朱元璋在出兵征服方国珍的同时，决定了南征北伐的大计。
吴元年九月间，元璋统治的疆土，大体上据有现在的湖北、湖南、河南东南部和江西、安徽、浙江，包括汉水下游和长江下游，是全中国土地最肥沃，物产最丰富，人口密度最高，最繁荣富庶的地区。
中国南部除元璋所占地区以外，分裂成几个军事割据地区：以四川为中心的是夏国明昇，云南有元宗室梁王镇守，两广也是元朝的势力，福建陈友定虽然跋扈，仍然对元朝效忠。
元璋见夏国主幼兵弱，不会有所作为，云南太远，暂时可以不问，决定首先进军目标是福建和两广。
中国北部在表面上属于元朝政府统治，但情况十分复杂：山东是黄军（地主军）王宣的防地；河南属扩廓帖木儿；关内陇右则有李思齐、张良弼诸军；孛罗帖木儿一军镇大同。扩廓帖木儿和李、张二将不和，孛罗帖木儿又和扩廓帖木儿对立。当元璋进兵江浙的时候，元朝这几个将军正在争军权，抢地盘，一心一意打内战，拼个死活，谁也不管整个战局。和军事领袖内部冲突的同时，元朝统治阶级最上层宫廷的内部矛盾，也日益深化、激化了。宫廷的阴谋政变和军事领袖的公开内战相结合，并且互相利用，元朝统治阶级分裂成为两个互相倾轧、残杀的集团，双方都要夺取政权，都有贵族官僚支持，都有武装力量，势均力敌，争得热闹，杀得热闹，造成“鹬蚌相争，渔翁得利”的局面。元璋趁着元朝内部打得火热的有利形势，乘机东征南伐，扩大地盘，充实军力。等到元璋北伐大军兵临城下，元朝的军事领袖们才着了慌，停止互相残杀，却又不肯也不甘心和别人合作，听别人指挥，仍然是各保地方，各自为战，为朱元璋造成集中强大军力进行个别歼灭的良好战机。元朝政府分散的军事力量一股接着一股被消灭的结果，长期进行阶级压迫和民族压迫的蒙汉地主联合政权，也随之被消灭了。
元朝军事领袖内部斗争的历史可以追溯到几年以前。
红军起义后，元朝正规军队抵抗不住，四处打败仗。坚决顽强地和红军作战的是“义军”。这是由地主土豪所组织的保卫私家生命财产的地方“民兵”，也叫作“乡军”。红军要推翻地主阶级的统治，地主们却要保卫自己的统治，这是你死我活的阶级斗争，旗帜十分鲜明，斗争自然非常激烈。“义军”中最强大的有两支：一支是起自沈丘（今河南沈丘）的察罕帖木儿和李思齐。察罕帖木儿的祖先是元初征占河南的蒙古军人，子孙在沈丘落户，至正十二年和罗山地主李思齐率领乡里子弟袭破红军所占领的罗山，元朝政府授官汝宁府达鲁花赤，各地的地主武装闻风先后参加，组成一支万人的地主军，几年来连败红军，重占河北、关陕，陷汴梁，取河南，号令达江浙，屯重兵于太行山。正准备大举进攻山东时，和另一支“义军”发生了内战。[63]一支是元朝世将答失八都鲁所招募的襄阳官吏和流亡土豪的两万“义丁”，和刘福通作战有功，重占襄阳、亳州。[64]答失八都鲁死，子孛罗帖木儿代之掌兵，移镇大同。山西晋冀之地原本是察罕帖木儿的部队进占的，察罕帖木儿大军东出，孛罗帖木儿就进军晋冀，强占察罕帖木儿的防地，察罕帖木儿自然不甘心，两军就大打特打，交战几年，元朝政府无力制止，屡次派人调停讲和。察罕帖木儿被刺死后，孛罗帖木儿又领兵来争晋冀，内战又起。[65]
和军事领袖公开内战的发展同时进行的是元朝宫廷的阴谋政变。
脱脱丞相贬死后，哈麻代为丞相。哈麻阴谋废元顺帝而立皇太子，事泄被杀。皇太子生母高丽奇皇后和皇太子仍旧阴谋废立，使宦官朴不花和丞相太平商量，太平不肯，太子愤恨，把太平害死了。宫廷里分作两派，丞相搠思监和朴不花帮太子，贵臣老的沙帮皇帝。太子派靠扩廓帖木儿作外援，皇帝派就拉拢孛罗帖木儿来对抗。
老的沙得罪于皇太子，逃入孛罗帖木儿军中。皇太子怨恨孛罗帖木儿收容他的仇人，搠思监、朴不花就诬害孛罗帖木儿图谋不轨，至正二十四年四月元朝政府下诏数孛罗帖木儿罪状，解其兵权，削其官爵。孛罗帖木儿也不客气，竟自带领大军进向大都。元顺帝慌了，缚送搠思监、朴不花谢罪，孛罗帖木儿才回师大同。太子失败了，不甘心，逃出大都，再征扩廓帖木儿出兵打孛罗帖木儿。孛罗帖木儿又举兵进攻大都，太子战败，逃到太原。孛罗帖木儿入都，做中书左承相。二十五年太子调扩廓帖木儿和诸路兵进攻，孛罗帖木儿战败，被刺死于宫中，扩廓帖木儿入都代为丞相。
太子奔太原时，要仿效唐肃宗灵武故事，自立为皇帝，扩廓帖木儿不赞成。扩廓帖木儿入都时，奇皇后又要他带重兵拥太子进宫，逼顺帝让位。扩廓帖木儿又不肯，离京三里就命大军驻下，只带数骑入朝。以此，奇皇后和太子深恨扩廓帖木儿。元顺帝也疑忌他兵权太重，朝中大臣嫌他不是根脚官人（世代贵族），另眼相看。扩廓帖木儿在军中日子久了，不习惯于尔诈我虞的宫廷阴谋斗争，兼之上下都对他嫌忌，自己知道站不住脚，就请求出外带兵。元顺帝便封他为河南王，统率全国军马，代皇太子出征。[66]
至正二十六年二月，扩廓帖木儿回到河南军中，调度各处军马，用檄文调关中四将军会师。李思齐得调兵劄，勃然大怒，骂说：“乳臭小儿，黄发还没有退，敢来调我！我跟你父亲同乡里，同起义兵，你父亲进酒，还三拜才喝，你在我面前连站脚处都没有，居然称总兵，敢来调我！”下令各部，一戈一甲不许出武关，王保保来见，则整兵杀之。张良弼、孔兴、脱列伯三军也不受节制。扩廓帖木儿军令不行，只好把南征一事暂且放下，派一部分军队屯驻济南，防御南方进攻，亲自带领大军入关攻李思齐。李思齐等四将军也会兵长安，盟于含元殿旧基，合力抵抗。两军军力相差不多，整整打了一年，大小几百战，分不出胜负。元顺帝再三命令扩廓帖木儿停战，一意南征，扩廓帖木儿不听。二十七年七月扩廓帖木儿抽调部下最精锐的貊高一军，渡河从背后直捣凤翔，貊高部将中有一部分是孛罗帖木儿的旧将，半路上计议：“朝廷调我们打妖贼，如今却去打李思齐，李思齐是官军，官军杀官军，为什么来？”逼貊高倒戈声讨扩廓帖木儿。元顺帝本来疑忌扩廓帖木儿，又恨他不听命令，正在想法夺去扩廓帖木儿兵权，貊高的报告一到，他十分高兴，升貊高为知枢密院兼平章，总河北军马；并下诏书解除扩廓帖木儿统帅权，只领本部兵马，肃清江淮。李思齐等部分兵进取。特设大抚军院，以皇太子总制天下兵马，专防扩廓帖木儿。[67]
西吴侦探得上面所说的一切情况，元璋决心利用元军忙于内战，主要军力自相抵销的有利时机，南征北伐同时并进。吴元年十月，以徐达为征虏大将军，常遇春为副将军，率甲士二十五万，由淮入河，北取中原。中书省平章胡廷瑞为征南将军，江西行省左丞何文辉为副将军，由江西取福建。湖广行省平章杨璟、左丞周德兴率湖广诸卫军取广西。
取福建兵分三路：胡廷瑞、何文辉率步骑从江西度杉关为正兵，汤和、廖永忠由明州以舟师取福州为奇兵，李文忠由浦城攻建宁（今福建建瓯）为疑兵。陈友定的根据地延平（今福建南平）和福州犄角，建宁则为延平外线据点，驻有重兵。元璋三路大军分头进攻，正兵使敌人以主力应战，奇兵使敌人不测所以，疑兵分散敌人兵力。
陈友定福建福清人。出身雇农，做富农的上门女婿，做买卖总是赔钱，投充驿卒。至正十二年红军进攻福建，友定投效做了“民兵”，立了战功，升为小军官，占领很多城池，积官到福建行省平章，镇守闽中八郡。在地方虽然跋扈专行，对元朝政府却极为恭顺，年年运粮到大都。朱元璋占婺州后，和友定接境。至正二十五年二月，友定进攻处州，为西吴大将胡深所败，深乘胜追击，元璋调发江西驻军南下，准备两路会师，一举攻下延平。不料胡深部队进展太快，孤军深入，中伏被俘，为友定所杀，平闽计划受了挫折，暂时搁起。
到方国珍投降后，西吴水师乘胜南下，友定辖境和元朝本部隔绝，孤立无援。福州、建宁先后失去，延平被围。洪武元年正月城破，友定和僚属诀别，服毒自杀不死，被俘到应天。元璋责备他攻处州、杀胡深的罪状，友定厉声回答：“国破家亡，死就算了，何必多说！”父子同时被杀。[68]
西吴从出兵到克服延平，费时四月，从克服延平到平定全闽，又费了八个月工夫。
平定两广的部署，也是分兵三路：第一路杨璟、周德兴由湖南取广西；第二路陆仲亨由韶州（今广东曲江）捣德庆；第三路是平闽的水师，由海道取广州。第一路军于吴元年十月出发，第二、三路军于洪武元年二月出发，所遇抵抗以第一路军为最大。从衡州推进到广西，第一座名城永州（今湖南零陵），第二全州（今广西全县），都是经过激烈血战才占领的，进围靖江（今广西桂林）。第二路军用三个月时间平定北江和西江三角地带，切断了广州和靖江的交通线。第三路军廖永忠遣使向元朝江西福建行中书省左丞何真劝降，大军到潮州，何真送上印章、图籍、户口，奉表归降。广州和附近州县，不战而下。廖永忠以所部沿西江入广西，北上会合第一路军攻围靖江。洪武元年六月，靖江城破，七月广西平定，两广全归元璋版图。[69]
福建、两广平定后，南部除了四川、云南以外，都联成一片了，大后方的人力、财力，供给北伐军以无限的支持。
北伐军在出发前，经过元璋和刘基仔细商定了作战计划，再和诸将在军事会议上讨论决定。常遇春提出的方案是攻坚战术，直捣大都，以为南方都已平定，兵力有余，以我百战的精兵消灭元朝疲惫的兵力，必胜无疑。把首都攻下后，以破竹之势，分兵扫荡，其余城池可以不战而下。元璋的计划正好相反，他指出直攻大都的危险性，以为这是元朝经营了上百年的都城，防御工事一定很坚固。假使我孤军深入，一时攻打不下，屯兵于坚城之下，后边的粮饷接济不上。元朝的援兵从四面八方赶到，我军进退不得，岂不坏事？不如用斫树的法子，先去枝叶，再挖老根。先取山东，撤掉大都的屏风；回师下河南，剪断它的羽翼；进踞潼关，占领它的门户，东南西三方面的军事要点都在我军手里了，再进围大都，那时元朝政府势孤援绝，自然不战可取了。大都既下，鼓行而西，云中、九原以及关陇，都可席卷而下。元璋的战术是稳扎稳打，逐步为营，步步推进，逐渐扩大，占领地和后方联结在一起，人力和粮饷的补给线控制在自己的手里，而且以自己的全力集中打击敌人分散的兵力，从积极方面说可以稳操胜算，从消极方面说，也是立于不败之地。这种军事思想是十分高明的，十多年的战斗生活的实践，培养朱元璋成为既细心、又大胆，既看到局部，又看到全局，能够指挥百万大军的统帅了。诸将听了，都同声说好。[70]
北伐军的统帅部的组织，也经过慎重研究，选择最优秀的大将组成。在平陈友谅以前，诸将直接由元璋亲自指挥，彼此不相统率。有一次打了个大胜仗，常遇春把汉的降兵全部杀死，徐达阻止不住，才派定徐达做大将军，节制诸将。这次北伐大军，关系更重大，徐达用兵持重，不打无把握之仗，行军有纪律，尤其重要的是他小心谨慎，叫做什么就做什么，靠得住，放得下心，任为征虏大将军，统帅全军。常遇春当百万之众，勇敢先登，冲锋陷阵，所向披靡，任为副将军。元璋担心他健斗轻敌，特别约束告诫，如大敌当前，以遇春做先锋，和参将冯胜分左右翼，将精锐进击。右丞薛显、参将傅友德勇冠诸军，各领一军，使当一面。大将军专主中军，责任是运筹决胜，策励诸将，不可轻动。[71]
元璋又再三申明纪律，告谕将士以北伐意义：这次北伐的目的不仅仅是攻城略地，重要的是平定中原，削平祸乱，推翻这个坏政府，解除人民痛苦，安定人民生活。见敌人就打，所经地方和打下的城子，不可乱杀人，不可抢财物，不可毁坏民居，不可破坏农具，不可杀耕牛，不可掠人子女。如有收留下遗弃的孤儿幼女，父母亲戚来讨，一定要交还，这是件好事，大家都要这样做。[72]
要使北方人民明白大军北伐的道理，要解除北方官僚地主对红军恐惧疑忌的心理，和瓦解元军的军心士气，还必须着实做好宣传工作。宋濂奉命写的告北方官吏、人民的檄文说：
自古帝王临御天下，皆中国居内以制“夷狄”，“夷狄”居外以奉中国，未闻以“夷狄”居中国治天下者也。自宋祚顷移，元以“北狄”入主中国。四海以内，罔不臣服，此岂人力，实乃天授。彼时君明臣良，足以纲维天下，然达人志士，尚有冠履倒置之叹。自是以后，元之臣子，不遵祖训，废坏纲常，有如大德废长立幼，泰定以臣弑君，天历以弟鸩兄，至于弟收兄妻，子烝父妾，上下相习，恬不为怪，其于父子君臣夫妇长幼之伦，渎乱甚矣。夫人君者斯民之宗主，朝廷者天下之根本，礼义者御世之大防，其所为如彼，岂可为训于天下后世哉！
及其后嗣沉荒，失君臣之道，又加以宰相专权，宪台报怨，有司毒虐，于是人心离叛，天下兵起，使我中国之民，死者肝脑涂地，生者骨肉不相保，虽因人事所致，实天厌其德而弃之之时也。古云“胡虏无百年之运”，验之今日，信乎不谬。
当此之时，天运循环，中原气盛，亿兆之中，当降生圣人，驱逐“胡虏”，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民。今一纪于兹，未闻有治世安民者，徒使尔等战战兢兢，处于朝秦暮楚之地，诚可矜悯。
方今河、洛、关、陕，虽有数雄：忘中国祖宗之姓，反就“胡虏”禽兽之名，以为美称，假元号以济私，恃有众以要君，凭陵跋扈，遥制朝权，此河洛之徒也；或众少力微，阻兵据险，贿诱名爵，志在养力，以俟衅隙，此关陕之人也。二者其始皆以捕妖人为名，乃得兵权。及妖人已灭，兵权已得，志骄气盈，无复尊主庇民之意，互相吞噬，反为生民之巨害，皆非华夏之主也。
予本淮右布衣，因天下大乱，为众所推，率师渡江，居金陵形势之地，得长江天堑之险，今十有三年。西抵巴蜀，东连沧海，南控闽越，湖、湘、汉、沔，两淮、徐、邳，皆入版图，奄及南方，尽为我有。民稍安，食稍足，兵稍精，控弦执矢，目视我中原之民，久无所主，深用疚心。予恭承天命，罔敢自安，方欲遣兵北逐“胡虏”，拯生民于涂炭，复汉官之威仪。虑民人未知，反为我仇，挈家北走，陷溺尤深。故先谕告：兵至，民人勿避。予号令严肃，无秋毫之犯，归我者永安于中华，背我者自窜于塞外。盖我中国之民，天必命我中国之人以安之，“夷狄”何得而治哉！予恐中土久污膻腥，生民扰扰，故率群雄奋力扩清，志在逐“胡虏”，除暴乱，使民皆得其所，雪中国之耻，尔民其体之。
如蒙古、色目，虽非华夏族类，然同生天地之间，有能知礼义，愿为臣民者，与中夏之人抚养无异。故兹告谕，想宜知悉。[73]
这是元璋幕僚中儒生系统的代表性作品，突出了汉族地主阶级知识分子的大汉族主义思想，突出了儒家的天命论，突出了维护封建秩序的理论。
首先他们把国内的少数民族都叫作“夷狄”，把中国只看成是汉族的中国，不是多民族共同缔造的中国；中国只能由汉人统治，少数民族的统治便是“冠履倒置”；而且硬说历史上从来没有少数民族统治中国的事实，从现在看来，这些观点都是落后的、陈旧的、反动的，也是不符合历史实际的。事实上，中国从来都是一个多民族的国家，在漫长的历史时期，有的朝代的统治者是汉人，也有的朝代的统治者是少数民族；同时，在同一时期，曾经出现这种情况，较大地区统治者是汉人，其他某些地区统治者是少数民族。从社会发展阶段、生产技术和文化科学等方面来说，各民族之间确有先进和落后之分，但是，民族本身并没有什么上下高低之分，相同之点却都是一个阶级对另一个阶级的统治。由于长时期的大汉族主义作怪，使得刘基、宋濂这些人，忘记了自己国家的历史，也看不见蒙古贵族统治全国将近百年，蒙古民族已经加入了中国各民族大家庭的历史，内夏外夷的偏见，在这篇檄文中充分地表达出来了。
天命论也被强调了，说元朝统一，“此岂人力，实乃天授”，是天命。红军起义，“天厌其德而弃之”。元朝又没有天命了。他自己则是“恭承天命”，统一全国的天命又归朱元璋了。把一个旧政权的被推翻和新政权的建立，都归结为天命，这种唯心思想，也是一千多年来儒家的中心思想。朱元璋是由农民起义起家的，正是农民的革命斗争的伟大力量，使他取得胜利，但是在天命论的掩饰下，这个伟大力量被一笔勾销了。人民群众的力量，革命斗争推动社会前进的力量被阉割了，取得革命胜利的原因只是由于朱元璋得了天命。
红军起义是鲜明的阶级斗争，要推翻蒙汉地主阶级的联合统治，要破坏旧的封建秩序。檄文却正好相反，要“立纲陈纪”，这个纲、纪，正是封建秩序的纲纪，是“御世之大防”，檄文明确提出这个恢复封建地主阶级纲、纪的目标，比不久前讨张士诚的檄文只是消极地谴责红军、背叛红军，又前进了一步了。
尽管如此，这篇檄文在那个时候却在北方广大的官僚、地主、儒生、大汉族主义者中间起了明显的广泛的作用。檄文的中心有三点：第一是民族革命，强调“夷”夏的区别，强调中国应由汉族人来治理，过去蒙古、色目贵族的统治，使“死者肝脑涂地，生者骨肉不相保”。当前北伐的目的，是“驱逐‘胡虏’，恢复中华”，雪中国（这两字指的是汉族）之耻，这两句现实的口号，比之红军初起时所提出的恢复赵宋政权，从狭隘的搬出一个已被遗忘的幽灵，进一步喊出恢复中华的主张，以此为号召，自然更能够获得地主阶级知识分子的支持，大汉族主义者的支持；第二是复兴道统，也就是旧有的封建文化、思想的恢复，檄文中提出“礼义者御世之大防”。“父子君臣夫妇长幼之伦”，“朝廷者天下之根本”，“中国居内以制夷狄”，都是纲是纪，是儒家的中心思想，是多少世代以来维持封建统治的金科玉律。大之治国，小之修身，从政治到生活，都被约束在这一封建思想体系中。蒙古、色目贵族破坏了这一思想体系，“渎乱甚矣！”“岂可为训于天下后世！”这次北伐，目的是“立纲陈纪，救济斯民”。恢复这个世代相传的封建传统文化和生活习惯，这比之红军初起时所宣扬的弥勒佛和明王出世的幻想故事，更能广泛地获得儒生士大夫的同情和支持；第三是统一和安定，几十年来的元君荒淫，有司毒虐，天下兵起，中原之民，久无所主。北伐的目的是为了治世安民，是为了拯生民于涂炭，是为了使人民永安于中华，使民皆得其所。提出统一和安定民生的号召，这是符合于当时各阶层人民要求的，是符合全体人民切身利益的。当时各阶层人民所欢迎、所拥护、所争取的目标在这篇檄文中特出地揭示出来，这样也就自然产生出不可抗拒的力量，为最后胜利铺平道路。
骂元朝政府，说他破坏封建传统文化，宫廷内乱七八糟，指斥他政治贪污腐化，毒虐人民，是个坏政府，不但人心离叛，连上天也已经厌弃他了。
骂元朝将军，河洛指扩廓帖木儿，扩廓帖木儿原来是汉人王保保，为母舅察罕帖木儿收养，元顺帝赐以蒙古名，是抬举他算蒙古人的意思。关陕指李思齐等四将军。骂扩廓帖木儿用蒙古名字，以“夷”变夏，跋扈要君；骂李思齐等阻兵据险，志在养力。这两个军事集团互相吞噬，不但不能庇民，反为生民之巨害，都不能作为华夏之主。那么，谁应该来治理中国呢？论版图之广大，人民之众多，军力之强大，逐“胡虏”，“除暴乱”，“雪国耻”，“拯生民”的历史任务，就不能不由淮右布衣朱元璋负担起来了。
最后，为了缓和蒙古、色目人的反抗心理，指出只要他们知礼义，愿为臣民，也就和中夏之人同样抚养，一视同仁。
前一年讨张士诚的檄文，还只是消极地斥责弥勒教，空洞地骂元朝政府。到这时候，才鲜明地、具体地、积极地提出民族革命、复兴封建道统和统一安定的号召，这是朱元璋进一步的思想转变、政治转变，也是元璋幕府里代表地主阶级利益的儒生们的再一次的胜利。
这一宣传文告发生了巨大的作用，北伐军所到之处，山东、河南州县纷纷降附，名城如济南、益都、汴梁、河南府都不战而降。连蒙古、色目人也望风降附了，扩廓帖木儿的舅父老保投降了，外祖父梁王阿鲁温也投降了，汴梁守将过去守庐州的左君弼也不战而降。有的元朝守将知道抵挡不住，弃城逃走。北伐军因之得以顺利进军，在很短的时间内，取得巨大的胜利。
北伐军徐达一军由淮入河是主力，征戍将军邓愈由襄阳北略南阳以北州郡是偏师，目的在分散元军兵力。
从军事进展情形来说，徐达正确地执行了预定的计划。这个计划如上文所说，是剪其枝叶，步步推进。第一步从出师这天起，到洪武元年正月，前后三个多月，平定山东。
第二步由山东取河南，分兵两路：一路取归德（今河南商丘）、许州（今河南许昌），和邓愈军会师，抄汴梁的后路；一路由郓城渡黄河直达陈桥，两路兵力像两个钳子夹住，汴梁不战而降。进败元军于洛水，河南（今河南洛阳）降，河南全境平定。别将冯胜也攻克潼关，李思齐、张良弼遁走。这是洪武元年三、四月间的事。
鲁、豫既定，潼关一军堵住元关中军的出路，三面包围元大都的军事局势已经造成。五月，元璋亲自到汴梁，大会诸将，重新研究战局和决定下一步骤的战略。
当北伐军以雷霆万钧之势，席卷中原，元朝各地方守将告急的羽书，雪片似的飞向大都的时候，元军正忙于内战，打得难解难分，政局反复和军权转移，干变万化、扩廓帖木儿被解除统帅权后，退兵据泽州（今山西晋城），部将关保投向元朝政府。元顺帝见扩廓帖木儿势孤，下诏李思齐等军东出关，和貊高合军围攻扩廓帖木儿，令关保以所部戍守太原。扩廓帖木儿愤极，径自出兵据太原，尽杀元朝政府所置官吏。元顺帝也下诏书尽削扩廓帖木儿官爵，令诸军四面讨伐。元璋北伐大军就趁这大好时机，下山东、取汴梁，元将望风降附，无一人抵抗，无一军堵截，小城降，大城也降，汉官汉将弃城逃走，蒙古、色目官吏将军也弃城逃走，真是“土崩瓦解”，“势如破竹”。
到了潼关失守，貊高、关保又为扩廓帖木儿所擒杀，元顺帝这才着了慌，面对着两个敌人，自己却赤手空拳，一筹莫展。想来想去，只好和扩廓帖木儿和解，让他来替自己挡一阵。但又苦于前头事情做得太决绝了，不好转圈，便把一切过错都算在皇太子名下，下诏书撤消抚军院，尽复扩廓帖木儿官爵，令他和李思齐分道南征。扩廓帖木儿和李思齐看到局势严重，也着了慌，正准备调遣军队，整装出发，可是这时北伐军已经向大都推进，挽救不及了。
第三步攻击的目标才是大都。洪武元年闰七月，徐达大会诸将于临清，布置进军方略。马步舟师沿运河北上，连下德州、通州。元军连吃败仗，毫无斗志。元顺帝知道援军已被隔绝，孤城难守，怕被俘虏，蹈宋徽、钦二帝和瀛国公的覆辙，二十八日夜三鼓，率后妃太子逃奔上都去了。[74]八月初二日北伐军进入大都，元朝蒙汉地主阶级的联合统治，这一天正式被推翻了，广大的各族被压迫、被剥削人民的愿望实现了！但是，他们没有想到，代替这蒙汉地主阶级联合统治的，却是汉族旧、新地主阶级的统治，推倒了一座压在头上的大山，换来的仍旧是一座大山，依然被压得喘不得气。
元大都虽下，元顺帝在上都，仍然保有完整的政府机构，元军的主力仍然完整强大，问题并没有最后解决。徐达、常遇春移兵进取山西、陕西，从洪武元年八月到第二年八月，整整打了一年，才取得解放西北的胜利，完成了北伐战役第四步的任务。在这一年中，元军不但坚决抵抗，而且还有力量组织几次大规模的反攻，在整个北伐战役中，这一年打得最激烈，也最艰苦。
西征军从河北进入山西南部，扩廓帖木儿遣将以兵来争泽州，大败西征军。又乘北平（元璋改大都为北平府）空虚，亲出雁门关偷袭北平。徐达得到情报，也不回救北平，径率大军直捣扩廓帖木儿的根据地太原。扩廓帖木儿进军才到半路，闻报回军援救，半夜里被徐达军偷营袭击，不知所措，以十八骑北走，山西平。
洪武二年三月，西征军入奉元路（今陕西西安），李思齐逃奔风翔，又奔临洮，大军进逼，他势穷力竭，只好投降。元军又乘虚攻通州，北平无重兵，常遇春、李文忠率步骑九万还救，直捣元上都，元顺帝北逃沙漠，北平转危为安。遇春暴卒，李文忠领兵会合大军并力西征，大败围攻大同的元军，生擒脱列伯，杀孔兴。元顺帝组织了几次反攻，都失败了，损失惨重，没有力量再南下了，叹一口气，打消了重回大都的念头，洪武三年死去，皇太子爱猷识里达腊继立。徐达大军继续西进，张良弼逃奔宁夏，为扩廓帖木儿所执。其弟张良臣以庆阳降，不久又叛，城破被杀，陕西平定。
李思齐、孔兴、脱列伯、张良弼兄弟，降的降，死的死，蒙古大将只剩扩廓帖木儿还拥大军驻屯宁夏，不时出兵攻掠，边境守将昼夜提防，十分紧张。刘基警告元璋说：“不可轻视扩廓帖木儿，此人真是将材。”洪武三年，元璋又命徐达领大军北攻沙漠，扩廓帖木儿方围兰州，解围还救，大败奔和林（今蒙古人民共和国乌兰巴托西南）。五年又遣将率大军分道进攻，到岭北为扩廓帖木儿所大败。二十五年后，元璋想起这次大败仗，还非常伤心，写信告诫他的儿子朱木冈、朱棣说：“吾用兵一世，指挥诸将，未尝败北，致伤军士。正欲养锐，以观‘胡’变。夫何诸将日请深入沙漠，不免疲兵于和林，此盖轻信无谋，以致伤生数万。”据当时人记载，连同过去几次败仗，合计死亡有四十多万人。
扩廓帖木儿逃回和林以后，家属被俘，元璋使人送信劝他投降，娶他妹子为第二子秦王妃。最后派李思齐去做说客。见面时扩廓帖木儿以礼款待，辞回时还派骑士送到交界地方，正欲分别，骑士说：“奉总兵令，请留一点东西作纪念。”思齐说：“我为公差远来，无以相赠。”骑士直说：“我要你的一只手臂。”思齐知不可免，只好砍下一只手臂，回来后不久就死了。[75]元璋尝说：“如今天下一家了，尚有三事未了，挂在心头。一件少传国玺，一件王保保未擒，一件元太子无音问。”到洪武八年，扩廓帖木儿死。洪武十一年爱猷识里达腊死，子脱古思帖木儿继立，仍然拥有重兵，不时进攻明朝边境。[76]
元璋事后总结北伐战役的战略方针说：“陈友谅、张士诚既灭，举兵北伐，先取山东，次下河洛，止住潼关西进之师，不急攻秦陇，这是因为扩廓帖木儿、李思齐、张良弼都是百战之余，决不肯轻易屈服。而且，大军西攻，正好促成他们联合起来，全力抗拒。不如出其不意，直取大都，根本既除，然后西进，张、李势穷望绝，不战而克。可是扩廓帖木儿还是顽抗到底，费了多少事！当时假如不取北平，就和关中军决战，又会是两线作战形势，我以一敌二，丧失主动，胜利就没有把握了。”他又指出临敌必须持重，不可骄傲大意，告诫诸将说：“土不可以恃广，人不可以恃众，我从起兵以来，与诸豪杰相角逐，每临小敌，亦如大敌，所以能够致胜。”[77]
北方平定，洪武四年正月，出兵攻夏。以汤和为征西将军，周德兴、廖永忠为副将军，率舟师由瞿塘攻重庆；傅友德为征虏前将军，顾时为副将军，率步骑由秦、陇取成都。
明玉珍随州（今湖北随县）人，世代务农，有上百亩田地产业，是个中小地主。他身长八尺，目有重瞳，性情刚直，乡里间有口舌纠纷，都找他排解，在地方上很有威信。徐寿辉起兵，玉珍招集乡豪，修械筑防，以保乡里，被推做屯长。徐寿辉使人招降，不得已加入红军，积战功做到统兵征虏大元帅，奉命率所部入川攻取城池。寿辉死后，自立为陇蜀王，以兵守霍塘，和陈友谅断绝来往。至正二十二年即皇帝位于重庆，建国为夏，年号天统。保境安民，礼聘名士，专务节俭，开进士科，求雅乐，赋税十分取一。下令去释道二教，止奉弥勒，各地都建立弥勒佛堂。休兵息民，百姓安居乐业。在位五年，死时才三十六岁。子明昇以十岁孩子继位，诸将争权，互相残杀，国势日渐衰弱。[78]
夏国见大军压境，倚仗瞿塘天险，以铁索横断关口，凿两岸石壁，引绳作飞桥，以木板平铺放上炮石木竿铁铳，两岸置炮，层层布防，以为敌人舟师决不能通过。汤和水军果然被阻，三个月不能前进一步。
夏人把重兵都配置在东线，北边防务空虚，傅友德乘隙南下，连克名城，将攻克城池日子写了木牌，投在长江里。廖永忠得到消息，从间道绕到夏军背后，两面夹攻，断飞桥，烧铁索，水陆并进，夏兵抵挡不住，明昇乞降。傅友德进军成都，成都守将知重庆已失，也投降了。十月，汤和等全定川蜀郡县，夏亡。[79]
[1]《草木子》卷三《克谨篇》。
[2]《辍耕录》卷二十八《刑赏失宜》。
[3]《元史》卷一百八十八《董搏霄传》：“至正十一年，除济宁路总管奉旨从江浙平章教化征进安丰。……遂复安丰。十二年，有旨命搏霄攻濠州，又命移军援江南。遂渡江，至湖州德清县，而徽、饶贼已陷杭州。教化问搏霄计，搏霄曰：贼皆野人，见杭城子女玉帛，非平日所有，必纵欲，不暇为备，宜急攻之。……遂进兵杭城。贼迎敌至盐桥，搏霄麾壮士突前，斩杀数级，而诸军相继夹击之，凡七战，追杀至清河坊。贼奔接待寺，塞其门而焚之，贼皆死，遂复杭州。已而余杭、武康、德清次第以平。”钱谦益《牧斋初学集》卷八十《答凤督马瑶草书》：“徐寿辉之众，久而弥炽。欧普祥陷袁州，妖彭、项甲陷徽、饶。”《回金正希馆丈书》：“尝观元末，盗起汝、颍，而襄、汉、蕲、黄应之。蕲、黄之贼既陷江州，旋略南康、鄱阳，即由婺源犯休宁，一夕而陷徽州，由是而陷昱岭关，破杭州，蔓延吴兴、延陵，江南之涂炭从此始。当时克复徽、杭，杀妖彭、项奴儿诸盗魁，遏楚贼方张之势。虽董搏霄、三旦八辈督师剿御……”彭莹玉死于至正十二年（公元1352年）七月，至元四年（公1338年）他在袁州起义，假定起义时为三十岁，彭莹玉存年约为四十五岁左右（公元1308—1352年）。 柯绍忞《新元史》卷二二六《徐寿辉传》记彭莹玉于至正十三年六月被杀于瑞州：“初袁州有妖僧彭莹玉用泉水治病多愈，远近神之。至正十年其徒周子旺以妖术惑众，从者五十余人，僭称周王，官军获而杀之。莹玉避去，匿淮西民家，日夜密构异图。寿辉浴于池，莹玉之徒见其有赤光，异之。十一年八月乃拥寿辉为王，聚众剽掠。……其众以红巾裹首，与汝、颍妖贼同。……十二年二月彭莹玉陷瑞州。……未几，项普略陷饶州、信州。……十三年六月行省左丞火你赤复瑞州，执彭莹玉，斩而脔之。莹玉攻城略地，所至无噍类，至是就戮，天下快之。七月，项普胜陷婺源州、徽州，自昱岭关入浙西，遂陷杭州。……是年，元帅董搏霄得州，受代去，寿辉兵复入昱岭关，陷于潜。行省檄搏霄御之，事具《搏霄传》。”按《元史》卷四十二《顺帝本纪》：“至正十二年三月丁未，徐寿辉伪将陶九陷瑞州。”《新元史》卷二十五《顺帝本纪》同，由此可知陷瑞州的是陶九，不是彭莹玉。项普略陷杭州年月，《新元史》《顺帝纪》也作：“至正十二年七月庚辰，项普略陷杭州路，参知政事樊克敬死之。济宁路总营董搏霄复杭州路，遂复徽州。”和同书《徐寿辉传》自相矛盾。再按王逢《梧溪集》卷三《题岁寒桥》：“至正壬辰七月十日徽寇犯杭，时樊时中执敬为浙省参政，亟御于桥，遂死之。”《辍耕录》卷十一《女奴义烈》、卷十四《忠烈》、卷二十八《刑赏失宜》也记蕲、黄军于七月初十日入杭州城，《元史》卷一百八十八《董搏霄传》同。由此可见《新元史》的记载不但自相矛盾，也是错误的。今不取。 附录：这本书写成以后，中国科学院历史研究所杨讷同志知道我正在研究彭莹玉的史实，抄送给我一些前所未见的材料，附录如下： （1）正德《瑞州府志》卷十一《遗事志》：“至正八年，万载妖人彭国玉诡白莲教以惑众，倡言撒豆成兵，飞茅成剑，谋为不轨。事败，逃至麻城，纠邹普胜，合众数万，以红巾为号。十二年国玉及其党闵总管导贼将况普天拥众寇瑞，据焉，大肆杀戮。乡民立寨自保者，亦称红巾应之。未几，左丞火逆赤等克复本路，擒况普天、闵总管、彭国玉，并家属无少长脔之。民之应者，亦戮以徇。” 崇祯《瑞州府志》卷二十四《余志》所记同。 （2）赵汸《东山存稿》卷四《休宁县达鲁花赤八侯武功记》：“至正十二年十一月十三日，民有言项奴儿自广德陷常、湖，为大军所逼，弃其众逃来，已入休宁境中者，侯（八忒麻失理）与邑义士分道遮捕。斩首三十余级，生得项奴儿及其将二人。”卷五克复休宁碑：“项奴儿之众溃于浙西，间道逃来，民争起逐之，侯（八忒麻失理）与邑义士遮捕，生得项奴儿，槛车送行省伏诛。”《代举留沙元帅状》：“初复徽州，（沙不丁）亲入贼阵，射杀蕲、黄贼首伪彭万户。”卷四《休宁县达鲁花赤八侯武功记》：“（至正十二年九月）十八日，行省兵大破贼，元帅沙不丁射伪万户之据徽州者，殪之。” 晗按：正德《瑞州府志》记彭莹玉为彭国玉，项普略为况普天，火逆赤即《新元史》的火你赤。这条记载大概就是《新元史》的根据。 《瑞州府志》记彭莹玉、项普略死于江西瑞州，赵汸则以为二人死于安徽，彭万户于至正十二年九月十八日被沙不丁射杀，项奴儿则于同年十一月十三日被擒送行省被杀。两书记载互异，从时间先后看，彭莹玉、项普略在杭州战败后，退走江西或安徽，中伏被擒杀是有可能的。但是，不管彭莹玉死在何处，死的时间是至正十二年则是一致的。
[4]《初学集》卷八十《答凤督马瑶草书》：“元季盗之初起，先自汝、颍，而后徐寿辉起蕲、黄，布三王起邓州，孟海马起襄阳，各有其众，各战其地。”
[5]《初学集》卷八十《回金正希馆丈书》：“当时克复徽、杭，杀妖彭、项奴儿诸盗魁，遏楚贼方张之势，虽董搏霄、三旦八辈督师剿御，而汪同、程国胜，俞茂结集民兵，誓死血战，恢复城柵，其功尚多。”
[6]《庚申外史》，《草木子》卷三《克谨篇》，《国初群雄事略》卷三引俞本《纪事录》，《明太祖实录》卷八《徐贞一本传》，陆深《平胡录》，《明史》卷一二三《陈友谅传》。
[7]《明太祖实录》卷十五。
[8]《明太祖实录》卷八十一。
[9]《明太祖实录》卷七十八。
[10]《国初群雄事略》卷三天完徐寿辉，《明史》卷一百二十三《陈友谅传》。
[11]《明太祖实录》卷八。
[13]《明太祖实录》卷八，《平汉录》。
[14]《平汉录》，《国初礼贤录》。
[15]《国初群雄事略》卷一宋小明王引俞本《纪事录》。
[16]《明太祖实录》卷九。
[17]《元史》卷四十五心《顺帝本纪》，《明史》卷一百二十二《韩林儿传》。
[18]《国初事迹》，《明太祖实录》卷九，《国初群雄事略》卷一《宋小明王》。
[19]《明史》卷一百三十五《叶兑传》。
[20]《国初事迹》，《国初群雄事略》卷一《宋小明王》。
[21]《国初事迹》，《国初群雄事略》卷一《宋小明王》。
[22]《国初群雄事略》卷一《宋小明王》引《龙凤事迹》，郎瑛《七修类稿》卷七《朱氏世德碑》。
[23]《明太祖实录》卷十二，宋濂《平江汉颂序》，《国初群雄事略》卷四《汉陈友谅》，《明史》卷一百二十三《陈友谅传》。
[24]即拔都，巴图鲁，蒙古话勇士的意思。
[25]《国初群雄事略》卷四汉陈友谅引俞本《纪事录》。
[26]《国初事迹》，《明太祖实录》卷十三。
[27]《庚申外史》上，《元史》卷五十一《五行志》二，钱谦益《太祖实录辩证》卷一。
[28]《明太祖实录》卷十四。
[30]《国初群雄事略》卷七引《月山丛谈》。
[31]《国初事迹》。
[32]《明太祖实录》卷十四。
[33]《明太祖实录》卷十四。
[34]《秘阁元龟政要》，《辍耕录》。
[35]《国初群雄事略》《周张士诚》，周昂《元季伏莽志》。
[36]《明太祖实录》卷四。
[38]《辍耕录》卷八《志苗》，卷二十九《纪隆平》，《元史》卷一百四十《达识帖木儿传》，《明太祖实录》卷二十，吴宽《平吴录》。
[39]《国初事迹》。
[40]《明太祖实录》卷二十，《平吴录》，《明史》卷三十《五行志》。《实录》文字有不同，作：“黄蔡叶，作齿颊，一夜西风来，干瘪！”
[41]贝琼《贝清江集》卷二《铁崖先生传》。
[42]《国初事迹》，《元季伏莽志》。
[43]元璋的特务人员称为检校。
[44]此据刘辰《国初事迹》，《明太祖实录》卷十一。支伟成《吴王张士诚载记》引俞本《纪事录》作：“八月，平章邵荣、参政赵继祖等部海船于二村港哨巡张氏，谋叛，部下士密告之。朱吴公命廖永忠等谋邀饮擒之，泣数其罪，共宴数日。中秋夜俱斩于聚宝门。”以为邵荣、赵继祖要带海船投降张士城，记载不同。
[45]《国榷》卷一。
[46]《明史》卷一百二十三《张士诚传》，《国初群雄事略》卷七《周张士诚》引逸名《农田余话》。
[47]檄文全文见《平吴录》、祝允明《前闻记》《野记》、陆深《续停骖录》四书。《前闻记》和《平吴录》文字不同处很多，有事后窜改的，如元璋在发此橄文时为吴王，皇帝指小明王，《前闻记》元璋自称朕，《平吴录》则称予、称我，显然《平吴录》是比较可靠的。也有些地方如乡军指地主军，《前闻记》作香军，《平吴录》作乡军，也据《平吴录》。
[48]《明太祖实录》卷十六。
[49]《庚中外史》，朱权《通鉴博论》，高岱《鸿猷录》《宋事始末》，潘柽章《国史考异》十六。
[50]《国初事迹》。
[51]《明太祖实录》卷十六。关于张士诚母亲的坟，确是受到保护，完整无损的。这个坟在1964年6月下旬因扩建小学被发现，进行了科学的发掘。详情见《考古》1965年第5期《苏州吴张士诚母曹氏墓清理简报》。
[52]《国初群雄事略》卷七《周张士诚》引俞本《纪事录》，《明太祖实录》卷二十，《平吴录》。
[53]《明史》《太祖本纪》。
[54]《国初群雄事略》卷七引《冶城客论》。
[55]顾公燮《消夏闲记》。
[56]柴萼《梵天庐丛录》。
[57]《明太祖实录》卷二十。
[58]叶子奇《草木子》，宋濂《方国珍神道碑铭》，《明太祖实录》卷八十八，《国初群雄事略》卷八《方谷真》。
[59]《明史》卷一百二十三《方国珍传》。
[60]《国初事迹》。
[61]《明史》卷一百二十三《方国珍传》。
[62]《国初群雄事略》卷八《方谷真》。
[63]《元史》卷一百四十一《察罕帖木儿传》。
[64]《元史》卷一百四十二《答失八都鲁传》。
[65]《庚申外史》。
[66]《庚申外史》，《元史》《顺帝本纪》，卷一百四十一《察罕帖木儿传》，卷二百零七《孛罗帖木儿传》，《明史》卷一百二十四《扩廓帖木儿》。
[67]《国初群雄事略》卷九《扩廓帖木儿》。
[68]《明太祖实录》卷二十五，《明史》卷一百二十四《陈友定传》，《国初群雄事略》卷十二《陈友定》。
[69]《明太祖实录》卷二十八，《明史》卷一百三十《何真传》。《国初群雄事路》卷六《东莞伯何真》。
[70]《明太祖实录》卷二十一，陆深《平胡录》，《明史》卷一百二十五《徐达、常遇春传》。
[71]《明太祖实录》卷二十一，高岱《鸿猷录》五《北伐中原》。
[72]《明太祖实录》卷二十一。
[73]《明太祖实录》卷二十一，《鸿猷录》五《北伐中原》。
[74]《庚申外史》，《明太祖实录》卷三十。
[75]俞本《纪事录》，《明史》卷一百二十四《扩廓帖木儿传》。
[76]《草木子·余录》，《庚申外史》，《国初群雄事略》卷九《扩廓帖木儿》。
[77]《明史》《明太祖本纪》，《明太祖实录》卷二十。
[78]《明太祖实录》卷十六，杨学可《明氏实录》。
[79]《明史》卷一百二十三《明玉珍传》，《国初群雄事略》卷五《明玉珍》。