先是中臣镰足以佐中大兄诛苏我氏父子有功，孝德即位，遂进为内臣，赞助改革，并赐紫冠，增益采地。及天智嗣位，建制度，立法律，又多出镰足之谋，宠眷日隆。镰足病时，天皇躬幸其第，进其官阶，赐姓藤原；俄而卒，赐赙尤厚。镰足博学多能，于重文轻武之改革时代，身为文官，威权隆重；已卒，遂由其子不比继之。不比精通经典，甚得信任。尝奉命纂撰律令——所谓《大宝律令》也；后又奉敕修改之。四十二代文武天皇且纳其女为妃，外姓得为外戚自此始；殁后，赠太政大臣。不比有子四人，以房前一支为最盛，世称北家。传至冬嗣，其女为妃，生皇子道康；天皇爱之，诏废太子，立之为嗣，是即五十五代文德天皇。而冬嗣之子良房，继父执政，遂以八五七年，迁太政大臣。太政大臣者，当时之最高官吏，惟皇族亲王得膺任命；其以外姓受此职盖自此始。文德纳良房女为妃，生一子。时文德已有三子，其长子精于诗歌，博学多识，文德爱之，欲立为太子；但非藤原氏之女所出，惮于良房，终不敢立。文德薨后，藤原氏女所出之皇子嗣位，是为清和天皇；时年八岁，无知无能，政权概归良房。及天皇稍长，诏敕良房总摄万机，而良房已久握其权矣。自此以往，迄一〇六九年，前后二百余载，日本政府之执大权者，非天照女神之子孙，乃外戚藤原氏。当时天皇之能在位者，皆藤原氏女所生之皇子，其数十有五，而让位者占其八。其故或为权臣所诱迫；或以不能有为，愤而为僧。于是，天皇让位益成为一种牢不可破之习惯；其得不去者，大抵年少夭亡，或甘若木偶，不为藤原氏所恶耳。至藤原氏之所以能如此操纵者，以当时无立储定例，太子废立决于天皇。藤原氏既为外戚，天皇之妃固欲立其子，而太后又党于母家，于是上迫于母命，下怜其妻妾；外则藤原氏之权，自足以废立；天皇遂不得不安于旧规，而以其权归于藤原氏矣。阳成天皇时，藤原基经摄政，谓天皇年幼，狎及群小，逐其侍者；有复归者，竟令人杀之。天皇意不能忍，相恶益甚。于是基经谋废立，会公卿议之；久不能决。藤原氏有起立者，厉声言于众曰：“废立之事，一言而决耳。不从太政大臣议者，即诛之。”众不复言，议遂定，更立光孝天皇。光孝即位，诏议太政大臣之权；博士善于逢迎者，奏请“百官奏事，必先谘禀太政大臣，然后奏闻”。天皇从之。自是百官奏事，非基经之意，不能上达；所诏可者，皆基经所奏，所谓天皇，实太政大臣为之耳。光孝疾时，欲立其爱子而不敢言。会基经入奏，请建皇嗣。光孝乃曰：“将公言是从。”基经已知其意，因请立之。光孝欣然召其爱子，至则执其手而泣曰：“大臣恩重，汝毋忘之！”俄而崩。太子即位，是为宇多天皇，因诏群臣曰：“政事万机，概关白于太政大臣。”“关白”之称又自基经始——时八八八年也。
中臣镰足
藤原氏专横已甚，六十代醍醐天皇与上皇深恶之，引用菅原道真以杀藤原氏之势。道真者，其先世为文官，族望不下藤原；至道真博学能诗，才思超绝；尝纂国史，进授参议，迁右大臣，与藤原氏共执国政。天皇重之，密召至宫，欲授以关白。道真畏藤原氏，固辞不受；且曰：“无事招臣；嫉臣者众，敢以死辞。”因赋诗见志；天皇赐衣而罢。藤原氏闻之，相与聚谋，共谮道真将谋废立。天皇怒甚，诏贬道真。于是上皇知之，亲往皇宫，将白其冤，而藤原氏戒门者弗纳，菅原一族，终坐流废。道真之在流所，身不免于饥寒，愤懑抑郁，悉发而为吟咏，辞意悲苦，可歌可泣；遂不数年而薨。菅原氏既亡，朝廷政权，益集于藤原氏。当时文学之士，复多出其门，撰律令者有之，纂国史者有之，善诗歌者有之，位皆为公卿；当虾夷乱时，大将亦出其门；重要官吏，咸出一族，故权势益张。六十二代村上天皇，尝欲立其爱子；藤原关白谓其母非藤原氏女，贱，不得立，以至天皇举动，皆被侦视。六十三代冷泉天皇，尝独入室内，欲玩玉玺，方将启函，司机密文书之藤原兼家突入夺之，声色俱厉；帝惊悸成疾，因迫而让位。是时兼家之兄兼通为太政大臣，求为关白；圆融天皇许之。其家之富厚过于皇室，宅第僭拟官阙；人民无敢犯者，因为之语曰：“宁投虎口，勿触执政口。”兼家又与其兄争权；会闻其疾甚，扬言于众曰：“吾将为关白。”遽入朝请。车过其兄之第，兼通以为视己也；久之不至，且闻其说，大怒，奋起入朝，请以其所亲信之赖忠代己。复奏兼家谋叛，顾谓公卿曰：“谁代之为大将者？”时兼家方为大将也。无何，病薨。兼家冀握政权，九八六年，诳诱花山天皇为僧，而立其女所生之子怀仁亲王，是为一条天皇，时年七岁，遽授兼家为关白。至其子道长，专戾益甚。三条天皇尝欲册其爱姬为后，惮道长不敢废；道长窥其意，阴欲戏帝，阳诺之。及期，朝臣惧违道长意，无敢至者；天皇大恚，惟含忍而已。道长知其恶己也，意不自安；会天皇有目疾，数讽之去位，遂于一〇一六年剃发为僧。道长立九岁之皇子，是为六十八代后一条天皇。天皇寻立其叔为嗣，时年十四，非道长之所愿也，东宫臣僚，因无敢供职者；太子终托疾去位。当是之时，道长历仕三朝，为关白三十余载，女为三代皇后，身为三帝外祖，极人生之至乐，尝作歌曰：“斯世吾之世兮，若月圆而无缺。”藤原氏之专横，至此极矣。
菅原道真
自藤原氏专政，文官之声誉益高，群聚京都，交游显贵，高谈玄理，竞斗财富，其居室衣服争眩都丽，而宴会节文又极繁琐。后仿中国考试制度，学者借以进身，文人益轻实学。以至当时篇什概趋骈俪，其中多咏山川之奇、花草之荣、风云之变，以及才子佳人离合悲欢；且有斗鸡走狗，借文字为戏谑者；亦有专心管弦丝竹以为娱乐者。流风所煽，成为习俗，莫可究诘。至王公贵族，增置庄园，不纳赋税，其地之大每过于郡邑。朝廷收入，因之减少，国用不足，至于鬻官。四年之郡守，延至六年；六年者至于终身；终身者得以世袭。其事虽可以救一时之穷；然行之日久，则土地变为私产，号令不行于境内，而政府之收入益少。其犹直隶于朝廷管辖者，以赋税增重，人民力不能堪，乃贿长官，求为皇室侍卫。盖当时侍卫例免赋税，因之富民子弟，争集京师矣。但彼等生于安乐，素鄙执戈从戎；虽挂名行伍，惟以赌博饮酒自娱，闻金鼓而心惊，何能一战？驯至盗贼横行，焚大臣之第，掠府库之金，出入禁内，露刃殿上；天皇严敕卫兵巡缉，不能即平，焚掠依然，杀人如故。又此期内，沿海诸郡，盗势初亦甚张，攻破城池，蹂躏人民，以至屡降诏书严备不虞。九三九年，海盗来降，分给田食以安之。其在南海者，命将出征火其舟，余盗溃逃；复使源氏追讨，海盗始渐平定。——源氏者，武人世将重兵者也。
佛教自与神道融合，信徒骤增，名僧辈出，宗派歧分；因其据膏腴之地，拥富厚之资，非兵不足以防卫，乃开蓄兵练武之渐，向之所谓僧者，一变为兵，武力过盛，终至扰乱。九六八年，寺僧有争田者兴动干戈；朝廷遣使和之，抗不奉诏，天皇无如之何。后僧为官所误伤，遂聚众数百，奉神舆神主，汹涌入京，要挟朝廷，罚之乃已。恶风一启，后凡遇事有不如意者，往往相率效尤。一〇三九年，延历寺僧，闻朝命以僧某为其座主，率不服者三千余人，诣关白第请愿，守门不去。关白窘急，乃招军驱逐，戮其首领。无何，僧徒遂纵火，焚贤阳院以为报复。一〇七二年，天皇出游，诏谕源氏扈从以防备僧徒。尝曰：“天下事令人不如意者，山法师……耳。”——山法师者，延历寺僧也。国家当政治窳败祸乱交迫之际，非武力不能御乱，皇室与藤原氏，亦颇招能战之武人为侍，而武人之势渐盛，其始即有平将门之乱。将门原给事于藤原氏，自以有功，求检非违使，不得，怒，据八州以叛。自称新皇，建首都置百官；又招集海盗，引为援助，势大振。朝廷畏之，严闭三关；后乃讨平。当乱之方盛也，罢郡守佩刀剑之禁，武人得为郡守；于是向无地盘之武人，渐有根据地矣，其时九四〇年顷也。
初，虾夷土人作乱，连年征讨不息，平源二氏，各掌重兵以备之。源氏为五十六代清和天皇之后，居于关东。平氏为五十代桓武天皇之后，居于关西。关西地近京都，战争较少，其族习知礼节，为朝臣所亲。关东逼近虾夷，战争常烈，士固强悍。及一〇五二年，陆奥酋长叛乱，朝廷命源赖义讨之。时敌方盛，赖义率孤军在外，岁遭荒歉，援军不至，战士不免于饥寒；然卒冒矢石，涉风雪，出入于生死之间，历九年而乱平，是为前九年之役。由是大权渐移于武人，而藤原氏之势乃衰。一〇六九年，非藤原氏所出之尊仁皇子，遂得嗣位，是为后三条天皇。方天皇之为太子也，求其从来相传应得之剑，关白弗与，因深恶之。及即位，进用亲臣源师房等以夺藤原氏之权，藤原氏世袭之关白太政大臣等，其名虽存，但备员而已。天皇又诏禁新置庄园及郡守连任。会关白为郡守某奏请，天皇不许。藤原氏公卿相率罢归，天皇止之不得，始许其请。然今昔相形，斯足见藤原氏之衰矣。天皇在位五年，禅位太子，退居院中以听理政事，是为“院政”之始。
源氏坐镇关东，及一〇八八年而出羽酋长又作乱。赖义之子义家，出兵讨之，反为所败；会其弟来自京师，戮力助战，历三年之久而乱始平，是为后三年之役。方乱之始作也，朝廷置若罔闻；迨其平定，义家奏请赏赉有功之战士，而朝议谓其私战，力拒其请。义家乃倾家资以犒将士，将士感恩，咸乐为之战。于是关东武士，皆附于源氏。
鸟羽天皇
后三条天皇设立院政之后，嗣君遂视为成例，在位不久，即让位于爱子，而己实握政权。但当时天皇，犹是藤原氏执政时孤立无权之天皇耳。至七十四代鸟羽天皇已让位于子崇德天皇，而己则虽剃发，犹在院听政。忽父子不洽，乃强天皇去位，更立己子近卫天皇。近卫崩，崇德上皇欲立其子，鸟羽法皇不从，又立己子后白河天皇。明年，法皇崩，崇德赴殓，及门，门者称遗诏以拒之。于是上皇大恚，还宫，敕武臣源为义、平忠正入援；而后白河天皇亦托法皇遗旨，招平清盛、源义朝为助以相抗。——清盛，忠正侄；义朝，为义子也。为义进策于崇德及朝臣曰：“兵少城卑，无险据守，请即南狩！战苟不利，可奔关东。”不从。其子为朝又请早攻大内，夜取天皇，奉上皇代之；又不从。既战，义朝因风纵火，众不能御，遂奔。上皇出逃，剃发为僧；清盛以素恶其叔忠正，遂借乱杀之，而义朝亦杀其父为义。斯役也，上自皇室，下及武人，各置党羽，争权夺利，不惜骨肉相残，父子相杀，亦云甚矣！时保元元年，一一五六年也。
源义朝
源义朝之功，在平清盛之上，而天皇及朝臣，鄙其粗暴无礼，论功赏赐，反不及清盛。会义朝求婚于朝臣藤原通宪，通宪鄙之，不许，而为其子娶于清盛，义朝闻之，大怒，隐欲报之。二条天皇即位，藤原氏有谋乱者，引义朝为党；侦清盛远出，乃举兵，幽上皇，迁天皇，使人监之。会其党分裂，天皇逃逸，平氏迎入其第；上皇则遁入寺内。清盛于途中闻变，惧甚。其长子重盛请奉命进讨，从之。时源氏兵在京者少；然平氏卒至，将士素闻源氏能战，见其旌旗，有色动者；重盛勉励之，军心稍安。及战，平氏初败；会源氏矢尽，人马皆伤，卒败走。义朝将之关东，途为其下所杀；关东战士来归者，遂皆散去。义朝之子义平，勇士也，变服入京，谋复父仇；终被擒斩。独义朝之第三子赖朝，为平氏所虏，其将谓之曰：“若欲活乎？”曰：“然，父兄皆亡，非吾谁祀先祖者？”异之，以告清盛继母；继母固请宥之，乃流赖朝于伊豆。——伊豆僻居远方，其郡守素忠于平氏者也。又义朝有妾曰常磐，美艳绝伦，携幼子三人，远逃南方，隐山林中。清盛求之不获，乃系其母以招之；常磐素孝，闻之乃出。清盛即纳为妾；三子因得不死，置于僧寺。
平清盛
源氏既衰，清盛独揽政权。一一六六年，六条天皇嗣位，进为太政大臣；增赐采邑，其面积半国内可耕之地。岁入骤多，养兵益众，势力日强。寻劝六条天皇让位于高仓天皇；又效藤原氏故事，进女于宫中。其子尝出猎，途遇摄政大臣，径前突其卫；大臣之从者因曳之下马。清盛怒甚，觇摄政出，使武士毁其车，并伤其从者。后其女之在宫中者有妊，清盛冀其生男，为亲祷于神；既而所生果男也，清盛喜甚。当时平氏一族，为公卿者，十六人，得升殿者，三十余人，其他京官郡守，六十余人；而长子重盛为左将军，次子宗盛为右将军。先是自平氏代藤原氏专政，藤原氏一族，深恶清盛，屡谋恢复，皆谋泄事败。而后白河上皇尚在院听政，尝与其谋会延历寺僧以与兴福寺有隙，遂兴兵戎，火其堂宇。京师流言，有谓上皇诏僧徒讨平氏者；清盛信之，聚兵自卫。上皇亲临其第，将慰谕之，拒而不见。由是朝廷赏罚，一以清盛之喜怒为之。上皇积不能平，乃削发为僧，号称法皇。至是藤原氏有求为大将者，不得，与法皇谋诛平氏，事泄。清盛遣兵收谋己者，将遂幽法皇；其长子极谏，乃止。于是法皇、平氏，益相猜忌。俄而重盛病殁，法皇谋收其兵；清盛遂率兵至京，幽法皇于殿中，而贬戮其亲臣。一一八一年，清盛之女所生之安德天皇嗣位，年方三岁。清盛身为外戚，一时横戾尤甚。
然清盛专横，谋之者益亟。高仓天皇让位之年，赖政奉以仁王起兵，檄令关东战士征讨平氏。赖政者，固源氏之族，降于平氏者也，时年七十余；素恶清盛贪戾，阴谋除之，因剃发为僧，借交僧徒以为援助。以仁王为高仓天皇之庶兄，忌嫉平氏，故与合谋以举兵。清盛知之，遣兵围攻王第，而王已逃。赖政招延历兴福二寺入援；清盛则以重利啖延历寺僧，使背盟约，沮赖政之谋。于是赖政奉王出奔；平氏之兵追及之，王与赖政皆败死。时兴福寺已聚僧兵三万人，将助赖政；因闻其败而止。自此乱后，清盛益虑法皇朝臣之谋己，又惧京师逼近寺院，僧徒将屡蠢动以扰及政治，决避去之，遂迁都于福原。福原，平氏之别业，重兵所在地也，上可以监视法皇朝臣，下可以防御僧兵叛徒。时宫殿未成，清盛囚法皇于三间之板屋，而夺其侍从，物议沸腾。会大风雨，水入旧都，五谷不登，民无衣食，室家离散。复疾疫流行，死亡相继，旧都一地，两月之间，达四万余人。被此难者，莫不痛心疾首于平氏，以为无故迁都，致招神谴。而平氏自身败亡之征，亦已显著。智勇兼备之重盛，先以忧死；子弟之骄奢者，惟知衣锦食肉；聪明者，日事浮夸之文字，趋于柔弱，不能将兵。于是诸源应檄兴起：赖朝起兵于伊豆；义仲起兵于信浓；行家起兵于尾张；其他据地以应者，不知凡几。赖朝者，义朝第三子也，美丰姿，多才能；既流于伊豆，其守北条时政之长女政子爱之，因私焉；后卒妻之。至是与时政起兵，其弟义经亦来归。义经，常磐幼子，居于僧寺。及年十一，偶见家谱，自知其先世，因发愤读书，夜则学剑。为人短小精悍，固不屑为僧，乃往依素恶平氏之藤原秀衡。义仲，赖朝从弟，精于用兵。行家，赖朝叔也，勇于战斗。
赖朝举兵，先为平氏所败，走免；但关东源氏旧部之来归者众，关东遂定。清盛遣重兵进击，军次川边；夜闻水禽振翼之声，疑为敌至，不战而溃。人心离叛，清盛因奉天皇及法皇还旧都；法皇得再听政。清盛旋以忧忿病卒。既而义仲数败平氏大军；赖朝妒之，用敌党反间，率兵十万来击。然义仲避之，并遣子为质。会平氏又遣兵十万击义仲，拔燧城，分兵前进；义仲大破之，平氏军队之死亡者过半。于是义仲乘胜进击，法皇密幸其军；平氏大恐，奉安德天皇南走西海。义仲遂据京师；其兵皆百战之士，素强悍不知礼，间有劫掠者。法皇恶之，诏令进攻平氏；以粮乏未发，法皇阴诏赖朝除之。时平氏已至西海——西海，平氏旧有恩于其地者也，九州等处之来附者日多，数破义仲军，势大振。义仲之大军在外；而赖朝已遣其弟范赖义经统兵六万，声称护贡以入京，实以袭义仲。义仲军少，仓卒应战，遂败殁。此役也，义经之战绩为最，赖朝忌之，抑而不报；俄闻朝廷赏之，恶之益甚。寻义经奉法皇谕旨，西征平氏，数败其军。然以平氏有战舰甚多，严守海岸，军不能渡。会大风卒至，波浪汹涌，义经策其无备，夜率舰五、骑百五十人，乘风南渡，舟行如驶，黎明登岸，四出纵火；平氏仓惶不知其众寡，将士惊逃，乃以小舟载美姬幼童重器而遁。义经追击，平氏以重载，舟不便于行驶进退，妇孺惊惧，壮士为之胆寒。其能战者，率战死；清盛之未亡人乃挟安德天皇并玺剑投入海中，平氏遂亡。时一一八五年也。
平氏灭亡以后，义经东归镰仓。——镰仓，赖朝驻兵地也。赖朝谓义经不受己命，拒之不见。义经上书陈情，辞意诚苦，赖朝竟不省，故薄其赏。义经官京师，因与行家相善。——行家，义经叔也，初为平氏所败，求援于赖朝，赖朝弗应；后归义仲，益见恶于赖朝；及义仲败，留京师。赖朝嫉其相结合，隐使人夜入义经第，刺之；不果，刺者被捕获。义经诉于法皇；法皇许下诏讨之。而赖朝已发兵西上，会义经、行家先逃，因遣北条时政护卫京师，且奏请曰：“义经、行家出逃，难辄搜获。若发兵捕之，则所费不赀。请得于诸郡设置守护以捕盗贼，庄园则置地头以为督促，天下可不劳而定。”朝廷许之。行家虽号能战，然屡败北，无敢助之者，遂被捕杀。义经之妾静之，被捕送镰仓，赖朝以其有妊留之。其夫人政子闻静之善歌舞，固欲一见，强至再三。静之乃整衣舞，且歌离曲，道慕义经之意，悲哀凄楚；众皆垂泪。已而生男，赖朝沉之于川。义经逃之陆奥，其守藤原秀衡匿之。会秀衡病死，其子奉朝命袭击义经，义经自杀。赖朝固欲灭之，因谓其“久庇罪人”；不待朝命，分兵进讨，数战，平之。于是赖朝之势益盛，幕府之形乃具。