鲁迅跟着南京政府搬到北京，那是1912年的事。民初那一段时期，他的苦闷，也许比一般青年更甚。他有一回，在复许广平的信中说：“大同的世界，怕一时未必到来，即使到来，像中国现在似的民族，也一定在大同的门外。所以我想，无论如何，总要改革才好。但改革最快的还是火与剑，孙中山奔波一世，而中国还是如此者，最大原因还在他没有党军，因此不能不迁就有武力的别人。近几年似乎他们也觉悟了，办起军官学校来，惜已太晚。中国国民性的堕落，我觉得并不是因为顾家，他们也未尝为‘家’设想。最大的病根，是眼光不远，加以‘卑怯’与‘贪婪’，但这是历久养成的，一时不容易去掉。我对于攻打这些病根的工作，倘有可为，现在还不想放手；但即使有效，也恐很迟，我自己看不见了。由我想来——这只是如此感到，说不出理由，目下的压制和黑暗还要增加，但因此也许可以发生较激烈的反抗与不平的新分子，为将来的新的变动的萌蘖。” 他的观点，带着很浓厚的虚无主义色彩，那是很显然的。他自己的家乡，正在败落中的周家子弟，以及北洋派分崩离析所招致的动乱，在他的眼前，都是漆黑一团，这是他所以悲观的主因。他是期待着武力革命的新局势的到来，也和一般人一样，对国民党的建军革命，寄以希望的。（孙伏园说：“鲁迅的内心生活是始终热烈的，仿佛地球一般，外面是地壳，内面是熔岩。这熔岩是一切伟大事业的源泉，有自发的力，有自发的光，有自发的热，决不计较甚么毁誉。”这也是虚无主义者的人生观。）
在那一段苦闷的长时期中，鲁迅一直住在北京。开头，他们兄弟俩都住在绍兴会馆。到了1919年，他把绍兴东昌坊口的老屋和同住的本家共同售去以后，就在北京购得公用库八道湾大宅，特地回南去迎接老母及全家人来住。这宅子不但房间多，而且空地极大。鲁迅说：“我取其空地很宽大，宜于儿童的游玩。”那时，他自己并无子息，这空地，可说是为了侄儿们着想的。鲁迅对于两弟非常友爱，因为居长，所以家务，统由他自己一人主持。据许寿裳所说：后来鲁迅搬出了八道湾，那是周作人的妻子羽太信子所迫成的。他说：“羽太信子对于鲁迅，外貌恭顺，内怀忮忌；作人则心地糊涂，轻听妇人之言，不加体察，我虽竭力解释开，毫无效果。从此两人不和，成为参商，一变从前兄弟怡怡的情态。这是作人一生的大损失。”
鲁迅搬出之后，就借钱购得西三条的房子，是一所小小的三开间的四合式。此屋的东间是母太夫人的房，西间是朱夫人的房。北屋的中间，后面接出一间房子去，鲁迅称它为“老虎尾巴”，乃是他的工作室，《彷徨》的全部以及其他许多的译著，皆写成于此。它的北窗用玻璃，光线充足，望后园墙外，即见《野草》第一篇《秋夜》所谓“在我的后园，可以看见墙外有两株树，一株是枣树，还有一株也是枣树”。（南屋是他的藏书室。）关于“老虎尾巴”，许广平曾有过这样一段描写：“觉得熄灭了通红的灯光，坐在那间一面满镶玻璃的室中时，是时而听雨声的淅沥，时而窥月光的清幽，当枣树发叶结实的时候，则领略它微风振技，熟果坠地。”（替鲁迅设计这一寓所的，是他的教育部同事李先生，这“老虎尾巴”近乎画室，也是李先生所设计的。）
鲁迅在北京十四年，主要的职务，是教育部佥事；先后兼任北京大学、北京师范大学、北京女子师范大学的讲师。后来参加《新青年》的新文化运动，从事写作，先后在北京《晨报》副刊、《京报》副刊、《语丝》、《莽原》这些报刊上写稿，后面这两种刊物，他是主要的领导者。
他在教育部的工作，外人知道的很少；只有他的知友许寿裳提到他的“提倡美术”。许氏说：蔡元培先生任职教育部长，竭力提倡以美育代宗教，因为美感是普遍性，可以破人我彼此的偏见；美感是超越性，可以破生死利害的顾忌，在教育上应特别注重。这种教育方针，当时能够体会的还很寥寥，唯鲁迅深知其原意；蔡先生也知道鲁迅研究美学和美育，富有心得，所以请他担任社会教育司第一科科长，主管图书馆、博物馆、美术馆等事宜。鲁迅在民元教育部暑期演讲会，曾演讲美术，深入浅出，要言不烦，恰到好处。（他的讲演，曾刊在教育部的《汇报》。）民元以后的北洋政府，一直不曾安定过，而官僚主义的政府，也用不着什么作为，所以鲁迅不一定有所表现。（鲁迅有一篇《又谈所谓“大内档案”》，乃是官僚主义的最好注释。）此外提到鲁迅在教育部时期的工作时，实在很少，只有周作人说到周瘦鹃翻译《欧美小说译丛》三册，由教育部审定登记，那条赞许周氏的批复，是鲁迅所做的；那时他在社会教育司任科长，知道译介西方文艺的重要，很希望周氏能继续译下去，给新文学增加些力量。
鲁迅在北京大学，教中国小说史，那是周作人所推介的。关于这一经过，周氏有很好的追记。他说：“鲁迅所辑录的古小说逸文已完成，定名为《古小说钩沉》。他因为古小说逸文的搜集，后来能够有小说史的著作，说起缘由来很有意思。他对于古小说虽然已有十几年的用力，但因为不喜夸示，平常很少有人知道。那时，我在北京大学中国文学系做票友，马幼渔君正当主任，有一年他叫我讲两小时的小说史，我冒失地答应了回来，同鲁迅说起，或者由他去教更为方便，他说去试试也好，于是我去找幼渔换了别的什么功课，请鲁迅教小说史。后来把讲义印了出来，即是那一部书。其后研究小说史的渐多，如胡适之、马隅卿、郑西谛、孙子书诸君，各有收获，有后来居上之概。但那些似只在后半部，即宋以来的章回小说都有，若是唐以前古逸小说的稽考，恐怕还没有更详尽的著作，这与《古小说钩沉》的工作正是极有关系的。”
鲁迅是有志于写成一部完整的中国文学史全书的，可是在那社会动荡的生活不安定的情况下是无法成书的。他生前曾写信给笔者说：
中国学问，待从新整理者甚多，即如历史，就须另编一部。古人告诉我们唐如何盛，明如何佳，其实唐室大有胡气，明则无赖儿郎，此种物件，都须褫其华衮，示人本相，庶青年不再乌烟瘴气，莫名其妙。其他如社会史、艺术史、赌博史、娼妓史、文祸史……都未有人著手。然而又怎能著手？居今之世，纵使在决堤灌水，飞机掷弹范围之外，也难得数年粮食，一屋图书。我数年前，曾拟编中国字体变迁史及文学史稿各一部，先从作长编入手，但即此长编，已成难事，剪取欤，无此许多书，赴图书馆抄录欤，上海就没有图书馆，即有之，一人无此精力与时光，请书记又有欠薪之惧，所以直到现在，还是空谈。
鲁迅在北京那一时期中，有几场重大事件，笔者且分别追叙一下。我们知道《新青年》积极推动新文化的进程中，鲁迅已经参加了他们的战斗行列；可是，到了1924年，《新青年》本身有了分化了，五四运动带来的文化高潮，已经慢慢地退落了，所以，他在《彷徨》的序诗中说：“寂寞新文苑，平安旧战场；两间余一卒，荷战独彷徨。”“《新青年》的团体散掉了，有的高升，有的退隐，有的前进，我又经验了一回同一战阵中的伙伴还是会这么变化，并且落得一个作家的头衔，依然在沙漠中走来走去。”
《新青年》内部的分化，我们从陈独秀、胡适的往来通信中可以看得很明白了。1920年年底，陈独秀从上海到广州去了，《新青年》的编务，交给了陈望道手中。那时的《新青年》，宣传社会革命的气味很浓，社内外人士都不十分满意。所以独秀寄给胡适的信中也说：“《新青年》色彩过于鲜明，弟近亦不以为然。陈望道亦主张稍改内容，以后仍以趋重哲学文学为是。”胡适的复言，提到三个办法：“（一）听《新青年》流为一种有特别色彩之杂志，而别创一个哲学文学的杂志，篇幅不求多，而材料必求精。（二）若要《新青年》改变内容，非恢复我们不谈政治的戒约，不能做到。我主张趁兄离沪的机会，将《新青年》编辑的事，自九卷一号移到北京来，由北京同人发表一个新宣言，声明不谈政治。孟和说，《新青年》既被邮局停寄，何不暂时停办，此是第三办法。”当时，在北京同人，都赞成归北京编辑，可是，到了结局，《新青年》还是分裂了。当时鲁迅曾表示意见：“赞成北京编辑，但我看现在《新青年》的趋势是倾于分裂的，不容易勉强调和统一。无论用第一、第二条办法，结果还是一样。所以索性任它分裂，照第一条做或者倒还好一点。”这是他从《呐喊》到《彷徨》的经过。他说他自己是已经并非一个切近而不能已于言的人了！
鲁迅后来准备从厦门离开时，也曾说到他心头的彷徨：“我对于此后的方针，实在很有些徘徊不决，那就是：做文章呢，还是教书？因为两件事，是势不两立的：作文要热情，教书要冷静。兼做两样的，倘不认真，便两面都油滑浅薄，倘都认真，则一时使热血沸腾，一时使心平气和，精神便不胜困惫，结果也还是两面不讨好。看外国，兼做教授的文学家，是从来很少有的。我自己想，我如写点东西，也许于中国不无小好处，不写也可惜；但如果使我研究一种关于中国文学的事，大概也可以说出一点别人没有见到的话来，所以放下也似乎可惜。但我想，或者还不如做些有益的文章，至于研究，则于余暇时做，不过倘使应酬一多，可又不行了。” 他在北京时期的彷徨情绪，也是这样的。
在黑漆一团的当时，教育界的混沌，也和政治圈子差不多的，而且无分于南北东西。1925年春间，北京女子师范大学有反对校长杨荫榆事件，杨校长便不到校，后来任意将学生自治会职员六人除名，并且引警察及打手蜂拥入校，学生们不服。迨教育总长章士钊复出，遂有非法解散学校的事，并且命司长刘百昭，雇用流氓女丐殴曳学生们出校。女师大的许多教职员，本极以章、杨二人的措置为非，复痛学生的无端失学，遂有校务维持会的组织，鲁迅本是女师大的讲师，所以成为该会的委员之一，而章士钊视作眼中钉，竟倒填日子，将他的教育部佥事职免去了。女师大被解散后，师生在校外重新开学，经过了三个月的相持，女师大就复校了。这期间，就有着“新与旧”“复古”与“进步”斗争的痕迹，而鲁迅表现了最积极的态度。