同治七年(1868)七月，左宗棠奉召入觐，赐紫禁城骑马。注281宗棠以举人赏京卿，峻擢督抚，前此固未尝在京服官，故殿廷瞻对，此犹为第一次。时庙堂谕宗棠迅速西征，并询以陕甘变乱，何时可定。宗棠念陕甘之事，筹饷难于筹兵，筹粮难于筹饷，筹转运尤难于筹粮，非二三年所能为功，则对以五年为期。注282退后复数陈困难之情形凡八：
……地方荒瘠，物产非饶，一也；
舟楫不通，懋迁不便，二也；
各省虽遭捻逆、发逆之害，然或旋扰旋复，或腴区被扰，瘠地犹得保全，或冲途被扰，僻乡犹能自固。陕甘则汉回错处，互相仇杀，六七年来，并无宁宇，新畴已废，旧藏旋空，搜掠既频，避移无所，三也；
变乱以来，汉回人民，死亡大半，牲畜掠食鲜存，种艺既乏壮丁，耕垦并少牛马，生谷无资，利源遂塞，四也；
兵勇饷数，各省虽赢缩不同，然日食所需，尚易点缀，以粮价平减，购致非难也。陕甘则食物翔贵，数倍他方，兵勇日啖细粮二斤，即需银一钱有奇，即按日给予实银，一饱之外，并无存留，盐菜衣履，复将安出，五也；
各省地丁、钱粮之外，均有牙厘杂税，捐输各项，勉供挹注。陕西厘税，每年尚可得十万两内外，甘省则并此无之。捐输则两省均难筹办，军兴既久，公私交困，六也；
各省转运，虽极繁重，然陆有车驮，水有舟楫，又有民夫，足供雇运。陕甘则山径荦角，沙碛荒远，所恃以转馈者，惟驮与夫。驮则骡马难供，夫则雇觅不出，且粮糗麸料，事事艰难，劳费倍常，七也；
用兵之道，剿抚兼施，抚之为难，犹甚于剿。剿者，战胜之后，别无筹画。抚则受降之后，更费绸缪。各省受降，惟筹给资遣散，令其各归原籍而已。陕甘则衅由内作，汉回皆是土著，散遣无归，非筹安插之地，给牲畜、籽种不可。其未及安插之先，非酌筹口食之资不可，用费浩繁，难以数计，八也……。注283
然此五年之期，在上者望治情殷，犹以为久，而在野者深知其事之艰巨，犹以为骄。注284
前已述之，宗棠在直东追剿西捻时期，留刘典在陕，主持剿土匪、“剿回”。清廷又以金顺为宁夏将军，驻陕北边外，协同防剿，故西捻平而陕境变乱亦已稍戢。于是宗棠展觐既毕，即于八月出京，十一月抵陕，准备完成其最初“平回”之使命。注285然对回之剿抚，意见颇有参差。如署陕甘总督穆图善，西宁办事大臣玉通，均主抚不主剿，以为剿益激变。宗棠则奏陈其先剿后抚之主张：
……自来办贼之法，剿抚兼施。然回性犬羊，知畏威而不怀德，办理次第，与他贼正有不同。办他贼，先剿后抚，办回则必以抚为先。盖回之所借为乱端者，汉与回有异视也。非宣布朝廷德意，不分良匪，不分汉回，则贼有辞以胁其党众，将剿不胜剿。然若一于主抚，贼必以抚愚我，阴集其党众，蚕食汉民，又将抚不可抚。窃恐渐渍既久，势不至如云南抚回，为回所制不止。臣前疏所言，攻心为上者，窃以为大局虽终归于抚，然非俟其畏剿之极，诚心乞抚，则未可漫然允之。……注286
按宗棠先尝有谕回告示，声明西征目的，不分汉回，只分良匪，期与西土百姓相见以诚，并将应抚良民，应剿匪回，分别列举，俾自别白：注287
应抚良回：
回匪倡乱之时，有深明大义，洁身远避，并晓示族党，俾知安分守法，不与同乱者，此良回之尤良也。非但妥为安辑，并请旌奖，以示优异。
其衣冠世族，富饶之家，及素安本分，有声望者，被匪徒以同教迫胁，令其充当头目，迨久负恶名，自恐难邀宽宥，不能不隐忍偷生，此辈罪虽可诛，情亦可悯，准其自拔来归，免其治罪，更能缚献著名匪回，并酌给奖赏。
其平日实系良善，与汉民素无嫌隙者，准取汉民保结，免其治罪。其久怀反正，无以自明者，或缚献匪回，或临阵作为内应，均免治罪。
其能导引官军剿捕首逆者，免其治罪，并酌给奖赏。尽缴马械投诚者，免其治罪。
以上良回及悔罪自新回民，来归后，各给予良民牌票，拊循安集，俾其得所，不准汉民欺凌。如汉民仍敢仇杀，即将汉民照故杀律抵罪，该回民仍当告官论理，不得寻仇斗杀，再启衅端。
应剿匪回：
攻毁城邑、村庄者。
纠众抗拒官军者。
勾通匪盗，肆行焚杀者。
抢夺官军粮械者。
暗布谣言，煽惑回民者。
纠众焚杀，借称报旧仇者。
藏匿匪回，潜出焚杀者。
自知罪大恶极，先杀其家小者。
诈降者。
就抚之后，仍供应匪回粮草、马械，暗与匪通者。
以上所犯情节，形同叛逆，怙恶不悛，应即剿办。
至是更有谕汉回民示：
大军西征，由秦趋陇，杀贼安民，良善无恐。匪盗纵横，害吾赤子，剿绝其命，良非得已。多杀非仁，轻恕伤勇，诛止元恶，鉏必非种。凡厥平民，被贼裹胁，归诚免死，禁止剽劫。汉回仇杀，事起细微，汉既惨矣，回亦无归。帝曰汉回，皆吾民也。匪人必诛，宥其良者，使者用兵，仁义节制，用剿用抚，何威何惠。告谕吾民，俾晓吾意，勿比匪人，以死为戏。大军所至，如雷如霆，近扫郊甸，远征不庭。
盖谓回民入居中土，由来已久，欲举其种而灭之，无此理，亦无此事。相传此示发布后，“帝曰汉回，皆吾民也”两句，回民读之，亦为感泣。注288至宗棠当时西征方略，可引事前后之奏报说明之。同治六年(1867)正月，宗棠由福州省城，驰抵汉口，报告筹办情形有曰：
……方今所患者，捻匪、回逆耳。以地形论，中原为重，关陇为轻。以平贼论，剿捻宜急，剿回宜缓。以用兵次第论，欲靖西陲，必先清腹地。……是故进兵陕西，必先清关外之贼。进兵甘肃，必先清陕西之贼。驻兵兰州，必先清各路之贼，然后饷道常通，师行无梗，得以壹意进剿，可免牵制之虞。……注289
故其后宗棠督军入陕，即一路截击流窜之捻。及西捻渡河，又不惜回师长征，必俟捻股扑灭，山西、河南肃清，然后专事“剿回”。宗棠逐步进取，不务近功，虽为陕甘总督，不急急于莅任。盖惩于杨岳斌往事，不先将东路打通，贸然直入兰州省城，以致饷粮常虞不继，一筹莫展也。注290迨关陇底定，宗棠又报告经过情形有曰：
……七年(1868)十月，师旋，调各军，一由河南取道山西，渡河入陕，穿绥德、榆林各属境，便道先扫北山土匪。事定，径捣甘肃宁夏、灵州回巢。一剿陕西北山回逆，一由固原北进，搜剿甘肃北山回逆，剪除巨逆羽翼，会灵夏之师，夹攻金积诸坚堡，陕境肃清。
臣率师度陇，由泾州进平凉，驻中路。一调南路各军，由秦州、巩昌，进剿扼河州、狄道之贼。一调臣部马步各军，渡洮，进河州，与南路之师会剿。一调北路之军，由凉(州)、甘(州)捣肃州。一调中路之军，由平番、碾伯横扫西宁踞逆。而中路、北路、南路，各留防军，择要分驻镇压，关陇全境，次第肃清。……注291
五年后之事功，盖正与五年前之计划相符。综其战绩之荦荦大者，一为平定镇靖堡，一为平定董志原，一为平定金积堡，一为平定河州，一为平定西宁，一为平定肃州，余可略而不论。