穆宗同治十年，夏五月，日本使臣伊连宗城、柳原前光来议订约。命李鸿章为全权大臣，与议于天津。日本在东海中，全国四面环海，统四大岛而为国。所属小岛，凡一千八百馀。当周惠王时，有盘武彦尊起日向国，率师东征，计平长髓及彦八十岛贼，开山林，营宫室，遂迁都继位于大倭〈（即大和）〉之橿原，是为神武帝。自汉武帝灭朝鲜，始有驿使通汉。建武中，其倭奴〈（今作伊都古怡土县）〉国王遣使举贡，朝贺于汉，光武帝赐以印绶。安帝时，又遣使献其生口百六十人，然皆出其国造〈（神武帝即位，赐功臣椎根津彦等以地名，曰国造。）〉之所为，故非王室之所遣。至献帝朝，神功皇后渡海攻新罗，降之，高丽、百济皆归歀。后遂因高丽乡导，数遣使朝于魏。自西晋以至于南朝，贡聘不绝，皆受中国封拜。隋炀之世，国书失辞，炀帝仍遣使往报。唐贞观以逄，信使踵至，遗僧侣、学生留学于唐，或有仕唐者。当是时，上自天时、地理、官制、兵备，暨乎典章制度、语言文字，至于饮食居处之细，玩好游戏之微，无一不取法于大唐。礼仪文物，居然大备。及昭宗国乱，聘使渡海者多阻于兵，不得达，其参议菅原道实采留中学僧中瓘报告，奏罢遣唐使。五代及宋，国交彼此皆绝。元世祖混一志侈穷兵东伐，丧师十馀万。日人筑石砦于博多，禁通商，自是始有轻中国之心。明太祖时，张士诚、方国珍馀党，导其奸民为寇，出没海上。至嘉靖中，尤猖獗。北自辽海、山东，南抵闽、浙、东粤，滨海之区皆罹其害。四十三年，总兵戚继光、俞大猷等合师大创之，其患始渐息。神宗之世，其关白丰臣秀吉两出兵侵朝鲜，明师赴援，皆失利。秀吉卒，日本始收兵还国。后德川氏世执政权，方欲以文治致太平，故二百数十载彼此相安于无事。咸丰、同治以来，其国迫于外患，下诏变法，广事外交，与泰西诸国互订条约。念与中国邻近，宜亟通好，以冀同心协力，御外侮。乃于同治九年七月，遣外务大丞柳厚前光、少臣花房义质等携外务卿书来中国，与总理各国事务衙门预商通好事宜。至天津，谒见通商大臣成林、总督李鸿章。成林代为上书，命留津候命。总理衙门议履，许通商，不必换约。前光再三力争，总理衙门始允与之订约，至是，日本特以大藏卿伊连宗城为正使，来缔盟约，前光副之。朝命鸿章为全权大臣，办理日本通商事务。江苏按察使应宝时、署津海关道陈钦随同帮办，是为中日议约之始。 秋九月，与日本订约成。先是，日使柳厚前光归，疆臣有以前明倭寇为辞，奏请拒绝日本通商者，李鸿章奏驭之，谓：“顺治乞嘉、道年间尝与日本通市江、浙，设官商额船，每岁购钢百万斤。咸丰以后，苏、浙、闽商往长崎贸易寄居者络绎不绝。论者拒绝之请，于今昔时势，彼国事实，盖未深究。今彼见泰西各国与中土立约，彼亦援例而来，设拒之太甚，和因泰西介绍固请，自不如就此时推诚相与。彼使臣等来谒，每称欲与中国结好，协力对外，立言亦颇得体。既允立约在前，断难拒绝于后云云。”时大学士两江总督曾国藩亦上疏力争，其大致与鸿章折中言相同，且言：“彼或转求西国介绍固请，势难中却，即使外国前后恭观，疑中国交际之道，逆而胁之则易于行成，顺而求之则难于修好。”又言：“日本素称邻邦，非朝鲜、越南、琉球臣属之比，若不以泰西诸国之例待之，彼将谓厚驣簿薛，积疑生嫌，但约中不可载明比昭泰西各国通例办理，尤不可载利益均沾等语。逐条备载，每国详书，不必为此简帖含混之词，坚彼之党而奈我之章。”疏入，朝旨韪之，遂命鸿章与定修好条规十八条，通商章程三十三款，附以中国、日本海关税则。约成，以中有不能尽同西约者。宗城既归，日政府意沿觖望，旋以事免宗城官。
十二年夏四月，命北洋大臣李鸿章为换约大臣，与日本全权大使副岛种臣互换条约。初，十一年二月，日本以外务大臣柳厚前光、前少办务使〈即四等公使〉来议改约，并赍有外务卿副岛种臣、大辅寺岛宗则致鸿章书，略谓：承订条规，谨奏闻允行。惟去岁我国特派大臣使于欧西，欲仿万国通例，议商改约。将来改定后，条规中所载以己国法讯断己民等事，必须更正，故先商明。又条规第二条遇事彼此相助，从中调处之语，两国既结和议，虽无此语，亦有权可行，应请裁撤。第十一条带刀之禁，佩刀乃喔国礼制，若以入国问禁，第交我国理事官检束可耳，不便明禁，亦宜削去。今特派前光等面陈，冀与贵大臣时备文书，往来拟议，以为他日批准互换之地云云。前光又陈通商章程所载进出口税各条，须议由日本海关按照成规抽收，不必指明税则。鸿章谓前光曰：日本与泰西改约，成否未可知。事果有成，可以换约后再商海关收税，亦可届时商办。带刀之禁，原虑细民滋事，预为防范，由理事官布告禁令，亦无不可，待约满时删除。至从中调处一语，信如外务卿所谓各国均有此权，但议约不载则可，既载复裁，转贻耻笑。且语以万国公法最忌失信，今两国于未换约之先，遽尔遣员议改，旋允旋悔，于全权立约之命，不几相枘凿而贻笑外人乎？前光嗫嚅惶愧而退。后其右大臣岩仓具视至泰西诸邦议改约，于领事法权及海关税则两事，终不得要领而还。带刀一事，未几亦从其外务少辅森有礼之议，卒自行革禁。至彼此调处之言，中国不允裁撤，颇受西人倻揄，日人大惭。迨十月闲，有秘鲁国商船玛利亚留士骗诱澳门华民三百馀人，载往其国佣工。已而避风横滨，舟师虐工人，工人愤而投水。通英舰长挨仁雕泊此，救之出，引告神奈川县厅。种臣时为外务卿，令扣留商船，解放工人，使告于中国。中国遣同知陈福勲往谢，携工人归。日人旋于十一月以种臣为特命全权大使，来换约。种臣既至天津，见鸿章，自陈前此前光之来商改约，非其本意云，遂互换条规。种臣旋入京，与泰西各国公使同觐见于紫光阁，贺大婚及亲政盛典，并呈递国书。种臣既归，留前光为公使，以井田让为总理事，管十五口商务。品川忠道为理事，驻上海，兼管宁波、镇江、九江、汉口四处。林道三郎为副理事，管广州、琼州、潮州三处，而驻于香港。
十三年夏四月，命船政大臣沈葆桢巡视台湾，兼办各国通商事务。先是十年十一月，有琉球船遇飓风飘至台湾，为生番劫杀五十四人。十二年二月，日本小田县民四名亦漂至遭害。日本诸臣喜事者，因谓生番豺狼，不可不膺惩。特以生番、熟番有异，欲先质经界于中国。会副岛种臣在北京，乃寄谕种臣，命询台地事。种臣难于启口，因遣副使柳原前光往问总理衙门大臣毛昶熙、董恂。昶熙等答曰：番民之杀琉民，既闻其事，害贵国人，则我未之闻。夫二岛俱我属土，属土之人相杀，裁决固在于我。我恤琉人，自有措置，何预贵国事，而烦为过问？琉球群岛，在日本之西南，与中之台湾等处相对。旧分山南、山北、中山三部，各有王分领之。明初，中山王尚氏统一琉球，受明册封，世通朝贡。顺治入关以后，称臣入贡，一如明制。然同时亦朝贡于日本。故当日前光大争琉球，为日本版图。又具证小田县民遇害状，且曰：贵国已知恤琉人，而不惩台番者何也？曰：生番系化外之民，我政府未便穷治。前光曰：生番害人，贵国舍而不治。然一民莫非赤子，赤子遇害而不问，安在为之父母？是以我邦将问罪岛人，为盟好故，使某先告之。反复论诘者累日，卒不能毕议而去。是年三月，日廷乃以陆军少将西乡从道为都督，谷干城及海军少将赤松则良为参军，率兵赴台。海军少佐福岛九成为厦门领事，兼管番事。别延美国人李仙得参谋，议佣英、美船为运输，而特命参议兼大藏乡大隈重信为总理。时美公使镂斐迪执局外中立之例，收还其船舶人民之为日本所佣役者，并令厦门领事捕李先得等。英公使巴夏礼亦言日本此举不合公法，中国必生异议。于是内阁大生纷议，急遣人驰谕于重信，令止军行，且归京。重信告从道，从道不奉命，曰：某当亲捣虏巢，毙而后已。万一清国生异议，朝廷目臣等为亡命流贼以覆之可也。重信劝谕百端，从道不听，即夜下令发师。重信电闻，日廷大忧，再传内旨于长崎，从道愤然行。而厦门日领事九成亦书告闽督李鹤年，谓今将起师问罪于贵国化外之地。鹤年覆书，争生番为中国属地，请撤兵，随疏以闻。令葆桢巡阅台湾，调兵警备。冬十一月，沈葆桢奏日本遵约退兵，命妥筹台湾善后事宜。初，日本以英、美公使有违言，所赁船舶悉解约还之，于是运粮调兵皆失便。诸舰出发两月馀，始达台湾之社寮港，分道进攻竹社、风日、石门诸番。生番据险力拒，不能进，攻牡丹社亦不利，乃退守黾山。造都督府，设病院，修桥缮道，为屯田持久之计。葆桢抵台，筑礟台于澍湖诸岛，设海底电线于台湾、厦门闲，购新式洋枪三万枝于德，调淮军来台，议购鐡甲舰于丹。防务既傋，不先开衅端，仍成谕生番。诸社番人愿遵约束，日人为之夺气。又久屯龟山，以酷暑多病疫，棺楷相望，进退维谷。而是时赤松则良在上海侦探，驰报巡抚来凯泰将兵二万向台助战守。日本大惧，遂于八月以参议兼内务卿大久保利通为办理全权大臣，来议台事。九月，至天津，谒总理王大臣，辩论番地所隶之经界，互相龃龉，逾两旬不决。利通乃阳言归国再举，而阴托英公使威妥玛出任调停。利通始要偿军需金三百万圆，总理衙门以日本为无理横肆，坚执不许，军机大臣文祥执议不给一钱。葆桢亦疏言：倭备虽增，倭情渐怯，虚声恫喝，冀我迁就求和。倘入其彀中，彼必得步进步。我但厚集兵力，无𨻶可乘，自必帖耳而去。请坚持定见，力为拒𨚫。葆桢又遗书北洋大臣李鸿章，谓：利通之来，其中情窘急可想。然必故示整睱，不肯遽就我范围，是欲速之意在彼。我既以逸待劳，以主待客，自不必急于行成。鸿章以告，廷议大韪之。已而以英使居闲再三，乃终许抚恤，筹补银，限期撤兵。立约三条如下：一，日本国此次所办，原为保民义举，清国不指以为不是。二，前次所有遇害难民之家，淸国许给以抚恤银十万两。日本所有在该处修道建房等件，清国愿留自用，先行议定筹补银四十万两。三，所有此事两国一切往来公文，彼此撤回注销，作为罢论。至该处生番，清国自行设法妥为约束。签约既定，利通归。旋日皇遣敕使于台湾，诏班师。是役也，日本縻费六百馀万圆，兵士疫死者甚众。然是时己昌言琉球为其属地，琉球难民被害，与淸政府无涉，中国政府未之知也。越三年，日本废琉球夷为冲绳县，中国政府始遣使与抗议，不得直。及中法越南新约定，日本援以为例，于是琉球群岛终归日本矣。