力荐黄兴
到上海，正是黄克强先生由汉口来上海的时候，孙先生还没有到。有一日，说是有一个省代表会，将于第二日举大元帅，大约举黎宋卿先生的多一点。我因为听说黎先生本来不是赞成起义的，又那时候很有与北军妥协的消息，觉得举黎不妥，特地到汤垫仙先生处，同他磋商，适章太炎先生亦在座，详细讨论，彼等亦赞成我举黄的提议。但汤先生不肯于第二日直接举黄，而要求我亦到会，于会中推我为代表而投票举黄。不知何以要有如此曲折，我那时也不求甚解而允之。第二日，开选举会，依汤先生所定之手续，我投票举黄，章先生及其他有选举权者，皆举黄，盖事前受章、汤两先生疏通了。大元帅举定后，章先生忽起立，垂涕而道，大意说：“黎先生究系首难的人物，不可辜负他，现在大元帅既选定，请设一副元帅，并举黎先生任之。”全体赞成。
出任教育总长
那时候，有十七省代表十七人齐集南京，将开会公举中华民国总统，这被举的当然是孙先生了。但是浙军的将领，因与光复会有关系，而又自恃是攻南京有功的，对于选举问题颇有异议。章君太炎时在黄浦滩某号屋中，挂了一个统一党的招牌有其弟子十余人左右之，其一即汪君旭东，并邀我寓其中。章君对于浙军将领的主张，甚注意，特嘱我往南京，与各省代表接洽，劝暂缓选举。我到南京后，晤几位代表，除湖南代表谭君石屏外，都主张举孙先生，也不赞成暂缓的办法。我归而报告，章君语我：“如孙果被举，组织政府时，我浙人最好不加入。”我那时候空空洞洞地漫应之。后来孙先生果以十六票被举为总统（湖南代表独举黄兴），欲组织临时政府，命薛仙舟先生来招我，将以任教育总长，我力辞之；薛先生说：“此次组阁，除君与王君亮畴外，各部均以名流任总长；而同盟会老同志居次长的地位；但诸名流尚观望不前，君等万不可推却。我今日还须约陈君兰生同去，备任财长，如君不去，陈更无望了。”我不得已而允之，即回寓取行装，章君引浙人不入阁之约以相难，扣我行装，我告以不能不一去，去而面辞，如得当，无问题，否则我当于报纸上宣布我背约之罪以谢君。章君之诸弟子，亦劝其师勿固执，乃容我往。我到南京后，见孙先生。面辞，不见许，乃拟一广告稿，寄章君之弟子，请其呈师订正，备发表。未几，其弟子来一函，说章君不愿发表云。
迎袁专使
孙先生将被举为总统的时候，诸名流的观察，袁世凯实有推翻满洲政府的力量，然即使赞同共和政体，亦非自任总统不可。若南京举孙先生为总统，袁成失望，以武力压迫革军，革军或不免失败，故要求孙先生表示“与人为善”之乐，于被举后声明，若袁氏果能推翻清廷，我即让位，而推袁氏为总统之惟一候补者。孙先生赞同而施行之，故清廷退位后，孙先生辞临时总统，而推袁世凯，袁世凯遂被举为总统。但孙先生及同盟会同志以为，袁世凯既被举为总统，应来南京就职，表示接受革命政府之系统，而避免清帝禅位之嫌，迭电催促，殊无来意，于是有派员之举，而所派者是我。
我的朋友说：这是一种“倒霉的差使，以辞去为是”。我以为我不去，总须有人去，畏难推诿，殊不成话，乃决意北行。此行同去者，有汪精卫、宋渔父、钮惕生、唐少川及其余诸君。凡三十余人，包定招商局“新裕”轮船。船中尽是同志，而且对时局都是乐观派，指天画地，无所不谈。我还能记得的是迁都问题，这是在南京各报已辩得甚嚣尘上的了。大约同盟会同志主张南迁的多，但在船中谈到这个问题，宋君渔父独主张不迁，最大的理由是南迁以后，恐不能控制蒙古。他的不苟同的精神，我也觉得可佩服的。船驶至天津左近，忽遇雾，停泊数日，在船中更多余暇，组织了两个会：一是六不会，一是社会改良会。
六不会是从进德会改造的。吴稚晖、汪精卫、李石曾诸君，以革命后旧同志或均将由野而朝，不免有染着官场习气的；又革命党既改成政党，则亦难保无官吏议员之竞争；欲提倡一种清净而恬淡的美德，以不嫖、不赌、不娶妾为基本条件（已娶之妾听之），凡入会的均当恪守，进一步则有不吸烟、不饮酒、不食肉、不做官吏、不做议员五条，如不能全守，可先选几条守之：同船的人，除汪君外，大都抱改革政治的希望，宋君尤认政治为生命，所以提议删去不做官吏、不做议员二条，而名此通俗化之进德会为六不会，以别于原有之进德会。
社会改良会是唐君少川所发起，而各人都有提议的。对于家庭市乡、礼仪习尚、慈善迷信，或应排斥，或应改良，或应增设，都有所论列。删去重复，忆有五十余条。同人签名发起，共三十三人，首列的是我的姓名蔡元培，最后的是江苏蔡培，亦是凑巧之一端。此会条文及发起人名单，亿曾付印，但今已无从寻检了。
到北京时，在前门欢迎的，当然非常之多，有官吏，有商人，有学生，而我所特别注意的，乃是龙泉孤儿院的学生，特与其最前的一位握手，而且演说几句。后来我要离北京时，特偕同人往孤儿院参观一回，并于所携公款中提出千元捐助该院，这也是此行的一种特殊纪念。
袁世凯方面，以梅酢胡同之法政学堂校舍为招待所，大约是一所停办的学校，所以不见有一点学校的设备。除唐君自有住宅、汪君住在他处外，同行的人都住在招待所。与袁见面，谈南行就职事，渠表示愿行，说肯想一脱离这个臭虫窝的方法，惟军队须有人弹压，如芝泉（段祺瑞）肯负责，我即束装。但袁派要人见面的，都力持袁不能南下之说。我的任务是迎袁，不能不力说南下之无害，相持了数日，一日（29日）晚餐后，我在钮君室闲谈，适汪君亦来，正谈笑间，忽闻啪啪的声音，有说是爆竹的声音，但钮君惕生说：“我是军人，听得出是排枪声，恐有变。”用电话到陆军部问，说的是第三师兵变。大门口亦有枪声，有人来报告，卫兵已不知去向了。于是大家主张由后面出去。有一人知道后墙对面，是一个青年会西人的住宅，先与接洽借住一夜。我等十余人觅后门不得，乃从小屋上逾墙而出，在西人客厅中兀坐至翌晨，始改寓六国饭店。
第二日，孙慕韩最先来慰问，说：“昨夜我正在总统处，总统闻兵变，即传令须切实保护梅酢胡同，并说‘人家不带一兵，坦然而来，我们不能保护，怎样对得住？’后来变兵闹得凶起来，左右请总统进地下密室，总统初不允，我等苦劝之，彼遂进密室，而我亦暂避六国饭店来了。”这一番话是否靠得住，也就无从证明。
闻变兵口号：“袁宫保自己要到南京做总统去，不要我们了！我们还是各人抢一点，回老家去！”所以这一夜没有杀人放火，就是抢劫；抢到的就往乡间逃；而兵变的夜间，统兵的将领，不敢派未变之兵出去弹压。第二日，始派兵巡查，变兵渐渐绝迹了。而直隶等省，有几处承风而起，也闹着兵变。
于是袁派的更振振有词了：袁总统尚未离北京，已经闹到这个样子，若真离去，恐酿大乱；这些话是人人的口头禅了。我们到北京迎袁的人，当然不敢擅主，请示于孙先生，往返磋商，结果准袁世凯在北京就总统职，在□月□□日（3月10日）举行就职典礼。我们变相的使节就此完毕，而回南京。
继任教育总长
当我们将离北京以前，唐君少川商拟一内阁名单，得袁同意，仍以我为教育总长。我力辞之，乃易为范君静生。到南京后，范君闻此消息，忽出京，不知所之；又有人散布谣言，谓以范易蔡，乃因蔡迎袁无效而受惩。以此种种原因，孙先生及唐君等定要我继续任职。我托人询范君以可否屈任次长，渠慨然愿任，我于是仍为教育总长之候补者，提出于参议院而通过。
我所做的教育改革
我在国务院中做了几个月尸位的阁员，然在教育部方面，因范君静生及其他诸同事的相助，颇有可以记录的事情。
学部旧设普通教育、专门教育两司，我为提倡补习教育、民众教育起见，于教育部中增设社会教育司，以防止牵涉孔教，特请研究宗教问题之夏君穗卿任司长。不意我与范君离部以后，汪君伯棠代理教育总长时，夏君竟提议社会教育有提倡社会主义的嫌疑，须改名云云，我闻之甚为诧异。
我与范君常持相对的循环论。范君说：“小学没有办好，怎能有好中学？中学没有办好，怎能有好大学？所以我们第一步，当先把小学整顿。”我说：“没有好大学，中学师资哪里来？没有好中学，小学师资哪里来？所以我们第一步，当先把大学整顿。”把两人的意见合起来，就是自小学以至大学，没有一方面不整顿。不过他的兴趣，偏于普通教育，就在普通教育上多参加一点意见；我的兴趣，偏于高等教育，就在高等教育上多参加一点意见罢了。
我那时候，鉴于各省所办的高等学堂程度不齐，毕业生进大学时，甚感困难；改为大学预科，附属于大学。又鉴于高等师范学校之科学程度太低，规定逐渐停办；而中学师资，以大学毕业生再修教育学的充之（仿德国制）。又以国立大学太少，规定于北京外，再在南京、汉口、成都、广州，各设大学一所，后来我的朋友胡君适之等，对于停办各省高等学堂，发现一个缺点，就是每一省会，没有一种吸集学者的机关，使各省文化进步较缓。这个缺点，直到后来各省竞设大学时，才算补救过来。
清季的学制，于大学上有一通儒院，为大学毕业生研究之所。我于《大学令》中改名为大学院，即在大学中分设各种研究所，并规定大学高级生必须入所研究，俟所研究问题解决后，始能毕业（仿德国大学制），但在各大学未易实行。北京大学曾设一国学研究所，清华、交通等大学继之，最近始由教育部规定各国立大学所应设立科目。
清季学制，大学中仿各国神学科的例，于文科外，又设经科。我以为十四经中，如《易》、《论语》、《孟子》等已入哲学系；《诗》、《尔雅》已入文学系；《尚书》、三礼、《大戴记》、春秋三传，已入史学系，无再设经科的必要，废止之。
我认大学为研究学理的机关，要偏重文理两科。所以于《大学令》中规定：设法、商等科而不设文科者，不得为大学；设医、工、农等科而不设理科者，亦不得为大学。但此制未曾实行。而我于任北大校长时，又觉得文理二科之划分甚为勉强；一则科学中如地理、心理等等，兼涉文理；二则习文科者不可不兼习理科，习理科者不可不兼习文科，所以北大的编制，但分十四系，废止文、理、法等科别。
四十六岁（民国元年），我任教育总长，发表《对于教育方针之意见》，据清季学部忠君、尊孔、尚公、尚武、尚实的五项宗旨而加以修正，改为军国民教育、实利主义、公民道德、世界观、美育五项。
前三项与尚武、尚实、尚公相等，而第四、第五两项却完全不同，以忠君与共和政体不合，尊孔与信仰自由相违，所以删去。至提出世界观教育，就是哲学的课程，意在兼采周秦诸子、印度哲学及欧洲哲学以打破二千年来墨守孔学的旧习。提出美育，因为美感是普遍性，可以破除我彼此的偏见；美感是超越性，可以破生死利害的顾忌，在教育上应特别注重。对于公民道德的纲领，按法国革命时代所标举的自由、平等、友爱三项，用古义证明说：“自由者，‘富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈’是也；古者盖谓之义。平等者，‘己所不欲，勿施于人’是也；古者盖谓之恕。友爱者，‘己欲立而立人，己欲达而达人’是也；古者盖谓之仁。”
超越党派
我既任教育总长，次长为景君大昭，乃邀钟宪鬯先生及蒋竹庄、王小徐、周豫才、许季茀、胡诗庐诸君同为筹备员，从事于本部组织、学制改革、学校登记等事。景君未尝推举一人，亦不问部事，惟有时与我谈话而已，盖景君是一不羁的文学家，又热心党务，对于簿书期会等事，殊不耐烦。但是我到北京后，景君代理，景君忽开数十人名单，加以参事、司长、科长、秘书等名义，而请总统府发委任状，除旧有各员外，大抵皆文学家而非教育家。在景君之意，为彼等先占一地位，庶北迁时不致见遗。但蒋、钟诸君深不以为然，我归南京，联名辞职。乃开一会议，我声明次长此举，固是美意，但不为其他教育行政的专家留若干地位，使继任的长官为难。又多人即被委任，而或为后任长官所淘汰，则反使本人难堪，不如乘此尚未正式发表之时，取消它。多数赞同我说，景君亦不反对，遂将几十张委任状送还总统府。闻秘书长胡君汉民深怪我此等举动，对于本党老同志不肯特别提拔。故政府北迁时，有人请胡君介绍入教育部，胡君对以“别部则可，教育部不能”。我那时候只有能者在职的一个念头，竟毫没有顾到老同志的缺望，到正式组织时，部员七十人左右，一半是我所提出的，大约留学欧美或日本的多一点；一半是范君静生所提出的，教育行政上有经验的多一点，却都没有注意到党派的关系。
唐绍仪内阁
那时候唐君所提出之阁员名单，除外交陆君子欣、陆军段君芝泉、内政赵君智庵、财政熊君秉三、交通施君植之外，司法王君亮畴、农林宋君渔父、工商陈君英士与我皆同盟会会员。唐君少川亦已入会，会员与非会员各得五人。到北京组织政府。陆君尚未回国，外交由唐君兼任，陈君英士不到，由次长王君儒堂代理。施君因常受同盟会会员不得意者之语责，谓：“汝有何功于革命而据此高位？”表示消极，不常到国务会议。国务会议中，显然分为两派，袁派要用总统制，同盟会派要用责任内阁制。袁则用责任内阁之名而行总统制之实，军政、财政及任免名单，皆由总统府决定而后交政府发表。熊君、赵君常常不参加会议，袁派惟段君一人来敷衍，事事以迎合总统为要点。我那时尚是书生，常与争执，其实皆无关紧要的枝节问题。两方所集中致力的只有借款，一方由熊君出面，一方由唐君出面，各以捷足先得为快，然皆不成。有一次，熊君借成一小款，用英文合同送国务会议求承认，唐君与二王君提出有一二字用得不妥，然为总统所已决之办法，亦无法反对。
于是宋君忍不住了，以为政府已成立若干日，而尚无大政方针发表，殊不成话，愿任起草，同事当然赞成，草定后，在会议中传观一次，宋君亦有说明，都表示同意；盖宋君为同盟会中惟一之政治家，与进步党之汤济武、林宗孟诸议员有交情，提出后可望通过。但尔时惟一之难关是财政，故文中亦以财政为重要部分，虽用总理名义提出议会，而临时非财长加以说明不可；于是知照议会，定期全体阁员到会，有重要报告。在熊君方面，习惯于总统独断独行之方便，且对于农林总长之越俎代庖，尤为不快，于是在出席议会之前一日晚间，突借黄君克强为国民捐问题攻讦财长之电，驰函辞职，派员慰留，避匿不见。第二日出席议会，不能提出政策，仅报告政府困难情形，全体议员都有点诧异。有一进步党议员就责问总理，谓闻总理曾借到比款一千万，用途如何？何以不能报告？……这真是亡国总理。唐君愤愤，几不能置答。宋君要求代为说明，而议员又不许，遂空空洞洞地退席。
唐君已洞悉袁氏对于己之不信任，欲借议会中“亡国总理”之丑诋而辞职。各方面都慰留他，他亦无法决去，又敷衍了好几日。我也忍不住了，有一夜，我约了唐、宋、王、王四君密谈。我说目前情形，政府中显分两派，互相牵掣，无一事可以进行。若欲排斥袁派，使吾党同志握有实权，量力审势，决无希望。不如我辈尽行退出，使袁派组成“清一色”的政府，免使吾辈为人诽谤，同归于尽。尔时宋君不甚以为然，但亦没有较善的办法可以打破僵局的。于是决定，俟有适当机会时，吾党同志全体去职。
唐君担任组阁时，孙先生方面本也有几种条件：一是唐君必先加入同盟会，一是广东都督胡汉民、江西都督李烈钧必须维持外，须以王铁珊为直隶都督等等。在征袁同意时，袁亦含糊答应，唐君以为不成问题。不意唐君进同盟会一举，既引起袁派老同事的排挤，而直隶都督问题，又迟迟不肯发表；促之，则袁派用“釜底抽薪”法，劝王君铁珊离京，表示不任直督之决心；王君见风使帆，飘然而去。唐君一方面惧受吾党之诘责；一方面窥见袁氏对于同盟会、对于唐君个人已表示不再敷衍之端倪。而且他与袁共事多年，知道袁对于一个人有疑忌了，不管有交情无交情，必置之死地而后快。若公然辞职，危险殊甚。乃于□月□□日晨间与一西妇同车，赴车站，乘火车往天津，到天津寓所后，始电请辞职。照例慰留，唐君决不肯回，而陆君子欣适已回国，乃由陆君以外交总长代理总理，国务会议乃照常开会。我与二王及宋君亦联带辞职，袁派认为“拆台”，竭力挽留，梁君燕孙奔走最勤，宋君颇不以我等显然反袁为然。然我因有□日夜间之决议，持之甚坚，卒于同时去职。
再度赴德
我长教育部的时候，兰普来西氏曾来一函，请教育部派学生二人，往文明史与世界史研究所相助，我已于部中规定公费额二名，备择人派往，人选未定，而我去职。南归后，预料政治上的纠纷方兴未艾，非我辈书生所能挽救，不如仍往德国求学；适顾君孟余亦有此意；我遂函商范君静生，告以与顾君同往德国之计划，请以前所规定之公费额二名，分给我与顾君二人，范君复函批准。我遂于□月□□日偕黄夫人及威廉、柏龄启行，顾君亦偕其夫人同行。记得所乘之船为奥国的Africa（阿非利加号）。偕妇孺作远游，尚是第一次，幸有顾君及顾夫人助为照料，得减除许多困难。
到德国后，仍住莱比锡。兰普来西要求我供给中国文明史材料，我允之。拟由我起中文稿，由顾君译成德文。但顾君因肺疾，与莱比锡之空气不相宜，医院的设备亦不完备，不得已而迁柏林。译事用通讯，亦无妨。
二次革命
国内忽有宋君渔父被刺案，孙先生力主与袁世凯决裂，招我等回国，陈君英士自上海来电催促，遂与汪君精卫约期，由西伯利亚回国。到大连后，从弟国亲来接。国亲于同盟会初成立的时候，在本党尽力不少；留学日本以后，渐接近于稳健一派，此次来接，实欲阻我入国。由国亲观察，国民党（同盟会已改组为国民党）恐将为袁世凯所消灭，不如不卷入旋涡为妙。但我既有回国的决心，万不能到大连而折回，遂由大连到上海。
宋君之所以遇害，因同盟会改组国民党以后，吸收了许多进步党的人物，在议会中占绝对多数，宋君挟这些势力以要挟袁世凯，要求袁于被选为总统后，必依照宋君所计划的责任内阁。袁不能从。宋君改而运动黎君宋卿，预备以黎易袁，这就是袁派所以暗杀宋君的原因。宋君遇害以后，由凶手武士英而求出应桂馨，又由应所保留的电报而求出洪述祖、赵秉钧以至袁世凯，公认为无疑的铁案了。
孙先生正游日本，闻宋案，即回国，力主兴师讨袁。然国民党所能调动的军队，除江西、广东两省外，均归黄君克强节制，黄君知实力不足，迟疑不敢发难。黄君部下，以第八师为最精锐，其两旅长，一为福建王君用功，一为湖南黄君开第，均为黄君克强至好，而师长则为冯国璋之女婿，借作保护色，使不为袁派所忌。其中马队、炮队等设备，尚未完全，正拟逐渐增置，以为南方之模范师，不欲轻动。其他各师，亦均视第八师之动静为标准。故主战派以运动第八师为第一招。适李君协和自江西来，亦主战，主往南京运动第八师，以我与王君在爱国学社中相识，约同去。到达后，王君方卧病，在床边与之熟商，王君以为毫无把握，遂废然而反。是时赵君竹君约我与汪君精卫往谈，称北京方面愿与黄君筹妥协的办法，于是我与汪君日往来于黄赵之间，磋商条件。有一日，忽得南京电，第八师决动员，招汪君与我往，起通电草。我等两人遂同往。盖第八师下级军官均受主战派运动，跃跃欲试，旅长无法阻止也。于是战端起。不久而国民党的军队在南京、江西、广东各地者均失败。
游学法国
1913年秋，孑民复偕眷属赴法国，住巴黎近郊一年。欧战开始，遂迁居法国西南境，于习法语外，编书，且助李石曾、汪精卫诸君办理留法俭学会，组织华法教育会，不能如留德时之专一矣。
在法，与李、汪诸君初拟出《民德报》，后又拟出《学风杂志》，均不果。其时编《哲学大纲》一册，多采取德国哲学家之言，惟于宗教思想一节，谓“真正之宗教，不过信仰心。所信仰之对象，随哲学之进化而改变，亦即因各人哲学观念之程度而不同。是谓信仰自由。凡现在有仪式有信条之宗教，将来必被淘汰”。是孑民自创之说也。
孑民深信徐时栋君所谓《石头记》中十二金钗，皆明珠食客之说。随时考检，颇有所得。是时应《小说月报》之要求，整理旧稿，为《石头记索隐》一册，附月报分期印之，后又印为单行本。然此后尚有继续考出者，于再版、三版时，均未及增入也。
其时又欲编《欧洲美学丛述》，已成《康德美学述》一卷，未印。编《欧洲美术小史》，成《赖斐尔》一卷，已在《东方杂志》印行。为华工学校编修身讲义数十首，《旅欧杂志》中，次第印行。