捻匪之大起 捻匪之名，起于清中叶，仁宗（嘉庆）、宣宗皆尝下诏严禁，然终未绝。其人多在河南、安徽贫瘠之区域，盖生计困难，铤而走险，乃三五成群，掳人勒赎，为害于乡里也。及太平军攻陷南京，安徽沿江一带为两军战守之地，内地城邑防兵空虚，官吏无法维持治安。于是淮水一带，捻匪大起，良民不得安居，畏之甚于畏官。其人原为地方之无赖，熟悉本地情状，所谓聚则为匪，散则为良。官兵固不能久住一地，而予良民切实保护，况时有战争，官吏无如之何耶？捻匪初肆抢劫，并无祸患，不肖者为利所动，人数增多，忠厚者非通匪亦无以自存。地方人士初为防匪之计，创办团练，团丁仍多无赖，甚者与匪相通。练总渐而扩张势力，雄霸一方，苗沛霖则为明证。苗氏为寿州练总，受天王封爵，又缚送陈玉成于清军，后更攻击清军，兵败而死，于此情状之下，安徽淮河两岸之地，几成匪窟，转而掠于邻省，重载而回，粮尽再出，有如贸易。
应付之策略 捻匪初为小股土匪，头目繁夥，其最著名者，当为张乐行、李兆受等。头目各据一方，不相统属。太平天国为牵制清军之计，封以高爵，捻众故亦留发不剃，清廷派员督兵讨之，未有若何明显之效果，改用招抚之策略，苗沛霖授官，李兆受归降，皆其例也。顾清军之力不能胜之，降众心无所惧，仍可复叛，且当战事方急之际，官军饷银已无着落，更何能另筹巨款，安置降人，或发给军饷？降捻照旧打粮勒索，问题仍极严重。咸丰十年（一八六○），三国北京条约成立。僧格林沁奉命移兵剿捻，初于山东作战，乘胜进至皖北。僧王所部，中多骑兵，且有重炮，作战颇有斩杀，次第剿平张乐行、苗沛霖，尽杀匪窟附近之居民，其逃亡者唯有死战而已。清军又不带粮，转而抢于民间，作恶之甚过于捻众，人民有迫而从贼者，僧格林沁剿捻数年，故未将其平定。
捻匪之平定 同治三年（一八六四），南京城陷，太平余党之在北方者，投入捻匪。捻首张乐行死后，其侄张总愚管领其众。初剿捻清军，有黑龙江骑兵，主将不善统率，良马反为捻众所得，遂成流寇。僧格林沁亦以骑兵追剿，其用兵也，以尾追为策略，骑兵、步兵不相接应，甚者相隔数日程。明年僧格林沁遇伏，为捻所围，兵败而死，骑兵投入捻中者益多。朝廷命两江总督曾国藩督师，曾氏调淮军北上，兼召湘军旧部助战，驻于徐州，设镇谋困捻匪，终不可得。捻匪万骑奔驰，扰于河南、湖北、山东，官军人少防多，未有大功。同治五年（一八六六），捻匪大败于山东巨野，分窜为二，犯曹州者曰东捻，以赖文光任柱为领袖，其窜往河南者曰西捻，仍以张总愚为魁。曾国藩督师无功，忧谗畏讥，称病辞职。朝命李鸿章代之，东捻迭为官军所败，余众无几。明年冬，赖文光被捕，东捻遂平。西捻忽自陕西窜入山西，东犯直隶，朝命恭亲王奕督师，诸帅先后入援，于是讨捻之兵有禁军、淮军、及左宗棠所部湘军。捻匪南至山东，败而困于黄河北岸，朝旨赦免逆众，余众归降，张总愚自杀，西捻亦平。时同治七年（一八六八）夏也。
苗乱 太平天国及捻匪之主要战争，多在长江、黄河流域，边省叛乱者，尚有苗人、回人，兹分言之。苗人居于西南僻远林深之山地，尤以贵州为多。清初苗人叛服不常，世宗（雍正）改废世袭之土司，收管其地，设置州县，派官治之，苗人不服者，用兵剿杀。官吏不善治理苗民，榨取压迫，无所不用其极。汉民亦借端欺之，甚者夺其田地。苗人时思复仇，咸丰五年（一八五五），遂举兵叛，攻城戕官，杀害汉人。苗人知识浅陋，起兵各寨，不相连结，亦无领袖足以指挥，幸其初尚不肯远去其巢，饱掠即归。时当内乱正亟之际，贵州协饷多未解交，官军战不能胜，乱区蔓延日广。巡抚蒋霨远称贵州东部一隅，匪众不下二三十万，其言或不免于浮夸，要足以见此为民变，异于普通叛乱也。
苗乱之平定 贵州贫瘠，原赖他省协饷，地又偏僻，不为朝廷所重视。乱起之后，全省均在纷扰混乱之中，唯省会贵阳未陷。石达开所部亦尝入境，滋扰惨杀之结果，农民或死或逃，田地荒芜。苗人无所掠食，侵入广西、湖南、云南，官军剿之，即逃归山寨，或四散伏匿，待兵过后，抢掠如故。及太平天国平定，穆宗（同治）诏四川、湖南遣兵入黔赴援，川兵战不能胜，乃用湘军，由提督席宝田统率。朝廷应付之政策，则始终主张“仍当将各处著名逆匪歼除净尽，方能剿抚兼施。”席宝田作战之策略，步步为营，一地肃清之后，方始前攻。其时太平天国已亡，捻匪亦定。江苏、湖南奉旨协助军饷，军中且有枪炮，自非苗人之所能敌。湘军次第克复台拱诸城，同治十一年（一八七二），叛苗斩杀几尽，贵州始平。存者唯饥疲不堪之老弱与妇女耳。
云南回乱 回乱有二：一在云南，一在西北。云南回人殆于元时迁入，在滇人口虽不及汉人之多，然其团体坚固，常以琐事小愤，酿成事故。咸丰五年（一八五五），回人又以争夺矿产，起而为乱，众推马德新为主，其侄马现（后改名马如龙）佐之。叛回报复，大杀汉人，杜文秀亦于西部举兵，袭取大理。会马现改名受抚，知府岑毓英入援，省会云南府始免于难。而杜文秀之势颇炽，攻据五十余城，并夺取盐井，以绝官兵之饷源，会川兵来援，战始转机。岑毓英又授巡抚，决定作战计划，遣兵分道西进，颇有斩杀。杜文秀兵败地蹙，向外乞援，无应之者。同治十一年（一八七二），官军收复滇西诸城，杜文秀退守大理，服毒欲自杀，部将拥之出降。岑毓英斩之，云南乱平。
关、陇之乱 西北回乱指陕西、甘肃及新疆回人大规模之叛乱而言。甘肃、新疆于洪秀全起兵之后，曾有扰乱，幸即平定。及陈得才窜入陕西，民间创办团练，汉人回人各有组织，不相统属，乃因平日之嫌，积成仇恨。同治元年（一八六二），回人举兵于渭水之南，焚烧惨杀。陕西巡抚奏曰：“渭南北州县膏沃之地，悉成焦土，伤心惨目，闻所未闻。”惨状可见一二。朝廷命将入关，而叛乱所在皆是，兵勇又多不愿西行，加以运输困难，饷糈无着，故未有功。甘肃回人亦起兵应之，夺城戕官，杀害汉人，众奉马化龙为首。新疆回人亦乘势叛乱。叛区扩大，会太平余党平定，朝命左宗棠西征，及捻剿平，方始西上。湘军入陕，战败叛回，陕西粗安，甘肃回酋马化龙等请降，又以降人被杀，再行叛乱，后再乞降，左宗棠杀之。余党退守肃州，又为湘军所平。此同治十二年（一八七三）事也。
新疆之乱 新疆东部回人于同治三年（一八六四）叛乱，天山南北路回人应之。浩罕酋阿古柏乘机侵入南路，攻陷要城，抚绥人民，立国称王。北路叛回，则惨杀汉人，且互相残害。将军初向俄官乞援，不得，俄使后请出兵，并言相助，朝臣谢绝其请。同治十年（一八七一），俄兵竟据伊犁，不许将军行使职权。左宗棠既平关、陇之乱，欲出关外剿平叛回，收复新疆，而国内之意见不一。英国且欲中国封阿古柏为王，作为藩属。左宗棠则力主张用兵，并奉朝旨许其借贷外款，以裕军饷。穆宗授为钦差大臣，督办新疆军务。其困难则大杀之后，田地荒芜，运粮至为不便，乃采屯田政策，命兵耕种于哈密旷野，垦地二万亩。光绪二年（一八七六），大军自哈密前进，攻下乌鲁木齐（今迪化），肃清西北，明年春，分兵而南，攻陷南路门户土鲁番，乘胜疾进，迭陷要地，及冬，收复和阗，南路遂定。伊犁交涉，分言于后。
内乱之年代 综就以上内乱而言，始于一八五○年洪秀全之起兵，终于一八七八年（一月）天山南路之平定，首尾二十九年。分别言之，太平军起于一八五○年，余党于一八六六年消灭，扰及十七省，首尾十七年。捻匪大起于一八五三年，平于一八六八年，滋扰江苏、安徽、山东、河南、直隶、山西、陕西、湖北八省，先后十六年。苗民于一八五五年作乱，一八七二年始平，叛苗以贵州为巢穴，扰及湖南、四川、云南、广西，共十八年。云南回乱起于一八五五年，平于一八七二年，凡十八年。关、陇回乱，起于一八六二年，平于一八七三年，共十二年。新疆之乱，作于一八六四年，定于一八七六年，凡十三年。就本部十八省而言，乱起于一八五○年，终于一八七三年，首尾二十四年。
城邑之破坏 二十四年之中，国内无安乐之地，城邑迭易主客之攻守，城中人民迫而登城助守，城外房屋，焚毁一空。城中存有粮食，人民得免饿死，实一幸事。其缺乏粮食而犹困守者，初则食及草根树皮，及其后则枕藉而死，道无行人。陕西巡抚刘蓉奏汉中城内人民曰：“罗掘雀鼠而炊……十数万人，生者不过三千余人。”此固人类至悲至惨之情状，不幸城或攻陷，入城军队惨杀抢劫，无所不至。南京焚杀抢劫之惨，则其明证，疆吏因此互相讥议。李鸿章尝官于南京，致书友人曰：“沅翁（曾国荃）百战艰苦，而得此地，乃至妇孺怨诅，当局固无如何，后贤难竟厥施，似须百年方冀复旧也。”此固不能独责湘军，淮军及其他各军莫不皆然。文人王闿运于《湘军志》曰：“能战之兵，未有待饷者也。”王氏所言，盖指淮军于苏、常一带作战而言。太平军攻陷城邑，亦强人民出献财货，一言不合，或至于死。兵士分夺财物，有自相杀害者，对于敌人，亦无怜惜之意，攻陷南京尽杀官吏旗人，多至两三万人。
农村之情状 乡村农民本无组织，又无保护，于太平军至，迫而进贡，吾乡高资（在南京附近）采办贡物，不及进呈，太平军怒其失期，纵火焚烧，全镇千余家均罹于难，迄今尚未恢复旧观。凡已进贡者，初则给与贡单，尚不滋扰，后则虽有贡单，亦无效果。曾国藩于江西奏曰：“前此官有骚扰之名，贼有要结之术，百姓不甚怨贼，不甚惧贼，且有甘心从逆者。自今年以来，贼匪往来日密，抢劫日甚，升米尺布掳掠罄空，焚毁屋庐，击破釜缶，百姓无论贫富，恨之刺骨。”奏文所言，多为事实。其所谓今年者，则指咸丰四年，往来人数增加，粮食不足，抢劫榨取，遂为自然之结果。及官军至，骚扰亦不能免，每当战败之时，溃兵散卒更无恶不作。于是大兵经过之地，或战争区域，民多逃亡，田地荒芜。当湘军围攻南京之际，曾国藩东巡，奏言所见灾民情状曰：
自池州以下，两岸难民皆避居江心洲渚之上，编苇葺茅，棚高三尺。壮者被掳，老幼相携，风雨悲啼，死亡枕藉。……民闻贼至，痛憾椎心，男妇逃避，烟火断绝，耕者无颗粒之收，相率废业。
苛捐恶税 于此情状之下，粮食价格之昂贵，可以想见。其较平靖区域，官吏增收钱粮，强民捐输，添设恶税，钱粮除正赋而外，别立名目。捐输则向绅富募款，给与印收，拒绝不出者，即可惩戒。国民对于国家原有义务，当其危急困难之时，本当踊跃输将，无如绅富未有明确之标准，有田数十亩者亦不能免，其有权力者反得减少，或全免去。恶税名目繁多，病商害民者无过于厘金。厘金创于雷以 ，始于仙女庙征收，后则各省仿行。外人贩运洋货，除交子口半税而外，一无担负，本国商人反而逢卡交纳，乃不能与外人竞争，国货大受摧残，此无异于自杀政策。稍称完善之区，人民创办团练以自卫，及其势成，团总不啻独立自主之王，摊款勒索，自不能免，加以水旱蝗疫，穷困痛苦，无以复加矣。兹引时人之语，以便有所证明。刘长佑率军赴粤，咸丰十年（一八六○），奏报广西情状曰：
粤省连年贼寇纵横，百姓流离转徙，不安其生，间有筑寨固守，差可自保，然田野益芜，庐舍为墟，死于锋镝冻馁之下者，亦不少矣。而自石逆入境以来，流毒千里，破大小村寨凡千数百计。……贼过之后，地方无官弹压，则又受虐于团练之贪暴，被戕于土客之仇杀，日朘月削，莫有底极。
死亡之惨 此种情状，固不限于广西，彭玉麟统率水师于长江一带作战，其言攻克九江，湘军屠城曰：“鸡犬不留”，后湘军收复宁国、溧水一带，彭氏感而作诗曰：“底事红羊浩劫成，大江南北惨难名，横尸华屋多人腊，食血荒郊尽犬精。村里断烟凄冷灶，屋中长树破雕甍，千家一二余生在，虎口归来哭失声。”自于犬精后注曰：“壮者逃死四方，老弱饿死丘壑，每入一村，人腊相枕藉，骸骨若丘山，而丧家犬食人尸血，眼赤毛竖，数十成群，我兵须队行，否则为其害。屋有未焚者，厅房中树大如椽，穿楼而出，目不忍睹，心凄欲绝。”彭氏所言，实为战区之写真，关于拉夫之苦，赵树吉作《儿无襦》咏之，刊载于《 鄢山房集》。诗曰：
儿无襦，生不识诗与书，天寒忍冻面垢污，吏来呵儿驱作夫，负载力弱，日夕载涂，饥火烧肠风裂肤，以刀击背如鞭驴……
荒凉之一斑 夫役之苦，至于此极，宜人民逃亡避之也。逃亡无所得食，乃多成为饿莩，死者无人掩埋，腐朽成为疠疫。左宗棠入浙奏曰：“臣军行所至，目睹灾民，男妇露宿野处，道馑相望，有数日不得一食者，有一家饿毙数口者。近复疫气流行，十人九病，而浙之残黎几于靡有孑遗矣。”灾情最重之省，长江一带，首推江苏、安徽、浙江。江苏南部，久历战争，数百里或无人烟。安徽南北，说者称居民死亡殆尽，师行竟日，或不见一人。浙江情状，亦几相类。江西沿江一带，死亡亦众。其在贵州，苗、汉惨杀，据巡抚黎培敬奏称，“百姓存者不及前之十一。”云南之乱，地方“残破不堪，田亩抛荒，死者及半。”陕西汉人被杀，几无遗类。甘肃则千里荒芜，弥望白骨黄茅，炊烟断绝，甚至城邑常无居人，乱前人口约一千五百万，乱平，存者不及十一。其他各省，人民死于非命者亦夥。据彭玉麟言，湖南凡三百万人，余可想见矣。总之，人口增加，比例超过生产事业之发达，为祸乱之根，乃以屠杀饥荒疾疫为解决之方法。死者殆占人口三分之一，而政治腐败，会党活动，固无改革或减少其势力，内乱成为唯一解决人口之办法，悲哉！