王家铺血战后，我军伤亡虽大，然全军因连战皆捷，锐气正盛，稍事补充，尽可再战。因此，在敌人溃兵尤在四处放枪掩护撤退之时，我料其新遭惨败，断难向我反攻，乃电知第六军程军长，约定翌日在桂堂一晤。此时程潜奉命协助第七军作战，方驻节柘林，而桂堂则位于箬溪、柘林的中间。
斯时我的计划系与第六军切实联络，再向南浔路进攻，以策应向南昌进攻中的第二、三两军。南浔路一带的攻击，或以第六、七两军分别攻击永修、德安之敌，或以第七军进攻瑞昌，使敌人在德安无法立足。我与程潜联络刚完，忽奉高安方面总司令部命令，嘱“各军就地整顿补充，待命进攻”。我们联合进攻计划乃暂时搁置。
总司令部并于此时檄调攻克武昌的第四军张发奎部，取道大冶入赣增援，另调新近收编的湘军贺耀组独立第二师星夜入赣作战。这两个增援部队，均归我指挥。
独立第二师的刘旅于18日到达王家铺。第七军第二路指挥官胡宗铎遂率第二旅和第十四团于同日由王家铺开回箬溪。第一路指挥官夏威则率第一、第八两旅和新编陈良佐第十九团仍在白水对瑞昌警戒。我的军部则驻于箬溪，补充待命。
不久，武汉方面我第七军后方兵站送到新兵两千余人以补充缺额。这批新兵均系未经训练的徒手兵，无战场经验，制式教练更差。所幸广西历年征战，乡民多习于战斗，平时参加民团剿匪，故对持枪作战并不太陌生，以之掺杂于老兵之间也可以作战。全军得了此次补充，实力恢复不少；加以被服、弹药源源而来，全军作战条件大为改善。
我在箬溪驻了约一个多星期，白崇禧参谋长忽自高安率兵一连携大批弹械和现款前来箬溪慰劳。阵前把晤，十分欢愉。畅谈之下，我才知赣局战事屡进屡退的梗概。因9月中旬程潜第六军进占修水，忽得探报，知敌军主力已自南昌南下樟树、高安一带布防，以抵御我军右翼的第二、三两军，省城附近极为空虚。程氏乃擅自变更原定战略的攻击目标（德安、涂家埠），衔枚兼程暗袭南昌，以期夺得攻克江西省会的首功，而置第七军于不顾。
程氏于9月19日亲率第六军和王柏龄指挥的第一军第一师，自奉新直取南昌，入据省垣。前线敌军总司令邓如琢闻报，即由丰城回师反攻；南浔路的敌军郑俊彦部也驰赴增援夹击。程潜知孤军难守，乃弃城向南撤退。在南昌城南郊莲塘市一带为敌军重重包围，程军长剪掉胡须，易上便服，夺路逃生，全军溃不成军。白崇禧说程潜当时狼狈的情形，恰似“曹孟德潼关遇马超”，“割须弃袍”而逃。而此次败仗中最荒唐的要算第一军代军长王柏龄。王氏性好渔色，占领南昌之后，得意忘形，以为天下事大定矣，潜入妓寮寻欢。孰知敌军骤至，该师因军中无主，于牛行车站被敌人冲得七零八落，仓皇乱窜。王柏龄脱险后，自知军法难容，匿迹后方，不敢露面，遂被宣告“失踪”。直至我军底定南京，王氏才于上海露面。
第一、六两军于9月20日在南昌败绩后，至奉新集结，再图反攻，不意指挥失灵，竟又为敌军所败。敌军忙于追击，这就是我们在箬溪激战之时，敌第二方面军总司令卢香亭答复谢鸿勋乞援电报说“已将敌人两度挫败，正在追击中”，并要谢“支持三日，便有援军来救”一故事的原委。
嗣后我军歼灭谢部主力于箬溪，并攻克德安，适第三军也在万寿宫打一胜仗，总司令部接获捷报，才由蒋总司令在高安亲自指挥，再度向南昌反攻。10月11日，第二、三两军和第一军第二师强渡赣江，对南昌合围。蒋总司令为鼓励士气，曾于10月12日亲至南昌南门外指挥攻城。南昌城垣甚为坚实，我军屯兵坚壁之下，背水作战，实犯兵家之大忌。据白崇禧说，渠当时极不赞成围攻南昌，因武昌的攻城战，殷鉴不远。无奈蒋总司令个性倔强，坚主爬城硬攻。白氏知无可挽回，乃密令工兵于赣江上游搭浮桥两座，以便军运。
是夜正当我军作攻城准备之时，敌军敢死队忽自南昌城下水闸中破关而出。黑夜混战，喊杀连天，秩序大乱。我军攻城的第六团被敌包围，几至全团覆没。我军不得已仓皇后撤。蒋、白二人虽均在前线，但黑夜之中指挥困难，情势危急。蒋氏数度执白氏之手，连问：“怎么办？怎么办？”白氏此时尚能镇定，遂命令全军沿赣江东岸南撤，至上游由浮桥渡江。第一浮桥迅即挤满溃兵，乃派兵沿途通知撤退部队长官，告以上游另有一桥可渡，军心始定。大军卒于黑夜安全退往赣江西岸。全军虽败而损失不大，还算侥幸。
二总司令进攻南昌既失败，乃下令全军自南昌前线撤围后退，暂行休息，以检讨第一期攻赣战事的得失。适此时我军王家铺的捷报又到。此进彼退，呼应不灵，战事遂有重新计划的必要。因此，在王家铺战后十余日，江西战事遂入休战的状态，双方都在作第二期攻守的部署。我方检讨攻赣无功的最大原因，厥为通讯不灵，各军彼此不能相顾、各自为战。所以在南昌战役之后，总司令部于高安拟定“肃清江西计划”，由白崇禧携来箬溪与我会商新战略。
根据这个新“计划”，第一项要事便是通讯。除由总司令部赶购新式无线电机和在各地建筑临时飞机场外，并自箬溪经奉新、高安至樟树一带架设有线电话，以便各军切实联络，以除呼应不灵之弊。
其次，便是各军兵员弹械的补充。因我军在赣血战匝月，兵员、弹械损失均大，亟须补充始可再战。
至于指挥方面也应重新部署，使职权统一，指挥灵活。总司令部根据新计划所拟二期战事指挥系统略如下表（见下页）：
我军作战部署系以左翼军肃清赣北。进攻时，以一部牵制建昌、涂家埠之敌；以主力攻击德安，截断南浔路。占领德安后，主力即转向建昌、涂家埠之敌进攻。同时以一部警戒九江方面，阻止敌方援兵，并相机攻占马回岭，使主力容易进攻。
中央军自奉新、安义向南浔路进攻，以乐化车站为攻击目标，然后北向与左翼军夹攻涂家埠之敌。
右翼军左纵队自万寿宫攻击前进，目标为南浔路的蛟桥、牛行两站，南下包围南昌。右纵队除以主力第二军自樟树、丰城一线北向协攻南昌之外，并以一部协同第十四军攻击抚州方面之敌，截断南昌、抚州的交通。第十四军并堵截敌人南窜入闽之路。
总预备队驻于奉新、安义地区，随作战进程参加决战。航空队担任侦察并轰炸敌军的任务，并于前线各基地赶筑机场。
我军总攻击日期定于11月1日。
当我军正作二期攻击准备时，敌军也调整其守势部署以迎击我军。敌军兵力的分配如下：
第二方面军郑俊彦部在南昌、牛行一带。
第三方面军卢香亭部和彭德铨、李俊义两旅在涂家埠。
第四方面军邓如琢、蒋镇臣、张凤岐、杨如轩、杨池生、陈修爵、谢文炳等在抚州一带。
第五方面军陈调元部王普、刘凤图、毕化东在瑞昌、武穴一带。
第六方面军颜景宗、上官云相两旅、马登瀛四营和浙军周凤岐部在德安、马回岭、九江一带。
这五个方面军合计有十余万人，势力仍极雄厚。唯敌军内部已军心涣散，各自为谋。在闽敌军周荫人部也已为我东路军所败，其后方已不稳。10月18日孙传芳所属浙江省省长夏超突宣布附义，就我军第十八军军长之职，并向沪宁一带进攻。在苏浙军均图响应。白宝山在镇江独立，沪宁铁路遂被暂时切断。驻于九江、德安一带的浙军周凤岐也暗派代表前来接洽投诚，俟我攻德安时在九江响应。陈调元在新败之后也与我暗通款曲，准备附义。所以我军二期攻势发动前，不战已屈人之兵。敌军在江西的覆灭，自不待蓍龟了。
三我左翼军基于既定“肃清江西计划”，乃于总攻击日期到达之前向攻击地点集中。28日第四军第十二师张发奎师长率所部四团到达箬溪，即转赴白水街接防。30日独立第二师由王家铺集中杨村附近。11月1日各军乃向南浔路发动攻势。第七军向德安，第四军的第十师和独立第二师向马回岭前进。2日第七军进抵德安市郊，时德安守军为孙军陈光祖的一部，午后刚和第七军先头部队接触，便向东退走。下午4时张师长见第七军已克德安，乃亲率三团向马回岭急进，转助贺师攻击马回岭。此地孙军守军甚多，筑有强固工事，凭险顽强抵抗，战斗至为激烈。我在德安听得该地炮火极为炽烈，知战况严重，乃调第七军第一旅星夜驰援，归张师长指挥。3日晨，张、贺两师长以新得援军，乃下令于拂晓全线总攻。马回岭之敌不支，向九江后退，我军趁胜猛击，张师夺得山炮八门、步枪千余支，停止待命。贺师也夺得机枪十余挺，步枪、迫击炮很多，仍按原命令向南康、九江追击。
我军既破马回岭，我遂按原计划和白参谋长亲率第七军自德安南下，拟向涂家埠前进，应援第六军。大军待发，忽闻九仙岭一带有枪炮声。上午11时，忽有我军侦察机在德安城上空投下通信筒报告说：“刻自涂家埠开来的孙军约二师在南诗车站下车，向九仙岭前进中。”我当时判断孙军二师不下两万余人，实力较我优越，决定集结兵力先迎头痛击。乃调德安附近部队先行进入九仙岭一带高地，并急调在马回岭阵地待命的第一旅和张师回援。唯自午至暮未见敌军来犯。因敌军此时已闻各方败耗，故不敢继续前进。
翌日拂晓，我军第一、二两旅遂奉命出击。唯敌军火力优越，人数众多，我军颇有动摇现象。时白参谋长亲率第四军的两团在九仙岭北麓第一旅后方作预备队，见战况激烈，故意迟迟不进。到了敌我双方的拉锯战已呈疲惫状态，白氏才率生力军出击，孙军立呈动摇状况，我即下令全线出击，孙军乃全线溃退。我军分途追击到驲南车站，掳获人马器械无数，遂于阵地彻夜露营。
原先我军进攻德安时，几乎未遭敌人抵抗，而德安为南浔路的中间枢纽，何以敌军轻易放弃，当时殊为不解。至九仙岭一役之后，自掳获敌人秘密文件中始悉个中玄秘。因敌军已预料我军必以主力攻德安，乃故意以少数部队驻守，诱我入瓮，拟于我军攻入德安后，即以优势兵力由南诗车站和马回岭南北夹击我军，以完成一大包围歼灭战。讵知我军进攻德安时，却派有贺师同时攻击马回岭，复有第四军临时协助。到孙军由南诗车站向我军进攻时，其北路马回岭一带的敌军已被我张、贺两师所歼灭。于是我军复得用主力再破南诗的强敌。孙军夹击之计因此失败，反为我各个击破，敌人可谓弄巧成拙了。
南诗之敌既破，北路我军贺师也于同时进入九江城。5日晨得报，知建昌、涂家埠方面敌军已星夜乘船退往吴城、星子。我便令张师向星子追击，同时自率第七军赴涂家埠，和第一师及第六军会师。当程潜、王俊各率所部抵涂时，适南昌方面孙军主力正南下向我军反扑，我军几被包围，情势危急。总司令乃急调第六军南下救援。程潜以所部损失甚大，本人又患疟疾，乃商请白崇禧参谋长率第六军的四团往援。白氏以第七军为渠素来所指挥，作战可以得心应手，乃商之于我，调第七军的第一、二两团同往，赴援南昌。至王俊的第一师和七军的第七旅则向吴城追击。
6日午后到达南昌郊外时，敌已先行撤去，我军遂克复南昌。同时第七军亦克吴城。吴城三面环水，敌人无路可逃，除少数乘船漏网外，全数缴械。其第四旅旅长崔景贵以下官佐十余人俱被俘虏。
九江、南昌相继克复之前，孙传芳知大势无可挽回，已先行逃回南京。其自南昌退出的残部则绕出进贤、余江向浙江溃退。白崇禧奉命追击。7日到达马口，适内河水涨，孙军不能渡，遂悉数被俘。是役白崇禧俘获孙部军长杨赓和、梁鸿恩等以下官兵三万余人，缴获步枪三万余支，及其他器械、弹药不计其数。江西之敌至是遂完全肃清。