世宗在位的时候，穆宗在裕王府，娶妃昌平李氏，后来谥为孝懿皇后。嘉靖三十七年四月，李妃死了，八月裕王娶继妃通州陈氏，穆宗即位以后，封皇后，后来谥为孝安皇后。昌平李妃生子翊，五岁死了。翊之下，便是翊铃，母氏无考，不满一岁也死了，所以嘉靖四十二年裕王第三子翊钧出生的时候，因为他是独子，特别得到裕王的宠爱。
裕王爱女人，最得意的是漷县李氏，后来谥为孝定皇后。李氏入宫的时候，只是一个宫娥；当时称为都人。这是翊钧的母亲，隆庆元年，穆宗即位以后，封贵妃。李贵妃是一位有能力、有办法的人。她的父亲李伟，漷县人，因为乡间不安静，避到北京，后来索性把女儿送进裕王府，做一名宫娥，却想不到以后的富贵，都从这里来了。穆宗即位，礼部尚书高仪请立皇太子，大臣们都认定翊钧是一位聪明的皇子。事实是显然的，这一位五岁的孩子已经读书了，在明代皇帝不甚注意皇子教育的情形下面，这是一个特例。隆庆二年，内阁大学士合疏公请立翊钧为太子，三月间，实行册立。穆宗也委实喜欢。他记得一天自己正骑着马在宫中游玩，皇太子和他说：
“爸爸，你一个人骑着马，摔下来怎么办？”
穆宗看见儿子的关心，真愉快，连忙下马，着实抚慰一下。这时期陈皇后因为多病，住在别宫里，每天早晨，李贵妃挈带太子，到皇后宫中请安，皇后听到小靴子在阶道上“橐、橐、橐”便连忙起来。自己没有儿子，但是看见这样聪明的孩子，也实在高兴。皇后把经书取出来，一句一句地问他，太子对答如流，因此更加讨得皇后的欢心。皇后和贵妃中间，尽管有一些利害冲突，但是当陈皇后看到李贵妃的知礼，和皇太子的聪明，心地也平静下来。皇太子的稚弱的心理，正在逐渐意识到政治的作用。
隆庆六年四月，高拱推荐前礼部尚书高仪入阁。是月穆宗命仪为文华殿大学士，入阁办事。一切都很正常。
最大的祸变来了，五月的一天，穆宗在坐朝的时候，突然站起来，走了几步，不知说了什么，只是嘴上不断地歪动，(1)显然地这是中风，内监冯保在旁，赶上扶住，居正也抢前去扶。在大众诚惶诚恐的当中，穆宗入宫。随即召大学士高拱、张居正、高仪至乾清宫，穆宗斜倚在御榻上，皇后、皇贵妃都在，皇太子立在御榻的左边。三位大学士跪在御榻前面。穆宗困乏了，由内监冯保宣诏：
朕嗣统方六年，如今病重，行将不起，有负先帝付托。太子还小，一切付托卿等。要辅助嗣皇，遵守祖制，才是对于国家的大功。
真是一幅惨淡的景象。看见朋友托孤，尚且目不忍睹，何况他们是裕王府中的讲官，六年以来的内阁大臣！但是乾清宫不是他们痛哭的地方。高拱、张居正含了满眶的热泪，和正在呜咽的高仪，叩了头，回到内阁，这是五月己酉。次日庚戌，穆宗皇帝逝世。大臣们在内阁里痛哭。高拱嚎啕地嚷着：“十岁的太子，怎样治天下啊！”他益发感觉到责任的重大。
穆宗逝世以后，政治上跃起一个新兴的势力。这是冯保。冯保在世宗朝已经是司礼秉笔太监，穆宗登极，冯保屡次想升掌印太监，但是因为高拱反对，始终没有达到目的，所以他和高拱，结下了不解之仇。明朝的政治，本来充满了弹性，因此司礼监的职权，没有确定的范围。名义上司礼掌印太监是“掌理内外章奏及御前勘合”，秉笔太监“掌章奏文书，照阁票批朱”。事实上他们的职权，可以无限地扩大。掌理章奏是一个“上下其手”的机会。照阁票批朱，是对于内阁票拟的谕旨，用朱笔加以最后的判定。这本是皇帝自己的事，(2)后来皇帝不负责任，“批朱”的事落到司礼秉笔太监手里，于是大学士虽是皇帝的私人秘书，而秉笔太监成为皇帝的机要秘书。《明史·职官志》(3)称“内阁之拟票，不得不决于内监之批红，而相权转归之寺人”，在明代政制里，这正是变态中之常态。武宗时候，司礼监刘瑾甚至把章奏带回私宅，和妹婿孙聪、食客张文冕共同批答。皇帝的机要秘书，可以随时邀集亲友同参国政，更是变态中的大变。武宗正德二年到五年间，刘瑾成为事实上的皇帝，五年八月，刘瑾失败以后，武宗下诏自正德二年后，所更政令，一概如旧；其实只是对于这三年中刘瑾的地位，加以实际的认识。
从五月庚戌穆宗逝世，到六月初十甲子神宗即位，这十五天中，是冯保活跃的时期。冯保的策划，是驱逐司礼掌印太监孟冲，夺取他的位置：因为皇后、皇贵妃的同情，这一个策划实现了。(4)但是实现的时期却不能确定。《冯保传》称为刚刚在穆宗逝世以后，(5)《胡涍传》(6)称为在神宗即位的第六天，中间有二十天的距离。其实神宗即位以前，执行诏旨的机构，尚未完成；至于神宗即位的第六天，这是大政变的一日，没有冯保事前的活跃，根本不会发生政变。所以我们不妨假定冯保升掌印太监在神宗即位之日，或其后，至迟必早于第六日。这个策划的完成，大致在神宗即位以前，只待神宗即位，履行发表的手续。
《明史·冯保传》称：“保又矫遗诏，令与阁臣同受顾命。”《明史纪事本末》则称冯保矫传大行遗诏云：“阁臣与司礼监同受顾命。”这也是一个骇人的记载。内监和大臣同受顾命，在明代本来不是一件没有的事。嘉宗天启中，御史王允成劾魏进忠疏：“内廷顾命之铛，犬食其余，不蒙帷盖之泽；外廷顾命之老，中旨趣出，立见田里之收。”(7)确实指出大臣、内监同受顾命的故事。但是高拱、居正、高仪同受顾命，并无他人在内，这是事实。穆宗逝世的时候，孟冲尚为掌印太监，亦无越过孟冲、托孤冯保的理由。所以冯保矫遗诏是有的，但是只是矫遗诏用为司礼掌印太监，并不是矫遗诏同受顾命。最切实的证据见居正文集：
公昔以勤诚敏练，早受知于肃祖(8)，常呼为“大写字”而不名。无何，即超拜司礼，管内政。嘉靖丙寅，迎立穆宗皇帝，以功荫其弟、侄数辈。穆宗不豫，召辅臣至御榻前，受顾命。公宣遗诏，音旨悲怆。今上践祚，奉先帝遗命，以公掌司礼监事。(9)
这一篇文章，作于万历二年，正在居正掌握政权，结好冯保的时候，假如冯保曾经矫诏同受顾命，记中何以不把他的地位提清；而且后段又称冯保掌司礼监，“宫中府中，事无大小，悉谘于余而后行，未尝内出一旨，外干一事”，更和同受顾命的身分，完全不合。所以根据居正的记载，可以证实冯保没有矫遗诏同受顾命，同时也可以证实冯保为掌印太监，在神宗即位以后。《冯保传》又称：“穆宗得疾，保密嘱居正豫草遗诏，为拱所见，面责居正曰：‘我当国，奈何独与中人具遗诏？’居正面赤谢过。”(10)显然也是一件莫须有的故事。穆宗突然中风以后，随即召大臣入宫，面授顾命。(11)第二天随即逝世，其间更无犹豫的时期，可以给冯保密嘱居正豫草遗诏的机会。而且以居正那样地精细，决无密草遗诏，更容高拱看见的道理；同样地，以高拱那样地强干，也不会在揭破居正勾结冯保的秘密以后，随即把自己推翻冯保的计划，更和居正商榷。(12)处处都露出矛盾。本来这一次政变，是一件突如其来的大事，以后居正当权，不免引起一部分人的反感，冯保更加是众矢之的，于是以讹传讹，发明成为发见，传说成为事实。到了清初修史，没有整理史实的决心，所以在记载里，不但充满许多矛盾，而且描写高拱、居正，有时竟至忘去本来的面目。
从隆庆六年六月初十日甲子起到十六日庚午止，这七天之中，整个朝廷，沉没在滔天的波浪之中。在政治机构方面，是司礼监和内阁的对立，在人的方面，是冯保和高拱的对立。冯保的后盾，是皇后、皇贵妃，尤其是皇贵妃，神宗只有十岁，当然和母亲站在一面。高拱的后盾，是六科给事中，和十三道监察御史。高拱是政治界的老斗士了，他战胜了几位元老，当然看不上一个新进的掌印太监。他后面有的是舆论和群众；内阁的内部，他知道除了自己，只有高仪和张居正。高仪是自己引进的，入相仅仅两月，当然唯自己“马首是瞻”，至于居正，高拱认定这是十几年以来的同僚，而且和自己志同道合。“‘周、召夹辅’，居正不是曾经说过吗？”高拱想着。后方的布置，没有任何的缺隙，高拱正准备和冯保作一次生死的决战。
最使高拱痛恨的，便是中旨。中旨是皇上的手谕。在现代的立宪君主国，一切的诏令要经过内阁的副署。中国古代也是如此。有中书省等的时代，诏令要经过中书省等，明代改为内阁，诏令便要经过内阁。唐朝武后在位，政治算是混乱了，但是当时人还能提出“不经凤阁鸾台，何名为诏”的口号。(13)明代在内阁以外，有通政司和六科，对于皇帝的诏令，都有随时复奏封驳之权，因此皇帝随时颁布手谕的自由，更受到重重的约束。不过法制是法制，事实是事实，在不上轨道的政治状况中，手谕仍旧不免出来，成为史册所记的“斜封墨敕”和“中旨”。这正是负责任的大臣所最痛恨的事。
神宗一经即位，中旨随即颁到内阁，其中的一件，便是引用穆宗遗诏，授冯保为司礼掌印太监。高拱痛恨极了，对传旨的太监说：
“中旨是谁的旨意？皇上的年龄小得很呢！一切都是你们做的，早迟要把你们赶走。”一番声色俱厉的言论，小内监都传达给冯保。这可使冯保怔住了。他到皇后、皇贵妃那里去撺掇。他指出穆宗逝世那一天，高拱在内阁里嚷着：“十岁的孩子，怎样做皇帝啊！”
“这是什么意思？”冯保把高拱的语句改造以后，又提出质问。皇后、皇贵妃都吟味着“这是什么意思？”她们感到悚惕，连十岁的皇帝，也突然变色。在这方面，冯保正在布置他的阵线。
高拱取的攻势，当然一刻也不懈怠。他认定自己和居正、高仪，是顾命大臣，他要报答穆宗皇帝，也要辅佐神宗皇帝；自己是首辅，更加责无旁贷。冯保的气焰一天大似一天，他是司礼掌印太监，现在又用中旨提督东厂。司礼掌印管的宫内，提督东厂便管到宫外来了。特务工作又落到他手里，冯保不是成为独裁吗？高拱容不得，他决定进攻了。第一道火线由六科给事中程文，十三道御史刘良弼等一齐向前。他们的奏疏和排炮一样地发出了，共同的目标只是一个冯保。第二道火线是礼科都给事中陆树德，吏部都给事中雒遵。树德攻击冯保掌司礼监一事，他的奏疏说：
先帝甫崩，忽传冯保掌司礼监。果先帝意，何不传示数日前，乃在弥留后？果陛下意，则哀痛方深，万几未御，何暇念中官？
这是用的最合逻辑的论法。唯一的答案，当然是既非穆宗，又非神宗，而只是冯保矫诏。矫诏便有矫诏的处分，高拱正准备着。雒遵是高拱的门生，更是一员大将，他看到神宗坐朝的时候，冯保站在御座旁边，于是提出攻击。
“保一侍从之仆，乃敢立天子宝座。文武群工拜天子邪？抑拜中官邪？欺陛下幼冲，无礼至此。”
两道奏疏又一齐发出了，共同的目标也只是冯保。这时已经是六月十五日己巳，是神宗即位的第六日。奏疏接二连三地发出了，冯保是司礼掌印太监，掌理内外章奏，没有不知道。不关事，战争是战争，用不到秘密。一切的计划，是高拱发动的，给事中和御史们，也受高拱主使，这也用不到秘密。隆庆四年以来，高拱和言官们打成一片，久已是公开的事实，何况冯保提督东厂，侦缉的特权和机构，都在他手里，那还有什么秘密？高拱只准备用“堂堂之阵，正正之旗”，打倒一个横行跋扈的内监。他晓得奏疏上去了，皇上便会发交内阁拟旨，权柄在自己手里，不愁冯保有什么办法。他自己也曾上疏，请把司礼监掌理章奏的大权，交还内阁。他准备负全责，当然他可以要求揽全权。他认定在缜密的布置之下，这一来可把冯保打倒了。
他所顾虑的还是内阁的同僚。四月中高仪入阁的时候，他就称病，再三推阻。居正也曾给他去信：“辱教，知东山情切，高驾夷犹，殊失朝野之望。兹温綍再颁，敦劝愈笃，恐上命不可屡抗，物望不可终孤。”(14)后来高仪果然来了，然而他也果然病了。在同受顾命的时候，高仪曾经豫闻，但是现在他确是病倒了，在这一方面，高拱看不到什么援助。还有张居正呢！在皇上即位以后，他奉诏到大峪岭视察葬地，这是准备穆宗皇帝的葬事，当然应由一位得力大臣去的。天又热，路上又辛苦，据说他回来以后又病倒了，这几天正在请病假，没有到内阁。高拱看到两位同僚都病倒了，一切的责任都在自己肩上。不要紧，他准备一个人担负着。
居正这几年以来，逐渐地感到岌岌不安的情况。内阁中的同僚都去了，这是为的什么？六年三月间，礼部尚书潘晟又去了，又是为的什么？潘晟去位以后，曾经来一封信，居正答复道：
辱别谕，一一领悉。白首相知，犹按剑也，况他人乎？然义命之学，窃尝闻之矣。自检平生，不敢有一事负国家，不敢有一念负于天下贤士大夫，至于去就，有命存焉，惟静以俟之而已。猥辱至爱，中心藏之。(15)
那时他认为高拱的目标，只是自己，斗争没有把握，刘奋庸、曹大埜又去了，所以只得静以俟命。他的心绪正从烦闷转为恬淡。万想不到穆宗逝世以后，政治方面又跃起新兴的势力，演成内阁和司礼监的决斗。“什么内阁？”居正想到，“只是高拱一人！”他明白冯保和自己没有什么渊源，高拱的策略，冯保不是没有耳目，自己也犯不着去告密。(16)他采取的方式，只是坐观成败。高拱胜了，居正自然还有他的“义命之学”；冯保胜了，居正明白收拾政局，便非自己不可，而且对于冯保，居正也自信还有对付的本领。穆宗逝世只有二十天，神宗即位只有五、六天，空气已经紧张的了不得，暴风雨就要发作了，等着吧。在这个情况之下，居正只说是受了暑，在内阁请假几天。
六月十六日庚午，天还未明，神宗召集大臣到会极门。高拱去了，满心以为这一次就是驱逐冯保的机会。居正还在假中，没有去。(17)高拱向上一看，少年的皇帝旁边，正立着自己的敌人冯保。这一刹那的注视，高拱知道已经失败了。冯保传皇后、皇贵妃和皇帝的谕旨道：
告尔内阁、五府、六部诸臣：大行皇帝宾天先一日，召内阁三臣御榻前，同我母子三人，亲受遗嘱曰：“东宫年少，赖尔辅导。”大学士拱揽权擅政，夺威福自专，通不许皇帝主管，我母子日夕惊惧。便令回籍闲住，不许停留。尔等大臣受国厚恩，如何阿附权臣，蔑视幼主！自今宜洗涤忠报，有蹈往辙，典刑处之。(18)
高拱果然失败了。高拱的后盾是外廷，冯保的后盾是深宫；高拱只能主使言官，直攻冯保的罪恶，冯保便能撺掇后妃，怀疑高拱的忠诚。高拱这一次失败，深深地给居正一个教训，以后居正当国，在主持国政以外，对于奉承后宫和联络内监两件事，都化费不少的工夫。
明朝大臣解职回里的时候，有给驿的故事；所谓“给驿”，便是在驿站里支使车马人夫，由国家供给。这本来是特许，但是后来慢慢成为常例了。偏偏这次高拱卸任，限定立刻回籍，不许逗留，驿站的马车谈不到了，他只得自己雇车，有的说是乘牛车出北京，(19)有的说是骡车，(20)押行的兵役还在后面一路追逐，成为当时的新闻。六月十九日，居正入见以后，再为高拱请恩，幸而成功，高拱才免去道途间无谓的困顿。七月间居正有信给王崇古说：
主少国疑，艰难之会，正宜内积悃诚，调和宫壸，外事延接，收揽物情，乃可以扶危定倾。而元老一切皆易其道，又昵比谗佞，弃绝石交，语之忠告，不惟不纳，反致疑怒，竟至于此，岂非天哉！当其时，人情汹汹，祸且不测，仆犹冒死为之营诉，为之请驿，仅得解脱，然国体士气，所损多矣。嗟乎，自古谗人乱国，可胜痛哉！幸新皇聪颖异常，虽幼冲已具大有为之度，区区愚忠，幸蒙俯鉴。方今宫府一体，上下一心，内外事情，幸已大定，但边事虏情，日夕在念，腹心虽安，四肢安可忽哉？万望留神，以慰宵旰。辱教云云，诚高见渊识，石画鸿谟，非公爱我之深，曷得闻此？三复三叹，敬佩良箴。(21)
所谓“冒死为之营诉”，必有所指。据王世贞《首辅传》，冯保在皇后面前，曾经提起高拱谋废太子，迎立周王的谣言；又说冯保还买通其他的内监，造成同样的空气，所以皇后震怒，事情不可收拾。这一件故事，《明史纪事本末》和《明史》都不载，但是证以六月十六日传谕“通不许皇帝主管”，和居正“人情汹汹，祸且不测”两句，后面的情形，决不简单。万历六年高拱死后，妻张氏请求恤典，神宗将奏疏发下内阁，派文书官田义口传圣旨：“高拱不忠，欺侮朕躬，今已死了，他妻还来乞恩典，不准他。钦此！”居正再行上奏，神宗始准开复原职，给与祭葬，但是还说：“高拱负先帝委托，藐朕冲年，罪在不宥。”这时神宗已经十六岁，他对于高拱的痛恨，真是深切。假使不是冯保造出废立的谣言，不会给神宗这样一个不可磨灭的印象。
居正对于六月十六日的政变，事前定有所闻。高拱的作风，他是知道的。冯保虽然只是一个生疏的内监，但是内监们那一贯的阴贼险狠的手段，居正也不会不知道。他看定暴风雨要来了，所以他只是托病请假。等到风暴过去，十九日居正上朝的时候，高拱久已离开北京，内阁中的资望，更没有比居正深的，因此他便循序坐升，成为首辅，而且因为高仪随即于二十三日逝世的原故，居正成为唯一的顾命大臣，他在政治上的地位，更加巩固。这一次政变的结果，居正是最大的收获者。对于双方的策划，他不是不知道；对于冯保的诬蔑，他不会不明白；高拱固然没有拥立周王的阴谋，而且从宗支亲疏的关系方面讲，周王也没有入承大统的可能。从政体的立场讲，司礼监一部分的职权，应当交给内阁，“宫府一体”，原是居正的口号。从友谊的立场讲，居正更应当援助高拱，他们不是十几年的同僚吗？然而他们的友谊已经生疏了！这不能不责备高拱，但是也何尝能放过居正？他只是坐观成败，希望高拱的失败，以完成自己掌握政权的目标。他给王崇古说：“冒死为之营诉”，是一句遁辞，为什么要请假规避呢？不在会极门营诉而只凭事后的空言，要想博得外人的同情，希望不免太奢了！话又说回来，徐阶失败以后，居正曾经自咎以为“中人内构，不能剖心以明老师之诚节”。对于曾受大恩的老师，还谈不到剖心营诉；那么对于中经生疏的同僚，更从哪里说起！“政治家”不是圣贤，而只是“政治家”；谁愿意为着别人，牺牲自己的政权呢。
这一次的政变，高拱的政权推翻了，居正的政权树立起来，一切只是人事的变动，不是政策的变动。高拱是一个强干的“政治家”，自兼吏部尚书，上午到内阁，下午到吏部，没有一件积案，这是他办事的能力。居正不兼部，但是对于内阁和六部的事情，没有一件不曾洞察，他的精明，正抵上高拱的强干。高拱对于同僚，不免高亢，居正稍为谦抑；高拱对于政敌，照例是不能容忍，有仇必报，居正稍知容忍，甚至量材录用。不过这个分别，只是一个大概。最初掌握政权的时候，居正还有一些笼络人才的意味，以后便日渐高亢，到了万历六年以后，简直和高拱一样。在这方面，他们中的区别，只是年龄的区别，等到居正过了五十以后，他的行为，便和高拱没有分别。在应付宫廷和内监方面，居正比高拱高明多了，他知道敷衍和迁就，他知道走曲线，然而他永远认清政治目标，宫廷和内监对于实际的政治，没有过问的余地。高拱提高内阁政权的目标，在居正手里完成，但是居正没有遇到高拱所遇的挫折。不过这是高拱失败以后，居正所得的教训：假使高拱有第三次入阁的机会，以他那样的能力，不是办不到的。简单一句，高拱和居正，只是同一范畴的人物，因为环境的不同，不免有少许的差异。不明白实际政治的人，也许因为他们不能合作，发生诧异，其实整个的政权不能容许两个“政治家”共同掌握，正和整个的家庭不能容许两个主妇共同主持一样。
六月十六日过去了，十九日神宗召见居正。这时是辰刻，比平常的早朝，稍微迟一点。神宗吩咐居正跪到宝座面前，他说：
“先生为父皇陵寝，辛苦受热，国家事重，只在内阁调理，不必给假。”
居正叩头，承认在阁调理，神宗又说：
“凡事要先生尽心辅佐。”
在神宗提起穆宗对于居正的言论，称为忠臣之后，居正感激涕零，不能仰视，俯伏奏称：
“臣叨受先帝厚恩，亲承顾命，敢不竭材尽忠，以图报称。方今国家要务，惟在遵守祖宗旧制，不必纷纷更改。至于讲学亲贤，爱民节用，又君道所当先者，伏望圣明留意。”
“先生说的是。”神宗说。
“今天气盛暑，望皇上在宫中，慎起居，节饮食，以保养圣躬，茂膺万福。”居正说。
“知道了。”神宗又说，“与先生酒饭吃。”(22)
居正在召见以后，有《谢召见疏》，历称：“臣之区区，但当矢坚素履，罄竭猷为，为祖宗谨守成宪，不敢以臆见纷更；为国家爱养人才，不敢以私意用舍：此臣忠皇上之职分也。仍望皇上，思祖宗缔造之艰，念皇考顾遗之重，继今益讲学勤政，亲贤远奸，使宫府一体，上下一心，以成雍熙悠久之治，臣愚幸甚，天下幸甚。”
这一次的召见，是居正为首辅以后，第一次的召见。他发表大政方针，只说“遵守成宪”。这是居正和王安石不同的地方。宋神宗的时候，安石充满了一头脑的理想，他要改革，要创制；但是明神宗的时候，居正只是充满了一头脑的“成宪”，他只要循名，要核实。安石是理想的政治家，而居正是现实的政治家。居正所称的祖宗旧制，便是太祖的旧制，一年以前，他为会试主考的时候，曾经说过：
夫高皇帝之始为法也，律令三易而后成，官制晚年而始定，一时名臣英佐，相与持筹而算之。其利害审矣！后虽有智巧，莫能逾之矣！且以高皇帝之圣哲，犹俯循庸众之所为，乃以今之庸众，而欲易圣哲之所建，岂不悖乎？车之不前也，马不力也，不策马而策车，何益？法之不行也，人不力也，不议人而议法，何益？下流壅则上溢，上源窒则下枯：决其壅，疏其窒，而法行矣。今之为法壅者，其病有四：愚请颂言而毋讳，可乎？夫天下之治，始乎严，常卒乎弛；而人之情，始乎奋，常卒乎怠。今固已怠矣，干蛊之道，如塞漏舟，而今且泄泄然，以为毋扰耳。一令下，曰：“何烦苛也？”一事兴，曰：“何操切也？”相与务为无所事事之老成，而崇尚夫坐啸画诺之惇大，以此求理，不亦难乎？此病在积习者一也。天下之势，上常重而下常轻，则运之为易。今法之所行，常在于卑寡，势之所阻，常在于众强。下挟其众而威乎上，上恐见议而畏乎下，陵替之风渐成，指臂之势难使。此病在纪纲者二也。夫“多指乱视，多言乱听”，言贵定也。今或一事未建，而论者盈庭，一利未兴，而议者踵至：是以任事者多却顾之虞，而善宦者工遁藏之术。此病在议论者三也。夫屡省考成也，所以兴事也，故采其名，必稽其实，作于始，必考其终，则人无隐衷而事可的绩。今一制之立，若曰“著为令矣”，曾不崇朝，而遽闻停吧。一令之施，若曰“布海内矣”，而畿辅之内，且格不行。利害不究其归，而赏罚莫必其后。此病在名实者四也。四者之弊，熟于人之耳目，而入于人之心志，非一日矣。今不祛四者之弊以决其壅，疏其窒，而欲法之行，虽日更制而月易令，何益乎？(23)
以上所说的是制度方面。在人才方面，居正说过，“为国家爱养人才，不敢以私意用舍”，这一点见出居正的精明。高拱掌握政权的时候，异己的人一概排斥，这是高拱的偏私，以后高拱得到揽权擅政的恶名，未始不由于此。居正从这方面，得到教训，决不重蹈覆辙，这是一。其次高拱是一个干练的吏部尚书，他所提拔的人，没有不是当时的人才。隆庆三年的冬天，内阁决定进攻广西古田“叛”僮的时候，高拱用殷正茂为广西巡抚。正茂有才，但是贪污是免不了的。高拱说：“给他一百万，正茂也许吞没一半，但是只有正茂会把事情办好。”后来正茂果然“平定”古田。隆庆五年辽东巡抚李秋去职，高拱主张任用张学颜。旁人不以为然，高拱说：“张学颜的才具，大家没有知道，遇到盘根，自然会认识利器。”正在说着，吏部侍郎魏学曾来了，高拱向他要辽东巡抚。学曾思索很久以后，答复道：“张学颜去得。”高拱得到这个印证，随即提出学颜，后来在辽东也有极好的成绩。高拱赏识的人才，不用，那才糊涂，这不是居正做的。居正曾经说过：
孤虽不肖，其于人之贤否，略窥一斑，内不敢任爱憎之私，外不轻信毁誉之说。自当事以来，鉴前人之失，首陈皇极之论，以开悟上心，消弭偏党。(24)
最有兴趣的是张佳胤。佳胤是当时有名的才子，也是有名的能臣。但是他和高拱关系太深，又因为在应天巡抚任内，办事棘手，他很有些消极，居正接连去过两次信：
自公在郎署时，仆已知公，频年引荐，实出鄙意。不知者，乃谓仆因前宰之推用为介，误矣。天下之贤，与天下用之，何必出于己？且仆于前宰(25)素厚，顷者不恤百口，为之昭雪，区区用舍之间，又何足为嫌哉？“蔡人即吾人”，况前宰非蔡人，而公又吾人也？何嫌何疑之有？愿努力勋名，以副素望。(26)
惟公俊才厚蓄，又富于春秋，不以此时取旗常，勒钟鼎，乃顾恋庭闱，忘“在公”之义，非所望也。兹属休明之会，方将招遗佚于薖轴，宁肯纵鸾鹤于云林？大疏已属部复，而雅志必不得遂。愿勉奉简书，以徇国事。(27)
但是居正对于高拱的爪牙，决然不能容忍。他和汪道昆说：“二、三子以言乱政，实朝廷纪纲所系，所谓‘芝兰当路，不得不锄’者，知我罪我，其在斯乎！”(28)
高拱去了，政治中枢当然重有一番布置。要求干练如高拱的吏部尚书，是不可能的，但是当时有一个最负重望的大臣，这是管兵部尚书事的杨博。杨博自嘉靖三十四年以来，三任兵部尚书，嘉靖四十五年，调任吏部尚书，隆庆五年复以吏部尚书起用，在资望方面没有比杨博再高的了。因此提出杨博仍还吏部尚书。居正说过：
今上登极，首命公还秉铨衡，余受先帝遗托，方欲与公同心戮力，共佐休明。(29)
居正又说到杨博历佐三朝，以及自己和杨博始终相与的关系：
桓桓世庙，经武纬文，公媚天子，耆定策勋。穆穆庄皇(30)，垂衣拱手，公佐太平，声色不有。迨于今皇，两作继明，询兹黄发，还公宰衡。我求一德，惟公是与，不吊昊天，夺我心侣。有谋孰谘，有难孰夷，山颓木坏，怆矣其悲。(31)
杨博调回吏部，遗下兵部尚书，照高拱定下的原则，应由总督继任。当时的口号是国防第一，北边第一。北边三位总督：前任蓟辽总督谭纶、现任宣大总督王崇古和前任三边总督王之诰，都有重望。杨博和居正商定，起谭纶为兵部尚书。居正给崇古去信说：
昨本兵虚席，公论咸归公与西石(32)，乃太宰(33)谓渠复铨之始，嫌于首用其亲，且贡市方殷，犹借重望以镇之，计非久当别有简命也。(34)
正在布置的当中，高仪死了。内阁只剩居正一人。问题又到了面前，应当补怎样一个人呢？在不知明朝政体的人，也许以为既是杨博的资望最好，当然应补杨博。但是事实不是如此的。明朝的中枢，是二元制：吏部尚书的地位，本来在内阁大学士以上，即使到了内阁权重以后，吏部尚书，终于不曾落到内阁以下。当时的故事，吏部尚书在路上遇到大学士，照例不避道，便是显然的证据。(35)孝宗弘治年间，吏部尚书王恕的声望，始终不受内阁的压制，更是实例。还有，由吏部尚书入阁的，不是没有，但是这是特旨。在推举的时候，通常是礼部尚书、吏部侍郎，或是翰林学士。因此，神宗吩咐居正推举阁员的时候，居正不能推举吏部尚书杨博，(36)只能推举礼部尚书吕调阳。其实居正的经验多了，他知道内阁里除了自己，只需要一位忠厚老实、和衷共济的长者，并不需要一位雄才大略、气度恢宏的重臣。这是居正的私心，但是这是隆庆年间内阁混斗的经验。为国求贤，固然是对的，但是为内阁谋安定，也何尝不是为国家？居正对于调阳，在辛丑会试主考的时候，已经认识了，现在正准备和他长期合作。万历七年调阳死后，居正说过：
余与公同政府，知公深。公为人，外温而心辨，中毅而貌和，于事呐呐不轻为可否，于人恂恂不苟为异同；尝曰：“大臣协心体国，苟利社稷，嫌怨共之，安事羯羠其间？无论彼己懻忮，即贤者各是所见，政本之地，龂龂而争，如国体何？世儒嘐嘐，猥小曹参而卑丙吉，然则，虞廷云‘寅恭’者非邪？”自余柄政，与公共事者六年，内奉冲圣，勤缉熙，外赞密勿，定计划，莫逆于心，莫违于口，六年如一日也。(37)
吕调阳入阁，递遗礼部尚书，居正便起用陆树声。树声嘉靖二十年会试第一，嘉靖中，屡掌南京翰林院、南京国子祭酒，后来召为吏部右侍郎，称病不拜。隆庆中，再起故官，仍不就。这是一位声望隆重的大臣，现在居然来了，居正用后辈进见先辈之礼待遇他。
七月间户部尚书张守直、刑部尚书马自强致仕。守直在封贡的一件事，意见和居正不一致，自强也有些不满意，他们去了，居正便补进王国光、王之诰。王国光原来以户部尚书，总督仓场，现在调回管部，后来在任内完成《万历会计录》，是一部有关国计的著作。王之诰是居正的亲家，(38)但是之诰隆庆三年总督陕西三边军务，进南京兵部尚书，资望久已够了，而且卓然自守，并不附和居正，因此更得一般的推重。
诸人以外，工部尚书朱衡，左都御史葛守礼留任；朱衡在河工方面的成绩，和守礼的操守，都是当时物望所归。明朝的内阁，当然不是现代的内阁，对于阁中同僚和六部首长以及都察院的人选，首辅没有进退的大权，但是居正对于人选的布置，确曾费了一番苦心，而且也确曾达到自己的主张。后来他曾经自负地说：
书曰：“无侮老成人，皤皤良士，膂力既愆，我尚多有之。”宓子贱治单父，孔子使人觇之，见与老者二十余人议政，孔子喜曰：“吾知不齐能办单父矣。”今以幼主当阳，而朝多长者，岂非盛事乎？(39)
大政方针既经发表，中枢人选也分别确定，居正准备负起国家的重任。从隆庆六年六月起，到神宗万历十年六月为止，这整整的十年当中，他逐渐完成他的政治理想。在他掌握政权的期间，除了当前的政治问题以外，他还得应付三个重要的人物：第一，皇贵妃——后来的慈圣皇太后；第二，冯保；第三，神宗。这三个都是他的主人，三个人各有自己的立场，因此在应付方面，不时地发生困难，幸亏居正有他的政治天才，总算安稳度过了，但是毕竟因为没有应付完全得当，在他身后，发生意外的波折。
皇贵妃是一个有办法的人。居正还记得穆宗病重，冯保宣读遗嘱的时候，皇妃在帷中的口谕：
“江山社稷要紧，先生每要尽忠为国。”(40)
这是一个有决断的呼声。神宗即位以后，不久召居正至平台面谕：
“皇后是朕嫡母，皇贵妃是朕生母，尊号上先生可多加几字。”
问题立刻提出了，皇后当然尊为皇太后，但是皇贵妃也要称皇太后！这个还不要紧，以往还可以对一位皇太后加上尊号，以示分别，但是现在办不到了。居正疏称：
仰稽我祖宗旧典，惟天顺八年宪宗皇帝尊嫡母为慈懿皇太后，生母皇贵妃为皇太后，则与今日事体，正为相同，但于嫡母特加二宇，而于生母止称皇太后，则尊尊亲亲之别也。然今恩德之隆，既为无间，则尊崇之礼，岂宜有殊？且臣居正恭奉面谕，欲兼隆重其礼，各官仰体孝思，亦皆乐为将顺。今拟两宫尊号，于皇太后之上，各加二字，并示尊崇，庶于祖制无愆，而于圣心亦慰。(41)
就这样决定了，皇后陈氏尊称仁圣皇太后，皇贵妃李氏尊称慈圣皇太后，一切透露居正迁就事实的心理。居正是一个干练的政治人才，但是他在政治方面所受的训练，还是世宗嘉靖年间的训练，对于皇室，永远是那样诚惶诚恐，有时竟不免有些阿谀附和。万历元年翰林院产生白燕，居正把它和内阁所开并蒂莲花一并进献。神宗随即下一道手谕：
白燕、莲花俱进献圣母，甚是喜悦，却独产翰林院中，先开于密勿之地，上天正假此以见先生为社稷祥瑞，花中君子。朕赖先生启沃，固不敢颠纵，何德之有！(42)
《明史余懋学传》(43)称居正进《白燕颂》《白莲颂》。《白莲颂》不可考，《白燕颂》大致即是《白燕曲》：
白燕飞，两两玉交辉，生商传帝命，送喜傍慈闱。有时红药阶前过，带得清香拂绣帏。(44)
这是一篇贡谀慈圣太后的诗句。诗集中如《恭颂母德诗》：
猗钦我圣母，世德宜重光，扶天致升平，毓圣纂灵昌，履盛弥勤恪，秉礼日矜庄。内庭政无哗，外家恩有常，明达信如此，马邓岂足望？(45)
如《皇上祝圣母诗》：
女中颂德称尧舜，膝下承欢有帝王。(46)
文集中如《神母授图万年永赖颂》(47)《圣母图赞》(48)都是同样的作品。居正受的训练太久了，他自己无法摆脱这个形态，然而也正凭这种训练，博得慈圣太后的好感。
冯保是司礼掌印太监，在内廷他只是一个奴才，但是正因为掌握章奏的大权，他也成为居正的主人。冯保的大权，全靠慈圣太后，所以居正更不能不结好太后，借此减轻冯保的压迫。李太后要做功德，建涿州二桥，冯保主持，居正便有一篇《敕建涿州二桥碑文》，李太后建承恩寺、海会寺、东岳庙、慈寿寺、万寿寺，又是冯保主持，居正又是每一处来一篇碑文。(49)他甚至说：
臣以是益信佛氏之教，有以阴翊皇度，而我圣母慈光所烛，无远弗被，其功德广大，虽尽恒河沙数，不足以喻其万分也。(50)
居正不是不晓得这是胡诳，但是他只有胡诳。隆庆初年，江西龙虎山张真人的道号革去了；万历五年张国祥入京，透过冯保，走通李太后的路线，复封张真人，居正无可如何，只说：
张真人事，委为过举，初时发自慈闱，不穀未敢骤谏。(51)
居正对李太后是将顺，对冯保是敷衍。正因为在太后方面，居正也得到信任，所以在居正当国的十年之中，内阁和司礼监没有任何的冲突。冯保不是一个安分守己的人，他在北郊郊祭的时候，甚至传呼直入，北面拈香。(52)在当时委实有些骇人听闻，但是居正不管，他只要冯保不干政，就满足了；他曾说：
主上虽在冲年，天挺睿哲，宫府之事，无大无小，咸虚己而属之于仆，中贵人无敢以一毫干预，此公在北时所亲见也。仆虽不肖，而入养君德，出理庶务，咸独秉虚公以运之，中贵人无敢有一毫阻挠，此亦公在北时所亲见也。(53)
在大体上把握住了，居正在其他方面都可以迁就。冯保引用锦衣指挥同知徐爵入宫，代阅章奏，拟诏旨；居正吩咐仆人游七和徐爵结为兄弟，以资联络。徐爵、游七，后来都成为炙手可热的人物。冯保要在故乡深州建坊，居正甚至吩咐保定巡抚孙丕扬代建。冯保自建生圹，居正便有一篇《冯公寿藏记》，称为仁智忠远。在记中他又说：
语曰：“人貌荣名，岂有既乎？”今以公建立，视古巷伯之伦何让焉？诚由此永肩一心，始终弗替，虽与霄壤俱存可也，又奚俟于寿藏而后永乎？(54)
这里在推许以外，便有一层期望。他期望冯保继续努力，永保令名。居正身后，他的儿子懋修收集居正遗著的时候说起：
懋修谨案先父之与冯司礼处也，亦宫府相关，不得不然，谢世之后，言者用为罪端。今观其于豫藏文，惓惓勉以令名，固非阿私贿结者。……可见先父当主少之时，于左右侍近，其调处之术，可谓深矣。不然，以先父之严毅，使左右不服其调处，亦将奈之何哉！苦心国事者，自当有推谅其衷者矣。
居正当国的时候，他要应付三个重要的人物，——李太后、冯保、神宗。从表面看，当然是十岁的神宗，最容易应付了，但是事实上这是最大的困难。居正身后发生种种的波折，完全因为这一方面的失败。
神宗这时只有十岁，无论高拱当时在内阁里怎样说的，“十岁太子”毕竟只是“十岁孩子”。但是神宗年龄虽小，已经开始明了政治；他知道他是主人，然而他也知道在他没有支配实际政治的时候，他还得受人支配，甚至对于他的支配者，还得博取应有的好感。在当国的十年之中，居正是首辅，是独裁者，是皇帝的师傅，实际上他是神宗的支配者；神宗当然时时感到博取居正好感的必要，但是同时他也知道他是居正的主人。他对于自己的地位，正感到一种不平，他甚至要希图报复；所以他对于居正的好感，因为自卑心理的缺陷，日后突变为对于居正的恶感。居正是一个精明不过的人，但是正因为神宗年纪太小，一切都被瞒过了。假如历史的重演可信，我们不妨说居正和明神宗的关系，很有一些与霍光和汉宣帝的关系类似，但是正因为重演不会是完全的重演，所以还有许许多多的不同。
穆宗和他的父亲世宗全不一样，但是神宗和他的祖父便有许多类似的地方。这是所谓“隔代遗传”。世宗十六岁即位，享国四十五年，神宗十岁即位，享国四十八年；世宗是一个全权的统治者，神宗亲政以后，也是如此；世宗自嘉靖二十年以后，不亲朝政，神宗中年以后，也是怠于国政。在这些方面，神宗正和他的祖父一样，然而他也是李太后的儿子。他从母亲那里所得的是谨慎小心，是胆怯，是恭顺，但是在政权到手的时候，他便知道怎样运用。他一步不肯退让，甚至因为满足自己的欲望，他可以打破惯例，给对方以不必要的难堪。母亲不是曾领导自己，在清晨的雨道上，走到嫡母皇后那里去请安吗？但是现在母亲和嫡母还不是同样的皇太后？这小小的心灵，正在遗传的本能以外，又加上一些习得的经验。
李太后对于神宗，正是一个最能干、最负责任的母亲。穆宗逝世以后，皇上所住的乾清宫，照理只能由皇帝住了。仁圣太后本来是住在别宫的，现在退居慈庆宫；但是慈圣太后因为神宗年幼的关系，仍旧陪着儿子住在乾清宫，直到神宗大婚为止。平时她督责儿子读书，在书没有读熟的时候，便罚在地下长跪。皇帝跪在地下，还像什么皇帝，但是这是太后的懿旨，所以他还是跪下了。在讲官们讲书以后，神宗回到宫中，李太后又得下令复讲，当然还得复讲。三、六、九这几天，是早朝的日期，天亮还远得很呢，一听到五更“柝、柝”的声音，李太后自己来了，把十岁的孩子，从睡梦蒙眬中喊起，宫娥给洗过脸以后，便得赶紧坐上肩舆上朝。做皇帝真不是一份好差使，但是神宗也明白，“谁敢违背母亲的意旨呢”？
居正在神宗即位以后，随即请御日讲，他和吕调阳疏称：
臣等谬以菲陋，职叨辅弼，伏思培养君德，开导圣学，乃当今第一要务。臣居正又亲受先帝顾托，追惟凭几之言，亦惓惓以讲学亲贤为嘱，用敢冒昧上请。今一应大典礼，俱已次第修举，时值秋凉，简编可亲。(55)
明代皇帝的教育，一种是经筵，一种是日讲。经筵是最隆重的，每月逢二的日期举行。照例盛暑和严寒的时候都停止经筵，用现代术语，就是放寒假、暑假。举行经筵的时候，勋臣、大学士、六部尚书、都御史、翰林学士等都要到齐，由翰林院春坊等官及国子监祭酒进讲经史。一切的典礼很隆重，不过皇帝不御经筵，自动放假的事，不是没有。但是神宗的最初十年，谈不到自动放假。由万历元年规定以后，每年春讲以二月十二日起，至五月初二日止；秋讲以八月十二日起，至十月初二日止，不必题请。简单说，就是上学期九讲，下学期九讲，都有固定的日期。
神宗的经筵，虽自万历元年二月起，但是隆庆六年八月间，日讲就开始了。日讲在文华殿举行，不用侍卫、侍仪、执事等官，只用讲读官、内阁学士侍班。开始日讲的功课，居正给神宗规定如次：
一、伏睹皇上在东宫讲读，《大学》至传之五章，《尚书》至《尧典》之终篇。今各于每日接续讲读，先读《大学》十遍，次读《尚书》十遍，讲官各随即进讲毕，各退。
一、讲读毕，皇上进暖阁少憩，司礼监将各衙门章奏，进上御览，臣等退在西厢房伺候。皇上若有所谘问，乞即召臣等至御前，将本中事情，一一明白敷奏，庶皇上睿明日开，国家政务，久之自然练熟。
一、览本后，臣等率领正字官恭侍皇上，进字毕。若皇上不欲再进，暖阁少憩，臣等仍退至西厢房伺候。若皇上不进暖阁，臣等即率讲官再进午讲。(56)
一、近午初时，进讲《通鉴节要》，讲官务将前代兴亡事实，直解明白，讲毕各退，皇上还宫。
一、每日各官讲读毕，或圣心于书义有疑，乞即下问，臣等再用俗说讲解，务求明白。
一、每月三、六、九，视朝之日，暂免讲读。仍望皇上于宫中有暇，将讲读过经书，从容温习。或看字体法帖，随意写字一幅，不拘多少，工夫不致间断。
一、每日定以日出时，请皇上早膳毕，出御讲读；午膳毕，还宫。
一、查得先朝事例，非遇大寒大暑，不辍讲读。本日若遇风雨，传旨暂免。(57)
这是神宗的课程表。后来《通鉴节要》讲完，续讲《贞观政要》。
神宗这时还不足十岁，但是居然担负这样繁重的课程。他对于张居正，真是十分亲近和尊崇。在这一年，居正曾经屡次说到神宗和自己的关系：
所幸主上年虽幼冲，聪睿异常，又纯心见任，既专且笃，即成王之于周公，恐亦未能如是也。但自愧菲劣，不足以堪之。目前景象，似觉穆清，自今而往，惟当益积悃诚，恒存兢业，恪循轨辙，按辔徐行耳。(58)
幸主上虽在冲年，已具大有为之度，近又日御便殿讲读，因而商榷政事，从容造膝，动息必咨，仆亦得以罄竭忠悃，知无不言，言无不信。(59)
近来朝政愈觉清泰，宫闱之内，蔼然如春，肃然如冬。主上锐意学问，隆寒不辍，造膝谘访，史不殚书。(60)
隆庆六年十二月，居正进《历代帝鉴图说》，自称：
谨自尧舜以来，有天下之君，撮其善可为法者八十一事，恶可为戒者三十六事。……每一事前，各绘为一图，后录传记本文，而为之直解，附于其后，分为二册，以辨淑慝。(61)
这是一种绘图立说的故事书，对于不满十岁的皇帝，不能不认为富有教育意义的著作。神宗在文华殿看到居正捧着这两册故事书，快活得站起来，忙教左右把《图说》揭开，居正从旁指点讲解。一次讲到汉文帝劳军细柳的故事，居正说：“皇上应当留意武备。祖宗以武功定天下，如今承平日久，武备日弛，不可不及早讲求。”神宗听到，只是一连地称“是”。居正把自己整饬武备、抵御外侮的主张，完全提出。
还有一次关于居正进讲的事实，在万历四年二月二十九日。这一年神宗十四岁。神宗早些时在习字的时候，进讲官写好太祖的《大宝箴》作为影格，居正看见便说：
“这一篇文章，和君德治道都很关切。皇上不仅是摹写，还要能背诵；不仅是背诵，还要能讲解。”
随后居正进《大宝箴注解》一篇。二十九日神宗在文华殿，召居正到御座面前，自己站起来，高高地举起《大宝箴》交给居正。居正站着，神宗把全文高声背诵一遍。背诵以后，居正再行讲解，关于《大宝箴》引用的故事，神宗全明白。最后讲到“纵心乎湛然之域”一句，“这不过说人应当虚心处事。”神宗说。
居正拱起两手称贺说：“正是虚心两字，可以解释这一条的意义。人心所以不虚的原故，全是因为私意的混杂。水是最清的，混了泥沙以后，水便不清；镜是最明的，蒙上灰尘以后，镜便不明。皇上只要涵养此心，除去私欲，和明镜、止水一样，自然好恶刑赏，无不公平，万事都办好了。”(62)
居正对于神宗，正和一位尊严的小学教师一样，利用一切的机会，要把自己的学生，领上理想的境界。他看到小学生正在一步步地跟着自己迈进，心里感觉到无限的喜悦。然而他忘去学生只是一个人，是人便有人的无限的光精，同样也有人的必然的缺陷。何况神宗是世宗的孙子，穆宗和李太后的儿子，在他的血管里，正动荡着倨傲，颓废，和那委曲迁就，伺机图逞的血液！
神宗在讲官们的教导中，逐日成长了，但是小学教师的眼光里，只看到一个驯伏听话的学生。一次神宗朗诵论语的时候，失于检点地竟把“色勃如也”读作“色背如也”。在旁站着的居正厉声说：“应当读作‘勃’字。”这一下神宗真有些“勃如”，但是居正没有看到。
性质倔强的人，遇到压迫的时候，常会感到非常的烦闷，成人如此，小孩子也如此。有时小孩子受到父母和师长的压迫以后，便对弟妹发作一番；再不然，看到小狗、小猫，也得踢一脚，这是方向的移转，发作还是发作。神宗对于居正，真是恭敬到万分，慈圣太后要他这样，他能不恭敬吗？还有司礼监冯保呢！这是管理宫内一切事务的人，慈圣太后都听他的话，自己更得听话了，神宗称他“大伴”，连名字都不便提，正和只称居正为“先生”一样。小小的心灵，对于“大伴”已是非常悚敬，何况在文华殿的时候，连“大伴”也肃然地站在那里，自己能不用心听话吗？居正讲到国家大事，“大伴”又那样耳提面命地道：“‘先生’是先帝托孤的忠臣，‘先生’说的话，皇上要得仔细听啊！”于是居正面上，又蒙上一重特有的庄严，把神宗驯服得和小羊一样。
但是神宗时常感到异常的烦闷。十岁的时候，慈庆宫后房毁了，御史胡涍请放归后宫宫人，内称“唐高不君，则天为虐”。神宗大怒，要他明白回奏，经过居正再三解释，胡涍还得到斥逐为民，永不叙用的处分。十二岁的时候，内监张进醉酒放肆，言官交章弹劾，神宗勃然大怒，认为言臣干涉宫内琐事，完全是欺蔑皇上。(63)十四岁的时候，看到奏疏中提到江洋大盗“缚王劫印”一句，神宗震怒非常，认为抚按处罚太轻。居正说：“盖主上恒以冲年，恶人之欺己，故以失事为可道，而以隐匿为深罪也。”(64)居正看到神宗因为自己年幼，时常痛恨诸人之相欺，但是居正没有豫料到这和万历十年以后，神宗痛恨居正，是有同样的心理根据。
经过隆庆六年的政变，居正所得的是国家的重任，同时他还得应付慈圣太后、冯保和神宗，——这三位不能轻易应付的主人。
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(1) 见敬修《文忠公行实》。《明史》不载穆宗病状。
(2) 参奏疏五《进世宗御笔疏》。
(3) 卷七十二。
(4) 《明史》卷三〇五《冯保传》。
(5) 传称穆宗“甫崩”。
(6) 《明史》卷二一五《陈吾德传》附。
(7) 《明史》卷二四六《王允成传》。
(8) 世宗。
(9) 文集九《司礼监太监冯公豫作寿藏记》。
(10) 《明史》卷二一三《高拱传》及《居正传》皆不载。
(11) 《文忠公行实》记扶持还宫以后，即言“坐稍定，先帝召太师榻前，执太师手，嘱托甚至”。
(12) 参《明史·高拱传》。
(13) 武后光宅元年，改中书省为凤阁，门下省为鸾台。
(14) 书牍三《答宗伯高南宇》。
(15) 书牍四《答宗伯潘水帘》，居正有《义命说》，见文集六。
(16) 《明史·高拱传》称拱使人报居正，居正阳诺之而私以语保。《冯保传》称保与居正定谋逐拱。
(17) 《明史纪事本末》言“促居正至”。《明史·高拱传》言“拱伏地不能起，居正掖之出”，似居正是日曾至会极门。以周圣楷《张居正传》考之，则言居正卜视陵寝，“比归而拱已去位矣，”又似居正是日尚在大峪岭未回。周《传》作于崇祯间，应可信。再考居正奏疏二《谢召见疏》则言“祗役山陵回还，中暑致病，具奏请假调理。本月十九日辰刻，忽闻中使传奉圣旨，宣召臣入”，是十六日居正实已还京，尚在假中。
(18) 《明史纪事本末》卷六一原文。
(19) 《明史纪事本末》。
(20) 《明史·高拱传》。
(21) 书牍四《答王鉴川》。
(22) 奏疏二《谢召见疏》，对话用原文。
(23) 文集三《辛未会试程策》二。
(24) 书牍十一《答南列卿陈我度》。
(25) 前宰指高拱。
(26) 书牍五《答总宪张崌崃言公用舍》。
(27) 书牍五《答总宪张崌崃》。
(28) 书牍五《答汪司马南溟》。
(29) 文集五《襄毅杨公墓志铭》。
(30) 穆宗。
(31) 文集五《襄毅杨公墓志铭》。
(32) 王之浩。
(33) 杨博。
(34) 书牍四《答王鉴川》。
(35) 见《明史》卷二二四《孙鑨传》。
(36) 推举吏部尚书入阁非故事，见《明史》卷二二四《陈有年传》。
(37) 文集五《豫所吕公墓志铭》。
(38) 居正第四子简修娶之诰女。
(39) 书牍六《与南台长言中贵不干外政》。
(40) 参奏疏六《谢皇太后慈谕疏》。
(41) 见奏疏二《看详礼部议两宫尊号疏》。
(42) 见奏疏三《谢宸翰疏》。
(43) 《明史》卷二三五。
(44) 诗四《白燕曲》四首之一。
(45) 诗一。
(46) 诗四。
(47) 文集二。
(48) 文集二。
(49) 皆见文集四。
(50) 文集四《建五台山大宝塔寺记》。
(51) 书牍十二《答南科吴公琯》。
(52) 《明史》卷二一〇《邹应龙传》。
(53) 书牍六《与南台长言中贵不干外政》。
(54) 文集九《司礼监太监冯公寿藏记》。
(55) 奏疏二《乞崇圣学以隆圣治疏》。
(56) 按正字官“掌缮写、装潢、诠其讹谬而调其音切”，见万历本《明会典》卷五十二。
(57) 奏疏二《拟日讲仪注疏》。
(58) 书牍四《答两广殷石汀》。
(59) 书牍四《与王鉴川言虏王贡市》。
(60) 书牍四《与河道万巡抚沦河漕兼及时政》。
(61) 奏疏三《进帝鉴图说疏》。
(62) 奏疏十一《送起居馆讲大宝箴记事》。
(63) 书牍六《与南台长》。
(64) 书牍八《答操江王少方》。