（一）亭林文集係用四部丛刊影印潘丰刻本为底本，遇有字句脱误之处，以潘刻初印本及蒋山佣残稿参校补正。原避清讳的「胤」「弘」「曆」等字，据初印本回改，不出校。
（二）亭林馀集係用蒯光典重刻本为底本，而以傅增湘手校钞本略校异同。
（三）编印在蒋山佣残稿各文，凡遇有一文两见于亭林文集及原本残稿中的，按照下列情况分别处理：一、文字完全相同的，残稿不録原文，祇列目録；二、文字略有异同的，取残稿与文集互校，并加校语文于文集当篇之末（遇有字句异同之处，无关大旨者，一概不再另加校语）仍于残稿中列目；三、文字异同甚大的，以残稿全文移排在文集之后，两篇前后并列，以供读者参阅，并仍于残稿中列目。原附熹庙谅阴记事改附全书之后。
（四）凡亭林文集、馀集及残稿所未收入之文，就所见及的，辑为亭林佚文集补，附列书后。辑补中部分书札，又据上海图书馆藏亭林书牍手蹟互勘，作了文字上的校定。
（五）亭林诗文集用康熙原刻初印本为底本，并用传録潘丰手钞原文诗稿相校，把勘刻时窜改的作成校记附在诗后，删去的依原次序补入。此外，我们又参考了朱记荣刻亭林轶诗、兰陵荀羕的亭林诗集校文（见古学彙刻第九编），以及孙毓修依据钞本蒋山佣诗集所作校补（见四部丛刊本末后）添补了几条校记和一首佚诗，并把余嘉顾诗笺注的集外诗补等録附最后。