出任北大校长
北京大学的名称，是从民国元年起的。民元以前，名为京师大学堂，包有师范馆、仕学馆等，而译学馆亦为其一部。我在民元前六年，曾任译学馆教员，讲授国文及西洋史，是为我在北大服务之第一次。
是年，政府任严幼陵君为北京大学校长。两年后，严君辞职，改任马相伯君。不久，马君又辞，改任何锡侯君，不久又辞，乃以工科学长胡次珊君代理。民国五年冬，我在法国，接教育部电，促回国，任北大校长。我回来，初到上海，友人中劝不必就职的颇多，说北大太腐败，进去了，若不能整顿，反于自己的声名有碍。这当然是出于爱我的意思。但也有少数的说，既然知道它腐败，更应进去整顿，就是失败，也算尽了心。这也是爱人以德的说法。我到底服从后说，进北京。
我到京后，先访医专校长汤尔和君，问北大情形。他说：“文科预科的情形，可问沈尹默君；理工科的情形，可问夏浮筠君。”汤君又说：“文科学长如未定，可请陈仲甫君。陈君现改名独秀，主编《新青年》杂志，确可为青年的指导者。”因取《新青年》十余本示我。我对于陈君，本来有一种不忘的印象，就是我与刘申叔君同在《警钟日报》服务时，刘君语我：“有一种在芜湖发行之白话报，发起的若干人，都因困苦及危险而散去了，陈仲甫一个人又支持了好几个月。”现在听汤君的话，又翻阅了《新青年》，决意聘他。从汤君处探知陈君寓在前门外一旅馆，我即往访，与之订定。于是陈君来北大任文科学长，而夏君原任理科学长，沈君亦原任教授，一仍旧贯；乃相与商定整顿北大的办法，次第执行。
破除读书做官的旧观念
我们第一要改革的，是学生的观念。我在译学馆的时候，就知道北京学生的习惯。他们平日对于学问上并没有什么兴会，只要年限满后，可以得到一张毕业文凭。教员是自己不用功的，把第一次的讲义，照样印出来，按期分散给学生，在讲坛上读一遍，学生觉得没有趣味，或瞌睡，或看看杂书，下课时，把讲义带回去，堆在书架上。等到学期、学年或毕业的考试，教员认真的，学生就拼命地连夜阅读讲义，只要把考试对付过去，就永远不再去翻一翻了。要是教员通融一点，学生就先期要求教员告知他要出的题目，至少要求表示一个出题目的范围；教员为避免学生的怀恨与顾全自身的体面起见，往往把题目或范围告知他们了。于是他们不用功的习惯，得了一种保障了。尤其北京大学的学生，是从京师大学堂老爷式学生嬗继下来（初办时所收学生，都是京官，所以学生都被称为老爷，而监督及教员都被称为中堂或大人）。他们的目的，不但在毕业，而尤注重在毕业以后的出路。所以专门研究学术的教员，他们不见得欢迎。要是点名时认真一点，考试时严格一点，他们就借个话头反对他，虽罢课也所不惜。若是一位在政府有地位的人来兼课，虽时时请假，他们还是欢迎得很，因为毕业后可以有阔老师做靠山。这种科举时代遗留下来的劣根性是于求学上很有妨碍的。所以我到校后第一次演说，就说明：“大学学生，当以研究学术为天职，不当以大学为升官发财之阶梯。”然而要打破这些习惯，只有从聘请积学而热心的教员着手。
广延积学而热心的教员
那时候因《新青年》上文学革命的鼓吹，而我们认识留美的胡适之君，他回国后，即请到北大任教授。胡君真是“旧学邃密”而且“新知深沉”的一个人，所以一方面与沈尹默、兼士兄弟，钱玄同、马幼渔、刘半农诸君以新方法整理国故，一方面整理英文系。因胡君之介绍而请到的好教员，颇不少。
我素信学术上的派别是相对的，不是绝对的；所以每一种学科的教员，即使主张不同，若都是“言之成理、持之有故”的，就让他们并存，令学生有自由选择的余地。最明白的是胡适之君与钱玄同君等绝对地提倡白话文学，而刘申叔、黄季刚诸君仍极端维护文言的文学；那时候就让他们并存。我信为应用起见，白话文必要盛行，我也常常作白话文，也替白话文鼓吹；然而我也声明：作美术文，用白话也好，用文言也好。例如我们写字，为应用起见，自然要写行楷，若如江艮庭君的用篆隶写药方，当然不可；若是为人写斗方或屏联，作装饰品，即写篆隶章草，有何不可？
那时候各科都有几个外国教员都是托中国驻外使馆或外国驻华使馆介绍的，学问未必都好，而来校既久。看了中国教员的阑珊，也跟了阑珊起来。我们斟酌了一番。辞退几人，都按着合同上的条件办的。有一法国教员要控告我；有一英国教习竟要求英国驻华公使朱尔典来同我谈判，我不答应。朱尔典出去后，说：“蔡元培是不要再做校长的了。”我也一笑置之。
延聘教员，不但是求有学问的，还要求于学问上很有研究的兴趣，并能引起学生的研究兴趣的。不但世界的科学取最新的学说，就是我们本国固有的材料，也要用新方法来整理它。这种标准，虽不是一时就能完全适合，但我们总是向这方面进行。
调整学科
我从前在教育部时，为了各省高等学堂程度不齐，故改为各大学直接的预科。不意北大的预科，因历年校长的放任与预科学长的误会，竟演成独立的状态。那时候预科中受了教会学校的影响，完全偏重英语及体育两方面；其他科学比较的落后，毕业后若直升本科，发生困难。预科中竟自设了一个预科大学的名义，信笺上亦写此等字样。于是不能不加以改革，使预科直接受本科学长的管理，不再设预科学长。预科中主要的教课，均由本科教员兼任。
我没有本校与他校的界限，常为之通盘打算，求其合理化。是时北大设文、理、工、法、商五科，而北洋大学亦有工、法两科。北京又有一工业专门学校，都是国立的。我以为无此重复的必要，主张以北大的工科并入北洋，而北洋之法科，刻期停办。得北洋大学校长同意及教育部核准，把土木工与矿冶工并到北洋去了。把工科省下来的经费，用在理科上。我本来想把法科与法专并成一科，专授法律，但是没有成功。我觉得那时侯的商科，毫无设备，仅有一种普通商业学教课，于是并入法科，使已有的学生毕业后停止。
我那时候有一个理想，以为文、理两科，是农、工、医、药、法、商等应用科学的基础，而这些应用科学的研究时期，仍然要归到文、理两科来。所以文、理两科，必须设各种的研究所；而此两科的教员与毕业生必有若干人是终身在研究所工作，兼任教员，而不愿往别种机关去的。所以完全的大学，当然各科并设，有互相关联的便利。若无此能力，则不妨有一大学专办文、理两科，名为本科；而其他应用各科，可办专科的高等学校，如德、法等国的成例。以表示学与术的区别。因为北大的校舍与经费，决没有兼办各种应用科学的可能，所以想把法律分出去，而编为本科大学；然没有达到目的。
充实文理法科
北大的整顿，自文科起。旧教员中如沈尹默、沈兼士、钱玄同诸君，本已启革新的端绪；自陈独秀君来任学长，胡适之、刘半农、周豫才、周岂明诸君来任教员，而文学革命、思想自由的风气，遂大流行。理科自李仲揆、丁巽甫、王抚五、颜任光、李书华诸君来任教授后，内容始以渐充实。北大旧日的法科，本最离奇，因本国尚无成文之公、私法，乃讲外国法，分为三组：一曰德、日法，习德文、日文的听讲；二曰英、美法，习英文的听讲；三曰法国法，习法文的听讲。我深不以为然，主张授比较法，而那时教员中能授比较法的，只有王亮畴、罗钧任二君。二君均服务司法部，只能任讲师，不能任教授。所以通盘改革，甚为不易，直到王雪艇、周鲠生诸君来任教授后，始组成正式的法科，而学生亦渐去猎官的陋见，引起求学的兴会。
北大关于文学、哲学等学系，本来有若干基本教员自从胡适之君到校后，声应气求，又引进了多数的同志，所以兴会较高一点。预定的自然科学、社会科学、文学、国学四种研究所，只有国学研究所先办起来了。在自然科学与社会科学方面，比较的困难一点。自民国九年起，自然科学诸系，请到了丁巽甫、颜任光、李润章诸君主持物理系，李仲揆君主持地质系。在化学系本有王抚五、陈聘丞、丁庶为诸君，而这时候又增聘程寰西、石蘅青诸君。在生物学系本已有钟宪鬯君在东南西南各省搜罗动植物标本，有李石曾君讲授学理，而这时候又增聘谭仲逵君。于是整理各系的实验室与图书室，使学生在教员指导之下，切实用功；改造第二院礼堂与庭园，使合于讲演之用。在社会科学方面，请到王雪艇、周鲠生、皮皓白诸君；一面诚意指导提起学生好学的精神，一面广购图书杂志，给学生以自由考索的工具。丁巽甫君以物理学教授兼预科主任，提高预科程度。于是北大始达到各系平均发展的境界。
沟通文理
那时候我又有一个理想，以为文、理是不能分科的。例如文科的哲学，必植基于自然科学；而理科学者最后的假定，亦往往牵涉哲学。从前心理学附入哲学，而现在用实验法，应列入理科；教育学与美学，也渐用实验法，有同一趋势。地理学的人文方面，应属文科，而地质地文等方面属理科。历史学自有史以来，属文科，而推原于地质学的冰期与宇宙生成论，则属于理科。所以把北大的三科界限撤去而列为十四系，废学长，设系主任。
孑民又发现文理分科之流弊，即文科之史学、文学，均与科学有关，而哲学则全以自然科学为基础，乃文科学生，因与理科隔绝之故，直视自然科学为无用，遂不免流于空疏。理科各学，均与哲学有关，自然哲学，尤为自然科学之归宿，乃理科学生，以与文科隔绝之故，遂视哲学为无用，而陷于机械的世界观。又有几种哲学，竟不能以文理分者，如地理学，包有地质、社会等学理。人类学，包有生物、心理、社会等学理。心理学，素隶于哲学，而应用物理、生理的仪器及方法。进化学，为现代哲学之中枢，而以地质学、生物学为根底。彼此交错之处甚多。故提议沟通文理，合为一科。经专门以上学校会议及教育调查会之赞成，由北京大学试办。
采行选科制
又发现年级制之流弊，使锐进者无可见长。而留级者每因数种课程之不及格，须全部复习，兴味毫无，遂有在教室中瞌睡、偷阅他书及时时旷课之弊。而其弊又传染于同学。适教员中有自美国回者，力言美国学校单位制之善。遂提议改年级制为单位制，亦经专门以上学校会议通过，由北京大学试办。
北大国史馆
国史馆停办后，仿各国例，附入北京大学史学门。孑民所规划者，分设征集、纂辑两股。纂辑股又分通史、民国史两类。通史先从长编及辞典入手。长编又分政治史及文明史两部。政治史，先编记事本末及书志，以时代为次，分期任编，凡各书有异同者，悉依原文采录之，如马骕绎史之例。俟长编竣事，乃付专门史学家，以一手修之为通史，而长编则亦将印行以备考也。文明史长编，分科学、哲学、文学、美术、宗教等部，分部任编，亦将俟编竣，而由文明史家一手编定之。辞典，分地名、人名、官名、器物、方言等，先正史，次杂史，以次及于各书，分书辑录，一见，再见，见第几卷第几页，皆记之。每一书辑录竟，则先整理之为本书检目。俟各书辑录俱竣，乃编为辞典云。两年以来，所征集之材料及纂辑之稿，已粲然可观矣。
以美育代宗教
我本来很注意于美育的，北大有美学及美术史教课，除中国美术史由叶浩吾君讲授外，没有人肯讲美学。十年，我讲了十余次，因足疾进医院停止。至于美育的设备，曾设书法研究会，请沈尹默、马叔平诸君主持。设画法研究会，请贺履之、汤定之诸君教授国画；请国楷次君教授油画。设音乐研究会，请萧友梅君主持。均听学生自由选习。
孑民对于宗教，既主张极端之信仰自由，故以为无传教之必要。或以为宗教之仪式及信条，可以涵养德性，孑民反对之，以为此不过自欺欺人之举。若为涵养德性，则莫如提倡美育。盖人类之恶，率起于自私自利。美术有超越性，置一身之利害于度外。又有普遍性，独乐乐不如与人乐乐，与寡乐乐不如与众乐乐，是也。故提出以美育代宗教说，曾于江苏省教育会及北京神州学会演说之。
提倡体育运动
我在爱国学社时，曾断发而习兵操，对于北大学生之愿受军事训练的，常特别助成；曾集这些学生，编成学生军，聘白雄远君任教练之责，亦请蒋百里、黄膺白诸君到场演讲。
除组织学生军外，北大还设体操部，请周思忠担任导师，规定“无论哪系学生，此两部中必须认定一部，作为必修的功课；均需用心练习，不能敷衍了事”。健全的精神，必宿在健全的身体。这是我们公认的。人的健全，不但靠饮食，尤靠运动。这也是我们公认的。运动的必要，本来无疑。我们校内，有个体育会，每个学生都交体育费，就是要人人都有运动的机会。
劳工神圣
孑民又提倡劳工神圣说，谓：出劳力以造成有益社会之事物，无论所出为体力，为脑力，皆谓之劳工。故农、工、教育家、著述家，皆劳工也。商业中，惟消费公社，合于劳工之格。劳工当自尊，不当羡慕其他之不劳而获之寄生物。
我们不要羡慕那凭借遗产的纨绔儿！不要羡慕那卖国营私的官吏！不要羡慕那克扣军饷的军官！不要羡慕那操纵票价的商人！不要羡慕那领干修的顾问咨议！不要羡慕那出售选举票的议员！他们虽然奢侈点，但是良心上不及我们的平安多了。我们要认清我们的价值。劳工神圣！
我的办学方针
孑民以大学为囊括大典包罗众家之学府，无论何种学派，苟其持之有故、言之成理者，兼容并包，听其自由发展，曾于《北京大学月刊》之发刊词中详言之：
“大学者，‘囊括大典，网罗众家’之学府也。《礼记》、《中庸》曰：‘万物并育而不相害，道并行而不相悖。’足以形容之。如人身然，官体之有左右也，呼吸之有出入也，骨肉之有刚柔也，若相反而实相成。各国大学，哲学之惟心论与惟物论，文学、美术之理想派与写实派，计学之干涉论与放任论，伦理学之动机论与功利论，宇宙论之乐天观与厌世观，常樊然并峙于其中，此思想自由之通则，而大学之所以为大也。”
我与学生运动
民国八年（公元1919年）四五月间，因《巴黎和约》允许日本得承袭德国在山东的权益。舆论主张我国全权代表不签字于该约；而政府中亲日派曹汝霖、陆宗舆、章宗祥等不赞成。五月四日，北京大学学生联合北京各高等学校学生，为此问题示威游行，到曹汝霖宅前破门而入，适见有火油一箱，遂试纵火，偶然有一人出，群以为即汝霖，攒殴之，后始知为宗祥。未几，巡警至，大捕学生，学生被捕的数十人。我与各校长往警察总监处具保，始释放。但学生以目的未达，仍派队分途演讲，巡警又捕学生。而未被捕的学生仍四处演讲，且人数日益加多。巡警捕拘不已，拘留所不能容，乃以北大之第三院在北河沿者为临时拘留所。拘学生无数，于是各地方均设学生联合会，各校均罢课。而留法学生也组织敢死队，包围我国的全权代表，要求不签字于和约。政府亦知众怒难犯，不能不让步，于是不签字的要求，终于达到了。但是学生尚有一种要求，是罢免曹、陆、章。政府迟迟不肯发表；学生仍罢课，仍演讲，北平[京]、天津、上海等工商界也为学生所感动，而继起要求，如政府再不执行，将有罢市、罢工之举。于是罢免曹、陆、章之令乃下。这就是五四运动的大概。显而易见的，一方面是政府的办理不善，深可慨叹；一方面是学生的热诚与勇敢，很可佩服。有人疑从此以后，学生将遇事生风，不复用功了。而结果乃与之相反，盖学生在此次运动中，得了两种经验：一是进行的时候，遇着艰难，非思想较高、学问较深的同学，不能解决，于是人人感力学的必要。二是专靠学生运动，政府还是不怕，直到工商界加入，而学生所要求的，始能完全做到。觉得为救国起见，非启发群众不可。所以五四以后，学生一方面加紧用功；一方面各以课余办平民夜校、星期演讲及刊布通俗刊物，这真是五四运动的收获。
在我呢，居校长的地位，即使十二分赞助学生，而在校言校，不能不引咎辞职；所以于五日即递辞呈。八日，闻政府已允我辞职，别任马君其昶为校长。我深恐发表以后，学生有拒马之举，致涉把持地位之嫌疑，故于九日赴天津，广告于《晨报》称：“杀君马者道旁儿，民亦劳止，迄可小休，我欲少休矣；北京大学校长，已正式辞去”等语，表示我之去京，实为平日苦于应接不暇之烦忙，而亟思休息也。
不意政府任命马君之事未能实现；而谋攫取北大校长之地位的是胡君仁源。胡君曾为南洋公学特班生；有哲学思想，文笔工雅，我甚器重之。后来留学英国，习工科，以性近文哲的学生肯习工艺，尤为难得。民国五年，任北大工科学长，并代理校长。余到北大后，仍请任工科学长。而彼不愿，遂改聘他人。以曾经代理校长的人来任校长，资格恰好。但推戴胡君的人，手段太不高明。他们一方面运动少数北大学生，欢迎胡君；一方面又发表所谓燃犀录，捏造故事，丑诋我及沈尹默、夏浮筠诸君，于是激起大多数北大学生的公愤，公言拒胡，并查明少数迎胡之同学而裁制之；胡君固不敢来，而政府亦不愿再任他人，乃徇北大教职员及学生之请而留我。
我自出京后，寓天津数日，即赴杭州，寓从弟国亲家，后又借寓西湖杨庄，满拟于读书之暇，徜徉湖山。奈北大纠纷未已，代表迭来，函电纷至，非迫我回京不可。经多次磋商，乃于七月十四日，与蒋君梦麟面商，请其代表到校办事，蒋君于十六日赴北京。又经函电商讨，我直至九月十日启行，十二日到北京，重进北大。
开放女禁
我是素来主张男女平等的。九年，有女学生要求进校，以考期已过，姑录为旁听生。及暑假招考，就正式招收女生。有人问我：“兼收女生是新法，为什么不先请教育部核准？”我说：“教育部的大学令，并没有专收男生的规定；从前女生不来要求，所以没有女生；现在女生来要求，而程度又够得上，大学就没有拒绝的理。”这是男女同校的开始，后来各大学都兼收女生了。
长沙讲学
民国九年（公元1920年），我五十四岁。
暑假中，湖南学者周鲠生、杨端六诸君乘杜威留京，罗素新自英来的机会，发起长沙讲演会；北京各校著名的教授都被邀，我也参与。那时谭君组庵任湖南省长．招待我们。我讲了四次，都是关乎美学的。（实际讲了12次，其中有关美学的6次。演讲的题目依次为：《美术的价值》、《何谓文化》、《对于学生的希望》、《中学的教育》、《美术的进化》、《学生的责任和快乐》、《对于师范生的希望》、《中学的科学》、《美学的进化》、《美术与科学的关系》、《美学的研究法》、《美化的都市》。我曾把演说稿整理过，载在《北京大学月刊》。
欧美教育考察
这时候，张作霖、曹锟等深不以我为然，尤对于北大男女同学一点，引为口实。李君石曾为缓和此种摩擦起见，运动政府，派我往欧美考察大学教育及学术研究机关状况。适罗君钧任正由政府派往欧美考察司法情形，遂约定同行。遂于十一月下旬赴上海，乘一法国邮船于十二月下旬到法国。
民国十年（公元1921年），我五十五岁。
一月，我方从法国到瑞士日内瓦，接蒋梦麟、谭仲逵二君电，痛悉黄夫人仲玉已于一月一日去世，哀哉！溯我从湖南回北京的时候，夫人已病，延法国医生诊疗，渐瘥，并为我整理行装。我行后，在船中曾以无线电询病状，亦得“渐瘥”的复电，不意到欧不数日而得此噩耗，我心甚痛，作祭文一首。
这一年的一月十八日赴法国，往来巴黎、里昂间。二月十二日到比利时。十六日又到法国。三月十三日到德国。二十八日到奥国。四月一日到匈牙利。五日复到瑞士。十日复到法国。十三日往意大利。二十四日复到法国。二十九日到荷兰。五月三日到英国。十七日复到法国。六月一日到美国。十日到加拿大。十四日又到美国。三十日上船。八月六日到檀香山，受教育部委托。参加太平洋教育会议。二十九日上船，九月九日到日本。十四日到上海。十八日回北京。
我在意大利时，四月十九日，得里昂传来宋汉章君电，知从弟国亲去世。国亲比我小十四岁，甚有才干；我的运动革命，推行教育，得他的助力很多。曾在司法界服务，现已入金融界，前途甚有希望；竟不永年；可惜可哀！
教育独立议
1922年3月，蔡元培发表著名的《教育独立议》一文，提出教育应摆脱各派政党和各派教会的影响而独立。
教育是帮助被教育的人，给他能发展自己的能力，完成他的人格，于人类文化上能尽一分子的责任；不是把被教育的人，造成一种特别器具，给抱有他种目的的人去应用的。所以，教育事业当完全交与教育家，保有独立的资格，毫不受各派政党或各派教会的影响。
教育是要个性与群性平均发达的。政党是要制造一种特别的群性，抹杀个性。例如，鼓励人民亲善某国，仇视某国；或用甲民族的文化，去同化乙民族。今日的政党，往往有此等政策，若参入教育，便是大害。教育是求远效的；政党的政策是求近功的。中国古书说：“一年之计树谷；十年之计树木；百年之计树人。”可见教育的成效，不是一时能达到的。政党不能掌握政权，往往不出数年，便要更迭。若把教育权也交与政党，两党更迭的时候，教育方针也要跟着改变，教育就没有成效了。所以，教育事业不可不超然于各派政党以外。
教育是进步的：凡有学术，总是后胜于前，因为后人凭着前人的成绩，更加一番功夫，自然更进一步。教会是保守的：无论什么样尊重科学，一到《圣经》的成语，便绝对不许批评，便是加了一个限制。教育是共同的：英国的学生，可以读阿拉伯人所作的文学；印度的学生，可以用德国人所造的仪器，都没有什么界限。教会是差别的：基督教与回教不同；回教又与佛教不同。不但这样，基督教里面，天主教与耶稣教又不同。不但这样，耶稣教里面，又有长老会、浸礼会、美以美会等等派别的不同。彼此谁真谁伪，永远没有定论。只好让成年的人自由选择，所以各国宪法中，都有“信仰自由”一条。若是把教育权交与教会，便恐不能绝对自由。所以，教育事业不可不超然于各派教会以外。
离开北大
我在民国九年的冬季，曾往欧美考察高等教育状况，历一年回来。这期间的校长任务，是由总务长蒋君代理的。回国以后，看北京政府的情形，日坏一日，我处在与政府常有接触的地位，日想脱离。十一年冬，财政总长罗钧任君忽以金佛郎问题被逮，释放后，又因教育总长彭允彝君提议，重复收禁。我对于彭君此举，在会议上，认为是蹂躏人权献媚军阀的勾当；在私情上，罗君是我在北大的同事，而且于考察教育时为最密切的同伴，他的操守，为我所深信，我不免大抱不平。与汤尔和、邵飘萍、蒋梦麟诸君会商，均认有表示的必要。我于是一面递辞呈，一面离京。隔了几个月，贿选总统的布置，渐渐地实现；而要求我回校的代表，还是不绝，我遂于十二年七月间重往欧洲，表示决心；至十五年，始回国。那时候，京津间适有战争，不能回校一看。十六年，国民政府成立，我在大学院，试行大学区制，以北大划入北平大学区范围，于是我的北京大学校长的名义，始得取消。
综计我居北京大学校长的名义，十年有半；而实际在校办事，不过五年有半，一经回忆，不胜惭悚。