洪武六年六月辛未朔，赐起居注阎钝、给事中崔莘、编脩张翀、马亮、陈敏、秘书监直长萧韶衾褥、帏帐、几榻。
赏京卫军士九万余人米，各三石。
诏留守卫都指挥使司修筑京师城，周一万七百三十四丈二尺，为步二万一千四百六十八有奇，为里五十有九，内城周二千五百七十一丈九尺，为步五千一百四十三，为里十有四。
定六部及诸司设官之数。部设尚书二人，侍郎二人。吏部设总部、司勋、考功三部，每部设郎中员外郎各一人，主事各二人，通十六人；户部设一科、二科、三科、四科并总科为五科，每科设郎中员外郎各一人，主事各四人，惟总科郎中员外郎各二人，主事五人，通三十七人；礼部设总部、祠部、膳部并主客四部，每部设郎中员外郎各一人，主事各三人，通二十人；兵部设总部、驾部并职方三部，每部设官如吏部之数；刑部设总部、比部、都官、司门四部，每部设郎中员外郎各二人，惟都官各一人，主事，总部、比部各六人，都官、司门各四人，通三十四人；工部设总部、虞部、水部并屯田四部，总部郎中员外郎各二人，余各一人，主事，总部八人，余各四人，通三十人。太仆寺秩从三品，设首领官、知事、主簿各一人。京畿都漕运司秩正四品，设知事、提控、案牍各一人。各府设经历、知事、照磨各一人。侍仪司从七品升为从六品，起居注、给事中正七品升为从六品，将作司正六品，所属提举司正六品改为正七品。闸坝官：淮安等府七人系正九品，其余俱省注。
御用监改为供奉司，秩从七品，设官五人。
癸酉，赐山西大同都司左、右五卫及陕西、河、兰、北平等卫将士皮裘、战袄、革翁鞋。
丁丑，五色云见。
戊寅，命淮安侯华云龙、同知都督何文辉以永平起集故元旧五省八翼军士一千六百六十二人，分补北平各卫军伍。
庚辰，赏羽林、金吾、飞熊三卫军士四万七千余人白金，人二两。
诏于北平府密云等县置仓储粮，以给北征军士。
辛巳，中都皇城成，高三丈九尺五寸，女墙高五尺九寸五分，共高四丈五尺四寸五分，午门、东华门、西华门、城楼台基俱高五尺九分，午门东南、西南角楼台基与城楼台基同玄武门城楼台基高五尺九寸五分，其东北、西北角楼台基亦与城楼台基同，御道踏级文用九龙四凤云朵，丹陛前御道文用龙凤海马海水云朵，城河坝砖脚五尺，以生铁镕灌之。
壬午，盱眙县民进瑞麦一茎二穗者，凡十六本。明日，监察御史答禄与权言：“天产嘉祥，皆所以兆国家之福而为圣世之徵。今瑞麦之产，乃上帝借草木之灵，以彰君臣异体同心之象，又产于盱眙，盱眙属临濠，帝乡也。是宜荐之宗庙，以彰祖宗之神灵，且新麦之登，尚荐宗庙，况瑞麦乎？”上曰：“以瑞麦为朕所致，则不敢当，必归之祖宗神灵，御史之言良是。”乃命荐之宗庙。
甲申，赐大同卫故军家属钱。
乙酉，以浙江按察司副使孙克义为刑部尚书。
丙戌，置清凉、马鞍等门兵马司。
丁亥，置华山、秦川二卫于西安城中。
戊子，临江侯陈德等师至朔州，胡兵遁去。
己丑，以户部郎中吕熙为尚书。
赐工部尚书李敏、刑部尚书孙克义公田，租各百石。
昏时，有流星青白色，起自中台西北，行至游气中没。
辛卯，命以福建建安等县所贡茶颁赐京官。
壬辰，太白犯岁星。
以兵部郎中刘崧等十四人为北平等按察司副使佥事。
故元将王保保遣兵寇鴈门，据南、北二山，守关指挥吴均率众拒之，自卯至午。我军大呼曰：“援兵至矣。”众皆踊跃欲战，胡寇闻之，即解去，均遂追击，败之。
癸巳，调山东行省参政侯善为四川行省参政。
乙未，革各行省都镇抚司。
戊戌，定辽都卫请设辽阳府县治，四川请设叙州府治，俱从之，命吏部铨官、铸印，寻罢置辽阳府县。
是月，北平、河间、河南、开封、陕西、延安诸府州县蝗，山西汾州旱，诏并免田租。
秋七月庚子朔，享太庙。
辛丑，以卫辉府胙城县旱，诏免其税。
广东都卫言：“所属雷州卫地邻溪洞，控制蛮夷，其人叛服不常，请益兵镇守。”命以兵五千益之。
壬寅，命户部稽录渡江以来各处水旱、灾伤分数，以优恤之。
癸卯，五色云见。
命御史中丞陈宁兼领国子监事。
命儒臣制释奠先师孔子乐章。初，宋室奠用《大成登歌乐》，元拟易之未用，仍用宋旧乐，国初亦因之。至是，始命更制焉。
丙午，更典牧署为典牧所，秩正八品。
和州旱，免今年田租。
大将军魏国公徐达分遣左副将军李文忠、济宁侯顾时、南雄侯赵庸、颍川侯傅友德、永城侯薛显、巩昌侯郭子兴、临江侯陈德、营阳侯杨璟、都督佥事蓝玉、王弼统骑兵，右副将军冯胜、右副副将军汤和同南安侯俞通源、永嘉侯朱亮祖、宜春侯黄彬、都督何文辉、平章李伯昇、都督佥事张温等统步兵，分驻山西、北平等处，相机擒讨残胡，遣指挥李玉入奏。诏可之。
戊申，日有矞气。
以战衣二万领给赐河南、神武等卫军士。
嘉定府龙游县大雨，洋、雅二江涨，损城郭，漂民居。
遣故元降臣卢道兴等北还，招谕太尉伯颜不花，至虏中，为王保保弟脱因帖木儿所杀。
己酉，都督佥事叶昇等领兵攻胡寇，胡人匿悬聚洞，以烟薰洞中，死者甚众，生禽一百五十余人。昇上言：“宜加筑东山、彭阳、平安三城，以镇边境。”从之。
更置营造提举司及营造提举分司，每司正、副提举三员，隶将作司。
更内仓监为内府仓，以内仓监令为大使，监丞为副使，内府库为承运库，仍设大使、副使，皆以内官为之。
置北平等府广备等库。北平曰广备，广平曰大有，大名曰永昌，顺德曰大益，河间曰广成，保定曰永益，永平曰大润，真定曰巨盈，凡八所，库设大使、副使各一人。
叙州南溪县大雨，江水涨，漂公廨、民居。
增置北平等府永清等县税课司局一百八处。
庚戌，命添给省、府、台官禄。
以户部尚书吕熙为吏部尚书，安庆知府赵好德为户部侍郎，尚宝司丞张白为侍仪司使。
辛亥，倭夷寇即墨、诸城、莱阳等县，沿海居民多被杀掠，诏近海诸卫分兵讨捕之。
壬子，以中书左丞胡惟庸为中书右丞相，御史中丞陈宁为右御史大夫。
大将军徐达自临清率师赴北平。
癸丑，故元佥院脱火赤等自朵甘来降，诏赐文绮、布帛，用为蒙古卫镇抚、千、百户等官。
乙卯，以内官金丽渊为秦府承奉，李清为承奉副，刘寿、吴祥、刘旺、潘亨为晋、燕、楚、靖江府承奉副。
广东都指挥使司奏言：“近儋州山贼作乱，已调兵剿捕，获海船十八艘，杀贼二千二百七十余人，生禽五百二十四人。其儋、万二州山深地旷，宜设兵卫镇之。”诏置儋、万二州守御千户所。
胡兵寇山西白登县，大同卫兵击败之，生禽八十七人。
置山东乐安州，以所属之地南析为海豊县，隶滨州，北析为庆云县，隶沧州。
丙辰，以兵部尚书乐韶凤为翰林侍讲学士，刑部尚书孙克义、四川行省参政刘仁俱为兵部尚书，四川行省参政刘惟谦为刑部尚书，陕西都盐运使朱芾为山东行省参政，吏部尚书詹同为翰林学士承旨，仍兼吏部尚书。
以孔殷为内使监副。
己未，诏礼部时享太庙，既以功臣配享，其鸡笼山功臣庙宜同日遣官致祭，仍以新战没定辽卫指挥高茂等三十八人祔祭。自是每春正月、秋七月享太庙之日，遣官祭功臣于鸡笼山庙。
大将军徐达等师至北平，旋往山西。
德庆府言：“城临江岸，每江水涨溢，城輙颓圮，乞移内地，令兵民并力兴筑。”从之。
庚申，马湖府土官世袭知府安济以病告，乞以子安仁代职，诏从之。
以大都督府经历俞溥为户部尚书。
户部奏计今年秋粮，京仓收贮四百八十三万，临濠仓九十二万。
壬戌，以吏部尚书吕本为太常司卿。
癸卯，太原府阳曲县地震。
常州府吕城巡检司盘获民无路引者，送法司论罪问之，其人以祖母病笃，远出求医急，故无验。上闻之曰：“此人情可矜，勿罪，释之。”
甲子，苏州府属县民饥，诏以官粮贷之，计户五万九千五百十六，籴者减其半直，贷者秋成还官。
乙丑，以侍御史商暠为御史中丞，复命往河南收集旧士卒。
上以大同、蔚、朔及定辽边境早寒，命工部制楮衾以赐戍卒。
丙寅，真定府、晋州、饶阳县自四月至是月不雨。
台州卫兵出海捕倭，获倭夷七十四人、船二艘，追还被掠男女四人。
长兴侯耿炳文、陕西行省参政杨思义、都指挥使濮英言：“陕西城池已役军士，开拓东大城五百三十二丈，南接旧城四百三十六丈，今欲再拓北大城一千一百五十七丈七尺而军力不足。西安之民耕获已毕，乞令助筑为便。”中书省以闻。上命俟来年农隙兴筑，仍命中书考形势规制为图以示之，使按图增筑，无令过制，以劳人力。
丁卯，郴州守御官收集各山寨故元将校五百三十七人，戍守永州，寻诏遣入京。
以儒士桂彦良为太子正字。
以户部侍郎陈则为大同府同知。陛辞，上谕之曰：“大同居边塞之间，昔之有司不能自立，多为守将迫胁，以坏法废事而罹刑罪者比比有之。尔往，毋蹈彼覆辙，当守法奉公，不为阿私，如边将妄有所求，当告以朝庭法度，沮其非心。”
戊辰，武靖卫指挥同知卜纳剌卒，命有司治其丧，给殡葬之具。卜纳剌，本蒙古部元世祖第七子西平王奥鲁赤五世孙，奥鲁赤生镇西武靖王帖木儿不花，生搠思班，搠思班生梁王脱班，脱班生卜纳剌，袭封武靖王。洪武三年，王师驻河州，卜纳剌率吐蕃部众诣征虏左副将军邓愈军门款附，既而入觐，上念其元裔，甚恩遇之。洪武五年，授怀远将军、武靖卫指挥同知，子孙世袭，至是卒。
己巳，田州溪洞蛮贼窃发，土官总管黄志威、知府岑子振讨平之。
淮安卫总旗因习射，误中军人致死，都督府以过失杀人论之。上曰：“习射，公事也，邂逅致死，岂宜与过失杀人同罪？特赦勿问。”
武州知州周士廉言其州境切近胡地，乞益兵守御，诏大将军徐达量宜处置。
洮州三副使阿都儿等以出猎聚众，约故元岐王朵儿只班寇边，朵儿只班等遂率众驻大通山黑子城，入寇河、兰二州。西宁卫千户祈者、公孙哥等领兵击之，斩其知院满答立等百余人，千户伦达力战死，寇遂解去。
以太子赞善大夫宋濂为翰林侍讲学士，知制诰，仍兼赞善。
是月，北平、河南、山西、山东蝗。
延安府旱，陨霜，人民饥，命赈之。