文宗咸丰十一年，秋七月，帝在热河不豫。十六日子刻，疾大渐，召宗人府宗令载垣，右宗正端华，御前大臣景寿、肃顺，军机大臣穆荫、匡源、杜瀚、焦祐瀛至避暑山庄行殿寝宫，受顾命，立皇长子载淳为皇太子，并谕以载垣、端华、肃顺、景寿、穆荫、匡源、杜瀚、焦祐瀛为赞襄政务王大臣。翌日寅刻，帝崩，诸臣请太子即正尊位，诏改明年为祺祥元年。尊皇后钮祜禄氏及生母懿贵妃那拉氏均为皇太后。时虽以两后并尊，而仍微示区别。皇后称母后皇太后，贵妃称圣母皇太后，援明万历朝故事也。八月，丁巳朔，日月合璧，五星联珠。是日也，五星聚张、翼之间，钦天监占，以为楚地有贤才佐，致中兴之兆。以克复安庆及池州、桐城、宿松各郡县，道员曾国荃奖等擢有差。安庆为太平军所占据，已逾九年，上年冬间，国荃统领水陆诸军合围，至是月初一日克复，遂乘势收复池、桐、宿各郡县。九月，上两宫皇太后徽号。初，母后及圣母之称，帝生母那拉后深滋不悦，至是上太后徽号曰：“慈安皇太后”，生母太后曰：“慈禧皇太后”，并谕嗣后奏牍，以慈安、慈禧并称，不复有母后、圣母之别矣。奉天金州地震，压毙人口百十户。帝奉大行皇帝梓宫回京师，启行后，奉两宫皇太后先由间道还宫，奉慈安太后居宫东所之绥履殿，慈禧太后居宫西所之平安室，由是俗间有东太后、西太后之称。冬十月，授恭亲王奕䜣为议政王，在军机处行走；命大学士桂良，尚书沈兆霖，侍郎文祥、宝鋆在军机大臣上行走；鸿胪少卿曹毓英在军机大臣上学习行走。杀怡新王载垣，郑亲王端华，协办大学士户部尚书肃顺，革御前大臣景寿，兵部尚书穆荫，吏部左侍郎匡源，署礼部右侍郎杜瀚，太仆寺卿焦祐瀛职。先是，御史董元淳疏言：“皇上冲龄，未能亲政，暂请皇太后垂帘听政，并派近支亲王一二人辅政。”疏入，太后召见赞襄王大臣，命照所奏行。载垣等抗论，以为不可。有臣等奉遗诏赞襄，皇上不能听命于太后等语。退复以本朝家法禁母后临朝，令军机处驳还。时恭亲王奕䜣已至热河，太后将召见，杜瀚复言恭王于太后嫂叔不通，间太后居丧，尤宜远嫌。后奕䜣设计得见太后，太后虑载垣等专恣，弈䜣密谋诛之，召鸿胪少卿曹毓英密拟拏问各旨以备发表。奕䜣还京，启行后，太后亦即下诏回銮，命肃顺护送梓宫，载垣等扈跸，先从间道行。于是大学士贾桢、周祖培，尚书沈兆霖、赵光合疏请太后垂帘，皖豫督师内阁学士胜保亦奏请简近支亲王辅政。太后既至京师，乃下诏暴载垣等罪状，并降旨拏问奕䜣。俸诏宣示毕，命侍卫执载垣、端华二人拥之宗人府幽之。时肃顺方次密云，亦逮至京。旋赐载垣、端华自尽，弃肃顺于市，景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦祐瀛俱革职。穆荫遣戍军台，严治党援。尚书陈孚恩，侍郎黄宗汉、刘崐、成琦，太仆少卿德克津。太京堂富绩，太监杜双全、袁添喜、王喜庆、张保桂、刘二寿均革职，发遣有差，自是垂帘之局已定。 命议皇太后垂帘之仪。 帝行即位礼于太和殿，以明年为同治元年。初，载垣等拟建元为祺祥，载垣等遂得罪，遂改为同治。 谕：“见在一切政务，均蒙两宫皇太后躬亲裁决，惟缮拟谕旨仍应作为朕意。嗣后议政王、军机大臣缮拟谕旨，著仍书‘朕’字。” 东南方有声如雷。 停止热河避暑山庄一切工程。 命钦差大臣两江总督曾国藩统辖江苏、安徽、江西、浙江四省军务。时安庆既复，群臣争上书言事，多推湘楚军功，以为偏裨皆可督抚，因益重国藩，遂有是命。所有四省巡抚以下各官，悉归节制。国藩皇恐，三奏辞，不听。 十一月乙酉朔，帝奉两宫皇太后御养心殿垂帘听政。 十二月，谕曾国藩通筹进剿事宜。 诏饬东三省训练兵丁。 召前任副都统富明阿来京，讲求京旗各营训练事宜。
穆宗同治元年，春正月，命兵部尚书麟魁，两江总督曾国藩，均协办大学士。 总理各国事务衙门，奏请饬江苏等省筹款，购买外洋船炮，从之。 三月，命左副都御史晏瑞书赴广东，驻扎韶州，督办通省釐金，接济浙江等省饷需。 夏四月，命办山东亩捐，从科尔沁亲王僧格林沁奏请也。 五月，台湾民人戴万生等起兵，据彰化。命福建巡抚徐宗干剿办。 添设长江水师提督，驻扎芜湖。 六月，直隶蝗灾。 秋七月，有众星西南流，如织。 京师大疫。 八月，广东省城及近省各属风灾，纵横及千里，伤毙人口数万。 九月，诏畿辅行坚壁清野法，时畿辅教、土、捻、幅各党轰起故也。 冬十一月，己酉朔，日食。 大学士衔管理工部事务翁心存卒，予谥文端。时翁心存之子革职安徽巡抚翁同书，以失守安庆城池下狱，命释放。 予告大学士彭蕴章卒。蕴章初在政府，以力荐阿桂清被斥，及再起，条议时事，请撤湘楚军，裁抑曾国藩兵权，政府哂之，由是不获再用。 是年，黑虹见天，江苏等见大疫。
二年，春二月，设立同文馆于京师。 夏五月，谕减苏、松、太三属赋额。三属赋额，有较他省多至一二十倍者，至是，曾国藩及巡抚李鸿章合词奏请减之。 金星画见。
三年，春二月，停山东亩捐，从巡抚阎敬铭奏请也。 三月，苏、松、太各属地震。 夏四月，辛未朔，日食。 予西安将军多隆阿祭葬世职，寻予谥忠勇。多隆阿以黑龙江马队隶曾国藩军，从征楚皖，身经三百馀阵，克城砦二百有奇，生平爱士卒如骨肉，而威令严明智能兼备，故屡奏奇功。自提师入陕，剿回几尽。是年二月，督军力攻盩厔，中弹伤目，攻益急，遂克之。至是，伤发，薨，闻者莫不伤痛，陕西处处祠之。 五月，御史贾铎奏：“见闻有太监演戏，一赏十金，并用库存缎匹裁作戏衣，请饬速行禁止，用以杜渐防微。”旋奉懿旨：“览奏实堪诧异。方今各省军务未平，百姓疮痍满目，库帑支绌，山陵未安，深宫隐痛实殷，又何至有如该御史折内所指情事？况库存银缎，非奏准不能擅动，兹事可断其必无也。” 六月，金陵克复捷闻，封曾国藩等侯伯子男及世职官阶。 秋八月，以生擒洪福瑱，予沈葆桢等世爵、世职有差。
四年，春二月，以直隶等省雷雹灾异，下诏修省。 三月，命恭亲王奕䜣毋庸在军机处议政，并撤一切差使。奕䜣以诛载垣等功，两宫深为倚任。时太监安得海方有宠于慈禧太后，思用事，嫉奕䜣甚，以谗去其议政权。旋惇亲王绵恺、醇郡王奕𫍽、通政使王拯、御史孙翼谋先后奏谏给事中广泰等，更谓：“庙堂之上先启猜嫌，根本之间未能和协，骇中外之观听，增宵旰之忧劳。”始有懿旨，令：“仍在内廷行走，并仍管理总理各国事务衙门，旋命仍在军机大臣上行走，毋庸复议政名目以示裁抑。” 五月，江浙水灾，居民淹毙十馀万。 命醇郡王奕𫍽筹办京师防范事宜，以僧格林沁阵没曹州，予谥曰忠，并命配飨太庙。僧格林沁追捻至山东曹州之西，困重围。及夜，突阵出，前驱反戈，敌乘之。僧格林沁中酒，不能战，遂全军覆没。僧格林沁及总兵何建鳌、内阁学士金顺等皆败死。 六月，增设安徽、安庆、庐滁和道，改凤颖道为凤颖六泗道，增设涡阳县，治雉河集，移凤台县于下蔡镇。 秋七月，有大星陨，光如月。 冬十二月，以荡平太平馀众，封浙江巡抚左宗棠一等伯，赏布政使蒋益澧骑都尉。先是太平馀众自浙江走江西，入福建，寻入广东，宗棠奏以益澧护巡抚，而自统全军，由浙、闽追至嘉应州，尽歼之。 以收复宁夏府城，西安将军都兴阿杀已降回目，并纵兵抢杀，奉旨交部议处，旋调盛京。 是年，皖南大饥，民相食，人肉一斤，价至百二十文。江苏之句容、溧阳、溧水亦然。
五年，夏四月，大学士文祥剿灭奉天马贼，撤兵还京。先是，马贼由口外入扰畿辅，震惊陵寝，命文祥率神机营督剿。至是，歼除殆尽，撤还京师。 六月，闽浙总督左宗棠奏，请于福建择地设厂，制造火轮船，从之。旋命丁忧巡抚沈葆桢总司船政事务。 秋九月，予告大学士祁寯藻卒。咸丰中，曾国藩起乡兵，肃清湖北，捷闻，文宗喜形于色，寯藻力觗排之。及两江总督何桂清以失律拟斩，寯藻独上疏力救，为言路卞宝第所纠，举国称快。
六年，春二月，帝奉两宫皇太后幸惇亲王绵恺第。先是，侍读学士夏同善闻有将幸惇邸，传集梨园之事，上疏力谏，谕旨循旧章以折之。 夏五月，命曾国藩为大学士，四川总督骆秉章协办大学士，均仍留总督任。 夏至日，京师地震。 以旱，诏清理庶狱，求直言，并数减宫廷用款。 命大学士倭仁假满后，即赴总理各国事务衙门之任，仍以疾辞。初，京师设立同文馆，朝议拟选阁部翰林官年少聪颖者，入馆学习各国语言文字及天算学、造船、制器诸法，宜责成工部督匠役习之。文儒近臣，不当崇尚技能，师法夷裔。疏上，都下一时传诵，以为至论，于是词馆曹郎皆自以下乔迁谷为耻，竟无一人肯入馆者。寻命倭仁在总理衙门行走，并管理同文馆事。倭仁屡以疾辞，会因旱求言，候选直隶州知州杨廷熙请都察院代奏，撤销同文馆以弥天变，并痛诋各部院王大臣。谕指为倭仁授意，著假满后即行赴任。倭仁策骑莅馆，中途故坠马，遂以足疾请急。 秋七月，永定河溢。 八月，乙巳望，月食。 九月，申谕各省严拏哥老会。 冬十月，派美使蒲安臣往有约各国，办理中外交涉事务，旋又派道员志刚、郎中孙家谷往。时因英国前后所立之约皆以势胁而力取者，中国欲结好美洲，以为己助，故有是举。 十二月，以东捻荡平，钦差大臣李鸿章等，赏加世职等有差。 协办大学士四川总督骆秉章卒，予谥文忠。秉章公忠推贤，抚湖南，独任幕僚左宗棠，集饷练兵，援军四出，捷音望于道。及督蜀，又延刘蓉佐理，资其国以平蓝朝鼎、李短褡及石达开之众。卒之日，士民巷哭罢市，蜀人思其遗爱，谓自汉诸葛亮、唐韦皋后，惟一人云。
七年，夏六月，以西捻荡平，擢湖广总督李鸿章协办大学士，馀加恩赏有差。 秋七月，黄河南岸荥泽汛，十堡漫口。 调两江总督曾国藩为直隶总督，闽浙总督马新贻为两江总督。 命开缺兵部侍郎彭玉麟赴江皖会筹长江水师事宜。 八月，革御史德泰等职。德泰奏请修理园庭，并代进内务府库守贵祥所拟筹款章程，请于京外各地方按户按亩按村鳞次收捐，恭王奕䜣以侈端将启，请旨切责德泰丧心病狂，著即革职，贵祥发给黑龙江披甲人为奴。时有知其事者，谓安得海授意二人云。 永定河溢。 九月，有流星犯织女，大如扇。
八年，春二月，记名布政使席宝田击败贵州苗教各众，克复镇远府卫二城。 戊午，日重轮，抱珥，五色。 夏六月，永定河溢。 京师武英殿灾。 秋七月，辛未朔，日食。 八月，山东巡抚丁宝桢捕杀太监安得海。得海，直隶南皮人，自恭王奕䜣为所中，去议政，握朝士，日奔走其门，声势煊赫。帝年寖长，心恒忧之，时于宫中以剑断泥人首，左右私请其故，则曰：“杀小安子！”会宝桢入觐，帝遣人与宝桢密谋诛得海。宝桢因言，闻安得海将往广东，必过山东境，请执而杀之，以罪奏闻。是年七月，得海果出都，舟过德州，宝桢即奏其僭拟无度，招摇煸惑。疏甫具即饬知东安府程绳武捕之，踵其后三日，不敢动，复檄总兵王正起发兵追之，及泰安，获之，械至济南。得海大言：“我奉皇太后命，织龙衣广东，汝等自速死耳！”官吏惊焉，宝桢念朝旨未可知，欲先论杀之。知泰安县何毓福长跪力谏，请少待，宝桢毅然不之顾，遂夜弃得海于市，骈诛其党二十馀人。方得海之扬帆南下也，自称钦差，身服龙衣，船上有日形三足鸟旗，船旁有龙凤旗帜，并带有前站官、标兵、苏拉、僧人及妻妾、太监、女乐等数十人，品竹调丝，沿岸观者如堵。宝桢折上，越九日而通饬查拏之命始下，时得海已伏法五日矣。 收复布伦托海。额鲁特人众占据布伦托海，呼图克图棍噶扎勒参带兵收复。 冬十月，席宝田克复胜秉城。
九年，春正月，京师神武门内敬事房木库灾。 广东陆路提督刘松山攻回酋马五寨，阵亡，予谥忠壮。 夏六月，永定河溢。 命彭玉麟赴江南，整顿长江水师。 秋七月，两江总督马新贻被刺卒，予谥端愍。新贻于署右箭道校阅讫事，还行至西夹道，为河南人张文祥所戕。获文祥讯供，谓新贻渔色负友，己为友复仇云。问官以事涉暧昧，不便上闻，故矫为微词，称文祥以盗匪馀孽，挟仇戕害大臣，比照谋反叛逆，磔之于市。 有星西流，大如盏。 八月，调曾国藩为两江总督，李鸿章为直隶总督。 九月，以水旱叠见，下诏修省。 冬十月，裁撤三口通商督办，归直隶总督经管，增设津海关道。 席宝田攻克台拱厅城。台拱苗砦数百年，革苗最大，宝田督军攻之，先取其旁砦，夜破革苗，遂克台拱厅城。 十二月，总兵刘士奇攻克贵州都匀府城。都匀为苗人金干二久据，至是克复。
十年，春正月，以越南匪徒曾亚治滋扰掠山木马等处，命广西提督冯子林驰赴太平，督兵进剿。 二月，浙江暴风，雨雹，伤毙人口数万。 夏六月，太白画见。 永定河溢。 草仓河溢。 有流星出天市垣。 秋七月，永定河复决。 草仓河复溢。
十一年，春正月，大学士两江总督一等毅勇侯曾国藩卒，予谥文正。初，国藩以在籍侍郎，出治乡兵，征伐遍于十八行省，终以底定四方。中兴之功，允为推第一。自军旅渐平，百务创举，凡劝农课桑，修文振穷，缉暴去贫，及盐务、开壑、请讼、水陆练兵等，国藩皆手定章程，其可行之经久。和议成，国藩阴有争雄海上之志，设内军械所安庆，械器局上海，仿造火轮船，奏请挑选聪颖子弟，赴泰西各国，肄习技艺，期十五年还国。其远略如此。文章尤美，有集百馀卷行世。丧归，百姓爇香追送，盈路拥丧不得行，江南家家绘像以祀，讴思弗置。 二月，诏起彭玉麟，巡阅长江水师。 三月，以贵州苗悉平，常席宝田骑都尉世职。苗首张秀眉等，自咸丰五年起事，荡陷城池，蹂躏贵东西殆遍，楚蜀边境骚然。至同治六年十月，宝田统带湘军入黔，与提督周达武、唐本有、龚继昌会，黔军苏元春等协力助剿。助剿者悬军深入，饥困敌粮，夜宿敌叠，行不持营帐，居不依城砦，军不时至，出不时反。昔岳锺琪、张广泗所以制苗蛮也，用兵五千馀，拓地十馀里，破砦数千，殄苗及百万。十年，九月，宝田感瘴病风痹，乞归，以继昌、元春、本有三提督及道员谢兰阶，分统其军，诸将迭战，至是遂俘秀眉及奎大五，送长沙磔之，苗疆平。 夏五月，甲申朔，日食。 御史李宏谟奏请勤召对，严旨申饬，略谓本年入春以来，慈禧皇太后时有不适，三月以后，始月馀未经视朝，李宏谟竟以逐日召见为请，冒昧已极，仍传旨严行申饬。 秋七月，御史边宝泉奏，直隶总督李鸿章呈进瑞麦，恐滋流毙，并请将永定河口合龙保案撤销，奉旨嘉纳饬行。 九月，江苏地震，有声，似雨降，自南而北。 陕甘总督左宗棠奏产瑞麦、瑞谷，请宣付史馆，不许。并诫以甘省军务未平，闾阎雕瘵，毋得因地方官呈报稍涉矜夸。 立阿鲁特氏为皇后，富察氏为慧妃。先是，是年二月间，召诸满大臣女入宫选后，慈禧太后意属慧妃，后年稍稚，貌亦较逊，而雍容端庄，慈安太后雅重之。密询帝，亦以后对，册立之，议遂定。时备办大婚，费已千万，结彩宫门，至十馀万，而公奏朝廷，动用钱粮，虽以慈安之贤，莫能禁之也。 冬十二月，日重轮，抱珥五色，翌日如之。
十二年，春正月，帝亲政。 以黔回肃淸，赏巡抚曾璧光宫衔世职，馀升擢有差。 六月，日使副岛种臣、俄使倭良戛里、美使镂斐迪、英使威妥玛、法使热福里、和使费果荪入紫光阁前觐见，并呈递国书，贺大婚，且亲政也。时新与日本订约，种臣以特命全权大使居首班，夸为至荣。 闰月，永定河溢。 以滇回肃淸，赏岑毓英宫衔，改给一等轻车都尉。 秋八月，直隶运河堤决。 冬十月，御史沈淮奏，请缓修圆明园，忤旨，切责之。圆明园为明武淸侯李伟清华园旧址，康熙间名畅春园，后于园中辟地筑室，赐雍邸，命名圆明。雍正三年，乃大宫殿朝署之规，以避暑听政。乾隆中，大事修饰，增置离宫别馆，列景四十，所费不计亿万，历雍、嘉、道百馀年，每岁皆以夏首幸园，冬初还宫。咸丰初元，粤中兵起，帝伤祸乱，恒夜分痛哭，继乃托词抑解，纵情酒色，广集汉女于园中，分居亭馆。有四春之宠，所谓杏花春、武陵春、牡丹春、海棠春者也。十年八月，鸦片之役，英、法、俄、美联军主天津，帝方园居，闻警，仓猝出走热河，英人纵火焚园，三昼夜不绝。同治七年，满御史德泰奏请修复，未准，且荷严谴。十一年，广东奸民李光昭，觐觎富贵，具呈内务府，请报效木植，重修园庭以备皇太后燕憩，帝允之，赏光昭道员，任为圆明园工程监督，命往各省采办木植。命既下，中外错愕，淮首上书力争，帝大怒，谓修葺宫殿为两宫娱游休息之地，以资頣养，乃宣淮入见，严词诮𫍽。淮不为动，但称淀园之毁非由天灾，今时事艰难，仇人在国，即库藏充溢，亦不当遽议兴修。皇上谓为两宫颐养起见，但臣恐园工落成，两太后入居其中，反觉愀然不乐。旋同台游百川亦䄂疏。廷诤谔谔数百言，声震殿瓦皆不纳。 以收复肃州，关内回众肃淸，擢左宗棠协办大学士，仍留陕甘总督任，改世职为轻车都尉。金顺、穆图善、宋庆、张曜皆奖叙有差。
十三年，春正月，谕禁广东闱姓赌博。 三月，命李鸿章与秘鲁国使臣会商事务。 夏五月，彗星见。 秋七月，革候选知府李光昭职，交李鸿章严行审办。光昭本一市井无赖子，缘佞幸以进，藉钦命为护身符，得游历川楚江浙诸产木之区，勒索肥己，甫受命即大书奉旨采办及圆明园监督衔条旗号，四出招摇。及呈进洋木以五万馀元之木价捏报三十万两，且以交割不淸与法商构讼，经法领事照会津海关道，请将贵国钦臣李光昭及园工木植一并扣留，毋使逃逸。鸿章据以上闻，命即革职，交鸿章究办，其通同作弊之内务府前后任大臣崇纶、明善、春佑、贵宝及笔帖式成麟等均革职，旋定光昭斩监候并停止圆明园工程，酌量修理三海。 降恭亲王奕䜣为郡王，革去亲王世袭罔替，并革其子贝勒载澂郡王衔。因是日帝与载澂戏，以细故失欢也，寻奉懿旨赏还，仍勉奕䜣当仰体朝廷训诫之意，嗣后益加勒愼云。 冬十月，帝不豫，命军机大臣李鸿藻代批章奏。帝大婚后，因后阿鲁特氏才德兼备，于后敬礼有加，而慈禧太后以偏爱慧妃故，每值后入见，从未少假以辞色，且语帝：慧妃贤明，宜加眷豫。皇后年少，未娴礼节，皇帝每辄至宫中，致妨政务，又阴使内监时复监视之，帝大不怿，故终岁独宿乾清宫。内侍有阴导帝以微行者，起居多不律，遂以致疾。 十一月，谕朕于本月遇有天花之喜，所有内外各衙门陈奏事件，呈请皇太后披览裁定。 十二月，帝崩，奉两宫皇太后懿旨，立醇亲王奕𫍽之子载湉承继文宗显皇帝为子，入承大统，为嗣皇帝。先是帝疾渐瘳，一夕，宿慧妃宫，翌晨大渐，召李鸿藻入见，与谋以贝勒载㴻承大统，且口授遗诏，令鸿藻书之，凡千馀言。鸿藻出宫，驰赴储秀宫中，请急对，出袖中草疏以进，慈禧太后阅之大怒，叱鸿藻出，移时驾崩，时是月初五日酉刻也，外间尚秘不之知。是日薄暮，忽奉懿旨，命军机王大臣入议要政，诸臣趋诣养心殿西暖阁，问帝病状，慈禧太后时含笑应曰：“皇帝无恙。”语毕，默然，少顷，复言曰：“圣躬颇虚弱，脱有不测，宗室中谁可承大统者？”内务府大臣文钖首对曰：“请择溥字辈之贤者而立之。”太后色变，久之，乃曰：“醇亲王奕𫍽之子载湉承继文宗显皇帝为子，入承大统。”诸臣皆唯唯。太后始厉声曰：“然则皇帝已驾崩矣！”诸臣皆失声大哭。时嗣皇帝年甫四龄，即由醇邸移居禁中，即皇帝位，以明年为光绪元年，仍由两宫皇太后垂帘听政。封皇后为嘉顺皇后，载㴻、文锡皆得罪。旋上大行皇帝谥曰毅，庙号穆宗，葬遵化州双山峪号惠陵，享年十有九。