神宗即位，参知政事欧阳修（字永叔，谥文忠，江西庐陵人）荐公德性惇正，学术通明，谠言嘉谋，著在两朝（仁宗英宗朝也）。知而不言，是谓蔽贤掩善。光忠国大节，隐而未彰。臣既详知，不敢不奏。
神宗颇向用公，擢为翰林学士。公力辞，帝曰：“古之君子，或学而不文，或文而不学，惟董仲舒、扬雄兼之。卿有文学，何辞为？”竟不获辞。明年，公乞补外官，上不许，曰：“君子小人，皆知卿方正。吕公著使契丹，亦问有司马光者，其人甚方正，今为何官名为夷狄所知，奈何出外？”
神宗重公如此，而终不能大用者，王安石阻之也。是时新法盛行，天下骚然，而神宗不悟。公于迩英殿进读时，遇事进谏，安石党忌之。尝进读通鉴萧何、曹参事（萧何死，曹参为相，奉萧何遗法无所变更）。公曰：“参不变法，得守成之道，故孝惠高后时，天下宴然，衣食滋殖。”上曰：“汉常守萧何之法不变乎？”公曰：“何独汉也，使三代之君常守禹汤文武之法，虽至今存可也。汉武帝用张汤言，取高帝法纷更之，祖宗之法不可变也。”公之主张，大率如此。
元丰三年，韩琦亦上疏论青苗之害。上感悟，欲罢其法。二月，乃拜公枢密副使。公上章力辞，至六七上，曰：“上诚能罢新法，虽不用臣，臣受赐多矣，不然终不敢受命。”然王安石终不去，青苗法不罢，公亦卒不受命。
公既辞枢密副使，名重天下。韩魏公元臣旧德，犹加歆慕，在北门与公书云：“闻执事以宗社生灵为意，屡以直言开悟上听，恳辞枢密，必冀感动，大忠大义充塞天地，横绝古今，固与天下之人叹服归仰之不暇，非于纸笔一二可言也。”
公又移书安石，三往返，开谕切至，犹冀安石之听而改也。且曰：“忠信之士，于公当路时，虽龃龉可憎，后必徐得其力。谄谀之人，于今诚有顺适之快。一旦失势必有卖公以自售者。”意谓吕惠卿（字吉甫，泉州晋江人，《宋史》列《奸臣传》），对宾客辄指言之曰：“覆王氏者必惠卿也。”
其后六年而惠卿叛安石，由是天下服公先知。
公又面问王安石曰：“介甫行新法，乃引用一副小人。或在清要，或为监司，何也？”安石曰：“方法行之初，旧时人不肯向前，因用一切有才力者，候法行已成，即逐之。”公曰：“介甫误矣，君子难进易退，小人反是。若小人得志，岂可去也，必成仇敌，他日将悔之。”安石默然。
公见新法不罢，素志未伸，郁郁不乐，遂求去，罢翰林学士，出知永兴军（今湖北新阳县）。至任，乞免本路青苗助役，诏不许。公遂乞判西京留守司御史台，不报。又上章曰：“臣先见不如吕诲，公直不如范纯仁（仲淹子）、程颢（字伯淳，河南人，世号明道先生。弟颐，字正叔，世号伊川先生），敢言不如苏轼、孔文仲（字经父，临江新喻人，与弟武仲、平仲并以文学起家，号江西三孔），勇决不如范镇。若臣罪与范镇同，即乞依镇例致仕。若罪重于镇，或窜或诛，所不敢逃。”
神宗必欲用公，召知许州（今河南许昌县）。令过阙上殿，谓监察御史程颢曰：“卿度光来否？”颢对曰：“陛下能用其言，光必来。不能用其言，光必不来。”帝曰：“未论用其言如光者，常在左右，自可无过。”公果辞召命，固请留台。
【批评】
公与安石为素交，屡进忠言，而不之悟，其执拗有如此者。朱子论之曰：“安石以文章、节行高一世，而尤以道德经济为己任。被遇神宗，致位宰相，世方仰其有为，庶几复见二帝三王之盛。而安石乃汲汲以财利兵革为先务，引用凶邪，排摈忠直，躁迫疆戾，使天下之人嚣然丧其乐生之心。卒之群奸肆虐，流毒四海，至于崇宣（崇宁、宣和皆徽宗年号）之际，而祸乱极矣。”
朱子此论，最为平允。安石行新法，其事虽非，不过书生之见耳，非有王莽、卢杞之心也。以正人皆不附和，广引群小为辅大，为安石身后之累，老泉误天下之论（苏老泉恶安石为人，著《辨奸论》，谓必误天下），至于哲宗、徽宗之世而大验矣。使早省司马公之言，岂惟社稷之幸，亦安石之幸也。
古无百年不变之法，公对神宗之言，盖为安石发也。言各有当，不可拘泥。公平生不喜孟子，以为伪书，出于东汉，因作疑孟论。此亦一时偏见，未见可据也。
神宗拜公枢密副使，不拜。后有谗公者，神宗不为动，曰：“谁肯辞官如司马光者？”知公非不深，而终不能用，何耶？
神宗在位的时候，参知政事欧阳修（字永叔，谥号文忠，江西庐陵人）举荐司马光，因为他品性淳朴正直，博学而贤明，敢于直言并有高明的治国谋略，曾经在两朝做官都很出色（仁宗、英宗两朝）。知道有能力的人而不说出来，这就是埋没贤人掩盖好人。司马光忠君爱国的气节，被埋没而没有彰显出来。我既然知道了，就不敢不上奏皇上。
神宗一直以来都想任用司马光，提拔他做了翰林学士。司马光极力推辞，皇上问道：“古代的君子，有的有学问而不擅长写文章，有的擅长写文章但学问不深，只有董仲舒、扬雄能够做到这两方面兼具。你也是一个既有学问、又擅长写文章的人，为什么要推辞呢？”最终没有推辞掉这个官职。第二年，司马光请求到外地做官，皇上不准许，说：“天下的君子和小人都知道你刚正直言。吕公著出使契丹时，还有人问到听说有个叫司马光的人，非常刚正，为什么现在你的官名被契丹知道，还去外地做官呢？”
神宗这么器重司马光，而最终不能够重用他，这是因为王安石的阻挠。当时新法十分流行，天下搞得很乱，但神宗并没有察觉。司马光在迩英殿为皇上讲读诗文的时候，就变法的事向皇上进行劝谏，遭到了王安石他们的痛恨。司马光曾经讲读《资治通鉴》中萧何、曹参的事情（萧何死后，曹参做了丞相，奉行萧何遗留下来的治国方法，没有改变）。司马光说：“曹参没有改变先前的治国之法，才能够保持前人的成就和业绩，因此孝惠帝和高后在位的时候，天下才会太平盛世，食物粮食才会增多。”皇上说：“汉代一直坚持萧何的治国方法都没有改变吗？”司马光说：“不仅仅是汉朝，假使是夏、商、周三个朝代的君主也都一直坚持夏禹、商汤和文王武王的治国方法，即使到了现在王朝都会存在。汉武帝采用了张汤的建议，把汉高祖时期的治国方法都改变了，老祖宗的治国方法是不可以改变的。”司马光的主张，大概就是这样的。
元丰三年的时候，韩琦也向皇上上书阐述青苗法的害处。皇上很受感动而有所醒悟，想要废除新法。这年二月份的时候，朝廷任命司马光为枢密副使。司马光便写奏折极力推辞，一直向皇上写了六七次奏折，说：“皇上如果真的能废除新法，即使不能重用我，我也会收获很多，不然的话我还是不敢接受皇上任命的。”然而王安石最终还是没有离开，青苗法也没有被废除，司马光最终还是没有接受任命。
司马光辞掉了枢密副使一职之后，赢得了天下人的尊重。韩魏公是朝廷的老臣，对司马光都十分钦佩，在翰林院给司马光写信说：“听说您一心为了国家稳定和百姓安乐，屡次劝谏皇上领悟变法的害处，诚恳地推辞枢密一职，来希望皇上能够受到感动，您的忠君正义之情天下都知道，超过了古今的贤人，一定会让天下人佩服敬仰您都来不及，这实在不是纸上一两句话可以描述的。”
司马光又写信给王安石，一共写了三次，真诚地开导王安石，仍然希望王安石能够听从而取消变法。他说道：“那些忠正诚信的人，在您做官的时候，虽然令您十分痛恨，但在以后您一定会慢慢地感受到他们的善意。而那些阿谀奉承的小人，现在都非常顺从您，一旦您失去权势，一定会有人出卖您来自保的。”这话的意思是在说吕惠卿（字吉甫，泉州晋江人，《宋史》把他放在了《奸臣传》中），司马光对着宾客就指着他说：“将来推翻王安石的一定会是吕惠卿。”之后的第六年，吕惠卿果然背叛了王安石，因此天下人都佩服司马光的预知能力。
司马光又当面问王安石说：“您推行新法，却任用一群小人。有的人管理着重要的政务，有的人做了监察的官员，这是为什么呢？”王安石说：“在推行变法的一开始，以前的官员都不愿意配合，因此就任用了一些愿意配合变法的人，等到新法推行成功，就罢免他们。”司马光说：“您错了，君子很难引进却很容易辞退，小人正好相反。如果小人当了官，怎么会那么轻易就能辞退，一定会成为仇敌，在将来的某一天你会后悔的。”王安石没有说话。
司马光眼看新法不能废除，先前的想法不能实现，心里非常不开心，于是想要离开，辞去了翰林学士一职，外出去永兴军（今天的湖北省新阳县）做官了。到了那里上任后，他请求废除本地的青苗和助役的新法，皇上下命令不准废除。于是司马光请求去西京做留守司御史台，请求没有能上报给皇上。他又写奏折说：“我的预见能力比不上吕诲，公平正直的品德比不上范纯仁（范仲淹的儿子）、程颢（字伯淳，河南人，世号明道先生，他的弟弟叫程颐，字正叔，世号伊川先生），敢于直言的性格比不上苏轼、孔文仲（字经父，临江新喻人，与弟弟武仲、平仲一起都以文学出名，号称江西三孔），勇敢决断的魄力不如范镇。如果我的罪过和范镇一样，那么请求按范镇的标准来安排我的官位。如果我的罪过比范镇还重，是流放还是砍头，我都不会逃避。”
宋神宗非常想任用司马光，下令让做许州（今天河南省许昌县）的知州。在路过京城的时候下令召见他，宋神宗对监察御史程颢说：“你感觉司马光会来吗？”程颢回答说：“皇上如果能采用他的建议，那么他一定会来。如果不能采用他的建议言，那么他一定不会来。”宋神宗说：“没见过有像司马光这样进谏的，这样的人经常在身边，自然就不会犯错误了。”司马光果然推辞了召见，坚持请求留在那里做留守司御史台。
【评论】
司马光和王安石向来交情很好，他屡次向王安石进献忠言，但王安石却没有领悟，王安石的固执已经到了如此地步。朱熹评论说：“王安石因为学问文章和气节操守在世上高人一等，尤其把治理国家、帮助百姓作为自己的责任。他得到了宋神宗的赏识，坐到宰相的位置，世人便开始仰慕他的所作所为，希望（在他的治理下）能出现太平盛世的景象。然而王安石却急着把改革财政和军队作为首要的任务，任用奸邪凶恶的小人，排斥摒弃忠心直谏的大臣，把人民生活搞得乱七八糟，让人民对他丧失了信心，最终奸臣到处作乱，全国各地的百姓都受他们的毒害。到了崇宣（崇宁、宣和都是宋徽宗的年号）年间，祸乱达到了顶点。”
朱熹的这个评价非常公正。王安石推行新法，事情虽然不对，不过是书生的见解罢了。他没有王莽、卢杞的野心。因为君子都不附和他的变法，才大肆任用那些小人来辅政，这也成了王安石的累赘，所以苏洵才说他会耽误天下百姓（苏洵讨厌王安石的为人，写了《辩奸论》，说他一定会耽误国家），到宋哲宗、宋徽宗时，这句话得到了验证。假使能早点理解司马光的话，岂止是江山社稷的大幸，也是王安石的大幸啊。
自古以来就没有一百年都不变的治国方法，司马光对神宗说的话，大概是为王安石辩解所说的。说话要各个方面都要适当，不可以固执而不知变通。司马光一辈子都不喜欢孟子，认为现在所看到的关于孟子的书都是假的，都是东汉时期伪造的?，因此写了一篇《疑孟论》。这也是他暂时的片面见解，不见得可以作为根据。
宋神宗让司马光做枢密副使，他没有接受。后来有人向皇上说司马光的坏话，宋神宗并没有被他打动，并说：“有谁愿意像司马光那样辞去官职呢？”宋神宗了解司马光并不是不深，但终究没有采用他的建议，这是为什么呢？