一千八百六十三年（清同治二年，民国前四十九年）一月一日，林肯公布解放奴隶令，是为南北战争之一大转机。令曰：“余以大元帅职权，际兹合众国内乱侵寻纲维解纽之时，敢以处置战争之必要。布令于众，自今伊始。各州境内有被蓄为奴隶者，其咸复乃自由。我合众国行政部暨陆海军官，当承认其自由而保护之。”
初，南北之开衅也，北方共和党已以放奴为请，林肯生平本为此一大事出世，自亦极表同情。然虑放奴以后，将益犯南人之怒，坚其负嵎反抗之心，故仍隐忍未发。至是战祸频年不已，南军以奴隶为前驱，连得胜仗。林肯乃知放奴之举，非特人道主义所不容缓，抑且可以制叛军之死命，永绝南北纷扰之机。遂决以大元帅之职权行之。盖林肯仁心仁闻，固过人一等，而谋定后动，不敢举国家之大器，轻于一掷，其忍耐心尤不可及也。
放奴令颁，除奴籍者凡四百万人。奴隶之役于南军者咸倒戈降，南军遂大挫。是年五月，南将黎战北军于盏塞罗维（Chancellersville），虽获胜，然丧其名将驾克孙（Jackson）。及七月，北将梅特（Meade）有揭地堡（Gettysburg）之捷，格兰脱有维克斯堡Wicksburg之捷。北军益乘势锐进，所向无前。法帝拿破仑三世劝和，林肯不从。是为南北战争之第三年。
一千八百六十四年（清同治三年，民国前四十八年），是为南北战争之第四年。时南军势益穷蹙，而林肯总统任期已垂满。北方民主党拥败将麦克尔兰为魁，选举之争甚烈，然林肯卒获联任。次年三月，林肯乃于四方告捷声中，行第二次就职礼。其演说词不矜己之功，不幸敌之败，尤蔼然仁者之言也。词曰：“吾侪其释愤怨，扩仁量，以果毅坚决之心，拥护正义。上帝既以保障正义之责任，授诸吾侪，吾侪其敢勿兢兢以求副斯责。国家之疮痍，当思有以复之；战场之勇士，当思有以劳之；阵亡诸先烈之寡妻弱息，当思有以抚之恤之。凡可使吾国民与世界诸国同享久长公正之和平者，皆吾侪所不可不勉者也。”
林肯第二任就职之年，即南北战争平定之年也。先是林肯以格兰脱为总司令，连胜南将黎，困之于里士满。而南将约翰斯（Johnston）亦屡为北军别将夏曼（Sherman）所败，退守彼得堡（Peterburg）。至是年四月，格兰脱拔里士满，夏曼亦攻彼得堡下之，黎与约翰斯顿相继降，寻获其总统大卫斯于佐治亚，南北之战遂平。
里士满之陷也，林肯适以犒师巡战地。遂莅兹南军之旧都，抚其遗民。黑奴数万人，咸扶老携幼，呼上帝致感诚。寻归华盛顿，携其夫人赴伏特剧场（Ford’s Theater）贺战胜。伶人菩士（Booth）南军余党也，狙击之。林肯遂逝世，时一千八百六十五年（清同治三年，民国前四十七年）四月十四日也，得年五十六岁。
【批评】
奴隶解放令，为美国史中极有关系文字。《独立宣言》书所举自由平等诸大义，实至此始竟全功。然林肯以国民之公意，行其平日之宿愿，仍兢兢不敢轶出法律范围。一则曰“大元帅职权”，再则曰“处置战争之必要”。盖言此仅战时之便宜行事，仍有待于立法机关之追认也。故禁奴之举，亦至约翰森（Johnson）继任，改正宪法以后，始为经常法典。凡立宪国之元首，可不奉为圭臬。
老子有言：“抗兵相加，哀者胜矣”。林肯之于南北战争，盖处处以哀字出之，故能卒奏胜利。然读其第二次就职演说词，则虽胜利以后，犹未忘哀之心也。与彼献俘告庙，贪天功而乐人祸者，其仁暴之相去为何如。
1863年（清同治二年，民国前49年）1月1日，林肯公布解放奴隶令，这是南北战争的一大转机。林肯在解放奴隶令中说：“我以大元帅的职权，值此合众国正发生内乱、原来维持国政的法度渐渐作废之际，有必要对这场战争采取必要的措施。现在将解放奴隶令宣布于众，从今天起开始生效。各州境内所有被贩卖为奴隶的人，都将获得你们的自由。我合众国政府，包括陆、海军当局在内，应当承认并保护你们的自由。”
刚开始，南北双方发生挑衅时，北方的共和党人便已经请求释放奴隶，而林肯本来就是为了解放黑人奴隶而生的，自然对奴隶也是极为同情的。然而考虑到奴隶解放后，将在更大程度上触怒南方人，会进一步加强他们负嵎抵抗的决心，因此他一直强忍着没有采取行动。直到战争连年持续不停，而南方军队以奴隶做为先锋，接连取得胜利，林肯这才明白解放奴隶的举措，不仅仅是从人道主义上来说已不能再延缓，而且是抵制叛军并让他们陷于必然失败的命运，永绝南北混乱的好机会。于是林肯决定以大元帅的职权颁布解放奴隶令。虽然林肯仁慈的心肠，仁爱的声誉高人一等，但是其谋划周密而后行动，不轻易动用国家利器，等到时机成熟后轻轻一击，这种忍耐心更是别人赶不上的。
解放奴隶令一颁发，废除奴籍的奴隶有四百万人。被南方军队奴役的奴隶都倒戈投降，南军因此遭受大创。这年五月，南军将领黎与北军在盏塞罗维（Chancellersville）展开大战，虽取得胜利，然而其名将驾克孙（Jackson）战死。到七月，北军将领梅特（Meade）在揭地堡（Gettysburg）取得了大胜，格兰脱同样取得了维克斯堡（Wicksburg）战役的胜利。北军更是乘势突进，所向无敌。法国皇帝拿破仑三世从中劝和，林肯拒绝了。这是南北战争的第三年。
1864年（清同治三年，民国前48年），是南北战争爆发的第四年。当时南军的形势更加窘迫，而林肯的总统任期也快要到期了。北方民主党拥戴败军之将麦克尔兰为首领，选举的竞争相当激烈，然而林肯最终还是获得了胜利，得以联任。第二年三月，林肯在全国欢腾的胜利声中，举行了第二次就职典礼。他的演说词没有夸耀自己的功劳，没有对敌人的失败幸灾乐祸，更像是一位和善仁德的长者说的话。他在演讲中说：“我们将放下愤怒和怨恨，提倡宽仁大量，以果断、坚毅、决绝的心来坚持和维护正义。上帝既然将保障正义的责任交给了我们，我们怎么敢不认认真真对待这份责任呢！国家已满目疮痍，我们应当想着如何来恢复；对那些在战场上的勇士，我们应当想着如何去慰劳他们；对那些在战争中牺牲的先烈们的遗孀孤儿，我们应当想着如何去抚恤他们。凡是可以让我们的国民与世界各国之间实现持久、公正的和平的行为，我们都不能不为之努力。”
林肯第二任期就职的那一年，也是南北战争平定的一年。先是林肯任命格兰脱为总司令，他接连战胜南方将领黎，将他围困在里士满。而南军将领约翰斯（Johnston）也多次被北军副将夏曼（Sherman）打败，退守到彼得堡（Peterburg）。到这年四月，格兰脱攻下了里士满，夏曼也攻下了彼得堡，黎和约翰斯顿先后投降，并在佐治亚抓获了南方联盟总统大卫斯，南北战争最终结束。
里士满被攻破后，林肯正好到战地巡查犒赏军队。最后到了南军原来的首都，安抚其遗民。黑人奴隶数万人，都扶老携幼，对着林肯高呼上帝之名表达感恩之情。不久后林肯回到华盛顿，带着夫人到伏特剧场观看庆祝胜利的演出。演员菩士（Booth）是南军的余党，他开枪暗杀了林肯。林肯最终医治无效逝世，那天是1865年（清同治三年，民国前47年）4月14日，享年56岁。
【评论】
奴隶解放令，在美国历史上有着极其重要的作用。在《独立宣言》中所提倡的自由平等诸原则，实际上到此时才算得上是成功了。然而林肯以全国人民的意愿，践行着自己一生的愿望，仍然认认真真的不敢超越法律的范围。一是“大元帅的职权”，再是“处置战争的必要”，这些言论仅仅是为战争时期方便行事，但仍需要立法机关的追认。因此严禁贩卖使用奴隶的行为，也直到约翰森（Johnson）继任总统，更改了宪法以后，才成为正式法典。凡是成立立宪制的国家元首，无不将其当做典范和标准。
老子曾说过：“两兵交战，悲愤的一方将获胜。”林肯在南北战争中，处处以悲痛之心示人，因此能最终取得胜利。然而看他的第二次就职演说词，虽然胜利了，但他仍没有忘却内心的悲痛。这和那些把在战争中俘虏的人员进献给太庙，贪图功劳而将别人的痛苦当作自己的快乐的人相比，其仁慈与残暴的差距实在是太大了。