队“援湘”的原因。但当谭延闿万分迫切地要求广东督军陈炳焜（桂系）催促滇军迅速出发时，桂系又不肯给以作战所必需的军费和军火，而滇军本身也缺乏援湘的热情，因此按兵不动。由此可见，西南军阀虽然感到“唇亡齿寒”，认为援湘有必要，但又尽可能地为自己的利益打算，各人都想保存实力，以致出兵遥遥无期。
西南援军不能及时开到，而北军朝发夕至，湘军单独抵抗很少胜算，这一情况在很大程度上推动了湘军内部的进一步分化。湘军第二师师长陈复初、第二师第四旅旅长朱泽黄、第一师第一旅旅长李右文在军事会议上，对于抵抗北军表示了冷淡的态度。陈复初早已受到段的拉拢，因此，谭所能控制的湘军就不到半数，不能有所作为。
在这种形势下，谭立刻随风使舵，对调动督军的命令不但不表示反抗，反而派零陵镇守使望云亭到北京欢迎新督军早日到任，以便早日交卸。有人问他是否愿意留任省长，他在无意中露出了一句真心话：“当惯了婆婆，做不了媳妇。”
事实上，谭派望云亭到北京并不是真心迎接新督军，而是调虎离山。望云亭是北洋派留在湖南的一根内线，他动身后，谭立刻派刘建藩代理零陵镇守使[2]，并调第一师第二旅旅长林修梅部移防衡山。这一行动表面上对北方表示长沙不设防，显然不会抵抗北军，其真实用意却是集中力量，退守湘南，只等桂军来援，然后进行反攻。
谭在下台前拍卖大批公产，用以提充军费，并提出其中一部分馈赠文武官吏。军民两署职员一律加发薪水一月，借以收买人心。因此长沙各级人员从县长、科长到厅长、院长全体提出辞职书，表示“与畏公（谭）同进退”；从八月中旬到下旬，几乎每天都有各级机关职员举行公宴为谭饯别。这在长沙官场中是一个从来未有的场面。实则，这些军政人员都懂得“一朝天子一朝臣”的道理，与其让新官斥革，不如对旧官送个顺水人情。并且由于湖南人民反对北洋军阀的意志异常坚强，大家都有一种敏感，傅良佐这个“朝廷”只是暂局，不久“畏公”仍将卷土重来。
八月二十六日，傅良佐由北京动身南下。他绕道津浦路，先到南京会见李纯，再乘轮船到武汉会见王占元，然后到岳州停下来。傅良佐在上任之前先访问直系督军，显然由于冯、段两人在对西南的政策上存在分歧，因此需要联络协商，以求步调一致。他不直接到长沙而在岳州停下来，则是对湘军存有戒心。到岳州后，命令驻岳北军向湘阴以北的“无兵地带”推进。同时，北京政府又调驻马厂的第八师王汝贤部开进岳州。
直到这时候，在北京的湖南“名流”熊希龄还向北京政府提出折衷方案，请指定岳州为督军傅良佐的驻地，省长谭延闿仍驻长沙。这个方案并不新奇，以前北京政府为了实施所谓“军民分治”，不止一次提出过督军省长不同城的办法，不过各省军阀始终不肯遵守执行。现在却是另外一种情况，如果傅良佐停留岳州而不进驻长沙，就等于变相地撤销了更动湘督的命令，可以消除西南军阀的顾虑，但不是段所能接受的。
九月二日，湘军将领还发表联名通电，对傅良佐督湘不反对，希望他不带北兵进长沙。陆荣廷也电请冯国璋阻止北兵开进长沙。一切迹象表明：桂系军阀和湘军对北方仍然抱有苟安的幻想，只要北兵不开进长沙，即使不撤销更动湘督的命令，仍可相安一时。
傅良佐接事后发表两道“下马威”命令：（一）林修梅撤职，派邹序彬为湘军第一师第二旅旅长；（二）刘建藩调省，派陈蘧章为零陵镇守使。陈蘧章是湘南祁阳县人，原任湖南水上警察厅厅长，也是段的内亲。
谭延闿早于九月一日回茶陵原籍“省亲”，在茶陵电辞湖南省长。随即悄悄化装离开湖南。
九月十八日，林修梅在衡阳、刘建藩在零陵同时宣布自主，揭开了第二次南北战争的序幕。
八月二十七日陈复初遇刺未中。十一月九日陈蘧章在潮音旧里住宅被刺身死。以上两案都是国民党人所进行的政治暗杀。
二 研究系与段在处理四川问题上发生深刻矛盾。戴戡被川军击毙
四川问题的复杂因素，是在洪宪战争时期留下来的。当时蔡锷统率川、滇、黔三省军队，与北洋军进行艰苦的战争。后来蔡一病不起，这三个势力不能和平共处，首先爆发了川军刘存厚与滇军罗佩金的战争，随后又爆发了刘存厚与黔军戴戡的战争。罗的后台是云南督军唐继尧，戴的后台是研究系和贵州督军刘显世，刘存厚的靠山是北京段内阁。川军共有五师，第四师已被解散，第二师是刘的基本武力，第三师钟体道与刘合作，同为反对“客军”的排外主义者。第一师周道刚和第五师熊克武，在四川混战中表示中立。
此外，四川问题的复杂性还反映在北京政府方面。由于研究系与段合作，段内阁的组成人员基本上是研究系的“大人物”，但在四川问题上，段与研究系之间产生了极大的矛盾。段要利用刘存厚反对滇黔军，研究系却想通过戴戡培养一支武力作为他们的政治资本。十分明显，研究系企图建立党团武力与段的武力统一政策，是绝对不能相容的。
七月四日刘存厚向成都黔军发动进攻的时候，熊克武、周道刚一面宣布中立，一面发起召集川、滇、黔三省高级将领举行资中会议，以解决三省军队的争端。使人惊异的是，以前被刘存厚赶走的罗佩金，在川黔军战争中也表示“中立”，愿意参加资中会议，并称于七月十三日带兵西上，以便“武装调停”。周道刚则于七月十五日由重庆往资中，主持资中会议。
成都第二次战争爆发后，七月十六日唐继尧发出铣电，痛斥刘存厚“犯上作乱”，劝其“移师北伐”，否则本人即将“亲率三军，吊民伐罪”。随即组织“靖国军”，自为总司令，以顾品珍、赵又新、庾恩旸、黄毓成、张开儒、方声涛为第一至第六军司令，以罗佩金为第一第二两军总司令，自兼第三第四两军总司令，以叶荃为第五第六两军总司令，并称“先平川乱，然后北伐”（七月二十日号电）。唐继尧口称北伐，目的仅在四川，也不坚持“吊民伐罪”，只要刘存厚肯接受他的号令，仍可“不咎既往”。
唐继尧对北京政府的态度，既反对非法内阁，又不承认代理总统，主张迎黎复职，恢复国会。这些主张大体上与孙中山系国民党相同。随后他又与桂系一致采取了联冯反段的策略。另一问题是，唐继尧组织“靖国军”，是“护法”（孙中山系国民党）、“护国”（桂系）以外的另一面旗帜。
刘显世的态度与唐继尧相同。他派王文华率领一支黔军入川援助戴戡，但戴戡已于七月十七日放弃成都，突围而走，下落不明。
戴戡失败的消息传到北京，梁启超十分激动地在国务会议上发言：“我们一定要援救戴循若，一定要制止刘积之的叛变行为。”段对此采取了不置可否的态度。七月二十四日，由于段的决定，北京政府任命“中立者”周道刚代理四川督军。二十七日梁又在国务会议上刺刺不休地建议惩办刘存厚，段无言回答，便授意另一阁员曹汝霖发言，假口四川问题真相不明，难于遽下结论，把梁的建议推在一旁。
国务会议本来应当取决多数，拥有五席的研究系阁员应当具有决定性的作用。但是事实上一切问题都要取决于段，从来没有一个阁员敢于发表不同的意见。国务院内设有“参陆办公处”，段通过这个专管军事的机构，直接处理有关军事的问题，这些问题如果不提交国务会议讨论，阁员们也就不能过问。因此，段跟刘存厚的秘密勾搭，研究系阁员茫无所知，关于四川的消息，也只能从报纸上看到。
这个时候，周道刚已经走到内江，得知罗佩金的“武装调停”乃是趁火打劫，川、黔两军的冲突已经发展成为川、滇、黔的三角混战，开进嘉定、青神、仁寿、资阳一带的滇军已被川军二三两师击退，资中会议当然无法进行，因此他由内江折回重庆。
由于川战范围扩大，段认为北军乘虚而入的时机已经成熟，就在八月六日派吴光新为四川查办使，率领北军入川查办，并责成湖北督军王占元派兵接防岳州。八月八日，又下令催促罗佩金、刘存厚两人遵照前令迅速入京，所部军队均交周道刚接收统率。到了这个时候，大家才看出无论刘存厚或者周道刚都是段的临时工具，段对于四川督军的人选和四川今后的命运，早已另有打算。
段借口四川真相不明，必须查明是非曲直，才能进行适当处理。四川人民不禁要提出一个疑问，查办为什么要派北洋派的军事大员，还要随带大批北军前来？这个问题用不着段回答，四川人民自己也能够找出答案来。以前袁世凯或者段本人曾经不止一次地派北洋派的军事大员到南方来进行查办，结果，查办使“摇身一变”成了一省的军事长官，被查办的省区被纳入北洋派的势力范围。这种老一套的戏法，当然瞒不过人。
这一措施促使地方军阀有言归于好、合力抗拒北军的趋势。周道刚、熊克武建议继续进行调停（八月六日），罗佩金又首先表示同意（八月七日）。在周道刚就任代理督军的时候（八月十日），熊克武在夔万沿江地带布置炮兵阵地，准备迎击北军。
八月十日，从四川回到北京的蒋百里报告戴戡已经战死。这个消息给研究系以极大的冲动。这时，段才发表刘存厚部下团长廖谦的报告：“七月二十一日，戴戡在成都百里外秦皇寺自杀身死。”同时发表周道刚的报告：“戴前督行抵华阳县属秦皇寺附近，突遇前方败退回来之川军，双方因误会开枪互击，戴督中弹身故，其灵榇已由川军运回省城。”
以上报告，对于戴戡致死的原因说法不同。不难理解，廖谦的说法是替自己推卸责任，周道刚的说法是替刘存厚推卸责任。事实上，被击死的还有黔军混成旅旅长熊其勋、督署参谋长张承礼，财政厅厅长黄大暹在逃往简阳的途中也被追兵击死，黔军约五千人全军覆没。
八月十日举行国务会议例会时，段轻描淡写地提议追赠戴戡为陆军上将，给银一万两治丧。梁启超却满腔悲愤地坚持要严惩刘存厚，为死者报仇。段忍耐不住，公然自己出面来反对，认为责任不明，应待查明处理。他对戴戡之死漠不关心，对阁员的意见充耳不闻。他的态度和绝对命令式的口吻，使得一向唯唯听命的梁启超也不能控制自己的情绪，不待会议终场，气冲冲地离席而去。
这是研究系加入段内阁以来第一次受到的难堪的待遇，也是该系依附北洋军阀以来第二次尝到的苦果。从内阁迁回北京的第一天算起，研究系在政治舞台上最活跃的时期，还不到一个月。研究系一向标榜温和主义，反对激烈手段，但自加入段内阁以来，并不反对段的武力统一政策，还献策召集临时参议院，又公然参加了卖国借款条约的签订。只是由于四川问题关系到小集团的切身利害，才敢于提出自己的意见，坚决主张惩办一再发动战争的地方军阀。这个意见立刻引起段的厌恶，采取了冷酷和粗暴的态度对待他们。由此可见，投机派依附实力派，就只能奴颜婢膝地听从呼唤，恭候驱策，如果敢于向主人提出不同的意见，就得看主人的嘴脸。
研究系在政治舞台上最活跃的时期，也正是该系的政治面貌完全暴露、开始没落的时期。从此，这批改良主义者的政治影响越来越少，终于沦为一个无足轻重的政客集团。
周道刚军的第二次调停也没有发生效果。十月下旬，川军第二师在荣县，第三师在资州内江一带又和滇军大打起来。十月十四日周道刚卸下了“中立”伪装，通电斥责顾品珍甘为戎首，在内江首先进攻第三师。刘存厚一再催促北京政府下令讨伐唐继尧。
三 孙中山率领海军南下护法。国会在广州举行非常会议并成立军政府
广东是西南五省的政治军事中枢。广东内部也有三角斗争，所不同于四川的，只是没有发展成为军事冲突。
段祺瑞对广东也是采取从堡垒内部分化“敌人”和从外部施加压力的双重手腕，除利用龙济光残部外，还收买了部分投机军人为内应，并利用地方派军人的排外主义，企图造成广东内部主客军互相混战的局势，为北军创造乘虚而入的有利条件。北洋派占领区福建、江西两省都毗连广东，在段的规划中，这是进攻广东的两条路线，还有从海道运兵在广东沿海地区登陆的第三条路线。但江西督军陈光远属于直系，而直、皖两系在对南方的政策上存在分歧，所以江西不能作为出兵的主要路线。如果北军攻下湖南，湖南是可靠的第四条路线。
广东有几种不同的势力，经常处于明争暗斗中。桂系军阀广东督军陈炳焜自居为广东的统治者，省长朱庆澜也有兵权，并联合地方派军人共同对抗桂系，因此形成了省长与督军、地方派军人与桂系军阀的斗争。驻防北江的滇军约有两师兵力，是孙系国民党在广东的军事基础。地方派军人有时与国民党联合以对抗占有优势的桂系军阀，有时又在南方与北方之间、国民党与桂系之间摇摆不定。
两广是在督军团叛变和国会被解散的时期宣布“自主”的。北京复辟时期，桂系虽然高唱出兵，但主要目的在于利用时机统一广东军权，铲除异己势力。驻粤滇军以及省长所属的警卫军在桂系的歧视和高压下，也想假借北伐之名，向外发展，但桂系又不给以必要的军事装备。所以滇军的领导者李烈钧忿然指出，陆荣廷躲在故乡武鸣装病，坐失北伐时机，致使段祺瑞得以玩弄政治手腕，重登政治舞台。
桂系对于异己军事势力的军费，从来采取了不过问的态度，逼得驻防各县的地方军纷纷就地筹饷，朱庆澜以省长名义发行救国公债，滇军守提印花税甚至公开扣留鸿安公司的鸦片土膏以充军费[3]。桂系利用这些事实打击他们，对广东人民宣称，只有大举裁减这些横征暴敛的军队，才能减轻人民的负担。但是广东人民更加清楚地认识到，桂系在广东搜刮民脂民膏，养活骑在人民头上的桂军，官吏贪污腐化，他们才是人民最主要的敌人。
北京复辟时期，朱庆澜派人到上海联系孙中山，同意以广州为护法根据地。七月十日，孙中山率领应瑞、海琛两舰到汕头，十三日派章太炎先到广州接洽。这时，朱庆澜派警卫军统领魏邦平兼任警察厅厅长，以加强对广州的控制，大批滇军也由北江开到广州郊外来，广州局势顿趋紧张。桂系当然不欢迎孙中山到广州，但又不便公开拒绝，同时还想利用孙中山到广州作为对北京政府讨价还价的资本，所以十七日孙中山到广州时，陈炳焜还和朱庆澜一道前往江岸迎接，并且参加了黄埔公园的欢迎会。
孙中山在欢迎会上发表演说，揭破了复辟是北洋军阀所布置的政治圈套，指出了洪宪王朝的佐命者和宣统伪帝的辅佐者同样是不可赦的帝制犯。他十分激动地说：“段祺瑞引用段芝贵、倪嗣冲这些复辟派做讨逆军统帅，以逆讨逆，忠奸不分。今天的中国，不是复辟与共和之争，而是真共和与假共和之争。今天真复辟者少，假共和者多。”
七月二十一日，前海军总长程璧光和海军第一舰队司令林葆怿联名通电宣布自主，提出拥护约法、恢复国会、惩办祸首三项主张，并率领海军第一舰队由吴淞口外开赴广州。这是孙中山与驻沪海军预先约好的一个步骤。海军第一舰队南下护法，使段大为震动。段内阁为了保持海军的体系，立即调升第二舰队司令饶怀文为海军总司令，并以林颂庄、杜锡珪为第一第二舰队司令。
海军南下护法，也使视广东为其外府的桂系同样吃惊。
朱庆澜原是段内阁派到广东来作为北洋派的内线的。他公然倒在孙中山的一面，使段大为忿怒，因此七月二十六日发表广东省长朱庆澜与广西省长刘承恩对调的命令。这是一石两鸟之计，因为朱庆澜不能把广东省长所统率的警卫军带往广西，而朱庆澜离开广东，孙中山也将失去一个有力的拥护者。朱庆澜以广东自主为理由，拒绝接受这个命令。
其实，两广宣布自主是桂系军阀的一种政治投机手腕。“独立”和“自主”本来应当无所区别。当初桂系军阀不称“独立”而称“自主”，就是别有用心。他们把“自主”解释为“半独立”，与完全独立不同。原来他们对北京政府采取了联冯反段的策略，在半独立的形式下，对于北京政府命令，可以根据自己的利益来决定接受与否。例如八月十四日北京政府公布对德宣战时，陈炳焜竟将这个命令抄致广州领事团，同时还用“奉大总统令对德宣战”的字眼，发布对内文告。当到粤国会议员推举代表向他提出质问时，他还强词夺理地说：“我们反对非法内阁，并不反对代理总统。传达总统命令，并不违反自主精神。”议员代表邹鲁站起来说：“大家知道，北京政府现在采取的是责任内阁制，总统的命令都是根据内阁的决定发布的。”这样一说，弄得陈炳焜面红耳赤，大家不欢而散。
孙中山到广州后，国会议员响应护法号召，先后来到广州的有一百三十余人。八月十八日，孙在黄埔公园设宴招待，讨论召开国会问题。由于北京政府千方百计地阻挠议员南下，到粤议员不足法定人数，不能召开正式国会，便决定采取法国的先例，召开非常会议，由非常会议制定军政府组织大纲，推举军政府首长，在约法未恢复效力以前，军政府为西南各省的中央政府。
孙中山到广州还不过一月，就有国会议员和海军、滇军被吸引到护法旗帜下面，广东地方派军人或者同情护法，或者采取中立的态度，形成了不可忽视的力量。陈炳焜对孙中山在广州组织政府的问题不敢作主，便亲自到梧州向陆荣廷请示。这个城府甚深的桂系首领认为：组府问题已经快要成熟，既不应施以压力阻止它的产生，也不应采取放任的态度，关键问题在于不让这个政府拥有丝毫权力。他又认为：对付孙中山的问题还在其次，主要是要把拥护孙中山的朱庆澜排斥出去，并且把地方派军人争取过来，这是一个釜底抽薪的策略。
陈炳焜回到广州来，就迅速执行了这个策略，用省长的地位诱惑地方派军人首领、肇阳罗镇守使李耀汉驱逐朱庆澜。李耀汉不愿放弃兵权，要求以省长兼任镇守使，陈炳焜表示可以接受。
由于李耀汉态度的转变，朱庆澜站不住脚，便向省议会提出辞职，准备将省长亲军二十营交与孙系国民党军人陈炯明接统。这批军队本来是前任都督龙济光被迫下台以前，朱庆澜以省长名义先到广州来接收的“警卫军”。当时的兵额有四十营，接收后编为省长直辖的地方保安部队。广东宣布自主时，督军陈炳焜假口军事时期，军权必须统一，要求接收这批军队，朱庆澜被迫交出二十营，仍留二十营改编为“省长亲军”，委任陈炯明为亲军司令。陈炳焜坚持必须全部接收，改聘陈炯明为督署高等顾问，但是朱庆澜不肯放手。这个问题经过长期争执，一直没有解决。现在朱庆澜已经到了必须下台的地步，乃邀请国民党军人程璧光、李烈钧、陈炯明等举行密谈，打算改编亲军为海军陆战队，仍以陈炯明为司令，名义上归程璧光节制指挥。程璧光是国民党内著名的“好好先生”，桂系对他没有恶感，而且又是海军领袖，朱庆澜想利用他的掩护使这支武力不至落入桂系之手。
八月二十六日，朱庆澜将省长印交与省议会，完全不理睬陈炳焜，就到香港去了。陈炳焜深恨朱庆澜，当天在布告中骂他“私人出走，有心扰乱治安”。
二十七日，省议会选举胡汉民继任省长。省长由省议会选举产生，在法律上是没有根据的，在事实上却早已成为独立省区的一个公例：从辛亥革命、国民党“二次独立”一直到反对洪宪帝制时期，由于独立省区脱离了当时的中央政府，一省军民首长在形式上都是由省议会推选的。广东省议会正是根据这个成例进行了省长的选举。省议会选举胡汉民为省长，理由是胡汉民做过第一任广东都督，又是广东的知名之士。实际上这是抵抗桂系军阀的一种表现，因为胡汉民是国民党的健将。
桂系当然不能容许有一个比朱庆澜更不合意的省长，当天陈炳焜派人到省议会夺去了省长印，并以督军命令接收了省长亲军。
陈炳焜早已向北京政府保举李耀汉为广东省长。这在段内阁是一件喜出望外的事情。一个自主省区公然向北京政府保荐省长，北京政府不能不引为“荣幸”。段正在力图扩大广东内部的矛盾，不论桂系保举阿猫阿狗，哪有不欣然同意之理。八月三十一日，北京政府发表命令，任命李耀汉为广东省长，仍兼肇阳罗镇守使。
省长问题虽是广东三角斗争中最突出的一个问题，但是这时孙系国民党正在忙于组府工作，愿意对省长问题让步，以交换桂系对组府问题不加干涉。胡汉民向省议会辞谢省长，并举李耀汉为代，而省议会也就虎头蛇尾地改选李耀汉为省长。陈炳焜、李耀汉都不肯买这笔账，九月五日他们公然联名向北京“大总统”呈报省长接替的情形，这又充分暴霜了“自主”是一个骗局。
八月三十日，非常国会通过军政府组织大纲十三条。九月一日，根据这个大纲选举大元帅，孙中山在九十一票中以八十四票当选。次日补选元帅二人，陆荣廷以七十六票、唐继尧以九十三票当选。大元帅下设两个元帅，用以交换西南两大军阀对军政府的支持，这一措施充分表现了当时国民党处境的尴尬和它的软弱性。
但是示弱是得不到什么东西的。九月二日陆荣廷致电非常国会，反对另组政府，主张“总统复职”，同时通电全国声明“以后广东无论发生何种问题，概不负责”。非常国会对这一公开反抗行为不但不敢加以谴责，反于九月三日补作一项决定，迎接黎元洪南来继续执行总统职权。孙中山也通电表示了迎黎的态度[4]。
国民党希望唐继尧能够有较好的态度。九月八日唐继尧也来电不受元帅。非常国会和孙中山除去电加以劝勉外，还派章太炎为劳军使，携带元帅印到昆明，请唐接受。
九月八日陈炳焜招待广州报界人士表示态度。他对“自主”的定义做了进一步的赤裸裸的解释，认为“自主和独立有区别，独立是与中央政府断绝一切关系，形成国内之国；自主就是自治，对于中央政府不合理的部分可以反对，但不反对它的合理的部分”。他举出具体的事例来说：“冯代总统的地位是合法的，段内阁的地位是非法的，所以我们反段而不反冯。”关于在广州组织军政府的问题，他露骨地表示：“我不能表示赞成的态度，也不愿采取干涉的态度。但是广东人民不能担负军政府和非常国会的经费开支。”
从“自主”的解释中，人们找不出桂系军阀除在形式上标榜不同的名词而外，在实质上与各省北洋军阀有何不同。各省北洋军阀对待北京政府的态度，也正是接受其有利于己的措施，而反对其不利于己的措施。对于已经产生的军政府，桂系的态度也十分明显，并不采取暴力手段来消灭它，而是采取经济手段来扼杀它。
只要桂系不采取暴力手段，孙中山总不肯放弃其组府工作。九月十日军政府宣告成立，孙中山就大元帅职，陈炳焜、李耀汉都不去参加典礼。同一天，非常国会选出唐绍仪、伍廷芳、孙洪伊、张开儒、程璧光、胡汉民分任财政、外交、内务、陆军、海军、交通各部总长。孙中山以大元帅名义任命李烈钧为参谋总长、林葆怿为海军总司令、方声涛为卫戍总司令、李福林为亲军总司令、章太炎为秘书长、许崇智为参军长、李耀汉为筹饷总办。
这些命令显示出孙中山仍在与桂系军阀进行不公开的斗争。陈炳焜夺去了省长亲军，他就任命地方派军人李福林为亲军总司令，陈炳焜拒绝担负军政府和非常国会的经费开支，他就借重李耀汉筹饷。但是李福林并未被吸引过来，李耀汉也不肯替军政府筹饷。
军政府宣告成立后，两个元帅和一些总长都不肯就职，甚至滇军师长张开儒也不就陆军总长。孙中山竭力拉拢唐继尧，派为川、滇、黔三省靖国军总司令以满足其欲望，但是唐继尧要自立为王，并不表示合作。
在对外政策上，军政府尾随北京政府之后，在九月二十六日公布对德宣战，并且承认军政府成立以前帝国主义强加于中国的既成条约。但是帝国主义并不以它为外交对象。
军政府对军阀的让步，只是助长了西南军阀的更高气焰和对军政府的更加轻视；对帝国主义表示妥协，只是得到冷淡的回答。
军政府成立后，段祺瑞气冲冲地要下命令通缉孙中山和非常国会议长吴景濂。冯国璋不肯用命令的形式发表，改由北京总检察厅以“背叛民国”罪提起公诉，由司法机关行文全国通缉孙中山。段对这个办法很不满意，到九月二十九日，冯终于被迫下令通缉孙中山。
军政府也下令通缉段祺瑞、梁启超、汤化龙、倪嗣冲四人以示报复。
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[1] 傅良佐任陆军部次长，并无实际兵权，为了适应“湘人治湘”，段才决定任为湘督。
[2] 刘建藩字昆涛，湖南醴陵人，日本士官学生出身。曾任南京第八师（国民党“二次革命”时的主力军）团长。1916年湘军驱汤时，黄兴介绍他回湖南担任军职，由于没有相当位置，谭延闿派为营产清理处处长。这次叫他拍卖大批公产，提充军费，完成任务后，又派往零陵接统谢国光，罗先闿、刘雪轩各营（8月29日）。
[3] 此时广东烟赌公开，商人可以纳税买卖鸦片。
[4] 黎元洪已于8月28日由北京移居天津，但仍在北洋派的监视中。