世祖顺治十八年，春正月，圣祖即位，时年八岁。索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜等遵遗诏辅政，首罢十三衙门，停止各省巡按差，定司道及河工官员久任之法，豁免山东临街房屋税及各省田赋，增加饷练，蠲逋赋，禁非刑，中外翕然称颂。 夏五月，杀江苏秀才倪用宾等十八人。初江苏吴县知县任维初贪酷，用宾等于世祖遗诏到苏，巡抚等官哭临之时，聚哭于文庙，并至府堂进竭贴。巡抚朱国治等指为震惊先帝之灵，聚众倡乱，摇动人心，请严加诘处。朝命侍郎叶尼等往勘，皆定为不分首从处斩。
圣祖康熙二年，秋八月，诏乡会试停止八股文，改用策论表判。头场策五篇，二场论二篇，表一篇，判五道，以明年甲申辰科为始，未几仍复旧例。 复行满洲、蒙古、汉军翻译乡试。 福建延平等处土匪王铁佛作乱，讨平之。 冬十二月，广西陇纳山民阿仲作乱，讨平之。
三年，春正月，裁会试副榜。 夏四月，辅臣鳌拜矫杀内大臣飞扬古。鳌拜与飞扬古有隙，既坐其子倭赫等以擅乘御马诸罪弃市，并坐飞扬古守陵怨望。其子尼侃、萨哈连俱坐绞。 五月，以旱，禁直省繋囚，毋用非刑苛虐。 秋九月，江南地震，其声自南而北。 冬十月，彗星见，经五十馀日，历一十三宿。 十一月，金星生白气，长三丈馀。
四年，春正月，水西蛮酋安坤作乱，吴三桂讨擒之。 彗星见女宿度。 三月，金星画见。 夏六月，云南省城迤东土酋王耀祖据新兴，僭号大庆，吴三桂破擒之。 冬十月，江南献玉玺。溧阳县民顾起龙捞获玉玺，篆：“人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中” 十六字，总督郎廷佐以献，命贮内库。
五年，春正月，云南土酋禄昌贤作乱，吴三贵讨平之。 十二月，鳌拜矫诏绞杀大学士户部尚书苏纳海、直隶总督朱昌祚、巡抚王登联。鳌拜与苏克萨哈不协，鳌拜隶镶黄旗，苏克萨哈隶正白旗，乃以私意倡互相圈换之议，苏纳海等言其不便，疏入，鳌拜大怒，欲置三人于死，帝不允，鳌拜矫旨行之。
六年，春二月，吴三桂进征乌撒女酋陇氏，讨擒之。 秋七月，帝亲政，御太和殿受贺，颁诏赦。 鳌拜矫杀太子太堡内大臣苏克萨哈。苏克萨哈既与鳌拜不合，奏求守陵，鳌拜必欲置之死，奏言其有异心，列其二十四大罪，应置极典。帝悉其情，持不下，鳌拜攘臂强奏。累日，竟予绞决，并灭其族。 九月，诏停本年秋决。
七年，春二月，诏访求精通天文占候者。 三月，命科道缺出，即就有司内举贤能素著者，行取来京，听候选用。 停叩阍例，有冤抑者准赴通政使司，登闻鼓衙门告理。 夏五月，金星见午位，色微暗。 浙江嘉善民郁之章有罪，流徙尚阳堡，子郁褒、郁广争请代，特并宥之。 六月，以亢旱、地震，饬廷臣修职业，诏内外清理刑狱。 革职漕运总督吴惟华。密疏请征各州县镇市房号银两，及江南三十馀州，令民纳价耕种。帝恶其害民敛财，交刑部议。 六月，金星画见，山东地大震，栖霞山震，沂水陷穴，广数丈，民间井倾，仄不可汲，楼台南北易向。 秋八月，命刑部酌定见行则例进览。 九月，金星画见，停止边外巡幸。帝欲出边畋猎，内秘书院侍读学士熊赐履疏谏，言星变叠见，水旱频仍，不宜轻出，以致民兵困苦。给事中赵之中亦请收回成命，遂命停罢。
八年，夏四月癸亥朔，日食。 帝幸太学。 五月，鳌拜有罪，下狱。鳌拜骄恣日甚，帝患之，召吏部右侍郎索额图入谋。索额图乃请解侍郎任，为内廷一等侍卫，日选小侍卫十馀人，教之习布库戏〈（译言撩脚戏。皆十馀龄小童徒手相搏，而专赌脚力胜败，以仆地为定）〉。鳌拜或入奏事，并不之避，益以朝廷弱而好弄，更无复顾及。是日入内，忽为习布库者所擒，十数小儿，立执之付诏狱，廷勘罪状三十款，令免死，拘禁之。初，熊赐履条奏时政，有曰：“内臣者，外臣之表也。”又曰：“辅臣急功喜事，但知趋目前尺寸之利，以便私图。”鳌拜恶其侵己，曰：“劾我也！”遂请治以妄言之罪，并请申禁言官，不得上书陈奏。帝弗许，曰：“彼自陈国家事，何与尔等耶？” 秋七月，以旱，命清理刑狱。 九月，京师地震。 冬十二月，复举人拣选知县例。 云南阿戎作乱，讨平之。 金星画见。
九年，夏四月，河决归仁堤。 秋八月，命改内三院为内阁。 帝奉太皇太后、皇太后谒孝陵，寻还京师。 九月，命礼部于官学生内，每旗选取十名，交钦天监分科学习，有精通者，以满汉博士用。 冬十月，改内三院大学士衔，以图海、巴泰为中和殿大学士，兼礼部尚书，索额图、李霨为保和殿大学士，兼户部尚书，杜立德、魏裔介为保和殿大学士，兼礼部尚书，对哈纳为文华殿大学士，管刑部事务。
十年，春正月，罢各部院及各省衙门通事。 夏四月，命截留漕粮六万石并各仓米四万石赈济淮扬饥民。先是，户部议发银六万两赈饥，帝曰：“饥民待食甚迫，予银无益也。” 五月，御史赵璟奏请加增外官薪俸，报闻，疏内略称：“外官薪俸太簿，总督每年支俸五百五十两，巡抚百三十两，至知县止四十五两，每月三两零，不足五六日之费。不取百姓，势必饥寒。若督抚势必取之下属，所以惩贪而愈贪也。” 六月，金星画见，江南旱。 秋七月，禁止百姓保留降调人员，从御史徐旭请也。 九月，帝奉太皇太后、皇太后诣盛京谒陵。 冬十一月，还京师。
十一年，夏四月，召原任大学士卫周祚来京，命入阁办事。 六月，颁圣谕十六条。
十二年，夏六月，金星画见。 冬十二月，民人杨起隆诈称朱三太子，改元广德，约满洲各官奴将于元旦起事，匿降将周全斌家，为镶黄旗监生郎延枢首告，督统图海等捕之。起隆逸去，擒其党李株等数百人，磔于市。
十三年，秋九月，京师地震。
十四年，夏四月，命信郡王鄂札为抚远大将军，大学士图海副之，率师讨蒙古察哈尔，平之。察哈尔，元裔也，崇德时来归，编旗安置义州，忽拥众叛。图海将军至，连破之，擒斩其王子布尔尼，察哈尔平。 冬十一月，太白画见。
十五年，夏五月，壬午朔，日食。 是月，有星陨于江南青浦之瓢湖滨，堕地有声，掘之得黑石，按之尚热，重凡十九斤。 秋七月，大学士熊赐履免归，以阁臣索额图劾之也。
十六年，正月朔，闻雷。 九月，帝猎于边外。 冬十月，还京师。 十二月，太白画见。
十八年，秋七月，京师地连震，诏群臣各言得失。时帝画夜坐武帐中，宪臣魏象枢直入奏曰：天变若此，乃辅臣植党市权，引用佥壬，以剥蒸黎之应。帝不答。
十九年，秋八月，大学士索额图以疾求罢，命于内大臣处上朝。 十月，彗星见于翼。 十一月，彗星见西方。 冬十二月，磔杨起隆于市。大将军图海解送陕西起事之朱三太子即杨起隆来京，及与前监禁之杨起隆妻马氏，及其党郑得胜质对，皆不识，部议为显系起隆之党借名造反，罪应磔，从之。
二十年，春正月，命兵部右侍郎温代疏浚通州运河。 二月，诏开海界。先是，滨海居民私饷台湾郑氏，顺治十八年遂下令迁界，民多荡析离居，满兵复奴其老稚，菙楚不忍闻。闽督姚启圣屡奏旗兵不服水土，康王体尊亦不宜久暴露，宜撤归。疏三上，始命班师，兵归者犹驱子女北行。至是，启圣又与抚臣吴兴祚奏请开边界，复民业，从之。 颁发帑银二十万两赈山西饥民。 三月，河南地震。 秋八月，辛巳朔，日食。 九月，幸畿甸，自后以肄习水围、循视河堤，岁常举行。
二十一年，春二月，杀楚人朱方旦等。方旦，荆州人，刊刻秘书，其徒顾齐宏、陆光旭等为之标榜，时有宣圣复生之称。大将军顺承郡王勒尔锦驻荆州时，书赠至人里圣人堂匾额，巡抚张朝珍尝为题圣教帝师匾额。方旦等既伏法，帝以勒尔锦见在羁禁，朝珍已病故，俱予免议。 三月，帝猎于乌喇。时卤簿待发，宪臣徐元文率言官三十人入谏，帝曰：“方春省耕，不出旬日回，非游牧也。”遂启行。 夏五月，还京师。 秋七月，彗星见井宿度，尾丈二尺馀。
二十二年，春二月，帝幸五台山。终帝之世，凡幸五台山者五，不备纪。 三月，还京师。 夏四月，命边疆提镇官有应入觐者，奏闻。时边陲将士，不习国家法度，帝尝降敕广西将军马承胤军中，承胤跪受，诸将惊曰：“我将军亦跪人耶？！”至是宪臣禧佛疏称：“海内大定，宜令提镇次第入觐。”帝因语群臣曰：“提镇久握兵权，心意骄纵，故每致生乱。常来朝见，则心生敬畏，如吴三桂辈亦不令来朝，始至于此也。”群下皆拜服。 六月，帝奉太皇太后出古北口避暑，自是每年五六月出口，不备纪。 秋七月，还京师。
二十三年，九月，帝东巡。先是，词臣曹禾以帝功德日盛，奏靖封禅，科臣王承祖奏请巡狩，并付廷议。工科给事中任辰旦独上疏谏，言：“封禅之说，惟秦始皇、汉武帝、宗真宗诸君行之，固猥陋无足道矣。若夫巡狩，载《舜典》、《王制》诸书，古诸侯各君其国，天子巡所守，以协同议礼制度。今天下一家，巡狩之礼亦不可举。”疏入不报，寻部臣议上，虞舜东巡至岱宗，燔柴致祭，汉高祖遇鲁，以太牢事孔子。今皇上盛德神功，同符尧舜，仿古之制，爰事东巡，经过泰山阙里，亦应致祭。至是启銮东巡，幸山东，登泰山，渡黄河、杨子江，幸镇江、江苏、江宁，还经泗水东境，幸曲阜，谒孔陵，始回銮。自是南巡凡六次[1]。 冬十一月，还京师。 是年，直隶、河南饥。
二十四年，秋九月，《赋役全书》成。 淮扬饥。 冬十一月，癸卯朔，日食，丁巳望，月食。
二十五年，春二月，诏嗣后武官照文职例丁忧，从四川提臣何传请也。先是，下廷议时，帝语阁臣曰：“武官不宜久任，在昔唐室藩镇，骄蹇跋扈，皆由久典兵权耳。乃丁忧之例既定，自不致任久矣。” 夏四月，诏访求遗书。帝欲统一天下之言论思想，飭令直隶巡抚、学道，购收民间藏书秘录，务期搜访罄尽，送部进呈，以免异端诐说流播民间云。 闰月，江苏巡抚汤斌奏毁苏州城上方山五通淫洞，同时闽督郭世隆亦檄毁五显庙。 秋七月，帝猎于边外，自后每岁能秋冬农隙讲武之时，出边行猎，不备纪。 八月，还京师。 冬十二月，发遣兵部侍郎蔡毓荣于黑龙江，因前在云南隐匿吴三桂家口也。毓荣前官绥远将军，平三桂大有功，诸满帅忌之甚，相与构陷，遂获罪。
二十七年，春二月，琉球遣子弟梁成楫等三人入监读书。 大学士明珠、李之芳、余国柱，尚书佛伦、熊一洒、科尔坤同日罢，因言官郭琦劾诸人背公营私也。先是二十二年，天久不雨，命庶常德格勒筮之，遇夬卦，曰：“泽上于天，将降矣！而卦义五阳决一阴，小人居鼎铉，故天屯其膏，决去之即雨。”帝愕然，曰：“安有是？”德遂以明珠对，帝默不应。 夏四月朔，日食。 六月，武昌兵变，推夏违龙为首。事闻，督统瓦岱往讨，平之。
二十八年，秋七月，勒令原任少詹事高士奇、左都御史王鸿绪、编修陈元龙休致，因左都御史郭琇劾诸人植党营私也。 冬十月，降副都御史许三礼二级调用，以疏劾原任刑部尚书徐干学潜住京师招摇，及其子树谷违例考御史事。部议座以诬罔也。
二十九年，夏四月，《大清会典》成。 五月，大学士徐元文等荐举麻城知县赵仓壁、清苑知县邵嗣尧、三河知县彭鹏、灵寿知县陆陇其。俱著行取。 八月，己未朔，日食。
三十年，春二月，丁巳朔，日食。
三十一年，春正月，辛亥朔，日食。钦天监占，主有大臣黜，近臣有忧。帝责其附会，严斥之。
三十二年，冬十二月，严禁顺、永、保、河诸府造酒。时以畿辅米价腾踊故也。
三十三年，夏五月，命提督顺天学政兵部右侍郎李光地解任，回京守制。光地闻母丧，仅乞假数日治丧，仍视事，言官沈恺曾、杨敬儒交章论劾，给事中彭鹏疏诋光地为忘亲贪位。帝大怒，严旨诘问。鹏执奏愈力，并言臣与光地皆闽产，今若此，人人切齿，桑梓汗颜。帝不得已，因令光地解任，在京守制。
三十四年，夏四月，山西平阳地震，压毙人民甚众，诏曰：“迺者，畿辅郡县，灾伤叠告。而山西平阳府属，复有地震之异，朕心祗惕，谓必政事之失宜，方致阴阳之有感。反躬循省，深儆予辜。” 六月，以京师久雨，诏廷臣言事。
三十五年，春正月，京师地震。 夏六月，东南滨海飓大作，海啸。 秋七月，复大风，坏民居卢舍。 九月，京师地震。 冬十二月，京师地震。
三十六年，春闰三月，辛巳朔，日食。 冬十一月，京师地震。
三十七年，秋七月，京师地震，江南滨海大风，水猝至，平地丈馀。帝奉太后出山海关谒陵。 冬十一月，还京师。
三十八年，冬十一月，逮顺天乡试正副考官修撰李蟠，编修姜宸英下狱，因御史鹿祐疏参是科考试不公，后集中式举人于内廷覆试，去留有差。蟠遣戍，宸英座于狱。时满朝臣僚皆知是狱之冤，王士禛亦有：“我为刑官，令西溟以非罪死，何以谢天下”之语。西溟，宸英字也。
三十九年，春二月，贵州省城地震。
四十年，冬十二月，连人傜人作乱，讨平之。
四十一年，夏五月，东南海啸。 六月，火星入南斗。
四十二年，秋九月，湖南镇箪红苗作乱，讨平之。 冬十月，帝巡太原。 十二月，还京师。
四十三年，夏四月，革直隶巡抚李光地职，仍留任。先是，给事中黄鼎楫、汤右曾、许志进、朱骏业、王原等，合疏劾光地去岁报灾二十馀处，光地身为抚臣，漫无经理，疏内所称民沾实惠俱属空言。疏下，李光地回奏，光地引咎请落职，命留任。 冬十一月，丁酉朔，日食。
四十四年，秋八月，京师地震。
四十五年，春二月，京师地震。 江宁知府陈鹏年落职，命来京在修书处效力。初，江督阿山以帝将复南巡，召属吏议加赋，鹏年力争不可，阿山衔之。四十四年，帝至江南，使鹏年办龙潭行宫差，近侍索贿不与，窃置蚯蚓粪于箪席间。帝召鹏年诘问，将加罪，以致仕大学士张英、织造使曹寅力谏，得免死。驾幸金山，罚鹏年叠石、挽舟诸苦工以辱之。民趋助役，至是阿山劾其受盐典商年规，蚀龙江关税，落职，下之狱，命漕督桑额、河督张鹏翮会谳，民皆罢市，揭帛鸣钲，环制府问太守见劾之由。有司械系数人，争就系。句容八邑生童方京试，哗曰：“读书何为也？！”皆火其卷去。谳者以三木讯商人，商人曰：“岁馈，自督抚至州县皆有之，惟太守不受一钱耳。”既捃摭无所得，则以鹏年尝遂倡，建亭其地，月朔宣讲圣论，为大不敬，狱成论斩。大学士李光地入谏，得解，几复授苏州府知府，复忤总督噶礼下狱，指所作游虎邱诗为怨望。帝仍令免罪，入武英殿修书，后终河道总督。 夏四月，戊子朔，日食。 冬十二月，命各省建育婴堂，从言官周清源请也。
四十六年，春正月，杀云南民李天极、王枝叶等。天极，广通县诸生，与临安府诸生朱六非等，以枝叶本朱姓，为明永历之孙，奉为主，称桂王文兴三年。潜期先取广南，次取开化，由蒙自袭省城。督臣贝和诺得标兵首报，发兵擒斩之。 秋八月，贵州普安州三江苗人黄柱汉等作乱，讨平之。
四十八年，冬十月，杀编修熊本。本，孝感人，为故阁臣熊赐履从子。赐履卒于江宁寓室，贫无以殓，本为之治丧事尽礼。人高其义，及遗疏入，中有荐本语。帝疑其伪，命督臣噶礼确察。噶礼取疏草进，无本名，本落职论死。或曰噶礼迎合忮忌，所呈疏草未可据。
四十九年，春正月，朔，虹见东方。 夏五月，南方霪雨，大水。 秋八月，革福建提督蓝理职。理奏永春、德化间有陈五显等，聚众二千馀行劫，臣令参将尚之瑨统兵往缉两次，杀贼八十馀，中伤脱逃者不计其数，附近贼巢仍不废耕织，照常安业。帝谓数千人为盗，保得谓百姓不失业，此系掩饰己过，希图卸罪，命严议，至落职。
五十一年，夏六月朔，日食。 冬十月，革江南总督噶礼职。噶礼与江南乡试副考官赵晋通关节，事发，抚臣张伯行劾之。礼亦讦伯行不出洋捕贼诸疑款，命俱解任，交钦使张鹏翮等杂治。时鹏翮之子懋诚任怀宁令，故于噶礼多瞻顾，奏晋与新科举人陈元奎、吴泌贿通关节，拟罪如律。噶礼劾伯行不能清理案件属实，馀系苛求，应降留，伯行劾噶礼索金事全虚，应夺职发徒，复命尚书穆和伦等覆讯。奏如前，帝以伯行为天下清官第一，责诸臣变乱是非，命伯行复任，黜噶礼职。 十一月，籍没福建革职提督蓝理，调入旗。初，理在提督任内，好干预民事，或曰：“此有司职也，非所宜问”，理曰：“天下官管天下百姓，腐儒何足以知之。”妒之者因刻匿名帖，绘一虎以比之，多列罪状。督臣范时崇、抚臣满保所以参奏，命侍郎和托等往按。左右不承，理曰：“吾大臣，何必办？”举笔署曰，皆实，议立斩，追赃八万，籍其产，特旨免死入旗。 帝出关谒陵。 十二月，回京师。
五十三年，春二月，以旱，诏廷臣言事。 夏六月，诏刑部宽恤狱囚。
五十四年，春二月，革江苏巡抚张伯行职。伯行劾布政使牟钦元藏匿通洋匪棍张令涛。令涛旧为噶礼幕客，故伯行必欲死之。命尚书张鹏翮往勘，寻奏令涛良民，伯行诬劾拟斩，帝不允，命来京，入直尚书房，旋擢仓场总督。 夏四月，丙寅朔，日食；望庚辰，月食。 秋七月，东南各省骤风暴作。 冬十月，山西太原府知府赵凤诏以受赃十七万有奇，伏法。凤诏，尚书赵申乔子，申乔自请罢斥，命仍在任供职。
五十五年，春二月，定民间买卖地亩，其丁随地输课，从言官董之燧请也。 夏六月，旱。
五十六年，夏四月，严禁天主教在各省立堂传教。天主教来自西洋，康熙八年有旨严禁，至是广东碣石镇总兵陈昂疏言广州城内外教堂布满，乞饬早为禁绝，部议从之。
五十七年，夏四月，磔河南民袁进，即朱复业等于市。初，兰阳县有郭英者，自称前明勋裔，以同邑幼童朱复业为明周王之孙，抚养家中，诡名袁进，欲效郭子兴抚太祖故事，勾结白莲教首李雪臣、兴邦父子，匿邑诸生李山义家，潜谋举事，为县令侦知捕获。抚臣张圣佐以闻，命尚书张廷枢察审，论如法。 五月，既望，有群蚁自海入江南之吴松江，风浪冲击，团结不散，有大至径寸者。 秋七月，陕西平凉巩昌府属地震。 八月，杀镶蓝旗逃棍孟光祖。光祖称奉诚王府差遣，往各省诓骗财物，枭于市，江南巡抚佟国勷、四川巡抚年羹尧，不将光祖拿获，反接受物件，馈送礼物， 国勷革职，羹尧革职留任。
五十八年，春正月，甲戍朔，日食。 命截留漕米四十三万，贮苏州、镇江、江宁、淮安、安庆赈荒。
五十九年，春正月，王大臣等以帝明年御极六十年，请预定庆贺典礼，不许，谕曰：“见在西陲用兵，军民劳苦。去岁正月朔日食，今年七月朔又值日食。海洋飓风，飘没官兵船只。山左东三府不发被淹，黎民饥馑。淮黄大水，仅能抢护。人心风俗未尽醇，官箴政事未尽理。此正君臣孜孜求治之时，庆贺之事，著停止。” 夏六月，禁商船以军器出洋。
六十年，春三月，会试副考官副都御史李绂夺职，发往永定河工效力。是科会试榜发，下第举子拥绂邸舍喧嚷，为言官舒庠等所劾，免官发遣。 夏五月，直隶、山东、山西、河南、陕西、福建、浙江饥。 六月，安徽大旱。 秋九月，河决河南、山东、直隶等处。 冬十月，台湾风灾。
六十一年，春正月，召满汉文武诸臣及至仕退斥人员，年六十五以上六百八十人，宴于乾清宫前，名千叟宴。 夏四月，福建驻防将军黄秉钺夺职，因防兵哗饷也。 帝在热河，语王大臣等曰：“前有以朕每年出口行园，劳苦军士者，不知国家承平虽久，岂可不修武备？如前噶尔丹、策妄呵、喇布坦等梗命，朕两次扫平漠北，救民水火，此皆朕平日不忘武备，勤于练兵之所致也。若前惑于人言，惮劳苦而不加训练，又何能远至万里之外，灭贼立功耶？” 秋七月，夜有大流星入斗垣。 九月，帝还京师。 冬十一月，帝崩，寿六十有九，四子胤禛嗣立，谥帝曰仁，庙号圣祖，葬遵化州孝陵东马兰峪，号景陵。
[1] 详第十三卷治河篇