一 冯段阻止南军北伐。唐继尧首先通电反对段内阁
段祺瑞和他的党徒们布置了一个政治圈套，利用张勋解散国会，驱逐总统，为再起组阁铺平了道路。复辟政变时期，段不能不顾虑到如果西南各省出兵讨伐叛逆，就会侵入北洋军阀的地盘，影响北洋军阀的军事专政。因此，他以国务院的名义电达西南各省：“复辟即将敉平，各省治安重要，不必移师北来”。
冯国璋在阻止西南出兵和维护北洋派的统治权方面，与段具有同感。一九一七年七月七日，他在南京接受代理总统职的第二天，也以总统的名义通电各省：“除有本代总统或国务总理命令，各省军队应驻原防，不得移动。”
其实，西南各省出兵讨逆的呼声虽高，愿意采取实际行动的却很少。真正愿意出兵并想乘机推翻北洋军阀政权的，只有孙中山的国民党，但他们的军事力量很小，有孤掌难鸣之感。湖南督军谭延闿曾动员湘军第二师北伐，这是西南各省采取行动的唯一地区。但他并无“直捣幽燕”的雄心，其目的仅在“收回”岳州。原来岳州从一九一三年国民党“二次独立”失败以来，就一直控制在北军的手里，湖南当局和人民都受到严重的威胁。北京复辟时期，段调北军吴光新部北上讨逆，岳州成为一座空城，谭想以讨逆为名，派遣湘军向岳州推进。段接到这个情报，就立刻电令已经开到郑州的吴军迅速开回岳州。
由于段一手制造复辟政变，而又一手包办讨逆军事，引起了西南各省的愤慨。七月十七日，唐继尧首先通电揭破段的阴谋，并公开不承认段内阁的合法地位。这个电报指出：“顷接芝泉（段）支电（七月四日），有奉总统命令于本日就总理职等语。又急电谓，大局即可解决，各省军队非奉副总统及本总理命令，不得擅离原驻地，并不得另立名目添募军队等语。言多不经，殊堪诧异。……此次变乱，即段氏酿成，安能再居总理之位！黎总统以非法解散国会，又误引张勋入都以致复辟，业已违法失职，且在孑然一身颠沛流离之际，下命令以任总理，在法理上尤难认其有效。乃芝泉复欲箝制各省，不许动兵讨逆，殊属百思莫解。非故纵元凶，即图居功首。继尧誓不承认！”
这是西南各省军阀公开反对段内阁的第一炮。
在北方督军团叛变和张勋复辟的时期，据有两广地盘的桂系军阀已经宣布“自主”。由于段内阁复活后仍然对西南采取敌对的态度，所以桂系继续保持“自主”状态，以便相机应付。湖南则因接近北洋军阀的占领区，但又倾向西南，所以只能采取“半自主”的态度。这样，除四川陷于混战状态外，西南五省形成了对北京政府的敌对势力，南北分立从此更加明朗了。
二 段主张召集临时参议院与西南主张恢复旧国会的矛盾
七月十四日段内阁由天津迁回北京。研究系在段内阁中共占有五席，即外交汪大燮、内务汤化龙、财政梁启超、司法林长民、教育范源濂。此外阁员，农商张国淦与段和研究系都很接近，交通曹汝霖为新交通系，海军刘冠雄附属于北洋派，陆军由段兼任。梁启超在这个内阁中取得了以前求之不得的财政总长，汤化龙取得了在国会改选时有利于研究系竞选的内政总长，这是研究系在政治舞台上的极盛时期。
研究系醉心参加北洋军阀政权，曾于七月二十六日召开会议讨论恢复“进步党”，并拟联合新交通系以及寄生于北洋派的政客们组成一个大党，但因意见纷歧，这个计划未能实现。
段内阁迁回北京后，面临着一系列的问题——国会问题、总统问题和对德宣战问题，这些问题都必须及时解决。在这些问题当中，段认为核心问题是要加强靠拢日本，从日本取得大量军火和借款的支援，用以发动内战，完成袁世凯所不能完成的北洋派的武力统一政策。以前他早已和日本勾结好，只是由于东西方帝国主义在中国舞台上展开了激烈的斗争，引起了中国当权人物的内讧，他没有来得及发动内战，就被总统黎元洪罢斥下台。现在他大权在握，就决心把这个问题提到日程表上来。
段本人当然不需要国会，但是号称民主共和的国家不能没有国会。梁启超建议在旧国会已被解散、新国会尚未成立的时期，召集临时参议院代行国会的立法权。他解释说，这个意见并不是无所本的，以前民国成立时期，由于没有一个现成的国会，国民党前身同盟会在临时首都南京召集临时参议院作为过渡性的立法机关。今天，削平复辟变乱，再建民主共和，也没有一个现成的国会，与民国初期的情况大体相同。已被解散的旧国会当然不应再召集。召集临时参议院，由这个临时立法机关修改国会组织法与参众两院议员选举法，然后根据这些新法召集新国会，正是以国民党之道还治国民党，国民党没有理由加以反对，当然也就不会引起其他方面的反对了。
段的目的只求不恢复旧国会，对于另外召集一个任何形式的立法机关都没有成见。特别使他感觉兴趣的是：以前临时参议院的参议员，是由地方当局指派而不是由人民选举产生的，根据这个成例，他就可以制造一个可以由自己一手控制的临时立法机关。因此，七月二十日国务院举行迁回北京后的第一次国务会议时，就通过梁的意见，并推梁执笔起草通电，征求各省当局对于召集临时参议院的意见。
国务院致各省的敬电（七月二十四日）说：“今日仍为适用约法时代。但国会解散之后，断无重行召集之理由。改选国会，程序繁重，非一时所能竣功。……一为改组之说，然必先修改国会组织法，尤必先有提议改组并制定法律之机关，其职权又为法律所许可者。……今日既为遵行约法时代，则所谓合法机关无过于约法上之参议院者。国会之职权乃由约法上之参议院递嬗而来，有参议院行使约法职权，即无异于国会之存在；且人数无多，选派由地方自定，依据约法，可以迅速成立。……总之，宪法未定以前，约法为根本大法。依据约法以召集约法上之参议院，依据约法上参议院之职权以解决制宪、修正组织法各问题，则事事守法以行，于政治上能得平允，于法律上不生矛盾。……但立法为最高机关，其成立程序，政府应征集多数意见。即请发抒伟论，迅速详复。”
这篇文章做得并不高明。十分明显，民国初期之所以成立临时参议院，是由于当时的同盟会采取了夺取政权的革命手段，推翻了君主专制，那个时期没有一个现成的国会，在那种特殊情况下召集一个过渡性的临时立法机关，通过它制定具有宪法作用的临时约法，然后根据临时约法组织临时政府，这是可以说得过去的。可是在临时政府成立一年之后，临时政府就已根据临时参议院所制定的国会组织法与参众两院议员选举法，产生了正式国会，临时参议院本身即因完成了历史任务而告结束。现在冯、段两人取得政权，是否也是采取革命手段呢？显然不是。冯国璋代理总统是根据临时约法“大总统因故不能视事时，副总统得受大总统之委任，代行其职权”的规定，段祺瑞再任内阁总理则是根据总统的任命。因此，没有任何理由把继承时期与开国时期混为一谈，更没有理由把历史割去一段而将早已退出历史舞台的临时参议院复活起来。
这个电报所持的另一理由，是说国会已经明令解散，不能重行召集。这个理由根本不能成立。国会应否恢复，应当取决于解散国会是否合法。黎元洪在张勋的暴力下被迫解散国会，那么有什么理由说不能重行召集被非法解散的国会呢？而且这个国会以前就被非法解散过一次，袁世凯因为要做皇帝，下令解散国会，而在袁政权被推翻后，新政权在全国舆论督促下恢复了这个国会。那个新政权也正是以责任内阁制自居的段内阁。
这个电报强调指出：“宪法未定以前，约法为根本大法。”这也不是段的由衷之言。他在袁世凯死后接收政权的时期，曾坚决主张废止这部约法而代之以一九一四年袁所钦定的“新约法”，只是由于全国一致反对，才被迫承认这部约法有效。他现在之所以拥护这部约法，是由于共和国家在形式上不能没有一个立法机关，而他又坚决不肯重行召集被非法解散的他所不能控制的国会，就想利用约法，利用约法上关于临时参议院的条文，断章取义地成立一个临时性的立法机关。参议院议员不由人民选举而由各省当局指派，在北洋军阀控制多数省区的情况下，他可以稳稳控制这个临时参议院。问题的实质就在于此。
关于召集立法机关这样一件大事，并不广泛征求全国意见，而仅仅以各省当局为谘询的对象，这显然又是袁世凯利用各省北洋军阀为其应声虫的旧作风。
段本人的法律知识并不高明。研究系替他出这个主意也不是没有自己的目的的，他们企图利用临时参议院修改国会组织法，来实现他们以前在国会的制宪会议上力争而未得的“一院制”；并且企图利用与北洋军阀的合作关系，在未来的新国会中取得多数党的地位。
段在敬电中已经明白提出自己的主张，所谓“谘询”不过是一种形式，因此各省北洋军阀纷纷随声附和。但孙中山表示了坚决反对的态度。孙中山指出，只有恢复被非法解散的国会，才能真正符合约法精神，段祺瑞拒绝恢复国会而拟召集临时参议院，自称遵守约法，却正是破坏约法。
事实上，国民党早已分化，即使旧国会得到恢复，国民党也决不可能利用这个国会来作为对北洋军阀进行政治斗争的工具。孙中山之所以坚持必须恢复旧国会，是由于当时在政治上找不到一条更好的路线，如果临时参议院成立，将成为北洋军阀与研究系政客集团相互勾结用以打击反对势力的御用机关，而恢复旧国会，至少可以牵制他们一下。
西南各省军阀也反对召集临时参议院，主张恢复旧国会。他们并非与孙中山同一旨趣，也不是临时约法的真正拥护者和旧国会的积极支持者。他们反对召集一个完全由北洋军阀所控制的立法机关，是害怕段利用它而漫无限制地扩大个人权力，采取征服西南的所谓武力统一政策。
以上这些，就是因国会问题而引起的南北两方面护法与毁法的争端。全国人民对于段内阁的毁法行为虽然表示愤慨，却又认为旧国会也并不能代表民意，只是一些政客集团角逐名利，分赃斗法的活动场所，因此南方的护法运动，也缺乏群众基础。
三 北京政府调动江苏、江西、湖南三省督军。冯段两人的初步斗法
关于总统问题，段并不认为冯是合适的傀儡。早在小站练兵时期，他们在袁世凯手下争权夺宠，面和心不和，而在袁死后，又因争夺北洋派领袖的地位，各立门户，互不相下，这是北洋派内部人人熟知的事情。讨逆军事结束后，段坚决反对黎元洪复职，只得迎接冯国璋到北京代理总统职权。他内定以自己的亲信段芝贵继任江苏督军。
但是，他没有估计到冯却另有打算。冯在未动身到北京以前，提出调任江西督军李纯为江苏督军，升任驻南苑的第十二师师长陈光远为江西督军。李纯、陈光远和湖北督军王占元在北洋派中都是属于以冯为首的直系[1]。这是冯在长江流域布置自己势力范围的一个步骤。同时他又将一向由自己直接统率的禁卫军[2]扩大为两个师，以王廷祯为第十六师师长，留在南京，与由江西调来的第六师（师长齐燮元）[3]作为巩固江苏地盘的两支主力，另以刘询为第十五师师长兼“总统拱卫军”司令，移驻北京。通过这些布置，他在长江一带就有实力的支援，而在北京也不是一个赤手空拳的光杆了。
这些布置当然引起段的不快。但在这个时期，北洋派尚未露骨分化，段以西南军阀为其主要敌人，对冯在一定程度上不能不有所迁就。他的迁就也不是无条件的，同时也提出以傅良佐为湖南督军，以吴光新为长江上游警备总司令兼四川查办使，作为交换条件。傅良佐和吴光新在北洋派中都是属于以段为首的皖系。
关于对付西南的政策，冯、段两人并不一致。段所采取的是武力统一政策，要以北洋派的优势兵力征服西南。冯所采取的是“和平混一”政策[4]，企图以维持西南军阀的现有地位、地盘交换他们对北洋派中央政权的承认。段所提出的变更川、湘两省现状的交换条件，显然是用兵西南的一个步骤。冯为了交换自己的利益，只得勉强同意，同时又想利用段与西南为敌以削弱皖系的力量，使自己在北洋派中成为唯一的领袖。
以上四个人（李纯、陈光远、傅良佐、吴光新）的任命，均于八月六日发表。
八月十五日，北京政府又派松沪护军使卢永祥兼任江苏军务会办。卢永祥在北洋派中也属于皖系。加卢一个会办衔，是段不让直系独占江苏地盘的露骨表现。
冯在刚到北京的一天（八月一日），就坚决挽留王士珍继续担任参谋总长。他向段、王这两个小站练兵时期的老朋友热情地表示：“我们三个人合力办事，不要分什么总统、总理和总长。”他断言今后不会再有府院之争。实则，从冯、段合作组成以北洋派为核心的北京政府的第一天起，他们就展开了尔诈我虞、斤斤计较的权力斗争，促使北洋派的分化由萌芽发展到成熟，并将中国内部混战向内容更复杂和规模更大的新阶段。
四 北京政府公布对德宣战。段内阁向日本借款，准备发动内战
日本寺内内阁是段内阁的靠山和中国内战的策动者。寺内的对华政策，在本质上与前任大隈内阁毫无区别，只是采取了不同的方式，大隈采取的是军事恫吓的方式，寺内采取的是经济渗入的方式。段再起组阁，日本政府认为是自己的一个胜利。复辟政变结束后，日本外相本野立即通过中国驻日公使章宗祥，催促北京政府公开对德宣战。七月十七日，协约国驻华各公使也以祝贺新内阁为由访问外交总长汪大燮，催促中国加入协约国。这是段内阁面临着的必须及时解决的第三个问题。
对德宣战问题，以前波折重重。这时黎已下台，国会已被解散，段能够独断独行，八月四日提交国务会议通过，十四日以总统命令正式公布。冯对这个问题毫无成见。就是反对段内阁的西南军阀也不表示异议，他们巧为辩解说，反对段内阁是另外一件事，中国对外应当一致，而代理总统的命令也是可以接受的。
北京政府公布对德宣战后，八月十四日英、美、日、意四国公使、十五日俄、比两国公使均有照会致外交部，表示他们尽力赞助中国在国际上享有大国当有之地位。美国还想利用金元外交，企图超越日本，加强对中国的影响力。八月十四日美国公使又一次照会北京外交部，表示美国政府“欣愿趁此机会，将友谊及联带责任并协助之处，特向中国政府确切声明，自必赞助中国在国际上享得大国当有之地位及其优待”。同时，中国驻美公使顾维钧也向北京政府秘密报告，美国将以二万万元（银元）借予中国，帮助中国出兵欧洲。
美国这一表示当然不能取得预期的效果。段已骑上了日本马，没有必要也不可能从这个马背跳上另一个马背。日本政府迅速表示可以提供同样数目或者更多的借款，并且不要中国出兵欧洲。段替自己打算，一个是近邻，一个远隔重洋，一个要出兵，一个不要出兵。用日本的借款发动内战，贯彻北洋派的武力统一政策，这是他早经决定的方计。问题在于向日本借款不能公开进行。根据一九一三年英、德、法、日、俄五国银行团与中国政府订立的协定，中国不得向五国银行团以外任何一国进行政治借款，也不得单独向五国中之一国进行政治借款。现在德国虽已除外，但是五国银行团这个机构仍然存在，日本不能单独借款给中国。
为了避免引起有关各国的干涉，早在第一届段内阁时期，寺内曾派“私人”代表西原龟山到中国来秘密接洽，决定不由日本政府出面，而以日本的朝鲜银行、台湾银行、兴业银行为基础，佐以正金银行、东亚兴业公司、中日实业公司等财团所组成的日本银行团，以实业借款的名义借款给段内阁，以避免政治借款之名。第一次成立的借款是一九一七年一月二十日交通银行的“业务借款”五百万日元，以国库券为担保，以该行聘用日本顾问为条件。当时的交行总经理就是著名亲日派曹汝霖。这笔借款名为整理交行业务，实际上北京政府对国家财政从来就只有一本糊涂账，可以移东补西，上下其手。随后北京政潮发生，段内阁倒了，借款也就终止进行了。
第二届段内阁成立后，八月十日日本藏相胜田迅速与中国另一著名亲日派陆宗舆成立所谓中日合办的中华汇业银行，以陆为总经理，作为投资中国的另一机构。
随后日本政府又想出了一个新办法，指使北京政府向五国银行团提出一万万元善后大借款的申请。五国银行团对这个申请不能置之不理，如果置之不理，北京政府就可以振振有词地向五国银行团以外或者五国中的一国进行政治借款，从而推翻五国银行团对华政治借款的联合垄断。此时欧战正在紧张进行，英、法、俄三国没有力量提供这笔借款，经过协商，就由日本银行团先行分期垫付，待将来欧战结束，再由五国银行团如数拨还。这样，既不违反五国银行团垄断对华政治借款的规定，又能符合日本单独借款的愿望。
根据这个办法，八月二十八日日本银行团垫付了一千万日元作为第一批善后借款垫款，以盐税和国库券为担保。这笔垫款正是段内阁恃以发动大规模内战的军费来源。代表北京政府签订这笔借款条约的，正是财政总长梁启超。
此外，日本政府还以半公开或者不公开的各种方式向北京政府大量投资。九月二十八日成立交通银行第二次“业务借款”二千万日元，仍由曹汝霖经手，以国库券二千五百万元为担保。十月十二日成立吉长铁路借款四百五十一万一千二百五十一日元，由满铁提供借款，以该路财产及收入为担保，以聘用日本技师及管理人员为条件。代表北京政府签字的是财政总长梁启超、交通总长曹汝霖。
同一时期，协约国也因中国已经参战，承认给中国一些“报酬”。以前北京政府曾向协约国提出中国参战后的几项愿望，九月八日协约国公使回答了一个照会，承认：（一）庚子赔款可以停付五年，停付期内不加利息，但俄国占有赔款总额百分之二十六，除其中百分之十可以缓付外，其余百分之十六仍须按期照付；（二）关税可以提高为百分之五，但须先成立由有关各国与中国共同组织的委员会，调查标准价格，然后厘定税则；（三）中国在必要时可在天津周围二十里内驻兵，但以防范敌侨为限。
以上各项，与北京政府原来向它们提出的愿望有很大的距离。但这只是问题的一面。另一面，在协约国给予中国“报酬”的背后，还隐藏着出卖中国的内幕，这就是以上这些条件，协约国事前曾与日本政府进行秘密协商，取得日本政府的同意，然后向北京政府作答的。这就是说，协约国实际上不把中国当作一个独立自主的国家。
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[1] 辛亥革命时，冯国璋统率北军第一军南下作战，第一军由第六镇统制李纯、第二镇协统王占元、第四镇协统陈光远等部混合编成。这是冯与李纯等的早期关系，后来发展成为北洋派内部的一个军事小集团。
直皖两系的名称，主要是根据冯国璋为直隶人，段祺瑞为安徽人而产生的。但参加两系的军阀，并不完全根据同乡关系，也有个人利害关系。两系成员也经常互相转化，很难划分界限。
[2] 冯国璋在清朝末年调任为禁卫军统领。民国成立后，禁卫军仍由他统率，名称也没有改变。
[3] 第六师最早为武卫右军，后来改编为第六镇。该镇前后任统制为段祺瑞、王士珍、赵国贤、吴禄贞、李纯。1913年袁世凯调第六师（第六镇改名）进攻湖口，国民党失败后，李纯升任江西都督，马继增升任第六师师长。洪宪帝制时期，袁又调该师由湘西进攻贵州，马忽自杀身死，由第十一旅旅长周文炳升任师长。不久周又患有精神病，由第十二旅旅长齐燮元升代师长兼任江西督署参谋长。
[4] 根据当时的说法，所谓“和平混一”是指表面统一而实际并不统一。