鲁迅到了南京，呼吸了“洋务”的维新空气，也可说是多可喜亦多可悲。他眼见当时所谓办洋务的当局，那么短视浅见，他们那所矿路学堂，就是一幅讽刺画。而他们就在屡传裁撤声中毕了业，他们一到了毕业，却又有些爽然若失。“爬了几次桅，不消说不配做半个水兵；听了几年讲，下了几回矿洞，就能掘出金、银、铜、铁、锡来么？在连自己也茫无把握，没有做《工欲善其事必先利其器论》的那么容易。……所余的，还只有一条路：到外国去。”
不过，在鲁迅去国赴日本以前，并不是如他所自谦的“一无所能”的，他那时已经接受了赫胥黎、斯宾塞、孟德斯鸠的思想，而且对于嚣俄、小仲马的小说戏曲有所体会，已经比一般维新志士高了一着了。他到日本去留学，也有着救国的雄心的。他到日本，开头学的是医学；那时留学界的空气，偏重实用，十之八九学法政，其次是理工，对于文学都很轻视，对于医学也很少兴趣。鲁迅曾经眼见他父亲病中所受的折磨，（他父亲病了一年，死时只有三十七岁。）后来到南京进洋式的学堂，才知道世上还有所谓格致、算学、地理、历史、绘图和体操。生理学并不教，但他们却看到些木版的《人体新论》《化学卫生论》之类。他说：“我还记得先前的医生的议论和方药，和现在所知道的比较起来，便渐渐地悟得中医不过是一种有意或无意的骗子，同时又很起了对于被骗的病人和他的家族的同情；而且从译出的历史上，又知道了日本维新是大半发端于西方医学的事实。因为这些幼稚的知识，后来便使我的学籍列在日本一个乡间的医学专门学校里了。我的梦很美满，预备卒业回来，救治像我父亲似的被误的病人的疾苦，战争时候便去当军医，一面又促进了国人对于维新的信仰。” 他学医的动机，也和当时谈革命准备流血一样伟大的。他在仙台医学专门的学习成绩，非常之好，好到藤野先生把传他一家之学的希望存在鲁迅身上，好到仙台医专的同学对他妒忌，以为他独得藤野先生的照顾；然而他忽然又抛弃了医学，转到文学这边来了。
这一曲折，鲁迅自己有过很沉痛的追忆：他在仙台医专读书时，教师教授生物学，已用电影来显示微生物的形状，因此有时讲义的一段落已完，而时间还没有到，教师便映些风景或时事的画片给学生看，以用去这多余的光阴。其时，正当日俄战争的时候，关于战争的画片，自然也就比较的多了。“我在这一个讲堂中，便须常常随喜我那同学们的拍手和喝采。有一回，我竟在画片中忽然会见我久违的许多中国人了，一个绑在中间，许多站在左右，一样是强壮的体格，而显出麻木的精神。据解说，则绑着的是替俄国做了军事上的侦探，正要被日军砍下头颅来示众，而围着的便是来赏鉴这示众的盛举的人们。这一学年没有完毕，我已经到了东京了，因为从那一回以后，我便觉得医学并非一件紧要的事，凡是愚弱的国民，即使体格如何健全，如何茁壮，也只能做毫无意义的示众的材料和看客，病死多少是不必以为不幸的。所以我们的第一要著，是在改变他们的精神，而善于改变精神的是，我那时以为当然要推文艺，于是想提倡文艺运动了。” 鲁迅当时是站在爱国的民族主义观点上学习医学，也就站在同一观点上变而为提倡文艺运动了。周作人说：“鲁迅那时的思想，我想差不多可以用民族主义包括之，如所介绍的文学，亦以被压迫的民族为主，或则取其反抗压制也。”这话是不错的。
鲁迅第二次到东京，为了要从文艺运动来救中国，第一步就是要办杂志。那时，在日本的留学生，办了许多杂志，但是没有一种是讲文学的，所以发心想要创办，名字定为《新生》。这名词，多少和但丁的《新生》有点关系，含有文艺复兴的意味。其时，留东学生多轻视文学，《新生》的消息传出去时，大家颇以为奇。当时，他们也找了些志同道合的朋友，如许季芾（寿裳）、袁文薮等等，可是《新生》还不及出版，朋友又分散了，大概他们都准备了一些稿子，只是不曾发刊。据周作人说：《新生》终于没有办成，但计划早已定好，有些具体的办法也已有了。第一期的插画也已拟定，是英国19世纪画家瓦支的油画，题云“希望”，画作一个诗人，包着眼睛，抱了竖琴，跪在地球上面。杂志搁浅的最大原因是经费，这一关通不过，便什么都没有办法，第二关则是人力，实在也是一个很大的问题。
他们办杂志不成功，第二步计划是来译书。翻译比较通俗的书卖钱是别一件事，赔钱介绍文学又是一件事，他们所做的是后面的一种。他们经营了好久，才印出了两册《域外小说集》，第一册上的序言，鲁迅说明宗旨，云：
《域外小说集》为书，词致朴讷，不足方近世名人译本，特收录至审慎，迻译亦期弗失文情。异域文术新宗，自此始入华土。使有士卓特，不为常俗所囿，必将犁然有当于心，按邦国时期，籀读其心声，以相度神思之所在。则此虽大涛之微沤与，而性解思惟，实寓于此。中国译界，亦由是无迟莫之感觉矣。
他们工作十分辛勤，选择也非常精当，可是社会的反应非常冷落。直到十一年以后，那已经是五四运动以后，才重新为文化界所认识。《域外小说集》重版时，鲁迅写了一篇新序，叙述当初的情形：“我们在日本留学的时候，有一种茫漠的希望：以为文艺是可以转移性情，改造社会的。因为这意见，便自然而然地想到介绍外国新文学这一件事。但做这事业，一要学问，二要同志，三要工夫，四要资本，五要读者。第五样逆料不得，上四样在我们却几乎全无：于是又自然而然的只能小本经营，姑且尝试，这结果便是译印《域外小说集》。当初的计划，是筹办了连印两册的资本，待到卖回本钱，再印第三第四，以至第×册的。如此继续下去，积少成多，也可以约略介绍了各国名家的著作了。于是准备清楚，在一九〇九年的二月，印出第一册，到六月间，又印出了第二册。寄售的地方，是上海和东京。半年过去了，先在就近的东京寄售处结了账。计第一册卖去了二十一本，第二册是二十本，以后可再也没有人买了。（第一册多卖一本，那是他们自己去买来的，实际上只有二十位读者。）……至于上海，是至今还没有详细知道。听说也不过卖出了二十册上下，以后再没有人买了。” （第一册印一千本，第二册印五百本。）当时，这一类小说所不受读者欢迎，鲁迅自己曾说了一个主要原因，说：“初出的时候，见过的人，往往摇头说：‘以为他才开头，却已完了。’那时短篇小说还很少，读书人看惯了一二百回的章回体，所以短篇便等于无物。”阿英则谓周氏弟兄的翻译，虽用的是古文，但依旧保留了原来的章节格式，这对于当时的中国读者是不习惯的，既没有林纾意译“一气到底”的文章，又有些佶屈聱牙，其得不到欢迎，是必然的。
《域外小说集》两册中，共收英美法各一人一篇，俄四人七篇，波兰一人三篇，波思尼亚一人二篇，芬兰一人一篇。从这上边，可以看出一点特性来，即一是偏重斯拉夫系统，一是偏重被压迫民族也。（那时日本翻译俄国文学，也不甚发达。）这许多作家中间，鲁迅所最喜欢的是安特来夫，或者这与爱好李长吉有点关系罢。此外有伽尔洵；高尔基虽已有名，《母亲》也有各种译本了，但鲁迅不甚注意。他所最受影响的却是果戈理，《死魂灵》还居第二位，第一重要的还是短篇小说《狂人日记》《两个伊凡尼打架》，喜剧《巡按》等。波兰作家最重要的是显克微支。如周作人所说的：“用幽默的笔法写阴惨的事迹，这是果戈理与显克微支二人得意的事；《阿Q正传》的成功，其原因亦在于此。”
周氏兄弟都在日本求学，都接受了西洋文学的熏陶，有如上述；至于他们所受日本文学的影响，究竟怎样一种深度？我看，启明所受的比鲁迅深得多。依启明的说法是：“鲁迅对于日本文学当时殊不注意。森鸥外、上田敏、长谷川、二叶亭诸人，差不多只重其批评或译文，唯夏目漱石作俳谐小说《我是猫》有名，鲁迅候其印本出即陆续买读，又热心读其每日在《朝日新闻》上所载的《虞美人草》。至于岛崎藤村等的作品，则始终未过问，自然主义盛行时，亦只取田山花袋的《棉被》，佐藤红绿的《鸭》一读，似不甚感兴味。鲁迅日后所作小说，虽与漱石作风不似，但其嘲讽中轻妙的笔致，实颇受漱石的影响，而其深刻沉重处，乃自果戈理与显克微支来也。”
前几年，周作人曾在上海《亦报》刊载《鲁迅在东京》的故实，一连串三十五篇（后来又补写了几节）。从这些故实，我们可以知道鲁迅那一时期的文艺修养，正是中西兼修，古今交融的。那时，他于1906年秋天再往东京，先住伏见馆，后住东竹町中越馆，后来又随着许寿裳住在西片町的伍舍（五人同住的房子）。他住在伍舍，由龚未生发起，往小石川到《民报》社请章太炎先生讲《说文》，那是1908年至1909年的事，太炎在东京一面主持《民报》，一面办国学讲习会，借神田的大成中学讲堂定期讲学，在留学界很有影响。鲁迅与许寿裳和龚未生谈起，想听章先生讲书，怕大班太杂沓；未生去和章先生说，请他可否星期日午前在《民报》社另开一班，章先生便答应了。伍舍方面去了四人（周氏兄弟、许寿裳和钱均甫），龚未生和钱夏（玄同）、朱希祖、朱宗莱都是原来在大成听讲的，也来参加。《民报》社的一间八席的房子，当中放了一张矮桌子，先生坐在一面，学生围着三面厅，用的书是《说文解字》，一个字一个字地讲下去，有的沿用旧说，有的发挥新义。太炎对于阔人要发脾气，可是对学生却极好，随便谈笑，同家人朋友一样，夏天盘膝坐在席上，光着膀子，只穿一件长背心，留着一点泥鳅须，笑嘻嘻的讲书，庄谐杂出，看去好像一尊庙里的哈喇菩萨。鲁迅的旧文学，本来很渊博，很笃实，经过这一番启发，境界更进一阶了。
鲁迅从章氏问学的动机，据他自述，主要是为了向往章氏的革命人格，他说：“我的知道中国有太炎先生，并非因为他的经学和小学，是为了他驳斥康有为和作邹容的《革命军序》，竟被监禁于上海的西牢。……一九〇六年六月出狱，即日东渡，到了东京，不久就主持《民报》。我爱看这《民报》，但并非为了先生的文笔古奥，索解为难，或说佛法，谈‘俱分进化’，是为了他和主张保皇的梁启超斗争，‘××’的×××斗争，和‘以《红楼梦》为成佛之要道’的×××斗争，真是所向披靡，令人神旺。前去听讲也在这时候，但又并非因为他是学者，却为了他是有学问的革命家。” 这倒是他们师弟二人一生共同的特点，他们都是有学问的革命家。
这儿留着一件待考定的公案，即鲁迅曾否在东京参加革命组织——光复会——问题。周作人说：“鲁迅始终不曾加入同盟会，虽然时常入《民报》社，所与往来者，多是同盟会的人。他也没有入光复会；当时陶焕卿也亡命来东京，因为同乡的关系常来谈天，未生大抵同来。焕卿正在联络江浙会党计划起义，以浙东人的关系，鲁迅该是光复会中人了，然而又不然。”我以为他的话是可信的。但林辰替这件事作考证，却认为鲁迅曾参加过光复会，他引用了许寿裳的《鲁迅年谱》作证明。究竟如何，还待再行考定。