文公晚年，孝宗颇向用之。南康任满，浙东大饥，除提举浙东常平茶监事，即日单车就道。即移书他郡募米商，蠲其征，面陈七事而行。比至部，米已辐辏。与僚属钩访民隐，至废寝食。行部乘轻车，简御徒，秋毫不及州县。虽深山穷谷，拊存不遗。贪吏有自劾去者，由是所部肃然。
宰相王淮闻之，赞于上曰：“熹之荒政，乃行其所学，民被实惠”。进直徽猷阁，会知台州唐仲友者，暴行不法，而与淮同里为姻家，业迁江西提刑矣。文公劾之。淮持章不下，疏十上愈力。淮不得已，下绍兴府鞫讯，狱具伏，则夺其新命，以授文公。乃太息曰：“是所谓蹊田而夺之牛也。”辞不拜。淮大恚，嗾御史郑丙、陈贾诋道学假名济伪，遂去职。
周必大为相，力荐文公。除江西提刑，促赴召。有要之路者，曰：“正心诚意之说，上所厌闻，毋以此入对”。文公曰：“吾平生所学，惟此四字，岂可逆探上意，为面谩乎。”及奏对，反复于天理人欲之际甚力。帝称善数四，曰：“久不见卿，浙东事朕自知之。今当处以清要，不复劳卿州县”。除兵部郎。文公有得君之机，宜可大用，以行其道，而忌者已伺其后矣。兵部侍郎林栗先数日，与论《易》《西铭》不合，恚之，遂上疏丑诋，而帝意终向之。未踰月，复召为崇政殿说书。不赴，具封事投匦以进，反复数千言。疏入，夜漏下七刻，帝已就寝，亟起秉烛读之终篇。会执政有指道学为邪气者，深中之。除秘阁修撰，竟中沮，而孝宗亦内禅矣。
光宗即位，改知漳州。其敦俗训士，一如在南康时。除属县无名之赋七百万。差知潭州，力辞。有旨长沙巨屏，得贤为重，乃拜命。至镇，修武备，戢奸吏，抑豪民，而主于章教兴学。邻郡数百里毕来学，至坐不能容。
宁宗初在潜邸，闻文公名，每恨不得公为本宫讲官。及即位，首召奏事。帝开怀容纳，而韩侂胄寖用事，以内批罢宰臣台执。文公念国柄旁落，将自此始疏力争。侂胄大憾，深倾之，遂罢。
初，汝愚既相，收召四方知名之士。中外引领望治，公独以侂胄用事为深忧，数以手书启丞相，当厚赏酬其劳，勿使预政，汝愚方谓其甚眇易制。及文公去国，丞相逐而中外大权尽归侂胄矣。公登第五十年，仕于外者九考，立朝才四十日而罢。设行其言，则公虽罢而犹得为宋延国命也。至侂胄得志，国事益不可为矣。
汝愚去位，侂胄诬以不轨，欲诛之，举朝无敢为关说者。文公自以义不容默，则洒泣草疏万余言明其冤，辞旨痛切。诸生迭谏以为必贾祸。不听。请筮之，遇遯之同人，乃默然。取谏草焚之，自号遯翁。宁宗庆元六年三月卒，民国前七百十二年也，年七十一。子三人，塾、埜、在皆以荫补官。弟子极众，以蔡元定（字季通，建阳人，称西山先生）及其子沈（字仲默，元定仲子也，世称九峰先生，谥文正）、黄干（号直卿，闽县人，文公之婿也，世称勉斋先生）等为最著。
【批评】
文公卒，黄干为撰行状，曰：“窃闻道之正统，待人而后传。自周以来，任传道之责，得统之正者，不过数人。由孔子而后，曾子子思继其微，至孟子而始著。孟子而后，周程张子，继其绝。先生出，而自周以来历圣相传之道，一旦豁然，如日中天。”
道统二字，始见于此。明潞人仇熙著《道统传》，清仪封张伯行因之而著《道统录》。一若孟子以后，惟周程张朱为知道，余子虽功名如何显，学问如何高，皆未足以言知道者。此易启门户之见，而衣钵相承，碍学术之进步。故不著之，而附辨于此。
朱熹晚年的时候，宋孝宗很想起用他。南康任期满后，恰逢浙东遭遇大饥荒，朱熹就被提拔为浙东常平茶监事，当天乘坐一辆车直接赴任。他立即给其他郡县的米商写信，让米商往浙东贩粮，免除他们的税赋，当面承诺了七件事就走了。等到了任上，粮食已经集中到浙东。朱熹和下属搜求察访民间隐情，达到了废寝忘食的地步。考察时行装简单，跟随的人少，对下面的州县丝毫不侵犯。虽然有些地方地处偏远，但他都一一安抚照顾，没有遗漏。贪官污吏有自己辞职的，从此朱熹的部下都很严肃谨慎。
宰相王淮听说后，在皇上面前称赞说：“朱熹在荒年时采取的救济措施，实践了他所学的圣贤道学，让百姓获得了实际的好处。”朱熹被提拔到徽猷阁值班供职，赶上台州知州唐仲友行径残暴，不守法纪，唐仲友和淮同里是联姻的亲家，淮同里已经提拔为江西提刑官。朱熹弹劾唐仲友，淮同里把弹劾的奏章压着不呈，朱熹上疏了十余次。淮同里没办法，将唐仲友收监审问，唐仲友在狱中认罪，于是剥夺了唐仲友的新任职务，并将其授予朱熹。淮同里叹息说：“这就是所谓的牛践踏了别人的田地，而被人抢走了，惩罚太重了。”朱熹推辞不受命。淮同里心里极为怨恨，唆使御史郑丙、陈贾诋毁道学是借助名望营私，朱熹于是就辞职了。
周必大担任宰相时，极力推荐朱熹。朱熹被任命为江西提刑官，并催促他赶快赴任。有人在路上拦住了朱熹，并对他说：“正心诚意之类的学说，皇上不喜欢听，千万不要用这些内容应答皇上。”朱熹说：“我一生所学习的只有这四个字，怎么能猜测皇上的心思，而当面欺蒙皇上呢？”等到在皇上面前回答问题的时候，他极力阐述其对于天理人欲的理念。皇帝几次称赞朱熹讲得好，说：“长时间没看见你，浙东的事我自己心里知道。现在你应当去一个清净紧要的位置，不再让你操劳于州县之事。”于是提拔他为兵部郎中。朱熹有君主赏识的机遇，本来可以委以重用，以使自己的学说得以施展，然而嫉妒他的人却已在背后等待时机中伤他。兵部侍郎林栗几天前，与朱熹谈论交流《周易》《西铭》意见不一致，内心憎恨他，于是给皇帝上疏用难听的话诋毁朱熹，然而皇帝本意还是偏向朱熹。不到一个月，皇帝又召朱熹到崇政殿担任讲官。朱熹没有赴任，通过密奏上疏的形式进言，反复阐述了数千字。奏章呈上时，计时用的夜漏已经下去七刻，皇帝已经躺下睡觉了，又急忙起来点着蜡烛将整篇文章读完。当时的执政大臣有指责道学是邪说的，深深中伤了他。朱熹拜受秘阁修撰，没想到中途受阻，而孝宗也将皇位禅让给了光宗。
光宗即位，朱熹改任漳州知州。他教化风俗，训导官吏完全跟在南康时一样。他免除了所属州县没有正当依据的税赋七百万。后来又被任命为潭州知州，但他坚决推辞不受。圣旨说长沙是朝廷强大的屏藩，需要有一名贤臣镇守，于是受命。到了长沙，他修整军备，约束枉法营私的官吏，打压豪强，重点发展教育兴办书院。周边郡县相隔数百里都来求学，以至于书院里都坐不下了。
宁宗在做太子时听说过朱熹的名声，常常遗憾不能让朱熹做自己的讲学官。等到宁宗即位，他首先就召朱熹奏议国事。皇帝畅开襟怀接纳建议，而韩侂胄专揽朝权，私自罢免朝中大臣。朱熹考虑到国家大权落到旁人手里，从此时开始就上疏竭力劝谏。韩侂胄感到非常忿恨，极力排挤朱熹，朱熹于是被罢免了。
当初，赵汝愚担任宰相后，招收聚集四方的名士。朝廷内外殷切期望国家大治，唯独朱熹对韩侂胄当权而深表忧虑，多次给赵汝愚亲笔写信，建议他应当对韩侂胄增加物质上的赏赐，而不要让韩侂胄干预政事，赵汝愚只认为韩侂胄地位低容易控制。等到朱熹离开朝廷，丞相被逐官，朝廷内外的大权全都落到韩侂胄手中。朱熹自从登科中举五十年间，在外地做官一共九年，在朝廷中才待了四十天就被罢免了。假如朱熹的主张能够实行，那么朱熹即使免官也仍然能够让宋朝延续国家命数啊。等到韩侂胄把持朝政后，对国家大事就更加无能为力了。
赵汝愚被免去职务后，韩侂胄以图谋不轨的罪名诬陷他，想要诛杀赵汝愚，满朝大臣没有敢替赵汝愚说情的。朱熹自认为按照道义自己不能沉默不语，于是挥泪草拟奏章一万多字，说明赵汝愚的冤屈，文辞悲痛而深切。门下的学生不断劝谏，认为朱熹这样做肯定会招致祸患。朱熹没有听从。学生恳请对这件事进行占卜，得出本卦为遯卦，变卦为同人卦，于是朱熹沉默不语。他把奏章拿出来烧掉，自称为遯翁。宁宗庆元六年三月，朱熹去世，也就是民国前七百一十二年，终年七十一岁。朱熹有三个儿子，朱塾、朱埜、朱在，他们都因为恩荫封官。朱熹弟子特别多，其中蔡元定（字季通，建阳人，称西山先生）及蔡元定的儿子蔡沈（字仲默，蔡元定二儿子，世称九峰先生，谥文正）黄干（号直卿，闽县人，朱熹的女婿，世称勉斋先生）等最为著名。
【评论】
朱熹去世了以后，黄干为他撰写行状，说：“我听说大道的正统，一定要等到合适的人出现才能承续。自从周朝以来，承担传播大道责任、得到嫡传学说的，不过几个人而已。在孔子之后，曾子和子思继承其学说精妙，等到孟子的时候才开始光大。孟子之后，有周敦颐、程颢、程颐、张载继承孔孟等以往的圣人不传的学问。朱熹出世后，周朝以来历代圣贤递相传授的大道，忽然豁然开朗，如同太阳正在上升，十分兴盛。”
道统这两个字，最早见于此。明朝潞县人仇熙著有《道统传》，清朝仪封人张伯行在此基础上撰写了《道统录》。他们一致认为自从孟子之后，只有周敦颐、程颢、程颐、张载、朱熹算是研知大道的圣哲，其他的人无论功名多么显耀、学问多么高深，都不算称得上是懂得大道的。这容易导致学术界的门户偏见，而一味讲求衣钵相传也会阻碍学术进步，因此不写在正文之中，而是以附辨的形式说明。