帝俄取伊犁，清廷与交涉，帝俄表示，俄国并无久占之意，只以中国“回乱”未靖，代为收复，权宜派兵驻守，俟关内外肃清，乌鲁木齐、玛纳斯各城克复之后，即当归还。清廷命伊犁将军荣全，就俄官商收回。俄官邀往伊犁议，将劫之以为质，盖筹划布置，早已视伊犁为己有。按伊犁当乾隆朝平定准噶尔部后，凡筑九城，纵横联络，东西八百五十余里，南北一千一百五十余里。伊犁本城曰惠远，其余八城，在惠远城西北，一百二十里曰拱宸(地名霍尔果斯)，八十里曰广仁(地名乌克尔博罗素克，俗呼大芦草沟)，七十里曰胆德(地名察罕乌苏，俗呼清水河)，三十里曰塔尔奇(原为山名)，北三十里曰绥定(地名乌哈尔巴里克)，东北十七里曰惠宁(地名巴彦台)，东八十里曰熙春(亦巴彦台地，俗呼城盘子)，东南九十里曰宁远(地名固尔札，原为回城)。帝俄则将拱宸至绥定诸城，悉行毁弃，以居汉回、陕回，而以俄兵及商户萃居惠宁、熙春、宁远三城。同时，将毁弃各城材料，移至东南九十里金顶寺地方，别营市廛，延长几及三十里。又划伊犁政事，归七河巡抚主管，图尔斯坦总督兼辖。于是设官收税，每年约可得数十万两，久置中国主权于不顾。注461不特此也，为巩固地位计，设营卡于精河，为扩展势力计，将“回乱”平毁之塔尔巴哈台原有贸易圈，不待中国同意，指定地基，擅盖洋房七十余所，纵横约及数里。为侵占地界计，将拜吉格特哈萨克之帐房牲畜，移入塔尔巴哈台山阳，黑宰哈萨克移居塔尔巴哈台南境之载利山、巴尔鲁克山。注462迹其用心，且欲囊括新疆西北部，不仅以获得伊犁为满足。左宗棠西征，固以规复新疆为使命，然为尊重帝俄上述之诺言，屡却各方进取伊犁之议。如清廷在收复乌鲁木齐、玛纳斯后，即议要求帝俄交还伊犁，宗棠则曰：
……(天山)北路，鲜当一面之才，即与旁缘旧说，要挟必多，而收回后，或别有意外之虑，反难兼顾。不如姑以委之，俾得一意进取天山南路。南路平而伊犁当可不索而还。……注463
又如在帝俄攻土耳其时，分调边兵赴前敌，留伊犁者，约仅一千人，帮办新疆军务金顺请乘机袭取伊犁，宗棠则曰：
……吾在天山北路，兵力未必足恃，即有把握，亦无用舍堂堂正正之旗，为乘间抵隙之计，纵目前因事就功，后必更难了结。……注464
推宗棠之意，先尽其在我，将全疆收回，再议伊犁也。
陕回白彦虎，吾之叛逆也，窜踞乌鲁木齐。吾军进剿时，帝俄售与粮食，企图延长其扰乱之局面。及吾军克复喀什噶尔，白彦虎穷无复之，帝俄又容许其入境，先处之阿尔玛图。前敌统帅刘锦棠致书图尔齐坦总督，欲提兵入境剿捕，宗棠以为“不可无此论，却不必实有其事”。注465帝俄又徙之托呼玛克，且扬言将逼精河安设卡伦。诸将皆愤，请用兵搜索，宗棠则婉词止之。以为：
……俄人惟利是图，又习见泰西各国及日本凡有要索，无不如其意以去，故亦怀利相接。此时，兵威已盛，欲战即战，何所顾忌。惟东北、西北均与接界，兵端一起，事无了期，不能不逊以出之，彼若以作势为事，而用虚声，我且作势应之，而干实事，且静以待之，不可衅自我开，令彼得有借口。……注466
未几，英嗾布噶尔部人，夺踞俄边达尔瓦斯与哈拉替艮两城，帝俄调兵与战。诸将复谓有机可乘，宗棠则力阻之，以为：
……俄英之隙已深，俄恃其国大，英恃其兵强，各不相下。我且绸缪牖户，静观其疲。不以彼之强弱为意，而日夜思所以自强，亦不以彼之言我强弱为意也。……注467
盖宗棠仍不欲用武力解决，犹冀帝俄能自动交还伊犁与白颜虎也。
讵知帝俄包藏祸心，明知吾军已平定天山南北路，占领伊犁，无复可以借口，于是嗾使我之叛逆白彦虎，我之敌人安集延，窜扰新疆边境，俾我不遑宁处，可将交还伊犁一事，无形延宕。此种窜扰事件，在北疆者，系纵白彦虎勾结土回，四出劫掠。伊犁各城，尤为匪薮。于是沙泉子、托多克台、沙窝、大河沿诸处，官饷商货，被劫无虚日，戕官弁，杀行客，掠台马，其徒或数十，或百余。防军时时追剿之，不能绝也。注468在南疆者，乃大规模之袭击，前后凡四起：
(一)白彦虎党金山、马良等犯乌什，并侵入阿克苏之柯尔品。注469
(二)安集延酋阿里达什(原踞喀什噶尔)潜率其党百余，窜至英吉沙尔卡伦外奈曼地方，纠合布鲁特之头目阿布都勒哈玛，煽惑回人，谋袭喀什噶尔，旋竟闯入乌帕尔。注470
(三)阿布都勒哈玛集众万人，纠集爱克木汗条勒，督安集延兵八百余人，并胁驱布鲁特部众一千七百人，寇喀什噶尔。注471
(四)爱克木汗与阿布都勒哈玛纠众窜叶尔羌。
幸前敌诸军用兵神速，皆不久即将其扑灭。而在第四次之战役中，吾忠勇之将士，越穷荒绝塞，登石壁、冰梯，历四昼夜，驰八百里，枪殪阿布都勒哈玛，擒斩安集延职官号大通哈者两名，号胖色提以下者数十名，阵毙敌兵二千数百名，夺获牛马数千头。于时海外误为中俄开战，俄军大败。吾军从俘虏身间，搜得帝俄所发路票，又从俘虏口供，获知寇边系由帝俄所驱使，更从败亡者逃入俄境，为俄官所容纳，加以证实。爱克木汗者，张格尔弟玉普素之孙，其寇边，帝俄实助之，而与之约曰：“如不能取回喀什噶尔，不许再入俄境。”爱克木汗既再战再挫，帝俄果逐之出境，此尤足见帝俄蓄心纵吾敌以侵我边也。注472惟经第四次之惨败，入寇者皆为丧胆，不敢再窥边，即在背后之帝俄，亦不敢再尝试。
帝俄拖宕交还伊犁之又一手段，为提出边塞纠纷，要求满意解决。言外之意，此项交涉，一日不了，即交还伊犁之说，一日不谈。而此种纠纷，多系毛举细故，如谓塔尔巴哈台试办征收俄商运货出境税，本无不合，且为时仅一个月，为数仅五十两。注473又如谓封闭俄商房屋，掠取货物银钱，其实封闭房屋，已在俄商回国之后，而掠取钱物，纯系谎言。注474又如谓玛纳斯官军劫掠俄商麦面，而时地均属不符。注475且此项麦面，事实上乃以济我叛逆。即其情节稍重者，如谓塔尔巴哈台捕杀越境行劫之哈萨克，其实此种行为之发生，正恃帝俄之庇护。注476又如俄官至阿勒泰游历，不交出护照，并蔑视喇嘛教规，乘马闯入承化寺大殿月台，以至发生口角，乃反谓饱受欺侮。其实俄人游行蒙古地方，动辄骄横生衅。一次，竟捆缚一札萨克头等台，抢去其铜像二十五尊，复擒去一小喇嘛，不知生死下落。又一次，掠去铜佛像七十二尊。注477诸如此类，无非借事生风。然宗棠奉命查处，无不委曲求全，或议酌任赔偿，或议将负责官员，量加惩处，使其无所借口。最后，宗棠乃宣布在伊犁未交还前，暂禁阻俄商进入新疆，以免引起无谓之衅端。注478已而吾军用和平手段，限令居留喀什噶尔之安集延人出境，帝俄又谓为驱逐俄侨，提出抗议。其实安集延之地，未归帝俄版图，则安集延之人，自不能谓帝俄国民。彼辈之入喀什噶尔，系随阿古柏而来。于是宗棠诘以：“俄人既认寄居喀什噶尔之安集延为所属之人，则安集延之举动，应由其指使，何以安集延随同阿古柏入寇，俄国并不加约束。”如此抗议，不值一哂。注479
当宗棠进规新疆时，深知对俄交涉，必然繁重，故先为奏明，凡属有关新疆之中俄交涉，统归宗棠应付，预杜纷歧。注480交收伊犁交涉，亦由宗棠先令金顺就近商之图尔斯坦总督，请与交出白彦虎并议。图尔斯坦总督答以其纳白彦虎，乃认为难民，交收伊犁，应由两国政府商议，均不得要领。注481久之，帝俄政府见宗棠在新疆之所为，已无可引为不还伊犁之口实，令其驻京公使向清廷申述，若中国果能保护俄国缘新疆边境之安全，并中国果愿赔偿俄国耗于伊犁之损失，俄国可将伊犁交还中国。于是清廷以崇厚为全权大臣，前往帝俄磋议，时为光绪四年(1878)十月。崇厚至圣彼得堡，受帝俄胁迫，不敢折冲。至次年八月，未得清廷核定，竟擅与帝俄代表缔结条约十八款。所有中国收回伊犁之代价，于赔偿帝俄五百万卢布外，复有关于分界与通商各项，均属帝俄逾分之要求。而于中国所要求交还窜在俄境叛逆一项，则只字不提。而最重大之损失，尤在分界部分，其主要之点，乃将陬尔果斯河西及伊犁山南之帖克斯河，划归帝俄，并将同治三年(1864)议划之界，重行改正。伊犁北部，本已属俄境，今复将西部与南部境内移隶帝俄，自此与天山南路隔绝，注482于是朝野哗然。清廷又诏征宗棠意见，并诫宗棠及时筹备边防。宗棠慷慨陈词：
……道光中叶以后，泰西各国船炮，横行海上，闯入长江，所争者，通商口岸，非利吾土地也。亦谓重洋迢递，彼以客军深入，虽得其地，终无全理。战则势孤，守则费巨，合从之势既成，独据则诲争，分肥则利薄也。中国削平发捻，兵力渐强，制造炮船，已睹成效，彼如思逞，亦有戒心。而渝约称兵，各国商贾先失贸易之利，苟且相安无事，其亦知难而息焉。若夫俄与中国，则陆地相连，仅天山北干，为之间隔。哈萨克、安集延、布鲁特大小部落，从前与准回杂处者，自俄踞伊犁，渐趋而附之，俄已视为己有。若此后蚕食不已，新疆全境，将有日蹙百里之势。而秦陇燕晋边防，且将因之益急。彼时徐议筹边，正恐劳费不可殚言，大局已难覆按也。夫陆路相接，无界限可分，不特异日无以制凭陵，即目前亦苦无结束，不及时整理，坐视边患日深，殊为非计。俄人占踞伊犁之始，谓俟我克复乌鲁木齐、玛纳斯，即当交还，比各军连下各城，并克复南疆，而俄不践言，稳踞如故。方且庇匿叛逆，纵其党类，肆其窥边。……官军追贼，均未越俄界一步，我之守约如彼，彼之违约如此，尚何信义可言！……察俄人用心，殆欲踞伊犁为外府，为占地自广，借以养兵之计，久假不归，布置已有成局。我索旧土，俄取兵费巨资，于俄无损而有益，我得伊犁，只剩一片荒郊，北境一二百里，皆俄属部，孤注万里，何以图存？……武事不竞之秋，有割地求和者矣，兹一矢未闻加遗，乃遽议捐弃要地，餍其所欲。譬犹投犬以骨，骨尽而噬仍不止。目前之患既然，异日之忧何极，此可为叹息痛恨者矣！……臣维俄人自占据伊犁以来，始以官军势弱，欲诳荣全入伊犁，陷之以为质，既见官军势强，难容久踞，乃借词各案以缓之。此次崇厚全权出使，嗾布策先以巽词餂之，枝词惑之，复多方迫促以要之。其意盖以俄于中国，未尝肇起衅端，可间执中国主战者之口，妄忖中国近或厌兵，未便即与决裂，以开边衅；而崇厚全权出使，便宜行事，又可牵制疆臣，免生异议。……当此时事纷纭，主忧臣辱之时，苟心知其危，而复依违其间，欺幽独以负朝廷，耽安便而误大局，臣具有天良，岂宜出此？就时势次第而言，先之以议论，委婉而用机，次决之于战阵，坚忍而求胜。臣虽衰庸无似，敢不勉旃！……注483
一面预作三路进兵之布置。东路严防精河一带，仅取守势，扼俄人自伊犁向东向北纷窜之途径，此路以金顺主之。金顺已有马步一万余，加拨马步一千五百左右，以增实力。中路由阿克苏冰岭之东，沿特克斯河，径取伊犁，并断金顶寺俄人归路，为程一千二百五十里，本商旅往来之道，此路以嵩武军统领张曜主之。张曜驻阿克苏，步队四千五百有奇，马队五百余骑，于增募皖北步队一千名，挑选旧土尔扈马队数百骑外，加拨步队四营、马队一营，统归节制调遣。西路取道乌什，由冰岭之西，径布鲁特游牧地，径指伊犁大城，断俄图援之道，计程一千二百五十里。原为南北换防兵往来捷径，其时则早经禁闭，故更预定，万一难于进兵，则屯兵喀什噶尔外，遥张深入俄境之势，俾时有狼顾之忧，不敢为豨突之举。此路以刘锦棠主之。锦棠在西四城，有马步二十五营旗，计弁丁八千五百七十名，马队一千五百骑，于另拨二千名填补换防缺额外，加调五营，俾利调度。其伊犁东北塔尔巴哈台一带，则调拨土勇一千一百余名，增强防务。注484
时主和主战，议论不一。至光绪六年(1880)闰二月，清廷改派曾纪泽前往帝俄，要求复议。四月中，宗棠由肃州舆榇起行，亲往新疆督师。宗棠方患风疹，痛痒难当，然满怀热情，不能遏止。昔人经营西域，惟恐不能生入玉门关，而宗棠则老当益壮，惟恐不能生出玉门关。五月初，行抵哈密，驻凤凰台，三路进兵之布置，已大体完成，又查得两点：
其一，帝俄增兵分踞伊犁、阿来者，合计不过数千，安设开花后膛炮位，大小不过数十尊。似悉在固守伊犁与纳林河门户，尚未出往日所意料。惟近颇有越界放哨，及越界筑垒之事，似意在挑衅。锦棠、金顺但遣人诘问，未遽加以声色，宗棠益诫以第各谨守防地，毋得轻动。
其二，帝俄就流亡在伊犁之陕回、土回八千人中，挑选精壮三千人为兵，令助俄军防守，而徙其眷属于俄境以为质。宗棠以为此辈皆吾之叛逆，无论为兵为民，须防其东窜，或由巴里坤逾天山而南，以抵哈密一带，或由草地偷越安西州，以达河西，均有使完善地区重受蹂躏可能。因自科布多至古城子，加设哨探，自古城子至巴里坤，至哈密，至安西，至玉门总要路口，加拨防兵，以期随时得讯，随地截阻。
宗棠自带亲兵十一哨，仍在关内调拨马步数营，勤加训练，遇有警报，即可分途策应，迅赴戎机。注485帝俄一面接受纪泽复议，一面扬言驶兵船往东，封锁辽海。才越两月，清廷特诏征宗棠入京。
……左宗棠现已行抵哈密，关外军务，谅经布置周详。现在时事艰难，正须老于兵事之大臣，以备朝廷顾问。左宗棠着来京陛见。一面慎举贤员，堪以督办关外一切事宜者，奏明请旨，俾资接替。……
宗棠自收复南路八城，以锦棠帮办军务，管西四城，驻喀什噶尔，张曜管东四城，驻阿克苏。至是，宗棠奏荐锦棠继任督办，张曜派为帮办，并改以张曜管西四城，移驻喀什噶尔，锦棠管东四城，而驻哈密。宗棠随即启程回省，由省入京。注486时帝俄舰队取道黑海、红海东下，宗棠因捐购水雷二百枚，鱼雷二十枚，助固浙江、福建海防。又传帝俄筑城珲春，兵船至新开河，而乌理雅苏台亦报俄兵近边。于是宗棠先拨亲兵十一哨，旌善马队五起，取道镇番。又调王德榜、刘璈各带所部一营会师中卫，共趋归化城，屯张家口。宗棠自顾衰朽，然以为肩舆督战尚非不可，且欲由山海关出奇兵，取袭珲春，恢复康熙朝失地。注487顾至次年正月，宗棠行抵北京，而纪泽在帝俄交涉已成约，伊犁全部归还中国。惟伊犁分界，虽得取消崇厚草约，而赔偿卢布则由五百万增至九百万，其余分界，中国犹损失土地达九万二千方里之多。白彦虎仍不肯引渡，仅允严加看管，不令侵入中国境界。注488然此次改约，尚获成功，不致决裂，固赖纪泽折冲得法，亦赖宗棠在新疆布置得宜，使帝俄不能不有所顾忌。先是，帝俄代表索斯诺福斯齐等访宗棠于兰州省城，聚谈之顷，宗棠猝问索斯诺福斯齐曰：“设中俄两国开战者，子将以为孰胜？”索斯诺福斯齐曰：“此乃不可思议之事。”曰：“第直言之，不必有所拘忌。”曰：“俄将获胜。”宗棠愕然，以问他俄人，亦以俄将获胜对。注489此番谈话，虽见宗棠之不谙外交礼貌，然自是而俄人却已认识宗棠对俄之敌意，知伊犁交涉，如诚决裂，至少宗棠一人，必主张不惜一战也。故在纪泽交涉进行中，俄方颇留意宗棠行动。如在第十二次(光绪六年〔1880〕十一月初十日)谈话中：
格云：“我风闻左中堂现在进京，恐欲唆使构兵，不知确否。”
曾侯曰：“此系谣传。”
格云：“中鄂两国和好二百余年，若为不值之事，遽而失和，殊属无此情理。”
曾侯曰：“自然。”
格者，俄外务部尚书格尔斯也。又如在第三十一次(十二月十八日)谈话中，纪泽报告，交涉条件，已得清廷批准。于是：
格云：“前接北京来信言，左中堂将欲进京，似有请中国动兵之意，特恐左宗棠到京后，无知之人借势作难，而中国东三省地方，仍然调动兵勇，本国深不放心。今日闻贵爵所告之事，我始放心矣。”
曾侯曰：“此系谣传，不可轻信。外间因左中堂削平回乱，建立大功，遂以为左中堂专好用兵。其实左中堂年逾六旬，老成重望，岂有唆使构兵之理。我说一句老实话，中、鄂两国和好，固无须调左中堂进京；假使中国有用兵之意，则西边正关系紧要，更无调其进京之理也。”
布云：“然则左中堂未曾进京否。”
曾侯曰：“并未进京。总之，中国办事机密，外间不知底细，不免造作言语也。”
布者，俄驻华使臣布策也。又如在第三十三次(十二月二十日)谈话中：
格云：“皇帝谓，有传闻左相奉召入京，务请及早定议，免生枝节。”
曾侯曰：“早定最好，惟左相并无进京之信。”
格云：“凯署使电奏，谓有传闻。”
曾侯曰：“左相是中国大臣，老成重望，诸事明白，断不肯挑生事端。……此次条约，既是两国意见相合，左相亦必喜欢。且他最是明白大体之人，无论其有无进京之说，即使进京，见今日之约，和平商定，亦必喜欢也。”
格云：“前与贵爵亦曾提过，今日之言，系本国皇帝之话。”
曾侯曰：“我请格大臣转奏贵国大皇帝，但请放心，左相必不进京，即使进京，亦断不肯从中作难。我所受者，系本国皇帝电旨，皇帝令我应允，谁敢阻止？”
盖俄亦甚畏决裂用兵，而对宗棠深怀疑惧，故希望早日定议也。至第四十八次谈话(光绪七年〔1881〕正月十七日)，纪泽宣布：
“从前布大人以左中堂一事相问，比时我毫无所闻，故未明白答覆，现在接阅邸钞，始知左宗棠系照例进京陛见，并闻其在陕西过年，西历三月，可抵京师。”注490
按宗棠内召，纪泽必早已知悉，为利用帝俄疑畏心理，故为隐秘，以速交涉之成。此时交涉已妥洽，纪泽乃将宗棠行踪据实报告。宗棠以为：“……疆吏如能持正，使臣尚或有凭借，多说几句硬话。否则依违迁就，在所不免。……”是纪泽尝劝宗棠勿主战，然宗棠之主战，确有助纪泽之交涉也。注491