厘金完全为太平军时期之产物。就水陆要隘设卡，遇过境货物，按其值或量，征捐一厘或数厘，专充军饷，故曰抽厘助饷。此本取之于行商，以此或称活厘，其性质为通过税。亦有取之于坐贾者，就城市店铺，每月约按营业数量，征捐一厘或数厘。以此或称板厘，其性质为贸易税。先是咸丰三年(1853)，刑部侍郎雷以諴治军扬州，保江苏东北各州县门户，感饷无所出，用幕客钱江议，在仙女庙一带，设卡抽厘，以供军用。其后钦差大臣胜保奏请推行于各省，其后遂为军费一大来源，而以湖南为最早。
按太平军第一次下武昌时，钱江曾予洪秀全以十二策，其第二策曰：
我国新造，患在财政不充，而关税未能遽设。当于已定之区，在商场略议加抽，任其保护。于商业每两征抽一厘，名曰厘金。取之甚微，商民又得其保护，何乐不从。而我积少成多，即成巨款。但宜节制，不宜勒滥苛民。注718
秀全不能用以抗清军，乃转为清廷用以平太平军也。
湖南之厘金，开办于咸丰五年(1855)，为左宗棠在巡抚骆秉章幕中所规画。先就常德试办有效，然后陆续于他处仿办。在长沙省城设置厘金总局主其事。一般货物，以每值钱一千文，抽收二三十文为率，即值百抽二、三。其买卖零杂，不能指定货物，难以计算者，酌量按月抽收。在与广东毗连之郴州与宜章，因盐之数量特多，在岳州因茶之数量特多，则别设盐茶局专管，于咸丰六年(1856)三月成立。盐每包抽钱七百文。茶每箱抽银四钱五分。惟因茶商在各口岸装箱时，已抽过厘金每箱银一钱五分；今于过卡时，复收四钱五分，为数较他货为多，故又准每字号缴税后，酌给从九职衔议叙一名，以昭平允。宗棠之办法，有特点三：
(一)采唐代理财专家刘晏委用士流之意，访择廉干士绅经理其事。屏退吏胥市侩，一洗向来衙署与关务一切陋习。故能涓滴归公，而在民间绝无扰累。湖南厘金组织，因有此始基，故以后在各省中，常认为办理最善，营私舞弊之风为最少。抑以此种新创之税，其先总难免引起社会反感，而宗棠以本省人办理本省事，更易发生误会。惟得地方领袖主持，较便疏通。故宗棠之乐于引用本省人士，其意当更在希望协助推行之便利。
(二)各卡每月抽得之数目与总局每月所收各卡之数目，分别榜示通衢，以昭清白。故能引起社会信任，而商贾皆乐于输将。
(三)实行两起两验。即将应纳之税分四次征收。在第一卡起运处及第三卡所征为起厘，第二卡及第四卡之所征为验厘，较之一起一验者更易防止偷漏，而较之逐卡抽厘者又少苛扰。
宗棠全集中骆文忠公奏稿《沥陈湖南筹饷情形》一折，叙及湖南举办厘金情形，更可见宗棠对于设卡抽厘如何考虑周密：
……抽厘之举，臣于试办伊始，亦深怀疑虑。恐其奉行不善，适以扰民。惟念重农轻商，载诸德训。今四民之中，惟农最苦，获利最薄。而钱漕一切，均于农田取之。商贾挟资营运，懋迁有无，获利为饶。无力作之苦，而又免征收之税。当兹多事之秋，稍取其赢，以佐国计，其亦何辞。况厘金之为数至微，百货长落随时，本无一定之价。以至微之数，附诸无定之价，官取诸商，商取诸货，货价取诸时。如果经理得宜，亦复何虞扰累。所难者，水陆卡局之建设，各有其地。以水路论，有水涨宜设此处，水落又宜设彼处者；有水落暂宜裁撤，水涨始复增添者。以陆路论，有已设卡局之处，并无总隘可扼，不能不分设子卡者；有未设卡局之处，商贩绕越争趋，不能不另议移设者。兼之贼踪飘忽，道途通塞靡常；或因客商绕避贼氛，幽僻之处反成达道；或因邻封道途偶梗，通行之路反类遐荒。苟非因地以制宜，岂能推行而尽利。百货销数之衰旺，会有其时。各处市埠情形，彼此互异。有旺在春夏而秋冬渐形衰减者；有旺在秋冬而春夏忽形冷寂者。上月收数，较之下月，每有参差。此处畅行，推之彼处，又难一律。苟非随时以通变，岂能斟酌而咸宜。臣惟厘金一事，本属创行。收支款目，既无定额之可循；赢绌情形，实难一概以相例。卡局既多，事目又杂。各执一成之法，严为稽核，罅漏必多。更增一切之法，预为防维，虚伪特甚。古云：“任法不如任人”，洵为破的之论。但使所委官绅各以实心任事，上念国计之艰难，下体商情之畏累，将平常衙署，关务习气，概与删除，事必躬亲，数归核实，庶不以丝毫饱奸橐，亦不以苛细失人心，而商情自然帖服。所有卡局需用之费及在事官绅薪水之需，臣饬总办局务裕麟悉心斟酌，稍令宽余；俾得洁己奉公，无虞拮据；亦以养其廉耻，杜绝侵欺。仍不时访察商旅公评，时申儆惕。其客货经由之地，水次分泊师船，陆路派拨练勇，令其就近往来巡护。其商贾辐辏之区，专驻水陆练勇，以资镇压。俾知出厘金以少佐军储，即可借厘金而保全资本。自设卡局以来，商贾安心贸易，廛肆如常，军饷得资接济。……
由是湖南每年可得厘金八九十万两至一百一二十万两不等，兵饷始觉稍舒。其后宗棠在各省，举办或整理厘金，要不离乎此办法与旨趣。
浙江厘金，亦为宗棠所创始经营。同治元年(1862)，在衢州设牙厘总局，征收盐、茶厘税，以次推行于浙东各郡。税率初定值百抽一，继增至值百抽六、七。二年(1863)，绍兴克复，浙东肃清，复设立盐、茶厘局，抽收厘捐。并改定税率：浙东为值百抽九，浙西为值百抽四、五。均两起两验(浙西原为一起一验)，起厘各抽百分之三与一·五，验厘各抽百分之一·五与○·七五。三年(1864)二月，克复杭州省城，旋于四月将牙厘总局移设省城。继克湖州，全省肃清，就嘉兴、湖州、绍兴、宁波、台州、衢州、温州与处州八府属，各设一府局，于所属要津分别设卡，以待行商，见货抽厘。杭州府属归总局直辖，金华府属仅有一卡，严州府与杭州相近，由总局兼办，均不别设府局。青田虽属处州，而距温州为近，故隶于温州府局。此皆为因地制宜之特殊办法。此时所征厘金，系综百货。惟以丝为输出国外之大宗货物，外商得于此享受子口半税之权利，为弥补漏卮计，奏定先捐后售之办法：凡乡丝到行销卖，先由行户扣缴每斤二角之厘捐。捐出卖户，不涉行商。俟商贩起运，再将零星捐票倒换护照，凭以逢卡盖验，不再收捐。收捐货币：茶叶及洋药以银两，丝茧以银元；其余百货以制钱；于是彼此折合，不无高抬低抑之弊。解款府局与兰溪经解总局，各卡解由府局汇解总局。其期为按旬逢三，月凡三次。办厘之第一年，共收银一百三十七万一千三百六十两；以后在宗棠任内之数年，平均为二百零五万七千零四十两。注719
福建省咸丰七年(1857)已办厘金，然仅属草创。迨太平军驰入后，益为废弛。同治四年(1865)，宗棠大加整理，将在福州省城所设之南台厘捐总局移至城内，改为福建通省税厘总局，而以南台向设之厘局改为南台税厘总局，以福州府属各局卡隶属之；后改厦门厘局为厦门税厘总局，以泉州府及永春州属各局卡隶属之；建宁、兴化、延平、邵武、漳州与汀州等府属并次第设立府局，分辖所属各县局卡。税名原为杂货厘金，至是改为百货厘金。重定税率值百抽十，亦采两起两验制，起捐各百分之三，验捐各百分之二。全省收数，在未整理前，每年约银一百十一二万两，整理后，每年约银二百十万两。注720
甘肃厘金开办于咸丰八年(1858)，同治元年(1862)回变以后完全停顿。八年(1869)，宗棠督师平凉，另起炉灶，先从甘南组织厘局，开办百货厘金，税率值百抽一、二。惟因逢卡征收，故合计为值百抽四、五。兼办牙帖，市镇分繁盛、偏僻两等，帖分上、中、下三等。(繁盛上则捐钱七百串，中则三百五十串，下则一百四十串；偏僻上则捐钱四百四十串，中则二百十串，下则七十串。)十二年(1873)，开办茶厘，除出口之茶，另于口外厘卡加完厘金一次外，在陕西与甘肃境内行销者，均税厘并征(另详五十三节)。十三年(1874)，又开办盐厘，由西和县盐关创始，其后各属盐厅，次第照抽(另详五十二节)。宗棠既抵兰州省城，始设全省税厘总局，而于各府州、厅设分局，其下更设卡，一如浙江之制。惟榷盐之处，有专设一局者，亦为特例。全部厘金全年收数：同治八年(1869)仅计银五万二千余两；九年(1870)至十一年(1872)，在二十四五万两左右；十三年(1874)以后之数年，总在四十四五万两左右。牙帖在开办十年中，亦仅颁发四百余张。盖甘肃物资匮乏，运输艰阻，货之流通，为数既微，则牙厘金之征收，自不能旺，亦自然条件有以限之也。然综自同治八年(1869)至光绪七年(1881)，甘肃厘金收入拨济宗棠军饷者约共银九十万两，亦不无小补耳。注721
新疆当咸丰六年(1856)时，已在乌鲁木齐及吐鲁番两地就棉花抽厘。但照内地各省举办抽厘金，则自宗棠始。光绪四年(1878)，宗棠平定天山南、北路，开征厘金。由巴里坤、古城子而哈密，而其他各地。据奏报：当是年秋冬之间开办起，至次年夏季，不足一载，已收银十八万两有奇。宗棠于六年(1880)奉诏离新入京，是年全省共收厘金银二十四万八千二百五十五两。注722
自宗棠在湖南举办厘金，曾国藩在江西，胡林翼在湖北，仿照办理。故宗棠致书林翼，尝戏语曰：
……鄂省厘金之旺，自在意中。此法本传自湘中，当有以津贴湘中(月得二十万缗足矣)乃是情理。……
其后宗棠所至，对于厘金，无不本其在湖南之经验，锐意经营，卓有成效，而仍归本乎得人。其言曰：
……厘务之利弊，视乎局员之贤否。局员得人，则利兴而弊绝；否则弊滋而利减。……
又曰：
凡办厘务，贵在各局委员得人，能与彼此绅民商贾浃洽，然后民不扰而事易集。……
又曰：
……办理厘务，重在得人，非廉干能耐劳苦者错落布置其间，难收实效。……
然厘金制度，夙为世人所诟病，宗棠于此，又有两种态度。一曰：
……取民之制，舍征商别无善策，征商以厘税较为妥便。盖物价自有贵贱，无甚干涉。民生日用所需，厘税必须薄取，或竟与蠲除。至丝、茶大宗外，如铜、锡箔等类，亦可积微以成巨。……
一曰：
……办贼不能不用兵，用兵必筹饷。大抵厘税本权宜苟且之政，非可得已而不已者。谁实甘聚敛之名，以其身为怨府。只求兵气速销，经收足敷所出，则区区者将一举而捐之。……注723
光绪十年(1884)宗棠督办福建军务，艰于筹饷，太常寺卿徐树铭奏请饬由安徽、江西、湖北、湖南四省带征海防厘金，以为补济。已奉谕旨，而四省以为难行，终作罢论。宗棠于此，倘不无英雄末路之悲乎！注724