文忠再至杭，作守二年，多善政，杭人尸祝之。尝谓：“杭，水陆之会，因疫病死者，比他处常多。”乃作病坊，名安乐坊，在众安桥，以僧主之。三年之间，管干病坊僧医逾千人，赐紫衣及祠部牒一道，以为奖励，终宋之世其事不废。
杭本江海之地，水泉咸苦，唐刺史李泌，始引西湖水，作六井，民足于水，故井邑日富。及白居易复浚西湖，放水入运河，自河入田，所溉至千顷。然湖水多葑，自唐及吴越钱氏（吴越王钱俶也），岁辄开治，故湖水足用。宋兴，废而不理，湖中葑田积二十五余丈，而水无几矣。运河失湖水之利，则取给于江潮，河行阛阓中，潮浑浊多淤，三年一淘，为市井大患，而六井亦几废。
文忠至杭，浚茅山、盐桥二河，造偃闸以蓄泻湖水，然后潮不入市。且以余力，复完六井，大浚西湖，以葑田之泥，筑长堤于湖中，堤成，植芙蕖、杨柳其上，望之如图画，即今之苏公堤也。
刘挚收召洛党为己用，使居言职，以待文忠入。文忠知入必堕其术中，因累状请郡，以待后命，复在杭查看水灾，借以拖延。（文忠谓：“浙江潮自海门东来，势如雷霆，而浮山峙于江中，与渔浦诸山犬牙相错，洄洑激射，岁败公私船，不可胜计。欲自浙江上流之石门，并山而东，凿为运河，引浙江及溪谷诸水二十余里以达于江。又并山为岸，不能十里以达于龙山之大慈浦。自浦北折抵小岭，凿岭五十丈，以达于岭东古河，浚古河数里以达于龙山运河，以避浮山之险。”元祐六年奏上时已闻召回之信，事遂未行。）
元祐五年，奉召为翰林承旨，复侍迩英（殿名），与弟辙同朝于时。熙丰旧党（熙宁、元丰均神宗年号，王安石当国之时），争起邪说，以摇撼在位。文忠兄弟并有文名，忌者因谓：“二人徒有文学，而无器识，刚狠好胜，与安石无异。”当神宗末年，文忠之自汝移常也，受命于宋。会神宗崩，文忠哭于宋，而南至扬州，常人为公买田。书至，作诗有“闻好语”之句，贾易、赵君锡遂谓公闻讳而喜。又举《草吕惠卿制》，皆诽谤先帝，无人臣礼。（元祐元年，吕惠卿有罪，建州安置，公为中书舍人，草制其制曰：“惠卿以斗筲之才，穿窬之智，谄事宰辅，同升朝堂，乐祸贪功，好兵喜杀，以聚敛为仁义，以法律为诗书。首建青苗，次行助役，均输之致，事同商贾，手实之祸，下逮鸡豚。苟可蠹国害民，率皆攘臂称首。先帝求贤如不及，从善如转圜，始以帝尧之仁，姑试伯鲧；终焉孔子之圣，不信宰予。犹宽两观之诛，薄示三危之窜。”天下传诵称快，今言官摘先帝数联为诽谤也。）
太后怒，罢易、君锡，吕大防请并公两罢，乃以为龙图阁学士出知颍州，寻改扬州，未阅岁，以兵部尚书召还，兼侍读。
元祐八年，宣仁后崩，哲宗亲政，公乞补外，以龙图、端明两学士出知定州。时国是将变，公不得入辞行，既行，上书曰：
天下治乱，出于下情之通塞。至治之极，小民皆能自通；迨于大乱，虽近臣不能自达。陛下临御九年，除执政、台、谏外，未尝与群臣接。今听政之初，当以通下情、除壅蔽为急务。臣日侍帷幄，方当戍边，顾不得一见而行，况疏远小臣欲求自通，难矣。然臣不敢以不得对之故，不效愚忠。古之圣人将有为也，必先处晦而观明，处静而观动，则万物之情，毕陈于前。陛下圣智绝人，春秋鼎盛。臣愿虚心循理，一切未有所为，默观庶事之利害，与群臣之邪正。以三年为期，俟得其实，然后应物而作。使既作之后，天下无恨，陛下亦无悔。由此观之，陛下之有为，惟忧太早，不患稍迟，亦已明矣。臣恐急进好利之臣，辄劝陛下轻有改变，故进此说。
绍圣元年（曾布上疏乞改元以顺天意，辄改元祐九年为绍圣元年），绍述之议兴（试进士李清臣发策，有诛元祐诸臣议，尹和靖焞不对而出）。六月，用来之劭（殿中侍御史）言，以承议郎出知英州，未至，责授宣远军节度副使，惠州安置。
【批评】
林希（攻元祐党人者）作启谢执政诸公，于苏子由有联，云：“父子以文章冠世，迈渊、云、司马之才，兄弟以方正决科，冠晁、董、公孙之对。”及绍圣中，行子由谪词云：“父子兄弟，挟权变诈，惊愚惑众。”子由捧之泣曰：“某兄弟固无足言，先人何罪耶！”其行子瞻谪词云：“汝轼文足以惑众，辩足以饰非，然而自绝君亲，又将谁怼？”其反复如此。
元祐间，吕大防、刘挚当国，欲稍引用熙、丰旧党，以平夙怨，谓之调停，子由以谓不可而止。后贾易、赵君锡攻文忠，太后怒二人，吕大防请并罢文忠，即本其所持调停之策也。
杨康国谈颍滨云：“辙之兄弟谓其无文学，则非也，蹈道则未也，其学乃学为仪、秦也（仪谓张仪，秦谓苏秦，战国时纵横之士），其文率务驰骋，好作为纵横捭阖，无安静理。陛下若悦苏辙文学而用之不疑，是又用一安石也。辙以文学自负，而刚很好胜，则与安石无异。”洛党诸人借口以攻苏氏兄弟者，不外此说，要不足以服天下之心也。
杨康国之奏，为元祐中洛、蜀交攻极大一案，论者指此为伊川所为，其实此时伊川已罢去四载，且在忧中，岂能讽御史攻公耶？
颍滨作《文忠墓志》，于元祐六年召入为翰林时云：“当轴者不乐，讽御史攻之。”按《颍滨遗老传》（苏辙自撰）云：“莘老（刘挚字）昔为中司，台中旧僚多为之用，前后有意见攻。”公《杭州召乞郡状》云：“蒙恩召还，及除臣弟辙执政（为尚书右丞），皆非大臣本意（指刘挚），即日上章辞免，行至中路，果闻弟辙为台、谏所攻，搬出廨宇待罪。”又云：“贾易擢贰风宪，付以雄权，必须言臣并及弟辙。”以上皆《墓志》所载，当轴讽御史攻公之证，台、谏交章不已，两公必罢一以息群言，子由既入政府，动关国体，未易遽罢，则文忠之必罢可知。明知必为攻罢而自蹈陷阱，不若乞郡外补，既可远祸，又可为国尽力也。宣仁太后不悟，至于自请戍边，亦不许，于是不得不入，而日困网罗，坐待白简矣。刘挚用洛党以去二苏，而又不居其名，既去，犹代其辩白，宦海风波，可畏至此。
苏轼又到杭州做了两年知州，有很多好的政绩，杭州人将他画像供起来祭祀。苏轼曾经说：“杭州是水陆交会的城市，因为传染病感染而死的人往往比别的地方多。”因而在众安桥建立了病坊，称为“安乐坊”，让和尚主管。三年之中，来里面管事的和尚医生多达一千多人。皇帝赐予苏轼紫衣和祠部度牒一道作为奖励，直到大宋朝灭亡这个病坊也没有废除。
杭州原来靠近浙江、东海，当地泉水又咸又苦。唐代刺史李泌首先引西湖水造了六口井，百姓用水充足，所以这里越来越富裕。到白居易任职的时候，他又疏通西湖水流入运河，从运河流入田亩，灌溉田地达一千顷。湖水中有很多茭白根，从唐朝到吴越钱氏（吴越王钱俶），每年都疏浚治理，所以湖水足够民用。宋朝立国后，停止了治理，茭白根聚积为田，有二十五多丈深，剩下的湖水没有多少了。运河丧失了湖水的便利，靠江中的潮水供水，船在市中行驶，潮水浑浊多淤泥，三年淘挖一次，成为百姓的大灾难，六口井也几乎荒废了。
苏轼到了杭州，疏通茅山、盐桥二河来通航运，又造了坝堰闸门，用来作为积蓄和排泄湖水的枢纽，从此江中的潮水不再流入城市。用剩下的人力物力修复了六口井，彻底疏通了西湖，又把茭白根堆积在湖中，筑成南北长三十里的长堤以便通行。堤筑成后，又在上面种了芙蓉、杨柳，看上去就像画卷一样，就是今天的“苏公堤”。
刘挚招揽洛党的成员为自己所用，让他们担任言官之职，等待苏轼回到朝廷。苏轼明白回去必然堕入他们设置的陷阱，因而多次上表请求改任别的州郡，等待以后的任命，又在杭州视水灾情况，借以拖延时间。（苏轼说：“钱塘江的潮水从海门由东而来，有雷霆万钧之势，而浮山峙立在江中，和渔浦各山犬牙交错，潮流旋转回流激荡喷射，每年冲毁公私船只数不胜数。建议从钱塘江上流的石门，沿着山向东，开凿运河，引二十多里钱塘江水和各山谷的水进入江中。又沿着山修筑堤岸，不足十里就到达龙山大慈浦，从浦以北曲折抵达小山岭，开凿山岭六十五丈以达岭东的古河道，疏通几里古河道到达龙山的运河，来避开浮山的险处。”元祐六年上奏时已经听闻自己将被召还朝廷，于是工程便没施行。）
元祐五年，苏轼被皇帝圣旨召回，作为翰林承旨再次在迩英殿侍奉，与弟弟苏辙同朝为官。神宗皇帝熙宁、元丰年间，王安石当政时的旧党派，争先发表邪说，攻击在位的公卿士大夫。苏轼兄弟俩都因文学而有美名，忌恨他们的人因此说道：“这兄弟两人只懂文学罢了，毫无器量和见识，又为人倔强好强，爱斗狠，跟王安石并无区别。”在神宗皇帝晚年，苏轼从汝州改任常州的时候，在宋州接受任命，正好遇到神宗皇帝驾崩，苏轼就在宋州为皇帝哭丧，然后南去扬州。常州人为苏轼购置了田产，书信到后，苏轼写了诗，里面有“闻好语”的句子。于是贾易、赵君锡说苏轼是因为听到神宗驾崩的消息而欣喜。他们又举出苏轼起草的《草吕惠卿制》，说他无处不在诽谤先帝，没有作为臣子的礼节。（元祐元年，吕惠卿有罪，被贬到建州，苏轼时任中书舍人，草拟了制书，里面说：“吕惠卿以浅陋的学问，苟且的智谋，谄媚宰相，共同把持朝政。嫁祸于人，贪恋功劳，爱好战争，喜欢杀戮，将聚敛当做仁义，把法律当做诗书。是他第一个倡议青苗法，又施行助役法，均输法的手段，就像是行商；手实法的危害，甚至伤及牲畜。如果发现能危害国家和百姓的事情，他便摩拳擦掌，第一个冲上去做。先帝求贤若渴，从善如流，开始用唐尧的仁德，姑且试用伯鲧；最终像孔子的圣明，不信任宰予。朝廷仍然饶恕了他的死罪，只将他贬谪到蛮荒之地罢了。”这篇文章，流传天下，大家都拍手称快。如今言官摘取其中关于先帝的几句来诽谤苏轼。）
太皇太后很愤怒，罢黜了贾易和赵君锡，吕大防请求将苏轼也一起罢官，于是朝廷让苏轼以龙图阁学士的身份出任颍州。不久改任扬州，没过一年，便任命他为兵部尚书，召回朝廷，兼任侍读。
元祐八年，宣仁太皇太后去世，哲宗皇帝亲自主持政务，苏轼请求到地方任职，于是苏轼以龙图阁、端明殿两学士的身份出任定州知州。这时国家政策将要大变，苏轼不能够进入皇宫跟皇帝辞行，出发后，便上书说：
天下的太平和衰乱，就看底下的情况是否能上达朝廷。最太平的时候，小百姓都能自己表达意见；到大乱时，即使皇帝身边的近臣也不能发表自己意见。陛下即位九年了，除了执政大臣、御史谏官外，从不和群臣接触。现在亲政开始，应当把通晓下情、除去壅塞蒙蔽当作紧急要务。臣每天侍从于皇帝身边，马上要到边地戍守，临走却不能见您一面，何况疏远的小臣想进谏自陈意见，就更难了。但臣不敢因不能面见的缘故，就不尽忠。古代的圣人将要有所作为，必然先在暗处观察明处，处于静态观察动态，那样，万物的情况，就全部呈现在面前了。陛下圣明才智过于常人，年纪正盛。臣希望陛下虚心地推求事理，一切尚未有所作为时，默默地观察各种事情的利弊和群臣的好坏。用三年作为期限，等到得出事物的实际情形，然后根据事物的实际情形而采取相应的行动。让有所行动之后，天下没有怨气，陛下也没有悔恨。由此看来，陛下的有所作为，只怕太早，不怕稍迟，也是很明白的事了。臣怕急进近利的人，擅自劝陛下轻易有所改变，所以呈进此说。
绍圣元年（曾布上书请求改元顺从天意，便把元祐九年改为绍圣元年），继承神宗时代新法的提议兴起（考试进士时，李清臣出了策论的题目，提议诛杀元祐时代的各位大臣，和靖先生尹焞没有应答就离开了）。六月份，朝廷采用殿中侍御史来之劭的建议，命苏轼以承议郎的身份出任英州知州，还没到任，又把苏轼降职授予宣远军节度副使，安置于惠州。
【评论】
攻击元佑党人的林希曾经作《谢执政诸公启》，提到苏辙时说：“他们父子三人都凭借盖世的文章享誉全国，才能超越了王渊、杨雄、司马相如，兄弟二人又参加贤良方正科，对策比晁错、董仲舒、公孙弘的还好。”等到绍圣年间，林希草拟的贬谪苏辙的判词写道：“父子兄弟三人用诡诈权谋的学术，使愚人惊叹，让庸人迷惑。”苏辙捧着判词哭着说：“我们兄弟二人固然不值一提，死去的父亲大人有什么罪过啊！”贬谪苏轼的判词写道：“你苏轼，文章足以惑乱大众，辩论足以文过饰非，如此是自己要跟皇帝断绝关系，又怨谁呢？”这人就是如此反复无常。
元祐年间，吕大防、刘挚当政，想渐渐起用熙宁、元丰年间的旧党，用来化解过去的恩怨，称之为“调停”，苏辙对他们说不可以，这才停止。后来贾易、赵君锡攻击苏轼，太后对二人很愤怒，吕大防请求太后将苏轼也一起罢免，就是根据他们所秉持的调停政策。
杨康国向皇帝议论苏辙：“苏辙兄弟二人说他们没有文学才华吧，也不能这么说，只是他们对道学尚未入门，他们的学问不过是从战国时代的纵横家张仪、苏秦学来的罢了。他们文章大多追求自由奔放，议论上都是纵横家那一套手段，没有清静的义理。陛下如果喜欢苏辙的文字而任用不怀疑，那又是任用了一个王安石了。苏辙在文学上很自负，为人倔强，好胜心强，跟王安石没什么区别。”洛党里面的人用以攻讦苏家兄弟的借口也不外乎这些话，总之是不足以让天下人信服。
杨康国的奏章，是元祐年间洛党、蜀党互相攻讦的一件大事，评论家认为这是程颐指使干的。实际情况是当时的程颐已经被罢官四年了，而且还在服丧期间，怎么能够劝御史指摘苏辙呢？
苏辙所写的《苏轼墓志》，在元祐六年苏轼招入翰林期间的事情记载道：“当政者不高兴，指使御史指摘苏轼。”按苏辙自己写的《颍滨遗老传》里面说道：“刘挚曾经身任御史中丞，御史台里许多旧官员很多被他收为己用，前后他都有意要指摘我。”苏轼的《杭州召乞郡状》说：“承蒙皇恩，将我召回朝廷，和将我弟弟苏辙委任执政大臣（做尚书中丞），都不是刘挚大人的本意，当日我就上表辞去职务，走到半道，果然听闻弟弟苏辙被御史、谏官指摘，搬出办公的屋子等待定罪。”又说：“贾易兼任御史，拥有了大权，必定要指摘我跟弟弟苏辙。”以上都记载于《苏轼墓志》，当政者指使御史指摘苏轼的证据，御史、谏官上奏的折子一个接一个，苏轼兄弟两人知道肯定有一个要被罢免以消除众人的议论，苏辙已经进入政府，一举一动关乎政府形象，不可立即罢免，那么苏轼被罢免就显而易见了。明知道一定会被弹劾进入陷阱，不如自己请求外放，既可以远离祸害，又能为国效力。宣仁太后不明白其中的利害关系，甚至于苏轼亲自请求守卫边疆也不被允许，因此苏轼不得不进入政府，越发遭受束缚，坐等着弹劾他的奏章。刘挚任用洛党的人来除掉苏轼兄弟，自己却脱却了干系，苏轼被罢免，他还假惺惺地为他说话，官场的险恶，是如此让人害怕。