林肯就职以后，其当头第一难题，即为南北战争。当总统竞争之方剧也，南方民主党已扬言，谓共和党获胜者，则南人之用奴权利，必剥夺至尽，非退出同盟不足自保。故林肯被选，而南方诸州宣告独立之事实，亦同时发现。
先发难者为南加罗里拿（South Carolina）。未几，密士失必、佐治亚（Georgia）、阿拉巴麻、佛罗里达（Florida）、鲁西安纳五州继之，寻得撒、勿尔吉尼亚、阿干萨、田纳西、北加罗里拿（North Carolina）五州亦加入。十一州别为同盟，称美利坚联邦（The Confederate States of Amercia），定宪法，主自由贸易奴隶制度，举大卫斯（Jefferson Davis）为大总统，而以勿尔吉尼亚之里士满（Richmond）为都城。
联邦政府既立，据险要，占炮台，着着进步。至林肯就职时，南方炮台之为北军所守者，仅南加罗里拿之散的（Sunter），及佛罗里达之毕根斯（Pickens）而已。然林肯犹力以调停为事，其就职演说，所为丁宁告诫于南人者，字字皆调停之血泪也。词曰：
“诸君乎，余等之国家断无可以分裂之理。政见之不同，何不可以协议定之？试问，分裂以后其协议之方法果有以愈于从前耶？试问，以敌国而订条约与以友朋而定法律，其势果孰逆而孰顺耶？君等以不胜愤激而出于一战，然战亦讵可以久。逮两方面创巨痛深，精枯力尽，而君等则已停战矣。斯时君等所待协议之问题，不仍与今日同耶，而所得者果何物耶？吾失望之同胞听之，内乱之大祸，其责任在诸君而不在于余。政府之于诸君，毫无侵略之意。设非诸君首启衅端，则内乱又何从起者……同胞同胞，须知余等系友朋而非仇敌，何能互怀敌意？无论感情上若何冲突，断不可绝其友谊之覊绊也。”
然林肯之调停卒无效。至是年四月，是为林肯就职后之一月，南军发兵攻散的炮台，而南北之战端遂开。
南北之战，历时凡五年。当是时，南方十一州，人口九百万；北方二十三州，人口二千余万，众寡之势悬殊。在林肯之意，固以为可指日平定。然南军多良将，气锐甚，散的炮台坚守未一月，即陷落。及七月，南北两军大战于薄尔仑（Bull Run），北军败绩，形势尽失。于是林肯请于国会，增兵五十万，军费五万万圆，大举以应敌，是为南北战争之第一年。
一千八百六十二年（清同治元年，民国前五十年），林肯遣格兰脱（Grant）将兵陷田纳西之铎尼尔孙（Donelson），海军大将法雷谷（Farragut）亦拔其纽俄连斯，北军之势稍振。会北将麦克尔兰（Mc Lellan）围里士满，败还。南军又乘势进，寻南将黎（Lee）略弗勒得力堡（Fredericksburg）据之。林肯遣将两次进攻，皆不利，丧师三万人。是为南北战争之第二年。
此二年中，战事虽互有胜负，然结果则多利于南军。林肯以合众国大总统兼陆海军大元帅之职，军费浩繁，国债山积，强寇外乘。敌党内伺遂以一身为众矢之的，且有张平和之帜，谓北军宜无条件屈服于南军者。然林肯不为动，尝曰：“理胜者力亦胜。吾人应行其良知所信之义务，到底不懈。”斯言也，至次年颁布放奴令之后，果大著效验。
【批评】
一国幅员既广，必不能无意见利害之异同。惟两方面各以国家为前提，斯政争不致过激，法治不致破坏，而后能以调和互让之精神，维系于不敝。若不得志于政争，即欲诉之于武力，则政治之竞争一变而为权利之竞争。杀机既开，愈演愈烈，未有不两败俱伤者。痛乎，林肯之言也！曰：“逮两方面创巨痛深精枯力尽，而君等则已停战矣。”夫至此时而停战，则其国家将为何等国家乎？在美国当日以独立新大陆中，无外力乘其后，故犹能恢复元气，徐致盛强。若在强邻环伺，势力范围已定之地，正不知今日之域中是谁家之天下矣。呜呼，南北战争之名词，抑何不祥。吾读美史而哀俄罗斯，吾尤愿爱国之政治家，永永勿蹈俄罗斯之覆辙，而使后人寄哀于无穷也。
“理胜者力胜”，此言固足鼓吾辈卫道之勇气，然在处政争冲要之人，则尤须平矜释躁。取他方面之真理，以祛其固闭之私，此所谓自胜者强。古大臣休休有容之度也，若存一刚愎自是之心，则君子亦何尝不足误国。
林肯就职以后，一开始遇到的最大难题，就是南北战争。当总统竞选正处于激烈时，南方的民主党便已经放话了，说如果共和党的人当政了，一定会将南方人使用奴隶的权利全部剥夺，只有退出同盟，才能够自保。因此林肯当选后，南方许多州宣告独立出去的事实，便也同时发生。
最先发难的是南加罗里拿州（South Carolina）。没多久，密士失必、佐治亚（Georgia）、阿拉巴麻、佛罗里达（Florida）、鲁西安纳五州先后退出联邦，寻得撒、勿尔吉尼亚、阿干萨、田纳西、北加罗里拿（North Carolina）五州也退出联邦。十一州联合结成同盟，称为美利坚联邦（The Confederate States of Amercia），重新定立宪法，主要是提倡自由贸易奴隶制度，推举大卫斯（Jefferson Davis）为大总统，而以勿尔吉尼亚的里士满（Richmond）为首都。
联邦政府成立后，据守险要关塞，并占领了炮台，步步紧逼。到林肯就职时，被北军守备的所有南方炮台，仅剩下了南加里拿的散的（Sunter），以及佛罗里达的毕根斯（Pickens）两地而已。然而，林肯还是力主调停，并将主要精力放在这上面。他的就职演说中，所有叮嘱规劝南方人的话，每一个字都是饱含深情，言语恳切，体现了其调停的良苦用心。他的演讲词为：
“合众国的公民们，我们的国家是绝对没有可以分裂的理由的。政见上的分岐，为何不可以协商来决定呢？请问，在分裂后比分裂前达成协议会更为适当吗？请问，以敌对方的身份订立协议与以朋友身份制定法律，其结果难道是以敌对方的身份订立协议更顺利吗？你等因为一时的激愤而不惜发动一场战争，但战争可能会持续很久。等到双方损失巨大，精疲力竭而毫无所获时，你们又会停止战斗继续往来了。那时摆在你们面前的还是协商的问题，不和今天碰到的情况一样吗？而所得到的结果又是什么呢？我失望的同胞们请听我说，内乱的抉择权在你们手里，而不在我。政府对于你们，没有任何袭扰侵略的意图。如果不是你们首先挑起事端，那么内乱又怎么能够发生呢……公民们，同胞们，你们应该明白，我们是朋友而非敌人，怎么能够心怀敌意呢？无论感情上有什么冲突，也不能让我们之间友谊的绳结断开啊。”
然而林肯的调停最终失败。到这年四月，也就是林肯就职一个月之后，南军发兵攻打散的的炮台，南北战争正式拉开帷幕。
南北战争，历经了整整五年。当时南方有十一个州，人口九百万，北方有二十三个州，人口两千多万，人数多少相差巨大。在林肯的心里，原本以为用不了多长时间就可以平定内乱。然而，南方军队中有很多能征善战的将领，气势十分强盛，散的的炮台坚守不到一个月，就陷落了。到七月，南北两军在薄尔仑展开大战时，北军战败，北军的有利形势全部丧失了。于是林肯向国会请求，增兵五十万人，军费五个亿，大举兴兵以应对敌军，这还只是南北战争的第一年。
1862年（清同治元年，民国前50年），林肯派遣格兰脱（Grant）率军攻下了田纳西的铎尼尔孙（Donelson），海军大将法雷谷（Farragut）也夺取了纽俄连斯，北方军队的士气因此稍稍有所提升。当时正碰上北方将领麦克尔兰（Mc Lellan）围攻打里士满，但最终失败而归。南军又因此乘胜追击，南军将黎（Lee）攻占了弗勒得力堡（Fredericksburg）。林肯为此两次派兵攻打弗勒得力堡，但都出师不利，损失了兵力三万人。这是南北战争发生后的第二年。
这两年当中，双方战事各有胜负，然而最终结果却大多对南方军队有利。林肯以合众国大总统的身份兼着陆海军大元帅的职位，军费浩大且繁重，国家因此负债累累，强寇于是也趁机而入。敌对党派伺机让林肯一时成为大家攻击的对象，还有的主张进行和平谈判，说北军应该无条件服从南方军队。然而林肯却不为所动，他曾说：“站在真理的一方最终是会取得胜利的。我们应该做讲良心守信义的事，一定要坚持到底。”这番言论，在第二年颁布的放奴令后，真的被应验了。
【评论】
一个国家幅员辽阔，肯定会有不同的政见和利益得失上的争端。只有双方都以国家利益为前提，才不致于使政见相争过于激烈，法治才不会被破坏，然后才能以相互让步调解矛盾的精神，维系好双方关系而不被破坏。如果在政治争斗中不能如愿，就会想着使用武力来解决，这样，政治上的争斗便会演变成权利的竞争。杀机一开，只会越演越烈，没有不两败俱伤的。林肯的话让人感觉到了他的痛苦，他说：“等到双方损失巨大、毫无所获，且精疲力竭时，那么你们就会停战了。”而到这个时候停战，那么这个国家将会成为什么样的国家呢？在美国当时宣布独立成立新政府时，没有外来力量乘机骚扰，因此还能恢复元气，并慢慢变得强大。如果是在周边强大国家环顾窥伺的情况下，当时势力范围已经确定的地方，真不知道今天那些领地会成为哪个国家的天下呢？唉，南北战争这个名词，可能不是很吉祥吧。我读了美国这段历史后而为俄罗斯伤心，我尤其希望那些爱国的政治家们，永远也不要重蹈俄罗斯的悲剧，而让后辈们限入无限的悲痛中啊。
“站在真理的一方最终会取得胜利”，这话虽然是鼓励我们保持维护道义的勇气，然而身处政治争斗重要位置的人，则特别需要平静心情，不能急躁。采纳别人正确的意见，来除去自己自私的念头。这就是人们所说的战胜自己的人才是强大的。古代大臣中宽容有气量的君子，如果固执己见、自以为是，那么即便是君子也不敢保证不会做出误国的事啊。