响应北伐
我于十五年二月依教育部电促返国。是时，我尚未辞去北大校长。抵沪，适平、津交通断绝，无法北上。乃留沪参加皖、苏、浙三省联合会，该会系响应国民革命军北伐之组织。浙江省科学院筹备处成立，推我兼任正主任。是年冬，我任浙江政治分会委员，赴宁波出席会议。时北洋军阀在浙又占优势，分会委员分途暂避，我与马夷初氏同往象山，又改往临海，再乘带鱼船往福州。
我在福州及厦门阅两月，由集美学校借捕鱼船送至温州，又换船至宁波，再由宁波到杭州，参加浙江政治分会。国民政府成立，遂进京，参加中央政治会议，任中央监察委员、国民政府教育行政委员会委员，试办江苏、浙江、北平三大学区。
出任大学院院长
我六十一岁至六十二岁（十六年至十七年）任大学院院长。大学院的组织，与教育部大概相同，因李君石曾提议试行大学区制，选取此名。大学区的组织，是摹仿法国的。法国分全国为十六大学区，每区设一大学，区内各种教育事业，都由大学校长管理。这种制度优于省教育厅与市教育局的一点，就是大学有多数学者，多数设备，绝非厅局所能及。我们为醉心合议制，还设有大学委员会，聘教育界先进吴稚晖、李石曾诸君为委员。由委员会决议，先在北平（包河北省）、江苏、浙江试办大学区。行了年余，常有反对的人，甚至疑命名“大学”，有蔑视普通教育的趋势，提议于大学院外再设一教育部的。我遂自动地辞职，而政府也就改大学院为教育部；试办的三大学区，从此也取消了。
我在大学院的时候，请杨君杏佛相助。我素来宽容而迂缓，杨君精悍而机警，正可以他之长补我之短。正与民国元年我在教育部时，请范君静生相助，我偏于理想，而范君注重实践，以他所长补我之短一样。
大学院时代，院中设国际出版品交换处，后来移交中央研究院，近年又移交中央图书馆。
大学院时代，设国立音乐学校于上海，请音乐专家萧君友梅为校长（第一年萧君谦让，由我居校长之名）。增设国立艺术学校于杭州，请图画专家林君风眠为校长。又计划第一次全国美术展览会，但此会开办时，我已离大学院了。
大学院时代，设特约著作员，聘国内在学术上有贡献而不兼有他职者充之，听其自由著作，每月酌送补助费。吴稚晖、李石曾、周豫才诸君皆受聘。
主持中央研究院
我于六十一岁时，参加中央政治会议，曾与吴稚晖、李石曾、张静江诸君提议在首都（当时为南京）、北平、浙江等处，设立研究院，通过。首都一院，由大学院筹办，名曰国立中央研究院。民国十七年开办，我以大学院院长兼任中央研究院院长。我离大学院后，专任研究院院长，与教育界虽非无间接的关系，但对于教育行政，不复参与了。
淡出世事
蔡元培一生勤奋，至1935年68岁高龄时，他在社会上的兼职仍有二十余项，为更好地从事主要工作和学术研究，就在这一年的7月，蔡元培发表启示，原文如下：
以元培之年龄能力，聚精会神，专治一事，犹恐不免陨越；若再散漫应付，必将一事无成。今自八月起，画一新时期，谨为下列三项之声明，幸知友谅之。
（一）辞去兼职
荀子有言：“行衢道者不至。”又曰：“鼯鼠五技而穷。”治学治事，非专不可。余自民元以来，每于专职以外，复兼其他教育文化事业之董事及委员等，积累既久，其数可惊。“老者不以筋力为礼，贫者不以货财为礼”，虽承各方体谅，不以奔走权门、创捐巨款相责。而文书画诺、会议主席以及其他排难解纷、筹款置产之类，亦已应接不暇。衰老之躯，不复堪此。爰次第辞去。略如下方；其所不及，以此类推。
中国公学校董兼董事长
上海法学院校董
上海美术专科学校校董兼主席校董
苏州振华女学校董
南通学院校董
北平孔德学校校长
中华职业教育社评议员
中华教育文化基金董事会董事及董事长
故宫博物院理事及理事长
鸿英教育基金董事会董事及董事长
全国国语教育促进会会长
爱国女学校董兼主席校董
寰球中国学生会会员
中华慈幼协会会员
中国经济统计社社员
太平洋国际学会会员
国际问题研究会会员
音乐艺文社社员
大同乐会董事及副董事长
中国教育电影协会监事
杭州农工银行监理
国立北平图书馆馆长
上海市图书馆临时董事会董事及董事长
（二）停止接受写件
余不工书，而索书者纷至，除拨冗写发者外，尚积存数百件。方拟排日还债，而后者又接踵而至，将永无清偿之一日。今决定停收写件，俟积纸写完，再行定期接受。
（三）停止介绍职业
事需人，人需事，谙悉两方情形者，本有介绍之义务。然现今人浮于事，不知若干倍。要求介绍者，几乎无日无之，何厚于此，何薄于彼！一而二，二而三，以至于无穷；遇有一新设之机关、或机关之长官更迭时，则往往同时、同处接到我多数之介绍函，其效力遂等于零。在我费无谓之光阴，在被介绍者耗无谓之旅费，在受函者亦甚费无谓之计较与答复，三方损失，何苦而为之！近日政府有全国学术工作咨询处，社会有职业指导所，各报亦有“自我职业介绍”及“谋事者鉴”等栏；且现在各国失业调查及救济之方策，我政府亦必将采用。个人绵力，乞可小休。
中华民国二十四年七月三十一日 蔡元培谨启
客居香港
“八一三”淞沪抗战后，蔡元培先生忧怀国事，每每欲往国外，争取友邦同情。民国二十七年春，移居香港，即迁往九龙柯士甸道新寓。
蔡元培先生于民国二十九年二月二日在九龙寓所失足倒地，伤及内脏，虽经输血手术治疗，终以年高体弱，疗效甚微，到五日晨九时四十五分逝世，享年七十四岁 。