一千六百四十九年二月，婪尾国会决议，废元老院，除君主世袭制。五月，布建国令，改英伦为共和国，以国会为最高机关，由国民代表组织之；国会之下，设行政会议，以谋人民之安宁幸福，仍受国会裁制。是为英伦共和国（Commonwealth of England）之组织法。而克林威尔则以婪尾国会之议员，兼任行政会员。会爱尔兰王党复起，乃受征爱总司令之职，率师讨之。
克林威尔膺征爱之命，以八月抵杜伯林（Dublin）。阅月，战王党于特洛基达（Drogheda）；又阅月，战于威克斯福（Wexford），均大胜。当时戮降甚惨，诛夷旧教徒，几无噍类，至有“日色暗无光，平野如白纸”之谣。惟克林威尔则以为除恶务尽，上帝之威灵，实式凭之。
一千六百五十年（清顺治六年，民国二百六十三年），苏格兰亚吉尔侯（Arquill）起兵，将军莽得罗斯（Montrose）助之，迎查理士第二（查理士第一之子）为嗣君，复辟之势复炽。时独立军统帅费法克斯已辞职归田，克林威尔又拜共和国陆海军大元帅，率师征苏。
是年七月，克林威尔抵苏。九月，败苏人于敦巴（Dunbar）。苏兵死者四千人，俘虏万余，莽得罗斯死之。
逾年，查理士第二入英伦之北境。克林威尔复以九月败之于窝识特（Worcester），查理士第二微服走荷兰。于是英伦三岛之王党悉平，而克林威尔亦以是月奏凯返伦敦。克林威尔返伦敦，国会议酬庸之典，年予勋金四千镑，并给汉北登离宫（Hampton Court）为私邸。“去时儿女悲，归来笳鼓竞”，此诚大丈夫得志于时之所为也。虽然，克林威尔军人也，且清教主义之军人也。前此寄阃专征，其责虽重，盖犹军人之力所能了。至于处治平之世而当政治之冲，则与军人之素养，及单纯质直之清教主义，皆非所宜，抑亦克林威尔始愿所不及此也。不意天不肯逸英雄之躬，至克林威尔战胜归来，而英国政界，已老成彫谢，后起无人，非克林威尔不能膺国家之重任。而国会诸君子，复不善运用职权，使克林威尔不得不以治军之手段，解决立法行政之难题。此则君子读英伦保国主时代之历史，所深为共和政治悲，且为克林威尔之盛名惜者也。
【批评】
昔白起阬赵降卒四十余万，何晏讥其“要一朝之功而坚诸侯之守”。克林威尔之戮爱尔兰旧教徒，亦何独不然？彼之立意，讵不欲假兵戈之威，使爱人叛弃旧宗，皈依新教。不知威抑愈强，则反动亦愈烈。先民慷慨就义之痛史，适足以鼓其子孙复仇卫道之热情。今者世阅二纪，而爱人犹笃守旧教，至英政府不能不许自治案之成立，又何莫非克林威尔戮降之举种其因乎？而武力万能之说之不足尚，亦可知矣。
居马上得天下，不能以马上治之。故军民分治，实近世立宪国之天经地义。而功成身退，尤开国英雄保全令名之上策。若欲以貔貅、兕虎之材，膺社稷人民之寄，未有不操刀伤手，自误误人者。以克林威尔宅心之公正，禀赋之伟奇，犹不能逃此公例，况乎道德材器之不及克林威尔者耶？其可不知所戒耶？
1649年2月，英国婪尾国会决议，撤销英国元老院，废除君主世袭制。5月，颁布建国令，改英国为共和国，以国会为全国最高权力机关，由国民代表组成。国会之下，设行政会议，来为人民谋求安宁幸福，但行政会议仍受国会约束，这就是英伦共和国（Commonwealth of England）的组织法。而克林威尔则以婪尾国会议员的身份，兼任行政会员。当时正逢爱尔兰的国王党重新得势，于是克林威尔接受任命，担任征伐爱尔兰总司令一职，率军讨伐爱尔兰。
克林威尔接受这一任务后，8月份抵达了杜伯林（Dublin）。一个月后，他所率军队与国王党军在特洛基达（Drogheda）发生激战；又过了一个月，双方在威克斯福（Wexford）再次交战。两次战役，克林威尔所率军队都取得了大胜。当时他对投降的敌军进行了惨烈的屠杀，旧教徒几乎被全部诛杀，以至于出现了“日色暗无光，平野如白纸”的民谣。只有克林威尔认为，除恶务尽，这些全是上帝威灵和意志的显现。
1650年（清顺治六年，民国263年），苏格兰的亚吉尔侯（Arquill）起兵叛乱，将军莽得罗斯（Montrose）协助响应，拥立查理士第二（查理士第一之子）继位，复辟的势头死灰复燃。当时独立军统帅费法克斯已辞职归隐，于是克林威尔又被任命为共和国陆海军大元帅，率军队征战苏格兰。
这年七月，克林威尔抵达苏格兰。9月，在敦巴（Dunbar）大败苏军，苏军战死者达四千人，被俘虏的达一万多人，莽得罗斯也战死。第二年，查理士第二逃到了英伦的北部边境。克林威尔于9月份又再次于窝识特（Worcester）大败叛军，查理士第二乔装改扮逃亡荷兰。于是，英伦三岛的王党全部被剿灭，而克林威尔也于当月胜利返回伦敦。回到伦敦，国会为他举行了庆功大典，并决定每年给予他勋金四千镑，且将汉北登离宫（Hampton Court）作为私邸奖励给他。“去时儿女悲，归来笳鼓竞”，这确实是大丈夫实现志向后应该得到的啊。即使如此，克林威尔还是一名军人，并且是信奉清教主义的军人。在此之前，作为统兵的将军在外作战，责任虽然重大，但仍在军人的职责范围；到了太平盛世，身处治理国政的要害部门，则与军人的素养，以及单纯质直的清教主义不是一回事，这大概也是克林威尔之前所没有想到的吧。不料上天不肯让英雄过上安逸的生活，当克林威尔战胜归来时，英国政界大多年事已高或已辞世，后继无人，除了克林威尔无人可以担当起国家的重任。而国会中的各位议员，又都是不善于运用职权的人，使得克林威尔不得不以治军的手段，来解决立法行政的难题。这也是君子读英伦保国主时代历史时，深为共和政治悲哀的地方，也是为克林威尔盛名后感到惋惜的地方。
【评论】
昔日，白起活埋赵国投降的兵士四十多万，何晏讥笑他“以一时邀功的行为而使诸侯们更加坚守抗敌”。克林威尔屠杀爱尔兰旧教徒，与白起又有什么不同呢？他本是想借助兵戈的威力，而使爱尔兰人放弃原来的宗教，而皈依新教。却不知施加的威力压制越强，那么反抗也就会更加强烈。先祖慷慨就义的苦痛历史，足以鼓舞他们的子孙复仇、卫道的热情。现在已过去了两个朝代，而爱尔兰人仍然坚信旧教，使得英国政府不得不允许自治案成立，这又何尝不是克林威尔屠杀举动而种下的因果呢？而武力万能的说法是不足取的，由此也就能得到答案了。
可以从马背上取得天下，却不能在马背上治理天下。所以军民分治，实在是近代立宪国家天经地义的做法。而功成身退，更是开国英雄保全性命和名誉的上策。如果想以貔貅、兕虎的才能，来承担国家与人民托付的责任，没有不因操刀而伤手，自误而误人的。以克林威尔心地的公正、天赋的伟奇，也不能逃脱这个规律，更何况道德材器都不如克林威尔的人呢？他们又怎么能不在这方面小心呢？