文宗咸丰五年，冬十二月，云南回民杜文秀起蒙化，袭据大理府，提督褚永昌死之。先是，滇省汉民觊觎永昌回族腴田，于是句结奸胥，朦禀地方官吏，所有回民，一律驱逐徼外。回人失其故业，往往联结黔苗，沿边滋扰，以逞报复。至是，推文秀为渠帅，占据大理府城。永昌提兵迎击，兵溃，致为所戕。
六年冬十二月，谕云南巡抚恒春剿办滇回。自滇回起事，地方官知曲在汉民，又因回众势大，意专主抚，回民籍求抚以售奸谋。其党在省城者，以训导明赓飏为内援，寻甸、东川又倚畏难苟安之知县潘偕、汪之旭之徇庇，于是麇赴大理，进规永昌。党首武进士马名魁最为凶悍，连破广西州邱、北平𢑴等县，焚杀尤惨。大理绅民赴省请剿，总督舒兴阿任信门丁陈喜与巡捕施嘉瑞表里为奸，不予准理，致回势愈张。事上闻，命恒春迅筹扫灭。寻召舒兴阿赴京，以恒春代为云贵总督。
七年夏六月，恒春自杀，调吴振棫为云贵总督。时回氛几遍三迤，复逼近省城，恒春堵御计穷，惧甚，夜与其妻博禹特氏在署自缢死。命振棫统带川兵前往，复命前任山东巡抚张亮基率师继进。寻授亮基云南巡抚，调湖南按察使徐之铭为云南按察使。冬十月，革云南在籍侍郎黄琮、御史窦垿职。总督吴振棫受命入滇，沿途调查回、汉起衅情形，归咎于滇绅黄琮等，散帖告示，倡议灭回，致回民疑畏，愤激而成。请将琮等革职，昭雪回民之冤。其汉民有藉团练为名肆行杀掠者，即以军法从事。诏悉从之。闻者皆为琮等称屈。
八年夏五月，吴振棫奏回民就抚，省城解严。振棫疏称：屯集城外之回民二万馀，咸巳解散，地方肃淸。实则回人因巡抚张亮基驻军曲靖，累破回家，藉名受抚，出具永不滋事甘结以请。亮基入城后，于城外别筑一城以困之，复诱杀亮基之侄，自是滇事愈不可为矣。冬十一月，吴振棫因病解任，以张亮基为云贵总督，徐之铭为云南巡抚。时振棫受制回人，亮基入城后，亦为回人看守，出入均难自主。廷议以振棫懦葱，命解任，以亮基代之，而以之铭继亮基为巡抚。
十年冬十月，张亮基以病免，调贵州巡抚刘源灏为云贵总督。时亮基疏叅徐之铭，以道员马椿龄知通海县。雷焱于抚回复叛袭城时，不应迎击，逼令椿龄自尽，弃焱于市，妄意以平回怒。复因升任陕抚布政使邓尔恒在滇时，意主剿回，嫉之。俟尔恒行次曲靖，阴使副将何有保截杀之。诏下之铭回奏，而之铭则奏称：回民假抚袭城，椿龄系在途次病故，焱系被伤身死，尔恒系行次曲靖被盗戕杀。并自陈与亮基办理回务意见不合。帝为之罢免亮基，以源灏代之。
十一年秋七月，召刘源灏来京，以安徽巡抚福济调升云贵总督。时徐之铭为回人所利用，亦遂挟回以自固。凡新任督抚入滇者，之铭皆阴嗾回人软禁之，或暗杀源灏，遂逗留川境不敢进，且称病乞休。乃召源灏还京，以福济代之，福济亦不扺任。穆宗同治元年春三月，徐之铭奏省城解围，回民就抚。先是，回人马起等率众进逼云南省城，有武生马如龙呈称力能解散，请亲赴各垒劝导，之铭许之，省围立解，并退出所据各城。事闻，诏嘉奖如龙，命以总兵用。
二年春二月，云贵总督潘铎为回众所戕。云南自回变以来，全省分裂，其据大理者曰杜文秀，归曲靖者曰马联陞，踞省城者曰马德新。德新为回教中掌，杀行辈最先，群酋皆听号令。时徐之铭虽已罢斥，而新授巡抚贾洪诏不敢入滇。之铭为诸回拥护，托言无人接替，踞位奏事如故，德新益挟之以为傀儡。之铭使德新招抚文秀，许割大理、永昌、丽江三府地予之，德新遂亲至姚州议和。文秀出示，谓马复初（德新宇）已允分给迤西之地矣。总兵马如龙亦回中渭魁，而慓悍好鬬。时潘铎既受命督滇，毅然入城，欲力振威权，安转回汉，而德新、如龙骄怿不受羁勒，颇难措手。德新示意欲封平南王，铎严拒之。如龙亦欲兼并迤东诸郡，临安土豪梁士美不服，纠众守险。如龙请剿之，铎不许。如龙径率所部往攻，铎檄士美固守，又檄他郡团练中之与如龙为仇者，使与士美合图如龙。之铭忌铎立功，故泄其谋于德新。德新惧铎并图已，宻召回弁马荣率党二千馀入城，驻五华山，道路汹汹，皆言荣反。荣夙为铎所信任，故铎终以荣不负已。荣亦不忍于铎，未敢发。然其众日出骚掠，铎亲诣五华书院开谕，令移屯城外，荣己诺矣。方登舆，荣揖送，其党以矛旁刺铎，荣趋护，铎已薨。居民惊乱，回党络绎入城，并戕在籍兵部右侍郎黄琮等。时布政使岑毓英以兵练千扼守藩署，臬司以下皆避入。马毓英因语于众曰：今贼虽入城，吾当死战破之。如其不胜，与公等阁署自焚未晚也。于是沥血誓师，分兵守东南门，用闲离其党，而阴使使召如龙入援。方总督之被戕也，之铭迎德新入居总督署，号令一切。德新亦密召如龙，欲与共讨荣，以示己非叛。如龙初闻省城陷，以为院司皆己戕，比知藩署未失，还军驰入省。诸绅民率团练至，击荣于城内，大破之。荣遁回武定，之铭仍署总督，如龙署提督。事闻，之铭革职逮京，以林鸿年为巡抚，调劳崇光为总督。之铭卒倚回不行，朝廷莫能治也。
三年秋九月，岑毓英攻克寻甸，擒马荣磔之。冬十月，岑毓英克曲靖，擒马联陞磔之。
五年夏四月，劳崇光奏请以马如龙专办西路回股，以岑毓英督攻猪拱箐、海马姑等处，从之。自徐之铭倚回自重，盘踞滇中，纵回戕杀邓尔恒、潘铎，于是前后新授督抚如刘源灏、福济、贾洪诏、林鸿年皆畏葱不敢进。崇光自拜滇督之命，兼程抵昆明，僚属徘徊俟进止，或尼其出入，崇光曰：吾尝单骑入广东，岛人万计，视之蔑如也，岂慑叛回哉？遂入城，诸回驳愕，如龙率回弁櫜鞬迎入。崇光语于众曰：汉、回仇杀，乃械鬬案，非军务也。益开诚布公，以安反侧，如龙等意始安。崇光用毓英言，用兵先东后西，以免牵制，因请以如龙办大理一股，毓英剿猪拱箐一股，得旨报可。
六年春二月，劳崇光卒，以张凯嵩为云贵总督，刘岳昭为云南巡抚。时徐之铭已死，林鸿年逗遛川境不行，诏夺职，以岳昭补巡抚。秋七月，岑毓英攻援猪拱箐回巢，进平海马姑诸垒，三省边界悉平。毓英自攻克镇雄州城，阵斩回酋李开甲、漆维新等之后，复进剿猪拱箐。初，陶新春据海马姑、红厓尖山，山壁立斗绝，大河带其前，鸟道一线，攀援而登，一夫扼险，万人莫进，敌中呼为铁桶江山，党类日众，山隘不能容。陶新春复分据猪拱箐，其地界滇、黔、川三省之交，八山环合，三面崭然，惟靑松梁一面为往来之径，绝顶孤峰，势凌霄汉，三泉下注，汇山麓为河。敌人分据山险，山下沃壤曰吴家屯，屯有闲道可达海马姑，外有二龙关、大丫口、小丫口三隘，坚垒密布，出掠退守，操纵自如。惟大溜口一隘，径路险僻。毓英令部将张保和、林守怀领二千人，夜由大溜小径抄出二龙关后，掩袭吴家屯，自督三千人攻二龙关。质明，敌倾巢出拒，战方酣，匆开后军，礟声震天。敌惊回救，两军夹击，三隘皆下，遂夺吴家屯，斩获无算。海马姑敌众来援，毓英要击于中逄，大破之，皆溃走。又令部将蔡标、刘重庆分军围剿海马姑，亦克其红厓尖山。敌援断，遂逼猪拱箐老巢。敌凿千馀斤巨石，实硝磺、松脂，引火于蒂，自山领坠下。又驱牛马冲异，损坏二十馀营。毓英亲搏战，斩悍酋，敌始𨚫退营山半。毓英令于营前掘深坑，敌用前法来攻，石尽落坑中，军士无所伤。敌计穷，𡑅守不出。敌党多保人，裸俗连袂蹈歌相唱和。毓英令裸人之从军者，遍山环歌，讽以解散。敌中闻歌而逸者万馀人，裸目大红袍来降。毓英用其计破敌，斩馘二万，生擒其大元帅陶新春等。川督骆秉章闻捷，使人犒师，点检敌尸，筑为京观。是役也，谈两军战状者皆咋舌，遂合剿海马姑，斩陶新春，尽平其垒，三省边境肃淸。计自猪拱箐至灭敌，仅百二十四日耳。
七年春三月，张凯嵩以规避革职，擢刘岳昭为云贵总督，岑毓英为云南巡抚。夏闰四月，岑毓英连破石虎关回垒，克复呈贡、武定、元谋、禄劝、罗次、晋宁、澂江等城。先是迤西回首杜文秀乘毓英督兵远出，倾巢下犯，众数十万，连陷二十馀城，省城戒严。毓英自猪拱箐凯旋曲靖，闻警，倍道来接，于是年二月连破大小石坝、小板桥、古庭庵、金马寺数十垒，进驻响水关，策应各路。马如龙来会，深悔群回之卖已，忸怩不安。毓英推诚慰勉，约共竭力灭敌，如龙感奋，由是大局始有转机。毓英旋督攻杨林，饬将四出分剿，躬自往来督战，遂叠破石处关敌垒，并攻复呈贡等处。
八年春三月，云南澂江回复叛，袭据府城。澂江回众上年案已投诚，至是复勾结嵩、寻诸回首马周等，由杨林统越山路，袭据府城。夏五月，刘岳昭收复寻甸。岳昭自上年冬攻寻失利，至是经总兵全祖凯攻克要险各隘，回目马添顺、李芳沅等先后投诚，遂收复寻甸。岑毓英肃淸省东回垒，攻克杨林、团山等处。省东诸回𥂟踞于十里铺等处，毓英遣部将李维逑等分路进攻，先将萧家山敌栅焚烧，敌向省北马村一带狂奔，自十里铺、小遍桥至长坡六十馀里坚垒，一律扫荡。其杨林、团山等处踞回，复为毓英弟道员岑毓宝等剿破，杨林、富民全境肃淸。六月，岑毓英克嵩明州及龙陵厅、白盐井等处。秋七月，岑毓英连破附省李家地、老鸦营等处回垒。八月，岑毓英攻克易门县城及黑琅等处盐井回巢。云南附省回众恃各处盐井以资军用，毓英令李维述、田仲兴、岑毓宝等分路进剿，次第收复易门县城及黑琅等处盐井，并攻破海口八街等处回巢。冬十月，岑毓英攻克楚雄等城。毓英遣将分攻楚雄、南安、定远三城，皆下之。十一月，岑毓英收复昆阳州城。先是，马如龙督军进攻昆明未下，毓英复遣总兵张保和至，设重围以困之。城内守将杨振鹏夜开城遁，保和设伏擒之，并弋获马联魁、马生龙等。十二月，岑毓英肃清附省土堆回垒，并攻克禄丰县城。是役，回首马得良、刘和等皆被获。
九年春二月，岑毓英等攻克丽江等城及马街等处回巢。先是，毓英与总督刘岳昭、提督马如龙分军三路。至是，中路克复弥渡、宾川及红厓、马街各回垒，北路收复丽江、剑川，南路攻克缅宁厅城。夏五月，岑毓英等克复威远厅城，南路肃淸。威远为普洱府属，久为回首马标占据，屡攻未下。毓英令诸军会同土练分路进攻，力战年馀，始将厅城克复，并破四垒厓一带回巢，南路肃淸。岑毓英攻克姚州城。毓英督将李维述、杨玉科等攻拔姚州坚城，及澂江竹园之龙潭、校场、萝卜村、西山村一带营碉数十。其竹园城回亦为张保和等攻破营碉二百馀，东西两山苗寨望风归附，竹园、下坝地方肃淸。八月，岑毓英等收复新兴州城。是役，提督马如龙督军连破王枕山灰寨及附城诸垒，遂将州城克复。冬十月，岑毓英等攻克永北等厅州城。毓英遣将李维述等分攻永北、鹤庆、镇南三城，克之。十一月，岑毓英等攻克邓川、浪穹两城，并先后攻拔凤羽、白米庄、长邑村、链鐡桥各回巢。是役，提督杨玉科督兵进逼，既克浪穹，乘胜攻邓川，立下。复亲搏凤羽、白米庄、长邑村、链鐡桥后各回巢，裹创力战，皆拔之。大理北路一律肃淸。十二月，岑毓英等攻克竹园回巢。弥勒县属之竹园敌人久据不下，毓英遣张保和攻之，连破上坝、下坝各巢，击退馆驿等处援兵，立拔竹园老巢。毓英复亲将攻克激江附近敌营数十
十年春二月，岑毓英攻克澂江府城，并收复开化府属之江那土城。毓英自将围澂江一年，至是克之，并拔江那等处。夏四月，岑毓英等攻克宾居回巢，收复云龙州城，并拔茂克各巢。杨玉科等攻拔宾川州属之宾居各坚巢，云龙州回目赵炳南遂以州城降。冬十一月，岑毓英等收复临安府属之馆驿、婆兮、田心、曰者乡各回垒。是役，毓英督将何秀林、张保和等分道围攻，次第克之，迤东、迤南肃清。
十一年夏四月，岑毓英等攻克永平、云南县城。二邑密迩大理迤西，回众恃为犄角。毓英遣杨玉科、李维述等攻克永昌府城后，分道进攻，先从克之，并拔曲洞、漾濞各敌巢。刘岳昭遣将吴奇忠等越境攻克贵州兴义府城。先是，回众占据兴义及新城，久为滇、黔两省边患。岳昭遣奇忠等会黔军攻之，遂将兴义府城克复。五月，岑毓英等攻克赵州、蒙化厅城，并大理之上下两关。毓英遣杨玉科攻赵州，李维述攻蒙化厅，皆克之。自是长驱大理，沿途击退敌援，直薄大理城下。冬十月，贵州提督周达武等攻克新城县城，黔省上游肃清。十二月，岑毓英等克大理，杜文秀自杀，全郡肃淸。大理东临洱海，西倚苍山，自文秀占据十有八载，攻陷五十三城，西及四川，东及贵州。筑禁城，城中外护以土垣，城坚且厚。提督杨玉科等军自十一月初甸抵城下，穴地道轰陷东南外城，率军士乘缺口冲入。敌据土城犹死拒，复以地雷破之，更增调五千人环攻其禁城。文秀势蹙，以子女分寄其大司衡杨荣、大经略蔡廷楝家，而与妻妾饮毒自尽。廷栋舁尸以献，气息犹属玉科，即拔佩刀割其首，驰送省城。时毓英亦至，部署抚事。城中阳称乞款，而阴设地雷于行馆。毓英令三日内缴军械，以半年为期。毓英悟其诈，亦阳许之，而密令玉科选死士二百，率同知太和县谭席珍入城受降。严布重兵城外，定期夹击，坑敌万馀，三城并克。获文秀子女社宗扬、赛扬、成扬等，及其大蒙宰马仲山，并荣、廷楝等，皆磔之。大理肃淸。
十二年春二月，岑毓英等攻克顺宁府城，并钖腊等处回巢。大理既复，杨玉科等乘胜进逼顺宁。未至，城内敌兵先出，分扑大、小、中山各营。会提督假瑞梅师至，尘战十日，连破敌营碉楼三十二，玉科绕攻锡腊以牵制之。既克锡腊，瑞梅复将桥头山等处敌营木垒碉楼八十馀刬削无遗，并攻拔凤山、虎山，直逼城下围之。玉科至，与瑞梅等分攻各门，节节扫荡。是月二十五日，遂将顺宁府城收复。夏四月，岑毓英等攻克云州城。杨玉科既攻克顺宁，进围云州，与总兵蔡标力战月馀，至是克之。五月，岑毓英等攻克腾越厅城，云南全省肃淸。自云州克复，毓英督诸将进攻腾越，提督和耀曾攻克小猛统及乌士寨、马家村各坚巢。后会合总兵李维述，提督假瑞梅、蒋宗汉、徐联魁等军，环攻腾越，克之。滇回自咸丰五年倡变大理，历时十有九年，至是始克底定。后虽小有反复，不复能为大害矣。