圣祖康熙九年，夏四月，河决归仁堤，淮安、扬州二府等处，田地悉被淹没。
十年，冬十月，河决桃源县，坏民堤二百五十丈。 冬十一月，河道总督王光裕疏请募夫大挑淮阳襄河，从之。
十一年，夏四月，命侍卫吴丹，学士郭廷祚阅视河工，绘图进呈。 六月，河决清水漂，高邮实应一十八州县卫被灾。
十六年，春二月，以王光裕治河无功，命解任，以靳辅为河道总督。 秋七月，靳辅条陈治河八事：一挑清江清以下，历云梯关至海口一带河身之土，以筑两岸河堤；一挑洪泽湖下流，高家偃以西，至清口，引水河一道；一加高帮润、七里墩、武家墩、高家墩、高良港至周家闸残缺单薄堤工；一筑古沟、翟家坝一带堤工，并堵塞黄淮各自决口；一闭通济闸坝，深挑运河，堵塞清水潭等处决口，以通漕船；一钱粮浩繁，须预筹画以济工需；一请裁并河工冗员，奏调干员，赴工襄事；一请设巡河官兵。章上，廷议以军兴饷绌难之辅。凡三奏，均坚持前议，帝特如所请。
十七年，秋七月，河决砀山县石将军庙及萧县九里沟二处。 是月，靳辅疏请高家堰石工再加三尺，与土堤平。然后另加土堤三尺，又高家堰，高良港一带加筑戗堤一道，从之。 冬十月，靳辅以宿、徐等州县被灾，请建减大坝一十三座，又请将清口闭断，自文华寺挑新河至七里闸，以七里闸为运口，由武家墩烂泥渡转入黄河。
十八年，夏四月，靳辅疏言：‘清水潭屡塞屡冲，山阳、高邮等七州县田亩淹没。臣筑东西长堤二道，工竣，七州县田亩全行润出，运艘民船，永可安澜。’报闻。 秋七月，靳辅疏言：‘淮河东岸，自翟家坝至周桥闸，乃淮阳运河上游门户，山盐等七州县民生关键也。当黄河循禹故道时，淮流水可直下。此地未闻水患；迨黄流南徒夺淮，淮流不能畅注，于是壅遏四漫。山阳、宝应、高邮、江都四州县，河西低洼之区，尽成泽国者，六百馀年矣。明万历初，河道废坏，虽不若今日之甚，而清口淤，高堰决，与今日情形相似。彼时河臣潘季驯，筑堤堵口，治班班效斑。然此处不议加高，盖明代祖陵在西，故停河东之障以泄水。不知如虑淮涨西侵，何难两岸并筑，而顾留患门庭历年既久，遂致成河九道，使淮阳叠受水灾。臣不能不憾潘季驯以善治河称而亦有此失者也。皇上轸念运道民生，大发帑金，命臣遍为修治。今翟家坝成河九道之处，共宽一千三百二十三丈二尺，今已合龙，更查山宝高江四州县河西诸湖亦逐渐涸出，拟设法招垦，庶几增户足民矣。’
二十一年，冬十月，河决萧家口，召靳辅来京，以萧家渡决口方议脩筑故也。先是布政使崔维雅奏上河防刍，议两河治略二书，注条列三十四事，欲更改辅所行减水坝诸法，辅详辩为不可行，至是辅至京面奏萧家渡工程来岁正月必可告竣，且力言维雅所言之谬，帝韪之。时众议尚书伊桑阿察勘河工一疏，册开不坚固不合式堤工，共一万五千馀丈，漏水堤工四千馀丈，及减水坝二座不坚固之处，应将辅撤任从重治罪。帝恐更易生手误事，仍著辅留任戴罪督修。辅回至河上，亲督工程，未几决口皆塞，水归故道。
二十二年，夏四月，靳辅疏报萧家渡工成河归故道优诏批答还辅职
二十三年冬十月，帝南巡，至泰安，登泰山。寻自宿迁临阅黄河北岸，至天妃闸，见水势湍急，指授河臣改为草坝，另设七里、太平二闸，以分水势。十一月，临阅高家堰，谕靳辅曰：观高堰地势，高于宝应、高邮诸水数倍。前人于此筑石堤障水，实为淮、扬屏蔽。且使洪泽湖与淮水并力敌黄，冲刷淤沙，关系最重。今高堰旧口及周桥、翟坝修筑虽久，仍须岁岁防护，不可轻视，以隳前功。后阅黄河南岸，谕辅妥筹善后之策，勿令黄水倒灌运河。帝阅河甚喜，书阅河诗赐辅，并赐辅佳哈御舟及御用帷幕。
二十四年春正月，靳辅疏请添建黄河南岸毛城铺减水闸一，王家山减水闸三，北岸太谷山减水闸二，以保徐州上流堤工。并于归仁堤添建石坝二，拦马河及清河县运口各添建石闸一。秋九月，靳辅又请添筑考城、仪封、阳武三县河堤七千九百八十九丈，封邱县荆隆口大月堤三百三十丈，荥泽县埽工二百一十丈，以防上流异涨。并请增设兰阳、仪封、荥泽河员，免开、归二府民采办靑、柳。均从。冬十月，命河道总督靳辅、按察使于成龙驰驿来京，与九卿科道详议河工事务。时成龙奉命经理海口及下河事宜，仍听辅节制，持议与辅多不合，故廷议并召入都详议。十一月，靳辅、于成龙至京，与廷臣议河工事宜。辅谓宜开大河，建长堤高一丈五尺，朿水一丈，以敌海潮。成龙力主张开浚海口故道，大学士九卿俱从辅议，通政司参议成其范、给事中王又旦、御史钱钰从成龙议。侍读乔莱，宝应人也，极言辅议非是。乃命尚书萨穆哈等往勘，寻以开海口无益入告。
二十五年夏闰四月，礼部尚书汤斌入对，奏下河宜疏浚。帝命侍郎孙在丰往董其事，寝辅议。
二十七年春三月，靳辅奏：中河工竣，运道新通，请加高筑遥堤，以图永保。从之。寻御史郭琇、陆祖修，给事中刘楷相继参辅治河无功，又漕督慕天颜、侍郎孙在丰因河工事互相纠参，罢辅仕，并革其蘖客陈璜职衔，解京监侯。璜，字天裔，秀水布衣。辅以公事过邯郸，见题壁诗，大为叹异，因踪迹得之，礼之入幕。帝阅工时，尝从容问曰：尔必有通今博古之人为之佐。辅以璜对。复以辅荐，得赐佥事道衔。辅既解任，调王新命为河督。夏四月，靳辅至京，疏论于成龙、慕天颜、孙在丰朋谋倾陷状，并辩明：部臣勘估，计需六百万两。臣苦心节省，止用帑二百五十一万，不及部臣估计之半。而诸臣诋为糜帑营私，夺田屯垦，必欲陷臣杀臣而后已。请帝再巡，亲阅堤工，更命重臣清丈隐估田亩。帝命学士凯音布等往勘。至是，帝谓廷臣曰：前于成龙奏靳辅开中河无功，今凯音布等则云河漕两利。若谓靳辅治河无功，朕亦代为不平也。于成龙怀挟私仇，阻挠河务，殊为不合。今
九卿已将靳辅议罪，若王新命亦顺从于成龙之说，大事更张，是各怀私忿，贻误河工匪浅。且黄河自宿迁以下冲决，犹可修治，若宿迁而上，或致泛滥，则为害甚大。因令马齐、张玉书、图讷前往确勘，还奏：应如辅所定章程，无庸改。又因凯音布奏称：中河所行漕艘，慕天颜勒令退回，支河之口，不许闭塞。有旨：著将慕天颜提京夹讯，严追唆使之人。寻天颜供称：系成龙缄嘱其照此办理。帝亦不之究。
二十八年春正月，帝以张玉书等往阅河工回京，奏言中河狭隘，欲于中河立三闸以减泄之。而问靳辅，则云于二三十里之闲，应修小闸及涵洞。所言歧异，河工是非，终无定论。因欲亲临河上察勘。车驾至济南，乘舟由中河阅视河道，命于镇口闸、微山湖等处开支河口，其黄河运道仍存而不废。遂自清河县渡黄河，至扬州，泊舟镇江府之金山寺。二月，帝至杭州，渡钱塘，谒禹陵。
三月，帝至淮安府，阅视高家堰一带堤岸闸坝。以靳辅治河有功，复其官，令以原品致仕，有实心任事之褒。
三十一年春二月，河道总督王新命因事革职，复用靳辅为河督。辅以老病固辞，不许。再赐佳哈御舟，以旌异之。三月，脩浑河堤。夏四月，靳辅奏请复建新庄闸，以利运道。又仲家闸下陶家庄地方，应添造一闸，使两闸行运，互相泄㵼，尤于黄、中两河大有禆益。冬十一月，靳辅奏请于黄河两岸栽柳种草，并设立涵洞。时辅力疾经画西运，自清河至荥泽，达三门砥柱，安流无恙。事竣，以病状闻。命辅子副参领治豫及内大臣明珠往视。寻甍于位，年六十。予祭葬，谥文襄。辅受命治河十馀年，精力俱瘁，而中河之役，尤百世之利。论者谓功不在宋礼开会通，陈瑄凿清江浦下云。十二月，以于成龙为河道总督。初，辅受命治河时，值黄水四溃，不复归海，清口运道尽塞。辅因上疏言：清口以下不浚筑，则黄、淮无归；清口以上不凿引河，则淮河不畅；高堰之口不尽封塞，则淮分而刷河不力，黄必内灌，而下流清水潭亦危。且黄河南岸不堤，则高堰仍有隐忧；北岸不堤，山以东必遭冲溃。故筑堤岸，疏下流，塞决口，俱有先后，无缓急。今不为一劳永𨓜之计，屡筑屡圮，势将何所底止。疏入，群臣多异议，帝特如所请。功未竟，而于成龙等极言其失，辅遂解任去。后帝悟，复使辅充其事。辅既卒，帝思之曰：靳辅经理之任，虽后来河臣互有损益，而规模创置不能易也。
三十三年春正月，九卿议覆河督于成龙奏请增设河道官员及豁免民夫俱不合，应革职。帝召成龙来京，诘以前日力诋靳辅，及论减水坝宜塞不宜开。成龙引罪，命革职留任，戴罪图功。
三十八年春二月，帝奉皇太后南巡，阅视河工。三月，渡河，相地高下，指示方略，命河督于成龙测量水土，绘图以进。因谕大学士等曰：水之不治，由洪泽湖水势甚大，既不能泄，又加以黄、运两河合并，势愈浩瀚，故致泛溢。昔时原有归仁堤遥为捍御，此法最善，今已淹没不可考。靳辅则筑减水坝，名为减水，而四处奔泻，漂决甚多。彼但顾上河而不顾下河，水何以治？惟有导河稍北，使不得侵入清水，而疏泄洪泽湖使之下流，全用清水以刷淤沙，则水自无不治矣。
三十九年春二月，于成龙卒，调张鹏翮为河道总督。夏六月，河督张鹏翮奏称：遵旨看视海口，将栏黄坝尽行拆去，河身开浚深通，乞将拦黄坝改称大通口，并请建立河神庙。
四十年春正月，加封河神为显佑通济昭灵效顺金龙四大王。因前河督张鹏翮奏海口疏通，黄、淮二水交会，济运神速，皆河伯效灵所致，请加河神封号，至是如所请行。三月，张鹏翮请将上谕治河事宜敕下史馆纂集成书，诏即著张鹏翮编辑呈览。
四十一年秋九月，帝巡视南河。冬十月，帝还京师。
四十二年春正月，帝巡视南河。三月，帝还京师。
四十四年春二月，帝南巡，因两河告成，亲往巡阅也。夏闰四月，帝还京师。秋七月，古沟、唐埂、清水沟、韩家庄四处堤岸溃决，革河督张鹏翮职，仍留任。
四十六年春正月，帝南巡阅河。二月，以议开溜淮套，革河督张鹏翮宫保衔，从宽留任。夏五月，帝追念靳辅治河功，著加赠太子太保，给拜他喇布勒哈图世职。
四十七年冬十月，以秋汎工程平稳，著开复河督张鹏翮处分。自是两河安𡩋，堤岸无虞，地平天成，一劳永逸之效也。