左宗棠为闽浙总督之第四年，方竭力整饬吏治、财政、军制，忽奉命调任陕甘总督，将负责绥靖甘肃境内汉回相仇之变乱。同治五年(1866)十一月，宗棠去福州省城，取道江西、湖北，遄赴新任，所谓“直从瓯海指黄河，万里行程枕席过”者，正足为此征途写照。途次，复奉命促先督剿西捻，并肃清陕境，然后乘胜入甘。注267
何为捻？《湘军志》有曰：
……捻之为寇，盖始于山东，游民相聚有拜幅，有拜捻，盖始于康熙时。其后捻日益多，淮徐之间，因以一聚为一捻，或曰，其党明火劫人，捻纸燃脂，因谓之捻，莫知其本所由也。……注268
《湘军记》亦有曰：
捻之患，不知其所自始，或曰乡民行傩逐疫，裹脂燃膏为龙戏，谓之捻。其后报仇吓财，掠人勒赎，浸淫为寇盗，或数人为一捻，或数十百人为一捻，白昼行劫，名曰定钉。山东之兖、沂、曹，河南之南、汝、光、归，江苏之徐、淮，直隶之大名，安徽之庐、凤、颍、寿，承平时在在有之。……注269
按陶澍在嘉庆十九年(1814)十二月为御史时，有一封奏，略谓：
……安徽之庐、凤、颍、亳，河南之南、汝、光、陈等处，向有匪徒，名曰红胡子。原系白莲教匪漏网之人，间出偷窃，身带小刀，为防身之具，人以其凶猛，故取戏剧中好勇斗狠，面挂红胡者名之。然匪徒闻之，犹以为怒也。近则居之不疑，成群结队，白昼横行，每一股，谓之一捻子。一小捻子数人、数十人，大捻子一二百人不等。恃有羽翼，或劫人资财，或抢人妻女，或当街临市而喝人脱去衣裳，且剜人眼睛，谓之灭灯；刀扼人颈项，谓之禁声；据险扼隘，突起抢夺，谓之打闷棍；皆以伙群日众，故尔肆行无忌。……注270
对于捻，更有详细之描写，捻之一名词，虽难得确解，而其散布之地区，与夫发展之历史，固已信而有征。
咸丰三年(1853)，捻首张洛行称兵于安徽涡阳之雉河集。太平天国既立，与通声气，封为沃王。后为僧格林沁所擒，其从子小阎王张总愚走山东，与太平天国遵王赖文光等结合，气焰仍炽。嗣僧格林沁阵亡，而太平军于江宁省城被攻克复散而之北者，多并入于捻，势益不可遏。迭由曾国藩、李鸿章等移湘淮军攻剿，均未奏效。同治五年(1866)八月，捻合趋中牟，复犯曹州，淮军要之巨野北，大破之。九月，捻南奔杞县，分两股东西走，由是有东西捻之目。任柱领东捻，赖文光附之，略山东。张总愚领西捻，入陕西注271。宗棠奉命督剿之西捻，即张总愚所领一股也。
何谓陕甘汉回相仇之变乱？回居陕甘，远溯隋唐，其中心在陕为大荔，为渭南；在甘为宁夏，为河州。因种族、宗教、风俗及生活习惯与汉人在在不同，每相仇杀。此次之变乱，有如下述：
同治元年(1862)二月，太平天国将陈得才合捻叩武关。时捻未分东西也。三月，蓝大顺犯汉中。蓝，四川寇，而亦与陈得才勾结者也。陕境制兵，因调征在外，实力甚虚，于是议团练回人。四月，渭南回始受募为勇丁，任防御。乃闻警则皆散，有中道伐汉人家竹作矛者，被物主击毙其二人。于是议纠同族复仇，汉人亦集众图先发，回遂徙之渭北。会有咸丰五、六年(1856—1857)间在云南作乱之赫明堂、任五，潜匿大荔一带，阴肆煽诱。汉人侦知其且发难，将屠之。回佯与和而猝起戕杀。于是华阴、耀州、富平汉人，亦起而焚杀回民村堡及礼拜堂。回更戕团练大臣张芾与诸团练委员。五月，同州汉人屠城内回户，焚杀西安省城附近回人村落。七月，凤翔回亦肆杀汉人。由是到处仇杀，而回民势强，乱遍全陕。注272清廷命多隆阿移师督剿，未即至。又命成明、胜保先入陕。成明初接仗，即大败，胜保先胜后挫，且肆贪残，清廷乃又促多隆阿继之。多隆阿沿途击破陈得才与捻。入陕后，复屡破回，回事渐定矣。而蓝大顺犹寇陕南未已，且侵入甘肃之阶州等处。清廷以陕西巡抚瑛棨取巧畏事，擢四川布政使刘蓉继其任。蓉以湘军在川剿蓝大顺、石达开著绩，故清廷令先肃清陕南。蓝大顺遂窜盩厔，窥西安省城。多隆阿亲往围攻，寇枪子中其目，于是盩厔城破而多隆阿亦以伤重卒，回氛重炽。经刘蓉及多隆阿部将继续扫荡，复将平定。而五年(1866)十月，西捻首张总愚拥众入潼关，直逼西安省城。时乔松年继刘蓉为陕西巡抚，而刘蓉仍留助军务。十一月，击之城南，三十余营，全军覆没，回更与捻合，此陕回之变也。注273
同治元年(1862)八月，甘肃固原回始叛。十月，河州、金积、狄道回继之。十二月，平凉汉回相屠杀，汉人更掘回教首领墓，此固回民呼为拱拜，认为神圣不可侵犯者，益视汉人为不共戴天之仇，怨恨莫解。三年(1863)五月西宁回叛。九月，金积回陷宁夏府城、灵州城。三年(1864)三月，庆阳府城亦陷。四年(1865)二月，肃州汉回又相仇杀，回陷州城，凉州、甘州回亦叛，乱遍全甘。兰州省城与西安省城间，仅秦州一路可通，与关外新疆，更音讯阻绝。陕甘总督熙龄驻陇东督剿，畏葸无能。甘肃布政使恩麟护总督，留兰州省城，与宁夏将军庆瑞、西宁办事大臣玉通，对回均一味羁縻，回则屡抚屡叛，势焰弥张。清廷乃以杨岳斌继陕甘总督，督湘军驰剿。时多隆阿部将穆图善、雷正绾、曹克忠等亦先后入甘攻取，始稍奏绩，嗣均作败局，所部多溃散。岳斌入甘后，亦受粮饷不给之厄，师久无功，浸至督标兵变，威望大损，甘回更与陕回合，回祸靡有已时，此甘回之变也。注274
刘蓉、杨岳斌之湘军既先后挫损，清廷因复调左宗棠之楚军往。时陈得才之太平军已却退，蓝大顺之党亦击散。而甘肃土匪四作，且流入陕西，亦与回、西捻，时合时离，此外溃军、饥民，以及汉人之奉回教者，又夹杂其间，构成一片离乱世界。
同治六年(1867)正月，宗棠行抵汉口，驻军后湖，又被授为钦差大臣。湖广总督官文，适为湖北巡抚曾国荃所劾罢，清廷遂命即以官之所遗钦差大臣关防，授与宗棠。时东捻由山东回窜河南、湖北，而在陕西之西捻，则已为曾国藩所遣刘松山之老湘军等十七营驱之渭河以北。山西按察使陈湜主黄河之防，晋陕间水陆数千人，清廷命宗棠节制其军。宗棠所部随行者，仅三千人，此外命刘典募旧部三千人，至是，见贼踪蔓延甚广，请加募六千人。而宗棠尝谓“塞上用兵，制寇之步宜用马，制寇之马宜用车”。因更一面募练马队，一面创制炮车。二月间，部署既定，先后分三路入陕。宗棠自统楚军，由樊城趋潼关；刘典部克勇，取道荆紫关，出蓝田；高连升部果勇，由襄阳溯汉水，至旬阳登陆，以顾兴安与汉中。惟宗棠因沿途拦击东捻，觅雇运输工具困难，又天热多雨，故抵潼关已在六月间。刘典先抵蓝田，连升续抵旬阳。岳斌先奉准解职，由宁夏将军穆图善兼署陕甘总督。注275
西捻既被驱至渭北，盘旋于蒲城、富平、高陵、渭南之间。宗棠之战略，将限之于泾、洛二水之间而歼灭之，不容其南窜入河南或湖北，与东捻合，并不容其渡河入山西，危及畿疆。惟同时甘肃之回，乘机趋陕西之西、北两边，而陕西之回，亦有向西而趋者，并与土匪勾结，声势均甚盛。宗棠西征最初之使命，本为“剿回”，因西捻既入陕，势不能不先剿捻。然欲先剿捻而不容其东窜山西，南窜河南、湖北，则又势在迫之西驰而与回合，故仍须分军“剿回”。于时刘松山统万余人，郭宝昌统卓胜军三千人，刘厚基统三千人，原在剿捻，则仍责以剿捻，而指刘典所部五千人，分驻同官、耀州、三水，责以剿土回各匪。连升所部五千人，本以共同剿捻，而为回牵于宜君一带，遂即责以“剿回”。黄鼎所部彝军三千人，屯邠州，亦专任“剿回”。别以楚军杨和贵、周金品三千余人屯凤翔，周绍濂三千余人屯宜君。另亲兵营三千余人，水师一千人，马队一千余人，分布华州、华阴、潼关、渭南、临潼之间，均责以兼讨捻回。对于渭河沿岸，则令吴士迈以宗岳军一千余人防之。其黄河对岸，分为三段，自归绥至河曲保德州，为西北岸；自保德州至永济，为西岸；自永济至垣曲，为南岸。西岸仍责陈湜防守，西北岸请大同镇拨兵协防，而受陈湜节制。并以寒冬且至，冰桥将成，山西河防过弱，又请增募八营。南岸则请河南巡抚拨兵船防守。然回由西而东，凡千里，捻由南而北，亦千里，用兵颇困难。仅就捻言，先截之泾水，旋逼之北山，既在后追剿，更迎头绕击，均未克大捷。驯至延川、绥德两城，一陷再陷，宗棠自请处分，部议革职，优旨留任。已而厚基复延川，松山复绥德，刘典、连升频破回于宜君，稍稍见功。乃一夕南风骤起，黄河冰桥成，张总愚突由壶口渡河而东，惟张总愚初入陕有众六万，此时则已约剩三万矣。注276
同治六年(1867)十一月二十三日五鼓，张总愚入山西，连陷吉州、乡宁二城。宗棠命松山、宝昌追踪而往。刘、郭两军风驰电掣，次日即抵渡口，诸捻犹有未渡者，先击散之。于是全师而济，攻复吉州城，追退陷踞乡宁之捻，复驰赴洪洞一带，绕出捻前，大破其众。捻窜河津、稷山两城，刘郭两军又一击而围解。捻复走闻喜、曲沃、绛县。宗棠加派喜昌、全福，共带马队一千七百，由潼关而渡，取道泽州、潞安，绕出捻前，冀与刘、郭两军合歼之于山西与河南之交。一面宗棠筹备亲往指挥，命帮办陕甘军务刘典代主陕境军事。嗣开缺陕西巡抚乔松年，刘典遂继其任。十二月中，宗棠督所部约五千人，亦由潼关渡，然张总愚已先数日由垣曲而东，折入河南之济源。宗棠察其趋势，必铤走直隶，上侵畿辅，决计先趱程北行，然后向南驱逐。捻果由济源迤东至新乡，更长驱入直，以达定州，并以游骑犯保定。幸松山先期抵达，已有戒备，未被深入。于是山西境内肃清，而严重之局势转移于直隶、河南之间。已而宗棠行抵获鹿，奉诏节制宋庆、张曜、程文炳等前敌诸军。注277
张总愚之始犯保定也，朝野大震，清廷为出神机营屯涿州。而此时清廷所简督师大员，凡为内大臣三，总督一，巡抚三，侍郎二，将军一，号令颇不齐，于是又以恭亲王节制各军。宗棠进至保定，适官文为直隶总督，两人本积不相能，而相见之下，宗棠以为官文有地方之责，不宜出境。彼年龄又少官文十七岁，当商请官文坐镇保定，由彼亲赴前敌。自是捻常在保定以南千数百里间驰骤奔突。始尝欲南趋河南之怀庆，再入山西；复尝欲东至滑县与直隶大名南龙王庙，渡卫河而西。虽以宗棠多方剿截，其志不售，要亦未获稍杀其势。惟尝击毙张总愚胞弟张二，义子张和尚及张洛行胞侄张五孩，为一小收获。盖捻人各有骑，或更一人多至三骑，而官军步队多于骑兵，故追奔常落后不相及。如是相持至同治七年(1868)四月，张总愚忽由直隶之开州，折入山东。溯自西捻东窜，负责将领均受严谴，宗棠被降革之处分。张总愚之得踏冰桥渡河长驱也，由于山西河防不固，宗棠原拟增募八营之会奏稿，山西巡抚认为不急之务，搁置一个月始缮发，奉旨照准后，又搁置许久，始实行招募，更阅两个月而募勇始到，时则张总愚且入山东矣。然宗棠绝不声辩、推诿，甘受处分。注278
先是李鸿章驻山东之济宁督剿东捻，已于同治六年(1867)十月擒斩任柱于江苏之赣榆。十二月，又擒斩赖文光于扬州，东捻全股荡平。乃西捻东窜，于是鸿章又奉命北援。西捻既入山东，清廷更以鸿章总统前敌各军，责宗棠就山东、直隶交界处所扼扎。而张总愚又已渡运河而北，直犯天津。顾张总愚至此，不啻自投陷阱。鸿章仍用扑灭东捻之策，圈之于减河之南，黄河之北，运河之东，大海之西，而尤注意于运河与减河，就河之左岸，兴筑长墙，河之右岸，挖掘长壕，以陷戎马之足。旋又增防马颊河，蹙之河南，作为内圈，各军分段合围。宗棠与驻天津之三口通商大臣崇厚所负责地段，系缘运河东岸，由德州以达沧州。于是宗棠常往来吴桥、连镇两处，相机扼剿，时有斩获。初，张总愚犹豕突狼奔，不稍屈。然往来不出数百里，无法突围，不三月而气渐馁，势渐蹙，部下降者日众。仅松山一处，已受降七千之多。至七年(1868)六月初，张总愚率残部由商河、济阳而趋临邑、清平、博平，卒至茌平，官军四面围之。会大雨，徒骇河水盛涨，诸军迫之河边，张总愚穷无复之，赴水死，西捻平，而距宗棠入陕，亦已一年矣。清廷命宗棠晋太子太保衔，开复降革处分，并交部照一等军功议叙。注279
张总愚之渡河而东也，因松山、宝昌两军追击神速，故余捻之被截留于西岸者，犹不下万人。自此游弋于澄城、韩城、宜川、郃阳境内，由刘典督厚基、连升等剿办。同治七年(1868)四月，张总愚由开州渡运河以入鲁，陕捻亦由葭州企图渡黄河以入晋，而为河东防军所击退。时韩城、澄城、郃阳已肃清，诸捻合溃勇三百余人，土匪三千余人，复裹胁难民万余人，集中于宜川之云岩镇，将镇上旧城加修坚固，挑浚壕沟，扎木城一围，并在上坡修葺寨堡一座，其地距黄河西岸仅八九十里，仍窥伺山西，抢渡合队。五月，刘典益饬刘端冕会诸军进攻，历半个月，卒克坚城，擒贼五千余人，遣散被虏男妇四千余人，夺获粮食数千石，骡马千余匹，耕牛百余头，旗帜、枪炮、军械无算。自是留在陕西之西捻，无复大股，其漏网者，六月间又在延川之枣榆湾被擒斩三百余名，七月间，在西沟被擒斩二三百名，在王家河被擒斩二百三四十名，于是余党亦完全扑灭矣。注280