（一）各省獨立及軍務院之取消
黎總統七日接任，是日卽得陝西都督陳樹藩電，謂：「袁總統旣逝，陝省獨立，應卽日宣告取消，樹藩謹舉陝西全境奉還中央，一切悉聽中央處分。」八日，四川都督陳宧電稱：「川省前因退位問題，與項城宣告斷絕關係。現在鈞座旣經就職，川省謹遵照獨立時宣布，卽日取消獨立，嗣後川省一切事宜，謹服從中央命令。」九日，廣東龍濟光亦宣言取消獨立。其餘各省則以護國軍旣設有軍務院，當協同行動，不宜互有參差，決俟軍務院協議後，以定行止。十日，軍務院撫軍長唐繼堯電致大總統，要求四項：
（一）請卽日宣言國家根本法律以國會解散以前所公布者爲準
（二）請召集前參衆兩院議員，速開國會，按法補選副總統，及要求同意任命國務員，組織正式國務院。
（二）請撤退因抵禦護國軍所派之北軍
（四）請下令召集軍事特別會議，由各省都督、將軍各派代表在滬開會，議決一切善後軍事問題
並聲明軍務院照成立時宣言，俟正式國務院成立後撤銷。十六日，岑春煊電，承認唐繼堯之電爲南軍一致之主張，二十一日，復推梁啓超、唐紹儀爲軍務院代表，與內閣協商善後事宜，旋由梁啓超提議，以中央不願取對抗協議之形式，且各省要求，不外約法、國會數端，皆以單銜發表，目的將達，已無協商之必要，此舉遂卽作罷。
迨恢復約法、召集國會、任命國務總理之申令旣下，各撫軍遂往復電商撤銷軍務院之辦法，十四日，發布撤銷之宣言，略謂：「前因戰禍蔓延，獨立省前敵各軍不可無統一機關，爰暫設軍務院爲對內對外之會議團體。其組織條件第一條，規定本院俟國務院按法成立時撤廢，今約法、國會次第恢復，大總統依法繼任，與獨立各省最初之宣言適相符合，雖國務員之任命尚未經國會同意，然當國會閉會時，元首任命後，以俟追認，實爲約法所不禁。本軍務院爲求統一起見，謹於本日宣告撤銷，其撫軍及政務委員、外交專使、軍事代表，均一倂解除。」署名者爲唐繼堯、岑春煊、梁啓超、劉顯世、陸榮廷、陳炳焜、呂公望、蔡鍔、李烈鈞、戴戡、李鼎新（李爲海軍司令，海軍獨立事詳後）、羅佩金、劉存厚。其陝西、四川、廣東三省，或未加入軍務院，或已單獨宣言取消，故未列名。惟湖南省雖未加入，然頗持同一之態度，旣得軍務院撤銷之訊，卽於十八日由代理湖南督軍劉人熙通電，與滇、黔、桂起義各省同其步趨，擁護中央。十七日，大總統電致已解職之各撫軍，商榷軍務院撤銷後一切善後事宜，聞以軍費爲最重要，其數約須三百萬元云。
（二）廣東之善後事宜
黎總統繼任，大局雖漸就安謐，惟廣東、四川、湖南等省尚不免有軍事之俶擾，而以廣東爲尤甚。廣東各屬之民軍旣與濟軍時有小戰，然皆部分之衝突，非激烈之戰爭也，其最大之戰事則爲滇桂軍與濟軍之交閧。
當滇省起義後，雲南第二軍總司令李烈鈞率其部進紮桂邊，迨桂省獨立，乃聯合桂軍會同北伐，擬假道粵省進取江西。五月十二日，由梧州行抵肇慶，粵省及韶州商民恐客軍過境與粵軍衝突，紛紛電請改道入贛，而龍濟光亦電致岑都司令，要求滇軍毋蒞粵垣，乃由李國治、楊覲東等雙方磋商，議定滇桂軍由肇出北江，轉上潖江口，改乘火車出韶關，直攻江西，李總司令乃令師長張開儒率兵一部，先行出發。適袁總統逝世之耗到肇，十一日，都司令部開會議，恐北京政府尚有帝制黨把持，決議北伐軍仍然出發，李總司令遂於十二日督率所部啓行，張開儒所率一部，先抵韶州。當滇桂軍議定由肇取道北江時，龍濟光曾通飭各軍，謂已與滇桂軍約明路程，如有冒稱滇桂軍，水路越過西南以下，陸路越過三水數里外，立卽迎頭痛撃，不必究問眞假，且又添兵駐防三水，並派段爾源、馬存發之兵若干，進駐小塘。張開儒所率之滇軍前隊行過清遠，守清遠之陳福祥軍已閉門不納，迨至韶州，南韶鎭守使朱福全復將城門緊閉，下令戒嚴。滇軍旣無駐紮地方，又無從購食物，迭由岑都司令電致龍督，轉飭朱福全妥爲照料，相持數日，仍未解決。十九日，因雙方士兵發生衝突，遂開戰端，滇軍發礮攻城，夜九時，將韶城佔領。二十日，滇軍復分兵南下，攻佔英德。其由肇續行出發之李烈鈞兵隊，行抵潖江，聞韶州業已開釁，亦卽據守潖江，設立總司令部，並派兵南下，進逼源潭，濟軍亦堅守是地，兩軍均築壘相持。七月三日，滇軍進攻濟軍，在馬鞍山激戰。二日，滇軍佔馬鞍山及長㘵山。四日，滇軍佔領源潭，濟軍乘車退過迎嘴站、銀盞坳站，均不停留，直至新街，始停車駐守，滇軍乃駐銀盞坳。是役也，濟軍七千，滇軍三千，濟軍除死傷二千餘、逃亡及降散二千餘外，僅千餘人。龍氏乃續派兵隊至新街助守，此北路之戰情也。同時，江西之滇軍及桂軍亦與濟軍發生戰事，是項軍隊爲譚浩明、莫榮新、李耀漢所統率，初擬由肇繼續赴韶，繼聞韶州開戰，遂在三水攻擊濟軍。其在東路之莫擎宇軍亦向省城進發，惟爲濟軍李嘉品所禦，未能得手。岑都司令復命魏邦平督帶江大、寶璧等艦於十六日攻擊南路新會之江門，卽將江門佔領，旋復進攻順德。
當兩軍在韶州交戰後，中央政府曾電令岑都司令暨龍督，設法消弭戰端。七月六日，復任命陸榮廷爲廣東督軍，朱慶瀾爲廣東省長，而派龍濟光督辦兩廣礦務，並命李烈鈞來京聽候任用，惟以戰事方殷，電信遲滯，故兩方戰況仍積極進行。十八日，西路滇桂軍由三水前進，濟軍由獅子竇退至上柏站，次日，又退至佛山。二十一日，桂軍進逼佛山，濟軍軍長段爾源率衆歸附，餘軍退囘省垣。其在北路之滇軍，亦於十八日佔領新街，二十四日，攻陷河村，二十五日，由大朗站進逼小坪，擬聯合西路桂軍會攻石井兵工廠。濟軍從閒道攻取滇軍大營，滇軍失利，二十六日，退守大朗，二十七日，退守江村，同時桂軍亦爲濟軍所敗，向邵邊退却。三十一日及八月一、二等日，桂軍復勝，濟軍退守石圍塘。自三日至八日，省垣附近，水陸均有激戰。時張勳、倪嗣冲、張懷芝、趙倜、孟恩遠、楊善德、馮國璋、王占元、陳樹藩、畢桂芳等均主張武力解決粵事，紛電政府，請飭閩、贛分路進兵，助龍勦李，形勢異常危急，適李烈鈞先時電告政府，願卸兵權，陸榮廷亦通電謂不日蒞粵，飭桂軍停止進攻。十一日，黎總統復明令兩方嚴飭所部，卽日停兵，如再抗令，卽當申討，並派薩鎭冰爲粵閩巡閱使，選調兵艦，駛往查辦。十七日，李烈鈞通電離營赴肇。十八日，陸榮廷由桂至肇，暫駐肇城。廿三日，朱慶瀾抵粵。二十五日，總統復嚴令兩軍尅期撤退，分別交代，並着薩鎭冰嚴重監視。龍濟光旋將省長印信交朱慶瀾，惟軍篆延不交卸，曾於五日致電政府，要求數事：（一）濟軍二萬餘人，斷難解散，擬酌編兩師；（二）所需餉項，由中央指定的款，按月劃撥；（三）指定地點爲屯軍之處，區內其他軍隊，飭令離防；（四）該軍直接受陸軍部指揮。並以數月以來，已墊軍餉百八十萬元，而欠餉亦不下此數，共需三百餘萬，要求中央撥給。中央得電後，對於軍隊編爲兩師一節，旣費躊躇，而財政奇絀，所請餉項三百餘萬元，復難卽爲撥付，龍氏因之遂亦延期交代。嗣經中央一再敦促，始月九月十日將軍篆交與朱慶瀾，轉送肇慶陸榮廷，一面部署離省事宜，大約離省後，其軍隊當駐紮瓊州也。
（三）四川之善後事宜
川省軍事自四月上旬停戰議和以後，兩軍均各守陣地，不相侵犯。五月下旬，川省雖宣告獨立，惟曹錕曾電約陳宧，彼此繼續停戰，國家大計，聽從全國民意，從法律上解決。迨黎總統繼任，通令派出軍隊一律尅期撤退，於是張敬堯所率各師，六月下旬，由防地撤囘，七月中旬，先後退至宜昌，曹錕所部亦遵令撤退。
川省本可不至發生戰事，詎周駿因袁總統任命爲崇武將軍，督理四川軍務，遂欲赴省履任，先派王陵基（周升任將軍後，袁總統復任王爲重慶鎭守使）率軍數營，開抵資中（舊資州，直隸州），己則帶隊由重慶取道永川、內江繼進，意欲攻取省垣，迨袁總統逝世，仍前進不止，省垣得悉情形，卽布置防禦，由旅長馮玉祥準備一切，並派狙擊團司令官張之江督隊出發，調招討軍右司令楊維馳赴江北防堵，又調原駐大竹、梁山、武勝各軍分赴東路，以拊其背，而在自流井之滇軍亦向資州方面前進，遙爲聲援。惟王陵基進行極速，各軍未與接近，而王軍先遣隊已於六月十日左右馳抵簡陽（舊簡州，爲成都府屬，距成都百里），其大本營設於資中，陳督加派兵隊出城迎拒。兩軍相距僅數十里，省垣及自流井各地之紳商深恐戰端一開，地方糜爛，先後舉代表向周、王勸告，省垣官吏與周、王有交誼者，亦前往調和，然均無效。周駿初稱將軍，繼而改稱督辦四川勦匪事宜兼行軍總司令，又稱蜀軍司令。十六日，王陵基駐軍龍泉驛（距省垣五十里），周駿之前隊亦至金堂新店子（距省垣四十里），周駿則駐紮資中，時戰機危迫，駐成都英法領事慮開戰後生民塗炭，旅成外人生命財產亦遭蹂躪，特致函陳、周，勸其和平解決。陳都督初已宣言，俟周、王前來，卽行退讓，嗣以周駿於十八日來電相逼，王陵基復限其三日內退出成都，且派兵至中興場、秦皇寺兩處，截斷其退路，遂毅然主張決戰，其部下軍官士兵亦以周、王逼人太甚，不願退讓。十九日，各隊陸續離城，開赴前敵，嚴陣以待。先是政府曾於十五日致電陳、周，飭令約束所部，勿得衝突，至二十四日黎總統復發明令，令陳宧、周駿來京，而別任蔡鍔督理四川軍務兼巡按使，陳宧於是遵令北行，二十五日晚間，先飭軍隊首途，陳氏於二十六日拂曉出發。王陵基則於二十五日率兵馳抵東門，二十六日晨入城，翌日周駿亦至，旋入城自任都督，對於中央召令入京之命令，如未聞見。各路統兵之司令多不以周爲然，護國軍招討軍司令兼省城兵工廠總辦楊維暗中添募軍隊，並在該廠設備戰事，以圖與周抵抗，爲周所覺，七月七日，在城外開戰，楊軍敗潰。六月下旬，陳宧曾電調四川護國軍總司令劉存厚馳赴成都，及至，而周、王已入省垣，劉乃駐軍城外之新津。未幾而滇軍羅、雷兩梯團長率兵進逼資州，將周、王留駐資州之軍隊撃敗，由資州向省城方面進行，聲氣甚壯。周、王知不能敵，經劉存厚調停，令周、王退去，周駿遂於二十日退出成都，劉存厚入守，維持秩序，王陵基旋亦託故帶兵離省。二十七日，蔡鍔抵成都接督軍任，川中兵禍至是乃稍就寧息。惟蔡以喉病，前經中央電准給假，任命羅佩金護理督軍兼省長，故蒞任後，將軍民各事約略部署，卽於八月五日交由羅佩金護理，九日離川南下就醫云。
（四）湖南之善後事宜
湖南寶慶、辰州等處本有北軍駐守（馬繼增所部者，馬死後由周文炳代統），以禦黔軍。迨宣告獨立後，袁總統卽令倪嗣冲督隊攻湘，倪率安武軍二十營馳抵岳州，部署未定而袁氏逝世之耗已至，遂於六月七日晨，率十二營由漢口返皖，餘八營亦於十二日繼續退去。又湖南未獨立時，倪毓棻曾統兵駐紮岳州附近，設立司令部於新隄，至是亦於八日開拔赴漢。此外復有奉軍旅長唐天喜，前奉袁總統命令，由奉天督隊來湘，亦以袁氏旣逝，出戰無名，當與湘軍磋商，訂定辦法，於八日起十二日止，次第退出湘境。其在湘西之北軍第六師周文炳，及續調來湘之第十二師范國璋，亦由前敵退至常德，周軍定期回贛（六師原駐江西），范軍則定十日起至十五日止，離常赴漢，於是湖南全境已無客軍之蹤跡矣，然其本省之軍隊則頗爲俶擾。
湯督所部，本有北軍、湘軍之二種，感情素不和諧，且當未告獨立之先，民黨在各屬紛紛募集軍隊，其數不下萬餘，統系複雜，驟難梳理，勢不得不亟爲編制，湯督遂委湘西副鎭守使陶忠洵辦理編制事宜，惟以財政支絀，應付頗難，且僞託民軍意圖搜括財物者，亦復不少，如寧鄉、瀏陽及岳州、衡州各屬，均有暴動發現，居民頗蒙其害；而省城軍隊又以南北界限，各懷意見，時啓衝突，北軍前曾恃勢欺壓湘軍，湘人至是咸圖報復，時陸榮廷北伐之軍隊已有一部馳抵長沙，湘軍乃與之聯絡，以期排去北軍。民黨要人復以湯督從前擁護袁氏未免過甚，且殘殺黨人不少，意欲推翻湯氏，以洩前憤，湯氏知難久處，遂於七月五日黎明潛行出省，旋由民黨首領龍璋、唐蟒等公推湖南護國第一軍長曾繼梧暫行代理都督。湯氏所部之北兵三千人多數投誠，餘均逃逸。時省垣內外甚形擾亂，曾氏雖任都督，然別有臨時都督之告示出見於省城，且軍隊多自由行動，都督雖下戒嚴令而各軍置若罔聞，於是紳商各界開特別大會，公舉劉人熙爲正式都督，七日就任。時中央已任陳宧爲都督，未到任以前，陸榮廷署理，陸決不願就職， 十一日，由衡州啓程回桂。湘人旣逐湯氏，乃倂恨及鄂人（湯爲鄂籍），凡鄂籍之官僚，均遭擯逐，且主張軍民分治，公舉龍璋爲民政長；而都督府則主張合治，設有民政廳，一省之中，上級行政機關分歧爲二。至軍政方面，則當時握有軍權者共有三人：一爲第一軍長，曾代都督之曾繼梧；一爲第三師長，充任檢查使陶忠洵；一爲護國軍總司令程潛。三人系統各殊，勢力相敵，程軍與陶軍曾以索取槍械事，幾開戰釁。各屬民軍又紛紛麕集省垣，劉都督雖竭力阻止，設法調停，且屢次集議，擬將民軍分別編制解散，然軍隊旣多，裁汰匪易。八月間，澧州鎭守使王正雅與大庸民軍總司令羅劍仇，又以爭據防地，彼此激戰。中央以湖南軍事收束爲難，乃派吳光新帶北兵兩混成旅來湘，駐紮岳州。八月三日，特任譚延闓爲湖南督軍兼省長。譚氏於辛亥革命後，曾任湖南都督，威望素著，二十日抵湘，二十二日蒞任，卽從事於軍隊之編制，將駐省軍隊實行裁減，初擬編成兩師，繼又擬僅編一師，雖全省未卽安謐，而省垣紛擾之狀況，已漸消弭，各屬民軍亦次第解散。其民政方面則仍照從前辦法，另設政務廳，與軍事不相統屬，湖南善後，自此當可漸就綏靖矣。
（五）山東之善後事宜
山東軍事自黎總統繼任後，仍然紛擾，民軍旣佔領博山、臨朐，且在濟南商埠時時發鎗，爲示威之舉動。張懷芝本主張武力解決，五月二十八日已派兵攻克臨淄，三十一日復進軍圍撃鄒平，至六月中旬，又奪回臨朐、博山。在張氏方面，謂民黨於黎總統接任後，猶繼續稱兵，故不惜以武力相報，而民黨方面，則謂民軍之攻克臨、博兩縣，尚在袁總統未逝以前。彼此函電，互相爭執，嗣中央通電各省停戰，孫文亦由滬電勸居、吳息兵，張懷芝乃邀集魯紳，居間調停。居、吳各派代表至濟，七月四日開會，議決條件：
（一）雙方軍隊確守會議前原駐地點，不相侵越
（一）護國軍需餉孔亟，由將軍商同紳商各界擔任，每月補助銀圓三萬元，至中央定有結束辦法時爲止
（一）經此會議後，如有假冒名義，妨害治安者，雙方均視爲土匪，盡力勦捕
黎總統旋卽電召居、吳至京，居、吳初派代表前往，嗣卽親自入都，政府復派曲同豐會辦山東軍務。八月上旬，高密民軍首領呂子明忽派兵佔領膠縣之王台鎭，周村民軍亦佔據長山、鄒平間之猛莊。據呂氏宣言，謂安邱官軍先於七月廿五日攻擊景芝民軍，而膠州官軍亦於八月一日向百尺河之民軍攻擊，民軍忍無可忍，故有是舉。後經張督軍函請省議會派人前往調停，議定無論釁由誰開，雙方軍隊均行退後，以便著手和解。同時萊蕪縣爲周村解散之軍隊攻佔，而昌樂縣民軍與民團復發生激戰。八月下旬，居、吳自北京歸，九月一日，在濟南商埠商會會議善後事件，督軍、省長代表暨省議會正副議長均與議，議定之條件：
（一）不俟中央編制命令，卽行著手辦理
（二）由曲會辦協同督軍、省長委員，赴周、濰各屬點驗，卽行著手編練
（三）點驗完畢之日，照陸軍定章起餉。本月之餉，先行借發，但次月以後之餉，一律照定章辦理
（四）公費及額支外之臨時經費，應核實酌量發給，但不得超過前用數目
（五）民軍所有外債應如何承認償還，由曲會辦調查明確，請示中央辦理
民軍旋將名冊送到，曲氏卽於十一日起，至各屬點驗，十八日晉京籌商給餉事宜，聞民軍約在三萬以上。於是東省軍事遂告結束矣。
（六）海軍獨立及取消
海軍將士對於帝制多數反對，去冬肇和一役，卽見其端。自肇和失敗後，中央政府防範綦嚴。滇黔倡義，屢傳海軍亦將響應，亦以諸多窒礙，無從實現。迨黎總統繼任，政府對於南方要求之恢復約法、召集國會等事延不實行，海軍將士乃於六月十五日公推李鼎新爲總司令，加入護國軍，卽日通電大總統，略謂：「大總統踐位旬餘，對於恢復約法等事，尚未見明令，必有人從中挾持，總統、總理均受牽掣。海軍以擁護大總統、保障共和爲職志，舊約法未復、國會未開、正式內閣未立以前，鼎新暫當以臨時總司令名義駐滬，維持現狀，並電軍務院，聲明此後一本軍務院宗旨進行，相與終始。」同時函致松滬護軍副使，謂：「此次獨立，不過宗旨不同，仍以維持地方秩序爲主，斷不致有發生暴動等事，請勿生誤會。」又先後致電江蘇將軍馮國璋，聲言：「竭誠推戴黎大總統，期早依法建設，速成統一之治，與公係抱同一宗旨，跡似對峙，心企和平，不幸事與願違，訴諸武力，亦必有明暸之預告」云。
海軍各艦，向分三隊：曰第一艦隊、曰第二艦隊、曰練習艦隊。此次獨立僅第一及練習兩艦隊，其第二艦隊未曾加入，故致電政府中，亦僅第一艦隊司令林葆懌、練習艦隊司令曾兆麟隨同列名。惟第一隊所統軍艦最多，實足代表海軍全體之勢力。
自海軍獨立後，適政府已以明令恢復約法、召集國會，遂由海軍上將薩鎭冰向李氏調停，勸其尅日取銷，李氏以此事本於各艦長之同意，應與各艦長妥商，且曾與軍務院聯絡，亦當與軍務院合籌，取同一之態度。七月十四日，軍務院宣言撤銷，李鼎新一同列名，海軍獨立遂亦同在取銷之列，卽由李氏電致政府，請派員來申，接洽一切，政府派薩鎭冰充任。至八月十五日，接洽事宜辦理完竣，駐滬臨時海軍總司令部卽日撤銷，所有艦隊仍交由各司令管理，直接聽候中央調遣，自是全國海陸軍隊，仍完全歸中央統率矣。