乾隆三十七年正月初四日奉上谕：“朕稽古右文，聿资治理，几余典学，日有孜孜。因思策府缥缃，载籍极博。其巨者羽翼经训，垂范方来，固足称千秋法鉴；即在识小之徒，专门撰述，细及名物象数，兼综条贯，各自成家，亦莫不有所发明，可为游艺养心之一助。是以御极之初，即诏中外，搜访遗书；并令儒臣，校勘十三经、二十一史，遍布黉宫，嘉惠后学；复开馆纂修《纲目》三编、《通鉴辑览》及‘三通’诸书，凡艺林承学之士所当户诵家弦者，既已荟萃各备。第念读书固在得其要领，而多识前言往行，以蓄其德。惟搜罗益广，则研讨愈精。如康熙年间所修《图书集成》，全部兼收并录，极方策之大观；引用诸编，率属因类取裁，势不能悉载全文，使阅者沿流溯源，一一征其来处。今内府藏书，插架不为不富，然古今来著作之手，无虑数千百家，或逸在名山，未登柱史，正宜及时采集，汇送京师，以彰千古同文之盛。其令直省督抚学政等，通饬所属，加意购访。除坊肆所售举业时文，及民间无用之族谱、尺牍、屏幛、寿言等类，又其人本无实学，不过嫁名驰骛，编刻酬倡诗文，琐屑无当者，均无庸采取，其历代流传旧书，内有阐明性学治法，关系世道人心者，自当首先购觅。至若发挥传注，考核典章，旁暨九流百家之言，有裨实用者，亦应备为甄择。又如历代名人，洎本朝士林宿望，向有诗文专集，及近时沈潜经史，原本风雅，如顾栋高、陈祖范、任启运、沈德潜辈，亦各著成编，并非剿说卮言可比，均应概行查明。在坊肆者，或量为给价；家藏者，或官为装印。其有未经镌刊，只系抄本存留者，不妨缮录副本，仍将原书给还。并严饬所属，一切善为经理，毋使吏胥借端滋扰。但各省搜辑之书，卷帙必多，若不加之鉴别，悉令呈送，烦复皆所不免；着该督抚等先将各书叙列目录，注系某朝某人所著，书中要旨何在，简明开载，具折奏闻。候汇齐后，令廷臣检核，有堪备阅者，再开单行知取进，庶几副在石渠，用储乙览。从此四库、七略，益昭美备，称朕意焉。钦此。”
乾隆三十八年二月初六日奉旨：“军机大臣议复朱筠条奏内将《永乐大典》择取缮写各自为书一节，议请分派各馆修书翰林等官，前往检查，恐责成不专，徒致岁月久稽，汗青无日。盖此书移贮年久，既多残缺，又原编体例，系分韵类次，先已割裂全文，首尾难期贯串，特因当时采摭甚博，其中或有古书善本，世不恒见，今就各门汇订，可以凑合成部者，亦足广名山石室之藏。着即派军机大臣为总裁官，仍于翰林等官内选定员数，责令及时专司查校，将原书详细检阅，并将《图书集成》互为校核，择其未经采录而实在流传已久、尚可裒缀成编者，先行摘开目录奏闻，候朕裁定。其应如何酌定规条，即着派出之大臣，详悉议奏。至朱筠所奏，每书必校其得失，撮举大旨，叙于本书卷首之处，若欲悉仿刘向校书序录成规，未免过于繁冗，但向阅内府所贮康熙年间旧藏书籍，多有摘叙简明略节，附夹本书之内者，于检查洵为有益。应俟移取各省购书全到时，即令承办各员将书中要指 栝，总叙厓略，粘开卷副页右方，用便观览，余依议。钦此。”
乾隆三十八年二月十一日奉上谕：“昨据军机大臣议复朱筠条奏校核《永乐大典》一折，已降旨派军机大臣为总裁，拣选翰林等官，详定条规，酌量办理。兹检阅原书卷首序文，其言采掇搜罗，颇称浩博，谓足津逮四库；及核之书中，别部区函，编韵分字，意在贪多务得，不出类书窠臼。是以踳驳乖离，于体例未能允协。即如所用韵次，不依唐、宋旧部，惟以《洪武正韵》为断，已觉凌杂不伦。况经训为群籍根源，乃因各韵 ，于《易》先列蒙卦，于《诗》先列大东，于《周礼》先列冬官，且采用各字，不论《易》《书》《诗》《礼》《春秋》之序，前后错互，甚至载入六书篆隶真草字样，摭拾米芾、赵孟 字格，描头画角，支离无谓。至儒书之外，阑入释典、道经，于古柱下史专掌藏书守先待后之义，尤为凿枘不合。朕意从来四库书目，以经、史、子、集为纲领，裒辑分储，实古今不易之法。是书既遗编渊海，若准此以采撷所登，用广石渠金匮之藏，较为有益。着再添派王际华、裘日修为总裁官，即令同遴简分校各员，悉心酌定条例，将《永乐大典》详悉校核。除本系现在通行，及虽属古书而词义无关典要者，不必再行采录外，其有实在流传已少，其书足资启牗后学、广益多闻者，即将书名摘出，撮取著书大旨，叙列目录进呈，俟朕裁定，汇付剞劂。其中有书无可采而其名未可尽灭者，只须注出简明略节，以佐流传考订之用，不必将全部付梓，副朕裨补阙遗、嘉惠士林至意。再是书卷帙如此繁重，而明代蒇役仅阅六年，今诸臣从事厘辑，更系弃多取少，自当刻期告竣，不得任意稽延，徒诮汗青无日。仍将应定条例，即行详议，具奏。钦此。”
乾隆三十八年二月二十一日，大学士刘统勋等议奏校办《永乐大典》条例一折，奉旨：“是。依议。将来办理成编时，著名《四库全书》。钦此。”
乾隆三十八年二月二十八日奉旨：“现在查办《四库全书》之翰林等官，着照武英殿修书处之例，给与饭食。即交福隆安派员经理。钦此。”
乾隆三十八年五月十七日奉上谕：“前经降旨，博采遗编，汇为《四库全书》，用昭石渠美备，并以嘉惠艺林。旋据浙江、江南督抚及两淮盐政等奏到购求呈送之书，已不下四五千种，并有称藏书家愿将所有旧书呈献者，固属踊跃奉公，尚未能深喻朕意。方今文治光昭，典籍大备，恐名山石室，储蓄尚多，用是广为搜辑，俾无遗佚，冀以阐疑补阙。所有进到各遗书，并交总裁等，同《永乐大典》内现有各种，详加核勘，分别刊抄。择其中罕见之书，有益于世道人心者，寿之梨枣，以广流传；余则选派誊录，汇缮成编，陈之册府；其中有俚浅讹谬者，止存书名，汇为总目，以彰右文之盛。此采择《四库全书》本指也。今外省进到之书，大小长短，参差不一，既无当于编列缥缃，而业已或刻或抄，其原书又何必复留内府？且伊等将珍藏善本，应诏汇交，深为可嘉，若因此收藏不发，转使耽书明理之人，不得保其世守，于理未为公允，朕岂肯为之？所有各家进到之书，俟校办完竣日，仍行给还原献之家。但现在各省所进书籍，已属不少，嗣后自必陆续加多，其如何分别标记，俾还本人，不致淆混遗失之处，着该总裁等，妥议具奏，仍将此通谕知之。钦此。”
乾隆三十九年五月十四日奉上谕：“国家当文治休明之会，所有古今载籍，宜及时搜罗大备，以光册府，而裨艺林。因降旨命各督抚，加意采访，汇上于朝。旋据各省陆续奏送；而江、浙两省藏书家，呈献种数尤多。廷臣中亦有纷纷奏进者。因命词臣，分别校勘，应刊应录，以广流传。其进书百种以上者，并命择其中精醇之本，进呈乙览，朕几余亲为评咏，题识简端。复命将进到各书，于篇首用翰林院印，并加钤记，载明年月姓名于书面页，俟将来办竣后，仍给还各本家，自行收藏。其已经题咏诸本，并令书馆先行录副，将原书发还，俾收藏之人，益增荣幸。今阅进到各家书目，其最多者如浙江之鲍士恭、范懋柱、汪启淑，两淮之马裕四家，为数至五六七百种，皆其累世弆藏，子孙克守其业，甚可嘉尚。因思内府所有《古今图书集成》，为书城巨观，人间罕观。此等世守陈编之家，宜俾专藏勿失，以示留贻。鲍士恭、范懋柱、汪启淑、马裕四家，着赏《古今图书集成》各一部，以为好古之劝。又如进呈一百种以上之江苏周厚堉、蒋曾莹，浙江吴玉墀、孙仰曾、汪汝瑮，以及朝绅中黄登贤、纪昀、励守谦、汪如藻等，亦俱藏书旧家，并着每人赏给内府初印之《佩文韵府》各一部，俾亦珍为世宝，以示嘉奖。以上应赏之书，其外省各家，着该督抚盐政派员赴武英殿领回分给；其在京各员，即令其亲赴武英殿祗领，仍将此通谕知之。钦此。”
乾隆三十九年七月二十五日奉谕旨：“《四库全书》处，进呈总目于经、史、子、集内，分晰应刻、应抄及应存书目三项。各条下俱经撰有提要，将一书原委，撮举大凡，并详著书人世次爵里，可以一览了然。较之《崇文总目》，搜罗既广，体例加详，自应如此办理。第此次各省搜访书籍，有多至百种以上，至六七百种者。如浙江范懋柱等家，其裒集收藏，深可嘉尚。前已降旨，分别颁赏《古今图书集成》，及初印《佩文韵府》，并择其书尤雅者，制诗亲题卷端，俾其子孙世守，以为稽古藏书者劝。今进到之书，于纂辑后，仍须发还本家，而所撰总目，若不载明系何人所藏，则阅者不能知其书所自来，亦无以彰家藏珍弆资益之善。着通查各省进到之书，其一人而收藏百种以上者，可称为藏书之家，即应将其姓名附载于各书提要末；其在百种以下者，亦应将由某省督抚某人采访所得，附载于后。其官版刊刻及各处陈设库贮者，俱载内府所藏，使其眉目分明，更为详细。至现办《四库全书总目提要》，多至万余种，卷帙甚繁，将来抄刻成书，翻阅已颇为不易，自应于‘提要’之外，另刊‘简明书目’一编，只载某书若干卷，注某朝某人撰，则篇目不繁而检查较易。俾学者由《书目》而寻《提要》，由《提要》而得《全书》，嘉与海内之士，考镜源流，用昭我朝文治之盛。着《四库全书》处总裁等遵照，悉心妥办，并著通谕知之。钦此。”
乾隆四十年十一月十七日奉上谕：“据《四库全书》馆总裁，将所辑《永乐大典》散片各书进呈，朕详加披阅，内宋刘跂《学易集》十二卷，拟请刊刻。其中有青词一体，乃道流祈祷之章，非斯文正轨；前因题胡宿集，见其有道院青词、教坊致语之类，命删去刊行，而抄本仍存其旧；今刘跂所作，则因已身服药交年琐事，用青词致告，尤为不经。虽抄本不妨姑存，刊刻必不可也。盖青词迹涉异端，不特周、程、张、朱诸儒所必不肯为，即韩、柳、欧、苏诸大家，亦正集所未见。若韩愈之《送穷文》、柳宗元之《乞巧文》，此乃拟托神灵，游戏翰墨，不过借以喻言，并非实有其事，偶一为之，固属无害。又如时文为举业所习，自前明以来，通人擅长者甚多，然亦只可听其另集专行，不并登文集，况青词之尤乖典则者乎。再所进书内，有拟请抄录之王质《雪山集》，内如论和战守疏及上宋孝宗书诸篇，词旨剀切，颇当事理，竟宜付之剞劂，但其中亦有青词一种，并当一律从删。所有此二书，着交该总裁等重加厘正，分别削存，用昭评督骘之允。至现在纂辑《四库全书》，部帙计盈数万，所采诗文既多，自不能必其通体完善，或大端可取，原不妨弃瑕录瑜。如宋穆修集有曹操帐记，语多称颂，谬于是非，大义在所必删，而全集或录存，亦不必因此以废彼。惟当于提要内，阐明其故，使去取之义晓然。诸凡相类者，均可照此办理。该总裁等务须详慎决择，使群言悉归雅正，副朕鉴古斥邪之意。钦此。”
乾隆四十一年六月初一日奉上谕：“昨四库馆进呈裒集《永乐大典》散篇，内有《麟台故事》一编，为宋待制程俱撰，具详当时馆阁之制，所载典掌三馆秘阁书籍，以执政领阁事，又有直秘阁、秘阁校理等官，颇称赅备。方今搜罗遗籍，汇为《四库全书》，每辑录奏进，朕亲披阅厘正，特于文华殿后，文渊阁弆之，以充策府，而昭文治，渊海缥缃，蔚然称盛。第文渊阁国朝虽为大学士兼衔，而非职掌，在昔并无其地。兹既崇构鼎新，琅函环列，不可不设官兼掌，以副其实。自宜酌衷宋制，设文渊阁领阁事，总其成。其次为直阁事，同司典掌。又其次为校理，分司注册。点验所有阁中书籍，按时检曝，虽责之内府官属，而一切职掌，则领阁事以下各任之。于内阁翰詹衙门内兼用。其每衔应设几员，及以何官兼充，着大学士会同吏部、翰林院定议，列名具奏，候朕简定。令各分职系衔，将来即为定额，用垂久远。至于四库所集，多人间未见之书，朕勤加采访，非徒广金匮石室之藏，将以嘉惠艺林，启牗后学，公天下之好也。惟是镌刻流传，仅什之一；而抄录储藏者，外间仍无由窥睹。岂朕右文本意乎？翰林原许读中秘书，即大臣官员中，有嗜古勤学者，并许告之所司，赴阁观览。第不得携取出外，致有损失。其如何酌定章程，并着具奏以闻。钦此。”
乾隆四十一年七月二十六日奉上谕：“关帝在当时力扶炎汉，志节凛然，乃史书所谥，并非嘉名。陈寿于蜀汉有嫌，所撰《三国志》，多存私见，遂不为之论定，岂得谓公。从前世祖章皇帝曾降谕旨，封为忠义神武大帝，以褒扬盛烈。朕复于乾隆三十二年，降旨加‘灵佑’二字，用示尊崇。夫以神之义烈忠诚，海内咸知敬祀，而正史犹存旧谥，隐寓讥评，非所以传信万世也。今当抄录《四库全书》，不可相沿陋习，所有志内关帝之谥，应改为忠义。第本传相沿已久，民间所行必广，难于更易，着交武英殿，将此旨刊载传末，用垂久远。其官板及内府陈设书籍，并着改刊此旨，一体增入。钦此。”
乾隆四十一年九月三十日奉上谕：“昨《四库全书》荟要处，呈进抄录各种书籍。朕于几余披阅，见粘签考订之处，颇为详细。所有各签，向曾令其附录于每卷之末，即官板诸书，亦可附刻卷尾。惟民间藏板，及坊肆镌行之本，难以概行刊入，其原书讹舛、业经订正者，外间仍无由得知，尚未足以公好天下也。前经降旨，令将《四库全书总目》，及各书提要，编刊颁行。所有诸书校订各签，并着该总裁等另为编次，与《总目提要》，一体付聚珍板排刊流传。既不虚诸臣校勘之勤，而海内承学者，得以由此研寻。凡所藏书，皆成善本，亦以示嘉惠士林至意。钦此。”
乾隆四十一年十一月十七日奉上谕：“前因汇辑《四库全书》，谕各省督抚，遍为采访。嗣据陆续送到各种遗书，令总裁等悉心校勘，分别应刊、应抄及存目三项，以广流传。第其中有明季诸人书集，词意抵触本朝者，自当在销毁之列。节经各督抚呈进，并饬馆臣详细检阅，朕复于进到时亲加披览，觉有不可不为区别甄核者。如钱谦益在明已居大位，又复身事本朝，而金堡、屈大均则又遁迹缁流，均以不能死节，腼颜苟活，乃托名胜国，妄肆狂狺，其人实不足齿，其书岂可复存，自应逐细查明，概行毁弃，以励臣节，而正人心。若刘宗周、黄道周，立朝守正，风节凛然，其奏议慷慨极言，忠荩溢于简牍，卒之以身殉国，不愧一代完人。又如熊廷弼受任疆场，材优干济，所上封事，语多剀切，乃为朝议所挠，致使身陷大辟，尝阅其疏内有‘洒一腔之血于朝廷，付七尺之躯于边塞’二语，亲为批识云：‘至此为之动心欲泪，而彼之君若不闻；明欲不亡，得乎？’可见朕大公至正之心矣。又如王允成《南台奏稿》，弹劾权奸，指陈利弊，亦为无惭骨鲠。又如叶向高为当时正人，颇负重望，及再入内阁，值逆阉弄权，调停委曲，虽不能免责贤之备，然视其纶扉奏草，请补阁臣疏至七十上，几于痛哭流涕，一概付之不答，其朝纲丛脞，可不问而知也。以上诸人所言，若当时能采而用之，败亡未必若彼其速。是其书为明季丧乱所关，足资考镜，惟当改易违碍字句，无庸销毁。又彼时直臣如杨涟、左光斗、李应升、周宗建、缪昌期、赵南星、倪元璐等，所有书籍，并当以此类推，即有一二语伤触本朝，本属各为其主，亦止须酌改一二语，实不忍并从焚弃，致令湮没不彰。至黄道周另有《博物典汇》一书，不过当时经生家策料之类，然其中纪本朝事迹一篇，于李成梁后设谋惎害，具载本末，尤足征我朝祖宗，行事正大光明，实大有造于明人，而彼转逞狡谋阴计，以怨报德。伏读实录，我太祖高皇帝以七大恨告天，师直为壮，神戈所指，肇造鸿基，实自古创业者所莫及。虽彼之臣子，亦不能变乱黑白，曲为隐讳，存其言并可补当年纪载所未备。因命馆臣，酌加节改，附载《开国方略》后，以昭征信。近复阅江苏所进应毁书籍内，有朱东观编辑崇祯年间诸臣奏疏一卷，其中多指言明季秕政，渐至瓦解而不可救，亦足取为殷鉴，虽诸疏中多有乖触字句，彼皆忠于所事，实不足罪，惟当酌改数字，存其原书，使天下后世，晓然于明之所以亡，与本朝之所以兴。俾我子孙永念祖宗缔造之艰难，益思兢兢业业，以祈天而永命。其所裨益，岂不更大，又何必急毁其书乎。又若汇选各家诗文内，有钱谦益、屈大均所作，自当削去，其余原可留存，不必因一二匪人，致累及众。或明人所刻类书，其边塞兵防等门，所有触碍字样，固不可存，然只须削去数卷，或削去数篇，或改定字句，亦不必因一二卷帙，遂废全部。他如南宋人书之斥金，明初人书之斥元，其悖于义理者，自当从改，其书均不必毁。使无碍之书，原听其照旧流行，而应禁之书，自不致仍前藏匿，方为尽善。着《四库全书》总裁等，妥协查办，粘签呈览，候朕定夺。并将此通谕中外知之。钦此。”
乾隆四十二年八月十九日奉旨：“前经降旨，各省藏书家所呈书籍，于办毕后即行发还。至督抚等自购呈进之本，俱经奏请，留供石渠之藏。其在京大臣官员等所进之书，亦俱请备储中秘。昨岁大学士等议定文渊阁藏书章程云，俟全书告竣后，各藏其副于翰林院，署立架分贮等语。朕命纂辑《四库全书》，原以嘉惠天下万世，公诸同好，今外省藏书家进到之书，既经陆续给还，所有在京大臣等呈进书籍，亦应一体付还本家，俾其世守。若为翰林院藏副计，则各处所进书函，长短阔狭不等，分签插架，不能整齐。莫若俟《四库全书》抄录四分完竣，令照式再抄一分，贮之翰苑。既可备耽书之人入署就阅，而传布词林，亦为玉堂增一佳话。其各督抚购进诸书，将来仍可汇交武英殿，另行陈设收藏，将此谕令四库馆总裁等遵照办理。钦此。”
乾隆四十二年十月初七日奉上谕：“《四库全书》馆进呈李廌《济南集》，其咏凤凰台一首，有‘汉彻方秦政，何乃误至斯？’之语，于理不顺，因检查《北史·文苑传叙》，亦有‘颉颃汉彻，跨蹑曹丕’之句，《韵府》因而录入，均属未协。秦始皇焚书坑儒，其酷处不可枚举，号为无道，秦后之人，深恶痛绝，因而显斥其名，尚无不可；若曹丕躬为篡逆，称名亦宜。至汉武帝在汉室尚为振作有为之主，且兴贤用能，独持纲纪，虽黩武惑溺神仙，乃其小疵，岂得直书其名，与秦政、曹丕并论乎？且自古无道之君，至桀、纣而止，故有指为独夫受者；若汉之桓、灵，昏庸狂暴，遂至灭亡，亦未闻称名指斥，何于武帝，转从贬抑乎？又如南北朝彼此互相诋毁，南朝臣子称北朝主之名，北朝臣子称南朝主之名，宋之于金、元，金、元之于宋亦然。此皆局于其地之私心，虽非天下之公，尚无伤于正理。若李延寿乃唐臣，李廌乃宋臣，其于中国正统之汉武帝，伊祖未尝不曾为其臣，岂应率逞笔端，罔顾名义，轻妄若此。且朕御制诗文内，如周、程、张、朱皆称为子，而不斥其名，又如韩昌黎、苏东坡诸人，或有用入诗文者，亦止称其号而不名。朕于异代之臣，尚不欲直呼其名，乃千古以下之臣，转将千古以上之君，称名不讳，有是理乎？朕命诸臣，办理《四库全书》，亲加披览，见有不协于理者，如关帝旧谥之类，即降旨随时厘正。惟准以大中至正之道，为万世严褒贬，即以此衡是非。此等背理称名之谬，岂可不为改正，以昭示方来。着交武英殿，将《北史·文苑传叙》，改为汉武；韵府内删去此条，酌为改刊。所有陈设之书，悉心改补。其李廌集亦一体更正。并谕《四库全书》馆臣等，于校勘书籍内，遇有似此者，俱加签拟改声明进呈，毋稍忽略。将此通谕知之。钦此。”
乾隆四十二年十一月十四日奉上谕：“前日披览《四库全书》馆所进宗泽集，内将‘夷’字改写‘彝’字，‘狄’字改写‘敌’字；昨阅杨继盛集内改写亦然。而此两集中，又有不改者，殊不可解。‘夷’‘狄’二字，屡见于经书，若有心改避，转为非理。如《论语》‘夷狄之有君’、孟子‘东夷、西夷’又岂能改易，亦何必改易。且宗泽所指，系金人，杨继盛所指，系谙达，更何所用其避讳耶？因命取原本阅之，则已改者，皆系原本妄易；而不改者，原本皆空格加圈；二书刻于康熙年间，其谬误本无庸追究。今办理《四库全书》，应抄之本，理应斟酌妥善，在誊录草野无知，照本抄誊，不足深责，而空格则系分校所填，既知填从原文，何不将其原改者悉为更正？分校复校，俱系职官，岂宜失检若此。至总裁等，身为大臣，于此等字面，尤应留心细勘，何竟未能逐一校正，其咎更无所辞，非他书总核记过者可比。所有此二书之分校、复校及总裁官，俱即着交部分别议处。除此二书改正外，他书有似此者，并着一体查明改正，并谕该馆臣，嗣后务悉心详校，毋再轻率干咎。钦此。”
乾隆四十三年五月二十六日奉上谕：“朕博搜载籍，特命诸臣纂辑《四库全书》，弆藏三阁。又择其尤精者，为荟要，分贮大内及御园，用昭美备。所以多选誊录，宽予限期，以期校成善本，嘉惠艺林。昨办书期届五年，将校对誊录诸人，优予议叙，用示劝扬。惟是进呈各书，朕信手抽阅，即有讹舛，其未经指出者，尚不知凡几。既有校对专员，复有总校、总裁，重重复勘，一书经数人手眼，不为不详，何以漫不经意，必待朕之遍览乎？若朕不加检阅，将听其讹误乎？朕因《四库全书》应缮写者，统计十六万八千册，卷帙浩繁，既成大事，不妨略其小节。自开馆以来，无不曲予加恩，多方鼓舞，所以体恤之者倍至。若此任意疏忽，屡训不改，长此安穷，是徒以四库书馆，开幸进之阶，为终南快捷方式，又岂可不防微杜渐耶？前定总裁、总校、分校等，按次记过三月，查核交部议处，原不过薄示惩儆，使知愧励，乃各总裁，仅请每部抽看十之一二，以图卸责。身为大臣，即不宜如此存心；乃既经抽看，而仍听其鲁鱼亥豕，累牍连篇，其又何辞以自解饰耶？嗣后务宜痛加猛省，悉心校勘，其于去取誊录分校之际，更不宜左袒，屡乞恩准，以无负朕稽古右文之意。毋再因循干咎，将此再行严饬，在馆诸臣知之。钦此。”
乾隆四十四年二月二十六日奉上谕：“《四库全书》馆，节次汇进各省送到违碍应毁书籍，朕亲加抽阅。内如徐必达南州草所载奸商奸珰结贿欺君诸疏，俱持论不挠，极为抗直。又如萧近高疏草内载其劾大珰潘相等，以矿税扰民；宋一韩掖垣封事，亦有劾东厂及税监李凤、梁永等蠹国病民诸疏，均属详明剀切。又侯震旸天垣疏略，以客氏再入禁中，抗章极论，并及于沈 之交通内臣，亦能侃侃不阿，虽其间若徐尔一之九八分疏，极口诋斥孙承宗，而于温体仁、霍维华等，则曲加赞誉，是非倒置，以图荧听，此外亦不过摭拾陈言，固无足取。其余谠论危言，切中彼时弊病者，实俱无惭骨鲠。前因明季诸臣，如刘宗周、黄道周等，立身行己，秉正不回，其抗疏直谏，皆意切于匡正时艰，忠荩之忱，溢于简牍，已降旨将其违碍字句，酌量改易，毋庸销毁。因复思明自神宗以后，朝多秕政，诸臣目击国势之阽危，往往苦口极言，无所隐讳，虽其君置若罔闻，不能稍收补救之效，而遗篇俱在，凡一时废弛瞀乱之迹，痛切敷陈，足资考镜。朕以为不若择其较有关系者，别加编录，名为‘明季奏疏’，勒成一书，使天下万世，晓然于明之所以亡，亦可垂示方来，永为殷鉴。况诸臣弹劾权奸，指摘利病，至不惮再三入告，实皆出自爱君体国之诚，而其姓名章疏，不尽见于明史。朕方欲阐幽显微，又何忍令其湮没弗彰。况诸臣在胜国言事，于我国家间有干犯之语，彼自为其主，不宜深责。非若身入本朝，肆为诋悖者可比。原不妨就其应存诸疏，将触背字面，量为改易选录，余仍分别撤毁。于办理违碍书籍，似属并行不悖。着交该总裁遴选一二人，详悉校阅，编辑缮录，以次呈览，候朕鉴定。并将此通谕中外知之。钦此。”
乾隆四十五年九月十七日奉上谕：“国初设官，分职不殊周官法制。及定鼎中原，参稽前代，不繁不简，最为详备。其间因革损益，名异实同，稽古唐虞，建官惟百，内有百揆四岳，外有州牧侯伯；奋庸熙载，亮采惠畴。周则监于二代，立三公三孤。秦汉以后，为丞相、为中书、门下、平章、知政事。明洪武因胡惟庸之故，改丞相为大学士。其实官名虽异，职守无殊。惟在人主太阿不移，简用得人，则虽名丞相，不过承命奉行；即改称大学士，而所任非人，窃弄威福，严嵩之流，非仍名大学士者乎？盖有是君，方有是臣。惟后克艰厥后，庶臣克艰厥臣。昔人言：天下之安危，系乎宰相。其言实似是而非也。至六官即今之六部，《周礼》典制綦详，要亦本于唐虞司徒秩宗诸职；外而督抚，自秦汉以来，所称守牧、节度、行省，即唐虞十二牧之遗。历朝改革，建置纷如，难以缕数。我国家文武内外，官职品级，载在《大清会典》，本自秩然。至于援古证今，今之某官即前某代某官，又或古有今无，或古无今有，允宜勒定成书，昭垂永久，俾览者一目了然。现在编列《四库全书》，遗文毕集，着即派总纂、总校之纪昀、陆锡熊、陆费墀、孙士毅等，悉心校核，将本朝文武内外官职阶级，与历代沿袭异同之处，详稽正史，博参群籍，分晰序说，简明精审，毋冗毋遗。其议政大臣、领侍卫内大臣、八旗都统、护军统领、健锐火器营、内务府并驻防将军，及新疆增置各官，亦一体详晰考证，分门别类，纂成《历代职官表》一书。由总裁复核，陆续进呈，候朕阅定。书成后，即以此旨冠于卷首，不必请序，列入《四库全书》，刊布颁行，以昭中外一统，古今美备之盛。因首论丞相一官，余可类推，览是编者，其各顾名思义，凛然于天工人代，兢兢业业，夙夜靖共，以庶几克艰无旷之义。钦哉特谕。钦此。”
乾隆四十六年二月十三日奉上谕：“据《四库全书》总裁奏进所办《总目提要》，内请于经、史、子、集各部，冠以圣义、圣谟等六门，恭载列圣钦定诸书，及朕御制、御批各种，所拟殊属棼繁。从前开馆之初，曾经降旨，以《四库全书》内，惟集部应以本朝御制诗文集冠首。至经、史、子三部，仍照例编次。不必全以本朝官书为首。今若于每部内，又特标圣义诸名目，虽为尊崇起见，未免又多增义例。朕意如列圣御纂诸经，列于各本经诸家之前；《御批通鉴纲目》等书，列于各家编年诸书之前；五朝圣训、朱批谕旨方略等书，列于诏令诸门之前；御注《道德经》，列于各家所注《道德经》之前；其他以类仿照编次，俾尊崇之义，与编纂之体，并行不悖。至阅其《总目》，特载朕前后修书谕旨，及御题四库诸书诗文为卷首，所办未为尽协。《四库全书》，体大物博，将来书成之日，篇帙浩繁，举何为序。所有历次所降谕旨，刊之《总目》首卷以当序，事属可行，且官撰诸书，亦有以谕旨代弁言者，自不得不如此办理。至朕题四库诸书诗文，若亦另编卷首，将来排列，转在列圣钦定诸书之前，心尤未安。虽纂校诸臣尊君之意，然竟似《四库全书》之辑，端为朕诗文而设者然，朕不为也。着将所进诗文六卷撤出，仍分列入朕御制诗文集内，俾各为卷首，则编排在列朝钦定诸书之后；而四库书内，朕所题各书诗文，列在本集首卷。庶眉目清，而开帙了然。将此谕令馆臣遵照办理。钦此。”
乾隆四十六年二月十五日奉上谕：“昨据《四库全书》总裁奏请《总目》，请于经、史、子、集各部，冠以圣义、圣谟等六门。业经降旨，令将列朝御纂、御批、御制各书，分列各家著撰之前，不必特标名目，并令将卷首所录御题四库诸书诗文撤出，分列御制诗文名集之前，所以示大公也。朕一再思维，《四库全书》之辑，广搜博采，荟萃群书，用以昭垂久远，公之天下万世。如经部易类，以《子夏易传》冠首，实为说易家最古之书，允宜弁冕羲经。若以钦定诸书列于各代之前，虽为纂修诸臣尊崇本朝起见，而于编排体例，究属未协。况经、史、子、集各部内，尚有前代帝王论著，以本朝钦定各书冠之，亦有未合。在编辑诸臣，自不敢轻议及此，朕则笔削权衡，务求精当，使纲举目张，体裁醇备，足为万世法制。即后之好为论辨者，亦无从置议，方为尽善。所有《四库全书》经、史、子、集各部，俱照各按撰述人代先后，依次编纂。至我朝钦定各书，仍各按门目分冠本朝著录诸家之上，则体例精严，而名义亦秩然不紊，称朕折中详慎之至意。将此谕令馆臣遵照办理。钦此。”
乾隆四十六年十月十六日奉上谕：“《四库全书》馆进呈书内，有宋叶隆礼奉敕所撰《契丹国志》。其说采摘《通鉴》等编，及诸说部书，按年胪载，抄撮成文，中间体例混淆，书法讹舛，不一而足。如书既名《契丹国志》，自应以辽为主，乃卷首年谱，既标太祖、太宗等帝，而事实内又称辽帝、称国主，岂非自乱其例。又是书既奉南宋孝宗敕撰，而评断引宋臣胡安国语，称为胡文定公，实失君臣之体。甚至大书辽帝纪元于上，而以宋祖建隆等年号分注于下，尤为纰谬。夫梁、唐、晋、汉、周，僭乱之主，享国日浅，且或称臣、称儿、称孙于辽，分注纪元尚可，若北宋，则中原一统，岂得以春秋分国之例，概分注于北辽之下。又引胡安国论断，以劫迫其父开门纳晋军之杨承勋，谓‘变而不失其正’。时承勋同父被晋围，虑祸及身，乃劫其父，致被晋戮，而已受晋爵赏。夫大义灭亲，父可施之子，子不可施之父，父既背叛，子惟一死，以答君亲；岂有灭伦背义，尚得谓之‘变而不失其正’，此乃胡安国华夷之见，芥蒂于心，右逆子而乱天经，诚所谓‘胡说’也。其他乖谬种种，难以枚举，朕详加披览，经指驳者数十条，馆臣乃请撤出此部书。朕以春秋天子之事，是非万世之公，昨曾著《正统辨》，论断甚明。今《契丹国志》，既有成书纪载，当存其旧；惟体例书法讹谬，于纲目大义有乖者，不可不加厘正。着总纂纪昀等，详加校勘，依例改纂。其志中之事迹，如祭用白马灰牛，毡中枯骨变形视事，及戴野猪头披皮之类，虽迹涉荒诞，然与诗书所载简狄吞卵、姜嫄履武，复何以异。盖神道设教，古今胥然，义正如此，又何必信远而疑近乎。其余辽帝过举，如母后擅权诸事，足为后世鉴戒者，仍据志实书，一字不可易。该总裁等，复阅进呈，候朕亲定，录入《四库全书》，并将此旨，书于简端，以昭纲常名教，大公至正之义。特谕。钦此。”
乾隆四十六年十月二十七日内阁奉上谕：“历代明臣奏疏，向有流传选刻之本，《四库全书》内，亦经馆臣编次进呈，其中危言谠论，关系前代得失者，固可援为法戒。因思胜国去今尤近，三百年中，荩臣杰士、风节伟著者，实不乏人。迹其规陈治乱，抗疏批鳞，当亦不亚汉、唐、宋、元诸臣。而奏疏未有专本，使当年绳愆纠缪忠君爱国之忱，后世无由想见，诚阙典也。即或其人品谊未醇，而其言一事、陈一弊，切中利病，有裨时政者，亦不可以人废言。至神宗以后，诸臣奏疏内，有因辽沈用兵，涉及本朝之处，彼时主暗政昏，太阿倒置，阉人窃柄，权幸满朝，以致举措失当，赏罚不明，其君缀旒于上，竟置国事若罔闻，遂至流寇四起，兵溃饷绝，种种秕政，指不胜数，若杨涟、左光斗、熊廷弼诸人，或折冲疆场，或正已立朝，俱能慷慨建议，剀切敷陈，设明之君果能采而用之，犹不致败亡若是之极，其事距今百十余年，殷鉴不远，尤当引为炯戒，则诸人奏疏，不可不亟为辑录也。除《明史》本传外，所有入《四库全书》诸人文集，均当广为搜采，裒集成编。即有违碍字句，只须略为节润，仍将原文录入，不可删改。此事关系明季之所以亡，与我朝之所以兴，敬怠之分，天人之际，不可不深思远虑，触目警心。着派诸皇子同总师傅蔡新等为总裁，其皇孙、皇曾孙之师傅翰林等，即着为纂修校录，陆续进呈，候朕亲裁。书成后即交武英殿刊刻，仍抄入《四库全书》，将此旨冠于简端。所有前派纪昀等，选出神宗以后各奏疏，即着归入此书，按其朝代，一体编纂。特谕。钦此。”
乾隆四十六年十一月初六日内阁奉上谕：“昨阅四库馆进呈书，有朱存孝编辑《回文类聚补遗》一种，内载美人八咏诗，词意媟狎，有乖雅正。夫诗以温柔敦厚为教，孔子不删郑、卫，所以示刺、示戒也。故三百篇之旨，一言蔽以无邪。即美人香草，以喻君子，亦当原本风雅，归诸丽则，所谓托兴遥深，语在此而意在彼也。自《玉台新咏》以后，唐人韩偓辈，务作绮丽之词，号为香奁体，渐入浮靡，尤而效之者，诗格更为卑下。今美人八咏内，所列丽华发等诗，毫无寄托，辄取俗传鄙亵之语，曲为描写，无论诗固不工，即其编造题目，不知何所证据。朕辑《四库全书》，当采诗文之有关世道人心者，若此等诗句，岂可以体近香奁，概行采录。所有美人八咏诗，着即行撤出，至此外各种诗集内，有似此者，亦着该总裁督同总校、分校等，详细检查，一并撤出，以示朕厘正诗体，崇尚雅醇之至意。钦此。”
乾隆五十五年六月初一日奉上谕：“《四库全书》，荟萃古今载籍，富有美备。不特内府珍藏，借资乙览，亦欲以流传广播，沾溉艺林。前因卷页浩繁，中多舛错，特令总纂等，复加详细雠校，俾无鲁鱼亥豕之讹。兹已厘订蒇工，悉臻完善。所有江浙两省文宗、文汇、文澜三阁，应贮全书。现在陆续颁发藏庋，该处为人文渊薮，嗜奇好学之士，自必群思博览，借广见闻。从前曾经降旨，准其赴阁检视抄录，俾资搜讨。但地方有司，恐士子翻阅污损，或至过有珍秘，以阻争先快睹之忱，则所颁三分全书，亦仅束之高阁，转非朕搜辑群书、津逮誉髦之意。即武英殿聚珍板诸书，排印无多，恐士子等亦未能全行购觅。该督抚等谆饬所属，候贮阁全书，排架齐集后，谕令该省士子，有愿读中秘书者，许其呈明到阁抄阅，但不得任其私自携归，以致稍有遗失。至文渊阁等，禁地森严，士子等固不便进内抄阅，但翰林院现有存贮底本，如有情殷诵习者，亦许其就近抄录，掌院不得勒阻留难。如此广为传播，俾茹古者，得睹生平未见之书，互为抄录，传之日久，使石渠天禄之藏，无不家弦户诵，益昭右文稽古，加惠士子盛事，不亦善乎。钦此。”