同治二年(1863)十月，甘肃、宁夏汉回互斗，兵备道侯登云团练汉民备之，将军庆瑞惑抚议，奏劾登云，勒团缴械。于是回夜袭府城，陷之，登云遇害，汉民屠戮无遗，灵州回继起陷州城，并掠宁夏满城。注317
先是陇东回目有穆大阿浑者，居灵州之金积堡，传习新教，教中推为大善人。临死，以其常服之白帽红衣，传于其同教至友马二之子马化隆，令其众归马化隆管束。马化隆乃雄视一方，自称总大阿浑，至是兼据宁、灵两城。同治四年(1865)五月，曹克忠、雷正绾会同进攻金积堡，均以粮运不继，相率溃退。剿既无成，穆图善乃壹主于抚。马化隆亦输金米归诚，穆图善深信之，且畀以招抚各地诸回之任，为改名马朝清，先后奏准赏加副将衔、提督衔，此同治五年至七年间(1866—1868)事也。注318
马化隆益修筑堡寨，购马，造军械，与河州、西宁、肃州诸回，息息相通，尤与董志原陕回相勾结。陕回战败，资以马械，陕回饥荒，济以粮食。左宗棠既下董志原，陕回遁金积堡，马化隆收容之。于是穆图善认马化隆之受抚为可信，而宗棠即指陈上述诸点，以为居心叵测。宗棠认定欲肃清甘肃，非先消灭马化隆与金积堡不可。然马化隆以新教惑众敛钱，侵占汉民产业、妇女，宁灵数百里间，搜括一空。又据灵州膏腴，物产丰盈，擅有盐茶之利，在西北各省及蒙古诸部，开设店铺，获利颇巨，且分布夥友，交结当地回民、洋商，借以探听衙门消息。如宗棠自直隶返旆，以及老湘军等自河南入山西，各处回商皆先驰报马化隆。而金积堡当秦、汉两渠间，扼黄河之要，地形绝险。堡城周九里有奇，高近四丈，身厚约三丈，堡中有堡，号为王城，其高厚亦如之，中间墙壁纵横，仿大城包小城式为之，渠水环复，尺寸皆坚。而东自吴忠堡至灵州，尚共有堡寨四百五十余所，西自洪乐老马家堡至峡口张恩堡，亦尚有堡寨关卡一百二十余所。其为人之阴狠、富厚与神通而难制既如彼，其为地之险阻与坚强而难克又如此，故殊非可以一蹴而倾覆之也。注319
同治八年(1869)五月，宗棠开始策画进攻金积堡，规复宁灵。以刘松山一军，由陕西清涧，向西进定边花马池；金顺、张曜两军由陕西边外，向西进磴口，更向南进宁夏；雷正绾、黄鼎两军，由泾州向西北进平凉、固原。马化隆亦嗾陕回分三道窜扰，向东窜花马池、定边等处，向北向东窜阿拉善、乌拉特、鄂尔多斯各蒙旗，向南窜预望城、黑城子等处，隐为抵制。宗棠又以李耀南、吴士迈两军，由汧阳、陇州，分出清水、宝鸡，共指秦州，以达巩昌，固官军之后路，作规复河湟之先驱。以魏光焘、周绍濂、张福齐、丁贤发、周兰亭等军，分屯庆阳、合水、宁州、正宁、萧金镇一带，策应东西。马德顺、简敬临等军，暂驻灵台，策应南北。八月，宗棠自率亲兵进驻泾州瓦云驿，泾州，郭子仪单骑见回纥处也。十一月，又进驻平凉，始接受穆图善移交陕甘总督关防。平凉、庆阳、泾州、固原四府州之地势，北通宁灵，南达秦巩，居陕甘之中，实两省孔道。自唐以来，久称重镇，关陇用兵，未有不从此着手者也。今宗棠亦在泾平两地，指挥军事，为平定甘肃之初步。而如上述之布置，就向西规复河湟言，则刘松山等为北路，李耀南等为南路，宗棠为中路。就北向规复宁灵言，则松山等为东路，金顺等为西路，宗棠亦为中路。更就规复河湟言，则宁灵为后路。就规复河湟言，则秦巩为后路。故欲规复宁灵，必顾及秦巩，而欲规复河湟，必先清宁灵，此尤宗棠所持之方略也。注320
陕甘之变，回民作乱，汉民为匪。陇东之匪，有流窜陕西北山者，如董福祥，如扈彰，前已言之。有盘踞平凉一带者，则为孙百万，为张贵。孙百万，镇原人，与其弟孙百智，聚众数千，作恶惨甚于回。张贵，盐茶厅人，号刚八，其党侯应德，共踞静宁之水洛城，庄浪之威戎堡，与孙百万兄弟，遥相勾结。先已就抚于穆图善，已而复叛，扰害会宁、通渭、秦安，众至二十有八营，攻陷民堡百余所，此皆为进兵宁灵之障碍。宗棠用兵，首保后路安全，故往者攻董志原，先平董扈，今者攻金积堡，亦先平孙、张，授命黄鼎等，以计擒斩孙百万兄弟，以兵克威戎堡、水洛城。张贵、侯应德走会宁，卒降之。自余零星土匪，亦逐步诛夷净尽。注321
宗棠进攻金积堡之师，虽有数路，而以松山之老湘军为主力。并由东路首先发动，宗棠指示松山，自绥德西北，向定边、花马池移动，名为剿除从董志原逸出盘踞彼处之陕回，实注意于马化隆之行动，及其与陕回离合之踪迹。盖此时之马化隆，名义上已受抚，为良回，苟无反叛行动，自未可轻率剿办也。于是松山抵定边后，先办定军粮，至花马池后，更小作停顿。已而侦知陕回确已窜入金积诸堡，与甘回杂处。遂于七月杪，由花马池整队西行，抵磁窑。马化隆为掩饰其收容陕回之迹，转讼言陕回侵占甘回庄宅。松山亦姑不指斥其收容陕回之罪，仅谕以此来专剿有罪之陕回，其已受抚之甘回，应各照常安居，无自惊动。并令甘回各自左肩至右胁，斜系草绳，以便识别。于是复历甜水河、郭家桥、下桥、永宁洞，而达吴忠堡。每抵一处，马化隆阳引陕回为拒，而阴以甘回为助。马化隆始犹轻视官军，至郭家桥之役，一日间，被击破回庄二十余所。又见所恃为险阻之永宁洞，为官军所扼，乃稍恐怖。永宁洞者，秦、汉两渠流入黄河之水口也。顾仍不甘遽戢野心，竟决秦渠水，阻金积堡自固，嗾灵州甘回踞州城，夺官军饷银，复出精兵，资陕回，拒吴忠堡，反状益露。同时，宁夏降回复行叛变，显然亦受马化隆之指使。幸经张曜、金顺分投严剿，旋即敉平。松山当以马化隆行动，具言于宗棠，益节节进剿，随收复灵州城。马化隆亦益筑垒浚壕，为战守之备。一面近呼宁安堡、四百户、黑城子、半角城等处陕回，远召河州、狄道、西宁等处甘回，四出牵缀官军。一面决秦渠、山水沟、马莲诸水，灌进攻官军。每一计不得逞，则代陕回乞抚，而始终不肯呈缴马械，或姑以瘦马朽械塞责，或谓必俟官军先撤退，然后呈缴。十月，宗棠所遣雷正绾、黄鼎、周兰亭、简敬临诸军，在平固一带，一面剿击响应马化隆之诸回，一面乘胜北上，直抵金积堡之南。十一月，宗棠所调金运昌之卓胜军，亦由绥榆一面护持军运，一面向西推进，到达灵州之南。至张曜、金顺两军，则先已在河西布防完妥，官军渐形成包围之局面，此为进攻金积堡之第一时期。注322
金积堡环境既日蹙，军实亦日匮，于是自同治八年(1869)十二月以后，诸回于拒战而外，益以分起出窜求生路。或抢盐，或抢粮，或抢军火，或捣乱官军后方，截阻官军转运，浸至侵入陕西，扩大其滋扰之面积。则有由惠安堡、庆阳一带入陕者，窜及西安、同州、凤翔各属。惠安堡为陇东食盐之集散地。有由花马池一带，或蒙古草地入陕者，陷定边、安定，扑宁条梁、安边堡、镇靖堡，窜及延安、榆林、绥德各属。宁条梁、安边堡、镇靖堡，为老湘军、卓胜军存放粮食军火最多之地。在陇南方面，河州、狄道之回窜巩昌、秦州各属，亦入陕以及于西安、凤翔各属。其结果虽皆退败甘境，顾甘陕之间，已大为震动，且影响山西之河防与边防。此一纷乱之局势，绵延至同治九年(1870)四五月间。而官军在正月中又叠遭两大不幸事件。一为老湘军进击马王寨，寨坚，不遽克，松山亲临寨前督战，寨中飞炮中松山胸部，受伤堕马，旋卒于军。一为雷、黄诸军筑堡青铜峡口未成，竟为马化隆所夺，失一天险。雷、黄诸军一退鸣沙洲，再退固原，消息传至河西、宁夏，回又逞逞动。是为进攻金积堡之第二时期，官军颇失利。注323
松山阵亡之耗，报至宗棠，宗棠命松山侄锦棠接统老湘军，并指示必不得已时退守机宜。锦棠与所部共挟报仇雪耻之心，作战弥烈，所向披靡，连拔杜家、王洪连、郭家、马家诸坚寨。老湘军、卓胜军粮路枢纽，东在通榆林之花马池，西在通宁夏之叶升堡，马化隆屡以悍回断之，皆为官军报以致命之打击。马化隆又决渠水灌官军，官军亦决渠水灌之。于是东路之师复振。中路由固原进金积堡，本以马家河湾为总要，韦州堡为间道，而两处回目马忠海、苏兆明，表面已受抚，实际仍与马化隆勾结，允为官军心腹之患。至是，捣彼巢穴，诛厥渠魁，足保运道而扼奔冲。于是至七月而雷、黄诸军夺回峡口，中路之师重与东路之师相会，构成包围之形势，是为进攻金积堡之第三时期。注324
已而所有环金积堡各寨垒，均被摧毁，惟金积堡及附近三数寨，坚不可拔。乃环堡浚壕二道，一御堡内窜出之回，一御堡外来援之回。壕阔三丈，深一丈，更于壕边垒土为堤，高亦一丈，匀拨各营防守正隅，分布锁围，堡内外飞走绝迹。其河中马家滩诸堡寨，同时渡水攻拔。马化隆虽仍号召河州等处甘陕回赴援，固缘沿路被官军击散，无由到达，即到达，亦无由入金积堡。久之，堡中甘回饥困不堪，马化隆悉驱陕回堡外。宗棠度其势已离，遣已降陕回招之，先后来投者数百名。十一月初，董志原回目陈林等率老弱回民八千人，跪壕外求抚，宗棠均命受之。马化隆见大势已去，更因陈林求抚，宗棠勒令先呈缴马械，平毁堡寨。事已，马化隆只身自诣军前请罪。其时，河西王家疃各堡未下，宗棠料非力攻所可骤得，姑留马化隆令招降之。及王家疃等诸回归诚，乃以同治十年(1871)正月磔马化隆及他渠魁以徇。由是宁灵悉定。清廷论功行赏，宗棠得加一骑都尉世职。注325
马化隆先于乞降时，缴纳骡马九百五十九匹，枪矛一百五十件，枪械一千七十件。最后降时，令其子缴纳车轮大铜炮四尊，九节藜炮四尊，威远炮二十八尊，劈山炮二十尊，鸟枪一千三十杆，抬枪二百九十三杆，刀矛二千四百十八件，洋枪一百八十杆，火药五篓，铅子七百斤，硝磺二百九十斤，金银铜钱合银十九万两有奇。嗣又于堡内掘得洋枪一千二百有奇，注326其武力与财力，可见一斑。故此次战事，确非等闲，至今覆按当日经过情形，当为宗棠毕生所最感艰难与痛苦。其一为与穆图善等意见参差，形成冲突。马化隆为穆图善所抚，穆图善始终信其不贰。宗棠既下董志原，马化隆代陕回乞抚，宗棠本窥见马化隆之阴狡，然犹在试其真诚与否，以定或剿或抚。而穆图善遽奏遣河州镇总兵胡昌会率同马化隆安抚，清廷竟许之。及马化隆嗾灵州甘回据城叛，逆迹原已昭著，而绥远城将军定安遽上急奏，谓松山轻进，滥杀激变。清廷大疑，事下穆图善查覆。而穆图善仍坚称马化隆实已抚良回，松山激成事端。宗棠虽剀切陈明马化隆之决不可恃，松山之决可信，而终无以间执人口。及破马家寨，搜获马化隆给所谓参领马三、吴天德、杨长春令纠党抗拒官军札一件，竟署衔统领宁郡两河等处地方军机事务大总戎，钤以印信。盖马化隆从前名虽就抚，实仍以其新教部勒甘回，自成一类。久之，老教亦被其胁服，均尊之为主。自称为吾唡目，即回语谓奴才也。其私授伪官，有参领，协领等名。其自称为大总戎，称官军为敌人，至是皆得铁证。宗棠执此奏闻，清廷方信马化隆狂悖之情，而认其求抚为殊难凭信，严令迅图扫荡，不得轻率收抚。注327其二，为军事中途之挫折，招致反对者之口实。南人西征，本一般人所认为非宜，更有一部分人，重淮军而轻楚军，认为宗棠不能完成西征使命。正当诸回乱窜陕西之时，又值松山阵亡，峡口失守，于是朝野议论益纷纭。会李鸿章调湖广总督，督淮军援贵州剿匪，乃有人直请以鸿章代宗棠，而调宗棠入黔。清廷虽仍以西事责成宗棠，而亦调鸿章以督办陕西军务名义，移淮军入关绥靖。及鸿章抵潼关，而陕境已安定。会天津教案发生，鸿章奉命折回，又以刘铭传继任督办陕西军务。铭传驻乾州有年，军报于宗棠，不无微词，坐是构成嫌隙。注328其三，清廷以师久无功，对于宗棠颇有无情之责备。进攻金积堡，开始于同治八年(1869)七月，初以为短期内可望结束，不意迁延年余，收复无期。九年(1870)九月，清廷乃有下列之严旨：
陕甘回匪滋事以来，朝廷轸念西陲，大伸挞伐，特命左宗棠为钦差大臣，督兵剿贼。厚集兵力，宽予期限，计每岁拨用饷银，不下八百余万两，该大臣于行军筹饷事宜，有所陈奏，无不立见施行，倚畀不为不重。乃自抵甘以后，虽据叠报胜仗，总未能痛扫贼氛，致金积堡一隅之地，至今日久未下，逆首稽诛，军务安有了期。竭东南数省脂膏，以供西征军实，似此年复一年，费此巨帑，岂能日久支持。该大臣扪心自问，其何以对朝廷。即着左宗棠振刷精神，严檄各军，实力剿办。该大臣前奏金积堡贼势已蹙，似不日即可攻克，北路肃清后，河狄一带贼踪，亦宜以次歼除，务当克期蒇事，毋得再事迁延，致干咎戾。……
至十一月，复有诏诘责，略谓：“金积堡贼势已蹙，何以日久未见成功，糜饷劳师，该大臣难辞其咎。若再不振刷精神，迅图攻拔，致以一隅之地，牵掣兵力，耗费饷需，大局何堪设想。”注329故金积堡既下，宗棠家书与其子云：
金积堡锁围久合，马化隆只身就擒，若论敷衍了事，亦可结局。然此贼谋逆日久，蓄机甚深，此时若稍松手，将来仍是西北隐患。且戎狄之患，最难收拾，惟本朝都燕，以九边为肩背，尤不宜少留根荄，重为异日之忧。不比陕回由积衅私斗起事，尚可网开一面也。度陇以来，先注意于此，虽同事之牵掣，异己之阻扰，及朝廷之训饬，皆所不敢屈，幸如此了结，寸心乃安。若论其事之难，则赵元昊始终为宋患，河套为明患。我圣祖之征准部，抚定蒙古而众建之，一时名臣名将所绸缪，其计划亦无以逾此。姑为儿等言之，俾知事业未可幸成，未出任事以前，当苦心读书，既任事以后，当置身家性命于度外，乃可望有成就，吁！岂易言哉！注330
虽为训子之言，亦自道其实也。嗣又奏陈清廷云：
……逆回马化隆，踞金积奥区，倡行新教，煽惑愚民，久怀不轨之心。世济其恶，以逆案言之，则乾隆四十五年(1780)、四十九年(1784)以后第三案。以舆地考之，则唐之灵武，宋之西夏，明之河套，皆其故土也。然从前马明心、苏四十三、田五等逆案发觉，当国家全盛之时，逆节初萌，即行扑灭。此则蓄异谋者三世，根柢盘深，蔓延各边塞，势焰弥广，于斯而言诛夷迁徙，事体较难。宋于元昊，经营将及百年，未能得其要领。明于河套，被扰数十年，祸结兵连，虽屡僇将帅，而患仍未熄，其地之险可知。唐时安禄山之变，肃宗即位灵武，郭子仪、李光弼用灵武之众，扫除长安宫阙，其地户之强可想。此次由晋渡河，历绥、延属境，径抵吴忠堡，正当河套全境，亦西夏故墟。先平土匪十数万，继坚堡五百余，而为时仅止一年有余。南军用之于北，与汉李陵提荆湖步卒五千，北击匈奴，均古今不常见之事。昔唐中叶，用灵武之军，平朔方之贼，此更卷南方之甲，平西北之戎，尤为变局。北路、中路诸军于时艰饷绌时，愈战愈奋，虽死伤山积，屡失大将，人心震骇，坚定不摇，卒能拔除隐患，建此殊功。……
更为能道其实，非虚夸也。注331